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Christophe PLOMION

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Directeur d'Unité Equipe E4E
Directeur de recherche - HDR Directeur d'Unité Equipe E4E

Publications

"jean-marc-aury"

Estimation of contemporary effective population size in plant populations: limitations of genomic datasets

Roberta Gargiulo , Véronique Decroocq , Santiago González-Martínez , Ivan Paz-Vinas , Jean-Marc Aury
Tree Genetics and Genomes, 2023, 15 (5), pp.76. ⟨10.1101/2023.07.18.549323⟩
Article dans une revue hal-04230362v1

Tracking population structure and phenology through time using ancient genomes from waterlogged white oak wood

Stefanie Wagner , Andaine Seguin-Orlando , Jean-Charles Leplé , Thibault Leroy , Céline Lalanne
Molecular Ecology, 2023, ⟨10.1111/mec.16859⟩
Article dans une revue hal-04158430v1
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Oak stands along an elevation gradient have different molecular strategies for regulating bud phenology

Gregoire Le Provost , Céline Lalanne , Isabelle Lesur , Jean-Marc Louvet , Sylvain Delzon
BMC Plant Biology, 2023, 23 (108), ⟨10.1186/s12870-023-04069-2⟩
Article dans une revue hal-04003618v1
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Genome‐wide evolutionary response of European oaks during the Anthropocene

Dounia Saleh , Jun Chen , Jean-Charles Leplé , Thibault Leroy , Laura Truffaut
Evolution Letters, 2022, 6 (1), pp.4-20. ⟨10.1002/evl3.269⟩
Article dans une revue hal-03553889v1
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A Chromosome-level genome assembly of the European Beech (Fagus sylvatica) reveals anomalies for organelle DNA integration, repeat Content and distribution of SNPs

Bagdevi Mishra , Bartosz Ulaszewski , Joanna Meger , Jean-Marc Aury , Catherine Bodénès
Frontiers in Genetics, 2022, 12, pp.691058. ⟨10.3389/fgene.2021.691058⟩
Article dans une revue hal-03602006v1
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Gene expression and genetic divergence in oak species highlight adaptive genes to soil water constraints

Grégoire Le Provost , Benjamin Brachi , Isabelle Lesur , Céline Lalanne , Karine Labadie
Plant Physiology, 2022, 190 (4), pp.2466-2483. ⟨10.1093/plphys/kiac420/6692722⟩
Article dans une revue hal-03771214v1

Adaptive introgression as a driver of local adaptation to climate in European white oaks

Thibault Leroy , Jean-Marc Louvet , Céline Lalanne , Grégoire Le Provost , Karine Labadie
New Phytologist, 2020, 226 (4), pp.1171-1182. ⟨10.1111/nph.16095⟩
Article dans une revue hal-02627923v1
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Massive postglacial gene flow between European white oaks uncovered genes underlying species barriers

Thibault Leroy , Quentin Rougemont , Jean-Luc Dupouey , Catherine Bodenes , Céline Lalanne
New Phytologist, 2019, online fisrt, pp.1-15. ⟨10.1111/nph.16039⟩
Article dans une revue hal-02622295v1
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Oak genome reveals facets of long lifespan

Christophe Plomion , Jean-Marc Aury , Joelle Amselem , Thibault Leroy , Florent Murat
Nature Plants, 2018, 4 (7), pp.440-452. ⟨10.1038/s41477-018-0172-3⟩
Article dans une revue hal-01820559v1
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Hardwood tree genomics: unlocking woody plant biology

Gerald A. Tuskan , Andrew T. Groover , Jeremy Schmutz , Stephen Paul Difazio , Alexander Myburg
Frontiers in Plant Science, 2018, 9, pp.1-9. ⟨10.3389/fpls.2018.01799⟩
Article dans une revue hal-02622509v1
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Extensive recent secondary contacts between four European white oak species

Thibault Leroy , Camille Roux , Laure Villate , Catherine Bodénès , Jonathan Romiguier
New Phytologist, 2017, 214 (2), pp.865-878. ⟨10.1111/nph.14413⟩
Article dans une revue hal-01608621v1

Implication of the suberin pathway in adaptation to waterlogging and hypertrophied lenticels formation in pedunculate oak (Quercus robur L.)

Grégoire Le Provost , Isabelle Lesur Kupin , Céline Lalanne , Corinne da Silva , Karine Labadie
Tree Physiology, 2016, 36 (11), pp.1330-1342. ⟨10.1093/treephys/tpw056⟩
Article dans une revue hal-01602423v1
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The oak gene expression atlas: insights into Fagaceae genome evolution and the discovery of genes regulated during bud dormancy release

Isabelle Lesur , Grégoire G. Le Provost , Pascal Bento , Corinne da Silva , Jean-Charles Leplé
BMC Genomics, 2015, 16 (1), pp.112. ⟨10.1186/s12864-015-1331-9⟩
Article dans une revue hal-02285504v1

Decoding the oak genome: public release of sequence data, assembly, annotation and publication strategies.

Christophe Plomion , Jean-Marc Aury , Joëlle Amselem , Tina Alaeitabar , Valérie Barbe
Molecular Ecology Resources, 2015, 16 (1), pp.254-265. ⟨10.1111/1755-0998.12425⟩
Article dans une revue hal-01579667v1
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An integrated information system dedicated to oak genomics and genetics

Joëlle Amselem , Nicolas Francillonne , Célia Michotey , Thomas Letellier , Jean-Marc Aury
PAG XXVI Plant and Animal Genome Conference, Jan 2018, San Diego, United States. pp.27 slides
Communication dans un congrès hal-01839185v1

Discovering genes involved in ecological speciation in European white oaks using an RNAseq approach

Grégoire G. Le Provost , Isabelle Lesur Kupin Lesur , Céline C. Lalanne , Karine Labadie , Jean Marc Aury
Genomics and Forest Tree Genetics Conference, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., May 2016, Arcachon, France. 134 p
Communication dans un congrès hal-02741267v1

Oak genome sequencing and evolution

Jerome J. Salse , Jean Marc Aury , Florent Murat , Sébastien Faye , Karine Labadie
Genomics and Forest Tree Genetics Conference, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., May 2016, Arcachon, France. 134 p
Communication dans un congrès hal-02741698v1

Identification of recent secondary contacts between four morphologically distinct oak species

Thibault Leroy , Camille Roux , Catherine Bodenes-Brezard Bodénès , Jean-Marc Aury , Antoine Kremer
Genomics and Forest Tree Genetics Conference, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., May 2016, Arcachon, France. 134 p
Communication dans un congrès hal-02743580v1

Annotation of the oak genome sequence and associated bioinformatic resources

Joelle J. Amselem , Jean Marc Aury , Nicolas Francillonne , Tina Alaeitabar , Corinne da Silva
IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., May 2016, Arcachon, France. 134 p
Communication dans un congrès hal-02741128v1

Sequencing and analysis of the oak transcriptome using RNA-seq technologies

Isabelle Lesur Kupin Lesur , Grégoire G. Le Provost , Céline C. Lalanne , François Ehrenmann , Céline Noirot
IUFRO working group “Genetics of Quercus and Nothofagus”, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., Oct 2012, Bordeaux, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-02806071v1

Development of genomic resources to study the structure, function and evolution of the oak genome

Christophe Plomion , Joelle J. Amselem , Jean-Marc Aury , Catherine Bodenes , Emilie Chancerel
IUFRO working group "Genetics of Quercus and Nothofagus", Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., Oct 2012, Bordeaux, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-01019850v1
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A computational architecture designed for genome annotation: oak genome sequencing project as a use case

Nicolas Francillonne , Tina Alaeitabar , Françoise Alfama-Depauw , Loïc Couderc , Claire Guerche
JOBIM 2015 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-ferrand, France. 2015
Poster de conférence hal-01246649v1

From whole-genome scans for divergence to the discovery of speciation genes in oaks

Thibault Leroy , Jean Marc Aury , Catherine Bodenes-Brezard Bodénès , Laure Villate , Grégoire G. Le Provost
15. Congress of the European Society for Evolutionary Biology (ESEB), Aug 2015, Lausanne, Switzerland. , 1 p., 2015
Poster de conférence hal-02797182v1