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Christophe KLOPP

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"sophie-leroux"
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RNA-Seq Data for Reliable SNP Detection and Genotype Calling

Frédéric Jehl , Fabien Degalez , Frédéric Lecerf , Maria Bernard , Laetitia Lagoutte
Frontiers in Genetics, 2021, 12, pp.655707. ⟨10.3389/fgene.2021.655707⟩
Article dans une revue hal-03276149v1
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Chicken adaptive response to low energy diet: main role of the hypothalamic lipid metabolism revealed by a phenotypic and multi-tissue transcriptomic approach

Frédéric Jehl , Colette Désert , Christophe C. Klopp , Mathias Brenet , Andrea Rau
BMC Genomics, 2019, 20 (1), ⟨10.1186/s12864-019-6384-8⟩
Article dans une revue hal-02463367v1
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The extent of mRNA editing is limited in chicken liver and adipose, but impacted by tissular context, genotype, age and feeding as exemplified with a conserved edited site in COG3

Pierre-François Roux , Laure Fresard , Morgane Boutin , Sophie Leroux , Christophe C. Klopp
G3, 2016, 6 (2), pp.321-335. ⟨10.1534/g3.115.022251⟩
Article dans une revue hal-01251260v1
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Genome-Wide Characterization of RNA Editing in Chicken Embryos Reveals Common Features among Vertebrates

Laure Fresard , Sophie Leroux , Pierre-François Roux , Christophe C. Klopp , Stéphane Fabre
PLoS ONE, 2015, 10 (5), pp.1-20. ⟨10.1371/journal.pone.0126776⟩
Article dans une revue hal-01207762v1
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Combined QTL and selective sweep mappings with coding SNP annotation and cis-eQTL analysis revealed PARK2 and JAG2 as new candidate genes for adiposity regulation.

Pierre-François Roux , Simon Boitard , Anne Blum , Brian Parks , Alexandra Montagner
G3, 2015, 5, pp.517-529. ⟨10.1534/g3.115.016865⟩
Article dans une revue hal-01194040v1

The loss of adipokine genes in the chicken genome and implications for insulin metabolism

Natasa Dakovic , Morgane Terezol , Frederique Pitel , Virginie Maillard , Sébastien Elis
Molecular Biology and Evolution, 2014, 31 (10), pp.2637-2646. ⟨10.1093/molbev/msu208⟩
Article dans une revue hal-01129850v1
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Fine mapping of complex traits in non-model species: using next generation sequencing and advanced intercross lines in Japanese quail

Laure Fresard , Sophie Leroux , Patrice Dehais , Bertrand Servin , Hélène Gilbert
BMC Genomics, 2012, 13, online (october), Non paginé. ⟨10.1186/1471-2164-13-551⟩
Article dans une revue hal-01129669v1
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Non PCR-amplified transcripts and AFLP® fragments as reduced representations of the quail genome for 454 Titanium sequencing

Sophie Leroux , Katia Feve , Florence Vignoles , Olivier Bouchez , Christophe C. Klopp
BMC Research Notes, 2010, 3, online (july), Non paginé. ⟨10.1186/1756-0500-3-214⟩
Article dans une revue hal-01129412v1
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Transgenerational epigenetics in quail

Chloé Cerutti , Sophie Leroux , Paul Terzian , Joanna Lledo , David Gourichon
Genotoul Biostat Bioinfo Day, Dec 2022, Castanet-Tolosan, France
Communication dans un congrès hal-03957296v1

RNA-seq data for detecting reliable SNPs & genotypes in livestock species: interest for coding variant characterization and cis-regulation analysis by allele-specific expression !

Frédéric Jehl , Fabien Degalez , Maria Bernard , Frédéric Lecerf , Laetitia Lagoutte
World Poultry Congress (WPC) 2022, Aug 2022, Paris, France
Communication dans un congrès hal-04258396v1

Integrated metabolomic and transcriptomic analysis evaluating heat and feed stress in layer chickens

Denis Laloë , Frédéric Jehl , Colette Désert , Morgane Boutin , Sophie Leroux
37. International Society for Animal Genetics (ISAG) Conference, Jul 2019, Lleida, Spain
Communication dans un congrès hal-02737948v1
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Layers response to a suboptimal diet through phenotype and transcriptome changes in four tissues

Frédéric Jehl , M. Brenet , Andrea Rau , Colette Désert , Morgane Boutin
69. Annual Meeting of the European Association of Animal Production, Aug 2018, Dubrovnik, Croatia
Communication dans un congrès hal-02734608v1

Liver and whole blood transcriptome response to chronic heat exposure in laying hens

Frédéric Jehl , Andrea Rau , Colette Désert , Morgane Boutin , Kévin Muret
36. International Conference on Animal Genetics (ISAG), Jul 2017, Dublin, Ireland. pp.15
Communication dans un congrès hal-02463163v1

Développement de SNP chez la caille par séquençage haut-débit

Sophie S. Leroux , Katia K. Feve , Florence F. Vignoles , Olivier O. Bouchez , Laure Frésard
9. Journées de la Recherche Avicole, Mar 2011, Tours, France
Communication dans un congrès hal-02750356v1

Pyroséquençage pour le développement d'EST et de SNP (PYRESAVI) chez le canard

Frederique Pitel , Sophie S. Leroux , Katia K. Feve , Florence F. Vignoles , Cécile C. Duby
9. Journées de la Recherche sur les Palmipèdes à Foie Gras, Oct 2010, Bordeaux, France
Communication dans un congrès hal-02758288v1

Development of polymorphic markers in quail by new generation sequencing

Florence Vignoles , Katia Feve , Sophie Leroux , David Gourichon , Christine Leterrier
13. European Poultry Conference (EPC 2010), Aug 2010, Tours, France
Communication dans un congrès hal-01193587v1
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Pyroséquençage pour le développement d'EST et de SNP aviaires

Frederique Pitel , Alain Vignal , Sophie Leroux , Katia Feve , Florence Vignoles
8èmes Journées de la Recherche Avicole, Mar 2009, Paris (FR), France. pp.594-598
Communication dans un congrès hal-00730058v1
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Transgenerational epigenetics in quail: whole genome DNA methylation analysis

Chloé Cerutti , Sophie Leroux , Paul Terzian , Joanna Lledo , David Gourichon
Epigenetic Inheritance: Impact for Biology and Society, Aug 2023, Zurich, Switzerland
Poster de conférence hal-04212971v1
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Transgenerational epigenetics in quail

Chloé Cerutti , Sophie Leroux , Paul Terzian , Joanna Lledo , David Gourichon
ECCB2022 - 21st European Conference on Computational Biology, Sep 2022, Sitges, Spain
Poster de conférence hal-03935584v1
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A Long Read project to find optimal technologic combinations for genome assembly and variability, epigenetic marks detection and metagenomic analysis

Carole Iampietro , Camille Eché , Adrien Castinel , Rémy-Félix Serre , Christophe C. Klopp
PAG XXVIII, Plant and Animal Genome, Jan 2020, San Diego, United States. 2020
Poster de conférence hal-02947690v1

Layers response to suboptimal diet through phenotypic and transcriptomic changes in four tissues

Frédéric Jehl , M. Brenet , Andrea Rau , Colette Désert , Morgane Boutin
PAG XXVII - Plant & Animal Genome Conference, Jan 2019, San Diego, United States. , 2019
Poster de conférence hal-02789419v1
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Phenotype and multi-tissue transcriptome response to diet changes in laying hens

M. Brenet , Andrea Rau , Colette Désert , Morgane Boutin , Kévin Muret
36. Conference of the International Society for Animal Genetics (ISAG), Jul 2017, Dublin, Ireland. 2017, ISAG 2017 - Genomes to Phenomes - Abstract Book
Poster de conférence hal-01621916v1

Recherche de régions génomiques responsables du diabète insipide et de la couleur de la coquille celadon chez la Caille japonaise par RADseq

Sophie Leroux , Anna Marissal , Maria Bernard , Diane Esquerre , Johanna Barbieri
12. Journées de la Recherche Avicole et des Palmipèdes à Foie Gras, Apr 2017, Tours, France. ITAVI - Institut Technique de l'Aviculture, Journées de la Recherche Avicole et des Palmipèdes à Foie Gras, 12, 2017, Journées de la Recherche Avicole et des Palmipèdes à Foie Gras
Poster de conférence hal-01604801v1
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Liver and whole blood transcriptome response to chronic heat exposure in laying hens

Frédéric Jehl , Andrea Rau , Colette Désert , Morgane Boutin , Kévin Muret
36. Conference of the International Society for Animal Genetics (ISAG), Jul 2017, Dublin, Ireland. 2017, Proceedings of the 36th International Conference on Animal Genetics
Poster de conférence hal-01605567v1

La combinaison de cartographie de signatures de sélection, de re-séquençage de génomes et d'analyses d'expression révèle PARK2 et JAG2 comme nouveaux genes candidats régulant l'adiposité

Pierre-François Roux , Simon Boitard , Anne Blum , Brian Parks , Alexandra Montagner
11. Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à Foie Gras, Mar 2015, Tours, France. ITAVI - Institut Technique de l'Aviculture, Journées de la Recherche Avicole et des Palmipèdes à Foie Gras, 2015, Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à Foie Gras
Poster de conférence hal-01194116v1
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Development of polymorphic markers in quail by next generation sequencing

Mireille Morisson , Florence Vignoles , Katia Feve , Sophie Leroux , David Gourichon
32nd Conference of the International Society of Animal Genetics (ISAG), Jul 2010, Edinburgh, United Kingdom. 2010, Proceedings of the 32nd International Conference on Animal Genetics
Poster de conférence hal-01193847v1