Christophe Ambroise

Publications

Poster de conférence (4)

Epigenetic Variation in Tree Evolution: a case study in black poplar (Populus nigra) Mamadou Dia Sow,Odile Rogier,Isabelle Lesur,Christian Daviaud,Emile Mardocet al. Plant Epigenetics (EPIPLANT/SEB 2024), Jul 2024, Clermont-Ferrand, France. , Abstract book of EPIPLANT/SEB 2024, Session VI Chromatin in transcription, replication and repair (Poster #69), pp.131-132 Poster de conférence hal-05056784v1
Adjacency-constrained hierarchical clustering of a band similarity matrix with application to genomics Christophe Ambroise,Alia Dehman,Pierre Neuvial,Guillem Rigaill,Nathalie Vialaneix Statistical Methods for Post-Genomic Data (SMPGD), Jan 2019, Barcelona, Spain. 2019 Poster de conférence hal-02790995v1
PanGBank: depicting microbial species diversity via PPanGGOLiN Guillaume Gautreau,Adelme Bazin,Rémi Planel,Mathieu Gachet,Mathieu Duboiset al. JOBIM 2019 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France Poster de conférence hal-04358380v1
A greedy great approach to learn with complementary structured datasets Julien Chiquet,Marie Szafranski,Christophe Ambroise ICML 2015 International Conference on Machine Learning, Jul 2015, Lille, France. 2015, Greed Is Great ICML Workshop, Jul 2015, Lille, France Poster de conférence hal-01608307v1

Article dans une revue (38)

A Strategy for Studying Epigenetic Diversity in Natural Populations: Proof of Concept in Poplar and Oak Isabelle Lesur Kupin,Odile Rogier,Mamadou Dia Sow,Christophe Boury,Alexandre Duplanet al. Journal of Experimental Botany, 2024, 75 (18), pp.5568-5584. ⟨10.1093/jxb/erae266⟩ Article dans une revue hal-04621404v1
Holistic view of the seascape dynamics and environment impact on macro-scale genetic connectivity of marine plankton populations. Romuald Laso-Jadart,Michael O'Malley,Adam M. Sykulski,Christophe Ambroise,Mohammed-Amin Madoui BMC Ecology and Evolution, 2023, 23 (1), pp.46. ⟨10.1186/s12862-023-02160-8⟩ Article dans une revue hal-04215576v1
A Sparse Mixture-of-Experts Model With Screening of Genetic Associations to Guide Disease Subtyping Marie Courbariaux,Kylliann De Santiago,Cyril Dalmasso,Fabrice Danjou,Samir Bekadaret al. Frontiers in Genetics, 2022, Statistical Methods, Computing, and Resources for Genome-Wide Association Studies, Volume II, 13, ⟨10.3389/fgene.2022.859462⟩ Article dans une revue hal-01822237v5
Hierarchical correction of p-values via an ultrametric tree running Ornstein-Uhlenbeck process Antoine Bichat,Christophe Ambroise,Mahendra Mariadassou Computational Statistics, 2022, 37 (3), pp.995-1013. ⟨10.1007/s00180-021-01148-6⟩ Article dans une revue hal-04072108v1
AI-based mobile application to fight antibiotic resistance Marco Pascucci,Guilhem Royer,Jakub Adamek,Mai Al Asmar,David Aristizabalet al. Nature Communications, 2021, 12 (1), pp.1173. ⟨10.1038/s41467-021-21187-3⟩ Article dans une revue hal-04283546v1
Accounting for Missing Actors in Interaction Network Inference from Abundance Data Raphaëlle Momal,Stephane S. Robin,Christophe Ambroise Journal of the Royal Statistical Society: Series C Applied Statistics, 2021, 70 (5), pp.1230-1258. ⟨10.1111/rssc.12509⟩ Article dans une revue hal-04495702v2
Fast computation of genome-metagenome interaction effects Florent Guinot,Marie Szafranski,Julien Chiquet,Anouk Zancarini,Christine Le Signoret al. Algorithms for Molecular Biology, 2020, 15 (1), art.13 (21p.). ⟨10.1186/s13015-020-00173-2⟩ Article dans une revue hal-01906069v3
metaVaR: introducing metavariant species models for reference-free metagenomic-based population genomics Romuald Laso-Jadart,Christophe Ambroise,Pierre Peterlongo,Mohammed-Amin Madoui PLoS ONE, 2020, ⟨10.1371/journal.pone.0244637⟩ Article dans une revue hal-02464983v1
PPanGGOLiN: Depicting microbial diversity via a partitioned pangenome graph Guillaume Gautreau,Adelme Bazin,Mathieu Gachet,Rémi Planel,Laura Burlotet al. PLoS Computational Biology, 2020, ⟨10.1371/journal.pcbi.1007732⟩ Article dans une revue hal-03089210v1
Investigating population‐scale allelic differential expression in wild populations of Oithona similis (Cyclopoida, Claus, 1866) Romuald Laso‐jadart,Kevin Sugier,Emmanuelle Petit,Karine Labadie,Pierre Peterlongoet al. Ecology and Evolution, 2020, 10 (16), pp.8894-8905. ⟨10.1002/ece3.6588⟩ Article dans une revue hal-02999798v1
Tree‐based inference of species interaction networks from abundance data Raphaëlle Momal,Stéphane Robin,Christophe Ambroise Methods in Ecology and Evolution, 2020, 11 (5), pp.621-632. ⟨10.1111/2041-210X.13380⟩ Article dans une revue hal-02918284v1
Incorporating Phylogenetic Information in Microbiome Differential Abundance Studies Has No Effect on Detection Power and FDR Control Antoine Bichat,Jonathan Plassais,Christophe Ambroise,Mahendra Mariadassou Frontiers in Microbiology, 2020, 11, ⟨10.3389/fmicb.2020.00649⟩ Article dans une revue hal-02635268v1
Exploring the link between additive heritability and prediction accuracy from a ridge regression perspective Arthur Frouin,Claire Dandine-Roulland,Morgane Pierre-Jean,Jean-François Deleuze,Christophe Ambroiseet al. Frontiers in Genetics, 2020, 11, pp.581594. ⟨10.3389/fgene.2020.581594⟩ Article dans une revue cea-04419427v1
Incomplete graphical model inference via latent tree aggregation Geneviève Robin,Christophe Ambroise,Stephane S. Robin Statistical Modelling, 2019, 19 (5), pp.545-568. ⟨10.1177/1471082X18786289⟩ Article dans une revue hal-01686841v1
Systematic analysis of TruSeq, SMARTer and SMARTer Ultra-Low RNA-seq kits for standard, low and ultra-low quantity samples. Marie-Ange Palomares,Cyril Dalmasso,Eric Bonnet,Céline Derbois,Solène Brohard-Julienet al. Scientific Reports, 2019, 9, pp.1-12. ⟨10.1038/s41598-019-43983-0⟩ Article dans une revue hal-02270990v1
A generalized statistical framework to assess mixing ability from incomplete mixing designs using binary or higher order variety mixtures and application to wheat Emma Forst,Jerome Enjalbert,Vincent Allard,Christophe Ambroise,Inès Krissaaneet al. Field Crops Research, 2019, 242, pp.107571. ⟨10.1016/j.fcr.2019.107571⟩ Article dans une revue hal-02618625v1
Adjacency-constrained hierarchical clustering of a band similarity matrix with application to Genomics Christophe Ambroise,Alia Dehman,Pierre Neuvial,Guillem Rigaill,Nathalie Vialaneix Algorithms for Molecular Biology, 2019, 14, pp.22. ⟨10.1186/s13015-019-0157-4⟩ Article dans une revue hal-02006331v2
Learning the optimal scale for GWAS through hierarchical SNP aggregation Florent Guinot,Marie Szafranski,Christophe Ambroise,Franck Samson BMC Bioinformatics, 2018, 19, ⟨10.1186/s12859-018-2475-9⟩ Article dans une revue hal-02623460v1
Learning the optimal scale for GWAS through hierarchical SNP aggregation Florent Guinot,Marie Szafranski,Christophe Ambroise,Franck Samson BMC Bioinformatics, 2018, 19 (1), pp.459 Article dans une revue hal-01597553v3
Beyond support in two-stage variable selection Jean-Michel Bécu,Yves Grandvalet,Christophe Ambroise,Cyril Dalmasso Statistics and Computing, 2017, 27 (1), pp.169--179. ⟨10.1007/s11222-015-9614-1⟩ Article dans une revue hal-01246066v1
Eigen-Epistasis for detecting Gene-Gene interactions Virginie Stanislas,Cyril Dalmasso,Christophe Ambroise BMC Bioinformatics, 2017, 18, pp.54 Article dans une revue hal-01275624v6
Eigen-Epistasis for detecting gene-gene interactions Virginie Stanislas,Cyril Dalmasso,Christophe Ambroise BMC Bioinformatics, 2017, 18, ⟨10.1186/s12859-017-1488-0⟩ Article dans une revue hal-01601001v1
Performance of a blockwise approach in variable selection using linkage disequilibrium information Alia Dehman,Christophe Ambroise,Pierre Neuvial BMC Bioinformatics, 2015, 16, pp.14. ⟨10.1186/s12859-015-0556-6⟩ Article dans une revue hal-01193074v1
Model Selection in Overlapping Stochastic Block Models Pierre Latouche,Etienne E. Birmelé,Christophe Ambroise Electronic Journal of Statistics , 2014, 8, pp.762-794. ⟨10.1214/14-EJS903⟩ Article dans une revue hal-00990277v1
Variational Bayesian Inference and Complexity Control for Stochastic Block Models Pierre Latouche,Etienne E. Birmelé,Christophe Ambroise Statistical Modelling, 2012, 12 (1), pp.93-115. ⟨10.1177/1471082X1001200105⟩ Article dans une revue hal-00624536v1
SHIPS: Spectral Hierarchical Clustering for the Inference of Population Structure in Genetic Studies Matthieu Bouaziz,Caroline Paccard,Mickaël Guedj,Christophe Ambroise PLoS ONE, 2012, 7 (10), ⟨10.1371/journal.pone.0045685⟩ Article dans une revue hal-02644356v1
New consistent and asymptotically normal parameter estimates for random-graph mixture models Christophe Ambroise,Catherine Matias Journal of the Royal Statistical Society: Series B, 2012, 74, ⟨10.1111/j.1467-9868.2011.01009.x⟩ Article dans une revue hal-00647817v1
Accounting for population stratification in practice: a comparison of the main strategies dedicated to genome-wide association studies Matthieu Bouaziz,Christophe Ambroise,Mickaël Guedj PLoS ONE, 2011, 6 (12), ⟨10.1371/journal.pone.0028845⟩ Article dans une revue hal-02649658v1
Inferring Multiple Graphical Structures Julien Chiquet,Yves Grandvalet,Christophe Ambroise Statistics and Computing, 2011, 21 (4), pp.537-553. ⟨10.1007/s11222-010-9191-2⟩ Article dans une revue hal-00660169v1
OVERLAPPING STOCHASTIC BLOCK MODELS WITH APPLICATION TO THE FRENCH POLITICAL BLOGOSPHERE Pierre Latouche,Etienne Birmelé,Christophe Ambroise Annals of Applied Statistics, 2011, 5 (1), pp.309 - 336. ⟨10.1214/10-AOAS382⟩ Article dans une revue hal-02652556v1
Clustering based on random graph model embedding vertex features Hugo Zanghi,Stevenn Volant,Christophe Ambroise Pattern Recognition Letters, 2010, 31 (9), pp.830-836. ⟨10.1016/j.patrec.2010.01.026⟩ Article dans une revue pasteur-02612862v1
Weighted-LASSO for Structured Network Inference from Time Course Data Camille Charbonnier,Julien Chiquet,Christophe Ambroise Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology, 2010, 9 (1), pp.15. ⟨10.2202/1544-6115.1519⟩ Article dans une revue hal-01597614v1
Inferring sparse Gaussian graphical models with latent structure Christophe Ambroise,Julien Chiquet,Catherine Matias Electronic Journal of Statistics , 2009, 3, pp.205-238. ⟨10.1214/08-EJS314⟩ Article dans une revue hal-00592201v1
SIMoNe: Statistical Inference for MOdular NEtworks. Julien Chiquet,Alexander Smith,Gilles Grasseau,Catherine Matias,Christophe Ambroise Bioinformatics, 2009, 25 (3), pp.417-418. ⟨10.1093/bioinformatics/btn637⟩ Article dans une revue hal-00592218v1
Identification of functional modules based on transcriptional regulation structure Etienne Birmele,Mohamed Elati,Céline Rouveirol,Christophe Ambroise BMC Proceedings, 2008, 2 (4), pp.S4 Article dans une revue hal-00730904v1
Parsimonious Additive Models Marta Avalos,Yves Grandvalet,Christophe Ambroise Computational Statistics and Data Analysis, 2007, 51 (6), pp.2851-2870. ⟨10.1016/j.csda.2006.10.007⟩ Article dans une revue inserm-00149798v1
Discrimination par modèles additifs parcimonieux Marta Avalos,Yves Grandvalet,Christophe Ambroise Revue dÍntelligence Artificielle, 2005, 19 (4-5), pp.661-682 Article dans une revue inserm-00149790v1
Hierarchical clustering of self-organizing maps for cloud classification Christophe Ambroise,Geneviève Sèze,Fouad Badran,Sylvie Thiria Neurocomputing, 2000, 30 (1-4), pp.47-52. ⟨10.1016/S0925-2312(99)00141-1⟩ Article dans une revue hal-03183040v1

Communication dans un congrès (22)

Intégration tardive de données multimodales par modèles à blocs stochastiques Kylliann De Santiago,Marie Szafranski,Christophe Ambroise 55e Journées de Statistique de la SFdS, Vincent Couallier et Robin Genuer, May 2024, Bordeaux, France Communication dans un congrès hal-04886169v1
An interdisciplinary approach to increase wheat within-field diversity and promote agro-ecosystem services Jérôme Enjalbert,Vincent Allard,Christophe Ambroise,Bruno Andrieu,S. Barotet al. 1. European Conference on Crop Diversification 2019, Sep 2019, Budapest, Hungary Communication dans un congrès hal-04481348v1
PPanGGOLiN: Depicting microbial diversity via a Partitioned Pangenome Graph Guillaume Gautreau,Christophe Ambroise,Catherine Matias,Amandine Perrin,Rémi Planelet al. JOBIM 2018 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France Communication dans un congrès hal-04355945v1
PPanGGOLiN: Depicting microbial diversity via a Partitioned Pangenome Graph Guillaume Gautreau,Christophe Ambroise,Catherine Matias,Amandine Perrin,Rémi Planelet al. Genome Informatics 2018, Sep 2018, Hinxton, Cambridge, United Kingdom Communication dans un congrès hal-04356757v1
Adjacency-constrained hierarchical clustering of a band similarity matrix with application to genomics Christophe Ambroise,Alia Dehman,Michel Koskas,Pierre Neuvial,Guillem Rigaillet al. Journée Régionale de Bioinformatique et Biostatistique, Génopole Toulouse, Dec 2018, Toulouse, France Communication dans un congrès hal-02788245v1
Quantify Genomic Heritability Through a Prediction Measure Arthur Frouin,Edith Le Flocch,Christophe Ambroise 46th European Mathematical Genetics Meeting (EMGM), Apr 2018, Cagliari, Italy. pp.2, ⟨10.1159/000488519⟩ Communication dans un congrès hal-02737176v1
A greedy great approach to learn with complementary structured datasets Christophe Ambroise,Julien Chiquet,Marie Szafranski Greed Is Great ICML Workshop, Jul 2015, Lille, France Communication dans un congrès hal-01246419v1
Significance testing for variable selection in high-dimension Jean-Michel Bécu,Yves Grandvalet,Christophe Ambroise,Cyril Dalmasso Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB), Aug 2015, Niagara Falls, Canada. pp.1-8, ⟨10.1109/CIBCB.2015.7300313⟩ Communication dans un congrès hal-01313310v1
Inférence jointe de la structure de modèles graphiques gaussiens Julien Chiquet,Yves Grandvalet,Christophe Ambroise CAp'2010, May 2010, France. pp.217-232 Communication dans un congrès hal-00936741v1
Modèles de graphe aléatoire à classes chevauchantes pour l'analyse des réseaux Pierre Latouche,Etienne E. Birmelé,Christophe Ambroise 42èmes Journées de Statistique, 2010, Marseille, France, France Communication dans un congrès inria-00494820v1
Les modèles de mélange pour la classification de données massives en temps réel Allou Samé,Gérard Govaert,Christophe Ambroise 41èmes Journées de Statistique, SFdS, Bordeaux, 2009, Bordeaux, France, France Communication dans un congrès inria-00386796v1
Uncovering overlapping clusters in biological networks Pierre Latouche,Etienne E. Birmelé,Christophe Ambroise Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jun 2009, Nantes, France. pp.28 Communication dans un congrès hal-00629321v1
A latent logistic model to uncover overlapping clusters in networks Pierre Latouche,Etienne E. Birmelé,Christophe Ambroise Atelier AGS (Apprentissage et Graphes pour les Systèmes complexes), May 2009, Hammamet, Tunisia. pp.3-8 Communication dans un congrès hal-00629310v1
Pénalisation l1 pour les MAG Marta Avalos,Yves Grandvalet,Christophe Ambroise 2005, pp.25.1 Communication dans un congrès inserm-00149856v1
Model selection via penalization in the additive Cox model Marta Avalos,Yves Grandvalet,Christophe Ambroise The 3rd world conference on Computational Statistics & Data Analysis, 2005, Limassol, Cyprus. pp.45 Communication dans un congrès inserm-00149852v1
Mixture model approach for acoustic emission control of pressure equipment Hani Hamdan,Gérard Govaert,Christophe Ambroise,Catherine Hervé 5th International Conference on Acoustical and Vibratory Surveillance Methods and Diagnostic Techniques, Oct 2004, Senlis, France. pp.1-10 Communication dans un congrès hal-01377401v1
Discriminative Classification vs Modeling Methods in CBIR Philippe-Henri Gosselin,Micheline Najjar,Matthieu Cord,Christophe Ambroise IEEE International Conference on Advanced Concepts for Intelligent Vision Systems, Sep 2004, Belgium. pp.1 Communication dans un congrès hal-00520316v1
Généralisation du lasso aux modèles additifs Marta Avalos,Yves Grandvalet,Christophe Ambroise 2004, pp.83 Communication dans un congrès inserm-00149858v1
Penalized additive logistic regression for cardiovascular risk prediction Marta Avalos,Yves Grandvalet,Christophe Ambroise 2004, pp.301 Communication dans un congrès inserm-00149854v1
Regularization methods for additive models Marta Avalos,Yves Grandvalet,Christophe Ambroise 2003, pp.509-520 Communication dans un congrès inserm-00149855v1
Semi-supervised marginboost Florence d'Alché-Buc,Yves Grandvalet,Christophe Ambroise NIPS 2001 - 14th International Conference on Neural Information, Dec 2001, Vancouver, BC, Canada. pp.553-560 Communication dans un congrès hal-01561463v1
Boosting mixture models for semi-supervised learning task Yves Grandvalet,Florence d'Alché-Buc,Christophe Ambroise ICANN 2001 - International Conference on Artificial Neural Networks, Aug 2001, Vienne, Austria. pp.41-48, ⟨10.1007/3-540-44668-0_7⟩ Communication dans un congrès istex hal-01570826v1

Pré-publication, Document de travail (4)

Epigenetic Variation in Tree Evolution: a case study in black poplar (Populus nigra) Mamadou Dia Sow,Odile Rogier,Isabelle Lesur,Christian Daviaud,Emile Mardocet al. 2023 Pré-publication, Document de travail hal-04170410v1
Linking Allele-Specific Expression And Natural Selection In Wild Populations Romuald Laso-Jadart,Kevin Sugier,Emmanuelle Petit,Karine Labadie,Pierre Peterlongoet al. 2019 Pré-publication, Document de travail hal-02275928v1
Beyond Support in Two-Stage Variable Selection Jean-Michel Bécu,Yves Grandvalet,Christophe Ambroise,Cyril Dalmasso 2015 Pré-publication, Document de travail hal-01145426v1
Méthodes d'Apprentissage pour la Recherche d'Images par le Contenu. Philippe-Henri Gosselin,Micheline Najjar,Matthieu Cord,Christophe Ambroise,Sylvie Philipp-Foliguet 2004 Pré-publication, Document de travail hal-00520277v1

Proceedings/Recueil des communications (1)

Mixture of stochastic block models for multiview clustering Kylliann De Santiago,Marie Szafranski,Christophe Ambroise ESANN 2023 - European Symposium on Artificial Neural Networks, Computational Intelligence and Machine Learning, pp.151-156, 2023, ⟨10.14428/esann/2023.ES2023-54⟩ Proceedings/Recueil des communications hal-04363422v1

Chapitre d'ouvrage (5)

Compression structurée de l’information génétique et étude d’association pangénomique par modèles additifs Florent Guinot,Marie Szafranski,Christophe Ambroise Intégration de données biologiques, ISTE Group, pp.129-163, 2022, ⟨10.51926/ISTE.9030.ch5⟩ Chapitre d'ouvrage hal-04506050v1
Applications in Genomics Stephane S. Robin,Christophe Ambroise FruhwirthSchnatter, S; Celeux, G; Robert, CP. HANDBOOK OF MIXTURE ANALYSIS, CRC PRESS-TAYLOR & FRANCIS GROUP, 2019, Chapman & Hall-CRC Handbooks of Modern Statistical Methods, 978-0-429-50824-0; 978-1-4987-6381-3 Chapitre d'ouvrage hal-03111649v1
Epigenetics in Forest Trees: State of the Art and Potential Implications for Breeding and Management in a Context of Climate Change Mamadou Dia Sow,Isabel Allona,Christophe Ambroise,Daniel Conde,Régis R. Fichotet al. Plant Epigenetics Coming of Age for Breeding Applications, 88, Academic press, Elsevier, 454 p., 2018, Advances in Botanical Research, 9780128154038. ⟨10.1016/bs.abr.2018.09.003⟩ Chapitre d'ouvrage hal-02791217v1
Overlapping clustering methods for networks Pierre Latouche,Etienne E. Birmelé,Christophe Ambroise Edoardo M. Airoldi, David Blei, Elena A. Erosheva, Stephen E. Fienberg. Chapman and Hall/CRC. Handbook of Mixed Membership Models and Their Applications, Chapman and Hall/CRC, in press, 2014 Chapitre d'ouvrage hal-00984395v1
Bayesian methods for graph clustering Pierre Latouche,Etienne E. Birmelé,Christophe Ambroise Andreas Fink, Berthold Lausen, Wilfried Seidel and Alfred Ultsch. Advances in Data Analysis, Data Handling and Business Intelligence, Springer, pp.229-239, 2009, Studies in Classification, Data Analysis, and Knowledge Organization, 978-3-642-01043-9. ⟨10.1007/978-3-642-01044-6⟩ Chapitre d'ouvrage hal-00629294v1

Logiciel (1)

adjclust: Adjacency-Constrained Clustering of a Block-Diagonal Similarity Matrix (R package, available on CRAN) Pierre Neuvial,Christophe Ambroise,Shubham Chaturvedi,Alia Dehman,Michel Koskaset al. 2017 Logiciel hal-02791370v1

Rapport (1)

Seismic data study.- Rapport d'avancement no. 2, Serge Antoine Séguret,Christophe Ambroise,Michel Schmitt 1996 Rapport hal-00777229v1