Damien M de Vienne

Publications

Article dans une revue (34)

Gene flow can reveal ghost lineages Théo Tricou,Enzo Marsot,Bastien Boussau,Éric Tannier,Damien M de Vienne Evolutionary Journal of the Linnean Society, 2025, 4 (1), pp.kzaf014. ⟨10.1093/evolinnean/kzaf014⟩ Article dans une revue hal-05280954v1
multistrap: boosting phylogenetic analyses with structural information Athanasios Baltzis,Luisa Santus,Björn Langer,Cedrik Magis,Damien de Vienneet al. Nature Communications, 2025, 16 (1), pp.293. ⟨10.1038/s41467-024-55264-0⟩ Article dans une revue hal-05035199v1
HGTs are not SPRs: In the presence of ghost lineages, series of Horizontal Gene Transfers do not result in series of Subtree Pruning and Regrafting Eric Tannier,Théo Tricou,Syrine Benali,Damien de Vienne Molecular Biology and Evolution, 2025, 42, pp.1-6. ⟨10.1093/molbev/msaf128⟩ Article dans une revue hal-05105493v1
Response to “On the impact of incomplete taxon sampling on the relative timing of gene transfer events” Théo Tricou,Eric Tannier,Damien de Vienne PLoS Biology, 2024, 22 (3), pp.e3002557. ⟨10.1371/journal.pbio.3002557⟩ Article dans une revue hal-04515190v1
Endoparasitoid lifestyle promotes endogenization and domestication of dsDNA viruses Benjamin Guinet,D. Lepetit,S. Charlat,Peter N Buhl,David G Nottonet al. eLife, 2023, 12, pp.e85993. ⟨10.7554/eLife.85993⟩ Article dans une revue hal-03861307v2
PhylteR: Efficient Identification of Outlier Sequences in Phylogenomic Datasets Aurore Comte,Théo Tricou,Eric Tannier,Julien Joseph,Aurélie Siberchicotet al. Molecular Biology and Evolution, 2023, 40 (11), pp.msad234. ⟨10.1093/molbev/msad234⟩ Article dans une revue hal-03995366v3
Ghost lineages can invalidate or even reverse findings regarding gene flow Théo Tricou,Eric Tannier,Damien M. de Vienne PLoS Biology, 2022, 20 (9), pp.e3001776. ⟨10.1371/journal.pbio.3001776⟩ Article dans une revue hal-03781025v2
tidy tree : A New Layout for Phylogenetic Trees Simon Penel,Damien de Vienne Molecular Biology and Evolution, 2022, 39 (10), pp.msac204. ⟨10.1093/molbev/msac204⟩ Article dans une revue hal-03844239v1
Ghost lineages highly influence the interpretation of introgression tests Théo Tricou,Eric Tannier,Damien M. de Vienne Systematic Biology, 2022, 71 (5), pp.1147-1158. ⟨10.1093/sysbio/syac011⟩ Article dans une revue hal-03455377v2
Tanglegrams Are Misleading for Visual Evaluation of Tree Congruence Damien M. de Vienne Molecular Biology and Evolution, 2019, 36 (1), pp.174-176. ⟨10.1093/molbev/msy196⟩ Article dans une revue hal-02301092v1
Global survey of mobile DNA horizontal transfer in arthropods reveals Lepidoptera as a prime hotspot Daphné Reiss,Gladys Mialdea,Vincent Miele,Damien M. de Vienne,Jean Peccoudet al. PLoS Genetics, 2019, 15 (2), pp.e1007965. ⟨10.1371/journal.pgen.1007965⟩ Article dans une revue hal-02140494v1
Zombi: A phylogenetic simulator of trees, genomes and sequences that accounts for dead lineages Adrian A Davin,Theo Tricou,Eric Tannier,Damien M. de Vienne,Gergely J Szöllosi Bioinformatics, 2019, ⟨10.1093/bioinformatics/btz710⟩ Article dans une revue hal-02302010v1
Multiple convergent supergene evolution events in mating-type chromosomes Sara E Branco,Fantin E Carpentier,Ricardo Rodriguez de La Vega,Hélène Badouin,Alodie Snircet al. Nature Communications, 2018, 9 (1), pp.2000. ⟨10.1038/s41467-018-04380-9⟩ Article dans une revue hal-01796609v1
Coexistence de deux espèces cryptiques de chauves-souris en Guyane française : apprentissages à partir de la génétique de l’acoustique et de l’écologie Ondine Filippi-Codaccioni,Marie-Pauline Beugin,Damien M. de Vienne,Elodie Portanier,David Fouchetet al. Plume de Naturalistes, 2018, 2, pp.169-190 Article dans une revue hal-02326861v1
Co-occurrence among three divergent plant-castrating fungi in the same Silene host species Jessica Lee Abbate,Pierre Gladieux,Michael E Hood,Damien de Vienne,Janis Antonovicset al. Molecular Ecology, 2018, 27 (16), pp.3357 - 3370. ⟨10.1111/mec.14805⟩ Article dans une revue hal-01921830v1
Coexistence of two sympatric cryptic bat species in French Guiana: insights from genetic, acoustic and ecological data Ondine Filippi-Codaccioni,Marie-Pauline Beugin,Damien de Vienne,Elodie Portanier,David Fouchetet al. BMC Evolutionary Biology, 2018, 18 (1), ⟨10.1186/s12862-018-1289-8⟩ Article dans une revue hal-01936895v1
Pitfalls in supermatrix phylogenomics Herve Philippe,Damien M. de Vienne,Vincent Ranwez,Béatrice Roure,Denis Baurainet al. European Journal of Taxonomy, 2017, 283, pp.1-25. ⟨10.5852/ejt.2017.283⟩ Article dans une revue hal-01606389v1
RiboDB database: a comprehensive resource for prokaryotic systematics Frédéric Jauffrit,Simon Penel,Stéphane Delmotte,Carine Rey,Damien M de Vienneet al. Molecular Biology and Evolution, 2016, 33 (8), pp.2170--2172. ⟨10.1093/molbev/msw088⟩ Article dans une revue hal-01800061v1
Lifemap: Exploring the Entire Tree of Life Damien M. de Vienne PLoS Biology, 2016, 14 (12), ⟨10.1371/journal.pbio.2001624⟩ Article dans une revue hal-01799964v1
Degeneration of the Nonrecombining Regions in the Mating-Type Chromosomes of the Anther-Smut Fungi Eric Fontanillas,Michael E Hood,Hélène Badouin,Elsa Petit,Valérie Barbeet al. Molecular Biology and Evolution, 2015, 32 (4), pp.928-943. ⟨10.1093/molbev/msu396⟩ Article dans une revue hal-01302682v1
Fungal evolutionary genomics provides insight into the mechanisms of adaptive divergence in eukaryotes Pierre P. Gladieux,Jeanne Ropars,Helene Badouin,Antoine Branca,Gabriela G. Aguiletaet al. Molecular Ecology, 2014, 23 (4), pp.753-773. ⟨10.1111/mec.12631⟩ Article dans une revue hal-01302695v1
High Variability of Mitochondrial Gene Order among Fungi Gabriela Aguileta,Damien M. de Vienne,Oliver N. Ross,Michael E Hood,Tatiana Giraudet al. Genome Biology and Evolution, 2014, 6 (2), pp.451-465. ⟨10.1093/gbe/evu028⟩ Article dans une revue hal-01302669v1
Massive gene swamping among cheese-making Penicillium fungi Jeanne Ropars,Gabriela Aguileta,Damien M. de Vienne,Tatiana Giraud Microbial Cell , 2014, ⟨10.15698/mic2014.01.135⟩ Article dans une revue hal-01302705v1
Lineage selection and the maintenance of sex Damien M. de Vienne,Tatiana Giraud,Pierre-Henri Gouyon PLoS ONE, 2013, 8 (6), pp.e66906. ⟨10.1371/journal.pone.0066906⟩ Article dans une revue hal-01800063v1
Linkage to the mating-type locus across the genus microbotryum: insights into nonrecombining chromosomes Elsa Petit,Tatiana Giraud,Damien M. de Vienne,Marco A Coelho,Gabriela Aguiletaet al. Evolution - International Journal of Organic Evolution, 2012, 66 (11), pp.3519-3533. ⟨10.1111/j.1558-5646.2012.01703.x⟩ Article dans une revue hal-01190628v1
Efficient Prediction of Co-Complexed Proteins Based on Coevolution Damien M. de Vienne,Jérôme Azé PLoS ONE, 2012, 7 (11), pp.1-13. ⟨10.1371/journal.pone.0048728⟩ Article dans une revue hal-00756120v1
Phylo-MCOA: a fast and efficient method to detect outlier genes and species in phylogenomics using multiple co-inertia analysis Damien M. de Vienne,Sébastien Ollier,Gabriela Aguileta Molecular Biology and Evolution, 2012, 29 (6), pp.1587--1598. ⟨10.1093/molbev/msr317⟩ Article dans une revue hal-01800064v1
Euclidean nature of phylogenetic distance matrices Damien M. de Vienne,Gabriela Aguileta,Sébastien Ollier Systematic Biology, 2011, 60 (6), pp.826--832. ⟨10.1093/sysbio/syr066⟩ Article dans une revue hal-01800065v1
Hybrid sterility and inviability in the parasitic fungal species complex Microbotryum Damien de Vienne,G Refrégier,Me Hood,A Guigue,B Devieret al. Journal of Evolutionary Biology, 2009, 22 (4), pp.683--698 Article dans une revue hal-01800066v1
Phylogenetic determinants of potential host shifts in fungal pathogens Damien de Vienne,Me Hood,T Giraud Journal of Evolutionary Biology, 2009, 22 (12), pp.2532--2541 Article dans une revue hal-01800067v1
In response to comment on ‘A congruence index for testing topological similarity between trees’ Damien de Vienne,Tatiana Giraud,Olivier C Martin Bioinformatics, 2008, 25 (1), pp.150--151. ⟨10.1093/bioinformatics/btn535⟩ Article dans une revue hal-01800068v1
Speciation in fungi Tatiana Giraud,Guislaine Refrégier,Mickaël Le Gac,Damien M. de Vienne,Michael E Hood Fungal Genetics and Biology, 2008, 45 (6), pp.791--802. ⟨10.1016/j.fgb.2008.02.001⟩ Article dans une revue istex hal-01800069v1
When can host shifts produce congruent host and parasite phylogenies? A simulation approach Damien M de Vienne,Tatiana Giraud,J A Shykoff Journal of Evolutionary Biology, 2007, 20 (4), pp.1428--1438 Article dans une revue hal-01800071v1
A congruence index for testing topological similarity between trees Damien M de Vienne,Tatiana Giraud,Olivier C Martin Bioinformatics, 2007, 23 (23), pp.3119--3124. ⟨10.1093/bioinformatics/btm500⟩ Article dans une revue hal-01800070v1

Communication dans un congrès (3)

Vers une représentation sonore des arbres phylogénétiques Arthur Paté,Henri Boutin,Damien de Vienne 16ème Congrès Français d'Acoustique, CFA2022, Société Française d'Acoustique; Laboratoire de Mécanique et d'Acoustique, Apr 2022, Marseille, France Communication dans un congrès hal-03848536v1
SONIFICATION OF PHYLOGENETIC TREES: LISTENING TO EVOLUTION Henri Boutin,Damien de Vienne Journées d'Informatique Musicale (JIM) 2017, May 2017, Paris, France Communication dans un congrès hal-01893569v1
Identification de complexes protéine-protéine par combinaison de classifieurs. Application à Escherichia coli Thomas Bourquard,Damien Mathieu de Vienne,Jérôme Azé EGC 2013 - 13eme conférence Francophone sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances, Florence Sèdes (IRIT Toulouse - Université Paul Sabatier) et André Péninou (IRIT Toulouse - Université Toulouse 2), Jan 2013, Toulouse, France. pp.419-430 Communication dans un congrès hal-00785473v1

Chapitre d'ouvrage (3)

L'arbre du vivant Damien de Vienne Denis Faure, Dominique Joly, Sylvie Salamitou. 101 secrets de l'adn, CNRS Éditions, pp.358, 2019, SOCIETE, 978-2-271-12323-7 Chapitre d'ouvrage hal-02323928v1
Sex and evolution Pierre-Henri Gouyon,Damien De Vienne,Tatiana Giraud Th. Heams; P. Huneman; G. Lecointre; M. Silberstein. Handbook of Evolutionary Thinking in the Sciences, Springer Netherlands, pp.499--507, 2015, 978-94-017-9013-0 Chapitre d'ouvrage hal-01800062v1
Theory and examples of reciprocal influence between hosts and pathogens, from short-term to long term interactions: coevolution, cospeciation and pathogen speciation following host shifts Aurélien Tellier,Damien M. de Vienne,Tatiana Giraud,Michael Hood,Guislaine Refrégier Annette W. Barton. Host-Pathogen Interactions: Genetics, Immunology, and Physiology, Nova Science Publishers, Inc.; 1 edition (September 1, 2010), 2010, Immunology and Immune System Disorders, 978-1608762866 Chapitre d'ouvrage hal-02326400v1

Pré-publication, Document de travail (2)

Tanglegrams are misleading for visual evaluation of tree congruence Damien M. de Vienne 2018 Pré-publication, Document de travail hal-01807411v1
Overtraining often results in topologically incorrect species trees with maximum likelihood methods Damien M. de Vienne,Fran Supek,Toni Gabaldon 2018 Pré-publication, Document de travail hal-01800059v1

HDR (1)

Biais et faux semblants dans les études co-phylogénétiques : problèmes ou opportunités ? Damien M. de Vienne Systématique, phylogénie et taxonomie. Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), 2025 HDR tel-05015690v1

Logiciel (2)

phylter: Detect and Remove Outliers in Phylogenomics Datasets Damien de Vienne,Stéphane Dray,Théo Tricou,Aurélie Siberchicot 2023, ⟨swh:1:dir:dfe8a3a2e14a5d702074a8c35f288bf13346c6a9;origin=https://github.com/damiendevienne/phylter;visit=swh:1:snp:d1c7bbb9b94f2c10238606bcc54cea184b8749af;anchor=swh:1:rev:3c06fa9ddf83bf5073fe05b28f7ff9f9fa39ebfc⟩ Logiciel hal-04976675v1
LifemapR: Data Visualisation on 'Lifemap' Tree Cassandra Bompard,Damien de Vienne,Julien Barnier,Aurélie Siberchicot 2023, ⟨swh:1:dir:5888a5405100a61c81a03373e5c8bafdbe328cd9;origin=https://github.com/Lifemap-ToL/LifemapR;visit=swh:1:snp:42223780328df3caf1afa308418024a9150090f5;anchor=swh:1:rev:439b8c85fb3d3ba79598cc2adef0b2ede071fc4f⟩ Logiciel hal-04976459v1