Benoit Ballester Chargé de Recherche Hors Classe en Bioinformatique à l'INSERM - HDR

Identifiants chercheurs

IdHAL :

benoit-ballester

ORCID :

0000-0002-0834-7135

IdRef :

111468833

ResearcherID :

N-6127-2016

Présentation

Mes recherches portent sur la régulation des gènes à travers l’exploration des régions non codantes du génome, en combinant génomique comparative, analyses multi-omiques et modélisation des données à grande échelle.

Mes travaux se concentre sur l’identification, la cartographie et la caractérisation des éléments régulateurs – notamment les enhancers – dans les génomes humains et modèles. Pour cela, j’ai développé ReMap, une ressource ouverte qui agrège et harmonise des milliers de jeux de données ChIP-seq pour des centaines de facteurs de transcription. ReMap permet d’identifier les régions du génome potentiellement actives en tant qu’enhancers ou sites de régulation transcriptionnelle : http://remap.univ-amu.fr

Je m’intéresse aussi à la transcription des régions intergéniques et à son lien avec l’activité régulatrice, en mobilisant RNA-seq, CAGE-seq et d'autres technologies transcriptomiques. Ces travaux visent à mieux comprendre comment certains loci intergéniques non annotés participent à la régulation fine de l'expression des gènes.

Enfin, une ligne de recherche plus récente explore la présence d’éléments régulateurs dans les séquences codantes, en particulier des enhancers situés dans les exons. Ce travail interroge les frontières classiques entre régions codantes et non codantes, et soulève des questions fondamentales sur l’évolution et la multifonctionnalité de l’ADN.

Ensemble, ces approches visent à réévaluer la complexité du génome et à mieux comprendre comment ses différentes couches – codantes ou non – interagissent pour réguler les programmes d’expression, dans des contextes cellulaires, développementaux et pathologiques.

Publications

Article dans une revue (39)

Exonic enhancers are a widespread class of dual-function regulatory elements Jean-Christophe Mouren,Magali Torres,Antoinette van Ouwerkerk,Iris Manosalva,Frederic Gallardoet al. Nature Communications, 2026, ⟨10.1038/s41467-026-71220-6⟩ Article dans une revue hal-05126239v1
Integrating genetic variation with deep learning provides context for variants impacting transcription factor binding during embryogenesis Olga M Sigalova,Mattia Forneris,Frosina Stojanovska,Bingqing Zhao,Rebecca R Vialeset al. Genome Research, 2025, 35 (5), pp.1138-1153. ⟨10.1101/gr.279652.124⟩ Article dans une revue hal-05500716v1
MUFFIN: a suite of tools for the analysis of functional sequencing data Pierre De langen,Benoit Ballester NAR Genomics and Bioinformatics, 2024, 6 (2), pp.lqae051. ⟨10.1093/nargab/lqae051⟩ Article dans une revue hal-04642848v1
Comprehensive mapping of genetic variation at Epromoters reveals pleiotropic association with multiple disease traits Jing Wan,Antoinette van Ouwerkerk,Jean-Christophe Mouren,Carla Heredia,Lydie Pradelet al. Nucleic Acids Research, 2024, ⟨10.1093/nar/gkae1270⟩ Article dans une revue hal-04882272v1
ChagasDB: 80 years of publicly available data on the molecular host response to &lt;i&gt;Trypanosoma cruzi&lt;/i&gt; infection in a single database Pauline Brochet,Jean-Christophe Mouren,Laurent Hannouche,Fabrice Lopez,Benoit Ballesteret al. Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2023, 2023, pp.baad037. ⟨10.1093/database/baad037⟩ Article dans une revue hal-04284853v1
Characterizing intergenic transcription at RNA polymerase II binding sites in normal and cancer tissues Pierre de Langen,Fayrouz Hammal,Elise Guéret,Jean-Christophe Mouren,Lionel Spinelliet al. Cell Genomics, 2023, 3, pp.100411. ⟨10.1016/j.xgen.2023.100411⟩ Article dans une revue hal-04228229v1
JASPAR 2022: the 9th release of the open-access database of transcription factor binding profiles Jaime A Castro-Mondragon,Rafael Riudavets-Puig,Ieva Rauluseviciute,Roza Berhanu Lemma,Laura Turchiet al. Nucleic Acids Research, 2022, 50 (D1), pp.D165-D173. ⟨10.1093/nar/gkab1113⟩ Article dans une revue hal-03463821v1
ReMap 2022: a database of Human, Mouse, Drosophila and Arabidopsis regulatory regions from an integrative analysis of DNA-binding sequencing experiments Fayrouz Hammal,Pierre De langen,Aurélie Bergon,Fabrice Lopez,Benoit Ballester Nucleic Acids Research, 2022, ⟨10.1093/nar/gkab996⟩ Article dans une revue hal-03433360v1
Anomaly detection in genomic catalogues using unsupervised multi-view autoencoders Quentin Ferré,Jeanne Chèneby,Denis Puthier,Cécile Capponi,Benoît Ballester BMC Bioinformatics, 2021, 22 (1), pp.460. ⟨10.1186/s12859-021-04359-2⟩ Article dans une revue inserm-03356659v1
JASPAR 2020: update of the open-access database of transcription factor binding profiles. Oriol Fornés,Jaime Castro-Mondragon,Aziz Khan,Robin van Der Lee,Xi Zhanget al. Nucleic Acids Research, 2020, 48 (D1), pp.D87-D92. ⟨10.1093/nar/gkz1001⟩ Article dans une revue hal-02365013v1
ReMap 2020: a database of regulatory regions from an integrative analysis of Human and Arabidopsis DNA-binding sequencing experiments Jeanne Chèneby,Zacharie Ménétrier,Martin Mestdagh,Thomas Rosnet,Allyssa Douidaet al. Nucleic Acids Research, 2020, ⟨10.1093/nar/gkz945⟩ Article dans une revue hal-02351736v1
Insights gained from a comprehensive all- against-all transcription factor binding motif benchmarking study Giovanna Ambrosini,Ilya Vorontsov,Dmitry Penzar,Romain Groux,Oriol Fornéset al. Genome Biology, 2020, 21 (1), ⟨10.1186/s13059-020-01996-3⟩ Article dans une revue hal-02773294v1
A predictable conserved DNA base composition signature defines human core DNA replication origins Ildem Akerman,Bahar Kasaai,Alina Bazarova,Pau Biak Sang,Isabelle Peifferet al. Nature Communications, 2020, 11, pp.4826. ⟨10.1038/s41467-020-18527-0⟩ Article dans une revue hal-02945610v1
Involvement of G-quadruplex regions in mammalian replication origin activity Paulina Prorok,Marie Artufel,Antoine Aze,Philippe Coulombe,Isabelle Peifferet al. Nature Communications, 2019, 10 (1), pp.3274. ⟨10.1038/s41467-019-11104-0⟩ Article dans une revue hal-03101805v1
A map of direct TF–DNA interactions in the human genome Marius Gheorghe,Geir Kjetil Sandve,Aziz Khan,Jeanne Chèneby,Benoit Ballesteret al. Nucleic Acids Research, 2019, ⟨10.1093/nar/gky1210⟩ Article dans une revue hal-01980383v1
A map of direct TF–DNA interactions in the human genome Marius Gheorghe,Geir Kjetil Sandve,Aziz Khan,Jeanne Chèneby,Benoit Ballesteret al. Nucleic Acids Research, 2019, 47 (14), pp.7715-7715. ⟨10.1093/nar/gkz582⟩ Article dans une revue hal-02531478v1
Erratum. JASPAR 2018: update of the open-access database of transcription factor binding profiles and its web framework Robin Van der lee,Benoit Ballester,François Parcy,Aziz Khan,Oriol Fornéset al. Nucleic Acids Research, 2018, 46 (D1), pp.D1284-D1284. ⟨10.1093/nar/gkx1188⟩ Article dans une revue hal-01980416v1
ReMap 2018: an updated atlas of regulatory regions from an integrative analysis of DNA-binding ChIP-seq experiments Jeanne Chèneby,Marius Gheorghe,Marie Artufel,Anthony Mathelier,Benoit Ballester Nucleic Acids Research, 2018, 46 (D1), pp.D267-D275. ⟨10.1093/nar/gkx1092⟩ Article dans une revue hal-01646201v1
JASPAR 2018: update of the open-access database of transcription factor binding profiles and its web framework Aziz Khan,Oriol Fornés,Arnaud Stigliani,Marius Gheorghe,Jaime A. Castro-Mondragonet al. Nucleic Acids Research, 2018, 46 (D1), pp.D260-D266. ⟨10.1093/nar/gkx1126⟩ Article dans une revue hal-01646126v1
Integrative analysis of public ChIP-seq experiments reveals a complex multi-cell regulatory landscape Aurélien Griffon,Quentin Barbier,Jordi Dalino,Jacques van Helden,Salvatore Spicugliaet al. Nucleic Acids Research, 2015, 43 (e27), ⟨10.1093/nar/gku1280⟩ Article dans une revue hal-01219379v1
The chromatin environment shapes DNA replication origin organization and defines origin classes Christelle Cayrou,Benoit Ballester,Isabelle Peiffer,Romain Fenouil,Philippe Coulombeet al. Genome Research, 2015, 25 (12), pp.1873-1885. ⟨10.1101/gr.192799.115⟩ Article dans une revue hal-03101863v1
High-throughput and quantitative assessment of enhancer activity in mammals by CapStarr-seq Laurent Vanhille,Aurélien Griffon,Muhammad Ahmad Maqbool,Joaquin Zacarias-Cabeza,Lan T.M. Daoet al. Nature Communications, 2015, 6, pp.6905. ⟨10.1038/ncomms7905⟩ Article dans une revue hal-01614948v1
TAF4, a subunit of transcription factor II D, directs promoter occupancy of nuclear receptor HNF4A during post-natal hepatocyte differentiation Daniil Alpern,Diana Langer,Benoit Ballester,Stephanie Le Gras,Christophe Romieret al. eLife, 2014, 3, pp.308-312. ⟨10.7554/eLife.03613.001⟩ Article dans une revue hal-01404987v1
Multi-species, multi-transcription factor binding highlights conserved control of tissue-specific biological pathways Benoit Ballester,Alejandra Medina-Rivera,Dominic Schmidt,Mar Gonzàlez-Porta,Matthew Carlucciet al. eLife, 2014, 462, pp.e02626. ⟨10.7554/eLife.02626.031⟩ Article dans une revue hal-01455448v1
A CpG mutational hotspot in a ONECUT binding site accounts for the prevalent variant of hemophilia B Leyden. Alister P W Funnell,Michael D Wilson,Benoit Ballester,Ka Sin Mak,Jon Burdachet al. American Journal of Human Genetics, 2013, 92 (3), pp.460--467 Article dans une revue hal-01615153v1
Waves of retrotransposon expansion remodel genome organization and CTCF binding in multiple mammalian lineages Dominic Schmidt,Petra C Schwalie,Michael D Wilson,Benoit Ballester,Angela Goncalveset al. Cell, 2012, 148 (1-2), pp.335--348 Article dans une revue hal-01615154v1
Identification of proteomic signatures of mantle cell lymphoma, small lymphocytic lymphoma, and marginal zone lymphoma biopsies by surface enhanced laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry. Delphine Rolland,Ali Bouamrani,Rémi Houlgatte,Aurélie Barbarat,Claire Ramuset al. Leukemia & lymphoma, 2011, 52 (4), pp.648--658 Article dans une revue hal-01615155v1
Five-vertebrate ChIP-seq reveals the evolutionary dynamics of transcription factor binding Dominic Schmidt,Michael D Wilson,Benoit Ballester,Petra C Schwalie,Gordon D Brownet al. Science (New York, NY), 2010, 328 (5981), pp.1036--1040 Article dans une revue hal-01615156v1
Consistent annotation of gene expression arrays Benoit Ballester,Nathan Johnson,Glenn Proctor,Paul Flicek BMC Genomics, 2010, 11, pp.294 Article dans une revue hal-01615157v1
Ensembl's 10th year. Nathan Johnson,Andreas Kähäri,Damian Keefe,Stephen Keenan,Rhoda Kinsellaet al. Nucleic Acids Research, 2010, 38 (Database issue), pp.D557--62 Article dans une revue hal-01615158v1
BioMart Central Portal―unified access to biological data. Syed Haider,Benoit Ballester,Damian Smedley,Junjun Zhang,Peter Riceet al. Nucleic Acids Research, 2009, 37 (Web Server issue), pp.W23--7 Article dans une revue hal-01615159v1
Strand selective generation of endo-siRNAs from the Na/phosphate transporter gene Slc34a1 in murine tissues. Mark Carlile,Daniel Swan,Kelly Jackson,Keziah Preston-Fayers,Benoit Ballesteret al. Nucleic Acids Research, 2009, 37 (7), pp.2274--2282 Article dans une revue hal-01615161v1
BioMart―biological queries made easy Damian Smedley,Syed Haider,Benoit Ballester,Richard Holland,Darin Londonet al. BMC Genomics, 2009, 10 (1), pp.22. ⟨10.1186/1471-2164-10-22⟩ Article dans une revue hal-01615162v1
Ensembl 2009. T J P Hubbard,B L Aken,S Ayling,Benoit Ballester,K Bealet al. Nucleic Acids Research, 2009, 37 (Database issue), pp.D690--7 Article dans une revue hal-01615160v1
Ensembl 2008 P. Flicek,B. Aken,K. Beal,Benoit Ballester,M. Caccamoet al. Nucleic Acids Research, 2007, 36 (Database), pp.D707 - D714. ⟨10.1093/nar/gkm988⟩ Article dans une revue hal-01626053v1
Gene expression profiling identifies molecular subgroups among nodal peripheral T-cell lymphomas B Ballester,O Ramuz,C Gisselbrecht,G Doucet,L Loiet al. Oncogene, 2006, 25 (10), pp.1560-1570. ⟨10.1038/sj.onc.1209178⟩ Article dans une revue hal-01612147v1
Ensembl 2007. T J P Hubbard,B L Aken,K Beal,Benoit Ballester,M Caccamoet al. Nucleic Acids Research, 2006, 35 (Database issue), pp.D610--7 Article dans une revue hal-01615163v1
Gene profiling reveals specific oncogenic mechanisms and signaling pathways in oncocytic and papillary thyroid carcinoma O Baris,D Mirebeau-Prunier,F Savagner,P Rodien,B Ballesteret al. Oncogene, 2005, 24 (25), pp.4155-4161. ⟨10.1038/sj.onc.1208578⟩ Article dans une revue hal-01612148v1
The Sgp3 locus on mouse chromosome 13 regulates nephritogenic gp70 autoantigen expression and predisposes to autoimmunity Catherine Laporte,Benoit Ballester,Charles Mary,Shozo Izui,Luc Reininger Journal of Immunology, 2003, 171 (7), pp.3872--3877 Article dans une revue hal-01615164v1

Poster de conférence (1)

Genome-wide Characterization of Exons as Regulatory Elements Jean-Christophe Mouren,Antoinette van Ouwerkerk,Magali Torres,Frédéric Gallardo,Salvatore Spicugliaet al. JOBIM 2024 - Journées ouvertes en biologie, informatique, et mathématiques 2024, Jun 2024, Toulouse, France Poster de conférence hal-04633459v1

Pré-publication, Document de travail (1)

Contextualising transcription factor binding during embryogenesis using natural sequence variation Olga M Sigalova,Mattia Forneris,Frosina Stojanovska,Bingqing Zhao,Rebecca R Vialeset al. 2025 Pré-publication, Document de travail hal-04894851v1