Ariane Bize

Publications

Communication dans un congrès (15)

Digestion anaérobie mésophile des boues d'épuration municipales sous fortes concentrations de propionate de sodium en conditions semicontinues : inhibition et modifications de la communauté microbienne Joel Awinzure Agumah,Xiaojun Liu,Laura André,Camille Auneau,Sophie Thibaultet al. Journée Recherche Innovation Biogaz Méthanisation 2026, Mar 2026, Nancy, France Communication dans un congrès hal-05569770v1
Inhibition de la digestion anaérobie des boues d'épuration urbaines par le propionate de sodium : production de biogaz et évolution de la communauté microbienne dans des réacteurs semi-continus Joel Awinzure Agumah,Xiaojun Liu,Chloé Soulard,Laura André,André Pausset al. 19e Congrès de la Société Française du Génie des Procédés (SFGP 2024), Société Française du Génie des Procédés, Oct 2024, Deauville, France Communication dans un congrès hal-05306554v1
Converting biowaste into biomolecules using saline and non-saline microbial electrolyzers Louise Rigaud,Chrystelle Bureau,Ariane Bize,Théodore Bouchez Microbes, 19e Congrès National de la SFM, Société Française de Microbiologie (SFM), Oct 2024, Lille, France Communication dans un congrès hal-04926148v1
Creating a comprehensive framework for leveraging meta-omic data in environmental biotechnology processes Emilie Fernandez,Ariane Bize,Elie Desmond-Le Quéméner,Virginie Rossard,Eric Latrille Séminaire résidentiel INRAE Semantic Linked Data, CATI DIISCICO; CATI CODEX; réseau In-OVIVE, Oct 2023, Cap d'Agde, France Communication dans un congrès hal-04664508v1
Co-digestion anaérobie de boues urbaines : effets du fumier et de la fraction organique des déchets ménagers employés comme cosubstrats, sur la composition des communautés microbienne Ariane Bize,Sabrina Guérin-Rechdaoui,Franciele Pereira Camargo,Vincent Rocher,Elise Alibertet al. 25ème édition des Journées Information Eaux (JIE), Oct 2022, Poitiera, France Communication dans un congrès hal-04493115v1
Mining anaerobic digestion data with DeepOmics and Easy16S, user-friendly tools for environmental engineering meta-omics data Ariane Bize ICBM-4 ( 4th International Conference on Biogas Microbiology), May 2022, Braga, Portugal Communication dans un congrès hal-04362416v1
Characterization of virus-host dynamics in anaerobic digesters under abiotic stress Marion Coves,Laurent Mazéas,Olivier Chapleur,Cédric Midoux,Ludwig E Jardillieret al. 17e Congrès National de la Société Française de Microbiologie, Société Française de Microbiologie, Oct 2022, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-04356630v1
Diversity of novel viruses infecting methanogenic archaea, discovered through coupling of stable isotope probing and metagenomics Hoang Ngo,François Enault,Cédric Midoux,Mahendra Mariadassou,Olivier Chapleuret al. Phages in Paris, Phages.fr, Oct 2022, Paris, France Communication dans un congrès hal-04357012v1
Exploration de la diversité des virus d'archées méthanogènes dans les procédés de digestion anaérobie, par des approches isotopiques et métagénomiques Ariane Bize 10ème Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne, AFEM (Association Francophone d'Ecologie Microbienne), Nov 2021, Marseille, France Communication dans un congrès hal-04359744v1
Utiliser des données méta-omiques pour piloter les procédés de méthanisation : le projet DeepOmics Ariane Bize Ariane Bize JRI Biogaz méthanisation 2020 (journées recherche innovation), CTBM (ATEE), Sep 2020, Toulouse, France Communication dans un congrès hal-04362402v1
K-mer approaches provide valuable insight into mobilome evolution in the domain Archaea Ariane Bize,Violette Da Cunha,Cédric Midoux,Sophie Schbath,Patrick Forterre Viruses of Microbes 2018, Jul 2018, Wroclaw, Poland Communication dans un congrès hal-04360247v1
K-mer approaches provide valuable insight into mobilome evolution in the domain Archaea Ariane Bize,Violette Da Cunha,Cédric Midoux,Sophie Schbath,Patrick Forterre Phages in Bordeaux, Phages.fr, Sep 2018, Bordeaux, France Communication dans un congrès hal-04360213v1
Degradation potential of S-metolachlor in an artificial wetland ecosystem: microcosm assessment Carolina Hoyos-Hernandez,Ariane Bize,T. Bouchez,Laurent Mazéas,Elodie Passeportet al. Meeting of SWS/WETPOL and Biogeochemistry symposium, Jul 2011, Prague, Czech Republic. 8 p Communication dans un congrès hal-01111052v1
From cow and termite to lab-scale anaerobic processes? Two experiments with biomimetism Jean-Jacques Godon,Renaud Escudié,Audrey Battimelli,Michel Torrijos,Ariane Bizeet al. IWA 2012 World Water Congress & Exhibition, International Water Association (IWA). INT., Sep 2012, Busan, South Korea Communication dans un congrès hal-01204492v1
How to get 500 million years of experience in anaerobic digestion: animal mimicking Jean-Jacques Godon,Laure Arcemisbehere,Renaud Escudie,Ariane Bize,Alain Guillotet al. 12th World Congress on anaerobic digestion, Oct 2010, Guadalajara, Mexico Communication dans un congrès hal-01204250v1

Article dans une revue (28)

Summary of taxonomy changes ratified by the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) from the Archaeal Viruses Subcommittee, 2025 Mart Krupovic,Diana Paola Baquero,Eduardo A Bignon,Ariane Bize,Guillaume Borrelet al. Journal of General Virology, 2025, 106 (7), pp.002117. ⟨10.1099/jgv.0.002117⟩ Article dans une revue pasteur-05212168v1
Establishing Host–Virus Link Through Host Metabolism: Viral DNA SIP Validation Using T4 Bacteriophage and E. coli Vuong Quoc Hoang Ngo,Maximilien Sotomski,Angeline Guenne,Mahendra Mariadassou,Mart Krupovicet al. Current Microbiology, 2024, 81 (9), pp.266. ⟨10.1007/s00284-024-03774-x⟩ Article dans une revue pasteur-04647500v1
Easy16S: a user-friendly Shiny web-service for exploration and visualization of microbiome data. Cédric Midoux,Olivier Rué,Olivier Chapleur,Ariane Bize,Valentin Louxet al. Journal of Open Source Software, 2024, 9 (103), pp.6704. ⟨10.21105/joss.06704⟩ Article dans une revue hal-04785149v1
Impacts of disinfected wastewater irrigation on soil characteristics, microbial community composition, and crop yield Lays Paulino Leonel,Ariane Bize,Mahendra Mariadassou,Cédric Midoux,Jerusa Schneideret al. Blue-Green Systems, 2022, 4 (2), pp.247-271. ⟨10.2166/bgs.2022.126⟩ Article dans une revue hal-03894086v1
Diversity of novel archaeal viruses infecting methanogens discovered through coupling of stable isotope probing and metagenomics Vuong Quoc Hoang Ngo,François Enault,Cédric Midoux,Mahendra Mariadassou,Olivier Chapleuret al. Environmental Microbiology, 2022, ⟨10.1111/1462-2920.16120⟩ Article dans une revue hal-03727436v1
Wild type and variants of SARS-COV-2 in Parisian sewage: presence in raw water and through processes in wastewater treatment plants Melissa López Viveros,Sam Azimi,Elodie Pichon,C. Roose-Amsaleg,Ariane Bizeet al. Environmental Science and Pollution Research, 2022, 29 (44), pp.67442-67449. ⟨10.1007/s11356-022-22665-x⟩ Article dans une revue hal-03776214v1
Microbial and functional characterization of granulated sludge from full-scale UASB thermophilic reactor applied to sugarcane vinasse treatment Franciele Pereira Camargo,Isabel Kimiko Sakamoto,Tiago Palladino Delforno,Cédric Midoux,Iolanda Cristina Silveira Duarteet al. Environmental Technology, 2022, pp.1-42. ⟨10.1080/09593330.2022.2052361⟩ Article dans une revue hal-03634517v1
Fate of SARS-CoV-2 coronavirus in wastewater treatment sludge during storage and thermophilic anaerobic digestion Sabrina Guérin-Rechdaoui,Ariane Bize,Camille Levesque-Ninio,Alice Janvier,Carlyne Lacroixet al. Environmental Research, 2022, 214 (Pt 4), pp.114057. ⟨10.1016/j.envres.2022.114057⟩ Article dans une revue hal-03776208v1
Bacterial Consumption of T4 Phages Jean-Jacques Godon,Ariane Bize,Hoang Ngo,Laurent Cauquil,Mathieu Almeidaet al. Microorganisms, 2021, 9 (9), pp.1852. ⟨10.3390/microorganisms9091852⟩ Article dans une revue hal-03386267v1
Microbial and functional characterization of an allochthonous consortium applied to hydrogen production from Citrus Peel Waste in batch reactor in optimized conditions Franciele Pereira Camargo,Isabel Kimiko Sakamoto,Tiago Palladino Delforno,Mahendra Mariadassou,Valentin Louxet al. Journal of Environmental Management, 2021, 291, pp.112631. ⟨10.1016/j.jenvman.2021.112631⟩ Article dans une revue hal-03211333v1
Gradual development of ammonia-induced syntrophic acetate-oxidizing activities under mesophilic and thermophilic conditions quantitatively tracked using multiple isotopic approaches Liping Hao,Lu Fan,Olivier Chapleur,Angéline Guenne,Ariane Bizeet al. Water Research, 2021, 204, ⟨10.1016/j.watres.2021.117586⟩ Article dans une revue hal-03331143v1
Exploring short k-mer profiles in cells and mobile elements from Archaea highlights the major influence of both the ecological niche and evolutionary history Ariane Bize,Cédric Midoux,Mahendra Mariadassou,Sophie Schbath,Patrick Forterreet al. BMC Genomics, 2021, 22, ⟨10.1186/s12864-021-07471-y⟩ Article dans une revue hal-03176011v1
Screening design of nutritional and physicochemical parameters on bio-hydrogen and volatile fatty acids production from Citrus Peel Waste in batch reactors Franciele Pereira Camargo,Isabel Kimiko Sakamoto,Ariane Bize,Iolanda Cristina Silveira Duarte,Edson Luiz Silvaet al. International Journal of Hydrogen Energy, 2021, 46 (11), pp.7794-7809. ⟨10.1016/j.ijhydene.2020.06.084⟩ Article dans une revue hal-03351380v1
Comparative metatranscriptomic analysis of anaerobic digesters treating anionic surfactant contaminated wastewater Tiago P. Delforno,Thais Z. Macedo,Cedric Midoux,Gileno V. Lacerda,Olivier Ruéet al. Science of the Total Environment, 2019, 2019 (649), pp.482-494. ⟨10.1016/j.scitotenv.2018.08.328⟩ Article dans une revue hal-01888286v1
Whole Proteome Analyses on Ruminiclostridium cellulolyticum Show a Modulation of the Cellulolysis Machinery in Response to Cellulosic Materials with Subtle Differences in Chemical and Structural Properties Nelly Badalato,A. Guillot,V. Sabarly,M. Dubois,Nina Pouretteet al. PLoS ONE, 2017, 12 (1), pp.e0170524. ⟨10.1371/journal.pone.0170524⟩ Article dans une revue hal-01555491v1
Impact of wet aerobic pretreatments on cellulose accessibility and bacterial communities in rape straw J.H Tian,A.M. Pourcher,A. Bize,A Wazeri,Pascal Peu Bioresource Technology, 2017, 237, pp.31-38. ⟨10.1016/j.biortech.2017.03.142⟩ Article dans une revue hal-02606454v1
Community shifts within anaerobic digestion microbiota facing phenol inhibition: Towards early warning microbial indicators? S. Poirier,A. Bize,C. Bureau,T. Bouchez,O. Chapleur Water Research, 2016, 100, pp.296-305. ⟨10.1016/j.watres.2016.05.041⟩ Article dans une revue hal-02604543v1
New insights into the key microbial phylotypes of anaerobic sludge digesters under different operational conditions Liping Hao,Ariane Bize,Delphine Conteau,O. Chapleur,Sophie Courtoiset al. Water Research, 2016, 102 (octobre), pp.158-169. ⟨10.1016/j.watres.2016.06.014⟩ Article dans une revue hal-01602845v1
Shotgun metaproteomic profiling of biomimetic anaerobic digestion processes treating sewage sludge Ariane Bize,Laëtitia Cardona,Elie Desmond-Le Quéméner,Audrey Battimelli,Nelly Badalatoet al. Proteomics, 2015, 15 (20), pp.3532-43. ⟨10.1002/pmic.201500041⟩ Article dans une revue istex hal-01536494v1
Metaproteomics of cellulose methanisation under thermophilic conditions reveals a surprisingly high proteolytic activity Fan Lue,Ariane Bize,Alain Guillot,Veronique Monnet,Céline Madigouet al. The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2014, 8 (1), pp.88-102. ⟨10.1038/ismej.2013.120⟩ Article dans une revue hal-01204297v1
Co-inoculating ruminal content neither provides active hydrolytic microbes nor improves methanization of (13) C-cellulose in batch digesters O. Chapleur,Ariane Bize,Thibaut Serain,Laurent Mazéas,T. Bouchez FEMS Microbiology Ecology, 2014, 87 (3), pp.616-619. ⟨10.1111/1574-6941.12249⟩ Article dans une revue hal-02598975v1
Genomics and genetics of Sulfolobus islandicus LAL14/1, a model hyperthermophilic archaeon. Carole Jaubert,Chloë Danioux,Jacques Oberto,Diego Cortez,Ariane Bizeet al. Biology Open, 2013, 3 (4), pp.130010. ⟨10.1098/rsob.130010⟩ Article dans une revue hal-00818894v1
Enigmatiques virus d’archées A. Bize,G. Sezonov,D. Prangishvili Biologie Aujourd'hui, 2013, 207 (3), pp.169-179. ⟨10.1051/jbio/2013015⟩ Article dans une revue istex hal-02598943v1
The archeoviruses. Mery Pina,Ariane Bize,Patrick Forterre,David Prangishvili FEMS Microbiology Reviews, 2011, 35 (6), pp.1035-54. ⟨10.1111/j.1574-6976.2011.00280.x⟩ Article dans une revue hal-00630550v1
Les virus d'archées : de la morphologie aux nanotechnologies A. Bize,G. Sezonov Biofutur, 2010, 29 (309), pp.39-43 Article dans une revue hal-02593538v1
Les archéovirus A. Bize,P. Forterre,D. Prangishvili Virologie, 2010, 14 (2), pp.101-117. ⟨10.1684/vir.2010.0288⟩ Article dans une revue hal-02593536v1
A unique virus release mechanism in the Archaea. Ariane Bize,Erik A Karlsson,Karin Ekefjärd,Tessa E F Quax,Mery Pinaet al. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2009, epub ahead of print. ⟨10.1073/pnas.0901238106⟩ Article dans une revue hal-00401136v1
Viruses in acidic geothermal environments of the Kamchatka Peninsula. Ariane Bize,Xu Peng,Maria Prokofeva,Kirsty Maclellan,Soizick Lucaset al. Research in Microbiology, 2008, 159 (5), pp.358-66. ⟨10.1016/j.resmic.2008.04.009⟩ Article dans une revue istex hal-00326293v1

Poster de conférence (21)

Combining the analysis of omics data and bioprocess data in environmental biorefineries Emilie Fernandez,Ariane Bize,Elie Desmond-Le Quéméner,Virginie Rossard,Eric Latrille JOBIM 2024 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2024, Toulouse, France. Poster de conférence hal-04664121v1
DeepOmics, a Digital Environnemental Engineering Platform for Omics data Véronique Jamilloux,Ariane Bize,Cédric Midoux,Aurélie Gramusset,Cédric Gilet al. JOBIM 2024 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2024, Toulouse, France. Poster de conférence hal-04619395v1
Deciphering the effect of propionic acid on anaerobic digestion of sludge: gas production and microbial community structure Chloé Soulard,Xiaojun Liu,André Pauss,Laura André,Thierry Ribeiroet al. 18th IWA World Conference On Anaerobic Digestion, Jun 2024, Istanbul, Turkey. , 18th IWA World Conference on Anaerobic Digestion CONFERENCE PROCEEDINGS, 2024 Poster de conférence hal-04647849v1
Inhibition of anaerobic digestion of urban sewage sludge by sodium propionate: biogas production and microbial community shift in continuous reactors Joel Awinzure Agumah,Xiaojun Liu,Laura André,Sophie Thibault,Camille Auneauet al. 18th IWA World Conference On Anaerobic Digestion, Jun 2024, Istanbul, Turkey. 18th IWA World Conference on Anaerobic Digestion CONFERENCE PROCEEDINGS, 2024 Poster de conférence hal-04647882v1
Design and production of a plug-in tool facilitating the submission of microbial meta-omics data to an international repository Baptiste Rousseau,Véronique Jamilloux,Thomas Denecker,Hélène Chiapello,Ariane Bize JOBIM 2023, Jun 2023, Nancy, France. Poster de conférence hal-04139284v1
Deciphering the effect of propionic acid on anaerobic digestion of sludge: gas production and microbial community structure Xiaojun Liu,Chloé Soulard,André Pauss,Sabrina Guérin-Rechdaoui,Vincent Rocheret al. 18th International Symposium on Microbial Ecology (ISME18), Aug 2022, Lausanne ( CH), Switzerland Poster de conférence hal-04482086v1
Characterization of virus-host dynamics in anaerobic digesters under abiotic stress Marion Coves,Laurent Mazéas,Olivier Chapleur,Cédric Midoux,Ludwig E Jardillieret al. Viruses of Microbes, Jul 2022, Braga, Portugal. Poster de conférence hal-04356367v1
Microbial community dynamics during the co-digestion of manure and the organic fraction of household waste Franciele Pereira Camargo,Céline Roose-Amsaleg,Sabrina Guérin-Rechdaoui,Vincent Rocher,Elise Alibertet al. 4th International Conference on Biogas Microbiology (ICBM-4), May 2022, Braga, Portugal Poster de conférence hal-04486518v1
Antibiotic resistance genes in sewage sludge submitted to anaerobic digestion C. Roose-Amsaleg,Romain Causse,Cédric Wolf,Garance Demarquest,Thomas Lehembreet al. ISME symposium, Aug 2022, Lausanne, Switzerland Poster de conférence hal-05202715v1
Diversity of novel archaeal viruses infecting methanogens discovered through coupling of stable isotope probing and metagenomics Vuong Quoc Hoang Ngo,François Enault,Cédric Midoux,Mahendra Mariadassou,Olivier Chapleuret al. ISME18, 18th International Symposium on Microbial Ecology, Aug 2022, Lausanne, Switzerland. Poster de conférence hal-04359643v1
A bioinformatic pipeline to elucidate the links between viruses and their hosts in microbial communities, applied to viruses in anaerobic digestion processes Vuong Quoc Hoang Ngo,Cédric Midoux,Mahendra Mariadassou,Valentin Loux,François Enaultet al. JOBIM 2021 (JOBIM (Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques), Jul 2021, Paris, France. Poster de conférence hal-04359920v1
Inhibition de la digestion anaérobie : cas de l'acide propionique Chloé Soulard,Ariane Bize,Sabrina Guérin-Rechdaoui,Celine Roose-Amsaleg 10ème colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM), Nov 2021, Marseille (Colloque distanciel), France Poster de conférence hal-04482021v1
DeepOmics, a Digital Environmental Engineering Platform for meta-omics data Ariane Bize,Guillaume Perréal,Aurélie Gramusset,Marion Predhumeau,Cédric Midouxet al. Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM2020), Jun 2020, Montpellier, France. Poster de conférence hal-04493150v1
A shotgun metagenomics analysis applied to the ecological engineering of anaerobic microbial communities for the production of hydrogen from Citrus Peel Waste Cedric Midoux,Franciele Camargo,Olivier Rué,Mahendra Mariadassou,Valentin Louxet al. JOBIM, Jun 2020, Montpellier, France Poster de conférence hal-02902758v1
Feedback on a c omparative metatranscriptomic analysis Cedric Midoux,Tiago P. Delforno,Thais Z. Macedo,Gileno V. Lacerda,Olivier Ruéet al. JOBIM 2019 : Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. , 2019, JOBIM 2019 Poster de conférence hal-02735859v1
Mining anaerobic digestion data with Deep-omics, a new digital environmental engineering platform for omics data Cédric Midoux,Guillaume Perréal,Manon Prédhumeau,Olivier Rué,Yannick Fayolleet al. AD16 (16th IWA World Conference on Anaerobic Digestion), Jun 2019, Delft, Netherlands Poster de conférence hal-04361137v1
Detection of an archaeal-specific viral family, previously thought to infect exclusively hyperthermophiles, in human gut metaviromes Vuong Quoc Hoang Ngo,Cédric Midoux,Olivier Rué,Mahendra Mariadassou,Violette Da Cunhaet al. Phages in Grenoble, Oct 2019, Grenoble, France. Poster de conférence hal-04360160v1
A molecular ecology approach using Stable Isotope Probing and metagenomics to study viruses of methanogens' diversity Context Vuong Quoc Hoang Ngo,Maximilien Sotomski,Mart Krupovic,François Enault,Olivier Chapleuret al. Phages in Grenoble, Oct 2019, Grenoble, France Poster de conférence hal-04360049v1
Easy16S : a user-friendly Shiny interface for analysis and visualization of metagenomic data Cedric Midoux,Olivier Rué,Olivier Chapleur,Mahendra Mariadassou,Théodore Bouchezet al. JOBIM 2018 : Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France. , 2018, JOBIM 2018 Poster de conférence hal-02737257v1
Combination of bioanode and biocathode for the conversion of wastes into biocommodities using microbial electrosynthesis Arnaud Bridier,Elie Desmond-Le Quéméner,Lenaic Rouillac,Celine Madigou,Elise Blanchetet al. 15. International Symposium on Microbial Ecology ISME 15, Aug 2014, Seoul, South Korea. , 2014, ISME15 - Abstract Book Poster de conférence hal-02743656v1
Combination of bioanode and biocathode for the conversion of wastes into biocommodities using microbial electrosynthesis Arnaud Bridier,Elie Desmond-Le Quéméner,Lenaic Rouillac,Céline Madigou,E. Blanchetet al. 2. European meeting of the International Society for Microbial Electrochemistry and Technology (EU-ISMET 2014), Sep 2014, Alcala de Henares, Spain. EU-ISMET 2014 Book of Abstracts, 2014, EU-ISMET 2014 Book of Abstracts Poster de conférence hal-01595413v1

Logiciel (1)

Easy16S: a user-friendly Shiny web-service for exploration and visualization of microbiome data Cédric Midoux,Olivier Rué,Olivier Chapleur,Ariane Bize,Valentin Louxet al. 2024, ⟨swh:1:rel:35d2caacc87474efa1f1e277f5eb13352962793d⟩ Logiciel hal-04304559v2

HDR (1)

Déchiffrer le fonctionnement des communautés microbiennes de la méthanisation, et leurs virus, en combinant écologie moléculaire et métagénomique Ariane Bize Biotechnologies. Université Paris-Saclay, 2023 HDR tel-04317554v1

Cours (1)

Introduction aux Sciences du Vivant et notion de biodiversité Ariane Bize,Vinçon-Leite Brigitte Engineering school. Ecole des Ponts ParisTech, France. 2017 Cours hal-04567060v1

Rapport (1)

Les zones tampons humides artificielles pour réduire les pesticides : Le cas des contextes drainés Julien Tournebize,Carolina Hoyos-Hernandez,Corinne Fesneau,Cédric Chaumont,Bernard Vincentet al. [Rapport de recherche] irstea. 2010, pp.22 Rapport (rapport de recherche) hal-02594658v1

Thèse (1)

Virus d'archées : interaction avec un hôte hyperthermophile, isolement d'un virus d'habitat géothermique, motifs courts exceptionnels dans les génomes Ariane Bize Sciences agricoles. Université Paris-Est, 2009. Français. ⟨NNT : 2009PEST1052⟩ Thèse tel-00539609v1