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Christophe PLOMION

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Directeur d'Unité Equipe E4E
Directeur de recherche - HDR Directeur d'Unité Equipe E4E

Publications

isabelle-lesur-kupin
"antoine-kremer"
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Oak stands along an elevation gradient have different molecular strategies for regulating bud phenology

Gregoire Le Provost , Céline Lalanne , Isabelle Lesur , Jean-Marc Louvet , Sylvain Delzon
BMC Plant Biology, 2023, 23 (108), ⟨10.1186/s12870-023-04069-2⟩
Article dans une revue hal-04003618v1

Genomic landscape of the global oak phylogeny

Andrew Hipp , Paul Manos , Marlene Hahn , Michael Avishai , Catherine Bodénès
New Phytologist, 2020, 226 (4), pp.1198-1212. ⟨10.1111/nph.16162⟩
Article dans une revue hal-03162542v1
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Development of target sequence capture and estimation of genomic relatedness in a mixed oak stand

Isabelle Lesur Kupin , Hermine Alexandre , Christophe Boury , Emilie Chancerel , Christophe Plomion
Frontiers in Plant Science, 2018, 9, pp.1-16. ⟨10.3389/fpls.2018.00996⟩
Article dans une revue hal-02628743v1
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Oak genome reveals facets of long lifespan

Christophe Plomion , Jean-Marc Aury , Joelle Amselem , Thibault Leroy , Florent Murat
Nature Plants, 2018, 4 (7), pp.440-452. ⟨10.1038/s41477-018-0172-3⟩
Article dans une revue hal-01820559v1

Genomic resources notes accepted 1 August 2015 - 31 September 2015

. Genomic Resources Development Consortium , Annegret Kohler , Antoine Kremer , Grégoire G. Le Provost , Isabelle Lesur Kupin Lesur
Molecular Ecology Resources, 2016, 16 (1), pp.377-377. ⟨10.1111/1755-0998.12482⟩
Article dans une revue hal-02630738v1

Decoding the oak genome: public release of sequence data, assembly, annotation and publication strategies.

Christophe Plomion , Jean-Marc Aury , Joëlle Amselem , Tina Alaeitabar , Valérie Barbe
Molecular Ecology Resources, 2015, 16 (1), pp.254-265. ⟨10.1111/1755-0998.12425⟩
Article dans une revue hal-01579667v1

A unigene set for European beech (Fagus sylvatica L.) and its use to decipher the molecular mechanisms involved in dormancy regulation

Isabelle Lesur Kupin Lesur , Alison Bechade , Céline C. Lalanne , Christophe C. Klopp , Céline Noirot
Molecular Ecology Resources, 2015, 15 (5), pp.1192-1204. ⟨10.1111/1755-0998.12373⟩
Article dans une revue hal-02640346v1
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The oak gene expression atlas: insights into Fagaceae genome evolution and the discovery of genes regulated during bud dormancy release

Isabelle Lesur , Grégoire G. Le Provost , Pascal Bento , Corinne da Silva , Jean-Charles Leplé
BMC Genomics, 2015, 16 (1), pp.112. ⟨10.1186/s12864-015-1331-9⟩
Article dans une revue hal-02285504v1

Single-nucleotide polymorphism discovery and validation in high-density SNP array for genetic analysis in European white oaks

Camille Lepoittevin , Catherine Bodenes-Brezard Bodénès , Emilie E. Chancerel , Laure Villate , Tiange Lang
Molecular Ecology Resources, 2015, 15 (6), pp.1446-1459. ⟨10.1111/1755-0998.12407⟩
Article dans une revue hal-02635881v1
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Analysis of BAC end sequences in oak, a keystone forest tree species, providing insight into the composition of its genome

Patricia P. Faivre-Rampant , Isabelle Lesur , Clément Boussardon , Frederique Bitton , Marie-Laure Martin-Magniette
BMC Genomics, 2011, 12, 13 p. ⟨10.1186/1471-2164-12-292⟩
Article dans une revue hal-02646702v1

A sample view of the pedunculate oak (Quercus robur) genome from the sequencing of hypomethylated and random genomic libraries

Isabelle Lesur , Jérôme J. Durand , Federico Sebastiani , Niclas Gyllenstrand , Catherine Bodenes-Brezard Bodénès
Tree Genetics and Genomes, 2011, 7 (6), pp.1277-1285. ⟨10.1007/s11295-011-0412-4⟩
Article dans une revue hal-02644223v1
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An integrated information system dedicated to oak genomics and genetics

Joëlle Amselem , Nicolas Francillonne , Célia Michotey , Thomas Letellier , Jean-Marc Aury
PAG XXVI Plant and Animal Genome Conference, Jan 2018, San Diego, United States. pp.27 slides
Communication dans un congrès hal-01839185v1

Oak genome sequencing and evolution

Jerome J. Salse , Jean Marc Aury , Florent Murat , Sébastien Faye , Karine Labadie
Genomics and Forest Tree Genetics Conference, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., May 2016, Arcachon, France. 134 p
Communication dans un congrès hal-02741698v1

Annotation of the oak genome sequence and associated bioinformatic resources

Joelle J. Amselem , Jean Marc Aury , Nicolas Francillonne , Tina Alaeitabar , Corinne da Silva
IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., May 2016, Arcachon, France. 134 p
Communication dans un congrès hal-02741128v1

Development of high density linkage maps in European oak for multi-objective genetic applications

Catherine Bodenes-Brezard Bodénès , Emilie E. Chancerel , Camille Lepoittevin , François Ehrenmann , Isabelle Lesur Kupin Lesur
IUFRO working group “Genetics of Quercus and Nothofagus”, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., Oct 2012, Bordeaux, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-02805716v1

Sequencing and analysis of the oak transcriptome using RNA-seq technologies

Isabelle Lesur Kupin Lesur , Grégoire G. Le Provost , Céline C. Lalanne , François Ehrenmann , Céline Noirot
IUFRO working group “Genetics of Quercus and Nothofagus”, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., Oct 2012, Bordeaux, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-02806071v1

Development of genomic resources to study the structure, function and evolution of the oak genome

Christophe Plomion , Joelle J. Amselem , Jean-Marc Aury , Catherine Bodenes , Emilie Chancerel
IUFRO working group "Genetics of Quercus and Nothofagus", Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., Oct 2012, Bordeaux, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-01019850v1