Fabien HALKETT

Publications

Article dans une revue (43)

Quantitative Resistance Deployment Can Strengthen Epidemics in Perennial Plants by Selecting Maladapted Pathogen Strains Jean‐paul Soularue,Fabien Halkett,Méline Saubin,Sukanya Denni,Arthur Demenéet al. Evolutionary Applications, 2025, 18 (7), pp.e70123. ⟨10.1111/eva.70123⟩ Article dans une revue hal-05315815v1
Approximate Bayesian Computation applied to time series of population genetic data disentangles rapid genetic changes and demographic variations in a pathogen population Méline Saubin,Aurélien Tellier,Solenn Stoeckel,Axelle Andrieux,Fabien Halkett Molecular Ecology, 2024, 33 (10), ⟨10.1111/mec.16965⟩ Article dans une revue hal-04122413v1
Neutral genetic structuring of pathogen populations during rapid adaptation Méline Saubin,Solenn Stoeckel,Aurélien Tellier,Fabien Halkett Journal of Heredity, In press, 116, pp.62-77. ⟨10.1093/jhered/esae036⟩ Article dans une revue hal-04792713v1
A mechanistic-statistical approach to infer dispersal and demography from invasion dynamics, applied to a plant pathogen Méline Saubin,Jérôme Coville,Constance Xhaard,Pascal Frey,Samuel Soubeyrandet al. Peer Community Journal, 2024, 4, pp.e9. ⟨10.24072/pcjournal.356⟩ Article dans une revue hal-04430456v1
Improving sustainable crop protection using population genetics concepts Méline Saubin,Clémentine Louet,Lydia Bousset,Frédéric Fabre,Pascal Freyet al. Molecular Ecology, 2023, 32 (10), pp.2461-2471. ⟨10.1111/mec.16634⟩ Article dans une revue (article de synthèse) hal-03394837v2
A point mutation and large deletion at the candidate avirulence locus AvrMlp7 in the poplar rust fungus correlate with poplar RMlp7 resistance breakdown Clémentine Louet,Méline Saubin,Axelle Andrieux,Antoine Persoons,Mathilde Gorseet al. Molecular Ecology, 2023, 32 (10), pp.2472-2483. ⟨10.1111/mec.16294⟩ Article dans une revue hal-03510966v1
Airborne versus soilborne inoculum: White mould, where do you come from? Christel Leyronas,Fabien Halkett,Vincent Faloya Plant Pathology, 2023, 72 (4), pp.651-839. ⟨10.1111/ppa.13699⟩ Article dans une revue hal-03951281v1
Mise au point d’un automate et d’une méthode d’analyse d’images pour le suivi de cinétiques d’infection par un champignon pathogène foliaire Bénédicte Fabre,Pierre Santerre Filleux D’arrentières,Christophe Bailly,Jérôme Demaison,Jérémy Pétrowskiet al. NOV'AE - Numéros spéciaux, 2023, 15, pp.1-9. ⟨10.17180/novae-2023-NO-art15⟩ Article dans une revue hal-04620316v1
Genomic Signatures of a Major Adaptive Event in the Pathogenic Fungus Melampsora larici-populina Antoine Persoons,Agathe Maupetit,Clémentine Louet,Axelle Andrieux,Anna Lipzenet al. Genome Biology and Evolution, 2022, 14 (1), 14 p. ⟨10.1093/gbe/evab279⟩ Article dans une revue hal-03606205v1
Impact of ploidy and pathogen life cycle on resistance durability Méline Saubin,Stéphane de Mita,Xujia Zhu,Bruno Sudret,Fabien Halkett Peer Community Journal, 2021, 1, pp.e8. ⟨10.24072/pcjournal.10⟩ Article dans une revue hal-03610230v1
Evolution of morphological but not aggressiveness‐related traits following a major resistance breakdown in the poplar rust fungus, Melampsora larici‐populina Agathe Maupetit,Bénédicte Fabre,Jérémy Pétrowski,Axelle Andrieux,Stéphane de Mitaet al. Evolutionary Applications, 2021, 14 (2), pp.513-523. ⟨10.1111/eva.13136⟩ Article dans une revue hal-03052529v1
A dynamic game approach to uninvadable strategies for biotrophic pathogens Ivan Yegorov,Frédéric Grognard,Ludovic L. Mailleret,Fabien Halkett,Pierre Bernhard Dynamic Games and Applications, 2020, 10, pp.257-296. ⟨10.1007/s13235-019-00307-1⟩ Article dans une revue hal-02147836v1
Defense Compounds Rather Than Nutrient Availability Shape Aggressiveness Trait Variation Along a Leaf Maturity Gradient in a Biotrophic Plant Pathogen Agathe Maupetit,Romain Larbat,Michaël Pernaci,Axelle Andrieux,Cécile Guinetet al. Frontiers in Plant Science, 2018, 9, pp.1-13. ⟨10.3389/fpls.2018.01396⟩ Article dans une revue hal-01901489v1
Émergence de maladies sur peupliers ou la course aux armements entre l’améliorateur et les maladies (Résumé) Pascal Frey,Katherine J. Hayden,Fabien Halkett Revue forestière française, 2018, 70 (6), pp.643-644. ⟨10.4267/2042/70315⟩ Article dans une revue hal-03447441v1
Five years investigation of female and male genotypes in périgord black truffle (Tuber melanosporum Vittad.) revealed contrasted reproduction strategies Herminia de La Varga Pastor,François Le Tacon,Mélanie Lagoguet,Flora Todesco,Torda Vargaet al. Environmental Microbiology, 2017, 19 (7), pp.2604-2615. ⟨10.1111/1462-2920.13735⟩ Article dans une revue hal-01595244v1
The escalatory Red Queen Antoine Persoons,Katherine Hayden,Bénédicte Fabre,Pascal Frey,Stéphane de Mitaet al. Molecular Ecology, 2017, 26 (7), pp.1902-1918. ⟨10.1111/mec.13980⟩ Article dans une revue hal-01564550v1
ClonEstiMate, a Bayesian method for quantifying rates of clonality of populations genotyped at two-time steps Ronan Becheler,Jean-Pierre Masson,Sophie Arnaud-Haond,Fabien Halkett,Stéphanie Marietteet al. Molecular Ecology Resources, 2017, 17 (6), pp.e251-e267. ⟨10.1111/1755-0998.12698⟩ Article dans une revue hal-01608371v1
Genetic Diversity and Origins of the Homoploid-Type Hybrid Phytophthora ×alni Jaime Aguayo,Fabien Halkett,Claude Husson,András Szigethy,József Bakonyiet al. Applied and Environmental Microbiology, 2016, 82 (24), pp.7142-7153. ⟨10.1128/AEM.02221-16⟩ Article dans une revue hal-01494736v1
Genetic signatures of a range expansion in natura: when clones play leapfrog Ronan Becheler,Constance Xhaard,Etienne K. Klein,Katherine J. Hayden,Pascal Freyet al. Ecology and Evolution, 2016, 6 (18), pp.6625-6632. ⟨10.1002/ece3.2392⟩ Article dans une revue hal-01512000v1
Relationship between the genetic characteristics of Botrytis sp. airborne inoculum and meteorological parameters, seasons and the origin of air masses Christel Leyronas,Fabien Halkett,Philippe C. Nicot Aerobiologia, 2015, 31 (3), pp.367-380. ⟨10.1007/s10453-015-9370-x⟩ Article dans une revue hal-01268891v1
Genome-wide patterns of segregation and linkage disequilibrium: the construction of a linkage genetic map of the poplar rust fungus Melampsora larici-populina Michaël Pernaci,Stéphane de Mita,Axelle Andrieux,Jeremy Petrowski,Fabien Halkettet al. Frontiers in Plant Science, 2014, 5, ⟨10.3389/fpls.2014.00454⟩ Article dans une revue hal-01269013v1
Dynamique de la reproduction sexuée. Claude Murat-Furminieux,Herminia de La Varga Pastor,Emila Akroume,François Le Tacon,Christophe Robinet al. Le Trufficulteur Français, 2014, 87 (2), pp.14 Article dans une revue hal-01269190v1
Patterns of genomic variation in the poplar rust fungus Melampsora larici-populina identify pathogenesis-related factors Antoine Persoons,Emmanuelle Morin,Christine Delaruelle,Thibaut Payen,Fabien Halkettet al. Frontiers in Plant Science, 2014, 5, ⟨10.3389/fpls.2014.00450⟩ Article dans une revue hal-01269012v1
Strong Genetic Differentiation Between North American and European Populations of Phytophthora alni subsp. uniformis. Jaime Aguayo-Silva,Gerard C. Adams,Fabien Halkett,Mursel Catal,Claude Hussonet al. Phytopathology, 2013, 103 (2), pp.190-199. ⟨10.1094/PHYTO-05-12-0116-R⟩ Article dans une revue hal-01136978v1
Evidence of gene flow between sympatric populations of the Middle East-Asia Minor 1 and Mediterranean putative species of [i]Bemisia tabaci[/i] Abdessalem Tahiri,Fabien Halkett,Martine Granier,Gwenaelle Gueguen,Michel Peterschmitt Ecology and Evolution, 2013, 3 (8), pp.2619-2633. ⟨10.1002/ece3.655⟩ Article dans une revue hal-01268095v1
Fine-scale spatial genetic structure of the black truffle (Tuber melanosporum) investigated with neutral microsatellites and functional mating type genes Claude Murat-Furminieux,Andrea Rubini,Claudia Riccioni,Herminia de La Varga Pastor,Emila Akroumeet al. New Phytologist, 2013, 199 (1), pp.176-187. ⟨10.1111/nph.12264⟩ Article dans une revue hal-01268448v1
Disentangling the genetic origins of a plant pathogen during disease spread using an original molecular epidemiology approach Constance Xhaard,Benoît Barres,Axelle Andrieux,Lydia Bousset,Fabien Halkettet al. Molecular Ecology, 2012, 21 (10), pp.2383-2398. ⟨10.1111/j.1365-294X.2012.05556.x⟩ Article dans une revue hal-01191214v1
Exploring the role of asexual multiplication in poplar rust epidemics: impact on diversity and genetic structure Benoît Barres,Christian Cyril Dutech,Axelle Andrieux,Fabien Halkett,Pascal Frey Molecular Ecology, 2012, 21 (20), pp.4996-5008. ⟨10.1111/mec.12008⟩ Article dans une revue istex hal-02646739v1
Variation in aggressiveness is detected among Puccinia triticina isolates of the same pathotype and clonal lineage in the adult plant stage Bénédicte Pariaud,Henriette Goyeau,Fabien Halkett,Corinne Robert,Christian Lannou European Journal of Plant Pathology, 2012, 134 (4), pp.733-743. ⟨10.1007/s10658-012-0049-7⟩ Article dans une revue hal-01000751v1
Predicting invasion success of forest pathogenic fungi from species traits Aurore A. Philibert,Marie Laure M. L. Desprez Loustau,Bénédicte Fabre,Pascal Frey,Fabien Halkettet al. Journal of Applied Ecology, 2011, 48 (6), pp.1381 - 1390. ⟨10.1111/j.1365-2664.2011.02039.x⟩ Article dans une revue hal-01000012v1
Inferences on pathogenic fungus population structures from microsatellite data: new insights from spatial genetics approaches Adrien Rieux,Fabien Halkett,L. de Lapeyre de Bellaire,Marie Françoise Zapater,F. Roussetet al. Molecular Ecology, 2011, 20 (8), pp.1661 - 1674. ⟨10.1111/j.1365-294X.2011.05053.x⟩ Article dans une revue istex hal-02651924v1
The genetic structure of the plant pathogenic fungus Melampsora larici-populina on its wild host is extensively impacted by host domestication Constance Xhaard,Bénédicte Fabre,Axelle Andrieux,P. Gladieux,Benoît Barreset al. Molecular Ecology, 2011, 20 (13), pp.2739-2755. ⟨10.1111/j.1365-294X.2011.05138.x⟩ Article dans une revue hal-01136973v1
Genetic discontinuities and disequilibria in recently established populations of the plant pathogenic fungus Mycosphaerella fijiensis Fabien Halkett,D. Coste,G.G. Rivas Platero,Marie-Françoise Zapater,Catherine Abadieet al. Molecular Ecology, 2010, 19 (18), pp.3909-3923. ⟨10.1111/j.1365-294X.2010.04774.x⟩ Article dans une revue istex hal-02656829v1
A statistical model to detect asymptomatic infectious individuals with an application in the Phytophthora alni-induced alder decline Chabi Fabrice Elegbede,J-Claude Pierrat,Jaime Aguayo-Silva,Claude Husson,Fabien Halkettet al. Phytopathology, 2010, 100 (11), pp.1262-1269. ⟨10.1094/PHYTO-05-10-0140⟩ Article dans une revue hal-01195036v1
Aggressiveness and its role in the adaptation of plant pathogens Benedicte B. Pariaud,V. Ravigné,Fabien Halkett,Henriette H. Goyeau,Jean Carlieret al. Plant Pathology, 2009, 58 (3), pp.409-424. ⟨10.1111/j.1365-3059.2009.02039.x⟩ Article dans une revue hal-02668732v1
Characterization of 41 microsatellite loci developed from the genome sequence of the poplar rust fungus, Melampsora larici-populina Constance Xhaard,Axelle Andrieux,Fabien Halkett,Pascal Frey Conservation Genetics Resources, 2009, 1 (1), pp.21-25. ⟨10.1007/s12686-009-9005-z⟩ Article dans une revue hal-02667477v1
Genetic structure of the poplar rust fungus Melampsora larici-populina : Evidence for isolation by distance in Europe and recent founder effects overseas Benoît Barres,Fabien Halkett,Christian Cyril Dutech,Axelle Andrieux,Jean Pinonet al. Infection, Genetics and Evolution, 2008, 8 (5), pp.577-587. ⟨10.1016/j.meegid.2008.04.005⟩ Article dans une revue istex hal-02669196v1
Genetic structure of the invasive pest Bemisia tabaci: evidence of limited but persistent genetic differentiation in glasshouse populations Anne Dalmon,Fabien Halkett,Martine Granier,Hélène Delatte,Michel Peterschmitt Heredity, 2008, 100 (4), pp.316-325. ⟨10.1038/sj.hdy.6801080⟩ Article dans une revue hal-02664416v1
Clonality and host selection in the wheat pathogenic fungus Puccinia triticina Henriette H. Goyeau,Fabien Halkett,Marie-Françoise Zapater,Jean Carlier,Christian C. Lannou Fungal Genetics and Biology, 2007, 44 (6), pp.474-483. ⟨10.1016/j.fgb.2007.02.006⟩ Article dans une revue istex hal-02666081v1
Temporal differentiation and spatial coexistence of sexual and facultative asexual lineages of an aphid species at mating sites Fabien Halkett,P. Kindlmann,Manuel Plantegenest,P. Sunnucks,Jean-Christophe Simon Journal of Evolutionary Biology, 2006, 19 (3), pp.809-815. ⟨10.1111/j.1420-9101.2005.01055.x⟩ Article dans une revue hal-02663205v1
Admixed sexual and facultatively asexual aphid lineages at mating sites Fabien Halkett,Manuel Plantegenest,Nathalie Prunier-Leterme,Lucie Mieuzet,François F. Delmotteet al. Molecular Ecology, 2005, 14 (1), pp.325-336. ⟨10.1111/j.1365-294X.2004.02358.x⟩ Article dans une revue istex hal-02675684v1
Tackling the population genetics of clonal and partially clonal organisms Fabien Halkett,Jean-Christophe Simon,F. Balloux Trends in Ecology & Evolution, 2005, 20 (4), pp.194-201. ⟨10.1016/j.tree.2005.01.001⟩ Article dans une revue istex hal-02682235v1
Dynamics of Production of Sexual Forms in Aphids: Theoretical and Experimental Evidence for Adaptive “Coin‐Flipping” Plasticity Fabien Halkett,Richard Harrington,Maurice Hulle,Pavel Kindlmann,Frédéric Menuet al. The American Naturalist, 2004, 163 (6), pp.E112-E125. ⟨10.1086/383618⟩ Article dans une revue hal-02683454v1

Communication dans un congrès (52)

The Durance River valley: a great ecological system to study dispersal Fabien Halkett,Méline Saubin,Constance Xhaard,Ronan Becheler,Solenn Stoeckelet al. Journée thématique du LabEx ARBRE "Maladies forestières et changements globaux", Mireia Gomez-Gallego, Jun 2023, Champenoux, France, France Communication dans un congrès hal-04125869v1
Poplar rust dispersal along the Durance River valley: inference of dispersal kernel and consequences Frédéric Fabre,Méline Saubin,Jérôme Coville,Constance Xhaard,Pascal Freyet al. Workshop on Evolutionary Dynamical Systems and Applications (EDySA) and Training on Mathematics and Modeling, Nov 2023, Thiès, Senegal Communication dans un congrès hal-04428063v1
Temporal genetic signatures of rapid demographic changes caused by directional selection, the case of a pathogen population overcoming plant resistance Méline Saubin,Solenn Stoeckel,Aurélien Tellier,Fabien Halkett Séminaire MEE (Modélisation en écologie et évolution), May 2022, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-04137877v1
Temporal genetic signatures of rapid demographic changes caused by directional selection, the case of a pathogen population overcoming plant resistance Méline Saubin,Solenn Stoeckel,Aurélien Tellier,Fabien Halkett Petit Pois Déridé 2022; 40ème réunion du Groupe d'Étude de Biologie et Génétique des Populations, May 2022, Lille, France Communication dans un congrès hal-04137858v1
Genetic signatures of a range expansion in natura: how clones play leapfrog? Méline Saubin,Ronan Becheler,Jérôme Coville,Lucie Develay,Bénédicte Fabreet al. Congress of the European Society for Evolutionary Biology, Lukáš Kratochvíl, Aug 2022, Prague, Czech Republic Communication dans un congrès hal-04137682v1
Demographic and genomic consequences of a rapid adaptation event in the poplar rust pathogen Méline Saubin,Clémentine Louet,Solenn Stoeckel,Fabien Halkett,Aurélien Tellier Congress of the European Society for Evolutionary Biology, Lukáš Kratochvíl, Aug 2022, Prague, Czech Republic Communication dans un congrès hal-04137689v1
Demographic and genetic consequences of a rapid adaptation event in the poplar rust pathogen Méline Saubin,Solenn Stoeckel,Aurélien Tellier,Fabien Halkett 2ème Réunion du Réseau E3GP3, Nov 2022, Paris, France Communication dans un congrès hal-04137651v1
Les populations d'agents pathogènes, une cible mouvante et qui s'adapte rapidement Fabien Halkett Colloque « Concevoir et utiliser des variétés résistantes pour une agriculture plus durable », Oct 2022, Paris, France Communication dans un congrès hal-04138053v1
White and grey molds, where do you come from? A comparative study on inoculum of B. cinerea and S. sclerotiorum Christel Leyronas,Fabien Halkett,Cindy E. Morris,Maria Choufany,Samuel Soubeyrand 18. International Botrytis Symposium & 17. International Sclerotinia Workshop, Unité de pathologie végétale, Avignon, INRAE; Unité de recherche Plantes et systèmes de culture horticoles, INRAE; Unité Biologie gestion des risques en agriculture, INRAE; Avignon université, Jun 2022, Avignon, France Communication dans un congrès hal-03695253v1
Une mutation ponctuelle et une large délétion au locus candidat d’avirulence AvrMlp7 chez la rouille du peuplier sont corrélés avec le contournement de la résistance RMlp7 exprimée par le peuplier Clémentine Louet,Méline Saubin,Axelle Andrieux,Antoine Persoons,Mathilde Gorseet al. 13. Journées Jean Chevaugeon - Rencontres de Phytopathologie - Mycologie, Sep 2022, Aussois, France Communication dans un congrès hal-04137634v1
Association of two co-occurring mutations at the AvrMlp7 avirulence locus in poplar rust during the breakdown of RMlp7 resistance gene Louet C,Méline Saubin,Axelle Andrieux,A. Persoons,Gorce Met al. Molecular Mechanism & Structure— Zooming in on Plant Immunity, Jul 2021, Online, Germany Communication dans un congrès hal-03588311v1
Effect of ploidy and life cycle on plant resistance durability Méline Saubin,Clémentine Louet,Fabien Halkett 1ère Réunion du Réseau E3GP3, Dec 2021, Paris (online), France Communication dans un congrès hal-04137504v1
From population genomics to molecular approaches to identify and analyse the first avirulence gene in the poplar rust fungus Melampsora larici-populina Clémentine Louet,Méline Saubin,Antoine Persoons,Axelle Andrieux,Bénédicte Fabreet al. Réunion 2020 du groupe "champignons phytopathogènes", Nov 2020, aucune (visio), France Communication dans un congrès hal-03336539v1
Towards evolutionary and functional characterization of an avirulence gene in the poplar rust fungus Pascal Frey,Clémentine Louet,Agathe Maupetit,Méline Saubin,Antoine Persoonset al. IUFRO Joint Conference: Genetics of Five-Needle Pines & Rusts of Forest Trees, Jul 2019, Invermere, United States Communication dans un congrès hal-04137412v1
Impact of the light on poplar rust infection Bénédicte Fabre,Fabien Halkett,Pascal Frey Workshop PathoLED: light sources & plant pathology test outcomes, May 2019, Angers (FR), France Communication dans un congrès hal-04137334v1
Towards evolutionary and functional characterization of an avirulence gene in the poplar rust fungus Pascal Frey,Clémentine Louet,Agathe Maupetit,Méline Saubin,Fabien Halkett 3rd Wild Plant Pathosystems Conference, Marco Thines, Sep 2019, Frankfurt,, Germany Communication dans un congrès hal-04137365v1
Optimal infection dynamics in spore producing pathogens: reconciling theory with experiment for the study of host-parasite interactions Fabien Halkett,Ivan Yegorov,Frédéric Fabre,Virginie Ravigné,Pascal Freyet al. 3rd Wild Plant Pathosystems Conference, Sep 2019, Frankfurt, Germany Communication dans un congrès hal-03336458v1
First avirulence gene in the poplar rust fungus Melampsora larici-populina, from genetic characterization to functional validation Clémentine Louet,Méline Saubin,Antoine Persoons,Agathe Maupetit,Stéphane de Mitaet al. 12th Effectome Meeting, Oct 2019, Lauret, France Communication dans un congrès hal-04137237v1
From mutation to population extinction: The butterfly effect of resistance breakdown in the poplar rust fungus Melampsora larici- populina Antoine Persoons,Fabien Halkett,Sébastien Duplessis,Pascal Frey,Stéphane de Mita XVIII International Congress on Molecular Plant-Microbe Interactions (IS-MPMI), Jul 2019, Glasgow, United Kingdom. pp.S1.1-S1.243 Communication dans un congrès hal-04137226v1
Evolutionary potential of aggressiveness related traits in the poplar rust fungus, Melampsora larici-populina Agathe Maupetit,Katherine Hayden,Pascal Frey,Stéphane de Mita,Fabien Halkett 12. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie - JJC 2018 Journée Jean Chevaugeon, Jan 2018, Aussois, France Communication dans un congrès hal-03336266v1
Uninvadable strategies for biotrophic pathogens, from dynamic games to adaptive dynamics Frédéric Grognard,Ivan Yegorov,Julien Guegan,Ludovic Mailleret,Fabien Halkettet al. 11th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB), Jul 2018, Lisbon, Portugal Communication dans un congrès hal-01940820v1
Evolutionary potential of aggressiveness traits in the poplar rust fungus, &lt;i&gt;Melampsora larici-populina&lt;/i&gt; Agathe Maupetit,Antoine Persoons,Katherine Hayden,Vincent Segura,Thomas Coudouxet al. II Joint Congress on Evolutionary Biology, Aug 2018, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-04137309v1
Demographic and genomic consequences of a major selective event in the poplar rust Fabien Halkett,Antoine Persoons,Agathe Maupetit,Sébastien Duplessis,Pascal Freyet al. International Conference on Population Genomics of Fungal and Oomycete Diseases of Animals and Plants, May 2017, Ascona, Switzerland Communication dans un congrès hal-02790211v1
Conséquences génomiques de l’adaptation à l’hôte chez l’agent de la rouille du peuplier Agathe Maupetit,Antoine Persoons,Vincent Segura,Thomas Coudoux,Pascal Freyet al. 38. colloque Le Petit Pois Déridé, réunion du Groupe de Génétique et Biologie des Populations, Jun 2017, Saclay, France. 1 p Communication dans un congrès hal-02788070v1
When a plant pathogen runs down a river Pascal Frey,Constance Xhaard,Michaël Pernaci,Ronan Becheler,Katherine Haydenet al. 12. European Foundation for Plant Pathology (EFPP) ; 10. French Society for Plant Pathology (SFP) Conference, May 2017, Dunkerque Malo-les-Bains, France Communication dans un congrès hal-02788429v1
Genome-wide QTL mapping of aggressiveness traits in the poplar rust fungus Michaël Pernaci,Agathe Maupetit,Stéphane de Mita,Bénédicte Fabre,Sébastien Duplessiset al. International Conference on Population Genomics of Fungal and Oomycete Diseases of Animals and Plants, May 2017, Monte Verità Conference Center, Ascona, Switzerland Communication dans un congrès hal-02785090v1
Optimal resource allocation for biotrophic plant pathogens Ivan Yegorov,Frédéric Grognard,Ludovic Mailleret,Fabien Halkett IFAC 2017 - 20th World Congress of the International Federation of Automatic Control, International Federation of Automatic Control (IFAC). AUT., Jul 2017, Toulouse, France. pp.1-6, ⟨10.1016/j.ifacol.2017.08.328⟩ Communication dans un congrès hal-01572090v1
Emergence de maladies sur peupliers ou la course aux armements entre l’améliorateur et les maladies Pascal Frey,Katherine Hayden,Fabien Halkett Regefor Atelier Recherche et Gestion Forestières. Emergence de bioagresseurs en forêt : Comment identifier et atténuer les risques ?, Jun 2017, Champenoux, France Communication dans un congrès hal-02791243v1
Update on Melampsora larici-populina genomics Sébastien Duplessis,Stéphane de Mita,Fabien Halkett,Pascal Frey 11. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie - JJC 2016 Journée Jean Chevaugeon, Jan 2016, Aussois, France Communication dans un congrès hal-02741208v1
Adaptation of poplar rust to the poplar varietal landscape Katherine Hayden,Bénédicte Fabre,Fabien Halkett,Pascal Frey 11. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie - JJC 2016 Journée Jean Chevaugeon, Jan 2016, Aussois, France Communication dans un congrès hal-01604529v1
Exemple de « vieilles » lignées asexuées chez les rouilles Ronan Becheler,Henriette Goyeau,Solenn Stoeckel,Fabien Halkett Réunion 2016 du groupe "champignons phytopathogènes", Nov 2016, Paris, France Communication dans un congrès hal-02795478v1
Mapping QTL of aggressiveness traits in the poplar rust fungus Michaël Pernaci,Stéphane de Mita,Bénédicte Fabre,Sébastien Duplessis,Fabien Halkettet al. 5. International Conference on Genetics of Tree-Parasite Interactions : Novel challenges and opportunities for resistance to pests and pathogens, Aug 2015, Orléans, France Communication dans un congrès hal-02793206v1
Identification of candidate effectors in the poplar rust fungus &lt;em&gt;Melampsora larici-populina&lt;/em&gt; through a population genomics approach Antoine Persoons,Fabien Halkett,Stéphane de Mita,Sébastien Duplessis 28. Fungal Genetics Conference, Mar 2015, Asilomar, Pacific Grove, CA, United States Communication dans un congrès hal-02792660v1
Quantitative trait evolution within a qualitative resistance breakdown Katherine Hayden,Bénédicte Fabre,Jeremy Petrowski,Fabien Halkett,Pascal Frey 5. International Conference on Genetics of Tree-Parasite Interactions: Novel challenges and opportunities for resistance to pests and pathogens, Aug 2015, Orléans, France Communication dans un congrès hal-02794919v1
On the road to mapping QTLs of morphological and aggressiveness traits in the poplar rust fungus Michaël Pernaci,Stéphane de Mita,Bénédicte Fabre,Sébastien Duplessis,Fabien Halkettet al. Réunion annuelle 2015 du Réseau Ecologie des Interactions Durables, Mar 2015, Lyon, France Communication dans un congrès hal-02792666v1
Mapping QTL of aggressiveness traits in the poplar rust fungus Michaël Pernaci,Stéphane de Mita,Bénédicte Fabre,Sébastien Duplessis,Fabien Halkettet al. 9eme Colloque de la Société Française de Phytopathologie, Jun 2015, Colmar, France Communication dans un congrès hal-02792933v1
Étude du déterminisme génétique des traits de vie qualitatifs et quantitatifs de Melampsora larici-populina, agent de la rouille foliaire du peuplier Michaël Pernaci,Stéphane de Mita,Bénédicte Fabre,Axelle Andrieux,Fabien Halkettet al. 10. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie - JJC 2014 Journée Jean Chevaugeon, Jan 2014, Aussois, France Communication dans un congrès hal-02800971v1
Pathogen adaptation to a shifting host landscape Katherine Hayden,Bénédicte Fabre,Jeremy Petrowski,Fabien Halkett,Pascal Frey Max-Planck-ARBRE inter-departmental workshop on plant-fungus interactions, Max Planck Institute for Terrestrial Microbiology. DEU., Nov 2014, Nancy, France Communication dans un congrès hal-02800432v1
Patterns of genomic variation in the poplar rust fungus &lt;em&gt;Melampsora larici-populina&lt;/em&gt; identify pathogenesis-related factors Antoine Persoons,Emmanuelle Morin,Christine Delaruelle,Thibaut Payen,Fabien Halkettet al. Max-Planck-ARBRE inter-departmental workshop on plant-fungus interactions, Nov 2014, Nancy, France Communication dans un congrès hal-02794927v1
Adaptation de la rouille du peuplier au paysage variétal populicole en France Katherine Hayden,Constance Xhaard,Bénédicte Fabre,Fabien Halkett,Pascal Frey 14. Rencontres du Groupe Français de Pathologie Forestière, Oct 2014, Hendaye, France Communication dans un congrès hal-01606751v1
On the road to mapping QTLs of morphological and aggressiveness traits in the poplar rust fungus Michaël Pernaci,Stéphane de Mita,Bénédicte Fabre,Axelle Andrieux,Fabien Halkettet al. IUFRO Joint Meeting on Genetics of Five-Needle Pines and Rusts in Mountain Landscapes, Jun 2014, Fort Collins, United States Communication dans un congrès hal-02792679v1
Identification d’effecteurs de &lt;em&gt;Melampsora larici-populina&lt;/em&gt; par une approche originale : de la génomique des populations à la génomique fonctionnelle Antoine Persoons,Stéphane de Mita,Fabien Halkett,Sébastien Duplessis 10. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie - JJC 2014 Journée Jean Chevaugeon, Jan 2014, Aussois, France. 116 p Communication dans un congrès hal-02742734v1
Adaptation of poplar rust to the poplar varietal landscape Katherine Hayden,Constance Xhaard,Bénédicte Fabre,Fabien Halkett,Pascal Frey IUFRO Joint Meeting on Genetics of Five-Needle Pines and Rusts in Mountain Landscapes, Jun 2014, Fort Collins, United States Communication dans un congrès hal-02792367v1
Genomics, transcriptomics and effectoromics of the poplar leaf rust fungus &lt;em&gt;Melampsora larici-populina&lt;/em&gt; Benjamin Petre,Stéphane S. Hacquard,Antoine Persoons,Emilie Tisserant,Emmanuelle Morinet al. IUFRO Joint Meeting on Genetics of Five-Needle Pines and Rusts in Mountain Landscapes, Jun 2014, Fort Collins, United States Communication dans un congrès hal-02801804v1
Origine de l'inoculum aérien de [i]Botrytis cinerea[/i] : sources locales vs introduction à partir de sources éloignées ? Christel Leyronas,Samuel Soubeyrand,Olivier Martin,Fabien Halkett,Philippe C. Nicot Journée sur la biologie des populations introduites, Nov 2013, Sophia-Antipolis, France Communication dans un congrès hal-01268386v1
Inférence des processus épidémiques chez la rouille du peuplier dans la vallée de la Durance Constance Xhaard,Frédéric Fabre,Jérôme Coville,Pascal Frey,Samuel Soubeyrandet al. 34. Réunion annuelle du Groupe d’Etude de Biologie et Génétique des Populations (Petit Pois Déridé 2012), Aug 2012, Avignon, France Communication dans un congrès hal-01267867v1
Modélisation spatio-temporelle du déroulement d’une épidémie de rouille du peuplier dans la vallée de la Durance Constance Xhaard,Frédéric Fabre,Jérôme Coville,Fabien Halkett,Samuel Soubeyrand 7. Rencontres Statistiques au Sommet de Rochebrune, Apr 2012, Megève, France Communication dans un congrès hal-01267965v1
Un cadre théorique pour étudier les interactions plantes - champignons pathogènes foliaires Fabien Halkett,Audrey Andanson,Bénédicte Fabre,Elisabeth E. Fournier,Pascal Freyet al. 8. Congrès national de la Société Française de Phytopathologie, Jun 2012, Paris, France. p.54 Communication dans un congrès hal-02802411v1
Predicting invasion success in forest pathogenic fungi from species traits? Marie Laure Desprez Loustau,Pascal Frey,Fabien Halkett,Claude Husson,Brigitte Lunget al. Conference Jacques Monod on ‘New and Emerging Fungal Diseases of Animals and Plants”, Jun 2011, Roscoff, France Communication dans un congrès hal-01173287v1
Un cadre théorique pour étudier les interactions plantes - champignons pathogènes foliaires Audrey Andanson,Elisabeth E. Fournier,F. Grognard,Fabien Halkett,Ludovic Mailleretet al. 8. Rencontres de Phytopathologie-Mycologie de la Société Française de Phytopathologie (SFP), Jan 2010, Aussois, France Communication dans un congrès hal-02756003v1
Un cadre théorique pour étudier les interactions plantes-champignons pathogènes foliaires Virginie Ravigné,Audrey Andanson,Bénédicte Fabre,Pascal Frey,Elisabeth Fournieret al. Premier Colloque National d'Ecologie Scientifique, 2010, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-00853204v1
Que nous raconte l'analyse des structures génétiques sur la dispersion des champignons phytopathogènes ? Cyril Dutech,Virginie Ravigné,Fabien Halkett,Elisabeth Fournier,Jean Carlier 7. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie de la Société Française de Phytopathologie. Journées Jean Chevaugeon, Jan 2008, Aussois, France. 14 diapositives Communication dans un congrès hal-02816891v1

Poster de conférence (14)

Evolutionary and functional studies of the variability of reproductive modes in the poplar rust fungus, Melampsora larici-populina Ammar Abdalrahem,Pascal Frey,Fabien Halkett,Sébastien Duplessis CJM3-2023 : Le sexe dans tous ses états : sexe, asexe, sexes, Sep 2023, Roscoff, France Poster de conférence hal-04233782v1
Poplar rust never sleeps: evolutionary characterization of the first avirulence gene in the poplar rust fungus Melampsora larici-populina Clémentine Louet,Méline Saubin,Sébastien Duplessis,Fabien Halkett,Pascal Frey 12th International Congress of Plant Pathology, Aug 2023, Lyon, France. 2023 Poster de conférence hal-04230809v1
Association of two co-occurring mutations at the AvrMlp7 avirulence locus in poplar rust during the breakdown of RMlp7 resistance gene Clémentine Louet,Méline Saubin,Axelle Andrieux,Antoine Persoons,Mathilde Gorseet al. IS-MPMI Congress eSymposium, Pathogen-Host Coevolution — Combating Resistance Breaking in Agriculture, Sep 2021, Online, United States. , Molecular Plant-Microbe Interactions, 34, 2021, 2021 IS-MPMI Congress: eSymposia Series Abstracts Poster de conférence hal-04137548v1
Impact of ploidy and pathogen life cycle on resistance durability Méline Saubin,Stéphane de Mita,Fabien Halkett 18th Ecology and Evolution of Infectious Diseases, Jun 2021, (Online), France Poster de conférence hal-03336582v1
Evolutionary dynamics of virulence spread: effects of life cycle, genetic determinism and host resistance deployment Méline Saubin,Clémentine Louet,Stéphane de Mita,Antoine Persoons,Axelle Andrieuxet al. Sex and Asex: The Genetics of Complex Life-Cycles, Jun 2019, Portland (Oregon), United States Poster de conférence hal-03336443v1
Genetic architecture of pathogenicity-associated traits in the poplar rust fungus, Melampsora larici-populina Agathe Maupetit,Katherine Hayden,Vincent Segura,Romain Larbat,Stéphane de Mitaet al. Evolution 2018 Montpellier, Aug 2018, Montpellier, France Poster de conférence hal-03336361v1
ClonEstiMate, a Bayesian method for quantifying rates of clonality of populations genotyped at two time steps Ronan Becheler,Jean-Pierre Masson,Sophie Arnaud-Haond,Fabien Halkett,Stéphanie Marietteet al. Jacques Monod conference "Sex uncovered: the evolutionary biology of reproductive systems", Apr 2018, Roscoff, France Poster de conférence hal-03336667v1
Genetic architecture of pathogenicity-related life history traits in the poplar rust fungus Agathe Maupetit,Michaël Pernaci,Bénédicte Fabre,Sébastien Duplessis,Stéphane de Mitaet al. 11. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie - JJC 2016 Journée Jean Chevaugeon, Jan 2016, Aussois, France. , 96 p., 2016, 11èmes Journées Jean Chevaugeon. 25–29 janvier 2016. Centre Paul Langevin, Aussois (France) Poster de conférence hal-02740999v1
Update on Melampsora larici-populina genomics Sébastien Duplessis,Stéphane de Mita,Fabien Halkett,Pascal Frey 13th European Conference on Fungal Genertics (ECFG13), Apr 2016, Paris, France Poster de conférence hal-03253579v1
Caractérisation de l'inoculum aérien de[i] Botrytis cinerea[/i] pour la prévision des épidémies de pourriture grise Christel Leyronas,Philippe C. Nicot,Fabien Halkett,Olivier Martin,Samuel Soubeyrand 9. colloque de la Société Française de Phytopathologie, Jun 2015, Colmar, France. , 2015, 9. Colloque de la société française de phytopathologie. Livre des résumés. Du 2 au 5 juin 2015, Colmar, "la cité de Bartholdi" Poster de conférence hal-01269044v1
Structure génétique spatiale de la truffe noire du Périgord (&lt;em&gt;Tuber melanosporum&lt;/em&gt;) dans une plantation productive analysée par marqueurs microsatellites et les gènes de compatibilité sexuelle Claude Murat,Herminia de La Varga,Emila Akroume,François Le Tacon,Christophe Robinet al. 10. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie. Journées Jean Chevaugeon, Jan 2014, Aussois, France. 2014, Journées Jean Chevaugeon 2014. 10es Rencontres de phytopathologie-mycologie de la Société Française de Phytopahologie (SFP). 27 au 31 janvier 2014. Centre Paul Langevin, CAES du CNRS Aussois (Savoie) – France Poster de conférence hal-02743213v1
Adaptation of poplar rust to the poplar varietal landscape Katherine Hayden,Bénédicte Fabre,Fabien Halkett,Pascal Frey 10. Rencontres de Phytopathologie - Mycologie. Journées Jean Chevaugeon, Jan 2014, Aussois, France. 2014, Journées Jean Chevaugeon 2014. 10es Rencontres de phytopathologie-mycologie de la Société Française de Phytopahologie (SFP). 27 au 31 janvier 2014. Centre Paul Langevin, CAES du CNRS Aussois (Savoie) – France Poster de conférence hal-02739666v1
Evolution temporelle des caractéristiques génétiques de l’inoculum aérien de Botrytis cinerea un champignon pathogène extrêmement polyphage Christel Leyronas,Philippe C. Nicot,Fabien Halkett 34. Réunion annuelle du Groupe d’Etude de Biologie et Génétique des Populations (Petit Pois Déridé 2012), Aug 2012, Avignon, France. 2012, Petit Pois Déridé 2012. Avignon, du 28 au 31 août 2012. Actes du colloque. Session 7 «Dispersion, épidémiologie et biologie des invasions» Poster de conférence hal-01267798v1
Évolution des populations aériennes de [i]Botrytis cinerea[/i] : un exemple d’aéromicrobiologie Christel Leyronas,Fabien Halkett,Magali Duffaud,Philippe C. Nicot Journées des Microbiologistes de l’INRA 2012, Nov 2012, L'Isle-sur-la-Sorgue, France. 2012, Journées des Microbiologistes de l'Inra 2012. L'Isle-sur-La-Sorgue- 13-15 novembre 2012 Poster de conférence hal-01267866v1

Chapitre d'ouvrage (4)

L'adaptation des agents pathogènes de plantes aux systèmes cultivés : une évolution sous contraintes anthropiques Fabien Halkett,Christian Lannou,Christophe Le May,Josselin Montarry,Julien Papaïxet al. L'immunité des plantes. Pour des cultures résistantes aux maladies, Editions Quae, pp.125-134, 2021, 9782759232338 Chapitre d'ouvrage hal-03316033v1
Les contournements de résistance : Mécanismes, dynamiques et conséquences Henriette Goyeau,Fabien Halkett,Bruno Le Cam,Josselin Montarry,Christophe Le May L'immunité des plantes. Pour des cultures résistantes aux maladies, Editions Quae, pp.135-145, 2021, 9782759232338 Chapitre d'ouvrage hal-03316038v1
Coévolution plantes-parasites en populations naturelles Virginie Ravigné,Fabien Halkett,Charlotte Tollenaere L'immunité des plantes. Pour des cultures résistantes aux maladies, Editions Quae, pp.115-123, 2021, 9782759232338 Chapitre d'ouvrage hal-04141298v1
Un effet papillon dans les peupleraies françaises : les répercussions d’un contournement de résistance sur les méthodes de sélection variétale Bénédicte Fabre,Catherine Bastien,Claude Husson,Benoit Marçais,Pascal Freyet al. L'immunité des plantes. Pour des cultures résistantes aux maladies, Editions Quae, pp.329-339, 2021, 9782759232338 Chapitre d'ouvrage hal-03324138v1

Autre publication scientifique (1)

ClonEstiMate 1.01 Ronan Becheler,Jean-Pierre Masson,Sophie Arnaud-Haond,Fabien Halkett,Stéphanie Marietteet al. 2016 Autre publication scientifique hal-01608300v1

Rapport (1)

INTERPOPGER Interactions entre peupleraies naturelles et cultivées et pressions évolutives liées à leurs modes de gestion. Bilan scientifique 2005‐2008 Catherine Bastien,Jose-Luis Almeida Falcon,Nicolas Chenault,Arnaud Dowkiw,Vanina Guérinet al. 2008 Rapport hal-02824228v1

Cours (2)

Evolution et Adaptation des agents pathogènes Fabien Halkett,Jacominus van Baalen,Manuel Plantegenest Master Biologie et écologie pour la Forêt, l’Agronomie et la Gestion des Ecosystèmes (FAGE) : UE8.16 (Evolution et Adaptation des agents pathogènes), 2017, 79 p Cours hal-02788489v1
Introduction à la génétique et à la génomique des populations Fabien Halkett,Stéphane de Mita Master FAGE UE8.16 (Introduction à la génétique des populations), 2017, 68 p Cours hal-02789805v1