Caroline Scotti-Saintagne
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Documents
Presentation
Je suis **généticienne des populations d'arbres forestiers**. Mes projets de recherche se concentrent sur la caractérisation de la diversité génétique (neutre et adaptative) afin de conserver les **ressources génétiques locales et de tester leur capacité d'adaptation**. J'ai travaillé pendant dix ans en Guyane où j'ai étudié la forêt amazonienne, aujourd'hui je m'intéresse à la forêt méditerranéene. J'accorde une attention particulière à l'étude des flux de gènes, que ce soit entre populations ou entre espèces étroitement apparentées, dans le but à la fois de préserver les ressources génétiques locales de l'hybridation ou de favoriser l'adaptation lorsque les ressources locales ne sont plus disponibles. J'ai des liens avec les acteurs de la gestion forestière (Office national des forêts (ONF), Centre national de la propriété forestière (CNPF), les organisations de conservation (Natura 2000, Conservatoire d'espaces naturels).
- **depuis 2014** Ingénieure de recherche dans l’unité de recherche écologie des forêts méditerranéennes (URFM) à Avignon. Equipe « Biologie des populations et Evolution »
- **2010-2014** Ingénieur de recherche en biologie à l’INRA. UMR Ecofog, Kourou (Guyane Française). Equipe écologie des populations. Etude des processus évolutifs à l’origine de la diversification des espèces d’arbres de la forêt tropicale humide.Responsable du laboratoire de génétique.
- **2005-2009** Chercheur contractuel en génétique écologique à l’INRA.UMR Ecofog, Kourou (Guyane Française). Etude des processus historiques et sélectifs à l’origine de la structuration de la diversité génétique dans les arbres de la forêt tropicale humide.
- **2004** Post-doctorat en génétique de la spéciation à l’Université de l’Indiana, Bloomington, Etats-Unis. Laboratoire dirigé par Loren Rieseberg. Effet des réarrangements chromosomiques dans la divergence adaptative de deux espèces de tournesol (Helianthus Annuus et H. petiolaris).
- **1999-2003** thèse de doctorat en Sciences (Faculté des Sciences), Université de Nancy Poincaré, France. Organisation de la différenciation génétique dans le complexe des chênes blancs européens
Je suis impliquée dans plusieurs projets de recherche à l'échelle régionale, nationale et européenne. En particulier, je coordonne une étude sur la **résilience des vieilles forêts** (Projet Occigen, 2021-2025) et je participe à des projets sur l'impact de l'**hybridation dans l'adaptation des forêts** (Projet ANR Flores, 2022-2026, projet européen Optforest, 2022-2026). Je suis membre de la **commission des ressources génétiques forestières** et je participe à l'élaboration des **fiches de recommandation pour l'utilisation du matériel forestier de reproduction** (Sapins, pins noir, Cormier). Je suis co-animatrice de la division 2.02 "Amélioration et ressources génétiques des conifères méditerraéens" à l'union internationale des organismes de recherche forestière (**IUFRO**).
I am a \*\*population geneticist of forest trees\*\*. My research projects focus on the characterisation of genetic diversity (neutral and adaptive) in order to conserve local genetic resources and test their adaptive capacity. I worked for \*\*ten years in French Guiana\*\* where I studied the Amazonian forest, now I am interested in the \*\*Mediterranean forest\*\*. I pay particular attention to the study of gene flow, whether between populations or between closely related species, with the aim of both preserving local genetic resources from hybridisation and promoting adaptation when local resources are no longer available. I have links with forest management stakeholders (Office national des forêts (ONF), Centre national de la propriété forestière (CNPF), conservation organisations (Natura 2000, Conservatoire d'espaces naturels). \*\*Since 2014\*\* Research engineer in the Mediterranean Forest Ecology Research Unit (URFM) in Avignon. Population Biology and Evolution" team \*\*2010-2014\*\* Research engineer in biology at INRA. UMR Ecofog, Kourou (French Guyana). Population ecology team. Study of the evolutionary processes at the origin of the diversification of tree species in the tropical rainforest. \*\*2005-2009\*\* Contract researcher in ecological genetics at INRA.UMR Ecofog, Kourou (French Guyana). Study of the historical and selective processes at the origin of the structuring of genetic diversity in tropical rainforest trees. \*\*2004\*\* Post-doctoral fellow in speciation genetics at Indiana University, Bloomington, USA. Laboratory directed by Loren Rieseberg. Effect of chromosomal rearrangements in the adaptive divergence of two sunflower species (Helianthus Annuus and H. petiolaris). \*\*1999-2003\*\* PhD thesis in Sciences (Faculty of Sciences), University of Nancy Poincaré, France. Organisation of genetic differentiation in the European white oak complex I am involved in several research projects at regional, national and European level. In particular, I coordinate a study on the \*\*resilience of old-growth forests\*\* (Occigen project, 2021-2025) and I participate in projects on \*\*the impact of hybridisation in forest adaptation\*\* (ANR Flores project, 2022-2026, European Optforest project, 2022-2026). I am a member of the \*\*french forest genetic resources commission\*\* and I participate in the elaboration of recommendation sheets for the use of forest reproductive material (Fir, Black Pine, Cormier). I am co-leader of the division 2.02 "Improvement and genetic resources of Mediterranean conifers" at the International Union of Forest Research Organizations (\*\*IUFRO\*\*).
Publications
Fagaceae treesGenome mapping and molecular breeding in plants. Forest trees, Springer-Verlag, 2007, Genome Mapping and Molecular Breeding in Plants, 978-3-5403-4540-4. ⟨10.1007/978-3-540-34541-1_5⟩
Book sections
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Diversité génétique et gestion forestière au service de la forêt dans un contexte de changements globauxPréservation de la diversité génétique, Feb 2023, Montels-PNR des Pyrénées ariégeoises-, France
Conference papers
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La génétique du Cormier (sorbus domestica)Conférence grand public dans le cadre du projet de science participative Cormier 3R : Convergence Cormier - Réseau, Ressources et Résilience d'un arbre oublié au service de la transition agro-écologique, Association Au pays d'en haut, Nov 2022, Lavaur, France
Conference papers
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Diversité génétique et gestion forestière au service de la forêt dans un contexte de changements globauxPréservation de la diversité génétique, Feb 2022, Montels-PNR des Pyrénées ariégeoises-, France
Conference papers
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OCCIGEN - Caractérisation de la capacité de résilience des forêts anciennes et des vieilles forêts d’Occitanie : Approche génétique, écologique et écophysiologiqueJournée d’échanges autour des programmes de recherche menés à la Réserve Naturelle de la Forêt de la Massane, Mar 2022, Visioconférence, France
Conference papers
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Conservation des ressources génétiques forestièresLa génétique évolutive au service de la gestion et de la conservation des forêts. Formation : ONF - FNE - SEPANSO, Mar 2022, Pierroton, France
Conference papers
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Les connaissances en génétique évolutive et leur application pour la conservation et la gestion de la diversité génétique.La génétique évolutive au service de la gestion et de la conservation des forêts. Formation : ONF - FNE - SEPANSO, Mar 2022, Pierroton, France
Conference papers
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Evolution, acclimatation et adaptation au changement climatique des sapins euro-méditerranéensRéunion Département Santé des Forêts, May 2021, webinaire, France
Conference papers
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Threats, strengths and challenges of the Mediterranean forestCongrès mondial de la nature de l'UICN, UICN - Comité français, Sep 2021, Marseille, France
Conference papers
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Conservation des ressources génétiques du cormier (Sorbus domestica L..)Commission des ressources génétiques forestières, Sep 2021, visioconférence, France
Conference papers
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Occigen - Characterization of the resilience capacity of old-growth forests in Occitanie: Genetic, ecological and ecophysiological approachKick-off meeting Occigen, Jan 2021, Montpellier, France
Conference papers
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Introduction d'espèces exotiques : Quel avenir pour nos forêts ? Quelle perception par le public ? Approche contemporaines et rétrospectives dans les sapinières méditerranéennes.Kick-off-meeting projet Perplex, Oct 2021, Avignon, France
Conference papers
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Le pin noir et ses sous-espèces. Histoire évolutive, variabilité morphologique, diversité génétique, exigence écologique, comparaison de la performance des sous-espèces.Réunion du département Santé des forêts, Apr 2021, Webinaire, France
Conference papers
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Bilan et perspective pour la collection nationale de pin de SalzmannCommission des ressources génétiques forestières, Sep 2021, VisioConference, France
Conference papers
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Prise en compte de la diversité génétique dans la sylviculture et la gestion durable des forêts. Pourquoi ? Comment ?Forum "Adaptation des forêts du Vercors aux changements climatiques", Oct 2021, Lans en Vercors Le Caim, France
Conference papers
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Projets d’études sur l’adaptation du hêtre et des différentes espèces de sapins méditerranéen et de leurs hybrides dans le contexte du changement climatiqueForêts d'Exception du Boscodon et de l'Aigoual, Oct 2020, Hort de Dieu-Mont Aigoual, France
Conference papers
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Prise en compte de la diversité génétique dans la sylviculture et la gestion durable des forêts Pourquoi ? Comment ? https://www.youtube.com/watch?v=uBsQusBSqxQ&list=PLkbp-9JTEVtR5ObgLouugaByJjdjCTtZu&index=6CARREFOUR CLIMAT 2020 journée forêt, Nov 2020, Foix, France
Conference papers
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Evolution et adaptation au changement climatique chez les sapins méditerranéens. Mise en place d’un site d’étude sur le Mont VentouxSociété botanique du Vaucluse, Dec 2019, Chateauneuf de Gadagne, France. 24 p
Conference papers
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Evolution, acclimatation et adaptation au changement climatique de quelques résineux méditerranéensRéunion Département Santé des Forêts Bourgogne-Franche-Comté, Sep 2019, Couchey, France
Conference papers
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Hybridation entre sapins méditerranéens et pectiné quels processus d’adaptation ? Quel avenir pour les anciens tests de comparaison de provenances ?Quel avenir pour les anciens tests de provenances, Feb 2019, Luc en Provence, France
Conference papers
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Liens entre biodiversité et changement climatique, exemple des forêtsClimat : la nature, source de solutions, Agence Régionale Pour l’Environnement PACA (ARPE). Avignon, FRA., Apr 2019, Avignon, France. 23 p
Conference papers
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Demographic and evolutionary history of Abies alba in the pyreneesRéunion du groupe AFORGEN, Jun 2018, Kranjska Gora, Slovenia. 15 p
Conference papers
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Demographic and evolutionary history of the European black pine (Pinus nigra Arn)Réunion du groupe AFORGEN, Alpine Forest Genomics Network (AFORGEN). INT., Jun 2018, Kranjska Gora, Slovenia
Conference papers
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Evolutionary history of tropical tree species complexes: species delimitation and adaptive genetic variation in the Brazil nut clade (Lecythidaceae)European Conference of Tropical Ecology (GTOE2018), Mar 2018, Paris, France. pp.393
Conference papers
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Différentes échelles de structuration dans l'espace des adaptations localesAdaptation des forêts au changement climatique (Académie de l'agriculture), Académie d'Agriculture de France (AAF). FRA., Oct 2018, Paris, France. 18 p
Conference papers
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Demographic history of Abies alba Mill. in the French PyreneesConférence Vulpes Rabat, Oct 2018, Rabat, Morocco
Conference papers
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Petite synthèse sur le sapin : son histoire démographique, sa capacité d'adaptation à réagir aux variations environnementales, des pistes pour sa gestion futureSéminaire IRD, Institut de Recherche pour le Développement (IRD). FRA., Jun 2017, Montpellier, France. pp.42
Conference papers
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Hybridization and patterns of adaptive genetic variation in tropical trees of the Bertholletia clade (Lecythidaceae) in French GuianaMeeting of the German Society for Tropical Ecology (GTOE2017), Feb 2017, Bruxelles, Belgium
Conference papers
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Petite synthèse sur le sapin : son histoire démographique, sa capacité d'adaptation à réagir aux variations environnementales, des pistes pour sa gestion futureSéminaire hebdomadaire, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA). Avignon, FRA., Jun 2017, Avignon, France. 46 p
Conference papers
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Modéliser les réponses des écosystèmes forestiers au changement climatique pour bien anticiper les conséquences25 ans du RENECOFOR, Office National des Forêts (ONF). FRA., Oct 2017, Beaune, France
Conference papers
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Histoire évolutive, diversité génétique et risques d’hybridation chez le pin de Salzmann (P. nigra salzmanni)Pin de Salzmann, Commission des ressources génétiques forestières (CRGF). FRA., Dec 2017, Banne, France. 32 p
Conference papers
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Hybridization and the evolution of tropical tree species complexesGenomics and Forest Tree Genetics Conference, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., May 2016, Arcachon, France. 134 p
Conference papers
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Hybridization and the evolution of tropical tree speciesATBC Annual Meeting, Jun 2016, Montpellier, France
Conference papers
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Demography at different scales in the wide-spread tropical species Symphonia globulifera (Clusiaceae)Genomics and Forest Tree Genetics Conference, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., May 2016, Arcachon, France. 134 p
Conference papers
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Microgeographic adaptation in tree standsATBC 2016, Jun 2016, Montpellier, France. pp.1
Conference papers
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Hybridization and the evolution of tropical tree species complexesAnnual Meeting of the Excellence Laboratory “Centre for the study of biodiversity in Amazonia", Oct 2016, Cayenne, French Guiana
Conference papers
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Evidence of disruptive selection in the adaptation of two closely related species of tropical treesEvoluzione 2013. 5th congress of the Italian Society for Evolutionary Biology, Italie, 28-30 août, Aug 2013, Trento, Italy
Conference papers
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Variabilité intra-spécifique des réponses des échanges gazeux foliaires et de la discrimination isotopique du carbone à l’augmentation de la concentration atmosphérique en CO2 chez le chêne pédonculé5. Journées d'Écologie Fonctionnelle, Mar 2003, Nancy, France
Conference papers
hal-02762345v1
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Genetic determinism of leaf carbon isotope composition for a pedunculate Oak familyDynamics and conservation of genetic diversity in forest ecosystems. International Conference DYGEN, Dec 2002, Strasbourg, France. n.p
Conference papers
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Locating genomic regions involved in pest resistance in poplars5. Rencontre, Oct 1999, Montpellier, France
Conference papers
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Locating genomic regions involved in pest resistance in poplars2. Symposium, Sep 1999, Ardon, France
Conference papers
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Long-term monitoring of leaf phenology for two forest tree species located at their hot and dry, southern marginPHENOLOGY 2022 - Phenology at the crossroads, Jun 2022, Avignon, France
Conference poster
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Gestion des échantillons végétaux à l'Unité de Recherche Ecologie des Forêts Méditerranéennes INRA-PACAJournées d’Animation Transversale EFPA 2019 Echantillons biologiques et Qualité, Nov 2019, Orléans, France
Conference poster
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Evolutionary history of tropical tree species complexes: species delimitation and adaptive genetic variation in the Brazil nut clade (Lecythidaceae)Conference poster hal-02786265v1 |
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Report of the breeding debate31. International Eucarpia symposium section Fodder crops and amenity grasses, Sep 2015, Ghent, Belgium. Springer International Publishing Switzerland, 337 p., 2016, Breeding in a world of scarcity. Proceedings of the 2015 meeting of the section "Forage crops and amenity grasses" of Eucarpia. ⟨10.1007/978-3-319-28932-8_48⟩
Conference poster
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Candidate QTLs for durable resistance to Melampsora larici-populina leaf rust identified in hybrid poplars.10.Plant and Animal Genome (PAG), Jan 2002, San Diego, United States. 2002
Conference poster
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The genetic structure of the European black pine (Pinus nigra Arnold) is shaped by its recent Holocene demographic history.2019
Preprints, Working Papers, ...
hal-02791732v1
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Distribution des régions génomiques différenciant deux espèces proches: le chêne sessile (Quercus petraea) et le chêne pédonculé (Q. robur)Sciences du Vivant [q-bio]. Université Henri Poincaré (Nancy 1), 2003. Français. ⟨NNT : ⟩
Theses
tel-02830992v1
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Distribution des régions génomiques différenciant deux espèces proches : le chêne sessile (Quercus petraea) et le chêne pédonculé (Q. robur)Sylviculture, foresterie. Université Henri Poincaré - Nancy 1, 2003. Français. ⟨NNT : 2003NAN10059⟩
Theses
tel-01754427v1
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