Aurélie Canaguier

Identifiants chercheurs

IdHAL :

aurelie-canaguier

ORCID :

0000-0001-8674-4622

Présentation

Je travaille, au sein de l’unité « Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux » (EPGV) de l’INRAE en tant qu’ingénieure d’étude, tant dans les activités de service que dans l’exploitation des données de séquençage. Accueillie par le Genoscope sous une convention d’hébergement et collaboration scientifique avec l’Institut de Biologie François Jacob du CEA, l’EPGV a pour mission principale la mise à disposition aux partenaires scientifiques de son expertise et des technologies de pointes de séquençage et de génotypage disponibles au Genoscope et CNRGH.

Publications

Article dans une revue (16)

Nuclear and organelle genome assemblies of 5 Cucumis melo L. accessions, Ananas, Canton, PI 414723, Vedrantais, and Zhimali, belonging to diverse botanical groups Javier Belinchon-Moreno,Aurelie Berard,Aurelie Canaguier,Isabelle Le-Clainche,Vincent Rittener-Ruffet al. G3, 2025, 15 (7), ⟨10.1093/g3journal/jkaf098⟩ Article dans une revue hal-05193547v1
Oxford Nanopore and Bionano Genomics technologies evaluation for plant structural variation detection Aurélie Canaguier,Romane Guilbaud,Erwan Denis,Ghislaine Magdelenat,Caroline Belseret al. BMC Genomics, 2022, 23 (1), pp.317. ⟨10.1186/s12864-022-08499-4⟩ Article dans une revue hal-03977388v1
A new version of the grapevine reference genome assembly (12X.v2) and of its annotation (VCost.v3) Aurelie Canaguier,Jérome Grimplet,Gabriele Di Gaspero,Simone Scalabrin,Eric Duchêneet al. Genomics Data, 2017, 14, pp.56-62. ⟨10.1016/j.gdata.2017.09.002⟩ Article dans une revue (data paper) hal-01619926v1
Decoding the oak genome: public release of sequence data, assembly, annotation and publication strategies. Christophe Plomion,Jean-Marc Aury,Joëlle Amselem,Tina Alaeitabar,Valérie Barbeet al. Molecular Ecology Resources, 2015, 16 (1), pp.254-265. ⟨10.1111/1755-0998.12425⟩ Article dans une revue istex hal-01579667v1
Early allopolyploid evolution in the post-Neolithic Brassica napus oilseed genome Boulos Chalhoub,France Denoeud,Shengyi Liu,Isobel A. P. Parkin,Haibao Tanget al. Science, 2014, 345 (6199), pp.950-953. ⟨10.1126/science.1253435⟩ Article dans une revue hal-01208705v1
Dissecting genetic architecture of grape proanthocyanidin composition through quantitative trait locus mapping Yung Fen Huang,Agnes Doligez,Alexandre Fournier Level,Loic Le Cunff,Yves Bertrandet al. BMC Plant Biology, 2012, 12, ⟨10.1186/1471-2229-12-30⟩ Article dans une revue hal-01267958v1
An efficient and rapid protocol for plant nuclear DNA preparation suitable for next generation sequencing methods Gregory Carrier,Sylvain Santoni,Marguerite Rodier-Goud,Aurelie Canaguier,Alexandre de Kochkoet al. American Journal of Botany, 2011, 98 (1), pp.e13-e15. ⟨10.3732/ajb.1000371⟩ Article dans une revue hal-01506007v1
Patterns of sequence polymorphism in the fleshless berry locus in cultivated and wild Vitis vinifera accessions Cléa Houel,Rémi Bounon,Jamila Chaïb,Cecile C. Guichard,Jean-Pierre Peroset al. BMC Plant Biology, 2010, 10 (284), pp.1-15. ⟨10.1186/1471-2229-10-284⟩ Article dans une revue hal-02657182v1
Neutral invertases in grapevine and comparative analysis with Arabidopsis, poplar and rice Alberto Nonis,Benedetto Ruperti,Alessandro Pierasco,Aurelie A. Canaguier,Anne-Francoise A.-F. Adam-Blondonet al. Planta, 2008, 229 (1), pp.129-142. ⟨10.1007/s00425-008-0815-0⟩ Article dans une revue istex hal-02668994v1
A physical map of the heterozygous grapevine 'Cabernet Sauvignon' allows mapping candidate genes for disease resistance Marco Moroldo,Sophie Paillard,Raffaella Marconi,Fabrice Legeai,Aurélie Canaguieret al. BMC Plant Biology, 2008, 8 (66), pp.1-14. ⟨10.1186/1471-2229-8-66⟩ Article dans une revue inria-00329169v1
DNA sequence polymorphisms and their application to bread wheat quality Catherine Ravel,Sébastien Praud,Aurelie Canaguier,Philippe Dufour,Sandra Giancolaet al. Euphytica, 2007, 158 (3), pp.331-336. ⟨10.1007/s10681-006-9288-z⟩ Article dans une revue istex hal-01189423v1
The grapevine genome sequence suggests ancestral hexaploidization in major angiosperm phyla. Olivier Jaillon,Jean-Marc Aury,Benjamin Noel,Alberto Policriti,Christian Clepetet al. Nature, 2007, 449 (7161), pp.463-7. ⟨10.1038/nature06148⟩ Article dans une revue inria-00180136v1
Molecular characterization and expression analysis of the Rop GTPase family in Vitis vinifera Philippe Abbal,Martine Pradal,Francois Xavier Sauvage,Philippe Chatelet,Sophie S. Paillardet al. Journal of Experimental Botany, 2007, 58 (10), pp.2641-2652. ⟨10.1093/jxb/erm113⟩ Article dans une revue hal-02666655v1
Variation in crossing-over rates across chromosome 4 of Arabidopsis thaliana reveals the presence of meiotic recombination &quot;hot spots Jan Drouaud,Christine Camilleri,Pierre-Yves Bourguignon,Aurélie Canaguier,Aurélie Bérardet al. Genome Research, 2006, 16 (1) (1), pp.106-114. ⟨10.1101/gr.4319006⟩ Article dans une revue hal-00017439v1
Single-nucleotide polymorphism frequency in a set of selected lines of bread wheat (Triticum aestivum L.) Catherine Ravel,Sébastien Praud,Alain Murigneux,Aurelie Canaguier,Frederic Sapetet al. Genome, 2006, 49 (9), pp.1131-1139. ⟨10.1139/G06-067⟩ Article dans une revue hal-01189248v1
Production of taxoids with biological activity by plants and callus culture from selected Taxus genotypes G. Parc,A. Canaguier,P. Landré,R. Hocquemiller,D. Chriquiet al. Phytochemistry, 2002, 59 (7), pp.725-730. ⟨10.1016/S0031-9422(02)00043-2⟩ Article dans une revue istex hal-00013213v1

Communication dans un congrès (11)

Génotypage ciblé par séquençage (tGBS ) : Allegro Targeted Genotyping NebNext Direct Genotyping et pipeline d’analyses Aurélie Canaguier,Aurélie Bérard Wébinaire INRAE Genomics, Dec 2023, Evry (en distanciel), France Communication dans un congrès hal-04670457v1
Toward the deciphering of chromosome structure in Vitis vinifera Aurelie A. Canaguier,Isabelle I. Le Clainche,Aurélie A. Berard,Aurelie A. Chauveau,Marie-Stéphanie Vernereyet al. 10. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics, Aug 2010, Geneva, New York, United States Communication dans un congrès hal-02739605v1
The grapevine reference genome sequence Sébastien Aubourg,Nadia Bentahar,Marc Bras,Aurelie A. Canaguier,Nathalie Choisneet al. IX International Symposium on Grapevine Physiology and Biotechnology, Apr 2013, La Serena, Chile Communication dans un congrès hal-02811094v1
Sequencing allelic BACs for exploring the level of genome heterozygosity in oak Patricia P. Faivre-Rampant,Nathalie N. Pavy,Isabelle I. Le Clainche,Aurelie A. Canaguier,Cecile C. Guichardet al. IUFRO working group "Genetics of Quercus and Nothofagus", Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., Oct 2012, Bordeaux, France. 1 p Communication dans un congrès hal-00964429v1
Physical mapping and re-sequencing of a set of resistance related genes in grapevine Marco Moroldo,Sophie Paillard,R. Marconi,Fabrice Legeai,Aurelie Canaguieret al. 17. Conference Plant and Animal Genomes, Labo/service de l'auteur, Ville service, Pays service., Jan 2009, San Diego, United States. 1 p Communication dans un congrès hal-01462667v1
Diversité moléculaire de la région chromosomique contrôlant la résistance à la rouille foliaire dans les collections de peupliers Patricia P. Faivre-Rampant,Alois Bresson,Véronique Jorge,Arnaud Dowkiw,Redouane R. El-Malkiet al. Colloque FRB : Les Ressources Génétiques (RG) face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociétaux, Sep 2011, Montpellier, France. 84 p Communication dans un congrès hal-02750107v1
Allele mining in grape for the analysis of complex traits Roberto Bacilieri,Stephane Nicolas,Richard Bounon,Alexis Dereeper,Marie-Christine Le Paslieret al. 18. Conference, Jan 2010, San Diego, United States Communication dans un congrès hal-02754346v1
Development of resources for comparative physical mapping between Muscadinia rotundifolia and Vitis vinifera Iritche Zah-Bi,Sophie Blanc,Marc Bras,Aurelie A. Canaguier,Isabelle I. Le Claincheet al. 6. International Workshop of Grapevine Downy and Powdery Mildew. GDPM 2010, Jul 2010, BORDEAUX, France Communication dans un congrès hal-02754937v1
Association genetics in relation with berry size variation in grapevine (Vitis vinifera) Cléa Houel,Isabelle I. Le Clainche,Aurelie A. Canaguier,Anne-Francoise A.-F. Adam-Blondon,Rémi Bounonet al. 10. International Conference on Grapevine Breeding and Genetics, Aug 2010, Geneva (N.Y.), United States Communication dans un congrès hal-02754943v1
High throughput SNPs discovery in grapevine, poplar and tomato Marie-Christine Le Paslier,Rémi Bounon,Aurelie A. Chauveau,Vincent Thareau,Aurelie A. Canaguieret al. 17. Plant & Animal Genomes conference, Jan 2009, San Diego, United States Communication dans un congrès hal-02758232v1
Association genetic studies in grape Loic Le Cunff,Alexandre Fournier Level,Agnes Doligez,Lucie Fernandez,Charles Romieuet al. Plant and Animal Genomes Conference, 2008, San Diego, United States Communication dans un congrès hal-01193729v1

Poster de conférence (16)

Pipeline for Haplotype Frequencies Estimation from Pooled Targeted Sequencing in Maize Minguella Raphaël,Aurélie Canaguier,Delphine Madur,Aurélie Bérard,Isabelle Le Claincheet al. AG France Génomique, Jun 2024, Evry courcouronnes, France. 2013, ⟨10.1093/molbev/mst016⟩ Poster de conférence hal-04670307v1
A chromosome-level assembly of lavender ‘Maillette’ using long-reads and a newly generated linkage map Aurélie Canaguier,Damien Hinsinger,Aurélie Bérard,Isabelle Le Clainche,Berline Fopa Fomejuet al. PAG XXI. Plant and Animal Genome Conference, Jan 2024, San Diego (California), United States. ⟨10.1371/journal.pone.0243853⟩ Poster de conférence hal-04670399v1
Estimation of Haplotype Frequencies from Pooled Targeted Sequencing in Maize Landraces Minguella Raphaël,Aurélie Canaguier,Delphine Madur,Damien Hinsinger,Stephane Nicolaset al. 2ème carrefour de la sélection maïs, May 2024, Saclay, France. 2013, ⟨10.1093/molbev/mst016⟩ Poster de conférence hal-04670321v1
Long Reads for Long-Term Goals : A Genome Resource for Lavander Genetic Improvement Berline Fopa Fomeju,Aurélie Berard,Isabelle Le Clainche,Aurélie Canaguier,Elodie Belmonteet al. PAG XXX Plant and Animal Genome Conference, Jan 2023, San Diego (California), United States Poster de conférence hal-03937877v1
Feedback on tGBS with Allegro : Does it hit the target ? Aurélie Berard,Aurélie Canaguier,Romane Guilbaud,Isabelle Le Clainche,Marie-Christine Le Paslieret al. PAG XXX. Plant and Animal Genome, Jan 2023, San Diego (California), United States. , ⟨10.15454/4NYHD6⟩ Poster de conférence hal-03937923v1
Du SNP au p’tit salé la lentille à l’heure de la génomique Damien Hinsinger,Romane Guilbaud,Sandrine Contenot,Aurélie Canaguier,Patricia Faivreet al. journées de la lentille : Restitution de résultats du projet RésiLens, Jun 2022, Dijon (Bourgogne), France. ⟨10.1101/2021.07.23.453237)⟩ Poster de conférence hal-04670343v1
Étude du polymorphisme des génomes végétaux Damien Hinsinger,Romane Guilbaud,Sandrine Contenot,Aurélie Canaguier,Patricia Faivre-Rampantet al. Colloque INRAE Genomics, May 2022, Orléans, France. Poster de conférence hal-03935707v1
La fibre génomique du Lin Damien Hinsinger,Romane Guilbaud,Sandrine Contenot,Aurélie Canaguier,Patricia Faivre-Rampantet al. 30ème édition du Festival du Lin et de la Fibre Artistique, Jul 2022, Saint-Pierre-Le-Viger, France. Poster de conférence hal-03937438v1
LONG DNA TECHNOLOGIES EVALUATION FOR PLANT STRUCTURAL VARIATIONS DETECTION : NANOPORE ONT SEQUENCING vs BIONANO GENOMICS OPTICAL MAPPING Aurélie Canaguier,Erwan Denis,Romane Guilbaud,Ghislaine Magdelenat,Caroline Belseret al. Plant and Animal Genome XXVIII Conference, Jan 2020, San Diego, United States. Poster de conférence hal-02925940v1
Long DNA technologies evaluation for plant structural variations detection: Nanopore ONT sequencing vs Bionano Genomics optical mapping Aurélie Canaguier,Erwan Denis,Romane Guilbaud,Ghislaine Magdelenat,Caroline Belseret al. - Plant and Animal Genome XXVIII Conference, 2020, San Diego, CA, United States Poster de conférence hal-04331757v1
Étude du Polymorphisme des Génomes Végétaux Aurélie Berard,Aurélie Canaguier,Aurelie Chauveau,Sandrine Contenot,Isabelle Le Claincheet al. JOURNÉES SCIENTIFIQUES DU DÉPARTEMENT BAP, Sep 2019, Giens, France Poster de conférence hal-02930070v1
BSA-Seq : An efficient tool to characterize loci involved in the Poplar leaf rust resistance. Aurelie Canaguier,Véronique Jorge,Vanina Guérin,Odile Rogier,Isabelle Le Claincheet al. 7. International Poplar Symposium (IPS VII), Oct 2018, Buenos Aires, Brazil. , 2018, IPS VII Poster Presentations Poster de conférence hal-02737648v1
BSA-Seq : an efficient method to decipher a complex trait on Poplar, a highly heterozygous diploid genome Aurelie Canaguier,Véronique Jorge,Vanina Guérin,Odile Rogier,Vincent Seguraet al. PAG XXVI - Plant and Animal Genome Conference, Jan 2018, San Diego, United States. , 1 p., 2018 Poster de conférence hal-02736419v1
Improvement of the Grapevine genome assembly Aurelie A. Canaguier,Simone Scalabrin,Marie-Christine Le Paslier,Eric Duchêne,Nacer Mohellibiet al. Plant and Animal Genome Conference, Jan 2014, San Diego, CA, United States. 2014 Poster de conférence hal-02796033v1
BAC libraries for structural genomic development in oak Patricia P. Faivre-Rampant,Isabelle Lesur Kupin Lesur,Isabelle I. Le Clainche,Aurelie A. Canaguier,Clément Boussardonet al. IUFRO working group “Genetics of Quercus and Nothofagus”, Oct 2012, Bordeaux, France. 1 p., 2012 Poster de conférence hal-02808373v1
Diversité moléculaire de la région chromosomique contrôlant la résistance à la rouille foliaire dans les collections de peupliers Alois Bresson,Véronique Jorge,Arnaud Dowkiw,Redouane R. El-Malki,Vincent Seguraet al. Colloque FRB : Les Ressources Génétiques (RG) face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociétaux, Sep 2011, Montpellier, France. Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité, 84 p., 2011, Les ressources génétiques face aux nouveaux enjeux environnementaux, économiques et sociaux Poster de conférence hal-02749127v1

Chapitre d'ouvrage (1)

Molecular linkage maps: strategies, resources and achievements Guido Cipriani,Gabriele Di Gaspero,Aurelie A. Canaguier,Julie Jusseaume,Johan Tassinet al. Genetics, Genomics and Breeding of Crop Plants, Sciences Publishers, 390 p., 2011, 978-1-57808-717-4 Chapitre d'ouvrage hal-02806958v1

Pré-publication, Document de travail (2)

Intra-specific NLR allelic diversity and genomic landscape for plant resistance association studies Javier Belinchon-Moreno,Aurelie Berard,Aurelie Canaguier,Isabelle Le-Clainche,Pascale Mistralet al. 2025 Pré-publication, Document de travail hal-05363423v1
Nanopore adaptive sampling to identify the NLR-gene family in melon (Cucumis melo L.) Javier Belinchon-Moreno,Aurelie Berard,Aurelie Canaguier,Veronique Chovelon,Corinne Cruaudet al. 2024 Pré-publication, Document de travail hal-04670606v1

Cours (1)

Analyse et exploitation de séquences Sanger Aurélie Canaguier,Aurélie Bérard,Isabelle Le Clainche,Aurelie Chauveau,Corinne Cruaudet al. École thématique. France. 2017 Cours hal-03507412v1