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Christelle Hennequet-Antier

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Présentation

#### Ingénieure de recherche en Statistique #### Responsable des projets statistiques - Biologie intégrative (-omique) et physiologie **Expériences professionnelles** 2022 - aujourd'hui : Ingénieure de recherche en Statistique - INRAE Centre Jouy-en-Josas, Unité Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement, Plateforme de Bioinformatique Migale 2021 - 2022 : Ingénieure de recherche en Statistique - INRAE Centre Val-de-Loire, UMR Biologie des Oiseaux et Aviculture 2007 - 2020 : Ingénieure d'études en Statistique - INRAE Centre Val-de-Loire, UMR Biologie des Oiseaux et Aviculture 2000 - 2007 : Ingénieure d'études en Statistique - INRAE Centre Jouy-en-Josas, Unité Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement 1996 - 2000 : Assistante ingénieur en Statistique - INRAE Centre Jouy-en-Josas, Unité Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement **Formation** - 1992 : Master 1 en Mathématiques - Faculté des Sciences et Techniques de l'Université de Nantes - 1993 : Master 2 spécialité Informatique et Modèles Mathématiques - Université Toulouse Paul Sabatier **Enseignement** - [Analyse de données RNA-seq](https://migale.inrae.fr/trainings "Analyse de données RNA-seq"), environnement Galaxy et Rstudio - Statistiques inférentielles niveau Master2 Faculté des Sciences et Techniques de Tours **Animation de la recherche** - Co-Animatrice du groupe de travail [StatOmique](https://www.sfbi.fr/statomique "StatOmique") du GdR BIM (Bioinformatique Moléculaire)

Publications

aurelien-brionne
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Embryonic thermal manipulation impacts the postnatal transcriptome response of heat-challenged Japanese quails

Anaïs Vitorino Carvalho , Christelle Hennequet-Antier , Aurélien Brionne , Sabine Crochet , Justine Jimenez
BMC Genomics, 2021, 22 (488), ⟨10.1186/s12864-021-07832-7⟩
Article dans une revue hal-03321946v1

Thermal Manipulation During Embryogenesis Impacts H3K4me3 and H3K27me3 Histone Marks in Chicken Hypothalamus

Sarah-Anne David , Anais Vitorino Carvalho , Coralie Gimonnet , Aurélien Brionne , Christelle Hennequet-Antier
Frontiers in Genetics, 2019, 10, 11 p. ⟨10.3389/fgene.2019.01207⟩
Article dans une revue hal-02385835v1

Differential expression and co-expression gene network analyses reveal molecular mechanisms and candidate biomarkers involved in breast muscle myopathies in chicken

Eva Pampouille , Christelle Hennequet-Antier , Christophe Praud , Amélie Juanchich , Aurélien Brionne
Scientific Reports, 2019, 9 (1), ⟨10.1038/s41598-019-51521-1⟩
Article dans une revue hal-02966590v1
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ViSEAGO: a bioconductor package for clustering biological functions using gene ontology and semantic similarity

Aurélien Brionne , Amélie Juanchich , Christelle Hennequet-Antier
BioData Mining, 2019, 12, 13 p. ⟨10.1186/s13040-019-0204-1⟩
Article dans une revue hal-02618212v1
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An assessment of fixed and native chromatin preparation methods to study histone post-translational modifications at a whole genome scale in skeletal muscle tissue

Sarah-Anne David , Benoit Piegu , Christelle Hennequet-Antier , Maëlle Pannetier , Tiphaine Aguirre-Lavin
Biological Procedures Online, 2017, 19, pp.1-11. ⟨10.1186/s12575-017-0059-0⟩
Article dans une revue hal-01608235v1
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Thermal manipulation of the chicken embryo triggers differential gene expression in response to a later heat challenge

Thomas Loyau , Christelle Hennequet-Antier , Vincent Coustham , Cécile Berri , Marie Leduc
BMC Genomics, 2016, 17 (1), 15 p. ⟨10.1186/s12864-016-2661-y⟩
Article dans une revue hal-02636990v1

Quantitative proteomics provides new insights into chicken eggshell matrix protein functions during the primary events of mineralisation and the active calcification phase

Pauline Marie , Valérie Labas , Aurélien Brionne , Grégoire Harichaux , Christelle Hennequet-Antier
Journal of Proteomics, 2015, 126, pp.140-154. ⟨10.1016/j.jprot.2015.05.034⟩
Article dans une revue hal-02638649v1

Quantitative proteomics and bioinformatic analysis provide new insight into protein function during avian eggshell biomineralization

Pauline Marie , Valérie Labas , Aurélien Brionne , Grégoire Harichaux , Christelle Hennequet-Antier
Journal of Proteomics, 2015, 113, pp.178-193. ⟨10.1016/j.jprot.2014.09.024⟩
Article dans une revue hal-01129881v1

Data set for the proteomic inventory and quantitative analysis of chicken eggshell matrix proteins during the primary events of eggshell mineralization and the active growth phase of shell calcification

Pauline Marie , Valérie Labas , Aurélien Brionne , Grégoire Harichaux , Christelle Hennequet-Antier
Data in Brief, 2015, 4, pp.430-436. ⟨10.1016/j.dib.2015.06.019⟩
Article dans une revue hal-02629430v1
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Identifying specific proteins involved in eggshell membrane formation using gene expression analysis and bioinformatics

Jingwen Du , Maxwell T. Hincke , Megan Rose-Martel , Christelle Hennequet-Antier , Aurélien Brionne
BMC Genomics, 2015, 16, ⟨10.1186/s12864-015-2013-3⟩
Article dans une revue hal-02633268v1
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Data set for the proteomic inventory and quantitative analysis of chicken eggshell matrix proteins during the primary events of eggshell mineralization and the active growth phase of calcification

Pauline Marie , Valérie Labas , Aurélien Brionne , Grégoire Harichaux , Christelle Hennequet-Antier
Data in Brief, 2015, 4, pp.430-436. ⟨10.1016/j.dib.2015.06.019⟩
Article dans une revue hal-01601560v1
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Data set for the proteomic inventory and quantitative analysis of chicken uterine fluid during eggshell biomineralization

Pauline Marie , Valérie Labas , Aurélien Brionne , Grégoire Harichaux , Christelle Hennequet-Antier
Data in Brief, 2014, 1, pp.65-69. ⟨10.1016/j.dib.2014.09.006⟩
Article dans une revue hal-02630052v1
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Hen uterine gene expression profiling during eggshell formation reveals putative proteins involved in the supply of minerals or in the shell mineralization process

Aurélien Brionne , Yves Y. Nys , Christelle Hennequet-Antier , Joël Gautron
BMC Genomics, 2014, 15, 17 p. ⟨10.1186/1471-2164-15-220⟩
Article dans une revue hal-02640144v1
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Cellules germinales primordiales aviaires au cœur des avancées de la conservation des ressources génétiques et de l’édition des génomes. L’exemple français

Amélie Juanchich , Sabine Alves , Jacky Ezagal , Maria Bernard , Christophe Klopp
14. Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à Foie Gras, Mar 2022, Tours, France. pp.115-123
Communication dans un congrès hal-04275281v1
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French avian cryobank: development of reproductive biotechnologies based on primordial germ cells (PGCs) and investigation of the impact of in vitro steps on PGCs integrity and reproductive capacity

Marina Govoroun , Sabine Alves , Laura Soler-Vasco , Sophie Fouchécourt , Nadine Gérard
26è World's Poultry Congress,, May 2022, Webinar, France
Communication dans un congrès hal-04276115v1

Phenotypic and molecular transgenerational analysis of embryonic thermal manipulation in Japanese quail

Anais Vitorino Carvalho , Christelle Hennequet-Antier , Romuald Rouger , Benoit Piegu , Aurélien Brionne
Incubation and Fertility Research Group (IFRG) Meeting 2021, Oct 2021, Online, Netherlands
Communication dans un congrès hal-03617443v1

La thermo-manipulation embryonnaire chez la caille japonaise : de la physiologie à la régulation de l'épigénome

Anais Vitorino Carvalho , Christelle Hennequet-Antier , Nathalie Couroussé , Coralie Gimmonet , Sabine Crochet
5. Journée d'Animation Scientifique du réseau épiPhase, Jun 2019, Toulouse, France. 35 p
Communication dans un congrès hal-02736783v1
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ViSEAGO: Easier data mining of biological functions organized into clusters using Gene Ontology and semantic similarity

Aurélien Brionne , Amélie Juanchich , Christelle Hennequet-Antier
Journées PEPI IBIS, Jun 2019, Paris, France. pp.11
Communication dans un congrès hal-02786704v1

Modifications moléculaires et histologiques associées à des myopathies du muscle du filet chez le poulet de chair

Eva Pampouille , Christelle Hennequet-Antier , Amélie Juanchich , Aurélien Brionne , Thierry Bordeau
13. Journée de la Recherche Avicole et Palmipèdes à foie Gras, Mar 2019, Tours, France
Communication dans un congrès hal-03658366v1

Epigenome-wide analysis of the impact of a thermal manipulation treatment on avian embryo

Sarah-Anne David , Anais Vitorino Carvalho , Coralie Gimonnet , Sabine Crochet , Thierry Bordeau
Avian Model Systems 10, Jun 2018, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02737539v1

Embryonic thermal manipulation of the Japanese quail: impacts on physiology and hypothalamic methylome and transcriptome

Anais Vitorino Carvalho , Nathalie Couroussé , Flora Gataud , Coralie Gimonnet , Sabine Crochet
15. European Poultry Conference, European federation of WPSA (WPSA). INT., Sep 2018, Dubrovnik, Croatia
Communication dans un congrès hal-02735147v1
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Temporal Expression of Hen Uterine transcripts at key step of shell mineralization

Joël Gautron , Aurélien Brionne , Olivier Bouchez , Cédric Cabau , Christelle Hennequet-Antier
14th International Symposium on Biomineralization, Oct 2017, Tsukuba, Japan
Communication dans un congrès hal-02733493v1

Temporal expression of hen uterine transcripts at key steps of shell mineralization

Joël Gautron , Aurélien Brionne , Olivier Bouchez , Cédric Cabau , Christelle Hennequet-Antier
XVII European Symposium on the Quality of Eggs and Egg Products and XXIII European Symposium on the Quality of Poultry Meat ‘EggMeat 2017, Sep 2017, Edinburgh, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-02733489v1

Change in calcium carbonate mineralogy and in organic matrix proteins quantified by proteomic analysis during the early stages of egg shell mineralization in hens

Joël Gautron , Alejandro Rodriguez-Navarro , Pauline Marie , Valérie Labas , Nazaret Dominguez-Gasca
25. World's Poultry Congress 2016, World's Poultry Science Association (WPSA). INT., Sep 2016, Beijing, China
Communication dans un congrès hal-02742876v1

Formation de la coquille de l'oeuf de poule : présence d'une phase de carbonate de calcium amorphe et variation associées de protéines de la matrice organique lors de l'initiation de la minéralisation

Pauline Marie , Valérie Labas , Grégoire Harichaux , Aurélien Brionne , Christelle Hennequet-Antier
11. Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à Foie Gras, Institut Technique de l'Aviculture et des Elevages de Petits Animaux (ITAVI). FRA. Institut National de la Recherche Agronomique (INRA). Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), FRA. World's Poultry Science Association (WPSA). Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse (INPT - ENSAT)., Mar 2015, Tours, France
Communication dans un congrès hal-02740279v1
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Quantitative proteomics provides new insights into chicken eggshell matrix protein functions during pivotal stages of shell mineralization

Joël Gautron , Pauline Marie , Valérie Labas , Aurélien Brionne , Grégoire Harichaux
13. International Symposium on Biomineralization, Sep 2015, Granada, Spain. résumé 2 p
Communication dans un congrès hal-02738852v1
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Avian eggshell formation: Presence of amorphous calcium carbonate associated with changes in some organic matrix proteins during initiation of mineralisation

Pauline Marie , Valérie Labas , Aurélien Brionne , Grégoire Harichaux , Christelle Hennequet-Antier
22. European Symposium on the Quality of Poultry Meat - 16. European Symposium on the Quality of Eggs and Egg Products, May 2015, Nantes, France
Communication dans un congrès hal-02738484v1
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Identification of uterine ionic transport proteins involved in providing the mineral precursors for eggshell formation in hens

Aurélien Brionne , Yves Y. Nys , Christelle Hennequet-Antier , Joël Gautron
16. Journées françaises de biologie des tissus minéralisés, May 2014, Limoges, France
Communication dans un congrès hal-02738600v1
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Hen uterine gene expression profiling during eggshell formation reveals putative proteins involved in the shell mineralization process

Aurélien Brionne , Yves Y. Nys , Christelle Hennequet-Antier , Joël Gautron
14. European Poultry Conference, Jun 2014, Stavanger, Norway
Communication dans un congrès hal-02739248v1

New insights in egg proteins applying cDNA microarrays to hen oviduct and liver and extensive proteomic data mining

Joël Gautron , Aurélien Brionne , Marie-Christine Bourin , Christelle Hennequet-Antier , Cédric Cabau
5. Combined Workshop on Fundamental Physiology and Perinatal Development in Poultry, Aug 2011, Wageningen, Netherlands
Communication dans un congrès hal-02802514v1

New insights in egg white proteins using cDNA microarrays and extensive proteomic data mining

Joël Gautron , Aurélien Brionne , Christelle Hennequet-Antier , Cédric Cabau , Nicolas Guyot
14. European Symposium on the Quality of Eggs and Egg Products, Sep 2011, Leipzig, Germany
Communication dans un congrès hal-02747495v1
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Effets transgénérationnels d'une exposition embryonnaire à la chaleur sur le transcriptome et l'épigénome de la caille japonaise

A Vitorino Carvalho , Benoît Piégu , Christelle Hennequet-Antier , Nathalie Couroussé , Sabine Crochet
épiPhase - 7. Journées d'Animation Scientifique autour de l'Epigénétique, Jun 2022, Rennes, France
Poster de conférence hal-03726346v1
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Effets a court et long termes de la manipulation thermique embryonnaire sur la physiologie de la caille japonaise

Anais Vitorino Carvalho , Nathalie Couroussé , Coralie Gimonnet , Sabine Crochet , Thierry Bordeau
13. Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à Foie Gras, Mar 2019, Tours, France. Journées de la Recherche Avicole et des Palmipèdes à Foie Gras, 2019, 13. Journées de la Recherche Avicole et des Palmipèdes à Foie Gras
Poster de conférence hal-02735184v1
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Transgenerational analysis of embryonic heat exposure in Japanese quail

Anais Vitorino Carvalho , Coralie Gimonnet , Christelle Hennequet-Antier , Benoit Piegu , Aurélien Brionne
Epigenetic Inheritance Symposium 2019, Aug 2019, Zurich, Switzerland. 2019
Poster de conférence hal-02736953v1
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Analyse bioinformatique des marques d'histone chez le poulet exposé à la chaleur pendant l'incubation

Coralie Gimonnet , Sarah-Anne David , Anais Vitorino Carvalho , Benoit Piegu , Christelle Hennequet-Antier
13.Journées de la recherche avicole et des palmipèdes à foie gras, Mar 2019, Tours, France. Journées de la Recherche sur les Palmipèdes à Foie Gras, 2019, 13. Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à Foie Gras
Poster de conférence hal-02734830v1
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ViSEAGO: Easier data mining of biological functions organized into clusters using Gene Ontology and semantic similarity

Christelle Hennequet-Antier , Aurélien Brionne , Amélie Juanchich
Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques JOBIM 2019, Jul 2019, Nantes, France. 1 p, 2019
Poster de conférence hal-02786990v1
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Manipulation thermique embryonnaire chez la caille japonaise : étude de l'impact sur le phénotype et l'épigénome sur plusieurs générations

Anais Vitorino Carvalho , Christelle Hennequet-Antier , Coralie Gimonnet , Benoit Piegu , Aurélien Brionne
Séminaire Défis Scientifiques du département Phase 2019, Nov 2019, Rennes, France
Poster de conférence hal-02909456v1

ViSEAGO: Easier data mining of biological functions organized into clusters using Gene Ontology and semantic similarity

Christelle Hennequet-Antier , Aurélien Brionne , Amélie Juanchich
useR! 2019, Jul 2019, Toulouse, France. 2019
Poster de conférence hal-02789400v1
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Impact de la manipulation thermique embryonnaire sur le méthylome de caille japonaise

Coralie Gimonnet , Anais Vitorino Carvalho , Nathalie Couroussé , Sabine Crochet , Thierry Bordeau
JOBIM 2019 : Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. 2019
Poster de conférence hal-02737671v1
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Analyse bioinformatique des modifications post-traductionnelles des histones chez le poulet thermomanipulé durant l'embryogenèse

Coralie Gimonnet , Sarah-Anne David , Anais Vitorino Carvalho , Benoit Piegu , Christelle Hennequet-Antier
4. Journée de Séminaires du Département Phase sur l'Epigénétique EpiPhase, May 2018, Nouzilly, France. 1 p., 2018
Poster de conférence hal-02734816v1
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Impact de la thermo-manipulation embryonnaire sur l'aposition de H3K27ME3 et H3K4ME3 dans l'hypothalamus de poulet agé de 35 jours

Sarah-Anne David , Anais Vitorino Carvalho , Coralie Gimonnet , Nathalie Couroussé , Sabine Crochet
4. Journée de Séminaires du Département Phase sur l'Epigénétique EpiPhase, May 2018, Nouzilly, France. 1 p., 2018
Poster de conférence hal-02735511v1
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Impact of embryonic thermal manipulation on quail transcriptome and methylome

Anais Carvalho , Nathalie Couroussé , Sabine Crochet , Sarah-Anne David , Thierry Bordeau
Incubation and Fertility Research Group (IFRG), Aug 2017, Wageningen, Netherlands. 2017, Combined meeting of the Incubation and Fertility Research Group (WP6) and of the Fundamental Physiology and Perinatal Development Group (WP12). Abstracts
Poster de conférence hal-01607553v1

Environmental epigenetics in birds: when the embryo feels the heat

Anais Vitorino Carvalho , Sabine Crochet , Nathalie Couroussé , Thierry Bordeau , Benoit Piegu
France Japan Epigenetic Workshop, Nov 2017, Paris, France. , 2017
Poster de conférence hal-02790274v1

Eggshell mineralisation: relationship between in situ observations and organic matrix composition

Pauline Marie , Alejandro Rodriguez Navarro , Valérie Labas , Grégoire Harichaux , Christelle Hennequet-Antier
14. European Poultry Conference, Jun 2014, Stavanger, Norway. WPSA, Branche Norvégienne, 2014, XIVth European Poultry Conference
Poster de conférence hal-02738844v1