Boris Misery Maître de conférences en écologie microbienne des aliments et bioprocédés – Oniris Activités de recherche au sein de l’UMR INRAE–Oniris SECALIM (UMR 1014) : écologie des microbiotes alimentaires, interactions microbiennes et facteurs de procédé, avec focalisation sur la maîtrise du risque et sur des matrices émergentes.Enseignement au sein de l'UP MicroBioTech : formation ingénieur, Master 2 BPS et Master OHE

Identifiants chercheurs

IdHAL :

boris-misery

ORCID :

0000-0003-3589-8060

Présentation

Je suis Boris Misery, maître de conférences en écologie microbienne des aliments et bioprocédés au sein de Oniris, rattaché à l’UMR INRAE–Oniris SECALIM (UMR 1014).

Mes travaux s’inscrivent à l’interface écosystèmes microbiens–procédés–risque sanitaire, avec un usage central des approches “omiques” (metabarcoding / NGS), de la bioinformatique et de l’analyse statistique pour relier composition microbienne, facteurs (a)biotiques et indicateurs de maîtrise.

Ce qui m’anime : faire parler des données complexes (microbiomes, paramètres de procédé, expositions) pour éclairer des décisions de maîtrise, tout en formant des ingénieurs capables de mobiliser ces outils de manière critique et reproductible.

Mon fil directeur est l’écologie microbienne appliquée : comprendre comment des communautés se structurent, évoluent et interagissent dans des environnements contraints (matrices alimentaires, ateliers de production, chaînes de transformation), et comment ces dynamiques se traduisent en risque sanitaire, en pertes de qualité ou en variabilité organoleptique.

J’ai construit cette trajectoire en combinant microbiologie “classique” et biologie moléculaire (metabarcoding/NGS), puis en développant les compétences bioinformatiques et biostatistiques nécessaires pour passer de profils microbiens bruts à des résultats interprétables : co-occurrences, signatures microbiennes, liens avec des paramètres physico-chimiques et mise en perspective mécanistique. Depuis mon intégration à SECALIM, j’étends ces approches à des matrices à forts enjeux, dans une logique explicite de construction d’outils d’analyse et d’aide à la décision, plutôt que de description des microbiotes pour elle-même.

Un axe structurant de mon activité concerne les transitions protéiques et l’émergence de nouvelles matrices : l’enjeu est d’y définir des méthodes de contrôle microbiologique pertinentes, fondées sur les propriétés propres de la matrice (structure, procédés, dynamiques microbiennes) et non sur la transposition automatique de schémas conçus pour d’autres catégories de produits. Sur le plan méthodologique, j’ai déployé la technologie MinION dans l’équipe comme levier de montée en résolution, en complément des approches metabarcoding, afin de soutenir des stratégies de métagénomique et de génomique hybride (Illumina–long reads) lorsque le niveau de précision conditionne l’interprétation. L’ensemble s’inscrit dans une trajectoire cohérente : partir de la microbiologie, formaliser les dynamiques à l’échelle des communautés, puis mobiliser l’outillage omique et bioinformatique pour produire des résultats robustes et mobilisables en maîtrise.

Publications

Article dans une revue (9)

Free-range versus conventional: A comparison of microbial composition and Campylobacter contamination in broiler carcasses after chilling Sophie Hautefeuille,Sandrine Guillou,Agnès Bouju-Albert,Boris Misery,Béatrice Larocheet al. Poultry Science, 2026, 105 (1), pp.106111. ⟨10.1016/j.psj.2025.106111⟩ Article dans une revue hal-05400966v1
An Exploration of the Breast Milk Nutriome, Exposome and Microbiome and their Links to Early Growth in Preterm Infants Marie-Cécile Alexandre-Gouabau,Thomas Moyon,Chloé Douarec,Younes Moulazem,Mikaël Croyalet al. Journal of Nutritional Biochemistry, 2026, pp.110268. ⟨10.1016/j.jnutbio.2026.110268⟩ Article dans une revue hal-05478077v1
Systematic review of the microbiological status of farmed and processed Tenebrio molitor: Insights on foodborne pathogens in food and feed applications Xin Yan,Lenaïg Brulé,Muhammad Tanveer Munir,Michel Federighi,Jean-Michel Cappelieret al. Food Control, 2025, 176, pp.111340. ⟨10.1016/j.foodcont.2025.111340⟩ Article dans une revue hal-05490065v1
Investigating the Microbial Dynamics of Hermetia illucens Powder Throughout Rearing and Processing: An Integrated Approach Using Cultural and Metabarcoding Methods Boris Misery,Lenaïg Brulé,Rima Djema,Xin Yan,Victoire Le Cozicet al. Foods, 2025, 14 (13), pp.2161. ⟨10.3390/foods14132161⟩ Article dans une revue hal-05217672v1
Extensive multivariate dataset characterizing bacterial community diversity and Campylobacter contamination level in a large number of conventional broilers carcasses after air chilling and refrigerated storage Sophie Hautefeuille,Raouf Tareb,Agnès Bouju-Albert,Boris Misery,Béatrice Larocheet al. Data in Brief, 2024, 56, pp.110858. ⟨10.1016/j.dib.2024.110858⟩ Article dans une revue hal-04778036v1
Evaluation of the Microbial Quality of Hermetia illucens Larvae for Animal Feed and Human Consumption: Study of Different Type of Rearing Substrates Lenaïg Brulé,Boris Misery,Guillaume Baudouin,Xin Yan,Côme Guidouet al. Foods, 2024, 13 (10), pp.1587. ⟨10.3390/foods13101587⟩ Article dans une revue hal-04645390v1
Développement de la consommation humaine d'insectes en Europe : quelles avancées en terme de sécurité sanitaire pour ce &quot; Novel Food &quot; ? Michel Federighi,Narjes Mtimet,Pauline Kooh,Boris Misery,Géraldine Boué Industries Alimentaires et Agricoles, 2023, 84, pp.18-22 Article dans une revue anses-04143980v1
Spatio-temporal variations in chemical pollutants found among urban deposits match changes in thiopurine S-methyltransferase-harboring bacteria tracked by the tpm metabarcoding approach Axel Aigle,Emilie Bourgeois,Laurence Marjolet,Sabine Houot,Dominique Patureauet al. Science of the Total Environment, 2021, 767, pp.145425. ⟨10.1016/j.scitotenv.2021.145425⟩ Article dans une revue hal-03445972v1
Control of soil N cycle processes by Pteridium aquilinum and Erica cinerea in heathlands along a pH gradient Clément Bardon,Boris Misery,Florence Piola,Franck Poly,Xavier Le Roux Ecosphere, 2018, 9 (9:e02426), ⟨10.1002/ecs2.2426⟩ Article dans une revue hal-01878045v1

Communication dans un congrès (6)

Influence of the nutriome, exposome, and microbiome of breast milk on early growth in infants in the context of prematurity. Marie-Cécile Alexandre-Gouabau,Thomas Moyon,Chloé Douarec,Younes Moulazem,Mikaël Croyalet al. Journées Francophones de Recherche en Néonatalogie, SFRN, Dec 2025, Paris, France Communication dans un congrès hal-05417126v1
Exploring co-occurrences among bacterial communities in broiler meat and the foodborne pathogen Campylobacter for enhanced food safety Sophie Hautefeuille,Raouf Tareb,Boris Misery,Agnès Bouju-Albert,Sandrine Guillouet al. IAFP European Symposium, Apr 2024, Genève, Switzerland Communication dans un congrès hal-05490138v1
Study of the microbial dynamics of Hermetia illucens along the rearing and processing steps: an insight for the future safe introduction for human food. Boris Misery FoodMicro 2024, ICFMH, Jul 2024, Burgos (Spain), Spain Communication dans un congrès hal-05490127v1
Projet exploratoire SYALSA -LactOMICS Marie Cécile Alexandre-Gouabau,Germán Cano-Sancho,Evelyne Vigneau,Benjamin Mahieu,Thomas Moyonet al. Journées Francophones de Nutrition, Dec 2024, Strasbourg, France Communication dans un congrès hal-04878941v1
Etude des lactobacilles dans les écosystèmes microbiens cidricoles : quel potentiel dans l’amélioration organoleptique ? Boris Misery,Jean-Marie Laplace,Marina Cretenet 22ème colloque du Club des Bactéries Lactiques, Jun 2019, Caen, France Communication dans un congrès hal-02467994v1
Etude des écosystèmes microbiens cidricoles : quel potentiel pour l'amélioration de la qualité du cidre ? Boris Misery,Patrick Legendre,Valérie Bouchart,Jean-Paul Simon,Hugues Guichardet al. 22ème colloque du Club des Bactéries Lactiques, Oct 2018, Paris, France Communication dans un congrès hal-02468032v1

Poster de conférence (4)

Investigating co-occurences to decoding the interplay between bacterial communities and the foodborne pathogen Campylobacter in broiler meat Sophie Hautefeuille,Raouf Tareb,Agnès Bouju-Albert,Boris Misery,Nabila Haddadet al. Food Micro 2024, Jul 2024, Burgos, Spain Poster de conférence hal-05490698v1
Insight into the transcriptome profile of mature biofilm of Brochothrix thermosphacta at 8 and 25°C Antoine Gaillac,Boris Misery,Sandrine Rezé,Romain Briandet,Hervé Prévostet al. Biofilm 2024, Nov 2024, Toulouse, France Poster de conférence hal-05490710v1
New insights of french cider microbial communities throughout metagenomics Boris Misery,Jean-Marie Laplace,Marina Cretenet FEMS 2019, Jul 2019, Glasgow, United Kingdom Poster de conférence hal-02468018v1
Etudes des écosystèmes microbiens cidricoles : altérations et améliorations organoleptiques Boris Misery,Patrick Legendre,Valerie Bouchart,J-P. Simon,H. Guichardet al. Congrès de la Société Française de Microbiologie, Oct 2018, Paris, France Poster de conférence hal-04776920v1

Thèse (1)

Etude des écosystèmes microbiens cidricoles : quel impact sur la qualité organoleptique ? Boris Misery Agronomie. Normandie Université, 2021. Français. ⟨NNT : 2021NORMC209⟩ Thèse tel-03187453v1