Fabien HALKETT
Publications
Publications
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Poplar rust dispersal along the Durance River valley: inference of dispersal kernel and consequencesWorkshop on Evolutionary Dynamical Systems and Applications (EDySA) and Training on Mathematics and Modeling, Nov 2023, Thiès, Senegal |
The Durance River valley: a great ecological system to study dispersalJournée thématique du LabEx ARBRE "Maladies forestières et changements globaux", Mireia Gomez-Gallego, Jun 2023, Champenoux, France, France |
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Demographic and genomic consequences of a rapid adaptation event in the poplar rust pathogenCongress of the European Society for Evolutionary Biology, Lukáš Kratochvíl, Aug 2022, Prague, Czech Republic |
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Demographic and genetic consequences of a rapid adaptation event in the poplar rust pathogen2ème Réunion du Réseau E3GP3, Nov 2022, Paris, France |
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Temporal genetic signatures of rapid demographic changes caused by directional selection, the case of a pathogen population overcoming plant resistanceSéminaire MEE (Modélisation en écologie et évolution), May 2022, Montpellier, France |
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Temporal genetic signatures of rapid demographic changes caused by directional selection, the case of a pathogen population overcoming plant resistancePetit Pois Déridé 2022; 40ème réunion du Groupe d'Étude de Biologie et Génétique des Populations, May 2022, Lille, France |
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Genetic signatures of a range expansion in natura: how clones play leapfrog?Congress of the European Society for Evolutionary Biology, Lukáš Kratochvíl, Aug 2022, Prague, Czech Republic |
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Les populations d'agents pathogènes, une cible mouvante et qui s'adapte rapidementColloque « Concevoir et utiliser des variétés résistantes pour une agriculture plus durable », Oct 2022, Paris, France |
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Une mutation ponctuelle et une large délétion au locus candidat d’avirulence AvrMlp7 chez la rouille du peuplier sont corrélés avec le contournement de la résistance RMlp7 exprimée par le peuplier13. Journées Jean Chevaugeon - Rencontres de Phytopathologie - Mycologie, Sep 2022, Aussois, France |
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White and grey molds, where do you come from? A comparative study on inoculum of B. cinerea and S. sclerotiorum18. International Botrytis Symposium & 17. International Sclerotinia Workshop, Unité de pathologie végétale, Avignon, INRAE; Unité de recherche Plantes et systèmes de culture horticoles, INRAE; Unité Biologie gestion des risques en agriculture, INRAE; Avignon université, Jun 2022, Avignon, France |
Association of two co-occurring mutations at the AvrMlp7 avirulence locus in poplar rust during the breakdown of RMlp7 resistance geneMolecular Mechanism & Structure— Zooming in on Plant Immunity, Jul 2021, Online, Germany |
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Effect of ploidy and life cycle on plant resistance durability1ère Réunion du Réseau E3GP3, Dec 2021, Paris (online), France |
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From population genomics to molecular approaches to identify and analyse the first avirulence gene in the poplar rust fungus Melampsora larici-populinaRéunion 2020 du groupe "champignons phytopathogènes", Nov 2020, aucune (visio), France |
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Impact of the light on poplar rust infectionWorkshop PathoLED: light sources & plant pathology test outcomes, May 2019, Angers (FR), France |
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Towards evolutionary and functional characterization of an avirulence gene in the poplar rust fungusIUFRO Joint Conference: Genetics of Five-Needle Pines & Rusts of Forest Trees, Jul 2019, Invermere, United States |
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Towards evolutionary and functional characterization of an avirulence gene in the poplar rust fungus3rd Wild Plant Pathosystems Conference, Marco Thines, Sep 2019, Frankfurt,, Germany |
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First avirulence gene in the poplar rust fungus Melampsora larici-populina, from genetic characterization to functional validation12th Effectome Meeting, Oct 2019, Lauret, France |
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From mutation to population extinction: The butterfly effect of resistance breakdown in the poplar rust fungus Melampsora larici- populinaXVIII International Congress on Molecular Plant-Microbe Interactions (IS-MPMI), Jul 2019, Glasgow, United Kingdom. pp.S1.1-S1.243 |
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Optimal infection dynamics in spore producing pathogens: reconciling theory with experiment for the study of host-parasite interactions3rd Wild Plant Pathosystems Conference, Sep 2019, Frankfurt, Germany |
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Evolutionary potential of aggressiveness related traits in the poplar rust fungus, Melampsora larici-populina12. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie - JJC 2018 Journée Jean Chevaugeon, Jan 2018, Aussois, France |
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Uninvadable strategies for biotrophic pathogens, from dynamic games to adaptive dynamics11th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB), Jul 2018, Lisbon, Portugal |
Evolutionary potential of aggressiveness traits in the poplar rust fungus, <i>Melampsora larici-populina</i>II Joint Congress on Evolutionary Biology, Aug 2018, Montpellier, France |
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Demographic and genomic consequences of a major selective event in the poplar rustInternational Conference on Population Genomics of Fungal and Oomycete Diseases of Animals and Plants, May 2017, Ascona, Switzerland |
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Conséquences génomiques de l’adaptation à l’hôte chez l’agent de la rouille du peuplier38. colloque Le Petit Pois Déridé, réunion du Groupe de Génétique et Biologie des Populations, Jun 2017, Saclay, France. 1 p |
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When a plant pathogen runs down a river12. European Foundation for Plant Pathology (EFPP) ; 10. French Society for Plant Pathology (SFP) Conference, May 2017, Dunkerque Malo-les-Bains, France |
Genome-wide QTL mapping of aggressiveness traits in the poplar rust fungusInternational Conference on Population Genomics of Fungal and Oomycete Diseases of Animals and Plants, May 2017, Monte Verità Conference Center, Ascona, Switzerland |
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Optimal resource allocation for biotrophic plant pathogensIFAC 2017 - 20th World Congress of the International Federation of Automatic Control, International Federation of Automatic Control (IFAC). AUT., Jul 2017, Toulouse, France. pp.1-6, ⟨10.1016/j.ifacol.2017.08.328⟩ |
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Emergence de maladies sur peupliers ou la course aux armements entre l’améliorateur et les maladiesRegefor Atelier Recherche et Gestion Forestières. Emergence de bioagresseurs en forêt : Comment identifier et atténuer les risques ?, Jun 2017, Champenoux, France |
Update on Melampsora larici-populina genomics11. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie - JJC 2016 Journée Jean Chevaugeon, Jan 2016, Aussois, France |
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Adaptation of poplar rust to the poplar varietal landscape11. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie - JJC 2016 Journée Jean Chevaugeon, Jan 2016, Aussois, France |
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Exemple de « vieilles » lignées asexuées chez les rouillesRéunion 2016 du groupe "champignons phytopathogènes", Nov 2016, Paris, France |
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Identification of candidate effectors in the poplar rust fungus <em>Melampsora larici-populina</em> through a population genomics approach28. Fungal Genetics Conference, Mar 2015, Asilomar, Pacific Grove, CA, United States |
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Mapping QTL of aggressiveness traits in the poplar rust fungus5. International Conference on Genetics of Tree-Parasite Interactions : Novel challenges and opportunities for resistance to pests and pathogens, Aug 2015, Orléans, France |
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Quantitative trait evolution within a qualitative resistance breakdown5. International Conference on Genetics of Tree-Parasite Interactions: Novel challenges and opportunities for resistance to pests and pathogens, Aug 2015, Orléans, France |
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On the road to mapping QTLs of morphological and aggressiveness traits in the poplar rust fungusRéunion annuelle 2015 du Réseau Ecologie des Interactions Durables, Mar 2015, Lyon, France |
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Mapping QTL of aggressiveness traits in the poplar rust fungus9eme Colloque de la Société Française de Phytopathologie, Jun 2015, Colmar, France |
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On the road to mapping QTLs of morphological and aggressiveness traits in the poplar rust fungusIUFRO Joint Meeting on Genetics of Five-Needle Pines and Rusts in Mountain Landscapes, Jun 2014, Fort Collins, United States |
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Pathogen adaptation to a shifting host landscapeMax-Planck-ARBRE inter-departmental workshop on plant-fungus interactions, Max Planck Institute for Terrestrial Microbiology. DEU., Nov 2014, Nancy, France |
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Patterns of genomic variation in the poplar rust fungus <em>Melampsora larici-populina</em> identify pathogenesis-related factorsMax-Planck-ARBRE inter-departmental workshop on plant-fungus interactions, Nov 2014, Nancy, France |
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Adaptation de la rouille du peuplier au paysage variétal populicole en France14. Rencontres du Groupe Français de Pathologie Forestière, Oct 2014, Hendaye, France |
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Étude du déterminisme génétique des traits de vie qualitatifs et quantitatifs de Melampsora larici-populina, agent de la rouille foliaire du peuplier10. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie - JJC 2014 Journée Jean Chevaugeon, Jan 2014, Aussois, France |
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Identification d’effecteurs de <em>Melampsora larici-populina</em> par une approche originale : de la génomique des populations à la génomique fonctionnelle10. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie - JJC 2014 Journée Jean Chevaugeon, Jan 2014, Aussois, France. 116 p |
Adaptation of poplar rust to the poplar varietal landscapeIUFRO Joint Meeting on Genetics of Five-Needle Pines and Rusts in Mountain Landscapes, Jun 2014, Fort Collins, United States |
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Genomics, transcriptomics and effectoromics of the poplar leaf rust fungus <em>Melampsora larici-populina</em>IUFRO Joint Meeting on Genetics of Five-Needle Pines and Rusts in Mountain Landscapes, Jun 2014, Fort Collins, United States |
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Origine de l'inoculum aérien de [i]Botrytis cinerea[/i] : sources locales vs introduction à partir de sources éloignées ?Journée sur la biologie des populations introduites, Nov 2013, Sophia-Antipolis, France |
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Inférence des processus épidémiques chez la rouille du peuplier dans la vallée de la Durance34. Réunion annuelle du Groupe d’Etude de Biologie et Génétique des Populations (Petit Pois Déridé 2012), Aug 2012, Avignon, France |
Un cadre théorique pour étudier les interactions plantes - champignons pathogènes foliaires8. Congrès national de la Société Française de Phytopathologie, Jun 2012, Paris, France. p.54 |
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Modélisation spatio-temporelle du déroulement d’une épidémie de rouille du peuplier dans la vallée de la Durance7. Rencontres Statistiques au Sommet de Rochebrune, Apr 2012, Megève, France |
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Predicting invasion success in forest pathogenic fungi from species traits?Conference Jacques Monod on ‘New and Emerging Fungal Diseases of Animals and Plants”, Jun 2011, Roscoff, France |
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Un cadre théorique pour étudier les interactions plantes-champignons pathogènes foliairesPremier Colloque National d'Ecologie Scientifique, 2010, Montpellier, France |
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Un cadre théorique pour étudier les interactions plantes - champignons pathogènes foliaires8. Rencontres de Phytopathologie-Mycologie de la Société Française de Phytopathologie (SFP), Jan 2010, Aussois, France |
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Que nous raconte l'analyse des structures génétiques sur la dispersion des champignons phytopathogènes ?7. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie de la Société Française de Phytopathologie. Journées Jean Chevaugeon, Jan 2008, Aussois, France. 14 diapositives |
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Evolutionary and functional studies of the variability of reproductive modes in the poplar rust fungus, Melampsora larici-populinaCJM3-2023 : Le sexe dans tous ses états : sexe, asexe, sexes, Sep 2023, Roscoff, France |
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Poplar rust never sleeps: evolutionary characterization of the first avirulence gene in the poplar rust fungus Melampsora larici-populina12th International Congress of Plant Pathology, Aug 2023, Lyon, France. 2023 |
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Association of two co-occurring mutations at the AvrMlp7 avirulence locus in poplar rust during the breakdown of RMlp7 resistance geneIS-MPMI Congress eSymposium, Pathogen-Host Coevolution — Combating Resistance Breaking in Agriculture, Sep 2021, Online, United States. , Molecular Plant-Microbe Interactions, 34, 2021, 2021 IS-MPMI Congress: eSymposia Series Abstracts |
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Impact of ploidy and pathogen life cycle on resistance durability18th Ecology and Evolution of Infectious Diseases, Jun 2021, (Online), France |
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Evolutionary dynamics of virulence spread: effects of life cycle, genetic determinism and host resistance deploymentSex and Asex: The Genetics of Complex Life-Cycles, Jun 2019, Portland (Oregon), United States |
Genetic architecture of pathogenicity-associated traits in the poplar rust fungus, Melampsora larici-populinaEvolution 2018 Montpellier, Aug 2018, Montpellier, France |
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ClonEstiMate, a Bayesian method for quantifying rates of clonality of populations genotyped at two time stepsJacques Monod conference "Sex uncovered: the evolutionary biology of reproductive systems", Apr 2018, Roscoff, France |
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Update on Melampsora larici-populina genomics13th European Conference on Fungal Genertics (ECFG13), Apr 2016, Paris, France |
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Genetic architecture of pathogenicity-related life history traits in the poplar rust fungus11. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie - JJC 2016 Journée Jean Chevaugeon, Jan 2016, Aussois, France. , 96 p., 2016, 11èmes Journées Jean Chevaugeon. 25–29 janvier 2016. Centre Paul Langevin, Aussois (France) |
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Caractérisation de l'inoculum aérien de[i] Botrytis cinerea[/i] pour la prévision des épidémies de pourriture grise9. colloque de la Société Française de Phytopathologie, Jun 2015, Colmar, France. , 2015, 9. Colloque de la société française de phytopathologie. Livre des résumés. Du 2 au 5 juin 2015, Colmar, "la cité de Bartholdi" |
Structure génétique spatiale de la truffe noire du Périgord (<em>Tuber melanosporum</em>) dans une plantation productive analysée par marqueurs microsatellites et les gènes de compatibilité sexuelle10. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie. Journées Jean Chevaugeon, Jan 2014, Aussois, France. 2014, Journées Jean Chevaugeon 2014. 10es Rencontres de phytopathologie-mycologie de la Société Française de Phytopahologie (SFP). 27 au 31 janvier 2014. Centre Paul Langevin, CAES du CNRS Aussois (Savoie) – France |
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Adaptation of poplar rust to the poplar varietal landscape10. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie. Journées Jean Chevaugeon, Jan 2014, Aussois, France. 2014, Journées Jean Chevaugeon 2014. 10es Rencontres de phytopathologie-mycologie de la Société Française de Phytopahologie (SFP). 27 au 31 janvier 2014. Centre Paul Langevin, CAES du CNRS Aussois (Savoie) – France |
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Evolution temporelle des caractéristiques génétiques de l’inoculum aérien de Botrytis cinerea un champignon pathogène extrêmement polyphage34. Réunion annuelle du Groupe d’Etude de Biologie et Génétique des Populations (Petit Pois Déridé 2012), Aug 2012, Avignon, France. 2012, Petit Pois Déridé 2012. Avignon, du 28 au 31 août 2012. Actes du colloque. Session 7 «Dispersion, épidémiologie et biologie des invasions» |
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Évolution des populations aériennes de [i]Botrytis cinerea[/i] : un exemple d’aéromicrobiologieJournées des Microbiologistes de l’INRA 2012, Nov 2012, L'Isle-sur-la-Sorgue, France. 2012, Journées des Microbiologistes de l'Inra 2012. L'Isle-sur-La-Sorgue- 13-15 novembre 2012 |
Les contournements de résistance : Mécanismes, dynamiques et conséquencesL'immunité des plantes. Pour des cultures résistantes aux maladies, Editions Quae, pp.135-145, 2021, 9782759232338 |
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L'adaptation des agents pathogènes de plantes aux systèmes cultivés : une évolution sous contraintes anthropiquesL'immunité des plantes. Pour des cultures résistantes aux maladies, Editions Quae, pp.125-134, 2021, 9782759232338 |
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Coévolution plantes-parasites en populations naturellesL'immunité des plantes. Pour des cultures résistantes aux maladies, Editions Quae, pp.115-123, 2021, 9782759232338 |
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Un effet papillon dans les peupleraies françaises : les répercussions d’un contournement de résistance sur les méthodes de sélection variétaleL'immunité des plantes. Pour des cultures résistantes aux maladies, Editions Quae, pp.329-339, 2021, 9782759232338 |
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ClonEstiMate 1.012016 |
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Evolution et Adaptation des agents pathogènesMaster Biologie et écologie pour la Forêt, l’Agronomie et la Gestion des Ecosystèmes (FAGE) : UE8.16 (Evolution et Adaptation des agents pathogènes), 2017, 79 p |
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Introduction à la génétique et à la génomique des populationsMaster FAGE UE8.16 (Introduction à la génétique des populations), 2017, 68 p |