caroline pont

Publications

Communication dans un congrès (10)

Diversity and Long-Term Temporal Dynamic of Lacustrine Microsporidia Using a Paleogenomic Approach Léa Combes,Marina Chauvet,Arthur Monjot,Anne Mone,Caroline Pontet al. 2026 Ocean Sciences Meeting, Association for the Sciences of Limnology and Oceanography; The Oceanography Society; American Geophysical Union, Feb 2026, Glasgow, United Kingdom Communication dans un congrès hal-05531212v1
Past2ECO : Des cultures du passé aux cultures du futur : utilisation de solutions numériques pour mobiliser la diversité génétique adaptative pour l'agroécologie. Caroline Pont,Yves Vigouroux,Laure Tougne-Rodet la journée annuelle du PEPR, Feb 2026, Rennes, France Communication dans un congrès hal-05516318v1
Diversity and long-term temporal dynamics of Microsporidia in Lake Aydat using a paleogenomic approach Léa Combes,Marina Chauvet,Arthur Monjot,Caroline Pont,Carol Moreauet al. AquaEcOmics, Mar 2025, Evian-les-Bains, France Communication dans un congrès hal-05006884v1
History, origin and spread of Agriculture : ongoing work from Archaeobotany and Paleogenomics Caroline Pont Symposium From ancient to modern DNA, Sep 2025, Leysin, Switzerland Communication dans un congrès hal-05283205v1
L’ADN ancien pour étudier l’origine et la domestication du blé Caroline Pont Colloque AFBV : La Domestication des plantes, Conseil scientifique, Oct 2024, Paris, France Communication dans un congrès hal-04777165v1
Comment l'ADN ancien de restes archéobotaniques peut-il aider à produire des variétés de blé résilientes au changement climatique? Caroline Pont,Caroline Schaal,Manon Cabanis,Jerome Salse Archeoclimat - Les Patrimoines archéologiques face aux changements climatiques : enjeux de connaissance, de conservation et de valorisation des vestiges en milieux humides, immergés et glaciaires, Nov 2022, Lyon, France Communication dans un congrès hal-03885076v1
Les enseignements de la paléogénomique par l’étude d’ADN ancien de restes archéobotaniques : l’exemple du blé Caroline Pont,Manon Cabanis,Caroline Schaal,Frédérique Durand,Margareta Tengberget al. La carpologie et l'interdisciplinarité : approches intégrées Mélanges offerts à Philippe Marinval : 13es Rencontres d'Archéobotanique, Manon Cabanis; Caroline Schaal, Feb 2018, Besse et Saint-Anastaise, France Communication dans un congrès hal-03679247v1
Exploitation précoce de la vigne à Alba-la-Romaine Ardèche (France), loin du littoral méditerranéen (ve siècle avant J.-C.) : analyses bioarchéologiques multiproxy et données archéologiques Manon Cabanis,Fabien Isnard,Bertrand Limier,Nicolas Garnier,Benjamin Dietreet al. La carpologie et l'interdisciplinarité : approches intégrées Mélanges offerts à Philippe Marinval : 13es Rencontres d'Archéobotanique, Manon Cabanis; Caroline Schaal, Feb 2018, Besse et Saint-Anastaise, France. pp.47-56 Communication dans un congrès hal-03679235v1
[NIL-N] Caractérisation de régions chromosomiques pour augmenter l’efficacité d’utilisation de l’azote et la teneur en protéines Mickael M. Throude,Jacques Le Gouis,Jerome Salse,Caroline C. Pont,Séverine Rougeolet al. 7. Rencontre Scientifique du FSOV, FSOV, Mar 2019, Paris, France. 104 p Communication dans un congrès hal-02931858v1
Paleogenomics in cereals for trait improvement Michaël M. Abrouk,Umar Masood Quraishi Masood-Quraishi,Stéphanie S. Bolot,Caroline C. Pont,Catherine C. Feuilletet al. 17. International Chromosome Conference, Jun 2009, Boone, United States Communication dans un congrès hal-00964397v1

Autre publication scientifique (2)

Dans la peau des premiers paysans français » : sur France 5, les premiers agriculteurs de France Caroline Pont 2026 Autre publication scientifique hal-05534747v1
Interview dans le journal la Montagne: Clermont lit l'avenir dans les vieux blés Jérôme Salse,Caroline Pont,Clément Debiton 2025 Autre publication scientifique hal-04953993v1

Pré-publication, Document de travail (1)

DNA methylation around transcription start sites not globally associated with transcription in the grain of natural and synthetic hexaploid wheat Meriem Banouh,Mamadou Dia Sow,Caroline Pont,Michael Seidel,Jerome Salseet al. 2025 Pré-publication, Document de travail hal-05305221v1

Poster de conférence (2)

Diversité et dynamique temporelle à long terme des microsporidies dans le lac d'Aydat par une approche de paléogénomique Léa Combes,Marina Chauvet,Arthur Monjot,Anne Mone,Caroline Pontet al. AFEM 2025 : 12ème colloque de l'Association Francophone d'Écologie Microbienne, Nov 2025, Beaune (Côte d'or, France), France Poster de conférence hal-05364950v1
A Multi-disciplinary Approach to Sheep/Goat Coprolite Analysis at Early Bronze Age. Les Mongets, Sévrier (France) Marie Lelièvre,Laurent Bouby,Yves Billaud,Ana Ejarque,Marlu Kühnet al. 44 èmes Rencontres Internationales d’Archéologie et d’Histoire de Nice Côte d’Azur - Fumier, bouses et guano : ordures ou or brun ?, Oct 2024, Nice, France. Poster de conférence hal-04818145v1

Article dans une revue (36)

Striking convergent selection history of wheat and barley and its potential for breeding Mamadou Dia Sow,Cristian Forestan,Caroline Pont,Peter Civan,Raffaella Battagliaet al. Nature Plants, 2025, 11, pp.2268 - 2285. ⟨10.1038/s41477-025-02128-0⟩ Article dans une revue hal-05371655v1
Author Correction: Striking convergent selection history of wheat and barley and its potential for breeding Mamadou Dia Sow,Cristian Forestan,Caroline Pont,Peter Civan,Micha Seidelet al. Nature Plants, 2025, 11 (12), pp.2581. ⟨10.1038/s41477-025-02182-8⟩ Article dans une revue hal-05403169v1
Genetic erosion in domesticated barley and a hypothesis of a North African centre of diversity Peter Civáň,Agostino Fricano,Joanne Russell,Caroline Pont,Hakan Özkanet al. Ecology and Evolution, 2024, 14 (8), pp.e70068. ⟨10.1002/ece3.70068⟩ Article dans une revue hal-04668934v1
Low impact of polyploidization on the transcriptome of synthetic allohexaploid wheat Meriem Banouh,David Armisen,Annaig Bouguennec,Cécile Huneau,Mamadou Dia Sowet al. BMC Genomics, 2023, 24 (1), pp.255. ⟨10.1186/s12864-023-09324-2⟩ Article dans une revue hal-04133631v1
Tracing 100 million years of grass genome evolutionary plasticity Arnaud Bellec,Mamadou Dia Sow,Caroline Pont,Peter Civan,Emile Mardocet al. The Plant Journal, 2023, 114 (6), pp.1243-1266. ⟨10.1111/tpj.16185⟩ Article dans une revue hal-04305473v1
SyntenyViewer: a comparative genomics-driven translational research tool Raphael Flores,Cécile Huneau,Laura Burlot,Mathilde Lainé,Erik Kimmelet al. Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2023, 2023, ⟨10.1093/database/baad027⟩ Article dans une revue hal-04099923v1
Identification of a major QTL and associated molecular marker for high arabinoxylan fibre in white wheat flour Alison Lovegrove,Luzie Wingen,Amy Plummer,Abigail Wood,Diana Passmoreet al. PLoS ONE, 2020, 15 (e0227826), ⟨10.1371/journal.pone.0227826⟩ Article dans une revue hal-02902583v1
Tracing the ancestry of modern bread wheats Caroline Pont,Thibault Leroy,Michael Seidel,Alessandro Tondelli,Wandrille Ducheminet al. Nature Genetics, 2019, 51 (5), pp.905-911. ⟨10.1038/s41588-019-0393-z⟩ Article dans une revue hal-02154676v1
Paleogenomics: reconstruction of plant evolutionary trajectories from modern and ancient DNA Caroline Pont,Stefanie Wagner,Antoine Kremer,Christophe Plomion,Jérôme Salseet al. Genome Biology, 2019, 20 (1), pp.1-17. ⟨10.1186/s13059-019-1627-1⟩ Article dans une revue hal-02278824v1
The Rosa genome provides new insights into the domestication of modern roses Olivier Raymond,Jerome Gouzy,Jérémy Just,Hélène Badouin,Marion Verdenaudet al. Nature Genetics, 2018, 50 (6), pp.772-777. ⟨10.1038/s41588-018-0110-3⟩ Article dans une revue hal-01798003v1
Combined Genomic and Genetic Data Integration of Major Agronomical Traits in Bread Wheat (Triticum aestivum L.) Umar Quraishi,Caroline Pont,Qurat-Ul Ain,Raphaël Flores,Laura Burlotet al. Frontiers in Plant Science, 2017, 8, pp.1-12. ⟨10.3389/fpls.2017.01843⟩ Article dans une revue hal-02285542v1
Reconstructing the genome of the most recent common ancestor of flowering plants Florent Murat,Alix Armero Villanueva,Caroline Pont,Christophe Klopp,Jerome Salse Nature Genetics, 2017, 49, pp.490-496. ⟨10.1038/ng.3813⟩ Article dans une revue hal-01605642v1
Wheat paleohistory created asymmetrical genomic evolution Caroline Pont,Jerome Salse Current Opinion in Plant Biology, 2017, 36 (April 2017), pp.29-37. ⟨10.1016/j.pbi.2017.01.001⟩ Article dans une revue (article de synthèse) hal-01607172v1
Reconciling the evolutionary origin of bread wheat (Triticum aestivum) Moaine El Baidouri,Florent Murat,Maeva Veyssière,Mélanie Molinier,Raphaël-Gauthier Floreset al. New Phytologist, 2016, 213 (3), ⟨10.1111/nph.14113⟩ Article dans une revue hal-01361976v1
Ma thèse en 180 secondes Lucie Poulet,Lobna Ben Khelifa,Elodie Chaplais,Sylvain Coly,Anne Duconseilleet al. La Montagne , 2016, 28/04/2016, pp.16 Article dans une revue (article de synthèse) hal-02629687v1
FRIZZY PANICLE drives supernumerary spikelets in bread wheat (T. aestivum L.) Oxana Dobrovolskaya,Caroline Pont,Richard Sibout,Petr Martinek,Ekaterina Badaevaet al. Plant Physiology, 2015, 167 (1), pp.189-199. ⟨10.1104/pp.114.250043⟩ Article dans une revue hal-01204099v1
Genetic diversity and trait genomic prediction in a pea diversity panel Judith Burstin,Pauline Salloignon,Marianne Chabert Martinello,Jean-Bernard Magnin Robert,Mathieu Siolet al. BMC Genomics, 2015, 16, ⟨10.1186/s12864-015-1266-1⟩ Article dans une revue hal-02636725v1
Paleogenomics in Triticeae for translational research Florent Murat,Caroline Pont,Jérôme Salse Current Plant Biology, 2014, 1, pp.34-39. ⟨10.1016/j.cpb.2014.08.003⟩ Article dans une revue hal-02285486v1
Paleo-evolutionary plasticity of plant disease resistance genes Rongzhi R. Zhang,Florent Murat,Caroline Pont,Thierry Langin,Jerome Salse BMC Genomics, 2014, 15 (1), pp.187. ⟨10.1186/1471-2164-15-187⟩ Article dans une revue hal-02285469v1
Wheat syntenome unveils new evidences of contrasted evolutionary plasticity between paleo- and neoduplicated subgenomes Caroline C. Pont,Florent Murat,Sébastien S. Guizard,Raphaël-Gauthier R.-G. Flores,Séverine S. Foucrieret al. The Plant Journal, 2013, pp.1-29. ⟨10.1111/tpj.12366⟩ Article dans une revue hal-00964421v1
Shared sub-genome dominance following polyploidization explains grass genome evolutionary plasticity from a 7 protochromosome ancestor with 16K protogenes Florent Murat,Rongzhi R. Zhang,Sébastien S. Guizard,Raphaël-Gauthier R.-G. Flores,Alix A. Armero Villanuevaet al. Genome Biology and Evolution, 2013, 6 (1), pp.12-33. ⟨10.1093/gbe/evt200⟩ Article dans une revue hal-00964190v1
Shared subgenome dominance following polyploidization explains grass genome evolutionary plasticity from a seven protochromosome ancestor with 16K protogenes. Florent Murat,Rongzhi Zhang,Sébastien Guizard,Raphael Flores,Alix Armeroet al. Genome Biology and Evolution, 2013, 6 (1), pp.12-33 Article dans une revue hal-01218128v1
Grass MicroRNA Gene Paleohistory Unveils New Insights into Gene Dosage Balance in Subgenome Partitioning after Whole-Genome Duplication Michaël M. Abrouk,Rongzhi R. Zhang,Florent Murat,Aili A. Li,Caroline C. Pontet al. The Plant cell, 2012, 24 (5), pp.1776 - 1792. ⟨10.1105/tpc.112.095752⟩ Article dans une revue hal-00964371v1
Deciphering the genomic structure, function and evolution of carotenogenesis related phytoene synthases in grasses Bianca Dibari,Florent Murat,Audrey Chosson,Véronique Gautier,Charles C. Poncetet al. BMC Genomics, 2012, 13 (1), pp.221. ⟨10.1186/1471-2164-13-221⟩ Article dans une revue hal-02285438v1
Microsatellite mapping of Ae. speltoides and map-based comparative analysis of the S, G, and B genomes of Triticeae species O. O. Dobrovolskaya,Christiane C. Boeuf,Jerome J. Salse,Caroline C. Pont,Pierre Sourdilleet al. TAG Theoretical and Applied Genetics, 2011, 123 (7), pp.1145 - 1157. ⟨10.1007/s00122-011-1655-z⟩ Article dans une revue istex hal-00964377v1
Combined meta-genomics analyses unravel candidate genes for the grain dietary fiber content in bread wheat (Triticum aestivum L.) Umar Masood Quraishi Masood-Quraishi,Florent Murat,Michaël M. Abrouk,Caroline C. Pont,Carole C. Confolentet al. Functional and Integrative Genomics, 2011, 11 (1), pp.71 - 83. ⟨10.1007/s10142-010-0183-2⟩ Article dans une revue istex hal-00964164v1
RNA-seq in grain unveils fate of neo- and paleopolyploidization events in bread wheat (Triticum aestivum L.) Caroline Pont,Florent Murat,Carole Confolent,Sandrine Balzergue,Jerome Salse Genome Biology, 2011, 12 (12), ⟨10.1186/gb-2011-12-12-r119⟩ Article dans une revue hal-01190508v1
Cross-genome map based dissection of a nitrogen use efficiency ortho-metaQTL in bread wheat unravels concerted cereal genome evolution Umar Masood Quraishi Masood-Quraishi,Michaël M. Abrouk,Florent Murat,Caroline C. Pont,Séverine S. Foucrieret al. The Plant Journal, 2011, 65 (5), pp.745 - 756. ⟨10.1111/j.1365-313X.2010.04461.x⟩ Article dans une revue hal-00964149v1
Ancestral grass karyotype reconstruction unravels new mechanisms of genome shuffling as a source of plant evolution. Florent Murat,Jian-Hong Xu,Eric Tannier,Michael Abrouk,Nicolas Guilhotet al. Genome Research, 2010, 20 (11), pp.1545-57. ⟨10.1101/gr.109744.110⟩ Article dans une revue hal-00680636v1
Palaeogenomics of plants: synteny-based modelling of extinct ancestors. Michael Abrouk,Florent Murat,Caroline Pont,Joachim Messing,Scott Jacksonet al. Trends in Plant Science, 2010, 15 (9), pp.479-87. ⟨10.1016/j.tplants.2010.06.001⟩ Article dans une revue istex hal-00681093v1
Genomics in cereals: from genome-wide conserved orthologous set (COS) sequences to candidate genes for trait dissection Umar Masood Quraishi Masood-Quraishi,Michaël M. Abrouk,Stéphanie S. Bolot,Caroline C. Pont,Mickael M. Throudeet al. Functional and Integrative Genomics, 2009, 9 (4), pp.473-484. ⟨10.1007/s10142-009-0129-8⟩ Article dans une revue istex hal-00964337v1
Structure and expression analysis of rice paleo duplications Mickael Throude,Stéphanie Bolot,Mickael Bosio,Caroline Pont,Xavier Sardaet al. Nucleic Acids Research, 2009, 37 (4), pp.1248-1259. ⟨10.1093/nar/gkn1048⟩ Article dans une revue hal-01189459v1
Paleogenomics in cereals for trait improvement Michaël M. Abrouk,Umar Masood Quraishi Masood-Quraishi,Stéphanie S. Bolot,Caroline C. Pont,Catherine C. Feuilletet al. Chromosome Research, 2009, 17 (4), pp.556-556 Article dans une revue hal-00964438v1
Inheritance of the number and thickness of cell layers in barley aleurone tissue (Hordeum vulgare L.): an approach using F2-F3 progeny Louis L. Jestin,Catherine Ravel,Sylvie S. Auroy,Bastien B. Laubin,Marie-Reine M.-R. Perretantet al. TAG Theoretical and Applied Genetics, 2008, 116 (7), pp.991-1002. ⟨10.1007/s00122-008-0730-6⟩ Article dans une revue istex hal-00964388v1
New insights into the origin of the B genome of hexaploid wheat: Evolutionary relationships at the SPA genomic region with the S genome of the diploid relative Aegilops speltoides Jerome J. Salse,Véronique V Chaqué,Stéphanie S. Bolot,Ghislaine Magdelenat,Cécile C. Huneauet al. BMC Genomics, 2008, 9:555, 12 p. ⟨10.1186/1471-2164-9-555⟩ Article dans une revue hal-00964177v1
Single nucleotide polymorphism, genetic mapping, and expression of genes coding for the DOF wheat prolamin-box binding factor Catherine Ravel,Ila Nagy,Pierre Martres,Pierre Sourdille,Mireille Dardevetet al. Functional and Integrative Genomics, 2006, 6 (4), pp.310-321. ⟨10.1007/s10142-006-0022-7⟩ Article dans une revue istex hal-01189205v1

Article de blog scientifique (3)

Naissance du PALEOLAB : fouiller le passé pour prédire l’avenir de l’agriculture ! Caroline Pont,Jérôme Salse,Sabrina Gasser 2024 Article de blog scientifique hal-04867167v1
Analyser l’ADN ancien pour modéliser des scénarios d’avenir Jérôme Salse,Caroline Pont,Sophie Chatenet 2023 Article de blog scientifique hal-04871233v1
Analyser l’ADN ancien pour modéliser des scénarios d’avenir Jérôme Salse,Caroline Pont,Sophie Chatenet 2023 Article de blog scientifique hal-04871237v1

Thèse (1)

La recherche translationnelle chez le blé tendre : comprendre l'évolution de son génome pour améliorer ses caractères agronomiques Caroline Pont Sciences agricoles. Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2016. Français. ⟨NNT : 2016CLF22732⟩ Thèse tel-01726963v1

Brevet (1)

Improvement of the grain filling of wheat through the modulation of NADH-glutamate synthase activity Jerome Salse,Umar Masood Quraishi,Caroline C. Pont,Florent Murat,Jacques Le Gouiset al. France, Patent n° : WO/2011/095958. 2010 Brevet hal-02809507v1