Clément Frainay

Identifiants chercheurs

IdHAL :

cfrainay

ORCID :

0000-0003-4313-2786

IdRef :

233332944

VIAF :

6210154983552167860003

ResearcherID :

http://www.researcherid.com/rid/B-8636-2019

Présentation

Je suis biologiste computationnel spécialisée en biologie des systèmes et réseaux biologiques. Je m'intéresse principalement à l'étude du métabolisme et je travaille actuellement au laboratoire Toxalim de l'INRAE sur l'impact de l'exposition aux contaminants alimentaires sur ce système. Mes recherches portent sur des solutions permettant de surmonter la surcharge d'informations rencontrée lors de raisonnements à si grande échelle, en m'appuyant sur la science des réseaux, le filtrage et la visualisation de l'information, ainsi que la modélisation des connaissances.

Voir ma page sur Scholia : https://scholia.toolforge.org/author/Q57243195

Publications

Article dans une revue (21)

Simulated metabolic profiles reveal biases in pathway analysis methods Juliette Cooke,Cecilia Wieder,Nathalie Poupin,Clément Frainay,Timothy Ebbelset al. Metabolomics, 2025, 21 (5), pp.136. ⟨10.1007/s11306-025-02335-y⟩ Article dans une revue hal-05306419v1
A strategy to detect metabolic changes induced by exposure to chemicals from large sets of condition-specific metabolic models computed with enumeration techniques Louison Fresnais,Olivier Perin,Anne Riu,Romain Grall,,Alban Ottet al. BMC Bioinformatics, 2024, 25 (1), pp.234. ⟨10.1186/s12859-024-05845-z⟩ Article dans une revue hal-04652792v1
Genome scale metabolic network modelling for metabolic profile predictions Juliette Cooke,Maxime Delmas,Cecilia Wieder,Pablo Rodríguez Mier,Clément Frainayet al. PLoS Computational Biology, 2024, 20 (2), pp.e1011381. ⟨10.1371/journal.pcbi.1011381⟩ Article dans une revue hal-04596969v1
Suggesting disease associations for overlooked metabolites using literature from metabolic neighbors Maxime Delmas,Olivier Filangi,Christophe Duperier,Nils Paulhe,Florence Vinsonet al. GigaScience, 2023, 12, pp.giad065. ⟨10.1093/gigascience/giad065⟩ Article dans une revue hal-04223426v1
Networks and Graphs Discovery in Metabolomics Data Analysis and Interpretation Adam Amara,Clément Frainay,Fabien Jourdan,Thomas Naake,Steffen Neumannet al. Frontiers in Molecular Biosciences, 2022, 9, ⟨10.3389/fmolb.2022.841373⟩ Article dans une revue hal-03636716v1
Avoiding the Misuse of Pathway Analysis Tools in Environmental Metabolomics Cecilia Wieder,Jacob Bundy,Clément Frainay,Nathalie Poupin,Pablo Rodríguez-Mieret al. Environmental Science and Technology, In press, ⟨10.1021/acs.est.2c05588⟩ Article dans une revue hal-03799270v1
FORUM: building a Knowledge Graph from public databases and scientific literature to extract associations between chemicals and diseases Maxime Delmas,Olivier Filangi,Nils Paulhe,Florence Vinson,Christophe Duperieret al. Bioinformatics, 2021, 37 (21), pp.3896-3904. ⟨10.1093/bioinformatics/btab627⟩ Article dans une revue hal-03361495v2
Atopic dermatitis or eczema? Consequences of ambiguity in disease name for biomedical literature mining Clément Frainay,Yoann Pitarch,Sarah Filippi,Marina Evangelou,Adnan Custovic Clinical and Experimental Allergy, 2021, 51 (9), pp.1185-1194. ⟨10.1111/cea.13981⟩ Article dans une revue hal-03311466v1
Pathway analysis in metabolomics: Recommendations for the use of over-representation analysis Cecilia Wieder,Clément Frainay,Nathalie Poupin,Pablo Rodríguez-Mier,Florence Vinsonet al. PLoS Computational Biology, 2021, 17 (9), ⟨10.1371/journal.pcbi.1009105⟩ Article dans une revue hal-03344682v1
MetaboRank: network-based recommendation system to interpret and enrich metabolomics results Clément Frainay,Sandrine Aros,Maxime Chazalviel,Thomas Garcia,Florence Vinsonet al. Bioinformatics, 2019, 35 (2), pp.274-283. ⟨10.1093/bioinformatics/bty577⟩ Article dans une revue hal-02627792v1
Large-Scale Modeling Approach Reveals Functional Metabolic Shifts during Hepatic Differentiation Nathalie Poupin,Anne Corlu,Nicolas J. Cabaton,Hélène Dubois-Pot-Schneider,Cécile Canletet al. Journal of Proteome Research, 2019, 18 (1), pp.204-216. ⟨10.1021/acs.jproteome.8b00524⟩ Article dans une revue hal-01937261v1
Machine learning to identify pairwise interactions between specific IgE antibodies and their association with asthma: A cross-sectional analysis within a population-based birth cohort Sara Fontanella,Clément Frainay,Clare S. Murray,Angela Simpson,Adnan Custovic PLoS Medicine, 2018, 15 (11), 22 p. ⟨10.1371/journal.pmed.1002691⟩ Article dans une revue hal-02626228v1
Integrated transcriptomics and metabolomics reveal signatures of lipid metabolism dysregulation in HepaRG liver cells exposed to PCB 126 Robin Mesnage,Martina Biserni,Sucharitha Balu,Clément Frainay,Nathalie Poupinet al. Archives of Toxicology, 2018, 92 (8), pp.2533-2547. ⟨10.1007/s00204-018-2235-7⟩ Article dans une revue hal-02621552v1
MetExplore: collaborative edition and exploration of metabolic networks Ludovic Cottret,Clément Frainay,Maxime Chazalviel,Floréal Cabanettes,Yoann Gloaguenet al. Nucleic Acids Research, 2018, 46 (W1), 8 p. ⟨10.1093/nar/gky301⟩ Article dans une revue hal-01886470v1
Classification of pediatric asthma: from phenotype discovery to clinical practice Ceyda Oksel,Sadia Haider,Sara Fontanella,Clément Frainay,Adnan Custovic Frontiers in Pediatrics, 2018, 6, ⟨10.3389/fped.2018.00258⟩ Article dans une revue hal-02626193v1
Mind the gap: mapping mass spectral databases in genome-scale metabolic networks reveals poorly covered Areas Clément Frainay,Emma L. Schymanski,Steffen Neumann,Benjamin Merlet,Reza Mohammadi Saleket al. Metabolites, 2018, 8 (3), ⟨10.3390/metabo8030051⟩ Article dans une revue hal-02627086v1
MetExploreViz: web component for interactive metabolic network visualization Maxime Chazalviel,Clément Frainay,Nathalie Poupin,Florence Vinson,Benjamin Merletet al. Bioinformatics, 2018, 34 (2), pp.312-313. ⟨10.1093/bioinformatics/btx588⟩ Article dans une revue hal-02621786v1
Targeted versus untargeted omics — the CAFSA story Maria del Mar Amador,Benoit Colsch,Foudil Lamari,Claude Jardel,Farid Ichouet al. Journal of Inherited Metabolic Disease, 2018, 41 (3), pp.1-10. ⟨10.1007/s10545-017-0134-3⟩ Article dans une revue hal-01777969v1
Computational methods to identify metabolic sub-networks based on metabolomic profiles Clément Frainay,Fabien Jourdan Briefings in Bioinformatics, 2017, 18 (1), pp.43-56. ⟨10.1093/bib/bbv115⟩ Article dans une revue hal-01608721v1
A computational solution to automatically map metabolite libraries in the context of genome scale metabolic networks Benjamin Merlet,Nils Paulhe,Florence Vinson,Clément Frainay,Maxime Chazalvielet al. Frontiers in Molecular Biosciences, 2016, 3, ⟨10.3389/fmolb.2016.00002⟩ Article dans une revue hal-02631089v1
Hypoxia induces VEGF-C expression in metastatic tumor cells via a HIF-1α-independent translation-mediated mechanism Florent Morfoisse,Anna Kuchnio,Clément Frainay,Anne Gomez-Brouchet,Marie-Bernadette Delisleet al. Cell Reports, 2014, 6 (1), pp.155-167. ⟨10.1016/j.celrep.2013.12.011⟩ Article dans une revue hal-02631811v1

Chapitre d'ouvrage (2)

Plant genome-scale metabolic networks Léo Gerlin,Clément Frainay,Fabien Jourdan,Caroline Baroukh,Sylvain Prigent Science Direct. Plant Metabolomics in full swing, 98, 2021, Advances in Botanical Research, ⟨10.1016/bs.abr.2020.09.021⟩ Chapitre d'ouvrage hal-03149497v1
Genome-scale metabolic networks Clément Frainay,Fabien Jourdan Metabolomics: Practical Guide to Design and Analysis, 1ère édition, Chapman and Hall, 290 p., 2019, 9781315370583. ⟨10.1201/9781315370583-8⟩ Chapitre d'ouvrage hal-02786295v1

Pré-publication, Document de travail (3)

A strategy to detect metabolic changes induced by exposure to chemicals from large sets of condition-specific metabolic models computed with enumeration techniques Louison Fresnais,Olivier Perin,Anne Riu,Romain Grall,Alban Ottet al. 2024 Pré-publication, Document de travail hal-04188513v2
Suggesting disease associations for overlooked metabolites using literature from metabolic neighbours M. Delmas,O. Filangi,Christophe Duperier,N. Paulhe,F. Vinsonet al. 2023 Pré-publication, Document de travail hal-04188519v1
Pathway analysis in metabolomics: pitfalls and best practice for the use of over-representation analysis Cecilia Wieder,Clément Frainay,Nathalie Poupin,Pablo Rodríguez-Mier,Florence Vinsonet al. 2021 Pré-publication, Document de travail hal-03240376v1

Thèse (1)

Système de recommandation basé sur les réseaux pour l'interprétation de résultats de métabolomique Clément Frainay Médecine humaine et pathologie. Université Paul Sabatier - Toulouse III, 2017. Français. ⟨NNT : 2017TOU30297⟩ Thèse tel-01988413v1