Arthur Kocher

Identifiants chercheurs

IdHAL :

arthur-kocher

ORCID :

0000-0002-9499-6472

IdRef :

167611240

Présentation

I study the ecology and evolutionary history of infectious agents to better understand (i) the processes that have shaped current pathogen diversity and (ii) the epidemiological consequences of ongoing global changes. My research relies on environmental genomic and paleogenetic approaches to generate complex ecological datasets and diachronic genomic information. I used these tools together with statistical and phylogenetic approaches to study topics ranging from the epidemiological impact of the current biodiversity crisis to historical and phylogeographic perspectives on infectious diseases.

Publications

Article dans une revue (21)

Ancient Plasmodium genomes shed light on the history of human malaria Megan Michel,Eirini Skourtanioti,Federica Pierini,Evelyn Guevara,Angela Mötschet al. Nature, 2024, 631 (8019), pp.125-133. ⟨10.1038/s41586-024-07546-2⟩ Article dans une revue hal-04682968v1
Phylogenetic analysis of the origin and spread of plague in Madagascar Luis Roger Esquivel Gomez,Cyril Savin,Voahangy Andrianaivoarimanana,Soloandry Rahajandraibe,Lovasoa Nomena Randriantsehenoet al. PLoS Neglected Tropical Diseases, 2023, 17 (5), pp.e0010362. ⟨10.1371/journal.pntd.0010362⟩ Article dans une revue pasteur-04255025v1
Biodiversity and vector‐borne diseases: Host dilution and vector amplification occur simultaneously for Amazonian leishmaniases Arthur Kocher,Josselin Cornuault,Jean‐charles Gantier,Sophie Manzi,Agathe Chavyet al. Molecular Ecology, 2023, ⟨10.1111/mec.16341⟩ Article dans une revue hal-03576716v1
Facilitating accessible, rapid, and appropriate processing of ancient metagenomic data with AMDirT Maxime Borry,Adrian Forsythe,Aida Andrades Valtueña,Alexander Hübner,Anan Ibrahimet al. F1000Research, 2023, 12, pp.926. ⟨10.12688/f1000research.134798.1⟩ Article dans une revue pasteur-04261820v1
The source of the Black Death in fourteenth-century central Eurasia Maria A Spyrou,Lyazzat Musralina,Guido A Gnecchi Ruscone,Arthur Kocher,Pier-Giorgio Borboneet al. Nature, 2022, 606, pp.718 - 724. ⟨10.1038/s41586-022-04800-3⟩ Article dans une revue hal-04917729v1
Ecology, evolution, and epidemiology of zoonotic and vector-borne infectious diseases in French Guiana: Transdisciplinarity does matter to tackle new emerging threats Benoît de Thoisy,Olivier Duron,Loïc Epelboin,Lise Musset,Philippe Quénelet al. Infection, Genetics and Evolution, 2021, 93, pp.104916. ⟨10.1016/j.meegid.2021.104916⟩ Article dans une revue pasteur-03261181v1
Ten millennia of hepatitis B virus evolution Arthur Kocher,Luka Papac,Rodrigo Barquera,Felix Key,Maria Spyrouet al. Science, 2021, 374 (6564), pp.182-188. ⟨10.1126/science.abi5658⟩ Article dans une revue hal-03820030v1
What can phylodynamics bring to animal health research? Claire Guinat,Timothee Vergne,Arthur Kocher,Debapryio Chakraborty,Mathilde C. Paulet al. Trends in Ecology & Evolution, 2021, 36 (9), pp.837-847. ⟨10.1016/j.tree.2021.04.013⟩ Article dans une revue (article de synthèse) hal-03327681v1
The Indirect ELISA &lt;i&gt;Trypanosoma evansi&lt;/i&gt; in Equids: Optimisation and Application to a Serological Survey including Racing Horses, in Thailand Margot Camoin,Arthur Kocher,Piangjai Chalermwong,Sarawut Yangtarra,Ketsarin Kamyingkirdet al. BioMed Research International , 2019, 2019, pp.1 - 12. ⟨10.1155/2019/2964639⟩ Article dans une revue hal-04917740v1
Identification of French Guiana sand flies using MALDI-TOF mass spectrometry with a new mass spectra library Agathe Chavy,Cécile Nabet,Anne Cecile Normand,Arthur Kocher,Marine Ginouvèset al. PLoS Neglected Tropical Diseases, 2019, 13 (2), pp.e0007031. ⟨10.1371/journal.pntd.0007031⟩ Article dans une revue hal-02083115v1
High-throughput sequencing of kDNA amplicons for the analysis of Leishmania minicircles and identification of Neotropical species Arthur Kocher,Sophie Valière,Anne-Laure Bañuls,Jérôme Murienne Parasitology, 2018, 145 (5), pp.585-594. ⟨10.1017/S0031182017002013⟩ Article dans une revue hal-02404093v1
High-throughput sequencing of kDNA amplicons for the analysis of Leishmania minicircles and identification of Neotropical species Arthur Kocher,Sophie Valière,Anne-Laure Bañuls,Jérôme Murienne Parasitology, 2017, 145 (5), pp.585-594. ⟨10.1017/S0031182017002013⟩ Article dans une revue hal-04917745v1
Evaluation of short mitochondrial metabarcodes for the identification of Amazonian mammals Arthur Kocher,Benoît de Thoisy,Francois Catzeflis,Maïlis Huguin,Sophie Valièreet al. Methods in Ecology and Evolution, 2017, 8 (10), pp.1276 - 1283. ⟨10.1111/2041-210X.12729⟩ Article dans une revue hal-01836328v1
iDNA screening: Disease vectors as vertebrate samplers Arthur Kocher,Benoit de Thoisy,François Catzeflis,Sophie Valière,Anne-Laure Bañulset al. Molecular Ecology, 2017, 26 (22), pp.6478-6486. ⟨10.1111/mec.14362⟩ Article dans une revue hal-04917760v1
Complete mitochondrial genome ofLutzomyia (Nyssomyia) umbratilis (Diptera: Psychodidae), the main vector of Leishmania guyanensis Arthur Kocher,Jean-Charles Gantier,Hélène Holota,Céline Jeziorski,Eric Coissacet al. Mitochondrial DNA Part A, 2016, 27 (6), pp.4219-4221. ⟨10.3109/19401736.2015.1022748⟩ Article dans une revue hal-01602798v1
Vector soup: high‐throughput identification of Neotropical phlebotomine sand flies using metabarcoding Arthur Kocher,Jean‐charles Gantier,Pascal Gaborit,Lucie Zinger,Helene Holotaet al. Molecular Ecology Resources, 2016, 17 (2), pp.172-182. ⟨10.1111/1755-0998.12556⟩ Article dans une revue hal-04917754v1
Is the Oriental House Rat ( Rattus tanezumi ) a Potential Reservoir for Trypanosoma evansi in Thailand? Arthur Kocher,Marc Desquesnes,Sarawut Yangtara,Serge Morand,Sathaporn Jittapalapong Journal of wildlife diseases, 2015, 51 (3), pp.719-723. ⟨10.7589/2014-06-155⟩ Article dans une revue hal-03039037v1
Sequencing of the mitochondrial genome of the avocado lace bug &lt;em&gt;Pseudacysta perseae&lt;/em&gt; (Heteroptera, Tingidae) using a genome skimming approach Arthur Kocher,Eric Guilbert,Emeline Lhuillier,Jérôme Murienne Comptes Rendus. Biologies, 2015, 338 (3), pp.149-160. ⟨10.1016/j.crvi.2014.12.004⟩ Article dans une revue hal-02636710v1
Evaluation of an Indirect-ELISA Test for&lt;i&gt;Trypanosoma evansi&lt;/i&gt;Infection (Surra) in Buffaloes and Its Application to a Serological Survey in Thailand Arthur Kocher,Marc Desquesnes,Ketsarin Kamyingkird,Sarawut Yangtara,Emilye Leboucheret al. BioMed Research International , 2015, 2015, pp.1 - 8. ⟨10.1155/2015/361037⟩ Article dans une revue hal-04917770v1
Shotgun assembly of the assassin bug &lt;em&gt;Brontostoma colossus&lt;/em&gt; mitochondrial genome (Heteroptera, Reduviidae) Arthur Kocher,Maria Kamilari,Emeline Lhuillier,Eric Coissac,Julie Péneauet al. Gene, 2014, 552 (1), pp.184-194. ⟨10.1016/j.gene.2014.09.033⟩ Article dans une revue istex hal-02638880v1
Shotgun assembly of the assassin bug Brontostoma colossus mitochondrial genome (Heteroptera, Reduviidae) Arthur Kocher,Maria Kamilari,Emeline Lhuillier,Eric Coissac,Julie Péneauet al. Gene, 2014, 552 (1), pp.184-194. ⟨10.1016/j.gene.2014.09.033⟩ Article dans une revue istex hal-04917775v1

Communication dans un congrès (1)

Impact de l’activité humaine sur le risque de transmission de la Leishmaniose dans l’aire de St-Georges de l’Oyapock Arthur Kocher,Jérôme Murienne Séminaire annuel de restitution de l’Observatoire Hommes -Milieux Oyapock, Dec 2016, Cayenne, France Communication dans un congrès hal-04632671v1

Thèse (1)

Biodiversité et maladies infectieuses : impact des activités humaines sur le cycle de transmission des leishmanioses en Guyane Arthur Kocher Maladies infectieuses. Université Paul Sabatier - Toulouse III, 2017. Français. ⟨NNT : 2017TOU30080⟩ Thèse tel-01865447v1

Mémoire d'étudiant (1)

La trypanosomose à Trypanosoma evansi chez les chevaux en Thaïlande : enquête épidémiologique et standardisation d’un test ELISA indirect Arthur Kocher Médecine vétérinaire et santé animale. 2013 Mémoire d'étudiant dumas-04549541v1