Bryan Brancotte

Publications

Article dans une revue (13)

InSillyClo, a User-Friendly Web Application to Assist Large-Scale Golden Gate Cloning and MoClo Workflows Henri Galez,Bryan Brancotte,Juliette Bonche,Julien Fumey,Sara Napolitanoet al. ACS Synthetic Biology, 2025, 15 (1), pp.353-358. ⟨10.1021/acssynbio.5c00553⟩ Article dans une revue hal-05474698v1
A Comprehensive Resource for Exploring Antiphage Defense: DefenseFinder Webservice, Wiki and Databases Florian Tesson,Rémi Planel,A. Egorov,Héloïse Georjon,Hugo Vayssetet al. Peer Community Journal, 2024, ⟨10.24072/pcjournal.470⟩ Article dans une revue hal-04600530v2
BioFlow-Insight: facilitating reuse of Nextflow workflows with structure reconstruction and visualization George Marchment,Bryan Brancotte,Marie Schmit,Frédéric Lemoine,Sarah Cohen-Boulakia NAR Genomics and Bioinformatics, 2024, 6 (3), pp.lqae092. ⟨10.1093/nargab/lqae092⟩ Article dans une revue pasteur-04670359v1
A comprehensive resource for Bordetella genomic epidemiology and biodiversity studies Sébastien Bridel,Valérie Bouchez,Bryan Brancotte,Sofia Hauck,Nathalie Armatyset al. Nature Communications, 2022, 13 (1), pp.3807. ⟨10.1038/s41467-022-31517-8⟩ Article dans une revue pasteur-03754631v1
High-Resolution Typing of Staphylococcus epidermidis Based on Core Genome Multilocus Sequence Typing To Investigate the Hospital Spread of Multidrug-Resistant Clones Anne Jamet,Julien Guglielmini,Bryan Brancotte,Mathieu Coureuil,Daniel Euphrasieet al. Journal of Clinical Microbiology, 2021, 59 (3), ⟨10.1128/JCM.02454-20⟩ Article dans une revue hal-03218144v1
Viral Host Range database, an online tool for recording, analyzing and disseminating virus-host interactions Quentin Lamy-Besnier,Bryan Brancotte,Hervé Ménager,Laurent Debarbieux Bioinformatics, 2021, 60 (4), pp.921-925. ⟨10.1093/bioinformatics/btab070⟩ Article dans une revue pasteur-03166905v1
The iPPI-DB initiative: a community-centered database of protein–protein interaction modulators Rachel Torchet,Karen Druart,Luis Checa Ruano,Alexandra Moine-Franel,Hélène Borgeset al. Bioinformatics, 2021, 37 (1), pp.89-96. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa1091⟩ Article dans une revue hal-03252561v1
Efficient, robust and effective rank aggregation for massive biological datasets Pierre Andrieu,Bryan Brancotte,Laurent Bulteau,Sarah Cohen-Boulakia,Alain Deniseet al. Future Generation Computer Systems, 2021, 124, pp.406-421. ⟨10.1016/j.future.2021.06.013⟩ Article dans une revue hal-03388443v1
Community curation of bioinformatics software and data resources Jon Ison,Hervé Ménager,Bryan Brancotte,Erik Jaaniso,Ahto Salumetset al. Briefings in Bioinformatics, 2019, pp.bbz075. ⟨10.1093/bib/bbz075⟩ Article dans une revue pasteur-02770716v1
A reusable tree-based web-visualization to browse EDAM ontology, and contribute to it. Bryan Brancotte,Christophe Blanchet,Hervé Ménager Journal of Open Source Software, 2018, 3 (27), pp.698. ⟨10.21105/joss.00698⟩ Article dans une revue pasteur-02770161v1
Rank aggregation with ties: Experiments and Analysis Bryan Brancotte,Bo Yang,Guillaume Blin,Sarah Cohen-Boulakia,Alain Deniseet al. Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), 2015, Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), 8 (11), pp.1202-1213. ⟨10.14778/2809974.2809982⟩ Article dans une revue hal-01165336v1
Similarity Search for Scientific Workflows Johannes Starlinger,Bryan Brancotte,Sarah Cohen-Boulakia,Ulf Leser Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), 2014, 7 (12), pp.1143-1154. ⟨10.14778/2732977.2732988⟩ Article dans une revue hal-01066046v1
Gene List significance at-a-glance with GeneValorization. Bryan Brancotte,Anne Biton,Isabelle Bernard-Pierrot,François Radvanyi,Fabien Reyalet al. Bioinformatics, 2011, 27 (8), pp.1187-9. ⟨10.1093/bioinformatics/btr073⟩ Article dans une revue inria-00627865v1

Poster de conférence (7)

Shiny-K8s, a toolkit to easily and reproducibly deploy your (R)Shiny app thanks to docker and Kubernetes (without mastering them!) Bryan Brancotte,Elodie Chapeaublanc JOBIM 2024, Jun 2024, Toulouse (FRANCE), France. Poster de conférence pasteur-04643557v1
Web development, expertise of the Web INTEgRation group in the Bioinformatic and Biostatistics Hub Juliette Bonche,Bryan Brancotte,Elodie Chapeaublanc,Amanda Dieuaide,Simon Malesyset al. Journée Départementale du Département de Biologie Computationnelle de l'Institut Pasteur, Mar 2024, Annecy (France), France Poster de conférence pasteur-04609173v1
EDAM, the life-science ontology for data analysis and management Lucie Lamothe,Alban Gaignard,Mads Kierkegaard,Hager Eldakroury,Melissa Blacket al. JOBIM, Jul 2022, Rennes, France. ⟨10.5281/zenodo.6769072⟩ Poster de conférence hal-03702557v1
EDAM Browser: visualization of EDAM and annotated bioinformatics resources Hager Eldakroury,Sakshi Dhamija,Rashika Rathi,Drashti Patoliya,Guneet Singhet al. BOSC, Jul 2021, Online, France Poster de conférence hal-04122666v1
Insyght : Analyse evolutionary conserved CDS, orthologs, syntenies, pan-genome, fusion, etc., for your bacteria of interest Thomas Lacroix,Valentin Loux,Jonathan Lorenzo,Bryan Brancotte,Christophe Blanchetet al. Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB), Apr 2018, Paris, France. , 2018 Poster de conférence hal-02736501v1
Multi-Cloud deployment for microbial genomes analysis Jonathan Lorenzo,Bryan Brancotte,Thomas Lacroix,Mohamed Bedri,Jean-Francois Gibratet al. JOBIM 2017 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2017, Lille, France. , pp.234, 2017, JOBIM 2017- LILLE Poster de conférence hal-01605864v1
Interrogation de bases de données biologiques publiques par reformulation de requêtes et classement des résultats avec ConQuR-Bio Bryan Brancotte,Bastien Rance,Alain Denise,Sarah Cohen-Boulakia JOBIM: Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , pp.35 slides, 2015 Poster de conférence hal-01167840v1

Logiciel (1)

STRASS Bryan Brancotte,Christophe Malabat,Hervé Ménager,Elodie Chapeaublanc 2020, ⟨swh:1:dir:bb2d6a4a873c806a3bd8d9b7e53b1faf1060762b;origin=https://gitlab.pasteur.fr/hub/strass;visit=swh:1:snp:3077a7ad7c1a3bf4542a86c736850e93b96afab0;anchor=swh:1:rev:f47d82184fe0e5f055fdd94ad92c899658c496e8⟩ Logiciel pasteur-05371309v1

Communication dans un congrès (4)

Redesign of iPPI-DB, a database for modulators of Protein-Protein Interactions Rachel Torchet,Alexandra Moine-Franel,Hélène Borges,Bryan Brancotte,Olivia Doppelt-Azeroualet al. JOBIM (Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques), Société Française de BioInformatique; GdR Bioinformatique Moléculaire; Institut Francais de Bioinformatique, Jul 2019, Nantes, France Communication dans un congrès pasteur-02867265v1
Reliability-Aware and Graph-Based Approach for Rank Aggregation of Biological Data Pierre Andrieu,Bryan Brancotte,Laurent Bulteau,Sarah Cohen-Boulakia,Alain Deniseet al. 2019 15th International Conference on eScience (eScience), Sep 2019, San Diego, France. pp.136-145, ⟨10.1109/eScience.2019.00022⟩ Communication dans un congrès hal-02527738v1
Rank aggregation with ties: Experiments and Analysis Bryan Brancotte,Bo Yang,Guillaume Blin,Sarah Cohen-Boulakia,Alain Deniseet al. The 41st International Conference on Very Large Data Bases, Aug 2015, Kohala Coast, Hawaï, United States Communication dans un congrès hal-01152098v1
ConQuR-Bio: Consensus Ranking with Query Reformulation for Biological Data Bryan Brancotte,Bastien Rance,Alain Denise,Sarah Cohen-Boulakia 10th International Conference, Data Integration in the Life Sciences, Jul 2014, Lisbon, Portugal. pp.128 - 142, ⟨10.1007/978-3-319-08590-6_13⟩ Communication dans un congrès hal-01091053v1

Thèse (1)

Agrégation de classements avec égalités : algorithmes, guides à l'utilisateur et applications aux données biologiques Bryan Brancotte Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud - Paris XI, 2015. Français. ⟨NNT : 2015PA112184⟩ Thèse tel-01252694v1