caroline pont

55
Documents

Publications

Publications

Diversity and Long-Term Temporal Dynamic of Lacustrine Microsporidia Using a Paleogenomic Approach

Léa Combes , Marina Chauvet , Arthur Monjot , Anne Mone , Caroline Pont et al.

2026 Ocean Sciences Meeting, Association for the Sciences of Limnology and Oceanography; The Oceanography Society; American Geophysical Union, Feb 2026, Glasgow, United Kingdom

Communication dans un congrès hal-05531212v1

Past2ECO : Des cultures du passé aux cultures du futur : utilisation de solutions numériques pour mobiliser la diversité génétique adaptative pour l'agroécologie.

Caroline Pont , Yves Vigouroux , Laure Tougne-Rodet

la journée annuelle du PEPR, Feb 2026, Rennes, France

Communication dans un congrès hal-05516318v1

Diversity and long-term temporal dynamics of Microsporidia in Lake Aydat using a paleogenomic approach

Léa Combes , Marina Chauvet , Arthur Monjot , Caroline Pont , Carol Moreau et al.

AquaEcOmics, Mar 2025, Evian-les-Bains, France

Communication dans un congrès hal-05006884v1

History, origin and spread of Agriculture : ongoing work from Archaeobotany and Paleogenomics

Caroline Pont

Symposium From ancient to modern DNA, Sep 2025, Leysin, Switzerland

Communication dans un congrès hal-05283205v1

L’ADN ancien pour étudier l’origine et la domestication du blé

Caroline Pont

Colloque AFBV : La Domestication des plantes, Conseil scientifique, Oct 2024, Paris, France

Communication dans un congrès hal-04777165v1
Deposit thumbnail

Comment l'ADN ancien de restes archéobotaniques peut-il aider à produire des variétés de blé résilientes au changement climatique?

Caroline Pont , Caroline Schaal , Manon Cabanis , Jerome Salse

Archeoclimat - Les Patrimoines archéologiques face aux changements climatiques : enjeux de connaissance, de conservation et de valorisation des vestiges en milieux humides, immergés et glaciaires, Nov 2022, Lyon, France

Communication dans un congrès hal-03885076v1

Les enseignements de la paléogénomique par l’étude d’ADN ancien de restes archéobotaniques : l’exemple du blé

Caroline Pont , Manon Cabanis , Caroline Schaal , Frédérique Durand , Margareta Tengberg et al.

La carpologie et l'interdisciplinarité : approches intégrées Mélanges offerts à Philippe Marinval : 13es Rencontres d'Archéobotanique, Manon Cabanis; Caroline Schaal, Feb 2018, Besse et Saint-Anastaise, France

Communication dans un congrès hal-03679247v1

Exploitation précoce de la vigne à Alba-la-Romaine Ardèche (France), loin du littoral méditerranéen (ve siècle avant J.-C.) : analyses bioarchéologiques multiproxy et données archéologiques

Manon Cabanis , Fabien Isnard , Bertrand Limier , Nicolas Garnier , Benjamin Dietre et al.

La carpologie et l'interdisciplinarité : approches intégrées Mélanges offerts à Philippe Marinval : 13es Rencontres d'Archéobotanique, Manon Cabanis; Caroline Schaal, Feb 2018, Besse et Saint-Anastaise, France. pp.47-56

Communication dans un congrès hal-03679235v1

[NIL-N] Caractérisation de régions chromosomiques pour augmenter l’efficacité d’utilisation de l’azote et la teneur en protéines

Mickael M. Throude , Jacques Le Gouis , Jerome Salse , Caroline C. Pont , Séverine Rougeol et al.

7. Rencontre Scientifique du FSOV, FSOV, Mar 2019, Paris, France. 104 p

Communication dans un congrès hal-02931858v1

Paleogenomics in cereals for trait improvement

Michaël M. Abrouk , Umar Masood Quraishi Masood-Quraishi , Stéphanie S. Bolot , Caroline C. Pont , Catherine C. Feuillet et al.

17. International Chromosome Conference, Jun 2009, Boone, United States

Communication dans un congrès hal-00964397v1
Deposit thumbnail

Diversité et dynamique temporelle à long terme des microsporidies dans le lac d'Aydat par une approche de paléogénomique

Léa Combes , Marina Chauvet , Arthur Monjot , Anne Mone , Caroline Pont et al.

AFEM 2025 : 12ème colloque de l'Association Francophone d'Écologie Microbienne, Nov 2025, Beaune (Côte d'or, France), France

Poster de conférence hal-05364950v1
Deposit thumbnail

A Multi-disciplinary Approach to Sheep/Goat Coprolite Analysis at Early Bronze Age. Les Mongets, Sévrier (France)

Marie Lelièvre , Laurent Bouby , Yves Billaud , Ana Ejarque , Marlu Kühn et al.

44 èmes Rencontres Internationales d’Archéologie et d’Histoire de Nice Côte d’Azur - Fumier, bouses et guano : ordures ou or brun ?, Oct 2024, Nice, France.

Poster de conférence hal-04818145v1
Deposit thumbnail

Striking convergent selection history of wheat and barley and its potential for breeding

Mamadou Dia Sow , Cristian Forestan , Caroline Pont , Peter Civan , Raffaella Battaglia et al.

Nature Plants, 2025, 11, pp.2268 - 2285. ⟨10.1038/s41477-025-02128-0⟩

Article dans une revue hal-05371655v1
Deposit thumbnail

Genetic erosion in domesticated barley and a hypothesis of a North African centre of diversity

Peter Civáň , Agostino Fricano , Joanne Russell , Caroline Pont , Hakan Özkan et al.

Ecology and Evolution, 2024, 14 (8), pp.e70068. ⟨10.1002/ece3.70068⟩

Article dans une revue hal-04668934v1
Deposit thumbnail

Low impact of polyploidization on the transcriptome of synthetic allohexaploid wheat

Meriem Banouh , David Armisen , Annaig Bouguennec , Cécile Huneau , Mamadou Dia Sow et al.

BMC Genomics, 2023, 24 (1), pp.255. ⟨10.1186/s12864-023-09324-2⟩

Article dans une revue hal-04133631v1

Tracing 100 million years of grass genome evolutionary plasticity

Arnaud Bellec , Mamadou Dia Sow , Caroline Pont , Peter Civan , Emile Mardoc et al.

The Plant Journal, 2023, 114 (6), pp.1243-1266. ⟨10.1111/tpj.16185⟩

Article dans une revue hal-04305473v1
Deposit thumbnail

SyntenyViewer: a comparative genomics-driven translational research tool

Raphael Flores , Cécile Huneau , Laura Burlot , Mathilde Lainé , Erik Kimmel et al.

Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2023, 2023, ⟨10.1093/database/baad027⟩

Article dans une revue hal-04099923v1
Deposit thumbnail

Identification of a major QTL and associated molecular marker for high arabinoxylan fibre in white wheat flour

Alison Lovegrove , Luzie Wingen , Amy Plummer , Abigail Wood , Diana Passmore et al.

PLoS ONE, 2020, 15 (e0227826), ⟨10.1371/journal.pone.0227826⟩

Article dans une revue hal-02902583v1
Deposit thumbnail

Tracing the ancestry of modern bread wheats

Caroline Pont , Thibault Leroy , Michael Seidel , Alessandro Tondelli , Wandrille Duchemin et al.

Nature Genetics, 2019, 51 (5), pp.905-911. ⟨10.1038/s41588-019-0393-z⟩

Article dans une revue hal-02154676v1
Deposit thumbnail

Paleogenomics: reconstruction of plant evolutionary trajectories from modern and ancient DNA

Caroline Pont , Stefanie Wagner , Antoine Kremer , Christophe Plomion , Jérôme Salse et al.

Genome Biology, 2019, 20 (1), pp.1-17. ⟨10.1186/s13059-019-1627-1⟩

Article dans une revue hal-02278824v1
Deposit thumbnail

The Rosa genome provides new insights into the domestication of modern roses

Olivier Raymond , Jerome Gouzy , Jérémy Just , Hélène Badouin , Marion Verdenaud et al.

Nature Genetics, 2018, 50 (6), pp.772-777. ⟨10.1038/s41588-018-0110-3⟩

Article dans une revue hal-01798003v1

Wheat paleohistory created asymmetrical genomic evolution

Caroline Pont , Jerome Salse

Current Opinion in Plant Biology, 2017, 36 (April 2017), pp.29-37. ⟨10.1016/j.pbi.2017.01.001⟩

Article dans une revue (article de synthèse) hal-01607172v1

Reconstructing the genome of the most recent common ancestor of flowering plants

Florent Murat , Alix Armero Villanueva , Caroline Pont , Christophe Klopp , Jerome Salse

Nature Genetics, 2017, 49, pp.490-496. ⟨10.1038/ng.3813⟩

Article dans une revue hal-01605642v1
Deposit thumbnail

Combined Genomic and Genetic Data Integration of Major Agronomical Traits in Bread Wheat (Triticum aestivum L.)

Umar Quraishi , Caroline Pont , Qurat-Ul Ain , Raphaël Flores , Laura Burlot et al.

Frontiers in Plant Science, 2017, 8, pp.1-12. ⟨10.3389/fpls.2017.01843⟩

Article dans une revue hal-02285542v1

Reconciling the evolutionary origin of bread wheat (Triticum aestivum)

Moaine El Baidouri , Florent Murat , Maeva Veyssière , Mélanie Molinier , Raphaël-Gauthier Flores et al.

New Phytologist, 2016, 213 (3), ⟨10.1111/nph.14113⟩

Article dans une revue hal-01361976v1

Ma thèse en 180 secondes

Lucie Poulet , Lobna Ben Khelifa , Elodie Chaplais , Sylvain Coly , Anne Duconseille et al.

La Montagne , 2016, 28/04/2016, pp.16

Article dans une revue (article de synthèse) hal-02629687v1

FRIZZY PANICLE drives supernumerary spikelets in bread wheat (T. aestivum L.)

Oxana Dobrovolskaya , Caroline Pont , Richard Sibout , Petr Martinek , Ekaterina Badaeva et al.

Plant Physiology, 2015, 167 (1), pp.189-199. ⟨10.1104/pp.114.250043⟩

Article dans une revue hal-01204099v1
Deposit thumbnail

Genetic diversity and trait genomic prediction in a pea diversity panel

Judith Burstin , Pauline Salloignon , Marianne Chabert Martinello , Jean-Bernard Magnin Robert , Mathieu Siol et al.

BMC Genomics, 2015, 16, ⟨10.1186/s12864-015-1266-1⟩

Article dans une revue hal-02636725v1
Deposit thumbnail

Paleo-evolutionary plasticity of plant disease resistance genes

Rongzhi R. Zhang , Florent Murat , Caroline Pont , Thierry Langin , Jerome Salse

BMC Genomics, 2014, 15 (1), pp.187. ⟨10.1186/1471-2164-15-187⟩

Article dans une revue hal-02285469v1

Paleogenomics in Triticeae for translational research

Florent Murat , Caroline Pont , Jérôme Salse

Current Plant Biology, 2014, 1, pp.34-39. ⟨10.1016/j.cpb.2014.08.003⟩

Article dans une revue hal-02285486v1
Deposit thumbnail

Wheat syntenome unveils new evidences of contrasted evolutionary plasticity between paleo- and neoduplicated subgenomes

Caroline C. Pont , Florent Murat , Sébastien S. Guizard , Raphaël-Gauthier R.-G. Flores , Séverine S. Foucrier et al.

The Plant Journal, 2013, pp.1-29. ⟨10.1111/tpj.12366⟩

Article dans une revue hal-00964421v1

Shared subgenome dominance following polyploidization explains grass genome evolutionary plasticity from a seven protochromosome ancestor with 16K protogenes.

Florent Murat , Rongzhi Zhang , Sébastien Guizard , Raphael Flores , Alix Armero et al.

Genome Biology and Evolution, 2013, 6 (1), pp.12-33

Article dans une revue hal-01218128v1
Deposit thumbnail

Shared sub-genome dominance following polyploidization explains grass genome evolutionary plasticity from a 7 protochromosome ancestor with 16K protogenes

Florent Murat , Rongzhi R. Zhang , Sébastien S. Guizard , Raphaël-Gauthier R.-G. Flores , Alix A. Armero Villanueva et al.

Genome Biology and Evolution, 2013, 6 (1), pp.12-33. ⟨10.1093/gbe/evt200⟩

Article dans une revue hal-00964190v1

Grass MicroRNA Gene Paleohistory Unveils New Insights into Gene Dosage Balance in Subgenome Partitioning after Whole-Genome Duplication

Michaël M. Abrouk , Rongzhi R. Zhang , Florent Murat , Aili A. Li , Caroline C. Pont et al.

The Plant cell, 2012, 24 (5), pp.1776 - 1792. ⟨10.1105/tpc.112.095752⟩

Article dans une revue hal-00964371v1
Deposit thumbnail

Deciphering the genomic structure, function and evolution of carotenogenesis related phytoene synthases in grasses

Bianca Dibari , Florent Murat , Audrey Chosson , Véronique Gautier , Charles C. Poncet et al.

BMC Genomics, 2012, 13 (1), pp.221. ⟨10.1186/1471-2164-13-221⟩

Article dans une revue hal-02285438v1

Microsatellite mapping of Ae. speltoides and map-based comparative analysis of the S, G, and B genomes of Triticeae species

O. O. Dobrovolskaya , Christiane C. Boeuf , Jerome J. Salse , Caroline C. Pont , Pierre Sourdille et al.

TAG Theoretical and Applied Genetics, 2011, 123 (7), pp.1145 - 1157. ⟨10.1007/s00122-011-1655-z⟩

Article dans une revue istex hal-00964377v1

Combined meta-genomics analyses unravel candidate genes for the grain dietary fiber content in bread wheat (Triticum aestivum L.)

Umar Masood Quraishi Masood-Quraishi , Florent Murat , Michaël M. Abrouk , Caroline C. Pont , Carole C. Confolent et al.

Functional and Integrative Genomics, 2011, 11 (1), pp.71 - 83. ⟨10.1007/s10142-010-0183-2⟩

Article dans une revue istex hal-00964164v1
Deposit thumbnail

RNA-seq in grain unveils fate of neo- and paleopolyploidization events in bread wheat (Triticum aestivum L.)

Caroline Pont , Florent Murat , Carole Confolent , Sandrine Balzergue , Jerome Salse

Genome Biology, 2011, 12 (12), ⟨10.1186/gb-2011-12-12-r119⟩

Article dans une revue hal-01190508v1

Cross-genome map based dissection of a nitrogen use efficiency ortho-metaQTL in bread wheat unravels concerted cereal genome evolution

Umar Masood Quraishi Masood-Quraishi , Michaël M. Abrouk , Florent Murat , Caroline C. Pont , Séverine S. Foucrier et al.

The Plant Journal, 2011, 65 (5), pp.745 - 756. ⟨10.1111/j.1365-313X.2010.04461.x⟩

Article dans une revue hal-00964149v1

Ancestral grass karyotype reconstruction unravels new mechanisms of genome shuffling as a source of plant evolution.

Florent Murat , Jian-Hong Xu , Eric Tannier , Michael Abrouk , Nicolas Guilhot et al.

Genome Research, 2010, 20 (11), pp.1545-57. ⟨10.1101/gr.109744.110⟩

Article dans une revue hal-00680636v1

Palaeogenomics of plants: synteny-based modelling of extinct ancestors.

Michael Abrouk , Florent Murat , Caroline Pont , Joachim Messing , Scott Jackson et al.

Trends in Plant Science, 2010, 15 (9), pp.479-87. ⟨10.1016/j.tplants.2010.06.001⟩

Article dans une revue istex hal-00681093v1

Genomics in cereals: from genome-wide conserved orthologous set (COS) sequences to candidate genes for trait dissection

Umar Masood Quraishi Masood-Quraishi , Michaël M. Abrouk , Stéphanie S. Bolot , Caroline C. Pont , Mickael M. Throude et al.

Functional and Integrative Genomics, 2009, 9 (4), pp.473-484. ⟨10.1007/s10142-009-0129-8⟩

Article dans une revue istex hal-00964337v1
Deposit thumbnail

Structure and expression analysis of rice paleo duplications

Mickael Throude , Stéphanie Bolot , Mickael Bosio , Caroline Pont , Xavier Sarda et al.

Nucleic Acids Research, 2009, 37 (4), pp.1248-1259. ⟨10.1093/nar/gkn1048⟩

Article dans une revue hal-01189459v1

Paleogenomics in cereals for trait improvement

Michaël M. Abrouk , Umar Masood Quraishi Masood-Quraishi , Stéphanie S. Bolot , Caroline C. Pont , Catherine C. Feuillet et al.

Chromosome Research, 2009, 17 (4), pp.556-556

Article dans une revue hal-00964438v1

Inheritance of the number and thickness of cell layers in barley aleurone tissue (Hordeum vulgare L.): an approach using F2-F3 progeny

Louis L. Jestin , Catherine Ravel , Sylvie S. Auroy , Bastien B. Laubin , Marie-Reine M.-R. Perretant et al.

TAG Theoretical and Applied Genetics, 2008, 116 (7), pp.991-1002. ⟨10.1007/s00122-008-0730-6⟩

Article dans une revue istex hal-00964388v1
Deposit thumbnail

New insights into the origin of the B genome of hexaploid wheat: Evolutionary relationships at the SPA genomic region with the S genome of the diploid relative Aegilops speltoides

Jerome J. Salse , Véronique V Chaqué , Stéphanie S. Bolot , Ghislaine Magdelenat , Cécile C. Huneau et al.

BMC Genomics, 2008, 9:555, 12 p. ⟨10.1186/1471-2164-9-555⟩

Article dans une revue hal-00964177v1

Single nucleotide polymorphism, genetic mapping, and expression of genes coding for the DOF wheat prolamin-box binding factor

Catherine Ravel , Ila Nagy , Pierre Martres , Pierre Sourdille , Mireille Dardevet et al.

Functional and Integrative Genomics, 2006, 6 (4), pp.310-321. ⟨10.1007/s10142-006-0022-7⟩

Article dans une revue istex hal-01189205v1