Estelle Chaix

Publications

Article dans une revue (18)

Mitigating COVID-19 in meat processing plants: what have we learned from cluster investigations? Pauline Kooh,Yvonnick Guillois,Michel Federighi,Mathilde Pivette,Anne-Laure Maillardet al. Frontiers in Public Health, 2024, 12, pp.1432332. ⟨10.3389/fpubh.2024.1432332⟩ Article dans une revue anses-04690827v1
Omnicrobe, an open-access database of microbial habitats and phenotypes using a comprehensive text mining and data fusion approach Sandra Dérozier,Robert Bossy,Louise Deléger,Mouhamadou Ba,Estelle Chaixet al. PLoS ONE, 2023, 18 (1), pp.e0272473. ⟨10.1371/journal.pone.0272473⟩ Article dans une revue hal-03984703v1
Persistance du SARS-CoV-2, responsable de la COVID-19, sur les aliments et les surfaces des ateliers en industries agroalimentaires Estelle Chaix,Ngoc-Du Martin Luong,Sandra Martin-Latil Industries Alimentaires et Agricoles, 2023, pp.23-27 Article dans une revue anses-04143993v1
An agent-based model to simulate SARS-CoV-2 contamination of surfaces and meat cuts in processing plants Ngoc-Du Martin Luong,Laurent Guillier,Michel Federighi,Yvonnick Guillois,Pauline Koohet al. International Journal of Food Microbiology, 2023, 404, pp.110321. ⟨10.1016/j.ijfoodmicro.2023.110321⟩ Article dans une revue anses-04169721v1
Risk of Monkeypox virus (MPXV) transmission through the handling and consumption of food Estelle Chaix,Mickaël Boni,Laurent Guillier,Stéphane Bertagnoli,Alexandra Mailleset al. Microbial Risk Analysis, 2022, 22, pp.100237. ⟨10.1016/j.mran.2022.100237⟩ Article dans une revue anses-03898801v1
Vente de produits en vrac : comment la mettre en place en toute sécurité ? Estelle Chaix,Elissa Khamisse,Stéphane Leconte,Pauline Kooh,Cécilia Solalet al. The Conversation France, 2022 Article dans une revue anses-03564720v1
Database of SARS-CoV-2 and coronaviruses kinetics relevant for assessing persistence in food processing plants Ngoc-Du Martin Luong,Laurent Guillier,Sandra Martin-Latil,Christophe Batejat,India Leclercqet al. Scientific Data , 2022, 9 (1), pp.654. ⟨10.1038/s41597-022-01763-y⟩ Article dans une revue anses-03832274v1
Guidance Level for Brevetoxins in French Shellfish Nathalie Arnich,Eric Abadie,Zouher Amzil,Marie-Yasmine Dechraoui Bottein,Katia Comteet al. Marine drugs, 2021, 19 (9), pp.520. ⟨10.3390/md19090520⟩ Article dans une revue anses-03350437v1
Modelling the inactivation of viruses from the Coronaviridae family in response to temperature and relative humidity in suspensions or surfaces. Laurent Guillier,Sandra Martin-Latil,Estelle Chaix,Anne Thébault,Nicole Pavioet al. Applied and Environmental Microbiology, 2020, 86 (18), pp.e01244-20. ⟨10.1128/AEM.01244-20⟩ Article dans une revue pasteur-02908234v1
Text-mining tools for extracting information about microbial biodiversity in food Estelle Chaix,Louise Deleger,Robert Bossy,Claire Nédellec Food Microbiology, 2019, 81, pp.63-75. ⟨10.1016/j.fm.2018.04.011⟩ Article dans une revue hal-02628265v1
Validation of a predictive model coupling gas transfer and microbial growth in fresh food packed under modified atmosphere Valérie Guillard,Olivier Couvert,Valérie Stahl,Aurélie Hanin,Catherine Deniset al. Food Microbiology, 2016, 58, pp.43-55. ⟨10.1016/j.fm.2016.03.011⟩ Article dans une revue istex hal-01607135v1
CO2 and O2 solubility and diffusivity data in food products stored in data warehouse structured by ontology Valérie V. Guillard,Patrice Buche,Juliette Dibie-Barthelemy,Stéphane Dervaux,Filippo Acerbiet al. Data in Brief, 2016, 7, pp.1556-1559. ⟨10.1016/j.dib.2016.04.044⟩ Article dans une revue (data paper) hal-01357730v1
Performance of a non-invasive methodology for assessing oxygen diffusion in liquid and solid food products Estelle Chaix,Carole Guillaume,Nathalie Gontard,Valérie Guillard Journal of Food Engineering, 2016, 171, pp.87-94. ⟨10.1016/j.jfoodeng.2015.10.014⟩ Article dans une revue istex hal-01269384v1
Conception assistée d’emballage sous atmosphère modifiée Dominique Thuault,Estelle Chaix,Rim Touhami,Véronique Huchet,Patrice Bucheet al. Industries Alimentaires et Agricoles, 2015, Dossier Emballage (sept-oct), pp.18-24 Article dans une revue (article de synthèse) hal-01231247v1
Diffusivity and solubility of CO2 in dense solid food products Estelle Chaix,Carole Guillaume,Nathalie Gontard,Valérie Guillard Journal of Food Engineering, 2015, 166, pp.1-9. ⟨10.1016/j.jfoodeng.2015.05.023⟩ Article dans une revue hal-01269248v1
Mechanistic model coupling gas exchange dynamics and Listeria monocytogenes growth in modified atmosphere packaging of non respiring food Estelle Chaix,Bertrand Broyart,O. Couvert,Carole Guillaume,Nathalie Gontardet al. Food Microbiology, 2015, 51, pp.192-205. ⟨10.1016/j.fm.2015.05.017⟩ Article dans une revue istex hal-01269206v1
Predictive microbiology coupled with gas (O2/CO2) transfer in food/packaging systems: how to develop an efficient decision support tool for food packaging dimensioning Estelle Chaix,Olivier Couvert,Carole Guillaume,Nathalie N. Gontard,Valérie Guillard Comprehensive Reviews in Food Science and Food Safety, 2015, 14 (1), pp.1-21. ⟨10.1111/1541-4337.12117⟩ Article dans une revue hal-02632580v1
Oxygen and Carbon Dioxide Solubility and Diffusivity in Solid Food Matrices: A Review of Past and Current Knowledge Estelle Chaix,Carole Guillaume,Valérie Guillard Comprehensive Reviews in Food Science and Food Safety, 2014, 13 (3), pp.261 - 286. ⟨10.1111/1541-4337.12058⟩ Article dans une revue hal-01268528v1

Rapport (8)

Avis de l'Anses relatif à la caractérisation et évaluation des impacts sur la santé de la consommation d’aliments dits ultratransformés Nicolas Cabaton,Marie-Christine Chagnon,Sébastien Antherieu,Claude Atgie,Christelle Autugelleet al. Saisine n°2022-SA-0155, Anses. 2025, 104 p Rapport (rapport d’expertise collective) anses-05064023v1
Avis de l'Anses relatif à la fièvre hémorragique de Crimée-Congo Nadia Haddad,Stéphane Bertagnoli,Julie Figoni,Vincent Legros,Yves Millemannet al. Saisine n°2023-SA-0194, Anses. 2024, 39 p Rapport (rapport d’expertise collective) anses-04509655v1
Avis de l’Anses relatif aux « projet de décret relatif aux eaux réutilisées dans les entreprises du secteur alimentaire et portant diverses dispositions relatives à la sécurité sanitaire des eaux destinées à la consommation humaine et projet d’arrêté relatif à l’autorisation de production et d’utilisation d’eau réutilisée en vue de la préparation et de la conservation dans les entreprises alimentaires de toutes denrées et marchandises destinées à l’alimentation humaine » Gilles Bornert,Jean-François Humbert,Anne Togola,Jean Baron,Jean-Luc Boudenneet al. Saisine n°2023-SA-0088, Anses. 2023, 63 p Rapport (rapport d’expertise collective) anses-04651838v1
Avis de l'Anses relatif aux modalités de maîtrise du risque lié à la présence de dangers microbiologiques dans les fromages et autres produits laitiers fabriqués à partir de lait cru Florence Dubois-Brissonnet,Frédéric Auvray,Olivier Cerf,Céline Delbès,Philippe Fravaloet al. Saisine n°2019-SA-0033, Anses. 2022, 126 p Rapport (rapport d’expertise collective) anses-03889040v1
Avis de l’Anses portant sur des « recommandations relatives à la réduction du risque de transmission du virus Monkeypox (MPXV) lié à la manipulation et la consommation des denrées alimentaires Nadia Haddad,Stéphane Bertagnoli,Mickaël Boni,Olivier Ferraris,Alexandra Mailleset al. Saisine n° 2022-SA-0110, Anses. 2022, 33 p Rapport (rapport d’expertise collective) anses-04026519v1
Note d’appui scientifique et technique de l'Anses relative à un projet de décret prévoyant une liste d’exceptions à l’obligation de vente en vrac prévue à l’art. L. 120-1 du Code de la consommation pour des raisons de santé publique Alain Aymard,Corine Bayourthe,Bernard Caron,Catherine Chubilleau,Isabelle Desporteset al. Saisine n°2021-SA-0051, Anses. 2021, 71 p Rapport (rapport d’expertise collective) anses-04372502v1
Les brévétoxines dans les coquillages, données de toxicité, d’occurrence et microalgues productrices Raphaële Le Garrec,Eric Abadie,Zouher Amzil,Marie-Yasmine Bottein,Katia Comteet al. [0] Saisine n° 2020-SA-0020, Anses. 2021, pp.180 Rapport (rapport d’expertise collective) anses-03338904v1
Note d’appui scientifique et technique de l’Anses relatif au traitement thermique des coquillages contaminés par des norovirus Laurent Guillier,Nathalie Arnich,Estelle Chaix,Moez Sanaa,Anne Thebault Saisine n°2020-SA-0128, Anses. 2020, 8 p Rapport (rapport technique) anses-04509967v1

Communication dans un congrès (22)

Sale of food products without packaging: the consumer as a key player in food safety Estelle Chaix,Nathalie Arnich,Bernard Caron,Catherine Chubilleau,Alain Gonthieret al. SafeConsume International Conference, Jun 2022, Bucharest, Romania Communication dans un congrès hal-03719766v1
MPV : Réservoirs animaux, risques de transmission aux animaux autochtones hors d’Afrique Nadia Haddad,Christophe Cordevant,Estelle Chaix,Florence Etoré,Catherine Collignon 42ème réunion interdisciplinaire de Chimiothérapie anti-infectieuse (RICAI), ACAI, Dec 2022, Paris Palais des congrès, France Communication dans un congrès hal-04533392v1
Bacteria Biotope at BioNLP Open Shared Tasks 2019 Robert Bossy,Louise Deleger,Estelle Chaix,Mouhamadou Ba,Claire Nédellec 5th Workshop on BioNLP Open Shared Tasks BioNLP-OST@EMNLP-IJCNLP 2019, Association for Computational Linguistics, Jin-Dong Kim; Claire Nédellec; Robert Bossy; Louise Deléger, Nov 2019, Hong-Kong, Hong Kong SAR China. ⟨10.18653/v1/D19-5719⟩ Communication dans un congrès hal-02437609v1
A text mining approach to enhance knowledge of food microorganisms Estelle Chaix,Robert R. Bossy,Louise Deleger,Claire Nédellec Next Generation Challenges in Food Microbiology, FoodMicro, Aug 2018, Athens, Greece Communication dans un congrès hal-04420417v1
Recovering the complexity in scientific knowledge: towards automatically reconstructing the maize floral transition gene regulatory network Adrienne Ressayre,Natalia Conde E Silva,Catherine Damerval,Fabien Chardon,Yves Deveauxet al. International Conférence on Ecological Science, Oct 2018, Paris, France Communication dans un congrès hal-04420441v1
L'ontologie OntoBiotope pour l'étude de la biodiversité microbienne Claire Nédellec,Estelle Chaix,Robert Bossy,Louise Deleger,Sandra Derozieret al. EGC'2018: 18èmes Conférence Internationale sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances, Jan 2018, Paris, France Communication dans un congrès hal-02737399v1
Reconstruction and visualisation of gene regulatory networks from different provenances : application at Arabidopsis thaliana Estelle Chaix,Robert Bossy,Claire Nédellec BLAH4, Jan 2018, Tokyo, Japan. 2 p Communication dans un congrès hal-02786388v1
Florilège: a database gathering microbial phenotypes of food interest Hélène Falentin,Estelle Chaix,Bedis Dridi,Philippe Bessieres,S Buchinet al. 2017 Scientific MEM days: Journées scientifiques MEM (Métaomiques et écosystèmes microbiens), Jan 2017, Paris, France Communication dans un congrès hal-01607327v1
Text-mining and ontologies: new approaches to knowledge discovery of microbial diversity Claire Nédellec,Robert Bossy,Estelle Chaix,Louise Deleger 4th International Conference on Microbial Diversity 2017, Oct 2017, Bari, Italy Communication dans un congrès hal-02736151v1
Integration of Alvis within the OpenMinTeD platform as Galaxy utilities Jean-Baptiste Bohuon,Mouhamadou Ba,Estelle Chaix,Robert Bossy,Claire Nédellec Galaxy Community Conference, Jun 2017, Montpellier, France. pp.1, ⟨10.5281/zenodo.200370⟩ Communication dans un congrès hal-01556276v1
Text-mining needs of the food microbiology research community Estelle Chaix,Sophie Aubin,Louise Deleger,Claire Nédellec 2017 EFITA WCCA Congress, Jul 2017, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-01580677v1
Text mining tools for extracting information about microbial biodiversity in food Estelle Chaix,Louise Deleger,Robert Bossy,Claire Nédellec Microbial Spoilers in Food 2017, Association pour le Développement de la Recherche Appliquée aux Industries Agricoles et Alimentaires (ADRIA). FRA., Jun 2017, Quimper, France. pp.95 Communication dans un congrès hal-01602552v1
Overview of the bacteria biotope task at BioNLP shared task Louise Deleger,Robert Bossy,Estelle Chaix,Mouhamadou Ba,Arnaud Ferréet al. BioNLP Shared Task, Aug 2016, Berlin, Germany. pp.101 Communication dans un congrès hal-01455857v1
Shared Task SeeDev : Extraction de régulations impliquées dans le développement de la graine d’Arabidopsis thaliana à partir de publications scientifiques Estelle Chaix,Bertrand Dubreucq,Dialekti Valsamou,Abdelhak Fatihi,Louise Delegeret al. Les journées Bioinformatique de l'Inra, Mar 2016, Montpellier, France. pp.1 Communication dans un congrès hal-01455855v1
OntoBiotope: une ontologie pour croiser les habitats microbiens avec les analyses de génomes. Robert Bossy,Estelle Chaix,Louise Deleger,Arnaud Ferré,Mouhamadou Baet al. Les journées Bioinformatique de l'Inra, Mar 2016, Montpellier, France. pp.1 Communication dans un congrès hal-01455856v1
Overview of the regulatory network of plant seed development (SeeDev) task at the BioNLP shared task 2016 Estelle Chaix,Bertrand Dubreucq,Abdelhak Fatihi,Dialekti Valsamou,Robert Bossyet al. BioNLP Shared Task, Aug 2016, Berlin, Germany. pp.113 Communication dans un congrès hal-01455854v1
Information extraction challenge Gene Regulation Network in Arabidopsis thaliana (GRNA) Estelle Chaix,Bertrand Dubreucq,Dialekti Valsamou,Abdelhak Fatihi,Robert Bossyet al. Paris-Saclay Center for Data Science: Open Software Initiative (OSI), Oct 2015, Orsay, France. pp.14 slides, ⟨10.13140/RG.2.1.4286.6326⟩ Communication dans un congrès hal-01603453v1
Information extraction from articles for the elaboration of the regulatory networks involved in Arabidopsis seed development Bertrand Dubreucq,Dialekti Valsamou,Abdelhak Fatihi,Estelle Chaix,Robert Bossyet al. 26th International Conference on Arabidopsis Research, Jul 2015, Paris, France Communication dans un congrès hal-01524850v1
Knowledge model of regulatory networks involved in Arabidopsis seed development for information extraction and integration from text Estelle Chaix,Bertrand Dubreucq,Dialekti Valsamou,Abdelhak Fatihi,Robert Bossyet al. BioCreative 5, Sep 2015, Madrid, Spain Communication dans un congrès hal-01512197v1
Les gaz et l'aliment. Les éléments déterminant de l'efficacité des gaz vis-à-vis des microorganismes Estelle Chaix Efficacité des atmosphères modifiées sur la qualité microbiologique des aliments, Association pour le Développement de la Recherche Appliquée aux Industries Agricoles et Alimentaires (ADRIA). FRA., Sep 2015, Saint Pierre de Quiberon, France Communication dans un congrès hal-01603755v1
CO2 kinetics in cheese matrix at 20°C position from interface (mm) A new methodology to monitor CO 2 transfer and determine its diffusivity and solubility in solid food Estelle Chaix,Valérie Guillard 2012 EFFoST Annual Meeting - A Lunch Box for Tomorrow : An interactive combination of integrated analysis and specialized knowledge of food, Nov 2012, Montpellier, France. pp.1 Communication dans un congrès hal-01601871v1
Evaluation of O2 transfer in the food/packaging system for a better shelf life evaluation of modified atmosphere food packaging. Estelle Chaix,Valérie Guillard 2012 EFFoST Annual Meeting - A Lunch Box for Tomorrow : An interactive combination of integrated analysis and specialized knowledge of food, Nov 2012, Montpellier, France. pp.2 Communication dans un congrès hal-01601670v1

Autre publication scientifique (3)

Bacteria biotope annotation guidelines Robert Bossy,Claire Nédellec,Julien Jourde,Mouhamadou Ba,Estelle Chaixet al. 2019, 30 p Autre publication scientifique hal-02787110v1
Overview of the Regulatory Network of Plant Seed Development (SeeDev) Task at the BioNLP Shared Task 2016. Estelle Chaix,Bertrand Dubreucq,Abdelhak Fatihi,Dialekti Valsamou,Robert Bossyet al. 2016, pp.1-11. ⟨10.18653/v1/W16-3001⟩ Autre publication scientifique hal-04382866v1
Annotation Guidelines BIONLP-ST 2016 SeeDev task Estelle Chaix,Bertrand B. Dubreucq,Dialekti Valsamou,Abdelhak Fatihi,Louise Delegeret al. 2016, pp.47 Autre publication scientifique hal-02795594v1

Pré-publication, Document de travail (1)

Omnicrobe, an open-access database of microbial habitats and phenotypes using a comprehensive text mining and data fusion approach Sandra Dérozier,Robert Bossy,Louise Deléger,Mouhamadou Ba,Estelle Chaixet al. 2022 Pré-publication, Document de travail (preprint/prepublication) hal-03828105v1

Poster de conférence (13)

Dérèglement climatique et pratiques alimentaires : explorer les tendances émergentes pour anticiper les enjeux sanitaires associés Yann Le Bodo,Romaric Caillet,Estelle Chaix Congrès SFSE 2025, Nov 2025, Montpellier, France. Poster de conférence anses-05395210v1
SafeFood4ClimDiet : dérèglement climatique, nouvelles pratiques alimentaires et émergence de risques microbiologiques Estelle Chaix,Romaric Caillet,Géraldine Carne,Louise Deléger,Dérozier Sandraet al. Microbes 2025, Sep 2025, Bordeaux, France. 20e congrès national de la Société Française de Microbiologie - du 24 au 26 septembre 2025 - Palais des Congrès de Bordeaux, France - Livre des résumés, pp.Page 336 Poster de conférence hal-05312380v1
Risque de transmission du virus Monkeypox par la manipulation et la consommation d'aliments Estelle Chaix,Mickaël Boni,Laurent Guillier,Stéphane Bertagnoli,Alexandra Mailleset al. John Libbey Eurotext. XXVIes Journées francophones de virologie, Apr 2024, Bruxelles, Belgique. , Virologie, 28 (2), 2024 Poster de conférence anses-04574028v1
Une base de données pour évaluer la persistance du SARS-CoV-2 dans les ateliers de transformation des aliments Ngoc-Du Martin Luong,Sandra Martin-Latil,Christophe Batéjat,India Leclercq,Christine Druesneet al. John Libbey Eurotext. XXVIes Journées francophones de virologie, Apr 2024, Bruxelles, Belgique. , Virologie, 28 (2), 2024 Poster de conférence anses-04574016v1
Pathobiome analyses in vegetable food products Anne-Laure Boutigny,Quentin Pouderoux,Christine Tayeh,A. Fraisse,Jaime Aguayoet al. 12th International Congress of Plant Pathology, Aug 2023, LYON, France. , Poster Poster de conférence anses-04450015v1
An agent-based model to predict SARS-CoV-2 contamination of surfaces and meat cuts in processing plants Ngoc-Du Martin Luong,Laurent Guillier,Estelle Chaix,Michel Federighi,Pauline Koohet al. FoodMicro2022, Aug 2022, Athene, Greece. Poster de conférence anses-03903173v1
Omnicrobe : une base de données d’habitats et de phénotypes microbiens Hélène Falentin,Olivier Harlé,Sandra Derozier,Louise Deléger,Estelle Chaixet al. 23ème édition du colloque du Club des Bactéries Lactiques, Jun 2022, Rennes, France. , 2022 Poster de conférence hal-03694214v1
Omnicrobe, an open-access database of microbial habitats, phenotypes and uses extracted from text Sandra Dérozier,Robert Bossy,Louise Deléger,Mouhamadou Ba,Estelle Chaixet al. JOBIM 2022, Jul 2022, Rennes, France. , Proceedings Posters Demos, pp.42 Poster de conférence hal-04061565v1
Project SACADA: SARS-CoV-2 transmission in meat processing plants Estelle Chaix,Christophe Batéjat,Géraldine Boué,Steven Duret,Michel Federighiet al. FoodMicro2022, Aug 2022, Athene, Greece. Poster de conférence anses-03903141v1
Florilege, a database gathering microbial habitats, phenotypes and uses Sandra Derozier,Louise Deleger,Estelle Chaix,Reda Mekdad,Mouhamadou Baet al. JOBIM 2020, Jun 2020, Montpellier, France Poster de conférence hal-02904156v1
FLORILEGE: an integrative database using text mining and ontologies Estelle Chaix,Sandra Derozier,Louise Deleger,Hélène Falentin,Jean-Baptiste Bohuonet al. JOBIM 2018, Jul 2018, Marseille, France. , 2018, ABSTRACTS JOBIM 2018 Poster de conférence hal-01827946v1
Florilege : a database gathering microbial phenotypes of food interest Hélène Falentin,Estelle Chaix,Bedis Dridi,Philippe Bessieres,S Buchinet al. 4. International Conference on Microbial Diversity 2017, Oct 2017, Bari, Italy. , 2017 Poster de conférence hal-01651302v1
A decision support tool to predict mass transfer and microorganism growth in modified atmosphere packagingof fresh food products Estelle Chaix,Bertrand Broyart,Carole Guillaume,Olivier Couvert,Valérie Guillard 2012 EFFoST Annual Meeting - A Lunch Box for Tomorrow : An interactive combination of integrated analysis and specialized knowledge of food, Nov 2012, Montpellier, France. 2012 Poster de conférence hal-01628134v1

Thèse (1)

Caractérisation et modélisation des transferts de gaz (O2 /CO2) dans le système emballage/aliment en lien avec les réactions de croissance microbienne (microbiologie prévisionnelle) Estelle Chaix Chemical and Process Engineering. Université Montpellier 2 (Sciences et Techniques), 2014. English. ⟨NNT : ⟩ Thèse tel-02800533v1