Claire Nédellec

Publications

Vidéo (1)

Video of the presentation at LREC conference: EPOP: A benchmark corpus for Assessing NLP Models on Structured Information Extraction in Plant Health Claire Nédellec,Marine Courtin,Xinzhi Yao,Marie Grosdidier,Isabelle Pierettiet al. 2026 Vidéo hal-05567423v1

Communication dans un congrès (80)

SCoNE: a Self-Correcting and Noise-Augmented Method for Biological and Chemical Named Entity Recognition Xingyu Zhu,Claire Nédellec,Balázs Nagy,László Vidács,Robert Bossy The 19th Conference of the European Chapter of the Association for Computational Linguistics, Mar 2026, Rabat, Morocco Communication dans un congrès hal-05528959v1
SCoNE: a Self-Correcting and Noise-Augmented Method for Complex Biological and Chemical Named Entity Recognition Xingyu Zhu,Claire Nédellec,Balazs Nagy,Laszlo Vidacs,Robert Bossy European Chapter of the Association for Computational Linguistics (EACL), Mar 2026, Rabat (MOROCCO), Morocco Communication dans un congrès hal-05537059v1
LifeCLEF 2026 Teaser: AI Challenges for Biodiversity Understanding and Ecosystem Management Alexis Joly,Lukáš Picek,Stefan Kahl,Hervé Goëau,Lukáš Adamet al. ECIR 2026 - 48th European Conference on Information Retrieval, Mar 2026, Deft, Netherlands. pp.287-296, ⟨10.1007/978-3-032-21321-1_39⟩ Communication dans un congrès hal-05591524v1
Transfert de modèles de langue pour la classification rhétorique des citations à travers les disciplines Anne-Sophie Foussat,Vincent Guigue,Nicolas Sauvion,Robert Bossy,Claire Nédellec 20e Conférence en Recherche d’Information et Applications (CORIA), 2025, Marseille, France. pp.233-248 Communication dans un congrès hal-05330643v1
The Wheat and Rice Genomics Scientific Literature Knowledge Graphs Nadia Yacoubi Ayadi,Franck Michel,Robert Bossy,Marine Courtin,Bill Gates Happi Happiet al. Semantic Web Technologies for Health Care and Life Science (SWAT4HCLS), Andra Waagmeester; M. Scott Marshall; Andrea Splendiani, Feb 2025, Barcelone, Spain Communication dans un congrès ird-04932752v1
Semantically-Informed Domain Adaptation for Named Entity Recognition Mariya Borovikova,Arnaud Ferré,Robert Bossy,Mathieu Roche,Claire Nédellec ISMIS 2024 - 27. International symposium on methodologies for intelligent systems, Jun 2024, Poitiers, France. pp.55-64, ⟨10.1007/978-3-031-62700-2_6⟩ Communication dans un congrès hal-04998788v1
Could KeyWord Masking Strategy Improve Language Model? Mariya Borovikova,Arnaud Ferré,Robert Bossy,Mathieu Roche,Claire Nédellec 28. International Conference on Natural Language & Information Systems. NLDB23, Métais, E., Meziane, F., Sugumaran, V., Manning, W., Reiff-Marganiec, S., Jun 2023, Derby, United Kingdom. pp.271-284, ⟨10.1007/978-3-031-35320-8_19⟩ Communication dans un congrès hal-04173002v1
Taec : Un corpus annoté pour l'extraction de traits et phénotypes dans la littérature sur la sélection du blé Claire Nédellec,Clara Sauvion,Robert Bossy,Louise Deleger Atelier INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement, (IN-OVIVE), associé à la Plateforme Intelligence Artificielle (PFIA 2023),, Jul 2023, Strasbourg, France Communication dans un congrès hal-04302140v1
Exploitation de plongements de graphes pour l'extraction de relations biomédicales Anfu Tang,Robert Bossy,Louise Deléger,Claire Nédellec,Pierre Zweigenbaum CORIA-TALN 2023 30e Conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles (TALN), Jun 2023, Paris, France. pp.298-310 Communication dans un congrès hal-04130138v1
What is the added value of one health for plant health? Cindy E. Morris,Ghislain Geniaux,Claire Nédellec,Nicolas Sauvion,Samuel Soubeyrand 12. International Congress of Plant Pathology (ICPP 2023), SFP; ISPP, Aug 2023, Lyon, France. pp.1 Communication dans un congrès hal-05202314v1
Does constituency analysis enhance domain-specific pre-trained BERT models for relation extraction? Anfu Tang,Louise Deléger,Robert Bossy,Pierre Zweigenbaum,Claire Nédellec BioCreative VII Challenge Evaluation Workshop, Nov 2021, on-line, Spain Communication dans un congrès hal-03447774v1
Global alignment for relation extraction in Microbiology Anfu Tang,Claire Nédellec,Pierre Zweigenbaum,Louise Deléger,Robert Bossy Junior Conference on Data Science and Engineering, Feb 2021, Orsay, France Communication dans un congrès hal-03447763v1
Handling Entity Normalization with no Annotated Corpus: Weakly Supervised Methods Based on Distributional Representation and Ontological Information Arnaud Ferré,Robert Bossy,Mouhamadou Ba,Louise Deleger,Thomas Lavergneet al. 12th Conference on Language Resources and Evaluation, May 2020, Marseille, France. pp.1959-1966 Communication dans un congrès hal-02866789v1
Bacteria Biotope at BioNLP Open Shared Tasks 2019 Robert Bossy,Louise Deleger,Estelle Chaix,Mouhamadou Ba,Claire Nédellec 5th Workshop on BioNLP Open Shared Tasks BioNLP-OST@EMNLP-IJCNLP 2019, Association for Computational Linguistics, Jin-Dong Kim; Claire Nédellec; Robert Bossy; Louise Deléger, Nov 2019, Hong-Kong, Hong Kong SAR China. ⟨10.18653/v1/D19-5719⟩ Communication dans un congrès hal-02437609v1
Relier automatiquement des entités textuelles à des concepts d'une ontologie par apprentissage avec (presque) aucune donnée Arnaud Ferré,Mouhamadou Ba,Robert Bossy,Thomas Lavergne,Louise Delégeret al. Atelier IN-OVIVE 7ème édition, des 30èmes Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, Jul 2019, Toulouse, France Communication dans un congrès hal-03530148v1
Data Exchange Solution between PubAnnotation and AlvisAE Mouhamadou Ba,Claire Nédellec,Robert Bossy BLAH4, Jan 2018, Tokyo, Japan. pp.1 Communication dans un congrès hal-02785063v1
Projet VisaTM : l'interconnexion OpenMinTeD – AgroPortal – ISTEX, un exemple de service de Text et Data Mining pour les scientifiques français Fabienne Kettani,Stéphane Schneider,Sophie Aubin,Robert Bossy,Claire Françoiset al. IC 2018 - 29es Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, PFIA, Jul 2018, Nancy, France. pp.247-249 Communication dans un congrès hal-01839626v2
Ouverture des données, ouverture des logiciels, ouverture des services Claire Nédellec JNSO - Journées Nationales de la Science Ouverte, Dec 2018, Paris, France Communication dans un congrès hal-01956099v1
Reconstruction and visualisation of gene regulatory networks from different provenances : application at Arabidopsis thaliana Estelle Chaix,Robert Bossy,Claire Nédellec BLAH4, Jan 2018, Tokyo, Japan. 2 p Communication dans un congrès hal-02786388v1
L'ontologie OntoBiotope pour l'étude de la biodiversité microbienne Claire Nédellec,Estelle Chaix,Robert Bossy,Louise Deleger,Sandra Derozieret al. EGC'2018: 18èmes Conférence Internationale sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances, Jan 2018, Paris, France Communication dans un congrès hal-02737399v1
Ontologie ATOL : amélioration de l'outil par l'intégration des caractères de santé Jérémy Yon,Nathalie Bareille,Bertrand Bed'Hom,Xavier Berthelot,Sylvie Combeset al. Journées d'Animation Scientifique du département Phase (JAS Phase 2018), Apr 2018, Rennes, France Communication dans un congrès hal-01768063v1
Projet VisaTM : l’interconnexion OpenMinTeD – AgroPortal – ISTEX, un exemple de service de Text et Data Mining pour les scientifiques français Fabienne Kettani,Stéphane Schneider,Sophie Aubin,Robert Bossy,Claire Françoiset al. IC 2018 - 29es journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, PFIA, Jul 2018, Nancy, France Communication dans un congrès hal-04420482v1
Recovering the complexity in scientific knowledge: towards automatically reconstructing the maize floral transition gene regulatory network Adrienne Ressayre,Natalia Conde E Silva,Catherine Damerval,Fabien Chardon,Yves Deveauxet al. International Conférence on Ecological Science, Oct 2018, Paris, France Communication dans un congrès hal-04420441v1
A text mining approach to enhance knowledge of food microorganisms Estelle Chaix,Robert R. Bossy,Louise Deleger,Claire Nédellec Next Generation Challenges in Food Microbiology, FoodMicro, Aug 2018, Athens, Greece Communication dans un congrès hal-04420417v1
Combining rule-based and embedding-based approaches to normalize textual entities with an ontology Arnaud Ferré,Louise Deléger,Pierre Zweigenbaum,Claire Nédellec International Conference on Language Resources and Evaluation, May 2018, Miyazaki, Japan Communication dans un congrès hal-01899826v1
Fouille de texte, un écosystème en évolution Claire Nédellec JNSO - Journées Nationales de la Science Ouverte, Dec 2018, Paris, France Communication dans un congrès hal-01954718v1
Representation of complex terms in a vector space structured by an ontology for a normalization task Arnaud Ferré,Pierre Zweigenbaum,Claire Nédellec BioNLP 2017 Workshop, Association for Computational Linguistics, Aug 2017, Vancouver, Canada. ⟨10.18653/v1/W17-2312⟩ Communication dans un congrès hal-01582292v1
Florilège: a database gathering microbial phenotypes of food interest Hélène Falentin,Estelle Chaix,Bedis Dridi,Philippe Bessieres,S Buchinet al. 2017 Scientific MEM days: Journées scientifiques MEM (Métaomiques et écosystèmes microbiens), Jan 2017, Paris, France Communication dans un congrès hal-01607327v1
Customized automatic corpus annotations using AlvisNLP/ML Mouhamadou Ba,Robert Bossy,Claire Nédellec BLAH3, Jan 2017, Tokyo, Japan. 11 diapos Communication dans un congrès hal-02790613v1
Text-mining needs of the food microbiology research community Estelle Chaix,Sophie Aubin,Louise Deleger,Claire Nédellec 2017 EFITA WCCA Congress, Jul 2017, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-01580677v1
Text-mining and ontologies: new approaches to knowledge discovery of microbial diversity Claire Nédellec,Robert Bossy,Estelle Chaix,Louise Deleger 4th International Conference on Microbial Diversity 2017, Oct 2017, Bari, Italy Communication dans un congrès hal-02736151v1
Integration of Alvis within the OpenMinTeD platform as Galaxy utilities Jean-Baptiste Bohuon,Mouhamadou Ba,Estelle Chaix,Robert Bossy,Claire Nédellec Galaxy Community Conference, Jun 2017, Montpellier, France. pp.1, ⟨10.5281/zenodo.200370⟩ Communication dans un congrès hal-01556276v1
Text mining tools for extracting information about microbial biodiversity in food Estelle Chaix,Louise Deleger,Robert Bossy,Claire Nédellec Microbial Spoilers in Food 2017, Association pour le Développement de la Recherche Appliquée aux Industries Agricoles et Alimentaires (ADRIA). FRA., Jun 2017, Quimper, France. pp.95 Communication dans un congrès hal-01602552v1
L'informatique à l'INRA Claire Nédellec SPECIF Campus, Journée Enseignement et recherche en informatique "hors les murs", Nov 2016, Paris, France. pp.32 slides Communication dans un congrès hal-01605827v1
Le TDM par l'exemple : des microbes dans mon fromage ! Claire Nédellec La loi numérique, et après ? Colloque de Meudon, Nov 2016, Meudon, France Communication dans un congrès hal-01608257v1
OntoBiotope, text­ mining and ontologies for a standard description of microorganism habitats Claire Nédellec 18th GSC meeting, Genome Standards Consortium, Jun 2016, Heraklion, Greece. pp.24 slides Communication dans un congrès hal-01607638v1
Shared Task SeeDev : Extraction de régulations impliquées dans le développement de la graine d’Arabidopsis thaliana à partir de publications scientifiques Estelle Chaix,Bertrand Dubreucq,Dialekti Valsamou,Abdelhak Fatihi,Louise Delegeret al. Les journées Bioinformatique de l'Inra, Mar 2016, Montpellier, France. pp.1 Communication dans un congrès hal-01455855v1
Overview of the bacteria biotope task at BioNLP shared task Louise Deleger,Robert Bossy,Estelle Chaix,Mouhamadou Ba,Arnaud Ferréet al. BioNLP Shared Task, Aug 2016, Berlin, Germany. pp.101 Communication dans un congrès hal-01455857v1
Overview of the regulatory network of plant seed development (SeeDev) task at the BioNLP shared task 2016 Estelle Chaix,Bertrand Dubreucq,Abdelhak Fatihi,Dialekti Valsamou,Robert Bossyet al. BioNLP Shared Task, Aug 2016, Berlin, Germany. pp.113 Communication dans un congrès hal-01455854v1
OntoBiotope: une ontologie pour croiser les habitats microbiens avec les analyses de génomes. Robert Bossy,Estelle Chaix,Louise Deleger,Arnaud Ferré,Mouhamadou Baet al. Les journées Bioinformatique de l'Inra, Mar 2016, Montpellier, France. pp.1 Communication dans un congrès hal-01455856v1
From Text to Knowledge and back - issues and challenges in Life Sciences Claire Nédellec Biomedical Linked Annotation Hackathon, Nov 2015, Mishima, Japan. 36 diapos Communication dans un congrès hal-02792486v1
TriPhase : co-construction IST - recherche MIA Claire Nédellec,Agnès Girard Evolutions de la recherche et impacts pour l'IST, May 2015, Magny-Le-Hongre, France Communication dans un congrès hal-02795048v1
Knowledge model of regulatory networks involved in Arabidopsis seed development for information extraction and integration from text Estelle Chaix,Bertrand Dubreucq,Dialekti Valsamou,Abdelhak Fatihi,Robert Bossyet al. BioCreative 5, Sep 2015, Madrid, Spain Communication dans un congrès hal-01512197v1
Information extraction from articles for the elaboration of the regulatory networks involved in Arabidopsis seed development Bertrand Dubreucq,Dialekti Valsamou,Abdelhak Fatihi,Estelle Chaix,Robert Bossyet al. 26th International Conference on Arabidopsis Research, Jul 2015, Paris, France Communication dans un congrès hal-01524850v1
Information extraction challenge Gene Regulation Network in Arabidopsis thaliana (GRNA) Estelle Chaix,Bertrand Dubreucq,Dialekti Valsamou,Abdelhak Fatihi,Robert Bossyet al. Paris-Saclay Center for Data Science: Open Software Initiative (OSI), Oct 2015, Orsay, France. pp.14 slides, ⟨10.13140/RG.2.1.4286.6326⟩ Communication dans un congrès hal-01603453v1
Validation de marqueurs liés à des gènes d’intérêt en vue de l’établissement d’une base de données pour la sélection assistée chez le blé tendre Marion Ranoux,Claire Nédellec,Emmanuelle Cariou-Pham,Robert Bossy,Claude de Vallavieille-Popeet al. Synthèse des Programmes de Recherche FSOV. Actes de la 4ème Rencontre Scientifique, FSOV., Jan 2015, Paris, France. 5 p Communication dans un congrès hal-02340478v1
Content Mining in Life Sciences Claire Nédellec Science Europe TDM workshop, Oct 2015, Bruxelles, Belgium Communication dans un congrès hal-01519341v1
Information extraction from bibliography for Marker Assisted Selection in wheat Claire Nédellec,Robert Bossy,Dialekti Valsamou,Marion Ranoux,Wiktoria Goliket al. MTSR 2014 : 8th Metadata and Semantics, Nov 2014, Karlsruhe, Germany. pp.301-313, ⟨10.1007/978-3-319-13674-5_28⟩ Communication dans un congrès hal-01132767v1
Extraction d'information pour la sélection du blé par marqueur génétique Dialekti Valsamou,Robert Bossy,Marion Ranoux,Wiktoria Golik,Pierre Sourdilleet al. Atelier IN-OVIVE 2ème édition des 25èmes Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, May 2014, Clermont-Ferrand, France Communication dans un congrès hal-04678559v1
ATOL and EOL ontologies, steps towards embryonic phenotypes shared worldwide? Isabelle Hue,Jérôme Bugeon,Olivier Dameron,Alice Fatet,Catherine Hurtaudet al. 4. Mammalian Embryo Genomics Meeting, Université Laval. CAN., Oct 2013, Hilton Quebec City, Canada. 102 p., ⟨10.1016/j.anireprosci.2014.06.013⟩ Communication dans un congrès hal-01205091v1
Les ontologies ATOL et EOL, des outils en appui aux nouveaux challenges en production porcine Marie-Christine Meunier-Salaün,Jérôme Bugeon,Olivier Dameron,Alice Fatet,Isabelle Hueet al. 46. Journées de la Recherche Porcine, Feb 2014, Paris, France. pp.281-285 Communication dans un congrès hal-01019239v1
AlvisAE, un éditeur d'annotation sémantique structurée guidée par une ontologie évolutive Bossy Robert,Papazian Frédéric,Claire Nédellec workshop IC 2013 In_Ovive, Intégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement, Plateforme AFIA, J Dibie-Barthélémy, Jul 2013, Lille, France Communication dans un congrès hal-04678622v1
Etat d'avancement d'ATOL et notion de robustesse Pierre-Yves Le Bail,Léa Joret,Olivier Dameron,Alice Fatet,Catherine Hurtaudet al. Transversalité du groupe "Domestication" INRA-IFREMER, Jun 2013, Paris, France Communication dans un congrès hal-01210757v1
Improving term extraction with linguistic analysis in the biomedical domain Wiktoria Golik,Robert R. Bossy,Zorana Ratkovic,Claire Nédellec 14th International Conference on Intelligent Text Processing and Computational Linguistics, Mar 2013, Samos, Greece Communication dans un congrès hal-02748466v1
Des technologies sémantiques pour l'information scientifique et technique Claire Nédellec,Agnès Girard Frédoc 2013, Oct 2013, Aussois, France Communication dans un congrès hal-02805803v1
AlvisAE: a collaborative Web text annotation editor for knowledge acquisition Frederic Papazian,Robert R. Bossy,Claire Nédellec LAW VI '12 - Sixth Linguistic Annotation Workshop, Jul 2012, Jeju, South Korea. pp.184 Communication dans un congrès hal-02748212v1
ATOL: The Multi-species Livestock Trait Ontology Wiktoria Golik,Olivier Dameron,Jérôme Bugeon,Alice Fatet,Isabelle Hueet al. 6. Research Conference, MTSR, Nov 2012, Cadiz, Spain. pp.289-300, ⟨10.1007/978-3-642-35233-1_28⟩ Communication dans un congrès hal-01191279v1
Atol: Animal Trait Ontology for Livestock. Atol: Où en sommes-nous ? Pierre-Yves Le Bail,Jérôme Bugeon,Olivier Dameron,Alice Fatet,Catherine Hurtaudet al. 4. Journées d'Animation Scientifique du département Phase (JAS Phase 2012), Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UAR Département Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage (0558)., Jan 2012, Rennes, France. 30 diapositives Communication dans un congrès hal-01210637v1
BioNLP 2011 Task Bacteria Biotope - The Alvis system Zorana Ratkovic,Wiktoria Golik,Pierre Warnier,Philippe Veber,Claire Nédellec The 49th Annual Meeting of the Association for Computational Linguistics:Human Language Technologies, Jun 2011, Portland, Oregon, United States. pp.206 Communication dans un congrès hal-02748254v1
BioNLP shared tasks 2011 - Bacteria Biotope Robert R. Bossy,Julien Jourde,Philippe Bessières,Maarten van de Guchte,Claire Nédellec The 49th Annual Meeting of the Association for Computational Linguistics:Human Language Technologies, Jun 2011, Portland, Oregon, United States. pp.56-64 Communication dans un congrès hal-01000519v1
Text Analysis Claire Nédellec Animal Journal Management Board, May 2011, Edimbourg, United Kingdom Communication dans un congrès hal-02804990v1
Sentence filtering for BioNLP: Searching for renaming acts Pierre Warnier,Claire Nédellec The 49th Annual Meeting of the Association for Computational Linguistics: Human Language Technologies, Jun 2011, Portland, Oregon, United States Communication dans un congrès hal-02745812v1
Corpus-based extension of termino-ontology by linguistic analysis: a use case in biomedical event extraction Wiktoria Golik,Pierre Warnier,Claire Nédellec 9. International conference onterminology andartificial intelligence, Nov 2011, Paris, France Communication dans un congrès hal-02750254v1
Ontologies et recherche d’informations dans le domaine scientifique Claire Nédellec Comunication technique de plein champ : recherche et innovation, Mar 2011, Université Paris Diderot, Paris, France Communication dans un congrès hal-02802164v1
Building large lexicalized ontologies from text: a use case in automatic indexing of biotechnology patents Claire Nédellec,Wiktoria Golik,Sophie Aubin,Robert R. Bossy EKAW 2010 - Knowledge Engineering and Knowledge Management by the Masses, Cimiano, Philipp, Pinto, H. Sofia, Oct 2010, Lisbonne, Portugal. ⟨10.1007/978-3-642-16438-5_41⟩ Communication dans un congrès hal-02816129v1
Named and specific entity detection in varied data: the Quaero named entity baseline evaluation Olivier Galibert,Ludovic Quintard,Sophie Rosset,Pierre Zweigenbaum,Claire Nédellecet al. 7. Conference on international language resources and evaluation, May 2010, Valletta, Malta Communication dans un congrès hal-02754184v1
TyDI : un outil d’assistance à la construction de terminologie structurée Sophie Aubin,Wiktoria Golik,Frederic Papazian,Claire Nédellec 8. International conference on terminology and artificial intelligence: TIA 2009, Nov 2009, Toulouse, France Communication dans un congrès hal-02756848v1
BioAlvis II, NLP-based semantic mining of literature on molecular biology of bacteria Sophie Aubin,Philippe Bessières,Robert R. Bossy,Laurent Gillard,Julien Jourdeet al. BioCreative II.5 workshop 2009: special session on digital annotations, Oct 2009, Madrid, Spain Communication dans un congrès hal-02753174v1
Close integration of ML and NLP tools in BioAlvis semantic search in bacteriology Robert R. Bossy,Alain Kotoujansky,Sophie Aubin,Claire Nédellec Semantic web applications and tools for life sciences, SWAT4LS 2008, Nov 2008, Edinburgh, United Kingdom Communication dans un congrès hal-02753153v1
Semantic annotation in the Alvis project Adeline Nazarenko,Claire Nédellec,Erick Alphonse,Sophie Aubin,Thierry Hamonet al. International Workshop on Intelligent Information Access, Jul 2006, Helsinki, Finland Communication dans un congrès hal-02756390v1
Getting the unknown from the known in bacteria, and the role of text mining Philippe Bessières,Robert R. Bossy,Alain-Pierre Manine,Erick Alphonse,Claire Nédellec Data and Text Mining in Integrative Biology Workshop, associ ECML/PKDD, Sep 2006, Berlin, Germany Communication dans un congrès hal-02750687v1
Annotation guidelines for machine learning-based named entity recognition in microbiology Claire Nédellec,Philippe Bessières,Robert R. Bossy,Alain Kotoujansky,Alain-Pierre Manine Proceeding of Data and Text Mining for Integrative Biology Workshop 17. European Conference on Machine Learning 10. European Conference on Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases, Sep 2006, Berlin, Germany Communication dans un congrès hal-02750827v1
Adapting a general parser to a sublanguage Sophie Aubin,Adeline Nazarenko,Claire Nédellec 2005, pp.89-93 Communication dans un congrès hal-00082542v1
Adapting a general parser to a sublanguage Sophie Aubin,Adeline Nazarenko,Claire Nédellec International Conference: RANLP - 2005 (Recent Advances in Natural Language Processing), Sep 2005, Borovets, Bulgaria Communication dans un congrès hal-02761436v1
Learning language in logic - genic interaction extraction challenge Claire Nédellec 4. Learning language in logic workshop (LLL05), Aug 2005, Born, Germany Communication dans un congrès hal-02762818v1
Machine learning for information extraction in genomics: state of the art and perspectives Claire Nédellec 1. International workshop on text mining and its application, Apr 2003, Patras, Greece Communication dans un congrès hal-02764351v1
Extraction d'information appliquée au domaine biomédical : apprentissage et traitement automatique de la langue Erick Alphonse,Sophie Aubin,Philippe Bessières,Gilles Bisson,Thierry Hamonet al. Conférence internationale de fouille de texte, CIFT-04, Jun 2004, La Rochelle, France Communication dans un congrès hal-02762525v1
Event-based Information Extraction for the biomedical domain: the Caderige project Erick Alphonse,Sophie Aubin,Philippe Bessières,Gilles Bisson,Thierry Hamonet al. Proceedings of the International Joint Workshop on Natural Language Processing in Biomedicine and Its Applications (COLING'04), 2004, Geneva, Switzerland. pp.43-49 Communication dans un congrès hal-00098040v1
Machine learning applied to information extraction in specific domains: an example: gene interaction extraction from bibliography in genomics Claire Nédellec 2nd Workshop on Semantic Web Mining joint with ECML/PKDD'2002 13th European Conference on Machine Learning (ECML'02)., Berendt B. et al., Aug 2002, Helsinki, Finland Communication dans un congrès hal-02759021v1
Sentence filtering for information extraction in genomics, a classification problem Claire Nédellec,Mohamed Ould Abdel Vetah,Philippe Bessières Principles of Data Mining and Knowledge Discovery. PKDD 2001, Sep 2001, Freiburg, Germany. ⟨10.1007/3-540-44794-6_27⟩ Communication dans un congrès hal-02764043v1

Article dans une revue (27)

Consistency–accuracy correlation in hard-prompted LLMs for entity and relation extraction: empirical findings from plant-health data Xinzhi Yao,Claire Nédellec,Jingbo Xia,Robert Bossy Genomics & Informatics, 2026, 24 (1), pp.3. ⟨10.1186/s44342-025-00063-2⟩ Article dans une revue hal-05528945v1
MilkOligoCorpus: A semantically annotated resource for knowledge extraction on mammalian milk oligosaccharides Mathilde Rumeau,Marine Courtin,Robert Bossy,Clara Sauvion,Valentin Louxet al. PLoS ONE, 2025, 20 (8), pp.e0319729. ⟨10.1371/journal.pone.0319729⟩ Article dans une revue hal-05220365v1
MilkOligoThesaurus, a dataset of mammalian milk oligosaccharide synonyms Mathilde Rumeau,François Fenaille,Agnès Girard,Valentin Loux,Mouhamadou Baet al. Data in Brief, 2024, 54, pp.110404. ⟨10.1016/j.dib.2024.110404⟩ Article dans une revue (data paper) hal-04552648v1
Mapping bread wheat trait ontologies for semantic interoperability Claire Nédellec,Sophie Aubin,Clara Sauvion,Liliana Ibanescu,Sonia Bravoet al. F1000Research, 2024, pp.1102. ⟨10.12688/f1000research.154860.1⟩ Article dans une revue hal-04717147v1
TaeC: A manually annotated text dataset for trait and phenotype extraction and entity linking in wheat breeding literature Claire Nédellec,Clara Sauvion,Robert Bossy,Mariya Borovikova,Louise Deléger PLoS ONE, 2024, 19 (6), pp.e0305475. ⟨10.1371/journal.pone.0305475⟩ Article dans une revue hal-04614789v1
More than food: Why restoring the cycle of organic matter in sustainable plant production is essential for the One Health nexus Cindy E. Morris,Andrea Radici,Christine N. Meynard,Nicolas Sauvion,Claire Nédellecet al. CAB Reviews Perspectives in Agriculture Veterinary Science Nutrition and Natural Resources, 2024, 19, pp.1. ⟨10.1079/cabireviews.2024.0008⟩ Article dans une revue hal-04524528v1
Building integrated plant health surveillance: a proactive research agenda for anticipating and mitigating disease and pest emergence S. Soubeyrand,Arnaud Estoup,Astrid Cruaud,Sylvie Malembic-Maher,Christine Meynardet al. CABI Agriculture and Bioscience, 2024, 5, pp.72. ⟨10.1186/s43170-024-00273-8⟩ Article dans une revue (article de synthèse) hal-04672656v1
One Health concepts and challenges for surveillance, forecasting and mitigation of plant disease beyond the traditional scope of crop production Cindy E. Morris,Ghislain Geniaux,Claire Nédellec,Nicolas Sauvion,Samuel Soubeyrand Plant Pathology, 2022, 71, pp.86-97. ⟨10.1111/ppa.13446⟩ Article dans une revue (article de synthèse) hal-03154445v1
Do syntactic trees enhance Bidirectional Encoder Representations from Transformers (BERT) models for chemical–drug relation extraction? Anfu Tang,Louise Deleger,Robert Bossy,Pierre Zweigenbaum,Claire Nédellec Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2022, 2022, pp.baac070. ⟨10.1093/database/baac070⟩ Article dans une revue hal-03799268v1
BIBLIOME : Acquisition et Formalisation de Connaissances à partir de Textes Robert Bossy,Arnaud Ferré,Équipe Bibliome,Claire Nédellec,Louise Deleger Bulletin de l'Association Française pour l'Intelligence Artificielle, 2020, Dossier « Technologies du Langage Humain », 107, pp.7-9 Article dans une revue hal-03025321v1
WTO, an ontology for wheat traits and phenotypes in scientific publications Claire Nédellec,Liliana Ibanescu,Robert Bossy,Pierre Sourdille Genomics & Informatics, 2020, 18 (2), ⟨10.5808/GI.2020.18.2.e14⟩ Article dans une revue hal-02886745v1
C-Norm: a neural approach to few-shot entity normalization Arnaud Ferré,Louise Deléger,Robert Bossy,Pierre Zweigenbaum,Claire Nédellec BMC Bioinformatics, 2020, 21 (S23), pp.1-19. ⟨10.1186/s12859-020-03886-8⟩ Article dans une revue hal-03100410v1
Text-mining tools for extracting information about microbial biodiversity in food Estelle Chaix,Louise Deleger,Robert Bossy,Claire Nédellec Food Microbiology, 2019, 81, pp.63-75. ⟨10.1016/j.fm.2018.04.011⟩ Article dans une revue hal-02628265v1
Un outil au service de la standardisation des bases de données: les ontologies ATOL/EOL Marie-Christine Meunier-Salaün,Jérôme Bugeon,Alice Fatet,Isabelle Hue,Catherine Hurtaudet al. Cahier des Techniques de l'INRA, 2018, 93, 7 p Article dans une revue hal-02626650v1
Analyser la production scientifique d'un département de recherche : construction d'une ressource termino-ontologique par des documentalistes Pascale Avril,Emilie Bernard,Maryse Corvaisier,Agnès Girard,Wiktoria Goliket al. Cahier des Techniques de l'INRA, 2016, 89, 12 p Article dans une revue hal-01607558v1
Triphase : co-construction d'une ressource termino-ontologique Agnès Girard,Claire Nédellec Arabesques, 2016, 83, pp.18-19 Article dans une revue hal-02630830v1
Formaliser la connaissance va permettre de mieux exploiter les très nombreuses données expérimentales Claire Nédellec Lettre de veille de Cap Digital, 2015, Intelligence Artificielle (30) Article dans une revue hal-01511988v1
Overview of the gene regulation network and the bacteria biotope tasks in BioNLP'13 shared task. Robert Bossy,Wiktoria Golik,Zorana Ratkovic,Dialekti Valsamou,Philippe Bessiereset al. BMC Bioinformatics, 2015, 16 (Suppl 10), ⟨10.1186/1471-2105-16-S10-S1⟩ Article dans une revue hal-01222411v1
Un langage de référence pour le phénotypage des animaux d’élevage : l’ontologie ATOL Pierre-Yves Le Bail,Jérôme Bugeon,Olivier Dameron,Alice Fatet,Wiktoria Goliket al. INRA Productions Animales, 2014, 27 (3), pp.195-208. ⟨10.20870/productions-animales.2014.27.3.3067⟩ Article dans une revue (article de synthèse) hal-01129862v1
Improving term extraction with linguistic analysis in the biomedical domain Wiktoria Golik,Robert R. Bossy,Zorana Ratkovic,Claire Nédellec Research in Computing Science, 2013, 70, pp.129-143 Article dans une revue hal-02643516v1
BioNLP Shared Task - The Bacteria Track Robert Bossy,Julien Jourde,Alain-Pierre Manine,Philippe Veber,Erick Alphonseet al. BMC Bioinformatics, 2012, 13, ⟨10.1186/1471-2105-13-S11-S3⟩ Article dans une revue hal-01190775v1
Building large lexicalized ontologies from text: a use case in automatic indexing of biotechnology patents Claire Nédellec,Wiktoria Golik,Sophie Aubin,Robert R. Bossy Lecture Notes in Computer Science, 2010, 6317, pp.514-523. ⟨10.1007/978-3-642-16438-5_41⟩ Article dans une revue hal-02661057v1
Activité de MIG en IA et bioinformatique Claire Nédellec Bulletin de l'Association Française pour l'Intelligence Artificielle, 2007, 63, pp.25-26 Article dans une revue hal-02653792v1
Automatic metadata production Claire Nédellec Newsletter Technic, 2006, 2, pp.2 P Article dans une revue hal-02657660v1
Bibliographical information extraction in genomics Claire Nédellec IEEE Intelligent Systems, 2002, 17 (3), pp.76-80 Article dans une revue hal-02669274v1
Integration of Machine Learning and Knowledge Acquisition Claire Nédellec Knowledge Engineering Review, 1995, 10 (1), pp.77-81. ⟨10.1017/S026988890000730X⟩ Article dans une revue istex hal-04597814v1
Machine learning goes to the bank Claire Nédellec,Joaquim Correia,Jose Luis Ferreira,Ernesto Costa Applied Artificial Intelligence, 1994, 8 (4), pp.593-615. ⟨10.1080/08839519408945461⟩ Article dans une revue hal-04597833v1

Pré-publication, Document de travail (4)

A practitioner’s framework for reorienting plant health surveillance toward agroecological outcomes Cindy E. Morris,Sylvie Malembic-Maher,Claire Nédellec,Sylvie Dallot,Marc Bardinet al. 2026 Pré-publication, Document de travail (preprint/prepublication) hal-05496003v1
Taec: a Manually annotated text dataset for trait and phenotype extraction and entity linking in wheat breeding literature Claire Nédellec,Clara Sauvion,Robert Bossy,Mariya Borovikova,Louise Deléger 2024 Pré-publication, Document de travail hal-04412278v1
Omnicrobe, an open-access database of microbial habitats and phenotypes using a comprehensive text mining and data fusion approach Sandra Dérozier,Robert Bossy,Louise Deléger,Mouhamadou Ba,Estelle Chaixet al. 2022 Pré-publication, Document de travail (preprint/prepublication) hal-03828105v1
Deliverable D5.1: Report on method and language for the production of the augmented document representations Erick Alphonse,Sophie Aubin,Julien Derivière,Thierry Hamon,Dunja Mladenicet al. 2006 Pré-publication, Document de travail hal-00101549v1

Autre publication scientifique (11)

Consignes d'annotation du corpus EPOP (Epidemiomonitoring Of Plant) Claire Nédellec,Catalina Garcia,Elisa Lubrini,Marie Grosdidier,Louise Delégeret al. 2024 Autre publication scientifique hal-04744335v1
Guidelines for the annotation of the corpus Epidemiomonitoring Of Plant (EPOP) Claire Nédellec,Garcia Catalina,Lubrini Elisa,Marie Grosdidier,Louise Delégeret al. 2024 Autre publication scientifique hal-04744299v2
Ontology mapping for wheat trait information management Claire Nédellec,Sophie Aubin,Liliana Ibanescu,Clara Sauvion,Sonia Bravoet al. Séminaire résidentiel INRAE Semantic Linked Data, 2023 Autre publication scientifique hal-04420465v1
Bacteria biotope annotation guidelines Robert Bossy,Claire Nédellec,Julien Jourde,Mouhamadou Ba,Estelle Chaixet al. 2019, 30 p Autre publication scientifique hal-02787110v1
Overview of the Regulatory Network of Plant Seed Development (SeeDev) Task at the BioNLP Shared Task 2016. Estelle Chaix,Bertrand Dubreucq,Abdelhak Fatihi,Dialekti Valsamou,Robert Bossyet al. 2016, pp.1-11. ⟨10.18653/v1/W16-3001⟩ Autre publication scientifique hal-04382866v1
Annotation Guidelines BIONLP-ST 2016 SeeDev task Estelle Chaix,Bertrand B. Dubreucq,Dialekti Valsamou,Abdelhak Fatihi,Louise Delegeret al. 2016, pp.47 Autre publication scientifique hal-02795594v1
Guidelines for the annotation of information for marker assisted selection in wheat FSOV Sam Blé project Claire Nédellec,Robert Bossy,Marion Ranoux,Pierre Sourdille,Dialekti Valsamou 2013 Autre publication scientifique hal-03620421v1
Final report on NLP analysis and normalization Adeline Nazarenko,Sophie Aubin,Robert Bossy,Tomaz Erjavec,Thierry Hamonet al. 2007, pp.118 Autre publication scientifique hal-00711871v1
Ontologies and Information Extraction Claire Nédellec,Adeline Nazarenko 2005 Autre publication scientifique hal-00098068v1
Deliverable D6.2: Requirements for integration of WP6 results into WP5 normalization and representation tasks and into WP9 Erick Alphonse,Philippe Bessières,Gaël Deral,Gaëtan Lehman,Alain-Pierre Manineet al. 2004 Autre publication scientifique hal-00101613v1
Deliverable D6.1: Requirement and training data for biological domain Sophie Aubin,Philippe Bessières,Thierry Hamon,Gaëtan Lehman,Alain-Pierre Manineet al. 2004 Autre publication scientifique hal-00101592v1

Rapport (3)

MilkOligoCorpus annotation guidelines Mathilde Rumeau,Marine Courtin,Robert Bossy,Clara Sauvion,Valentin Louxet al. INRAE. 2024 Rapport hal-04830410v1
Guidelines for the Annotation of the Taec Corpus - Phenotype and Trait information in Wheat Claire Nédellec,Louise Deleger,Clara Sauvion INRAE MaIAGE. 2023 Rapport (rapport technique) hal-04118664v1
Recommandations sur l'analyse automatique de documents : acquisition, gestion, exploration Claire Nédellec,Adeline Nazarenko,Francis Andre,Catherine Balivo,Béatrice Dailleet al. [Rapport de recherche] Comité pour la science ouverte. 2019, 12 p Rapport (rapport de recherche) hal-03586079v1

Poster de conférence (12)

HoloOLIGO corpus, a manually annotated text dataset supporting schema-based relational information extraction for mammalian milk oligosaccharide diversity pattern comprehension Mathilde Rumeau,Robert Bossy,Clara Sauvion,Valentin Loux,Mouhamadou Baet al. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jun 2024, Toulouse, France Poster de conférence hal-04666797v1
Omnicrobe : une base de données d’habitats et de phénotypes microbiens Hélène Falentin,Olivier Harlé,Sandra Derozier,Louise Deléger,Estelle Chaixet al. 23ème édition du colloque du Club des Bactéries Lactiques, Jun 2022, Rennes, France. , 2022 Poster de conférence hal-03694214v1
Florilege, a database gathering microbial habitats, phenotypes and uses Sandra Derozier,Louise Deleger,Estelle Chaix,Reda Mekdad,Mouhamadou Baet al. JOBIM 2020, Jun 2020, Montpellier, France Poster de conférence hal-02904156v1
To better benefit from shared tasks in biomedical text mining Mouhamadou Ba,Arnaud Ferré,Richard Eckart de Castilho,Robert Bossy,Louise Delegeret al. Galaxy Community Conference, Jul 2019, Freiburg, Germany. 2019 Poster de conférence hal-02437622v1
D2KAB project taking off: Data to Knowledge in Agronomy and Biodiversity Sophie Aubin,Anne-Francoise Adam-Blondon,Michael Alaux,Mouhamadou Ba,Stéphan Bernardet al. 14th Research Data Alliance Plenary Conference (RDA P14), Best poster award, Oct 2019, Helsinki, Finland. , 2019, ⟨10.5281/zenodo.3520300⟩ Poster de conférence lirmm-02351000v1
Combining String-based and Embeddings-based Methods for Medical Concept Normalization: LIMSI-CEA-INRA@n2c2 2019 Mohamadou Ba,Robert Bossy,Pauline Brunet,Louise Deleger,Hicham El Boukkouriet al. 2019 n2c2/OHNLP Shared-Task and Workshop, Nov 2019, Washington, D.C., United States. 2019 Poster de conférence cea-04363093v1
Bioinformatics tools as a way to select microbial strains for fermented food products Hélène Falentin,Stéphanie-Marie Deutsch,Valérie Gagnaire,Anne Thierry,Sandra Derozieret al. 15.Symposium on Bacterial Genetics and Ecology "Ecosystem drivers in a changing planet", May 2019, Lisbonne, Portugal. , 2019 Poster de conférence hal-02154623v1
FLORILEGE: an integrative database using text mining and ontologies Estelle Chaix,Sandra Derozier,Louise Deleger,Hélène Falentin,Jean-Baptiste Bohuonet al. JOBIM 2018, Jul 2018, Marseille, France. , 2018, ABSTRACTS JOBIM 2018 Poster de conférence hal-01827946v1
La suite Alvis, plateforme d’analyse de contenu textuel, et son intégration dans OpenMinTeD Mouhamadou Ba,Robert Bossy,Claire Nédellec JDEV 2017, Jul 2017, Marsaille, France. , pp.1, 2017 Poster de conférence hal-02785705v1
Florilege : a database gathering microbial phenotypes of food interest Hélène Falentin,Estelle Chaix,Bedis Dridi,Philippe Bessieres,S Buchinet al. 4. International Conference on Microbial Diversity 2017, Oct 2017, Bari, Italy. , 2017 Poster de conférence hal-01651302v1
OntoBiotope, technologies sémantiques pour l’étude des habitats microbiens Claire Nédellec,Robert Bossy,Zorana Ratkovic,Dialekti Valsamou,Louise Delegeret al. Méta-omiques des Ecosystèmes Microbiens, Sep 2015, Paris, France Poster de conférence hal-02889012v1
ATOL: an ontology for livestock Marie-Christine Meunier-Salaün,Jérôme Bugeon,Olivier Dameron,Alice Fatet,Isabelle Hueet al. 63. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2012, Bratislava, Slovakia. Academic Publishers, Annual Meeting of the European Association for Animal Production, 18, 476 p., 2012, Annual Meeting of the European Association for Animal Production Poster de conférence hal-01210638v1

Proceedings/Recueil des communications (3)

Proceedings of The 5th Workshop on BioNLP Open Shared Tasks Jin-Dong Kim,Claire Nédellec,Robert Bossy,Louise Deléger 5th Workshop on BioNLP Open Shared Tasks BioNLP-OST@EMNLP-IJNCLP 2019, Nov 2019, Hong-Kong, China. , 2019 Proceedings/Recueil des communications hal-03326517v1
Workshop on data and text mining for integrative biology Mélanie Hilario,Claire Nédellec 17. European conference on machine learning (ECML), Sep 2006, Berlin, Germany. , 98 p., 2006 Proceedings/Recueil des communications hal-02821479v1
Proceedings of the learning language in logic ICML joint workshop and the challenge task, extracting relations from biomedical texts James Cussens,Claire Nédellec 4. Learning language in logic workshop (LLL05), Jun 2005, York, United Kingdom. 75 p., 2005 Proceedings/Recueil des communications hal-02832103v1

Chapitre d'ouvrage (9)

Introduction au chapitre V, Web, réseaux sociaux et recherche d’information Claire Nédellec Les Big Data à découvert, CNRS Editions Alpha, pp.368, 2017, 978-2-271-11464-8 Chapitre d'ouvrage hal-01511389v1
Bioinformatique François Coste,Claire Nédellec,Thomas Schiex,Jean-Philippe Vert Pierre Marquis and Odile Papini and Henri Prade. Panorama de l'intelligence artificielle Ses bases méthodologiques, ses développements, 3, Cépaduès, 374 p., 2014, 9782364930438 Chapitre d'ouvrage hal-00857379v1
Information Extraction Claire Nédellec,Adeline Nazarenko,Robert Bossy S. Staab, R. Studer. Handbook on Ontologies, Springer Verlag, pp.663-686, 2009, Springer Series on Handbooks in Information Systems Chapitre d'ouvrage hal-00619265v1
Information extraction Claire Nédellec,Adeline Nazarenko,Robert R. Bossy Handbook on ontologies, Springer Science - Business Media Deutschland GmbH, 2009, International Handbooks on Information Systems, 978-3-540-70999-2 Chapitre d'ouvrage hal-02813009v1
Apprentissage automatique Claire Nédellec Encyclopédie de l'informatique et des systèmes d'information, Vuibert, 2006, 978-2-7117-4846-4 Chapitre d'ouvrage hal-02818968v1
Ontologies and information extraction: a necessary symbiosis Claire Nédellec,Adeline Nazarenko Ontology learning from text: method, evaluation and applications, 123, IOS Press, 2005, Frontiers in Artificial Intelligence and Applications, 1-58603-523-1 Chapitre d'ouvrage hal-02832105v1
Ontology and Information Extraction: a necessary symbiosis Claire Nédellec,Adeline Nazarenko Paul Buitelaar, Philipp Cimiano, Bernardo Magnini. Ontology Design and Population, IOS Press, pp.155-170, 2005 Chapitre d'ouvrage hal-00097093v1
Fouille de données et analyse du transcriptome Céline Robardet,Claire Nédellec,Jean-François Boulicaut Jean-François Boulicaut, Olivier Gandrillon. Informatique pour l'analyse du transcriptome, Lavoisier, pp.101-141, 2004, Traité IC2, série Informatique et Systèmes d'Information, 978-2-212-12471-2 Chapitre d'ouvrage hal-01590031v1
Fouille de données pour l'analyse du transcriptome Céline Robardet,Claire Nédellec,Jean-François Boulicaut Informatique pour l'analyse du transcriptome, Lavoisier Editions, 2004, 978-2-212-12471-2 Chapitre d'ouvrage hal-02833752v1

HDR (1)

Extraction et modélisation de connaissance à partir de texte – Applications à la biologie Claire Nédellec Linguistique. Université Blaise Pascal (Clermont Ferrand 2), 2013 HDR tel-02805810v1

Ouvrages (1)

Ontologies and information extraction Claire Nédellec,Adeline Nazarenko , 23 p., 2005 Ouvrages hal-02832403v1