Eric Tannier Chercheur Inria

Publications

Pré-publication, Document de travail (4)

Du serment doctoral d'intégrité scientifique à un serment personnel : un atelier d'écriture et de réflexion sur la responsabilité et le rôle des scientifiques dans la société Matteo Barsuglia,Annette Bérard,Vincent Daubin,Pacôme Delva,Eric Tannier 2026 Pré-publication, Document de travail hal-05427594v2
Botascopia: a digital setup for generating low tech plant field guides Simon Castellan,Aurore Alcolei,Anne Atlan,Xavier Aubriot,Mathurin Bellotet al. 2025 Pré-publication, Document de travail hal-05419216v1
GOntact: using chromatin contacts to infer Gene Ontology enrichments for cis -regulatory elements Alexandre Laverré,Eric Tannier,Philippe Veber,Anamaria Necsulea 2022 Pré-publication, Document de travail hal-03781024v1
The genome of the medieval Black Death agent (extended abstract) Ashok Rajaraman,Eric Tannier,Cedric Chauve 2013 Pré-publication, Document de travail hal-00849754v1

Ouvrages (8)

L'univers des courges Christophe Gaudry,Estelle Petit,Eric Tannier,Marie-Thérèse Charreyre L'Harmattan, 2026, Questions alimentaires et gastronomiques, 9782336545318 Ouvrages hal-05545812v1
Théorie des codes - 3e édition Jean-Guillaume Dumas,Jean-Louis Roch,Eric Tannier,Sébastien Varrette Dunod, pp.416, 2018, 9782100781096 Ouvrages hal-02639412v1
Foundations of Coding: Compression, Encryption, Error-Correction Jean-Guillaume Dumas,Jean-Louis Roch,Eric Tannier,Sébastien Varrette Wiley, pp.376, 2015, 978-1-118-88144-6. ⟨10.1002/9781119005940⟩ Ouvrages hal-00765802v1
Théorie des Codes : compression, cryptage, correction, 2e edition Jean-Guillaume Dumas,Jean-Louis Roch,Eric Tannier,Sébastien Varrette Dunod, pp.384, 2013, Sciences Sup, 9782100599110 Ouvrages hal-00932851v1
Models and Algorithms for Genome Evolution Cedric Chauve,Nadia El-Mabrouk,Eric Tannier Springer, pp.318, 2013, 978-1-4471-5297-2 Ouvrages hal-00847154v1
L'époque romantique contre la peine de mort Eric Tannier Editions Universitaires Européennes, pp.176, 2011, 978-613-1-56487-1 Ouvrages hal-00750273v1
Combinatorics of Genome Rearrangements Guillaume Fertin,Anthony Labarre,Irena Rusu,Eric Tannier,Stéphane Vialette MIT Press, pp.312, 2009, Computational Molecular Biology, 978-0-262-06282-4 Ouvrages hal-00416453v1
Théorie des Codes : compression, cryptage, correction Jean-Guillaume Dumas,Jean-Louis Roch,Eric Tannier,Sébastien Varrette Dunod, pp.352, 2007, Sciences Sup, 9782100506927 Ouvrages hal-00318546v1

Article dans une revue (78)

L’énigme du calice dans Bouvard et Pécuchet Eric Tannier,Simon Castellan,Marine Fauché,Sophie Nadot,Agnès Schermann-Legionnet Arts et sciences , 2026, 10, pp.125 - 141. ⟨10.21494/iste.op.2026.1425⟩ Article dans une revue hal-05545776v1
The Silene latifolia genome and its giant Y chromosome Carol Moraga,Catarina Branco,Quentin Rougemont,Paris Veltsos,Pavel Jedličkaet al. Science, 2025, 387 (6734), pp.630-636. ⟨10.1126/science.adj7430⟩ Article dans une revue hal-04293712v1
La vie artificielle comme banc d’essai pour l’évolution moléculaire [podcast] Vincent Daubin,Eric Tannier,Elodie Chabrol Interstices, 2025 Article dans une revue hal-05376183v1
HGTs are not SPRs: In the presence of ghost lineages, series of Horizontal Gene Transfers do not result in series of Subtree Pruning and Regrafting Eric Tannier,Théo Tricou,Syrine Benali,Damien de Vienne Molecular Biology and Evolution, 2025, 42, pp.1-6. ⟨10.1093/molbev/msaf128⟩ Article dans une revue hal-05105493v1
Response to “On the impact of incomplete taxon sampling on the relative timing of gene transfer events” Théo Tricou,Eric Tannier,Damien de Vienne PLoS Biology, 2024, 22 (3), pp.e3002557. ⟨10.1371/journal.pbio.3002557⟩ Article dans une revue hal-04515190v1
Host-symbiont-gene phylogenetic reconciliation Hugo Menet,Alexia Nguyen Trung,Vincent Daubin,Eric Tannier Peer Community Journal, 2023, pp.1-22. ⟨10.24072/pcjournal.273⟩ Article dans une revue hal-03781023v2
Se réapproprier la production de connaissance Alexandre Monnin,Eric Tannier,Maël Thomas Analyse Opinion Critique, 2023, https://aoc.media/opinion/2023/05/17/se-reapproprier-la-production-de-connaissance/ Article dans une revue hal-04102099v1
PhylteR: Efficient Identification of Outlier Sequences in Phylogenomic Datasets Aurore Comte,Théo Tricou,Eric Tannier,Julien Joseph,Aurélie Siberchicotet al. Molecular Biology and Evolution, 2023, 40 (11), pp.msad234. ⟨10.1093/molbev/msad234⟩ Article dans une revue hal-03995366v3
The crisis of the scientific mind : an investigation, a tragedy and a collective redistribution of roles Eric Tannier,Vincent Daubin,Sophie Quinton Les Cahiers de Framespa : e-Storia, 2022, 40, ⟨10.4000/framespa.13150⟩ Article dans une revue hal-03714886v1
A hapless mathematical contribution to biology Eric Tannier History and Philosophy of the Life Sciences, 2022, 44 (34), ⟨10.1007/s40656-022-00514-x⟩ Article dans une revue hal-03153696v3
Phylogenetic reconciliation Hugo Menet,Vincent Daubin,Eric Tannier PLoS Computational Biology, 2022, 18 (11), pp.e1010621. ⟨10.1371/journal.pcbi.1010621⟩ Article dans une revue hal-03258402v2
Ghost lineages can invalidate or even reverse findings regarding gene flow Théo Tricou,Eric Tannier,Damien M. de Vienne PLoS Biology, 2022, 20 (9), pp.e3001776. ⟨10.1371/journal.pbio.3001776⟩ Article dans une revue hal-03781025v2
Long-range promoter–enhancer contacts are conserved during evolution and contribute to gene expression robustness Alexandre Laverré,Eric Tannier,Anamaria Necsulea Genome Research, 2022, 32 (2), pp.280-296. ⟨10.1101/gr.275901.121⟩ Article dans une revue hal-03559410v1
Thirdkind: displaying phylogenetic encounters beyond 2-level reconciliation Simon Penel,Hugo Menet,Théo Tricou,Vincent Daubin,Eric Tannier Bioinformatics, 2022, 38 (8), pp.2350-2352. ⟨10.1093/bioinformatics/btac062⟩ Article dans une revue hal-03563666v1
Ghost lineages highly influence the interpretation of introgression tests Théo Tricou,Eric Tannier,Damien M. de Vienne Systematic Biology, 2022, 71 (5), pp.1147-1158. ⟨10.1093/sysbio/syac011⟩ Article dans une revue hal-03455377v2
Evolutionary superscaffolding and chromosome anchoring to improve Anopheles genome assemblies Robert Waterhouse,Sergey Aganezov,Yoann Anselmetti,Jiyoung Lee,Livio Ruzzanteet al. BMC Biology, 2020, 18 (1), pp.1-20. ⟨10.1186/s12915-019-0728-3⟩ Article dans une revue hal-02455139v1
L'informatique les pieds sur Terre Eric Tannier Interstices, 2020 Article dans une revue hal-02953016v1
Treerecs: an integrated phylogenetic tool, from sequences to reconciliations. Nicolas Comte,Benoît Morel,Damir Hasic,Laurent Guéguen,Bastien Boussauet al. Bioinformatics, 2020, 36 (18), pp.4822-4824. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa615⟩ Article dans une revue hal-02883386v1
Quand les branches de l’arbre du vivant s’entremêlent Eric Tannier,Bastien Boussau,Vincent Daubin Pour la science, 2019, ⟨10.3917/pls.506.0056⟩ Article dans une revue hal-02414245v1
Zombi: A phylogenetic simulator of trees, genomes and sequences that accounts for dead lineages Adrian A Davin,Theo Tricou,Eric Tannier,Damien M. de Vienne,Gergely J Szöllosi Bioinformatics, 2019, ⟨10.1093/bioinformatics/btz710⟩ Article dans une revue hal-02302010v1
Gene tree species tree reconciliation with gene conversion Damir Hasic,Eric Tannier Journal of Mathematical Biology, 2019, 78 (6), pp.1981-2014. ⟨10.1007/s00285-019-01331-w⟩ Article dans une revue hal-01495707v2
Gene tree reconciliation including transfers with replacement is NP-hard and FPT Damir Hasic,Eric Tannier Journal of Combinatorial Optimization, 2019, 38 (2), pp.502-544. ⟨10.1007/s10878-019-00396-z⟩ Article dans une revue hal-02301454v1
RecPhyloXML: a format for reconciled gene trees Wandrille Duchemin,Guillaume Gence,Anne-Muriel Arigon Chifolleau,Lars Arvestad,Mukul Bansalet al. Bioinformatics, 2018, 34 (21), pp.3646-3652. ⟨10.1093/bioinformatics/bty389⟩ Article dans une revue lirmm-01800296v1
Gene transfers can date the tree of life Adrián Davín,Eric Tannier,Tom A Williams,Bastien Boussau,Vincent Daubinet al. Nature Ecology & Evolution, 2018, 2 (5), pp.904-909. ⟨10.1038/s41559-018-0525-3⟩ Article dans une revue hal-01913812v1
Phylogenetic signal from rearrangements in 18 Anopheles species by joint scaffolding extant and ancestral genomes Yoann Anselmetti,Wandrille Duchemin,Eric Tannier,Cedric Chauve,Sèverine Bérard BMC Genomics, 2018, 19 (S2), pp.1-15. ⟨10.1186/s12864-018-4466-7⟩ Article dans une revue hal-01791884v1
Resolution and reconciliation of non-binary gene trees with transfers, duplications and losses Edwin Jacox,Mathias Weller,Eric Tannier,Celine Scornavacca Bioinformatics, 2017, 33 (7), pp.980-987. ⟨10.1093/bioinformatics/btw778⟩ Article dans une revue hal-01526643v1
Algorithms for computing the double cut and join distance on both gene order and intergenic sizes Guillaume Fertin,Géraldine Jean,Eric Tannier Algorithms for Molecular Biology, 2017, 12, 16 (11 p.). ⟨10.1186/s13015-017-0107-y⟩ Article dans une revue hal-01533200v1
DeCoSTAR: Reconstructing the ancestral organization of genes or genomes using reconciled phylogenies Wandrille Duchemin,Yoann Anselmetti,Murray Patterson,Yann Ponty,Sèverine Bérardet al. Genome Biology and Evolution, 2017, 9 (5), pp.1312-1319. ⟨10.1093/gbe/evx069⟩ Article dans une revue hal-01503766v2
Francisella IglG protein and the DUF4280 proteins: PAAR-like proteins in non-canonical Type VI secretion systems? Claire Lays,Eric Tannier,Thomas Henry Microbial Cell , 2016, 3 (11), pp.576-578. ⟨10.15698/mic2016.11.543⟩ Article dans une revue hal-01394403v2
Genome rearrangements with indels in intergenes restrict the scenario space Laurent Bulteau,Guillaume Fertin,Eric Tannier BMC Bioinformatics, 2016, 17 (Suppl 14), 426 (7 p.). ⟨10.1186/s12859-016-1264-6⟩ Article dans une revue hal-01396842v1
Efficient gene tree correction guided by genome evolution Emmanuel Noutahi,Magali Semeria,Manuel Lafond,Jonathan Seguin,Bastien Boussauet al. PLoS ONE, 2016, 11 (8), e0159559 (22 p.). ⟨10.1371/journal.pone.0159559⟩ Article dans une revue hal-01162963v4
Breaking Good: Accounting for Fragility of Genomic Regions in Rearrangement Distance Estimation Priscila Biller,Laurent Guéguen,Carole Knibbe,Eric Tannier Genome Biology and Evolution, 2016, 8 (5), pp.1427-1439. ⟨10.1093/gbe/evw083⟩ Article dans une revue hal-01334923v1
Moments of genome evolution by Double Cut-and-Join Priscila Biller,Laurent Guéguen,Eric Tannier BMC Bioinformatics, 2015, 16 (Suppl 14), pp.S7. ⟨10.1186/1471-2105-16-S14-S7⟩ Article dans une revue hal-01179597v2
Ancestral gene synteny reconstruction improves extant species scaffolding Yoann Anselmetti,Vincent Berry,Cedric Chauve,Annie Chateau,Eric Tannieret al. BMC Genomics, 2015, 16 (Suppl 10), pp.S11. ⟨10.1186/1471-2164-16-S10-S11⟩ Article dans une revue hal-01180303v2
Genome-scale phylogenetic analysis finds extensive gene transfer among fungi G.J. Szollosi,Adrián Arellano Davin,Eric Tannier,Vincent Daubin,Bastien Boussau Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences (1934–1990), 2015, 370, 20140335 (11 p.). ⟨10.1098/rstb.2014.0335⟩ Article dans une revue hal-01218565v1
Probabilistic modeling of the evolution of gene synteny within reconciled phylogenies Magali Semeria,Eric Tannier,Laurent Guéguen BMC Bioinformatics, 2015, 16 (Suppl 14), pp.S5. ⟨10.1186/1471-2105-16-S14-S5⟩ Article dans une revue hal-01179596v2
Reconstruction of an ancestral Yersinia pestis genome and comparison with an ancient sequence Wandrille Duchemin,Vincent Daubin,Eric Tannier BMC Genomics, 2015, 16 (Suppl 10), pp.S9. ⟨10.1007/978-3-319-19048-8_16⟩ Article dans une revue hal-01179197v3
The inference of gene trees with species trees Gergely Szöllősi,Eric Tannier,Vincent Daubin,Bastien Boussau Systematic Biology, 2015, Special Issue: Mathematical and Computational Evolutionary Biology (2013), 64 (1), pp.e42-e62. ⟨10.1093/sysbio/syu048⟩ Article dans une revue hal-00915301v1
Karyotype and Gene Order Evolution from ReconstructedExtinct Ancestors Highlight Contrasts in Genome Plasticity ofModern Rosid Crops Florent Murat,Rongzhi R. Zhang,Sébastien Guizard,Haris Gavranovic,Raphael Floreset al. Genome Biology and Evolution, 2015, 7 (3), pp.735-749. ⟨10.1093/gbe/evv014⟩ Article dans une revue hal-01133906v1
Counting and sampling SCJ small parsimony solutions István Miklós,Sándor Z. Kiss,Eric Tannier Theoretical Computer Science, 2014, 552, pp.83-98. ⟨10.1016/j.tcs.2014.07.027⟩ Article dans une revue hal-01077270v1
Efficient Exploration of the Space of Reconciled Gene Trees. Gergely J Szöllosi,Wojciech Rosikiewicz,Bastien Boussau,Eric Tannier,Vincent Daubin Systematic Biology, 2013, 62 (6), pp.901-912. ⟨10.1093/sysbio/syt054⟩ Article dans une revue hal-00856826v1
L'ADN, mémoire numérique du vivant Vincent Daubin,Simon Penel,Eric Tannier Pour la science, 2013, pp.102-108 Article dans une revue hal-00878875v1
Gene tree correction guided by orthology Manuel Lafond,Magali Semeria,Krister M. Swenson,Eric Tannier,Nadia El-Mabrouk BMC Bioinformatics, 2013, 14 (Suppl 15), pp.S5 Article dans une revue hal-00873235v1
FPSAC: Fast Phylogenetic Scaffolding of Ancient Contigs Ashok Rajaraman,Eric Tannier,Cedric Chauve Bioinformatics, 2013, 29 (23), pp.2987-2994. ⟨10.1093/bioinformatics/btt527⟩ Article dans une revue hal-00859185v1
Lateral Gene Transfer from the Dead. Gergely J Szöllosi,Eric Tannier,Nicolas Lartillot,Vincent Daubin Systematic Biology, 2013, 62 (3), pp.386-397. ⟨10.1093/sysbio/syt003⟩ Article dans une revue hal-00784662v1
Lateral gene transfer, rearrangement, reconciliation Murray Patterson,Gergely Szöllősi,Vincent Daubin,Eric Tannier BMC Bioinformatics, 2013, 14 (Suppl 15), pp.S4 Article dans une revue hal-00873233v1
Genome-scale coestimation of species and gene trees. Bastien Boussau,Gergely J Szöllosi,L. Duret,Manolo Gouy,Eric Tannieret al. Genome Research, 2013, 23 (2), pp.323-330. ⟨10.1101/gr.141978.112⟩ Article dans une revue hal-00750148v1
Lateral gene transfer as a support for the tree of life. Sophie S Abby,Eric Tannier,Manolo Gouy,Vincent Daubin Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2012, 109 (13), pp.4962-4967. ⟨10.1073/pnas.1116871109⟩ Article dans une revue hal-00752055v1
Phylogenetic modeling of lateral gene transfer reconstructs the pattern and relative timing of speciations. Gergely J Szöllosi,Bastien Boussau,Sophie S Abby,Eric Tannier,Vincent Daubin Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2012, 109 (43), pp.17513-17518. ⟨10.1073/pnas.1202997109⟩ Article dans une revue hal-00740292v1
Approximating the number of Double Cut-and-Join scenarios Istvan Miklos,Eric Tannier Theoretical Computer Science, 2012, 439, pp.30-40. ⟨10.1016/j.tcs.2012.03.006⟩ Article dans une revue istex hal-00699567v1
Evolution of gene neighborhoods within reconciled phylogenies Sèverine Bérard,Coralie Gallien,Bastien Boussau,Gergely J Szöllosi,Vincent Daubinet al. Bioinformatics, 2012, 28 (18), pp.i382-i388. ⟨10.1093/bioinformatics/bts374⟩ Article dans une revue hal-00733178v1
ANGES: reconstructing ANcestral GEnomeS maps. Bradley R Jones,Ashok Rajaraman,Eric Tannier,Cedric Chauve Bioinformatics, 2012, 28 (18), pp.2388-2390. ⟨10.1093/bioinformatics/bts457⟩ Article dans une revue hal-00733180v1
Linearization of ancestral multichromosomal genomes Ján Maňuch,Murray Patterson,Roland Wittler,Cedric Chauve,Eric Tannier BMC Bioinformatics, 2012, 13 (Suppl 19), pp.S11. ⟨10.1186/1471-2105-13-S19-S11⟩ Article dans une revue hal-00773071v1
L'époque romantique contre la peine de mort Eric Tannier incollection, 2011, --, pp.54-56 Article dans une revue hal-00698248v1
Reconstructing the architecture of the ancestral amniote genome. Aïda Ouangraoua,Eric Tannier,Cedric Chauve Bioinformatics, 2011, 27, 27 (19), pp.2664-2671. ⟨10.1093/bioinformatics/btr461⟩ Article dans une revue inria-00635016v1
HDR - Evolution combinatoire Algorithmique des chromosomes Eric Tannier incollection, 2011, --, pp.54-56 Article dans une revue hal-00698247v1
Mapping ancestral genomes with massive gene loss: a matrix sandwich problem. Haris Gavranović,Cedric Chauve,Jérôme Salse,Eric Tannier Bioinformatics, 2011, 27 (13), pp.i257-65. ⟨10.1093/bioinformatics/btr224⟩ Article dans une revue hal-00680540v1
Preface : Satellite Workshop on Comparative Genomics Research in Computational Molecular Biology (RECOMB-CG 2010) Eric Tannier Journal of Computational Biology, 2011, 18(9), pp.1-3 Article dans une revue hal-00698246v1
Ancestral grass karyotype reconstruction unravels new mechanisms of genome shuffling as a source of plant evolution. Florent Murat,Jian-Hong Xu,Eric Tannier,Michael Abrouk,Nicolas Guilhotet al. Genome Research, 2010, 20 (11), pp.1545-57. ⟨10.1101/gr.109744.110⟩ Article dans une revue hal-00680636v1
Bayesian sampling of genomic rearrangement scenarios via double cut and join. István Miklós,Eric Tannier Bioinformatics, 2010, 26 (24), pp.3012-9. ⟨10.1093/bioinformatics/btq574⟩ Article dans une revue hal-00680633v1
Cassis: detection of genomic rearrangement breakpoints. Christian Baudet,Claire Lemaitre,Zanoni Dias,Christian Gautier,Eric Tannieret al. Bioinformatics, 2010, 26 (15), pp.1897-8. ⟨10.1093/bioinformatics/btq301⟩ Article dans une revue hal-00681095v1
Detecting lateral gene transfers by statistical reconciliation of phylogenetic forests Sophie S. Abby,Eric Tannier,Manolo Gouy,Vincent Daubin BMC Bioinformatics, 2010, 11 (324), pp.13. ⟨10.1186/1471-2105-11-324⟩ Article dans une revue inria-00527151v1
Yeast ancestral genome reconstructions: the possibilities of computational methods II. Cedric Chauve,Haris Gavranovic,Aida Ouangraoua,Eric Tannier Journal of Computational Biology, 2010, 17 (9), pp.1097-112. ⟨10.1089/cmb.2010.0092⟩ Article dans une revue hal-00681091v1
Le génome aux ordres des mathématiciens Eric Tannier La Recherche, 2010, 439, pp.54-56 Article dans une revue hal-00539457v1
Palaeogenomics of plants: synteny-based modelling of extinct ancestors. Michael Abrouk,Florent Murat,Caroline Pont,Joachim Messing,Scott Jacksonet al. Trends in Plant Science, 2010, 15 (9), pp.479-87. ⟨10.1016/j.tplants.2010.06.001⟩ Article dans une revue istex hal-00681093v1
Comparative Genomics Eric Tannier incollection, 2010, 6938, pp.1-12 Article dans une revue hal-00539254v1
Multichromosomal median and halving problems under different genomic distances Eric Tannier,Chunfang Zheng,David Sankoff BMC Bioinformatics, 2009, 10 (1), pp.120. ⟨10.1186/1471-2105-10-120⟩ Article dans une revue hal-00784456v1
Computation of Perfect DCJ Rearrangement Scenarios with Linear and Circular Chromosomes Sèverine Bérard,Annie Chateau,Cedric Chauve,Christophe Paul,Eric Tannier Journal of Computational Biology, 2009, 16 (10), pp.1287-1309. ⟨10.1089/cmb.2009.0088⟩ Article dans une revue lirmm-00432670v1
Footprints of Inversions at Present and Past Pseudoautosomal Boundaries in Human Sex Chromosomes Claire Lemaitre,Marília D.V. Braga,Christian Gautier,M.-F. Sagot,Eric Tannieret al. Genome Biology and Evolution, 2009, 1(1), pp.56-66 Article dans une revue hal-00428362v1
Analysis of fine-scale mammalian evolutionary breakpoints provides new insight into their relation to genome organisation Claire Lemaitre,Lamia Zaghloul,Marie-France Sagot,Christian Gautier,Alain Arneodoet al. BMC Genomics, 2009, 10 (1), pp.335. ⟨10.1186/1471-2164-10-335⟩ Article dans une revue hal-00784451v1
Exploring the Solution Space of Sorting by Reversals, with Experiments and an Application to Evolution Marília D.V. Braga,Marie-France Sagot,Celine Scornavacca,Eric Tannier IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2008, 5 (3), pp.348-356. ⟨10.1109/TCBB.2008.16⟩ Article dans une revue hal-00428206v1
A Methodological Framework for the Reconstruction of Contiguous Regions of Ancestral Genomes and Its Application to Mammalian Genomes C. Chauve,Eric Tannier PLoS Computational Biology, 2008, 4, pp.391-410 Article dans une revue hal-00428245v1
Precise detection of rearrangement breakpoints in mammalian chromosomes Claire Lemaitre,Eric Tannier,Christian Gautier,Marie-France Sagot BMC Bioinformatics, 2008, 9 (1), pp.286. ⟨10.1186/1471-2105-9-286⟩ Article dans une revue hal-00784460v1
Sorting Signed Permutations by Reversal (Reversal Sequence) 2004; Tannier Sagot Eric Tannier incollection, 2008, --, pp.860-863 Article dans une revue hal-00428183v1
Evolution under Reversals: Parsimony and Conservation of Common Intervals Y. Diekmann,M.-F. Sagot,Eric Tannier IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2007, 4, pp.301-309 Article dans une revue hal-00434588v1
Advances on sorting by reversals Eric Tannier,A. Bergeron,M.-F. Sagot Discrete Applied Mathematics, 2007, 155, pp.881-888 Article dans une revue hal-00434657v1
On Metric Generators of Graphs András Sebő,Eric Tannier Mathematics of Operations Research, 2004, 29, pp.383-393 Article dans une revue hal-00427651v1
On a modular domination game S. Gravier,M. Mhalla,Eric Tannier Theoretical Computer Science, 2003, 306, pp.291-303 Article dans une revue hal-00427433v1

Rapport (7)

Santés en communs. Jean-Sébastien Beaulne,Anne-Laure Fougères,Blandine Mellouet-Fort,Eric Tannier Université Claude Bernard Lyon 1. 2025 Rapport (rapport de recherche) hal-05322903v1
Approche globale des éthiques dans les relations sociétés/nature Rémi Beau,Catherine Aubertin,Annabelle Aish,Anne Atlan,Sébastien Barotet al. CNRS - INEE. 2023, pp.211-219 Rapport hal-04311761v1
Sciences, Environnements et Sociétés Françoise Berthoud,Pascal Guitton,Laurent Lefèvre,Sophie Quinton,Antoine Rousseauet al. [0] Inria. 2019 Rapport hal-02340948v1
Precise detection of rearrangement breakpoints in mammalian chromosomes Claire Lemaitre,Eric Tannier,Christian Gautier,Marie-France Sagot [Research Report] RR-6533, INRIA. 2008, pp.26 Rapport (rapport de recherche) inria-00278553v2
A Methodological Framework for the Reconstruction of Contiguous Regions of Ancestral Genomes and its Application to Mammalian Genomes Eric Tannier,Cedric Chauve [Research Report] RR-6494, INRIA. 2008, pp.26 Rapport (rapport de recherche) inria-00269397v2
Perfect Sorting by Reversals Marie-France Sagot,Eric Tannier RR-5540, INRIA. 2005, pp.13 Rapport inria-00070466v1
Sorting by reversals in subquadratic time Eric Tannier,Marie-France Sagot [Research Report] RR-5097, INRIA. 2004 Rapport (rapport de recherche) inria-00071486v1

Communication dans un congrès (22)

Aevol 4b: Bridging the gap between artificial life and bioinformatics Hugo Daudey,David P. Parsons,Eric Tannier,Vincent Daubin,Bastien Boussauet al. ALIFE 2024 - International Conference for Artificial Life, Jul 2024, Copenhague, Denmark. pp.41-49, ⟨10.1162/isal_a_00716⟩ Communication dans un congrès hal-04667220v1
Back to the trees: Identifying plants with Human Intelligence Simon Castellan,Jos Käfer,Eric Tannier LIMITS 2023 - Ninth Workshop on Computing within Limits, Jul 2023, Virtuel - Online, France. pp.1-11, ⟨10.21428/bf6fb269.265c52ce⟩ Communication dans un congrès hal-04121511v1
Dating with transfers Adrián Davín,Gergely J Szöllosi,Eric Tannier,Bastien Boussau,Vincent Daubin Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, 2016, Lyon, France Communication dans un congrès hal-01394410v1
Comment la reconstruction de génomes ancestraux peut aider à l'assemblage de génomes actuels Yoann Anselmetti,Vincent Berry,Cedric Chauve,Annie Chateau,Eric Tannieret al. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, 2016, Lyon, France Communication dans un congrès hal-01394409v1
Genome Rearrangements on both Gene Order and Intergenic Regions Guillaume Fertin,Géraldine Jean,Eric Tannier WABI 2016, 2016, Aarhus, Denmark. pp.162-173 Communication dans un congrès hal-01334942v1
In silico experimental evolution provides independent and challenging benchmarks for comparative genomics Priscila Biller,Eric Tannier,Guillaume Beslon,Carole Knibbe Journées ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jun 2016, Lyon, France. pp.79-82 Communication dans un congrès hal-01375657v1
Comparative Genomics on Artificial Life Priscila Biller,Carole Knibbe,Guillaume Beslon,Eric Tannier Computability in Europe, Jun 2016, Paris, France. pp.35-44 Communication dans un congrès hal-01334930v1
Nucleotide, gene and genome evolution : a score to bind them all Wandrille Duchemin,Vincent Daubin,Eric Tannier Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, 2016, Lyon, France Communication dans un congrès hal-01394417v1
Preserving Inversion Phylogeny Reconstruction Matthias Bernt,Kun-Mao Chao,Jyun-Wei Kao,Martin Middendorf,Eric Tannier WABI 2012 - 12th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Sep 2012, Ljubljana, Slovenia. pp.1-13, ⟨10.1007/978-3-642-33122-0_1⟩ Communication dans un congrès hal-00733188v1
Guided genome halving: provably optimal solutions provide good insights into the preduplication ancestral genome of Saccharomyces cerevisiae. Haris Gavranović,Eric Tannier Pacific Symposium on Biocomputing, Jan 2010, Big Island, Hawaï, United States. pp.21-30, ⟨10.1142/9789814295291_0004⟩ Communication dans un congrès hal-00681096v1
Prediction of Contiguous Regions in the Amniote Ancestral Genome Aïda Ouangraoua,Frédéric Boyer,Andrew Mcpherson,Eric Tannier,Cedric Chauve ISBRA 2009, 5th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications,, May 2009, Fort Lauderdale, Florida, United States. ⟨10.1007/978-3-642-01551-9_18⟩ Communication dans un congrès hal-00368187v1
Yeast Ancestral Genome Reconstructions: The Possibilities of Computational Methods Eric Tannier RECOMB International Workshop on Comparative Genomics, Sep 2009, Budapest, Hungary. pp.1-12, ⟨10.1007/978-3-642-04744-2_1⟩ Communication dans un congrès istex hal-00428396v1
Multichromosomal Genome Median and Halving Problems Eric Tannier,C. Zheng,D. Sankoff International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI), Sep 2008, Karlsruhe, Germany. pp.1-13, ⟨10.1007/978-3-540-87361-7_1⟩ Communication dans un congrès istex hal-00428121v1
Advances on Stochastic Local Search Algorithms for the Genomic Median Problem Renaud Lenne,Christine Solnon,Thomas Stützle,Eric Tannier International Conference on Metaheuristics and Nature Inspired Computing (META), Oct 2008, Hammamet, Tunisie, Tunisia. pp.266-276 Communication dans un congrès hal-01542519v1
Perfect DCJ rearrangement Annie Chateau,Cedric Chauve,Sèverine Bérard,Eric Tannier,Christophe Paul RECOMB-CG: Comparative Genomics, Oct 2008, Paris, France. pp.158-169, ⟨10.1007/978-3-540-87989-3_12⟩ Communication dans un congrès lirmm-00327258v1
Reactive Stochastic Local Search Algorithms for the Genomic Median Problem R. Lenne,Christine Solnon,T. Stützle,Eric Tannier,M. Birattari European Conference on Evolutionary Computation in Combinatorial Optimization (EvoCOP), Mar 2008, Naples, Italy. pp.266-276, ⟨10.1007/978-3-540-78604-7_23⟩ Communication dans un congrès istex hal-00428150v1
Prédiction de synténies dans le génome ancestral des amniotes F. Boyer,C. Chauve,Eric Tannier Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques, JOBIM 2008, Dec 2008, Vancouver, Canada. pp.141-148 Communication dans un congrès hal-00428137v1
The solution space of sorting by reversals Marília D.V. Braga,Marie-France Sagot,Celine Scornavacca,Eric Tannier 3rd International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA 2007), May 2007, Atlanta, GA, United States. pp.293-304, ⟨10.1007/978-3-540-72031-7_27⟩ Communication dans un congrès istex hal-00434566v1
Effective Stochastic Local Search Algorithms for the Genomic Median Problem Renaud Lenne,Christine Solnon,Thomas Stützle,Eric Tannier,Mauro Birattari Doctoral Symposium on Engineering Stochastic Local Search Algorithms (SLS-DS), Sep 2007, Bruxelles, Belgium. pp.1-5 Communication dans un congrès hal-01542514v1
Perfect sorting by reversals M.-F. Sagot,Eric Tannier International Computing and Combinatorics Conference, Aug 2005, Kunming, China. pp.42-51, ⟨10.1007/11533719_7⟩ Communication dans un congrès istex hal-00427848v1
Sorting by reversals in subquadratic time Eric Tannier,M.-F. Sagot Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM), Jul 2004, Istanbul, Turkey. pp.1-13, ⟨10.1007/978-3-540-27801-6_1⟩ Communication dans un congrès istex hal-00427659v1
Connected Joins in Graphs András Sebő,Eric Tannier International Conference on Integer Programming and Combinatorial Optimization (IPCO), Jun 2001, Utrecht, Netherlands. pp.383-395 Communication dans un congrès hal-00427193v1

Chapitre d'ouvrage (6)

Seaview Version 5: A Multiplatform Software for Multiple Sequence Alignment, Molecular Phylogenetic Analyses, and Tree Reconciliation Manolo Gouy,Eric Tannier,Nicolas Comte,David Parsons Multiple Sequence Alignment, 2231, Humana, pp.241-260, 2021, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-1036-7_15⟩ Chapitre d'ouvrage hal-03065564v1
Ancestral Genome Organization as a Diagnosis Tool for Phylogenomics Eric Tannier,Adelme Bazin,Adrián Davín,Laurent Guéguen,Sèverine Bérardet al. Scornavacca, Celine; Delsuc, Frédéric; Galtier, Nicolas. Phylogenetics in the Genomic Era, No commercial publisher | Authors open access book, pp.2.5:1--2.5:19, 2020 Chapitre d'ouvrage hal-02535466v1
Comparative Methods for Reconstructing Ancient Genome Organization Yoann Anselmetti,Nina Luhmann,Sèverine Bérard,Eric Tannier,Cedric Chauve Comparative Genomics: Methods and Protocols, pp.343 - 362, 2017, ⟨10.1007/978-1-4939-7463-4_13⟩ Chapitre d'ouvrage hal-03192460v1
Ancestral Reconstruction: Theory and Practice Mathieu Groussin,Vincent Daubin,Eric Tannier,Manolo Gouy Richard M. Kliman. Encyclopedia of Evolutionary Biology, Elsevier, pp.70-77, 2016, ⟨10.1016/B978-0-12-800049-6.00166-9⟩ Chapitre d'ouvrage hal-01334934v1
Sorting Signed Permutations by Reversal (Reversal Sequence) Eric Tannier Kao, Ming-Yang. Encyclopedia of Algorithms, Springer, pp.2028-2032, 2016, 978-1-4939-2863-7 Chapitre d'ouvrage hal-01334936v1
Duplication, Rearrangement and Reconciliation: A Follow-Up 13 Years Later Cedric Chauve,Nadia El-Mabrouk,Laurent Gueguen,Magali Semeria,Eric Tannier Models and Algorithms for Genome Evolution, 19, Springer, pp.47-62, 2013, Series Computational Molecular Biology, 978-1-4471-5297-2 Chapitre d'ouvrage hal-00847155v1

Article de blog scientifique (1)

La fin d'un tout petit monde Eric Tannier 2020 Article de blog scientifique hal-02591841v1

Autre publication scientifique (1)

MaxTiC: Fast Ranking Of A Phylogenetic Tree By Maximum Time Consistency With Lateral Gene Transfers Cédric Chauve,Akbar A Rafiey,Adrian A Davin,Celine Scornavacca,Philippe Veberet al. 2017, ⟨10.1101/127548⟩ Autre publication scientifique hal-01532738v3

HDR (1)

Evolution Combinatoire, Algorithmique des Chromosomes Eric Tannier Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Claude Bernard - Lyon I, 2011 HDR tel-00750199v1

Proceedings/Recueil des communications (2)

Comparative genomics : international workshop, RECOMB-CG 2010, Ottawa, Canada, October 9-11, 2010 : proceedings Eric Tannier Eric Tannier. International Workshop on Comparative Genomics, Oct 2010, Ottawa, Canada. Springer, 2010, Lecture notes in computer science, 978-3-642-16180-3 Proceedings/Recueil des communications hal-02091309v1
RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics Eric Tannier 8. Annual RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics, 2010, Ottawa, Canada. Springer, pp.303, 2010, 978-3-642-16181-0 Proceedings/Recueil des communications hal-00748561v1