Andaine Seguin-Orlando

Maîtresse de conférences en paléogénomique
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Publications

Publications

Sustainability insights from Late Pleistocene climate change and horse migration patterns

Yvette Running Horse Collin , Clément Bataille , Samantha Hershauer , Mila Hunska Tašunke Icu , Akil Nujipi et al.
Science, 2025, 388 (6748), pp.748-755. ⟨10.1126/science.adr2355⟩
Article dans une revue hal-05216355 v1
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Sustainability insights from Late Pleistocene climate change and horse migration patterns

Yvette Running Horse Collin , Clément Bataille , Samantha Hershauer , Mila Hunska Tašunke Icu , Akil Nujipi et al.
Science, 2025, 388 (6748), pp.748-755. ⟨10.1126/science.adr2355⟩
Article dans une revue hal-05343796 v1
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The genomic history of Iberian horses since the last Ice Age

Jaime Lira Garrido , Gaétan Tressières , Lorelei Chauvey , Stéphanie Schiavinato , Laure Calvière-Tonasso et al.
Nature Communications, 2025, 16 (1), pp.7098. ⟨10.1038/s41467-025-62266-z⟩
Article dans une revue hal-05220396 v1
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Validating a Target-Enrichment Design for Capturing Uniparental Haplotypes in Ancient Domesticated Animals

Kuldeep D More , Ophélie Lebrasseur , Jaime Lira Garrido , Andaine Seguin-Orlando , Emmanuel Discamps et al.
Molecular Ecology Resources, 2025, ⟨10.1111/1755-0998.14112⟩
Article dans une revue hal-05027853 v1

Tracking population structure and phenology through time using ancient genomes from waterlogged white oak wood

Stefanie Wagner , Andaine Seguin-Orlando , Jean-Charles Leplé , Thibault Leroy , Céline Lalanne et al.
Molecular Ecology, 2024, 33 (3), ⟨10.1111/mec.16859⟩
Article dans une revue hal-04717422 v1
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Long genetic and social isolation in Neanderthals before their extinction

Ludovic Slimak , Tharsika Vimala , Andaine Seguin-Orlando , Clément Zanolli , Laure Metz et al.
Cell Genomics, 2024, 4 (9), pp.100593. ⟨10.1016/j.xgen.2024.100593⟩
Article dans une revue hal-04709009 v1
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Widespread horse-based mobility arose around 2,200 BCE in Eurasia

Pablo Librado , Gaetan Tressières , Lorelei Chauvey , Antoine Fages , Naveed Khan et al.
Nature, 2024, 631 (8022), ⟨10.1038/s41586-024-07597-5⟩
Article dans une revue hal-04607980 v1
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Improving the extraction of ancient Yersinia pestis genomes from the dental pulp

Pierre Clavel , Lexane Louis , Clio Der Sarkissian , Catherine Thèves , Claudia Gillet et al.
iScience, 2023, 26 (5), pp.106787. ⟨10.1016/j.isci.2023.106787⟩
Article dans une revue hal-04510941 v1

Interdisciplinary evidence for early domestic horse exploitation in southern Patagonia

William Timothy Treal Taylor , Juan Bautista Belardi , Ramiro Barberena , Joan Brenner Coltrain , Flavia Carballo Marina et al.
Science Advances , 2023, 9 (49), ⟨10.1126/sciadv.adk5201⟩
Article dans une revue hal-04729939 v1
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Early dispersal of domestic horses into the Great Plains and northern Rockies

William Timothy Treal Taylor , Pablo Librado , Mila Hunska Tašunke Icu , Carlton Shield Chief Gover , Jimmy Arterberry et al.
Science, 2023, 379 (6639), pp.1316-1323. ⟨10.1126/science.adc9691⟩
Article dans une revue hal-04065852 v1
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DNA methylation-based profiling of horse archaeological remains for age-at-death and castration

Xuexue Liu , Andaine Seguin- Orlando , Lorelei Chauvey , Gaëtan Tressières , Laure Tonasso-Calvie et al.
iScience, 2023, 26 (3), pp.106144. ⟨10.1016/j.isci.2023.106144⟩
Article dans une revue cea-04286440 v1
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Improving the extraction of ancient Yersinia pestis genomes from the dental pulp

Pierre Clavel , Lexane Louis , Clio Der Sarkissian , Catherine Thèves , Claudia Gillet et al.
iScience, 2023, 26 (5), pp.106787. ⟨10.1016/j.isci.2023.106787⟩
Article dans une revue hal-04242136 v1

A late Neanderthal reveals genetic isolation in their populations before extinction

Ludovic Slimak , Tharsika Vimala , Andaine Seguin-Orlando , Laure Metz , Clément Zanolli et al.
Article dans une revue halshs-04267849 v1
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Historical management of equine resources in France from the Iron Age to the Modern Period: a cross disciplinary approach

Pierre Clavel , Jean Dumoncel , Clio Der Sarkissian , Andaine Seguin-Orlando , Laure Calvière-Tonasso et al.
Bulletins et Mémoires de la Société d'anthropologie de Paris, 2022, 34 ((S)), pp.4627-4647. ⟨10.4000/bmsap.8460⟩
Article dans une revue hal-05023241 v1
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Modern human incursion into Neanderthal territories 54,000 years ago at Mandrin, France

Ludovic Slimak , Clément Zanolli , Tom Higham , Marine Frouin , Jean-Luc Schwenninger et al.
Science Advances , 2022, 8 (6), ⟨10.1126/sciadv.abj9496⟩
Article dans une revue hal-03604105 v1
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The genomic history and global expansion of domestic donkeys

Evelyn Todd , Laure Tonasso-Calvière , Loreleï Chauvey , Stéphanie Schiavinato , Antoine Fages et al.
Science, 2022, 377 (6611), pp.1172-1180. ⟨10.1126/science.abo3503⟩
Article dans une revue hal-03827857 v1
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Grey wolf genomic history reveals a dual ancestry of dogs

Anders Bergström , David W. G. Stanton , Ulrike H. Taron , Laurent Frantz , Mikkel-Holger S. Sinding et al.
Nature, 2022, 607, pp.313-320. ⟨10.1038/s41586-022-04824-9⟩
Article dans une revue hal-03717833 v1
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Assessing the impact of USER‐treatment on hyRAD capture applied to ancient DNA

Tomasz Suchan , Lorelei Chauvey , Marine Poullet , Laure Tonasso-Calvière , Stéphanie Schiavinato et al.
Molecular Ecology Resources, 2022, 22 (6), pp.2262-2274. ⟨10.1111/1755-0998.13619⟩
Article dans une revue hal-03827861 v1
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Sex in the city: Uncovering sex-specific management of equine resources from prehistoric times to the Modern Period in France

Benoît Clavel , Sébastien Lepetz , Loreleï Chauvey , Stéphanie Schiavinato , Laure Tonasso-Calvière et al.
Journal of Archaeological Science: Reports, 2022, 41, pp.103341. ⟨10.1016/j.jasrep.2022.103341⟩
Article dans une revue halshs-03755076 v1
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Heterogeneous Hunter-Gatherer and Steppe-Related Ancestries in Late Neolithic and Bell Beaker Genomes from Present-Day France

Andaine Seguin-Orlando , Richard Donat , Clio Der Sarkissian , John Southon , Catherine Thèves et al.
Current Biology, 2021, 31 (5), pp.1072-1083.e10. ⟨10.1016/j.cub.2020.12.015⟩
Article dans une revue hal-03150872 v1
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Historical management of equine resources in France from the Iron Age to the Modern Period

Sébastien Lepetz , Benoît Clavel , Duha Alioğlu , Lorelei Chauvey , Stéphanie Schiavinato et al.
Journal of Archaeological Science: Reports, 2021, 40 (B), pp.103250. ⟨10.1016/j.jasrep.2021.103250⟩
Article dans une revue hal-03431948 v1
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Assessing the predictive taxonomic power of the bony labyrinth 3D shape in horses, donkeys and their F1-hybrids

Pierre Clavel , Jean Dumoncel , Clio Der Sarkissian , Andaine Seguin-Orlando , Laure Calvière-Tonasso et al.
Journal of Archaeological Science, 2021, 131, pp.105383. ⟨10.1016/j.jas.2021.105383⟩
Article dans une revue hal-03413040 v1
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Identifying a living great-grandson of the Lakota Sioux leader Tatanka Iyotake (Sitting Bull)

Ida Moltke , Thorfinn Sand Korneliussen , Andaine Seguin-Orlando , J. Víctor Moreno-Mayar , Ernie Lapointe et al.
Science Advances , 2021, 7 (44), ⟨10.1126/sciadv.abh2013⟩
Article dans une revue hal-04780842 v1
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Ancient horse genomes reveal the timing and extent of dispersals across the Bering Land Bridge

Alisa Vershinina , Peter Heintzman , Duane Froese , Grant Zazula , Molly Cassatt‐johnstone et al.
Molecular Ecology, 2021, ⟨10.1111/mec.15977⟩
Article dans une revue hal-03431968 v1
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The origins and spread of domestic horses from the Western Eurasian steppes

Pablo Librado , Naveed Khan , Antoine Fages , Mariya A Kusliy , Tomasz Suchan et al.
Nature, 2021, 598 (7882), pp.634-640. ⟨10.1038/s41586-021-04018-9⟩
Article dans une revue hal-03425363 v1
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No particular genomic features underpin the dramatic economic consequences of 17th century plague epidemics in Italy

Andaine Seguin-Orlando , Caroline Costedoat , Clio Der Sarkissian , Stéfan Tzortzis , Célia Kamel et al.
iScience, 2021, 24 (4), pp.102383. ⟨10.1016/j.isci.2021.102383⟩
Article dans une revue hal-03356277 v1
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Horse males became over-represented in archaeological assemblages during the Bronze Age

Antoine Fages , Andaine Seguin-Orlando , Mietje Germonpré , Ludovic Orlando
Journal of Archaeological Science: Reports, 2020, 31, pp.102364. ⟨10.1016/j.jasrep.2020.102364⟩
Article dans une revue hal-03030301 v1
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CASCADE: A Custom-Made Archiving System for the Conservation of Ancient DNA Experimental Data

Dirk Dolle , Antoine Fages , Xavier Mata , Stéphanie Schiavinato , Laure Tonasso-Calvière et al.
Frontiers in Ecology and Evolution, 2020, 8, pp.185. ⟨10.3389/fevo.2020.00185⟩
Article dans une revue hal-02910989 v1
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Tracking Five Millennia of Horse Management with Extensive Ancient Genome Time Series

Antoine Fages , Kristian Hanghøj , Naveed Khan , Charleen Gaunitz , Andaine Seguin-Orlando et al.
Cell, 2019, 177 (6), pp.1419-1435.e31. ⟨10.1016/j.cell.2019.03.049⟩
Article dans une revue hal-02166928 v1
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Ancient genomes revisit the ancestry of domestic and Przewalski’s horses

Charleen Gaunitz , Antoine Fages , Kristian Hanghøj , Anders Albrechtsen , Naveed Khan et al.
Science, 2018, 360 (6384), pp.111-114. ⟨10.1126/science.aao3297⟩
Article dans une revue hal-02406833 v1
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High-Throughput DNA sequencing of ancient wood

Stefanie Wagner , Frédéric Lagane , Andaine Seguin-Orlando , Mikkel Schubert , Thibault Leroy et al.
Molecular Ecology, 2018, 27 (5), pp.1138-1154. ⟨10.1111/mec.14514⟩
Article dans une revue hal-01783724 v1
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The prehistoric peopling of Southeast Asia

Hugh Mccoll , Fernando Racimo , Lasse Vinner , Fabrice Demeter , Takashi Gakuhari et al.
Science, 2018, 361 (6397), pp.88-92. ⟨10.1126/science.aat3628⟩
Article dans une revue halshs-02185511 v1
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Improved de novo genomic assembly for the domestic donkey

Gabriel Renaud , Bent Petersen , Andaine Seguin-Orlando , Mads Frost Bertelsen , Andrew Waller et al.
Science Advances , 2018, 4 (4), pp.eaaq0392. ⟨10.1126/sciadv.aaq0392⟩
Article dans une revue hal-02170860 v1
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Ancient genomes show social and reproductive behavior of early Upper Paleolithic foragers

Martin Sikora , Andaine Seguin-Orlando , Vitor C. Sousa , Anders Albrechtsen , Thorfinn Korneliussen et al.
Science, 2017, 358 (6363), pp.659-662. ⟨10.1126/science.aao1807⟩
Article dans une revue hal-03207795 v1
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Less effective selection leads to larger genomes

Tristan Lefébure , Claire Morvan , Florian Malard , Clémentine François , Lara Konecny-Dupré et al.
Genome Research, 2017, 27, pp.1016-1028. ⟨10.1101/gr.212589.116⟩
Article dans une revue hal-01544879 v2
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Evaluating the impact of domestication and captivity on the horse gut microbiome

Jessica L Metcalf , Se Jin Song , James T Morton , Sophie Weiss , Andaine Seguin-Orlando et al.
Scientific Reports, 2017, 7 (1), ⟨10.1038/s41598-017-15375-9⟩
Article dans une revue hal-04781445 v1
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Zonkey : a simple, accurate and sensitive pipeline to genetically identify equine F1-hybrids in archaeological assemblages

Mikkel Schubert , Marjan Mashkour , Charleen Gaunitz , Antoine Fages , Andaine Seguin-Orlando et al.
Journal of Archaeological Science, 2017, 78, pp.147-157. ⟨10.1016/j.jas.2016.12.005⟩
Article dans une revue hal-04036146 v1
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Evolutionary Genomics and Conservation of the Endangered Przewalski’s Horse

Clio Der Sarkissian , Luca Ermini , Mikkel Schubert , Melinda A Yang , Pablo Librado et al.
Current Biology, 2015, 25 (19), ⟨10.1016/j.cub.2015.08.032⟩
Article dans une revue hal-04781443 v1

Mitochondrial genomes reveal the extinct Hippidion as an outgroup to all living equids

Clio Der Sarkissian , Julia Vilstrup , Mikkel Schubert , Andaine Seguin-Orlando , David Eme et al.
Biology Letters, 2015, 11 (20141058), pp.1-5. ⟨10.1098/rsbl.2014.1058⟩
Article dans une revue hal-01323150 v1
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Pros and cons of methylation-based enrichment methods for ancient DNA

Andaine Seguin-Orlando , Cristina Gamba , Clio Der Sarkissian , Luca Ermini , Guillaume Louvel et al.
Scientific Reports, 2015, 5 (1), ⟨10.1038/srep11826⟩
Article dans une revue hal-04781448 v1
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Tracking the origins of Yakutian horses and the genetic basis for their fast adaptation to subarctic environments

Pablo Librado , Clio Der Sarkissian , Luca Ermini , Mikkel Schubert , Hákon Jónsson et al.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2015, ⟨10.1073/pnas.1513696112⟩
Article dans une revue hal-01256914 v1
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Genomic evidence for the Pleistocene and recent population history of Native Americans

Maanasa Raghavan , Matthias Steinrücken , Kelley Harris , Stephan Schiffels , Simon Rasmussen et al.
Science, 2015, 349 (6250), pp.aab3884-aab3884. ⟨10.1126/science.aab3884⟩
Article dans une revue hal-02112773 v1

Sexualités préhistoriques: les apports de l’ADN ancien

Andaine Seguin-Orlando
Sexualités : l’intimité entre normes et singularités, Université de Pau et des Pays de l’Adour, Apr 2024, Pau, France
Communication dans un congrès hal-04785404 v1

anthropYXX, a molecular proxy for gender contrasts at the Neolithic to Bronze Age transition

Andaine Seguin-Orlando
Beyond Genetics: Exploring Non-Biological Kinship in Prehistoric Times, Austrian Academy of Science, Oct 2024, Vienna, Austria
Communication dans un congrès hal-04781542 v1

La peste: Quels impacts sur les populations humaines ?

Raphaëlle Coton , Laëtitia Bouniol , Emeline Verna , Andaine Seguin-Orlando , Caroline Costedoat
9èmes Journées des Doctorant.e.s, Laboratoire Population Environnement Développement, Nov 2022, Marseille, France
Communication dans un congrès hal-04036394 v1

Improving wet-laboratory procedures toward ancient epigenome characterization and ancient pathogens detection

Andaine Seguin-Orlando , Pierre Clavel , Ludovic Orlando
Journées de la Société d'anthropologie de Paris, Société d'anthropologie de Paris, Jan 2022, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-04781526 v1

La Maladrerie Saint-Lazare de Beauvais (Oise, France): Etude anthropo-biologique d'un charnier de pestiférés du XVIIème siècle

Raphaëlle Coton , Laëtitia Bouniol , Emeline Verna , Andaine Seguin-Orlando , Caroline Costedoat
29ème Congrès de l'ED Sciences de l'Environnement, May 2022, Marseille, France
Communication dans un congrès hal-03894383 v1

Hétérogénéité des ascendances mésolithiques et steppiques dans des génomes d’individus du Néolithique et du Campaniforme du territoire français

Andaine Seguin-Orlando , Richard Donat , Clio Der Sarkissian , John Southon , Catherine Thèves et al.
Journées de la Société d'Anthropologie de Paris, Jan 2021, Paris, France. https://journals.openedition.org/bmsap/7187
Communication dans un congrès hal-03677512 v1

Approches archéogénomiques de sépultures collectives néolithiques en hypogée

Andaine Seguin-Orlando , Clio Der Sarkissian , Richard Donat , Catherine Thèves , Eric Crubézy et al.
Journées de la Société d'anthropologie de Paris 2020, Société d'anthropologie de Paris, Jan 2020, Aix-en-Provence, France
Communication dans un congrès hal-04781474 v1

Les apports de la paléogénomique à la caractérisation de l'impact de la colonisation russe sur les liens sociaux et biologiques en Yakutie

Andaine Seguin-Orlando , Kristian Hanghøj , Clio Der Sarkissian , Sylvie Duchesnes , Patrice Gérard et al.
Journées de la Société d'anthropologie de Paris 2019, Société d'anthropologie de Paris, Jan 2019, Paris, France
Communication dans un congrès hal-04781156 v1