
Benjamin Misson
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Documents
Présentation
Professeur des universités - 67ème section CNU
Activités de recherche
Thématiques de recherche actuelles principales :
- Contribution des pressions anthropiques (contaminations chimiques, perturbations physiques) à l'écologie des communautés microbiennes à l'interface continent-océan
- Contributions microbiennes à la biogéochimie des éléments majeurs en zone côtière (matière organique dissoute, macronutriments) et traces (métaux)
- Dynamique, structure et diversité des assemblages microbiens (planctoniques, benthiques, souterrains)
Mots clés :
- Ecologie microbienne
- Biodiversité
- Biogéochimie
- Environnement côtier
- Ecologie moléculaire
- Cytométrie en flux
Modèles biologiques d’intérêt : procaryotes hétérotrophes, microeucaryotes
Production scientifique :
- 43 articles parus dont 18 en tant qu'auteur principal (1er ou dernier), et 4 en tant que co-auteur de doctorants co-encadrés
- 4 communcations invitées en congrés et workshops internationaux, > 80 communications orales ou affichées en congrés internationaux et nationaux.
Coordination de projets de recherche :
- MICROSURV (2024-2027, Développement de l’observation du MICRObiote marin planctonique pour détecter et SURVeiller l’impact écologique des activités humaines en zone méditerranéenne côtière, AERMC : 394 k€)
- MICROBEACH (2024-2025, MICRObial life under BEACHes: exploration of microbial diversity and ability to degrade anthropogenic organic contaminants, Institut des Sciences de l'Océan d'AMU : 60 k€)
- CYTPIX OCEAN (2023, Achat d’un cytomètre en flux imageur innovant pour l’étude des assemblages microbiens marins, FIA : 95.6 k€)
- COMICS (2020-2021, Couplage d'approches méta-OMICS pour l'étude approfondie de réponses microbiennes aux perturbations d'origine anthropique en milieu marin côtier, UTLN/TPM : 30.7 k€)
- SE.D.RI.PORT. (2017-2020, SEdimenti, Dragaggi, RIschi PORTuali, Interreg Marittimo, 1854.6k€, part UTLN : 220k€, PI : Région Autonome de Sardaigne, coordination UTLN : B. Misson depuis début 2018)
- IMPRECI-M² (2016-2017, IMPacts RECIproques entre Microorganismes et Métaux traces en milieu marin côtier : qui contrôle qui ? EC2CO ECODYN+MICROBIEN : 37.8k€)
- METOPHYTO (2015-2016, Influence de pollutions MEtalliques multiples représentatives de l’environnement marin côtier TOulonnais sur le picoPHYTOplancton, FR ECCOREV : 7k€)
- COMMET (2014, Caractérisation des COMmunautés Microbiennes participant à la biogéochimie du MErcure dans les sédiments de la rade de Toulon : diversité, distribution et réponse aux contaminations métalliques multiples, UTLN/TPM: 15.5k€)
Partenaire de projets de recherche :
- BRONZETTE 2.0 (2024-2025, Microbial contributions to biogeochemical cycling in subterranean mixing and reaction zones at the continent-ocean interface, EC2CO Hybige : 35 k€)
- OMNIS (2023-2025, Organic matter and non-indigenous species success in ports, Ministère italien de la recherche)
- BISQUE (2022-2023, Influence de la colonne sédimentaire sur la qualité des eaux côtières, FR ECCOREV/ITEM & Actions transverse MIO)
- ECODREDGE MED II (2021-2024, Dragage de sédiments portuaires : impacts et perspectives de valorisation, Région Occitanie)
- FIRETRACK (2021-2024, Sources and fate of biomass combustion tracers in the ocean, ANR)
- BLACK MATTERS (2021, Black Carbon dissous en milieu marin : biodisponibilité potentielle pour les procaryotes hétérotrophes et pouvoir de complexation avec les contaminants chimiques, MIO, 12.2k€)
- CARAMBOLE (2020-2021, Caractérisation des apports de COD et de leurs effets sur les communautés biologiques en lacs de haute altitude, EC2CO HYBIGE, 45 k€)
- GEREMIA (2018-2021, GEstione dei REflui per il MIglioramento delle Acque portuali, Interreg Marittimo, 1783k€, part UTLN : 383.8k€)
- COMMET (2018, MIO, 5k€)
- EPIBIOINDIC (2017-2018, Epibiontes des herbiers marins : indicateur de qualité des écosystèmes côtiers? FR ECCOREV, 7k€, part MIO : 2k€ )
- MERITE-Hippocampe (2017-2020, MISTRALS, AT pollutions et contaminants, 200k€)
- FOS SEA (2017-2020, Environmental risk assessment of biological fouling control along the Mediterranean coast, ANR, 635k€, part MIO : 134.5k€)
- Development of a Quantitative Lab and Field-Based Microbial Tool to Determine Arsenic (2016, MITACS/Campus France, 10k€)
- PREVENT (2015-2017, PRotection du littoral méditerranéen: EValuation, surveillancE, conséqueNces, impacT économique et sociétal – Application à la Rade de Toulon, UTLN/TPM/CD83/Région PACA, 188,6k€)
- MERMEX (2013-2016, MISTRALS, WP3, action C3A)
- DYNAMICS (2012-2015, « Dynamique des communautés microbiennes actuelles et passées dans les sédiments ligériens », Agence de l’eau Loire-Bretagne. (Postdoctorat)
- Actions Intégrées Volubilis France-Maroc de 2010 à 2014 sur l’impact des fluctuations climatiques sur le potentiel toxique des proliférations cyanobactériennes dans des écosystèmes aquatiques marocains et français (Doctorat)
Financement de ressources humaines :
- Contrat postdoctoral MICROBEACH 2024-2025 (12 mois)
- CDD AI alternance MICROSURV 2024-2025 (12 mois)
- Contrat postdoctoral MICROSURV 2024-2027 (36 mois)
- Contrat doctoral d'établissement (UTLN) 2023-2026 (50%)
- Contrat doctoral d'établissement (UTLN) 2020-2023 (50%)
- Contrat Postdoctoral ANR FOSSEA 2018-2019 (12 mois)
- Contrat Doctoral région PACA 2015-2018 (33%)
- Contrat Doctoral région PACA 2016-2017 (33%)
- Contrat Doctoral région PACA 2017-2020 (33%)
- CDD IgE UTLN 2018-2019 (10 mois)
- CDD IgE UTLN + projet 2019 (9 mois)
Encadrement :
- 3 chercheurs post-doctorants (Julie Foulon, Nicolas Gallois, Clara Dignan)
- 2 ATER (Lyria Berdjeb 2017-2018; Elyne Dugény 2021-2023)
- 5 doctorants (Clément Coclet, co-encadrant, soutenue en 2019 ; Marie Mayer, co-encadrant, démission en 2017 ; Nicolas Layglon, co-encadrant, soutenue en 2020; Clara Dignan, co-directeur, soutenue en 2023 ; Léopold Matthys, co-directeur, 10/2023 - 09/2026)
- 8 stagiaires de M2 (Benjamin Legrand, UBP, 2013 ; Clément Coclet, AMU, 2015 ; Aurélie Portas, AMU, 2018 ; Alexis Canino, AMU, 2019 ; Roxane Dhommée, UTLN, 2019 ; Emma Lavaut, UPVD, 2019 ; Clara Dignan, UPPA, 2020 ; Léopold Matthys, UTLN, 2023)
- 8 stagiaires de M1 (Delphine Boulouis, UTLN, 2010, Perrine Delompré, UTLN, 2015 ; Thibaut Cossart, UTLN, 2016 ; Carolane Giraud, UPMC, 2017 ; Simon Gordillo, UTLN, 2022 ; Mélusine Mendes, Romane Malnati et Nathan Picard, 2024)
- 2 stagiaires ingénieure (Jade Céfaï, Polytech Marseille, 2021 ; Margaux Ayasse, UniLaSalle, 2022)
- 1 alternante de BUT 3 (Anaëlle Genève, 2024-2025)
- 9 stagiaires de DUT/BUT2 (Claire Dumortier, UTLN, 2015 ; Mathilde Goidin, UTLN, 2017, Léa Rodrigues, UTLN, 2018 ; Marvin Hilger, UTLN, 2018 ; Canelle Sauvaître, 2021 ; Cassendre Ouvrard, 2022 ; Laura Miquel, 2023 ; Eliott Uguen et Anaëlle Genève, 2024)
- 4 stagiaires de Licence (Léa Germain, L Physique-Chimie renforcée, UTLN, 2016-2017 ; Philip Poupin, L Biologie, AMU, 2018 ; Laza Hadjadj, L Biologie, U. Toulouse, 2024 ; Kiara Esteves Ramos, L. Biologie et Humanités, UCL, 2024)
Responsabilités administratives
- Co-responsable de l’équipe MEB (~ 65 personnels dont 38 permanents) au sein du MIO (depuis janvier 2024) : animation scientifique, gestion financière des crédits récurrents, responsable d’entretien de personnels techniques, stratégie scientifique de l’équipe, participation au comité de direction du MIO pour mise en oeuvre de la stratégie scientifique et organiser les interactions avec les 4 tutelles du laboratoire
- Co-responsable de l’Axe Transverse CONTAM (Dynamique des contaminants dans le milieu marin) du laboratoire MIO depuis (2018-2023)
- Co-responsable de l'action Contaminants de l'équipe MEB du MIO (2018-2023)
- Membre élu représentant des enseignants chercheurs au bureau du pôle MEDD de l’UTLN depuis juillet 2018
- Correspondant UTLN auprès du Réseau des Universités Marines depuis 2019
- Animation scientifique à l’EA PROTEE : responsable du cycle de séminaires bi-mensuels « Anim’mardi » entre septembre 2014 et décembre 2017 (49 séminaires organisés).
- Représentant suppléant de l’EA PROTEE au conseil de l’axe stratégique (devenu pôle) MEDD de l’UTLN de 2016 à 2017.
- Membre élu du conseil de laboratoire de l’EA PROTEE de janvier 2014 à décembre 2017.
Activités d’enseignement
Enseignements dispensés actuellement :
- biologie et physiologie végétale
- fonctionnement de l'environnement marin
- inventaires de diversité
- conservation des espaces naturels
- écologie microbienne
- outils moléculaires pour l'étude des communautés
- écotoxicologie microbienne
Formations universitaires concernées :
- BUT Génie Biologique (tronc commun 1ère année, parcours SEE les 3 années)
- Master Sciences De la Mer 1ère année et 2ème année
Responsabilités pédagogiques :
- aide à la réussite en BUT 1
- responsabilité d'UE en BUT : UE 3 (SEE) Gérer les milieux naturels anthropisés
- responsabilité de SAé en BUT : SAé 1.2 (Observer différents niveaux d'organisation du vivant), 1.3SEE (Identifier et caractériser des êtres vivants dans leur environnement) et 2.3SEE (Décrire un milieu et sa biodiversité, partenariat avec le Parc National de Port-Cros)
- M1 SDM IPA : Diversité des microorganismes marins
Expérience professionnele en Recherche et Enseignement
- Depuis Septembre 2024 : professeur des universités, UTLN, IUT département de génie biologique, MIO (UM110, CNRS, IRD, AMU, UTLN) équipe Microbiologie Environnementale et Biotechnologies (MEB).
- Janvier 2018 - août 2024 : maître de conférences, UTLN, IUT département de génie biologique, MIO (UM110, CNRS, IRD, AMU, UTLN) équipe Microbiologie Environnementale et Biotechnologies (MEB).
- Septembre 2013 – décembre 2017 : maître de conférences, UTLN, IUT département génie biologique, PROTEE (EA 3819), équipe Ecologie et Biologie MArines.
- Octobre 2012 – août 2013 : post-doctorant, LMGE (UMR CNRS 6023, UBP, Clermont-Ferrand), équipes « Communautés microbiennes : écotoxicologie, santé » (CMES) et « Interactions dans les réseaux trophiques aquatiques » (IRTA).
- Octobre 2011 – août 2012 : Attaché temporaire d’enseignement et de recherche (temps plein) –Université Blaise Pascal (UBP), UFR Sciences et Technologies, département de Biologie, LMGE, équipe CMES.
- Octobre 2008 – juin 2011 : enseignant vacataire, UBP et Université d’Auvergne. (205,5h eq. TD).
Formation Universitaire
- Novembre 2019 : Habilitation à diriger des recherches - UTLN. Titre : Ecologie de populations et communautés microbiennes dans l’eau et les sédiments d’environnements aquatiques sous forte pression anthropique.
- Octobre 2008 – Octobre 2011 : Thèse de doctorat d’écologie - UBP (soutenue le 19 octobre 2011) - Sujet : « Potentiel toxique et structure génétique de populations de Microcystis en relation avec les différentes phases de son cycle de vie » - Directeurs de thèse : Christian Amblard (DR, UMR CNRS 6023, LMGE) et Delphine Latour (MCF, UBP, LMGE) - Financement : Allocation de recherche du Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche, obtenue par voie de concours, classé 2/26 par l’école doctorale.
- 2007-2008 : Master 2 recherche spécialité « Biologie et Fonctionnement des Ecosystèmes », UBP. Mention Bien, classé 1er/11. Obtention d’une bourse de mérite, sur la base des résultats universitaires. Stage de recherche (6 mois) réalisé au LMGE sur le sujet : « Impact des microcystines sur le recrutement benthique de la cyanobactérie Microcystis ».
- 2006-2007 : Master 1 « Biologie des Peuplements et des Ecosystèmes », UBP. Mention Bien, classé 1er/26 - Stage de recherche (3 mois) réalisé au LMGE sur le sujet : « Influence de la compétition alimentaire interspécifique entre espèces piscicoles du Haut-Allier sur la croissance des juvéniles du Saumon Atlantique Salmo salar ».
- 2005-2006 : Licence Biologie parcours Environnement, UBP. Mention Assez-Bien, classé 16ème/234
- 2003-2005 : DEUG Biologie, parcours Sciences de la Vie, UBP. Mention Assez-Bien.
Publications
Publications
Rising algal- and soil-derived dissolved organic matter modifies interactions between bacteria and phytoplankton in a high-altitude lakeSIL2022: International Society of Limnology, International Society of Limnology, Aug 2022, Berlin, Germany
Communication dans un congrès
hal-04555685
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Planktonic communities shift with dissolved organic matter properties: a functional perspective for sentinel lakesJASM 2022, May 2022, Grand Rapids, United States
Communication dans un congrès
hal-04555731
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Role of microorganisms in marine mercury cycling: current knowledge and future directionsMISTRALS Contamination & Pollution workshop, Nov 2018, Marseille, France
Communication dans un congrès
hal-02173548
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Phytoplankton assemblage shifts with dissolved organic matter properties: a functional perspective for sentinel lakes5ème JILO, Oct 2022, corte, France
Poster de conférence
hal-04555636
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Soil photosynthetic microbial communities as bioindicators for pesticide stress assessment1. Global Soil Biodiversity Initiative Conference (GSBI), Dec 2014, Dijon, France. 702 p., 2014, The First Global Soil Biodiversity Conference, december 2-5, 2014, Dijon, France : book of abstracts
Poster de conférence
hal-02738907
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Potentiel toxique et structure génétique de populations de Microcystis en lien avec les différentes phases de son cycle de vieSciences agricoles. Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2011. Français. ⟨NNT : 2011CLF22168⟩
Thèse
tel-00678587
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