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Daniel Jacob

I am responsible for the design and/or adaptation of (bio)informatics tools facilitating the capture, storage and use of experimental data in the field of metabolomics and associated metadata. I am also responsible, through scientific monitoring of the field, for the development and/or adaptation of data processing methods (data processing & data mining), for the development and/or deployment of solutions allowing the exploration (data explorer), visualization (data visualization) and data accessibility (open data, FAIR).
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Data mining Data management

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yves-gibon
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Multi-omics quantitative data of tomato fruit unveils regulation modes of least variable metabolites

Annick Moing , Thierry Berton , Léa Roch , Salimata Diarrassouba , Stéphane Bernillon
BMC Plant Biology, 2023, 23 (365), ⟨10.1186/s12870-023-04370-0⟩
Article dans une revue hal-04183193v1
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Predictive metabolomics of multiple Atacama plant species unveils a core set of generic metabolites for extreme climate resilience

Thomas Dussarrat , Sylvain Prigent , Claudio Latorre , Stéphane Bernillon , Amélie Flandin
New Phytologist, 2022, 234 (5), pp.1614-1628. ⟨10.1111/nph.18095⟩
Article dans une revue hal-03626433v1
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Maize metabolome and proteome responses to controlled cold stress partly mimic early‐sowing effects in the field and differ from those of Arabidopsis

Maria Urrutia , Melisande Blein-Nicolas , Sylvain Prigent , Stéphane Bernillon , Catherine Deborde
Plant, Cell and Environment, 2021, 44 (5), pp.1504-1521. ⟨10.1111/pce.13993⟩
Article dans une revue hal-03107184v1
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Making experimental data tables in the life sciences more FAIR: a pragmatic approach

Daniel Jacob , Romain David , Sophie Aubin , Yves Gibon
GigaScience, 2020, 9 (12), pp.giaa144. ⟨10.1093/gigascience/giaa144⟩
Article dans une revue hal-02883355v4

Biomass composition explains fruit relative growth rate and discriminates climacteric from non-climacteric species

Léa Roch , Sylvain Prigent , Holger Klose , Coffi-Belmys Cakpo , Bertrand Beauvoit
Journal of Experimental Botany, 2020, 71 (19), pp.5823-5836. ⟨10.1093/jxb/eraa302⟩
Article dans une revue hal-02904041v1
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Metabolomic characterization of sunflower leaf allows discriminating genotype groups or stress levels with a minimal set of metabolic markers

Olivier Fernandez , Maria Urrutia , Thierry Berton , Stéphane Bernillon , Catherine Deborde
Metabolomics, 2019, 15 (4), pp.56. ⟨10.1007/s11306-019-1515-4⟩
Article dans une revue hal-02487236v1
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Metabotyping of 30 maize hybrids under early-sowing conditions reveals potential marker-metabolites for breeding

Nadia Lamari , Vanessa Zhendre , Maria Urrutia , Stéphane Bernillon , Mickael Maucourt
Metabolomics, 2018, 14 (10), pp.132. ⟨10.1007/s11306-018-1427-8⟩
Article dans une revue hal-02539641v1
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Metabolomic profiling in tomato reveals diel compositional changes in fruit affected by source-sink relationships.

Camille Bénard , Stéphane Bernillon , Benoit Biais , Sonia Osorio , Mickael M. Maucourt
Journal of Experimental Botany, 2015, 66 (11), pp.3391-404. ⟨10.1093/jxb/erv151⟩
Article dans une revue hal-02641303v1
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Deciphering genetic diversity and inheritance of tomato fruit weight and composition through a systems biology approach

Laura Pascual-Banuls , Jiaxin Xu , Benoit Biais , Mickael Maucourt , Patricia Ballias
Journal of Experimental Botany, 2013, 64 (18), pp.1-16. ⟨10.1093/jxb/ert349⟩
Article dans une revue hal-01208665v1

Combining phenotypic, metabolome and proteome data to study maize response to a mild nitrogen deficit

Maria Urrutia , Melisande Blein-Nicolas , Olivier Fernandez , Stéphane Bernillon , Mickael Maucourt
Journées du Protéome Vert, Jun 2022, Gif-sur-Yette, France
Communication dans un congrès hal-03878405v1

An overview of NMR applications in metabolite profiling of small molecules for plant metabolism studies

Catherine Deborde , Daniel Jacob , Jean-Xavier J.-X. Fontaine , R. Molinie , Léa Roch
2. International Plant Spectroscopy Conference (IPSC), Mar 2019, Berlin, Germany
Communication dans un congrès hal-02786819v1

An integrated fruit model toolkit: combining fruit biophysical processes with central carbon metabolism

J.L. Chen , Bertrand Beauvoit , Sophie Colombie , Léa Roch , Coffi Belmys Cakpo
Symposium on Advanced Technologies and Management for Innovative Greenhouses: GreenSys2019, Jun 2019, Angers, France. pp.401-410, ⟨10.17660/ActaHortic.2020.1296.52⟩
Communication dans un congrès hal-03125090v1

Integrative and predictive biology outside the plant: linking computational tools to fleshy fruit systems

Cecile Cabasson , Sophie Colombie , Bertrand Beauvoit , Christine Nazaret , Camille Benard
Colloque Biologie synthétique et systémique, BioSynSys, Jun 2016, Bordeaux, France
Communication dans un congrès hal-02739719v1

Leaf marker metabolites for low nitrogen stress in maize

Maria Urrutia Rosauro , Stéphane Bernillon , M. Maucourt , Catherine Deborde , Daniel Jacob
Plant Biology Europe EPSO/FESPB 2016, Jun 2016, Prague, Czech Republic
Communication dans un congrès hal-01605806v1

Using developmental and diurnal compositional changes of tomato to study metabolism

Camille Bénard , Stéphane Bernillon , Benoit Biais , Sonia Osorio-Algar , Mickael M. Maucourt
8. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2014, Lyon, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-02793195v1

La métabolomique : un outil de la génomique fonctionnelle au service de la biologie des systèmes

Dominique D. Rolin , Bertrand Beauvoit , Stéphane Bernillon , Camille Bénard , Patricia Ballias
8e Congrès Jeunes Chercheurs de la SFBV, Société Française de Biologie Végétale (SFBV). FRA., Jun 2014, Tours, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-02801036v1

Diurnal compositional changes of tomato fruit and leaf

Camille Benard , Stéphane Bernillon , Sonia Osorio-Algar , Mickael M. Maucourt , Benoit Biais
Metabolomics 2013, Jul 2013, Glasgow, United Kingdom. 1 p
Communication dans un congrès hal-02803658v1
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Tools and applications in plant metabolomics at Bordeaux Metabolome Fluxome Facility (PMFB; http://www.bordeaux.inra.fr/umr619/NMR.htm)

Catherine C. Deborde , Stéphane Bernillon , Mickael M. Maucourt , Cécile Cabasson , Benoit Biais
5. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, Labo/service de l'auteur, Ville service., May 2011, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02749839v1

Applications and tools in plant metabolomics at Bordeaux Metabolome-Fluxome Facility

Catherine C. Deborde , Stéphane Bernillon , Mickael M. Maucourt , Cécile Cabasson , Patricia Ballias
Metabolomics 2010, Jun 2010, Amsterdam, Netherlands
Communication dans un congrès hal-02757642v1

Plant metabolomics at Bordeaux Metabolome-Fluxome Facility. Tools and applications at PMFB

Catherine C. Deborde , Stéphane Bernillon , Mickael M. Maucourt , Cécile Cabasson , Isabelle Quintana
4. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, May 2010, Marseille, France
Communication dans un congrès hal-02756773v1
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MetaboHUB-Bordeaux

Stéphane Bernillon , Cecile Cabasson , Cédric Cassan , Grégory da Costa , Catherine Deborde
Journées Scientifiques INRA-BAP, Sep 2019, Hyères, France. , 2019
Poster de conférence hal-02570809v1

Combined metabolomic and proteomic profiling of maize leaf to reveal metabolic responses to cold temperatures

Maria Urrutia , Melisande Blein-Nicolas , Stéphane Bernillon , Catherine Deborde , Mickaël Maucourt
11. Journées Scientifiques du RFMF, May 2018, Liège, Belgium. pp.P25, 2018, 11. Journées Scientifiques du RFMF
Poster de conférence hal-03125712v1

Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB and PHENOME IA projects. Tools and Applications

Catherine C. Deborde , Patricia Ballias , Camille Bénard , Stéphane Bernillon , Thierry Berton
10. journées scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF 2016, May 2016, Montpellier, France. 2016
Poster de conférence hal-02743906v1

Characterization of a plant cell suspension culture of Vitis vinifera: biomass composition assessment before C13-metabolic flux analysis

Angela Machado Vieira , Stéphanie Cluzet , Catherine C. Deborde , Ghislaine Hilbert , Annick Moing
10. journées scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF 2016, May 2016, Montpellier, France. 2016
Poster de conférence hal-02741756v1

Searching for marker metabolites of crop performance

Annick Moing , Maria Urrutia , Olivier Fernandez , Vanessa Zhendre , Nadia Lamari
Metabolomics 2016. 12. Annual Conference of the Metabolomics Society, Jun 2016, Dublin, United Kingdom. 2016
Poster de conférence hal-02744241v1

Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB and PHENOME IA projects. Tools and Applications

Catherine C. Deborde , Patricia Ballias , Camille Bénard , Stéphane Bernillon , Thierry Berton
Metabolomics 2016. 12. Annual Conference of the Metabolomics Society, Jun 2016, Dublin, United Kingdom. 2016
Poster de conférence hal-02741696v1

Combining MS and proton NMR metabolomic profiling during tomato fruit development to study environment effect on metabolism

Léa Roch , Stéphane Bernillon , Mickael Maucourt , Catherine Deborde , Camille Benard
12. Solanaceae Conference SOL 2015, Oct 2015, Bordeaux, France. 2015, SOL 2015 - Book of abstracts
Poster de conférence hal-01606414v1

Cold treatment affects the metabolite profiles of maize leaves

Nadia Lamari , Vanessa Zhendre , Stéphane Bernillon , Mickael M. Maucourt , Catherine C. Deborde
9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Poster de conférence hal-02742488v1

Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB and PHENOME IA projects. Tools and Applications.

Annick Moing , Catherine C. Deborde , Patricia Ballias , Camille Bénard , Stéphane Bernillon
9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Poster de conférence hal-02743630v1

Combining MS and NMR metabolomic profiling during tomato fruit development to study environment effect on metabolism

Léa Roch , Stéphane Bernillon , Mickael M. Maucourt , Catherine C. Deborde , Camille Bénard
9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015
Poster de conférence hal-02739251v1

Combining metabolite and enzymatic profiling during tomato fruit development

Mickael M. Maucourt , Camille Bénard , Benoit Biais , Patricia Ballias , Catherine C. Deborde
8. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2014, Lyon, France. 1 p., 2014
Poster de conférence hal-02793996v1

Plant Metabolomics at Bordeaux Metabolome Facility, a member of MetaboHUB IA project. Tools and Applications

Annick Moing , Catherine C. Deborde , Patricia Ballias , Camille Bénard , Stéphane Bernillon
8. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2014, Lyon, France. 1 p., 2014
Poster de conférence hal-02799366v1

On-going method developments in Bordeaux Metabolome Facility

Stéphane Bernillon , Benoit Biais , Catherine C. Deborde , Laetitia Fouillen , Yvon Guntz
Metabolomics 2013 - 9. Annual conference of the Metabolomics Society, Jun 2013, Glasgow, United Kingdom. 2013
Poster de conférence hal-02804388v1

Coordinated methodological developments for plant metabolomics at Bordeaux

Stéphane Bernillon , Benoit Biais , Catherine C. Deborde , Laetitia Fouillen , Yvon Guntz
7. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et de Fluxomique, Jun 2013, Amiens, France. 2013
Poster de conférence hal-02810760v1

Influence of diurnal factor on compositional changes of tomato fruit and leaf

Camille Benard , Stéphane Bernillon , Sonia Osorio-Algar , Mickael M. Maucourt , Benoit Biais
7. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, Jun 2013, Amiens, France. 2013
Poster de conférence hal-02805301v1