Fabien HALKETT

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Approximate Bayesian Computation applied to time series of population genetic data disentangles rapid genetic changes and demographic variations in a pathogen population

Méline Saubin , Aurélien Tellier , Solenn Stoeckel , Axelle Andrieux , Fabien Halkett
Molecular Ecology, 2024, 33 (10), ⟨10.1111/mec.16965⟩
Article dans une revue hal-04122413 v1
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A mechanistic-statistical approach to infer dispersal and demography from invasion dynamics, applied to a plant pathogen

Méline Saubin , Jérôme Coville , Constance Xhaard , Pascal Frey , Samuel Soubeyrand et al.
Peer Community Journal, 2024, 4, pp.e9. ⟨10.24072/pcjournal.356⟩
Article dans une revue hal-04430456 v1
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Neutral genetic structuring of pathogen populations during rapid adaptation

Méline Saubin , Solenn Stoeckel , Aurélien Tellier , Fabien Halkett
Journal of Heredity, In press, 116, pp.62-77. ⟨10.1093/jhered/esae036⟩
Article dans une revue hal-04792713 v1
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A point mutation and large deletion at the candidate avirulence locus AvrMlp7 in the poplar rust fungus correlate with poplar RMlp7 resistance breakdown

Clémentine Louet , Méline Saubin , Axelle Andrieux , Antoine Persoons , Mathilde Gorse et al.
Molecular Ecology, 2023, 32 (10), pp.2472-2483. ⟨10.1111/mec.16294⟩
Article dans une revue hal-03510966 v1
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Improving sustainable crop protection using population genetics concepts

Méline Saubin , Clémentine Louet , Lydia Bousset , Frédéric Fabre , Pascal Frey et al.
Molecular Ecology, 2023, 32 (10), pp.2461-2471. ⟨10.1111/mec.16634⟩
Article dans une revue (article de synthèse) hal-03394837 v2
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Airborne versus soilborne inoculum: White mould, where do you come from?

Christel Leyronas , Fabien Halkett , Vincent Faloya
Plant Pathology, 2023, 72 (4), pp.651-839. ⟨10.1111/ppa.13699⟩
Article dans une revue hal-03951281 v1
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Mise au point d’un automate et d’une méthode d’analyse d’images pour le suivi de cinétiques d’infection par un champignon pathogène foliaire

Bénédicte Fabre , Pierre Santerre Filleux D’arrentières , Christophe Bailly , Jérôme Demaison , Jérémy Pétrowski et al.
NOV'AE, 2023, 15, pp.1-9. ⟨10.17180/novae-2023-NO-art15⟩
Article dans une revue hal-04620316 v1
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Genomic Signatures of a Major Adaptive Event in the Pathogenic Fungus Melampsora larici-populina

Antoine Persoons , Agathe Maupetit , Clémentine Louet , Axelle Andrieux , Anna Lipzen et al.
Genome Biology and Evolution, 2022, 14 (1), 14 p. ⟨10.1093/gbe/evab279⟩
Article dans une revue hal-03606205 v1
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Impact of ploidy and pathogen life cycle on resistance durability

Méline Saubin , Stéphane de Mita , Xujia Zhu , Bruno Sudret , Fabien Halkett
Peer Community Journal, 2021, 1, pp.e8. ⟨10.24072/pcjournal.10⟩
Article dans une revue hal-03610230 v1
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Evolution of morphological but not aggressiveness‐related traits following a major resistance breakdown in the poplar rust fungus, Melampsora larici‐populina

Agathe Maupetit , Bénédicte Fabre , Jérémy Pétrowski , Axelle Andrieux , Stéphane de Mita et al.
Evolutionary Applications, 2021, 14 (2), pp.513-523. ⟨10.1111/eva.13136⟩
Article dans une revue hal-03052529 v1
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A dynamic game approach to uninvadable strategies for biotrophic pathogens

Ivan Yegorov , Frédéric Grognard , Ludovic L. Mailleret , Fabien Halkett , Pierre Bernhard
Dynamic Games and Applications, 2020, 10, pp.257-296. ⟨10.1007/s13235-019-00307-1⟩
Article dans une revue hal-02147836 v1
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Defense Compounds Rather Than Nutrient Availability Shape Aggressiveness Trait Variation Along a Leaf Maturity Gradient in a Biotrophic Plant Pathogen

Agathe Maupetit , Romain Larbat , Michaël Pernaci , Axelle Andrieux , Cécile Guinet et al.
Frontiers in Plant Science, 2018, 9, pp.1-13. ⟨10.3389/fpls.2018.01396⟩
Article dans une revue hal-01901489 v1
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Émergence de maladies sur peupliers ou la course aux armements entre l’améliorateur et les maladies (Résumé)

Pascal Frey , Katherine J. Hayden , Fabien Halkett
Revue forestière française, 2018, 70 (6), pp.643-644. ⟨10.4267/2042/70315⟩
Article dans une revue hal-03447441 v1
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Five years investigation of female and male genotypes in périgord black truffle (Tuber melanosporum Vittad.) revealed contrasted reproduction strategies

Herminia de La Varga Pastor , François Le Tacon , Mélanie Lagoguet , Flora Todesco , Torda Varga et al.
Environmental Microbiology, 2017, 19 (7), pp.2604-2615. ⟨10.1111/1462-2920.13735⟩
Article dans une revue hal-01595244 v1

ClonEstiMate, a Bayesian method for quantifying rates of clonality of populations genotyped at two-time steps

Ronan Becheler , Jean-Pierre Masson , Sophie Arnaud-Haond , Fabien Halkett , Stéphanie Mariette et al.
Molecular Ecology Resources, 2017, 17 (6), pp.e251-e267. ⟨10.1111/1755-0998.12698⟩
Article dans une revue hal-01608371 v1
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The escalatory Red Queen

Antoine Persoons , Katherine Hayden , Bénédicte Fabre , Pascal Frey , Stéphane de Mita et al.
Molecular Ecology, 2017, 26 (7), pp.1902-1918. ⟨10.1111/mec.13980⟩
Article dans une revue hal-01564550 v1
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Genetic Diversity and Origins of the Homoploid-Type Hybrid Phytophthora ×alni

Jaime Aguayo , Fabien Halkett , Claude Husson , András Szigethy , József Bakonyi et al.
Applied and Environmental Microbiology, 2016, 82 (24), pp.7142-7153. ⟨10.1128/AEM.02221-16⟩
Article dans une revue hal-01494736 v1
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Genetic signatures of a range expansion in natura: when clones play leapfrog

Ronan Becheler , Constance Xhaard , Etienne K. Klein , Katherine J. Hayden , Pascal Frey et al.
Ecology and Evolution, 2016, 6 (18), pp.6625-6632. ⟨10.1002/ece3.2392⟩
Article dans une revue hal-01512000 v1
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Relationship between the genetic characteristics of Botrytis sp. airborne inoculum and meteorological parameters, seasons and the origin of air masses

Christel Leyronas , Fabien Halkett , Philippe C. Nicot
Aerobiologia, 2015, 31 (3), pp.367-380. ⟨10.1007/s10453-015-9370-x⟩
Article dans une revue hal-01268891 v1

Dynamique de la reproduction sexuée.

Claude Murat-Furminieux , Herminia de La Varga Pastor , Emila Akroume , François Le Tacon , Christophe Robin et al.
Le Trufficulteur Français, 2014, 87 (2), pp.14
Article dans une revue hal-01269190 v1
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Genome-wide patterns of segregation and linkage disequilibrium: the construction of a linkage genetic map of the poplar rust fungus Melampsora larici-populina

Michaël Pernaci , Stéphane de Mita , Axelle Andrieux , Jeremy Petrowski , Fabien Halkett et al.
Frontiers in Plant Science, 2014, 5, ⟨10.3389/fpls.2014.00454⟩
Article dans une revue hal-01269013 v1
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Patterns of genomic variation in the poplar rust fungus Melampsora larici-populina identify pathogenesis-related factors

Antoine Persoons , Emmanuelle Morin , Christine Delaruelle , Thibaut Payen , Fabien Halkett et al.
Frontiers in Plant Science, 2014, 5, ⟨10.3389/fpls.2014.00450⟩
Article dans une revue hal-01269012 v1
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Strong Genetic Differentiation Between North American and European Populations of Phytophthora alni subsp. uniformis.

Jaime Aguayo-Silva , Gerard C. Adams , Fabien Halkett , Mursel Catal , Claude Husson et al.
Phytopathology, 2013, 103 (2), pp.190-199. ⟨10.1094/PHYTO-05-12-0116-R⟩
Article dans une revue hal-01136978 v1
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Evidence of gene flow between sympatric populations of the Middle East-Asia Minor 1 and Mediterranean putative species of [i]Bemisia tabaci[/i]

Abdessalem Tahiri , Fabien Halkett , Martine Granier , Gwenaelle Gueguen , Michel Peterschmitt
Ecology and Evolution, 2013, 3 (8), pp.2619-2633. ⟨10.1002/ece3.655⟩
Article dans une revue hal-01268095 v1

Fine-scale spatial genetic structure of the black truffle (Tuber melanosporum) investigated with neutral microsatellites and functional mating type genes

Claude Murat-Furminieux , Andrea Rubini , Claudia Riccioni , Herminia de La Varga Pastor , Emila Akroume et al.
New Phytologist, 2013, 199 (1), pp.176-187. ⟨10.1111/nph.12264⟩
Article dans une revue hal-01268448 v1

Exploring the role of asexual multiplication in poplar rust epidemics: impact on diversity and genetic structure

Benoît Barres , Christian Cyril Dutech , Axelle Andrieux , Fabien Halkett , Pascal Frey
Molecular Ecology, 2012, 21 (20), pp.4996-5008. ⟨10.1111/mec.12008⟩
Article dans une revue istex hal-02646739 v1
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Disentangling the genetic origins of a plant pathogen during disease spread using an original molecular epidemiology approach

Constance Xhaard , Benoît Barres , Axelle Andrieux , Lydia Bousset , Fabien Halkett et al.
Molecular Ecology, 2012, 21 (10), pp.2383-2398. ⟨10.1111/j.1365-294X.2012.05556.x⟩
Article dans une revue hal-01191214 v1

Variation in aggressiveness is detected among Puccinia triticina isolates of the same pathotype and clonal lineage in the adult plant stage

Bénédicte Pariaud , Henriette Goyeau , Fabien Halkett , Corinne Robert , Christian Lannou
European Journal of Plant Pathology, 2012, 134 (4), pp.733-743. ⟨10.1007/s10658-012-0049-7⟩
Article dans une revue hal-01000751 v1

Inferences on pathogenic fungus population structures from microsatellite data: new insights from spatial genetics approaches

Adrien Rieux , Fabien Halkett , L. de Lapeyre de Bellaire , M-F. Zapater , F. Rousset et al.
Molecular Ecology, 2011, 20 (8), pp.1661 - 1674. ⟨10.1111/j.1365-294X.2011.05053.x⟩
Article dans une revue istex hal-02651924 v1

Predicting invasion success of forest pathogenic fungi from species traits

Aurore A. Philibert , Marie Laure M. L. Desprez Loustau , Bénédicte Fabre , Pascal Frey , Fabien Halkett et al.
Journal of Applied Ecology, 2011, 48 (6), pp.1381 - 1390. ⟨10.1111/j.1365-2664.2011.02039.x⟩
Article dans une revue hal-01000012 v1
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The genetic structure of the plant pathogenic fungus Melampsora larici-populina on its wild host is extensively impacted by host domestication

Constance Xhaard , Bénédicte Fabre , Axelle Andrieux , P. Gladieux , Benoît Barres et al.
Molecular Ecology, 2011, 20 (13), pp.2739-2755. ⟨10.1111/j.1365-294X.2011.05138.x⟩
Article dans une revue hal-01136973 v1

Genetic discontinuities and disequilibria in recently established populations of the plant pathogenic fungus Mycosphaerella fijiensis

Fabien Halkett , D. Coste , G.G. Rivas Platero , Marie-Françoise Zapater , Catherine Abadie et al.
Molecular Ecology, 2010, 19 (18), pp.3909-3923. ⟨10.1111/j.1365-294X.2010.04774.x⟩
Article dans une revue istex hal-02656829 v1
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A statistical model to detect asymptomatic infectious individuals with an application in the Phytophthora alni-induced alder decline

Chabi Fabrice Elegbede , J-Claude Pierrat , Jaime Aguayo-Silva , Claude Husson , Fabien Halkett et al.
Phytopathology, 2010, 100 (11), pp.1262-1269. ⟨10.1094/PHYTO-05-10-0140⟩
Article dans une revue hal-01195036 v1

Aggressiveness and its role in the adaptation of plant pathogens

Benedicte B. Pariaud , V. Ravigné , Fabien Halkett , Henriette H. Goyeau , Jean Carlier et al.
Plant Pathology, 2009, 58 (3), pp.409-424. ⟨10.1111/j.1365-3059.2009.02039.x⟩
Article dans une revue hal-02668732 v1

Characterization of 41 microsatellite loci developed from the genome sequence of the poplar rust fungus, Melampsora larici-populina

Constance Xhaard , Axelle Andrieux , Fabien Halkett , Pascal Frey
Conservation Genetics Resources, 2009, 1 (1), pp.21-25. ⟨10.1007/s12686-009-9005-z⟩
Article dans une revue hal-02667477 v1
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Genetic structure of the poplar rust fungus Melampsora larici-populina : Evidence for isolation by distance in Europe and recent founder effects overseas

Benoît Barres , Fabien Halkett , Christian Cyril Dutech , Axelle Andrieux , Jean Pinon et al.
Infection, Genetics and Evolution, 2008, 8 (5), pp.577-587. ⟨10.1016/j.meegid.2008.04.005⟩
Article dans une revue istex hal-02669196 v1
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Genetic structure of the invasive pest Bemisia tabaci: evidence of limited but persistent genetic differentiation in glasshouse populations

Anne Dalmon , Fabien Halkett , Martine Granier , Hélène Delatte , Michel Peterschmitt
Heredity, 2008, 100 (4), pp.316-325. ⟨10.1038/sj.hdy.6801080⟩
Article dans une revue hal-02664416 v1

Clonality and host selection in the wheat pathogenic fungus Puccinia triticina

Henriette H. Goyeau , Fabien Halkett , Marie-Françoise Zapater , Jean Carlier , Christian C. Lannou
Fungal Genetics and Biology, 2007, 44 (6), pp.474-483. ⟨10.1016/j.fgb.2007.02.006⟩
Article dans une revue istex hal-02666081 v1

Temporal differentiation and spatial coexistence of sexual and facultative asexual lineages of an aphid species at mating sites

Fabien Halkett , P. Kindlmann , Manuel Plantegenest , P. Sunnucks , Jean-Christophe Simon
Journal of Evolutionary Biology, 2006, 19 (3), pp.809-815. ⟨10.1111/j.1420-9101.2005.01055.x⟩
Article dans une revue hal-02663205 v1

Admixed sexual and facultatively asexual aphid lineages at mating sites

Fabien Halkett , Manuel Plantegenest , Nathalie Prunier-Leterme , Lucie Mieuzet , François F. Delmotte et al.
Molecular Ecology, 2005, 14 (1), pp.325-336. ⟨10.1111/j.1365-294X.2004.02358.x⟩
Article dans une revue istex hal-02675684 v1

Tackling the population genetics of clonal and partially clonal organisms

Fabien Halkett , Jean-Christophe Simon , F. Balloux
Trends in Ecology & Evolution, 2005, 20 (4), pp.194-201. ⟨10.1016/j.tree.2005.01.001⟩
Article dans une revue istex hal-02682235 v1

Dynamics of Production of Sexual Forms in Aphids: Theoretical and Experimental Evidence for Adaptive “Coin‐Flipping” Plasticity

Fabien Halkett , Richard Harrington , Maurice Hulle , Pavel Kindlmann , Frédéric Menu et al.
The American Naturalist, 2004, 163 (6), pp.E112-E125. ⟨10.1086/383618⟩
Article dans une revue hal-02683454 v1
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Poplar rust dispersal along the Durance River valley: inference of dispersal kernel and consequences

Frédéric Fabre , Méline Saubin , Jérôme Coville , Constance Xhaard , Pascal Frey et al.
Workshop on Evolutionary Dynamical Systems and Applications (EDySA) and Training on Mathematics and Modeling, Nov 2023, Thiès, Senegal
Communication dans un congrès hal-04428063 v1

The Durance River valley: a great ecological system to study dispersal

Fabien Halkett , Méline Saubin , Constance Xhaard , Ronan Becheler , Solenn Stoeckel et al.
Journée thématique du LabEx ARBRE "Maladies forestières et changements globaux", Mireia Gomez-Gallego, Jun 2023, Champenoux, France, France
Communication dans un congrès hal-04125869 v1

Demographic and genetic consequences of a rapid adaptation event in the poplar rust pathogen

Méline Saubin , Solenn Stoeckel , Aurélien Tellier , Fabien Halkett
2ème Réunion du Réseau E3GP3, Nov 2022, Paris, France
Communication dans un congrès hal-04137651 v1

Demographic and genomic consequences of a rapid adaptation event in the poplar rust pathogen

Méline Saubin , Clémentine Louet , Solenn Stoeckel , Fabien Halkett , Aurélien Tellier
Congress of the European Society for Evolutionary Biology, Lukáš Kratochvíl, Aug 2022, Prague, Czech Republic
Communication dans un congrès hal-04137689 v1

Temporal genetic signatures of rapid demographic changes caused by directional selection, the case of a pathogen population overcoming plant resistance

Méline Saubin , Solenn Stoeckel , Aurélien Tellier , Fabien Halkett
Séminaire MEE (Modélisation en écologie et évolution), May 2022, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-04137877 v1

Temporal genetic signatures of rapid demographic changes caused by directional selection, the case of a pathogen population overcoming plant resistance

Méline Saubin , Solenn Stoeckel , Aurélien Tellier , Fabien Halkett
Petit Pois Déridé 2022; 40ème réunion du Groupe d'Étude de Biologie et Génétique des Populations, May 2022, Lille, France
Communication dans un congrès hal-04137858 v1

Genetic signatures of a range expansion in natura: how clones play leapfrog?

Méline Saubin , Ronan Becheler , Jérôme Coville , Lucie Develay , Bénédicte Fabre et al.
Congress of the European Society for Evolutionary Biology, Lukáš Kratochvíl, Aug 2022, Prague, Czech Republic
Communication dans un congrès hal-04137682 v1

Les populations d'agents pathogènes, une cible mouvante et qui s'adapte rapidement

Fabien Halkett
Colloque « Concevoir et utiliser des variétés résistantes pour une agriculture plus durable », Oct 2022, Paris, France
Communication dans un congrès hal-04138053 v1

Une mutation ponctuelle et une large délétion au locus candidat d’avirulence AvrMlp7 chez la rouille du peuplier sont corrélés avec le contournement de la résistance RMlp7 exprimée par le peuplier

Clémentine Louet , Méline Saubin , Axelle Andrieux , Antoine Persoons , Mathilde Gorse et al.
Journées Jean Chevaugeon, 13èmes Rencontres de Phytopathologie - Mycologie, Sep 2022, Aussois, France
Communication dans un congrès hal-04137634 v1
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White and grey molds, where do you come from? A comparative study on inoculum of B. cinerea and S. sclerotiorum

Christel Leyronas , Fabien Halkett , Cindy E. Morris , Maria Choufany , Samuel Soubeyrand
18. International Botrytis Symposium & 17. International Sclerotinia Workshop, Unité de pathologie végétale, Avignon, INRAE; Unité de recherche Plantes et systèmes de culture horticoles, INRAE; Unité Biologie gestion des risques en agriculture, INRAE; Avignon université, Jun 2022, Avignon, France
Communication dans un congrès hal-03695253 v1

Association of two co-occurring mutations at the AvrMlp7 avirulence locus in poplar rust during the breakdown of RMlp7 resistance gene

Louet C , Méline Saubin , Axelle Andrieux , A. Persoons , Gorce M et al.
Molecular Mechanism & Structure— Zooming in on Plant Immunity, Jul 2021, e-symposia, Germany
Communication dans un congrès hal-03588311 v1

Effect of ploidy and life cycle on plant resistance durability

Méline Saubin , Clémentine Louet , Fabien Halkett
1ère Réunion du Réseau E3GP3, Dec 2021, Paris (online), France
Communication dans un congrès hal-04137504 v1

From population genomics to molecular approaches to identify and analyse the first avirulence gene in the poplar rust fungus Melampsora larici-populina

Clémentine Louet , Méline Saubin , Antoine Persoons , Axelle Andrieux , Bénédicte Fabre et al.
Réunion 2020 du groupe "champignons phytopathogènes", Nov 2020, aucune (visio), France
Communication dans un congrès hal-03336539 v1

Impact of the light on poplar rust infection

Bénédicte Fabre , Fabien Halkett , Pascal Frey
Workshop PathoLED: light sources & plant pathology test outcomes, May 2019, Angers (FR), France
Communication dans un congrès hal-04137334 v1

Towards evolutionary and functional characterization of an avirulence gene in the poplar rust fungus

Pascal Frey , Clémentine Louet , Agathe Maupetit , Méline Saubin , Fabien Halkett
3rd Wild Plant Pathosystems Conference, Marco Thines, Sep 2019, Frankfurt,, Germany
Communication dans un congrès hal-04137365 v1

Towards evolutionary and functional characterization of an avirulence gene in the poplar rust fungus

Pascal Frey , Clémentine Louet , Agathe Maupetit , Méline Saubin , Antoine Persoons et al.
IUFRO Joint Conference: Genetics of Five-Needle Pines & Rusts of Forest Trees, Jul 2019, Invermere, United States
Communication dans un congrès hal-04137412 v1

First avirulence gene in the poplar rust fungus Melampsora larici-populina, from genetic characterization to functional validation

Clémentine Louet , Méline Saubin , Antoine Persoons , Agathe Maupetit , Stéphane de Mita et al.
12th Effectome Meeting, Oct 2019, Lauret, France
Communication dans un congrès hal-04137237 v1

From mutation to population extinction: The butterfly effect of resistance breakdown in the poplar rust fungus Melampsora larici- populina

Antoine Persoons , Fabien Halkett , Sébastien Duplessis , Pascal Frey , Stéphane de Mita
XVIII International Congress on Molecular Plant-Microbe Interactions (IS-MPMI), Jul 2019, Glasgow, United Kingdom. pp.S1.1-S1.243
Communication dans un congrès hal-04137226 v1

Optimal infection dynamics in spore producing pathogens: reconciling theory with experiment for the study of host-parasite interactions

Fabien Halkett , Ivan Yegorov , Frédéric Fabre , Virginie Ravigné , Pascal Frey et al.
3rd Wild Plant Pathosystems Conference, Sep 2019, Frankfurt, Germany
Communication dans un congrès hal-03336458 v1

Evolutionary potential of aggressiveness related traits in the poplar rust fungus, Melampsora larici-populina

Agathe Maupetit , Katherine Hayden , Pascal Frey , Stéphane de Mita , Fabien Halkett
12. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie - JJC 2018 Journée Jean Chevaugeon, Jan 2018, Aussois, France
Communication dans un congrès hal-03336266 v1
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Uninvadable strategies for biotrophic pathogens, from dynamic games to adaptive dynamics

Frédéric Grognard , Ivan Yegorov , Julien Guegan , Ludovic Mailleret , Fabien Halkett et al.
11th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB), Jul 2018, Lisbon, Portugal
Communication dans un congrès hal-01940820 v1

Evolutionary potential of aggressiveness traits in the poplar rust fungus, <i>Melampsora larici-populina</i>

Agathe Maupetit , Antoine Persoons , Katherine Hayden , Vincent Segura , Thomas Coudoux et al.
II Joint Congress on Evolutionary Biology, Aug 2018, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-04137309 v1
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Conséquences génomiques de l’adaptation à l’hôte chez l’agent de la rouille du peuplier

Agathe Maupetit , Antoine Persoons , Vincent Segura , Thomas Coudoux , Pascal Frey et al.
38. colloque Le Petit Pois Déridé, réunion du Groupe de Génétique et Biologie des Populations, Jun 2017, Saclay, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-02788070 v1

Demographic and genomic consequences of a major selective event in the poplar rust

Fabien Halkett , Antoine Persoons , Agathe Maupetit , Sébastien Duplessis , Pascal Frey et al.
International Conference on Population Genomics of Fungal and Oomycete Diseases of Animals and Plants, May 2017, Ascona, Switzerland
Communication dans un congrès hal-02790211 v1
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When a plant pathogen runs down a river

Pascal Frey , Constance Xhaard , Michaël Pernaci , Ronan Becheler , Katherine Hayden et al.
12. European Foundation for Plant Pathology (EFPP) ; 10. French Society for Plant Pathology (SFP) Conference, May 2017, Dunkerque Malo-les-Bains, France
Communication dans un congrès hal-02788429 v1

Genome-wide QTL mapping of aggressiveness traits in the poplar rust fungus

Michaël Pernaci , Agathe Maupetit , Stéphane de Mita , Bénédicte Fabre , Sébastien Duplessis et al.
International Conference on Population Genomics of Fungal and Oomycete Diseases of Animals and Plants, May 2017, Monte Verità Conference Center, Ascona, Switzerland
Communication dans un congrès hal-02785090 v1
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Optimal resource allocation for biotrophic plant pathogens

Ivan Yegorov , Frédéric Grognard , Ludovic Mailleret , Fabien Halkett
IFAC 2017 - 20th World Congress of the International Federation of Automatic Control, International Federation of Automatic Control (IFAC). AUT., Jul 2017, Toulouse, France. pp.1-6, ⟨10.1016/j.ifacol.2017.08.328⟩
Communication dans un congrès hal-01572090 v1
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Emergence de maladies sur peupliers ou la course aux armements entre l’améliorateur et les maladies

Pascal Frey , Katherine Hayden , Fabien Halkett
Regefor Atelier Recherche et Gestion Forestières. Emergence de bioagresseurs en forêt : Comment identifier et atténuer les risques ?, Jun 2017, Champenoux, France
Communication dans un congrès hal-02791243 v1

Update on Melampsora larici-populina genomics

Sébastien Duplessis , Stéphane de Mita , Fabien Halkett , Pascal Frey
11. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie - JJC 2016 Journée Jean Chevaugeon, Jan 2016, Aussois, France
Communication dans un congrès hal-02741208 v1

Adaptation of poplar rust to the poplar varietal landscape

Katherine Hayden , Bénédicte Fabre , Fabien Halkett , Pascal Frey
11. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie - JJC 2016 Journée Jean Chevaugeon, Jan 2016, Aussois, France
Communication dans un congrès hal-01604529 v1

Exemple de « vieilles » lignées asexuées chez les rouilles

Ronan Becheler , Henriette Goyeau , Solenn Stoeckel , Fabien Halkett
Réunion 2016 du groupe "champignons phytopathogènes", Nov 2016, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02795478 v1

Mapping QTL of aggressiveness traits in the poplar rust fungus

Michaël Pernaci , Stéphane de Mita , Bénédicte Fabre , Sébastien Duplessis , Fabien Halkett et al.
5. International Conference on Genetics of Tree-Parasite Interactions : Novel challenges and opportunities for resistance to pests and pathogens, Aug 2015, Orléans, France
Communication dans un congrès hal-02793206 v1

Identification of candidate effectors in the poplar rust fungus <em>Melampsora larici-populina</em> through a population genomics approach

Antoine Persoons , Fabien Halkett , Stéphane de Mita , Sébastien Duplessis
28. Fungal Genetics Conference, Mar 2015, Asilomar, Pacific Grove, CA, United States
Communication dans un congrès hal-02792660 v1

Quantitative trait evolution within a qualitative resistance breakdown

Katherine Hayden , Bénédicte Fabre , Jeremy Petrowski , Fabien Halkett , Pascal Frey
5. International Conference on Genetics of Tree-Parasite Interactions: Novel challenges and opportunities for resistance to pests and pathogens, Aug 2015, Orléans, France
Communication dans un congrès hal-02794919 v1

On the road to mapping QTLs of morphological and aggressiveness traits in the poplar rust fungus

Michaël Pernaci , Stéphane de Mita , Bénédicte Fabre , Sébastien Duplessis , Fabien Halkett et al.
Réunion annuelle 2015 du Réseau Ecologie des Interactions Durables, Mar 2015, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-02792666 v1

Mapping QTL of aggressiveness traits in the poplar rust fungus

Michaël Pernaci , Stéphane de Mita , Bénédicte Fabre , Sébastien Duplessis , Fabien Halkett et al.
9eme Colloque de la Société Française de Phytopathologie, Jun 2015, Colmar, France
Communication dans un congrès hal-02792933 v1

On the road to mapping QTLs of morphological and aggressiveness traits in the poplar rust fungus

Michaël Pernaci , Stéphane de Mita , Bénédicte Fabre , Axelle Andrieux , Fabien Halkett et al.
IUFRO Joint Meeting on Genetics of Five-Needle Pines and Rusts in Mountain Landscapes, Jun 2014, Fort Collins, United States
Communication dans un congrès hal-02792679 v1

Patterns of genomic variation in the poplar rust fungus <em>Melampsora larici-populina</em> identify pathogenesis-related factors

Antoine Persoons , Emmanuelle Morin , Christine Delaruelle , Thibaut Payen , Fabien Halkett et al.
Max-Planck-ARBRE inter-departmental workshop on plant-fungus interactions, Nov 2014, Nancy, France
Communication dans un congrès hal-02794927 v1

Adaptation de la rouille du peuplier au paysage variétal populicole en France

Katherine Hayden , Constance Xhaard , Bénédicte Fabre , Fabien Halkett , Pascal Frey
14. Rencontres du Groupe Français de Pathologie Forestière, Oct 2014, Hendaye, France
Communication dans un congrès hal-01606751 v1

Pathogen adaptation to a shifting host landscape

Katherine Hayden , Bénédicte Fabre , Jeremy Petrowski , Fabien Halkett , Pascal Frey
Max-Planck-ARBRE inter-departmental workshop on plant-fungus interactions, Max Planck Institute for Terrestrial Microbiology. DEU., Nov 2014, Nancy, France
Communication dans un congrès hal-02800432 v1
Image document

Étude du déterminisme génétique des traits de vie qualitatifs et quantitatifs de Melampsora larici-populina, agent de la rouille foliaire du peuplier

Michaël Pernaci , Stéphane de Mita , Bénédicte Fabre , Axelle Andrieux , Fabien Halkett et al.
10. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie - JJC 2014 Journée Jean Chevaugeon, Jan 2014, Aussois, France
Communication dans un congrès hal-02800971 v1
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Identification d’effecteurs de <em>Melampsora larici-populina</em> par une approche originale : de la génomique des populations à la génomique fonctionnelle

Antoine Persoons , Stéphane de Mita , Fabien Halkett , Sébastien Duplessis
10. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie - JJC 2014 Journée Jean Chevaugeon, Jan 2014, Aussois, France. 116 p
Communication dans un congrès hal-02742734 v1

Adaptation of poplar rust to the poplar varietal landscape

Katherine Hayden , Constance Xhaard , Bénédicte Fabre , Fabien Halkett , Pascal Frey
IUFRO Joint Meeting on Genetics of Five-Needle Pines and Rusts in Mountain Landscapes, Jun 2014, Fort Collins, United States
Communication dans un congrès hal-02792367 v1

Genomics, transcriptomics and effectoromics of the poplar leaf rust fungus <em>Melampsora larici-populina</em>

Benjamin Petre , Stéphane S. Hacquard , Antoine Persoons , Emilie Tisserant , Emmanuelle Morin et al.
IUFRO Joint Meeting on Genetics of Five-Needle Pines and Rusts in Mountain Landscapes, Jun 2014, Fort Collins, United States
Communication dans un congrès hal-02801804 v1

Origine de l'inoculum aérien de [i]Botrytis cinerea[/i] : sources locales vs introduction à partir de sources éloignées ?

Christel Leyronas , Samuel Soubeyrand , Olivier Martin , Fabien Halkett , Philippe C. Nicot
Journée sur la biologie des populations introduites, Nov 2013, Sophia-Antipolis, France
Communication dans un congrès hal-01268386 v1
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Inférence des processus épidémiques chez la rouille du peuplier dans la vallée de la Durance

Constance Xhaard , Frédéric Fabre , Jérôme Coville , Pascal Frey , Samuel Soubeyrand et al.
34. Réunion annuelle du Groupe d’Etude de Biologie et Génétique des Populations (Petit Pois Déridé 2012), Aug 2012, Avignon, France
Communication dans un congrès hal-01267867 v1

Un cadre théorique pour étudier les interactions plantes - champignons pathogènes foliaires

Fabien Halkett , Audrey Andanson , Bénédicte Fabre , Elisabeth E. Fournier , Pascal Frey et al.
8. Congrès national de la Société Française de Phytopathologie, Jun 2012, Paris, France. p.54
Communication dans un congrès hal-02802411 v1

Modélisation spatio-temporelle du déroulement d’une épidémie de rouille du peuplier dans la vallée de la Durance

Constance Xhaard , Frédéric Fabre , Jérôme Coville , Fabien Halkett , Samuel Soubeyrand
7. Rencontres Statistiques au Sommet de Rochebrune, Apr 2012, Megève, France
Communication dans un congrès hal-01267965 v1

Predicting invasion success in forest pathogenic fungi from species traits?

Marie Laure Desprez Loustau , Pascal Frey , Fabien Halkett , Claude Husson , Brigitte Lung et al.
Conference Jacques Monod on ‘New and Emerging Fungal Diseases of Animals and Plants”, Jun 2011, Roscoff, France
Communication dans un congrès hal-01173287 v1

Un cadre théorique pour étudier les interactions plantes-champignons pathogènes foliaires

Virginie Ravigné , Audrey Andanson , Bénédicte Fabre , Pascal Frey , Elisabeth Fournier et al.
Premier Colloque National d'Ecologie Scientifique, 2010, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-00853204 v1
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Un cadre théorique pour étudier les interactions plantes - champignons pathogènes foliaires

Audrey Andanson , Elisabeth E. Fournier , F. Grognard , Fabien Halkett , Ludovic Mailleret et al.
8. Rencontres de Phytopathologie-Mycologie de la Société Française de Phytopathologie (SFP), Jan 2010, Aussois, France
Communication dans un congrès hal-02756003 v1
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Que nous raconte l'analyse des structures génétiques sur la dispersion des champignons phytopathogènes ?

Cyril Dutech , Virginie Ravigné , Fabien Halkett , Elisabeth Fournier , Jean Carlier
7. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie de la Société Française de Phytopathologie. Journées Jean Chevaugeon, Jan 2008, Aussois, France. 14 diapositives
Communication dans un congrès hal-02816891 v1
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Evolutionary and functional studies of the variability of reproductive modes in the poplar rust fungus, Melampsora larici-populina

Ammar Abdalrahem , Pascal Frey , Fabien Halkett , Sébastien Duplessis
CJM3-2023 : Le sexe dans tous ses états : sexe, asexe, sexes, Sep 2023, Roscoff, France
Poster de conférence hal-04233782 v1
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Poplar rust never sleeps: evolutionary characterization of the first avirulence gene in the poplar rust fungus Melampsora larici-populina

Clémentine Louet , Méline Saubin , Sébastien Duplessis , Fabien Halkett , Pascal Frey
12th International Congress of Plant Pathology, Aug 2023, Lyon, France. 2023
Poster de conférence hal-04230809 v1
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Association of two co-occurring mutations at the AvrMlp7 avirulence locus in poplar rust during the breakdown of RMlp7 resistance gene

Clémentine Louet , Méline Saubin , Axelle Andrieux , Antoine Persoons , Mathilde Gorse et al.
IS-MPMI Congress eSymposium, Pathogen-Host Coevolution — Combating Resistance Breaking in Agriculture, Sep 2021, Online, United States. , 2021, 2021 IS-MPMI Congress: eSymposia Series Abstracts. ⟨10.1094/MPMI-34-9-S2.1⟩
Poster de conférence hal-04137548 v1
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Impact of ploidy and pathogen life cycle on resistance durability

Méline Saubin , Stéphane de Mita , Fabien Halkett
18th Ecology and Evolution of Infectious Diseases, Jun 2021, (Online), France
Poster de conférence hal-03336582 v1
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Evolutionary dynamics of virulence spread: effects of life cycle, genetic determinism and host resistance deployment

Méline Saubin , Clémentine Louet , Stéphane de Mita , Antoine Persoons , Axelle Andrieux et al.
Sex and Asex: The Genetics of Complex Life-Cycles, Jun 2019, Portland (Oregon), United States
Poster de conférence hal-03336443 v1

Genetic architecture of pathogenicity-associated traits in the poplar rust fungus, Melampsora larici-populina

Agathe Maupetit , Katherine Hayden , Vincent Segura , Romain Larbat , Stéphane de Mita et al.
Evolution 2018 Montpellier, Aug 2018, Montpellier, France
Poster de conférence hal-03336361 v1

ClonEstiMate, a Bayesian method for quantifying rates of clonality of populations genotyped at two time steps

Ronan Becheler , Jean-Pierre Masson , Sophie Arnaud-Haond , Fabien Halkett , Stéphanie Mariette et al.
Jacques Monod conference "Sex uncovered: the evolutionary biology of reproductive systems", Apr 2018, Roscoff, France
Poster de conférence hal-03336667 v1

Update on Melampsora larici-populina genomics

Sébastien Duplessis , Stéphane de Mita , Fabien Halkett , Pascal Frey
13th European Conference on Fungal Genertics (ECFG13), Apr 2016, Paris, France
Poster de conférence hal-03253579 v1

Genetic architecture of pathogenicity-related life history traits in the poplar rust fungus

Agathe Maupetit , Michaël Pernaci , Bénédicte Fabre , Sébastien Duplessis , Stéphane de Mita et al.
11. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie - JJC 2016 Journée Jean Chevaugeon, Jan 2016, Aussois, France. , 96 p., 2016, 11èmes Journées Jean Chevaugeon. 25–29 janvier 2016. Centre Paul Langevin, Aussois (France)
Poster de conférence hal-02740999 v1
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Caractérisation de l'inoculum aérien de[i] Botrytis cinerea[/i] pour la prévision des épidémies de pourriture grise

Christel Leyronas , Philippe C. Nicot , Fabien Halkett , Olivier Martin , Samuel Soubeyrand
9. colloque de la Société Française de Phytopathologie, Jun 2015, Colmar, France. , 2015, 9. Colloque de la société française de phytopathologie. Livre des résumés. Du 2 au 5 juin 2015, Colmar, "la cité de Bartholdi"
Poster de conférence hal-01269044 v1

Structure génétique spatiale de la truffe noire du Périgord (<em>Tuber melanosporum</em>) dans une plantation productive analysée par marqueurs microsatellites et les gènes de compatibilité sexuelle

Claude Murat , Herminia de La Varga , Emila Akroume , François Le Tacon , Christophe Robin et al.
10. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie. Journées Jean Chevaugeon, Jan 2014, Aussois, France. 2014, Journées Jean Chevaugeon 2014. 10es Rencontres de phytopathologie-mycologie de la Société Française de Phytopahologie (SFP). 27 au 31 janvier 2014. Centre Paul Langevin, CAES du CNRS Aussois (Savoie) – France
Poster de conférence hal-02743213 v1
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Adaptation of poplar rust to the poplar varietal landscape

Katherine Hayden , Bénédicte Fabre , Fabien Halkett , Pascal Frey
10. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie. Journées Jean Chevaugeon, Jan 2014, Aussois, France. 2014, Journées Jean Chevaugeon 2014. 10es Rencontres de phytopathologie-mycologie de la Société Française de Phytopahologie (SFP). 27 au 31 janvier 2014. Centre Paul Langevin, CAES du CNRS Aussois (Savoie) – France
Poster de conférence hal-02739666 v1
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Evolution temporelle des caractéristiques génétiques de l’inoculum aérien de Botrytis cinerea un champignon pathogène extrêmement polyphage

Christel Leyronas , Philippe C. Nicot , Fabien Halkett
34. Réunion annuelle du Groupe d’Etude de Biologie et Génétique des Populations (Petit Pois Déridé 2012), Aug 2012, Avignon, France. 2012, Petit Pois Déridé 2012. Avignon, du 28 au 31 août 2012. Actes du colloque. Session 7 «Dispersion, épidémiologie et biologie des invasions»
Poster de conférence hal-01267798 v1
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Évolution des populations aériennes de [i]Botrytis cinerea[/i] : un exemple d’aéromicrobiologie

Christel Leyronas , Fabien Halkett , Magali Duffaud , Philippe C. Nicot
Journées des Microbiologistes de l’INRA 2012, Nov 2012, L'Isle-sur-la-Sorgue, France. 2012, Journées des Microbiologistes de l'Inra 2012. L'Isle-sur-La-Sorgue- 13-15 novembre 2012
Poster de conférence hal-01267866 v1

Les contournements de résistance : Mécanismes, dynamiques et conséquences

Henriette Goyeau , Fabien Halkett , Bruno Le Cam , Josselin Montarry , Christophe Le May
L'immunité des plantes. Pour des cultures résistantes aux maladies, Editions Quae, pp.135-145, 2021, 9782759232338
Chapitre d'ouvrage hal-03316038 v1

L'adaptation des agents pathogènes de plantes aux systèmes cultivés : une évolution sous contraintes anthropiques

Fabien Halkett , Christian Lannou , Christophe Le May , Josselin Montarry , Julien Papaïx et al.
L'immunité des plantes. Pour des cultures résistantes aux maladies, Editions Quae, pp.125-134, 2021, 9782759232338
Chapitre d'ouvrage hal-03316033 v1

Coévolution plantes-parasites en populations naturelles

Virginie Ravigné , Fabien Halkett , Charlotte Tollenaere
L'immunité des plantes. Pour des cultures résistantes aux maladies, Editions Quae, pp.115-123, 2021, 9782759232338
Chapitre d'ouvrage hal-04141298 v1
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Un effet papillon dans les peupleraies françaises : les répercussions d’un contournement de résistance sur les méthodes de sélection variétale

Bénédicte Fabre , Catherine Bastien , Claude Husson , Benoit Marçais , Pascal Frey et al.
L'immunité des plantes. Pour des cultures résistantes aux maladies, Editions Quae, pp.329-339, 2021, 9782759232338
Chapitre d'ouvrage hal-03324138 v1
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Introduction à la génétique et à la génomique des populations

Fabien Halkett , Stéphane de Mita
Master FAGE UE8.16 (Introduction à la génétique des populations), 2017, 68 p
Cours hal-02789805 v1
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Evolution et Adaptation des agents pathogènes

Fabien Halkett , Jacominus van Baalen , Manuel Plantegenest
Master Biologie et écologie pour la Forêt, l’Agronomie et la Gestion des Ecosystèmes (FAGE) : UE8.16 (Evolution et Adaptation des agents pathogènes), 2017, 79 p
Cours hal-02788489 v1