david allouche

Publications

Article dans une revue (14)

Variable neighborhood search for graphical model energy minimization Abdelkader Ouali,David Allouche,Simon de Givry,Samir Loudni,Yahia Lebbahet al. Artificial Intelligence (AIJ), 2020, 278, pp.103194. ⟨10.1016/j.artint.2019.103194⟩ Article dans une revue hal-02463467v1
Variable Neighborhood Search with Cost Function Networks To Solve Large Computational Protein Design Problems Antoine Charpentier,David Mignon,Sophie Barbe,Juan Cortés,Thomas Schiexet al. Journal of Chemical Information and Modeling, 2019, 59 (1), pp.127-136. ⟨10.1021/acs.jcim.8b00510⟩ Article dans une revue hal-01943616v1
Tractability-preserving Transformations of Global Cost Functions David Allouche,Christian Bessiere,Patrice Boizumault,Simon de Givry,Patricia Gutierrezet al. Artificial Intelligence (AIJ), 2016, 238, pp.166-189. ⟨10.1016/j.artint.2016.06.005⟩ Article dans une revue lirmm-01374533v1
Fast search algorithms for computational protein design Seydou Traore,Kyle E. Roberts,David Allouche,Bruce R. Donald,Isabelle Andréet al. Journal of Computational Chemistry, 2016, 37 (12), pp.1048 - 1058. ⟨10.1002/jcc.24290⟩ Article dans une revue hal-01886385v1
Multi-language evaluation of exact solvers in graphical model discrete optimization Barry Hurley,Barry O'Sullivan,David Allouche,George Katsirelos,Thomas Schiexet al. Constraints, 2016, 21 (3), pp.413-434. ⟨10.1007/s10601-016-9245-y⟩ Article dans une revue hal-02633083v1
Guaranteed Discrete Energy Optimization on Large Protein Design Problems David Simoncini,David Allouche,Simon de Givry,Céline Delmas,Sophie Barbeet al. Journal of Chemical Theory and Computation, 2015, 11 (12), pp.5980 - 5989. ⟨10.1021/acs.jctc.5b00594⟩ Article dans une revue hal-02637306v1
Computational protein design as an optimization problem David Allouche,Isabelle André,Sophie Barbe,Jessica Davies,Simon de Givryet al. Artificial Intelligence (AIJ), 2014, 212, pp.59-79. ⟨10.1016/j.artint.2014.03.005⟩ Article dans une revue hal-01268554v1
A new framework for computational protein design through cost function network optimization Seydou Traore,David Allouche,Isabelle André,Simon de Givry,George Katsireloset al. Bioinformatics, 2013, 29 (17), pp.2129-2136. ⟨10.1093/bioinformatics/btt374⟩ Article dans une revue hal-01268153v1
Gene regulatory network reconstruction using Bayesian networks, the Dantzig selector, the Lasso and their meta-analysis Matthieu Vignes,Jimmy Vandel,David Allouche,Nidal Ramadan-Alban,Christine Cierco-Ayrolleset al. PLoS ONE, 2011, 6 (12), pp.1-15. ⟨10.1371/journal.pone.0029165⟩ Article dans une revue hal-02649016v1
BioMAJ: a flexible framework for databanks synchronization and processing Olivier Filangi,Yoann Beausse,Anthony Assi,Ludovic Legrand,Jean-Marc Larréet al. Bioinformatics, 2008, 24 (16), pp.1823-1825. ⟨10.1093/bioinformatics/btn325⟩ Article dans une revue inria-00327502v1
Ca 2+ /Mg 2+ exchange in parvalbumin and other EF-hand proteins. A theoretical study David Allouche,Joseph Parello,Yves-Henri Sanejouand Journal of Molecular Biology, 1999, 285 (2), pp.857-873. ⟨10.1006/jmbi.1998.2329⟩ Article dans une revue hal-02116336v1
New Effective Potentials Extraction Method for the Interaction between Cations and Water Xavier Periole,David Allouche,A. Ramírez-Solís,I. Ortega-Blake,J. P. Daudeyet al. Journal of Physical Chemistry B, 1998, 102 (43), pp.8579-8587. ⟨10.1021/jp981688t⟩ Article dans une revue istex hal-02694207v1
Simple Two-Body Cation−Water Interaction Potentials Derived from ab Initio Calculations. Comparison to Results Obtained with an Empirical Approach X. Periole,David Allouche,J.-P. Daudey,Y.-H. Sanejouand Journal of Physical Chemistry B, 1997, 101 (25), pp.5018-5025. ⟨10.1021/jp9701855⟩ Article dans une revue hal-02694213v1
Synthesis of a New Cationic Pyropheophorbide Derivative and Studies of its Aggregation Process in Aqueous Solution Anne-Sylvie Fabiano,David Allouche,Yves-Henri Sanejouand,Nicole Paillous Photochemistry and Photobiology, 1997, 66 (3), pp.336-345. ⟨10.1111/j.1751-1097.1997.tb03156.x⟩ Article dans une revue istex hal-02694209v1

Communication dans un congrès (30)

Assignment Problems in Cost Function Networks Guidio Sewa,David Allouche,Simon de Givry,George Katsirelos,Pierre Montalbanoet al. The 40th Annual AAAI Conference on Artificial Intelligence, Jan 2026, Singapour, Singapore Communication dans un congrès hal-05508673v1
Bi-Objective Discrete Graphical Model Optimization Samuel Buchet,David Allouche,Simon de Givry,Thomas Schiex The 21st International Conference on the Integration of Constraint Programming, Artificial Intelligence, and Operations Research, May 2024, Uppsala, Sweden Communication dans un congrès hal-04556832v1
Side chain positioning optimization under Cryo-EM constraints based on cost-function network Nadége Polette,Mikael Grialou,D Allouche Energy Landscape Theory and Application 2023, inria, Jun 2023, Porquerolles, France Communication dans un congrès hal-04819761v1
Cost function network for molecular design an IA method for discret search space exploration David Allouche Symposium on Molecular Design and Bioinformatics 2019 (SEADIM), Jun 2019, Santa María Key, Cuba Communication dans un congrès hal-02734749v1
Constraint Programming and Graphical models - Pushing data into your models, The protein design case. Thomas Schiex,Sophie Barbe,David Simoncini,Jelena Vucinic,Manon Ruffiniet al. 23rd International Symposium on Mathematical Programming (ISMP-18), Jul 2018, Bordeaux, France Communication dans un congrès hal-02154354v1
Recherche complète à voisinages variables guidée par la décomposition arborescente pour la minimisation d'énergie dans les modèles graphiques Abdelkader Ouali,David Allouche,Simon de Givry,Samir Loudni,Yahia Lebbahet al. 9e Journées Francophones sur les Réseaux Bayésiens et les Modèles Graphiques Probabilistes 2018 (JFRB 2018), May 2018, Toulouse, France. 114 p., ⟨10.3166/RIA.-.1-7⟩ Communication dans un congrès hal-02733676v1
Pourquoi les MATH et l’intelligence artificielle sont important pour comprend et améliorer le fonctionnement de protéine ? David Allouche Fête de la science, Oct 2018, Castanet-Tolosan, France. 18 p Communication dans un congrès hal-02733726v1
Recent algorithmic advances for combinatorial optimization in graphical models David Allouche,Simon de Givry,Georgios Katsirelos,Thomas Schiex,Matthias Zytnickiet al. 23rd International Symposium on Mathematical Programming (ISMP-18), Jul 2018, Bordeaux, France. 80 p Communication dans un congrès hal-02785380v1
Euclidean Variable Neighborhood Search: A method for large computation protein design David Allouche Deciphering complex energy landscape and kinetic network from single molecules to cells: a new challenge to make theories meet experiments, Sep 2017, Dijon, France Communication dans un congrès hal-02733686v1
Iterative Decomposition Guided Variable Neighborhood Search for Graphical Model Energy Minimization Abdelkader Ouali,David Allouche,Simon de Givry,Samir Loudni,Yahia Lebbahet al. Conference on Uncertainty in Artificial Intelligence, UAI 2017, Aug 2017, Sydney, Australia Communication dans un congrès hal-01628162v1
Iterative Decomposition Guided Variable Neighborhood Search for Graphical Model Energy Minimization Abdelkader Ouali,David Allouche,Simon de Givry,Samir Loudni,Yahia Lebbahet al. Conference on Uncertainty in Artificial Intelligence (UAI'17), Aug 2017, Sydney, Australia. 10 p Communication dans un congrès hal-02733961v1
Anytime hybrid best-first search with tree decomposition for weighted CSP David Allouche,Simon de Givry,George Katsirelos,Thomas Schiex,Matthias Zytnicki CP 2015 - 21st International Conference on Principles and Practice of Constraint Programming, Aug 2015, Cork, Ireland. 17 p., ⟨10.1007/978-3-319-23219-5_2⟩ Communication dans un congrès hal-01198361v1
Approximate counting with deterministic guarantees for affinity computation Clément Viricel,David Simoncini,David Allouche,Simon de Givry,Sophie Barbeet al. 3. International Conference on Modelling, Computation and Optimization in Information Systems and Management Sciences - MCO 2015, Université de Lorraine (UL). FRA., May 2015, Metz, France. 500 p., ⟨10.1007/978-3-319-18167-7_15⟩ Communication dans un congrès hal-01269259v1
Computational Enzyme Design through deterministic optimization and counting Thomas Schiex,Seydou Traoré,David Simoncini,Sophie Barbe,Simon de Givryet al. 3DSig Structural Bioinformatics and Computational Biophysics 2015, Jul 2015, Dublin, Ireland Communication dans un congrès hal-01605405v1
An experimental evaluation of CP/AI/OR solvers for optimization in graphical models Simon de Givry,Barry Hurley,David Allouche,Georgios Katsirelos,Barry O'Sullivanet al. Congrès ROADEF'2014, Feb 2014, Bordeaux, France. 1 p Communication dans un congrès hal-02742905v1
An Experimental Evaluation of CP/AI/OR Solvers for Optimization in Graphical Models Simon de Givry,Barry Hurley,David Allouche,George Katsirelos,Thomas Schiexet al. ROADEF - 15ème congrès annuel de la Société française de recherche opérationnelle et d'aide à la décision, Société française de recherche opérationnelle et d'aide à la décision, Feb 2014, Bordeaux, France Communication dans un congrès hal-00946323v1
Une comparaison de logiciels d'optimisation sur une large collection de modèles graphiques David Allouche,Simon de Givry,Barry Hurley,George Katsirelos,Barry O'Sullivanet al. JFPC 2014 - Dixièmes Journées Francophones de Programmation par Contraintes, Jun 2014, Angers, France. 10 p Communication dans un congrès hal-01198360v1
Computational protein design as a cost function network optimization problem Thomas Schiex,David Allouche,Simon de Givry,George Katsirelos,Sophie Barbeet al. Séminaire MOGISA du LAAS/CNRS, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS). FRA., Jun 2013, Toulouse, France Communication dans un congrès hal-01268632v1
A new framework for computational protein design through cost function network optimization Seydou Traore,David Allouche,Isabelle André,Simon de Givry,George Katsireloset al. JOBIM 2013 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Société Française de Bio-Informatique (SFBI). FRA., Jul 2013, Toulouse, France. 2 p Communication dans un congrès hal-01268555v1
Filtrage de fonctions de coût globales décomposables David Allouche,Christian Bessiere,Patrice Boizumault,Simon de Givry,Patricia Gutierrezet al. Huitièmes Journées Francophones de Programmation par Contraintes (JFPC), Association Française de Programmation par Contraintes (AFPC). FRA., May 2012, Toulouse, France. pp.358 Communication dans un congrès hal-02747133v1
Combining exact WCSP techniques and VNS search for solving MPE David Allouche,Aurélie Favier,Mathieu Fontaine,Simon de Givry,Jean-Philippe Metivieret al. Conference on Uncertainty in Artificial Intelligence (UAI'12), Aug 2012, Catalina Island, United States Communication dans un congrès hal-01022649v1
Filtering decomposable global cost functions David Allouche,Christian Bessiere,Patrice Boizumault,Simon de Givry,Patricia Gutierrezet al. Twenty-Sixth Conference on Artificial Intelligence, Jul 2012, Toronto, Canada. pp.7 Communication dans un congrès hal-02747813v1
Filtrage de fonctions de coût globales décomposables David Allouche,Christian Bessiere,Patrice Boizumault,Simon de Givry,Patricia Gutierrezet al. JFPC 2012 - 8es Journées Francophones de Programmation par Contraintes, May 2012, Toulouse, France Communication dans un congrès hal-00809789v1
Computational protein design as a cost function network optimization problem David Allouche,Seydou Traore,Isabelle André,Simon de Givry,George Katsireloset al. CP 2012 - 18th International Conference on Principles and Practice of Constraint Programming, Oct 2012, Québec, Canada. pp.10, ⟨10.1007/978-3-642-33558-7_60⟩ Communication dans un congrès hal-01191320v1
Filtering Decomposable Global Cost Functions David Allouche,Christian Bessiere,Patrice Boizumault,Simon de Givry,Patricia Gutierrezet al. AAAI Conference on Artificial Intelligence, Jul 2012, Toronto, ON, Canada Communication dans un congrès lirmm-00748187v1
Sélection de tagSNP: une approche PLNE David Allouche,Simon de Givry,Thomas Schiex Congrès ROADEF'2010, Feb 2010, Toulouse, France. pp.2 Communication dans un congrès hal-02812620v1
Towards parallel non serial dynamic programming for solving hard weighted CSP David Allouche,Simon de Givry,Thomas Schiex 16th Annual International Conference on the Principles and Practice of Constraint Programming, Sep 2010, St. Andrews, Scotland, United Kingdom. pp.8, ⟨10.1007/978-3-642-15396-9_7⟩ Communication dans un congrès istex hal-02753702v1
TagSNP selection using weighted CSP and russian doll search with tree decomposition David Allouche,Thomas Schiex,Simon de Givry,Martin Sanchez CP-09 workshop on Constraint Based Methods for Bioinformatics, Sep 2009, Lisbonne, Portugal. pp.9 Communication dans un congrès hal-02813239v1
Russian doll search with tree decomposition Marti Sanchez,David Allouche,Simon de Givry,Thomas Schiex 21st International Joint Conference on Artificial Intelligence, Jul 2009, Pasadena, United States. pp.6 Communication dans un congrès hal-02755904v1
Algorithme des Poupées Russes exploitant une décomposition arborescente M. Sanchez,David Allouche,Simon de Givry,Thomas Schiex Cinquièmes Journées Francophones de Programmation par Contraintes, Orléans, juin 2009, Jun 2009, France. pp.15-25 Communication dans un congrès hal-00387845v1

Poster de conférence (2)

A Side-Chain Positioning program with electron density map constraints based on an exact optimization framework Nadege Polette,M Grialou,David Allouche ECCB 2022, Sep 2022, Sitges, Spain Poster de conférence hal-04799184v1
Variable Neighborhood Search with Cost Function Networks to Solve Large Computational Protein Design Problems David Allouche,Antoine Charpentier,Thomas Schiex,Thomas Simonson Rencontre des Chimistes Théoriciens Francophones, Oct 2018, Toulouse, France. 2018 Poster de conférence hal-02733727v1

Chapitre d'ouvrage (3)

Cost Function Networks to Solve Large Computational Protein Design Problems David Allouche,Sophie Barbe,Simon de Givry,George Katsirelos,Yahia Lebbahet al. Malek Masmoudi, Bassem Jarboui, Patrick Siarry. Operations Research and Simulation in healthcare, Springer, pp.81-102, 2021, 978-3-030-45223-0. ⟨10.1007/978-3-030-45223-0_4⟩ Chapitre d'ouvrage hal-02177634v1
Deterministic search methods for computational protein design Seydou Traore,David Allouche,Isabelle André,Thomas Schiex,Sophie Barbe Computational Protein Design, Chapter 4, Editions Springer, 2017, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-6635-6. ⟨10.1007/978-1-4939-6637-0_4⟩ Chapitre d'ouvrage hal-01605191v1
A panel of learning methods for the reconstruction of gene regulatory networks in a systems genetics David Allouche,Christine Cierco-Ayrolles,Simon de Givry,Gérald Guillermin,Brigitte B. Manginet al. Gene network inference, verification of methods for systems genetics data, Editions Springer, 130 p., 2013, 978-3-642-45161-4. ⟨10.1007/978-3-642-45161-4⟩ Chapitre d'ouvrage hal-02808635v1

Autre publication scientifique (1)

BioMAJ : A workflow engine dedicated to biological bank management David Allouche,Anthony Assi,Yoann Beausse,Christophe Caron,Olivier Filangiet al. 2007 Autre publication scientifique inria-00176506v1

Thèse (1)

Étude du comportement de Calciprotéines à mains EF en présence de Ca2+ et Mg2+ à partir de trajectoires de dynamique moléculaire et de calculs de différences d'énergie libre David Allouche Sciences du Vivant [q-bio]. Université Paul Sabatier (Toulouse 3), 1997. Français. ⟨NNT : 1997TOU30301⟩ Thèse tel-04548873v1

Logiciel (1)

tb2_twophase Samuel Buchet,Simon De Givry,David Allouche 2023, ⟨swh:1:dir:ec601dbffd962cd2c36ec502f7480ce4008a2e3b;origin=https://forgemia.inra.fr/samuel.buchet/tb2_twophase.git;visit=swh:1:snp:dd55d7a5347e24a6fb0b178877a69467799e7f6b;anchor=swh:1:rev:664640c3fbccd9cb0f3ecd3d55b3db178ac868a6⟩ Logiciel hal-04861800v1