Fabien Jourdan

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fabien-jourdan

ORCID :

0000-0001-9401-2894

IdRef :

069183996

Présentation

Publications

Article dans une revue (59)

Wurtzite vs zinc blende phase selection in GaN nanowires Corentin Guérin,Fabien Jourdan,Bérangère Moreau,Bruno Gayral,Jean-Luc Rouvièreet al. Journal of Applied Physics, 2025, 138 (3), pp.035304. ⟨10.1063/5.0279475⟩ Article dans une revue hal-05345102v1
Simulated metabolic profiles reveal biases in pathway analysis methods Juliette Cooke,Cecilia Wieder,Nathalie Poupin,Clément Frainay,Timothy Ebbelset al. Metabolomics, 2025, 21 (5), pp.136. ⟨10.1007/s11306-025-02335-y⟩ Article dans une revue hal-05306419v1
Optical properties of basal plane stacking faults in AlN nanowires Corentin Guérin,Fabien Jourdan,Jean-Luc Rouvière,Bruno Gayral,Gwénolé Jacopinet al. Journal of Applied Physics, 2025, 137 (17), pp.174303. ⟨10.1063/5.0252320⟩ Article dans une revue hal-05345072v1
Challenges and perspectives for naming lipids in the context of lipidomics Michael Witting,Adnan Malik,Andrew Leach,Alan Bridge,Lucila Aimoet al. Metabolomics, 2024, 20 (1), pp.15. ⟨10.1007/s11306-023-02075-x⟩ Article dans une revue hal-04596970v1
A strategy to detect metabolic changes induced by exposure to chemicals from large sets of condition-specific metabolic models computed with enumeration techniques Louison Fresnais,Olivier Perin,Anne Riu,Romain Grall,,Alban Ottet al. BMC Bioinformatics, 2024, 25 (1), pp.234. ⟨10.1186/s12859-024-05845-z⟩ Article dans une revue hal-04652792v1
Genome scale metabolic network modelling for metabolic profile predictions Juliette Cooke,Maxime Delmas,Cecilia Wieder,Pablo Rodríguez Mier,Clément Frainayet al. PLoS Computational Biology, 2024, 20 (2), pp.e1011381. ⟨10.1371/journal.pcbi.1011381⟩ Article dans une revue hal-04596969v1
PhysioFit: a software to quantify cell growth parameters and extracellular fluxes Loïc Le Grégam,Yann Guitton,Floriant Bellvert,Stéphanie Heux,Fabien Jourdanet al. Bioinformatics, 2024, 40 (8), pp.btae488. ⟨10.1101/2023.10.12.561695⟩ Article dans une revue hal-04253692v1
PathIntegrate: Multivariate modelling approaches for pathway-based multi-omics data integration Cecilia Wieder,Juliette Cooke,Clement Frainay,Nathalie Poupin,Russell Bowleret al. PLoS Computational Biology, 2024, 20 (3), pp.e1011814. ⟨10.1371/journal.pcbi.1011814⟩ Article dans une revue hal-04597222v1
Scaling-up metabolomics: Current state and perspectives Ghina Hajjar,Millena Cristina Barros Santos,Justine Bertrand-Michel,Cécile Canlet,Florence A Castelliet al. Trends in Analytical Chemistry, 2023, 167 (20), pp.117225. ⟨10.1016/j.trac.2023.117225⟩ Article dans une revue (article de synthèse) hal-04188505v1
Suggesting disease associations for overlooked metabolites using literature from metabolic neighbors Maxime Delmas,Olivier Filangi,Christophe Duperier,Nils Paulhe,Florence Vinsonet al. GigaScience, 2023, 12, pp.giad065. ⟨10.1093/gigascience/giad065⟩ Article dans une revue hal-04223426v1
PeakForest: a multi-platform digital infrastructure for interoperable metabolite spectral data and metadata management Nils Paulhe,Cécile Canlet,Annelaure Damont,Lindsay Peyriga,Stéphanie Durandet al. Metabolomics, 2022, 18 (6), pp.40. ⟨10.1007/s11306-022-01899-3⟩ Article dans une revue hal-03695453v1
Networks and Graphs Discovery in Metabolomics Data Analysis and Interpretation Adam Amara,Clément Frainay,Fabien Jourdan,Thomas Naake,Steffen Neumannet al. Frontiers in Molecular Biosciences, 2022, 9, ⟨10.3389/fmolb.2022.841373⟩ Article dans une revue hal-03636716v1
Avoiding the Misuse of Pathway Analysis Tools in Environmental Metabolomics Cecilia Wieder,Jacob Bundy,Clément Frainay,Nathalie Poupin,Pablo Rodríguez-Mieret al. Environmental Science and Technology, In press, ⟨10.1021/acs.est.2c05588⟩ Article dans une revue hal-03799270v1
Gestational exposure to bisphenol A induces region-specific changes in brain metabolomic fingerprints in sheep Davy Guignard,Cécile Canlet,Marie Tremblay-Franco,Elodie Chaillou,Roselyne Gautieret al. Environment International, 2022, 165, pp.107336. ⟨10.1016/j.envint.2022.107336⟩ Article dans une revue hal-03701070v1
Multiplatform metabolomics for an integrative exploration of metabolic syndrome in older men Blandine Comte,Stéphanie Monnerie,Marion Brandolini-Bunlon,Cécile Canlet,Florence Castelliet al. EBioMedicine, 2021, 69, ⟨10.1016/j.ebiom.2021.103440⟩ Article dans une revue hal-03283772v1
Gaining Insights Into Metabolic Networks Using Chemometrics and Bioinformatics: Chronic Kidney Disease as a Clinical Model Julien Boccard,Domitille Schvartz,Santiago Codesido,Mohamed Hanafi,Yoric Gagnebinet al. Frontiers in Molecular Biosciences, 2021, 8, pp.682559. ⟨10.3389/fmolb.2021.682559⟩ Article dans une revue hal-03318230v1
ELIXIR and Toxicology: a community in development Marvin Martens,Rob Stierum,Emma Schymanski,Chris Evelo,Reza Aalizadehet al. F1000Research, 2021, 10, pp.1129. ⟨10.12688/f1000research.74502.1⟩ Article dans une revue pasteur-03680151v1
FORUM: building a Knowledge Graph from public databases and scientific literature to extract associations between chemicals and diseases Maxime Delmas,Olivier Filangi,Nils Paulhe,Florence Vinson,Christophe Duperieret al. Bioinformatics, 2021, 37 (21), pp.3896-3904. ⟨10.1093/bioinformatics/btab627⟩ Article dans une revue hal-03361495v2
DEXOM: Diversity-based enumeration of optimal context-specific metabolic networks Pablo Rodríguez-Mier,Nathalie Poupin,Carlo de Blasio,Laurent Le Cam,Fabien Jourdan PLoS Computational Biology, 2021, 17 (2), ⟨10.1371/journal.pcbi.1008730⟩ Article dans une revue hal-03154775v1
Mitochondrial metabolism supports resistance to IDH mutant inhibitors in acute myeloid leukemia Lucille Stuani,Marie Sabatier,Estelle Saland,Guillaume Cognet,Nathalie Poupinet al. Journal of Experimental Medicine, 2021, 218 (5), pp.e20200924. ⟨10.1084/jem.20200924⟩ Article dans une revue hal-03563454v1
Osteogenic Response of Human Mesenchymal Stem Cells Analysed Using Combined Intracellular and Extracellular Metabolomic Monitoring Amal Surrati,Evseev Sergey,Fabien Jourdan,Dong-Hyun Kim,Virginie Sottile Cellular Physiology and Biochemistry, 2021, 55 (3), pp.311-326. ⟨10.33594/000000377⟩ Article dans une revue hal-03312596v1
Pathway analysis in metabolomics: Recommendations for the use of over-representation analysis Cecilia Wieder,Clément Frainay,Nathalie Poupin,Pablo Rodríguez-Mier,Florence Vinsonet al. PLoS Computational Biology, 2021, 17 (9), ⟨10.1371/journal.pcbi.1009105⟩ Article dans une revue hal-03344682v1
Milk metabolome reveals variations on enteric methane emissions from dairy cows fed a specific inhibitor of the methanogenesis pathway Bénédict Yanibada,Ulli Hohenester,Mélanie Pétéra,Cécile Canlet,Stéphanie Durandet al. Journal of Dairy Science, 2021, 104 (12), pp.12553-12566. ⟨10.3168/jds.2021-20477⟩ Article dans une revue hal-03351167v1
Improving lipid mapping in Genome Scale Metabolic Networks using ontologies Nathalie Poupin,Florence Vinson,Arthur Moreau,Aurélie Batut,Maxime Chazalvielet al. Metabolomics, 2020, 16 (4), pp.44. ⟨10.1007/s11306-020-01663-5⟩ Article dans une revue hal-02935172v1
Inhibition of enteric methanogenesis in dairy cows induces changes in plasma metabolome highlighting metabolic shifts and potential markers of emission Bénédict Yanibada,Ulli Hohenester,Mélanie Pétéra,Cécile Canlet,Stéphanie Durandet al. Scientific Reports, 2020, 10 (1), ⟨10.1038/s41598-020-72145-w⟩ Article dans une revue hal-02949602v1
The GOLIATH Project: Towards an Internationally Harmonised Approach for Testing Metabolism Disrupting Compounds Juliette Legler,Daniel Zalko,Fabien Jourdan,Miriam Jacobs,Bernard Fromentyet al. International Journal of Molecular Sciences, 2020, 21 (10: Special Issue Advances in the Research of Endocrine Disrupting Chemicals 2.0), pp.3480. ⟨10.3390/ijms21103480⟩ Article dans une revue hal-04707157v1
1H-NMR metabolomics response to a realistic diet contamination with the mycotoxin deoxynivalenol Imourana Alassane-Kpembi,Cecile Canlet,Marie Tremblay-Franco,Fabien Jourdan,Maxime Chalzavielet al. Food and Chemical Toxicology, 2020, 138, pp.111222. ⟨10.1016/j.fct.2020.111222⟩ Article dans une revue hal-03331253v1
Postprandial NMR-Based Metabolic Exchanges Reflect Impaired Phenotypic Flexibility across Splanchnic Organs in the Obese Yucatan Mini-Pig Marie Tremblay-Franco,Nathalie Poupin,Aurélien Amiel,Cécile Canlet,Didier Remondet al. Nutrients, 2020, 12 (8), pp.2442. ⟨10.3390/nu12082442⟩ Article dans une revue hal-02927174v1
Arterio-venous metabolomics exploration reveals major changes across liver and intestine in the obese Yucatan minipig Nathalie Poupin,Marie Tremblay-Franco,Aurélien Amiel,Cécile Canlet,Didier Remondet al. Scientific Reports, 2019, 9 (1), ⟨10.1038/s41598-019-48997-2⟩ Article dans une revue hal-02282295v1
Caractérisation des dangers des contaminants alimentaires : ce qui change; conséquences pour la recherche et l’évaluation Jean Pierre J. P. Cravedi,Fabien Jourdan Innovations Agronomiques, 2019, 73, pp.1-10. ⟨10.15454/ij9z4r⟩ Article dans une revue hal-02275513v1
PhenoMeNal: processing and analysis of metabolomics data in the cloud Kristian Peters,James Bradbury,Sven Bergmann,Marco Capuccini,Marta Cascanteet al. GigaScience, 2019, 8 (2), pp.giy149. ⟨10.1093/gigascience/giy149⟩ Article dans une revue hal-02627233v1
MetaboRank: network-based recommendation system to interpret and enrich metabolomics results Clément Frainay,Sandrine Aros,Maxime Chazalviel,Thomas Garcia,Florence Vinsonet al. Bioinformatics, 2019, 35 (2), pp.274-283. ⟨10.1093/bioinformatics/bty577⟩ Article dans une revue hal-02627792v1
Large-Scale Modeling Approach Reveals Functional Metabolic Shifts during Hepatic Differentiation Nathalie Poupin,Anne Corlu,Nicolas J. Cabaton,Hélène Dubois-Pot-Schneider,Cécile Canletet al. Journal of Proteome Research, 2019, 18 (1), pp.204-216. ⟨10.1021/acs.jproteome.8b00524⟩ Article dans une revue hal-01937261v1
An untargeted metabolomics approach to explore the metabolic modulation of HepG2 cells exposed to low doses of bisphenol A and 17β-estradiol 2 Nicolas J. Cabaton,Nathalie Poupin,Cécile Canlet,Marie Tremblay-Franco,Marc Audebertet al. Frontiers in Endocrinology, 2018, 9, ⟨10.3389/fendo.2018.00571⟩ Article dans une revue hal-02618654v1
Integrated transcriptomics and metabolomics reveal signatures of lipid metabolism dysregulation in HepaRG liver cells exposed to PCB 126 Robin Mesnage,Martina Biserni,Sucharitha Balu,Clément Frainay,Nathalie Poupinet al. Archives of Toxicology, 2018, 92 (8), pp.2533-2547. ⟨10.1007/s00204-018-2235-7⟩ Article dans une revue hal-02621552v1
MetExplore: collaborative edition and exploration of metabolic networks Ludovic Cottret,Clément Frainay,Maxime Chazalviel,Floréal Cabanettes,Yoann Gloaguenet al. Nucleic Acids Research, 2018, 46 (W1), 8 p. ⟨10.1093/nar/gky301⟩ Article dans une revue hal-01886470v1
Mind the gap: mapping mass spectral databases in genome-scale metabolic networks reveals poorly covered Areas Clément Frainay,Emma L. Schymanski,Steffen Neumann,Benjamin Merlet,Reza Mohammadi Saleket al. Metabolites, 2018, 8 (3), ⟨10.3390/metabo8030051⟩ Article dans une revue hal-02627086v1
MetExploreViz: web component for interactive metabolic network visualization Maxime Chazalviel,Clément Frainay,Nathalie Poupin,Florence Vinson,Benjamin Merletet al. Bioinformatics, 2018, 34 (2), pp.312-313. ⟨10.1093/bioinformatics/btx588⟩ Article dans une revue hal-02621786v1
Targeted versus untargeted omics — the CAFSA story Maria del Mar Amador,Benoit Colsch,Foudil Lamari,Claude Jardel,Farid Ichouet al. Journal of Inherited Metabolic Disease, 2018, 41 (3), pp.1-10. ⟨10.1007/s10545-017-0134-3⟩ Article dans une revue hal-01777969v1
Computational methods to identify metabolic sub-networks based on metabolomic profiles Clément Frainay,Fabien Jourdan Briefings in Bioinformatics, 2017, 18 (1), pp.43-56. ⟨10.1093/bib/bbv115⟩ Article dans une revue hal-01608721v1
The future of metabolomics in ELIXIR M. van Rijswijk,C. Beirnaert,C. Caron,M. Cascante,V. Dominguezet al. F1000Research, 2017, 6 (Version 2), ⟨10.12688/f1000research.12342.2⟩ Article dans une revue hal-01630635v1
MetaNetter 2: A Cytoscape plugin for ab initio network analysis and metabolite feature classification Karl E.V. Burgess,Y. Borutzki,N. Rankin,R. Daly,Fabien Jourdan Journal of Chromatography B - Analytical Technologies in the Biomedical and Life Sciences, 2017, 1071, pp.68-74. ⟨10.1016/j.jchromb.2017.08.015⟩ Article dans une revue hal-02620690v1
PathQuant: A bioinformatic tool to quantitatively annotate the relationship between genes and metabolites through metabolic pathway mapping Sandra Therrien-Laperriere,S. Cherkaoui,G. Boucher,. Igenomed Consortium,Fabien Jourdanet al. FASEB Journal, 2017, 31 (1) Article dans une revue hal-02622661v1
A computational solution to automatically map metabolite libraries in the context of genome scale metabolic networks Benjamin Merlet,Nils Paulhe,Florence Vinson,Clément Frainay,Maxime Chazalvielet al. Frontiers in Molecular Biosciences, 2016, 3, ⟨10.3389/fmolb.2016.00002⟩ Article dans une revue hal-02631089v1
Bisphenol A exposure disrupts neurotransmitters through modulation of transaminase activity in the brain of rodents Daniel Zalko,Ana Soto,Cécile Canlet,Marie Tremblay-Franco,Fabien Jourdanet al. Endocrinology, 2016, 157 (5), pp.1736-1739. ⟨10.1210/en.2016-1207⟩ Article dans une revue hal-02640118v1
Dynamic metabolic disruption in rats perinatally exposed to low doses of bisphenol-A Marie Tremblay-Franco,Nicolas J. Cabaton,Cécile Canlet,Roselyne Gautier,Cheryl M Schaeberleet al. PLoS ONE, 2015, 10 (10), ⟨10.1371/journal.pone.0141698⟩ Article dans une revue hal-02632321v1
TrypanoCyc: a community-led biochemical pathways database for &lt;em&gt;Trypanosoma brucei&lt;/em&gt; Sanu Shameer,Flora J. Logan-Klumpler,Florence Vinson,Ludovic Cottret,Benjamin Merletet al. Nucleic Acids Research, 2015, 43 (D1), pp.D637 - D644. ⟨10.1093/nar/gku944⟩ Article dans une revue hal-02631222v1
Can we Trust Untargeted Metabolomics: Results of the Metabo-ring Initiative, a Large-scale Multi-instruments Inter-laboratoire Study Jean-Charles Martin,Mathieu Maillot,Gerard Mazerolles,Alexandre Verdu,Bernard Lyanet al. Metabolomics, 2015, 11 (4), pp.807-821. ⟨10.1007/s11306-014-0740-0⟩ Article dans une revue hal-01123343v1
ProbMetab: an R package for Bayesian probabilistic annotation of LC-MS-based metabolomics Ricardo R. Silva,Fabien Jourdan,Diego M. Salvanha,Fabien Letisse,Emilien L. Jaminet al. Bioinformatics, 2014, 30 (9), pp.1336 - 1337. ⟨10.1093/bioinformatics/btu019⟩ Article dans une revue hal-01268715v1
Telling metabolic stories to explore metabolomics data: a case study on the yeast response to cadmium exposure Paulo Vieira Milreu,Cecilia Coimbra Klein,Ludovic Cottret,Vicente Acuña,Etienne E. Birmeléet al. Bioinformatics, 2014, 30 (1), pp.61-70. ⟨10.1093/bioinformatics/btt597⟩ Article dans une revue hal-00922567v1
Telling stories: Enumerating maximal directed acyclic graphs with a constrained set of sources and targets Vicente Acuña,Etienne Birmelé,Ludovic Cottret,Pierluigi Crescenzi,Fabien Jourdanet al. Theoretical Computer Science, 2012, 457, pp.1--9. ⟨10.1016/j.tcs.2012.07.023⟩ Article dans une revue hal-00764025v1
Flux analysis of the Trypanosoma brucei glycolysis based on a multi-objective criteria bioinformatic approach, Advances in Bioinfromatics, 2012, in press. International conference with published acts Amine Ghozlane,Frédéric Bringaud,Hayssam Soueidan,Isabelle Dutour,Fabien Jourdanet al. Advances in Bioinformatics, 2012, 2012, 16 p., Article ID 159423. ⟨10.1155/2012/159423⟩ Article dans une revue hal-00723179v1
Intuitive Visualization and Analysis of Multi-Omics Dataand Application to Escherichia coli Carbon Metabolism Brice Enjalbert,Fabien Jourdan,Jean-Charles Portais PLoS ONE, 2011, 6 (6), pp.e21318. ⟨10.1371/journal.pone.0021318⟩ Article dans une revue hal-01137055v1
Communities and hierarchical structures in dynamic social networks: analysis and visualization Frédéric Gilbert,Paolo Simonetto,Faraz Zaidi,Fabien Jourdan,Romain Bourqui Social Network Analysis and Mining, 2011, 1 (2), pp.85-95. ⟨10.1007/s13278-010-0002-8⟩ Article dans une revue hal-00520936v1
MetExplore: a web server to link metabolomic experiments and genome-scale metabolic networks. Ludovic Cottret,David Wildridge,Florence Vinson,Michael P Barrett,Hubert Charleset al. Nucleic Acids Research, 2010, 38 (Web Server issue), pp.W132-7. ⟨10.1093/nar/gkq312⟩ Article dans une revue hal-00690651v1
Graph methods for the investigation of metabolic networks in parasitology Ludovic Cottret,Fabien Jourdan Parasitology, 2010, 137, pp.1393-1407. ⟨10.1017/S0031182010000363⟩ Article dans une revue istex hal-02661590v1
Use of reconstituted metabolic networks to assist in metabolomic data visualization and mining Fabien Jourdan,Ludovic Cottret,Laurence Huc,David Wildridge,Richard Scheltemaet al. Metabolomics, 2010, 6 (2), pp.312-321. ⟨10.1007/s11306-009-0196-9⟩ Article dans une revue hal-02662801v1
Un algorithme stable de décomposition pour l'analyse des réseaux sociaux dynamiques Romain Bourqui,Paolo Simonetto,Fabien Jourdan Revue des Nouvelles Technologies de l'Information, 2009, pp.337-348 Article dans une revue hal-00406437v1
MetaNetter: inference and visualization of high-resolution metabolomic networks Fabien Jourdan,Rainer Breitling,Michael Barrett,Gilbert David Bioinformatics, 2008, 24 (1), pp.143-145. ⟨10.1093/bioinformatics/btm536⟩ Article dans une revue hal-03318375v1

Communication dans un congrès (43)

IsoDesign: software for optimizing the isotopic composition of labeled substrates in 13C-fluxomics experiments Rochelle Kouakou,Loïc Le Grégam,Floriant Bellvert,Fabien Jourdan,Jean-Charles Portaiset al. RFMF 2025, Jun 2025, Paris, France Communication dans un congrès hal-05168002v1
IsoDesign: substrate design for isotopic labelling experiments Loïc Le Grégam,Rochelle Kouakou,Floriant Bellvert,Jean-Charles Portais,Fabien Jourdanet al. Metabomeeting 2024, Nov 2024, Liverpool, United Kingdom Communication dans un congrès hal-04839994v1
Automated workflows for 13C-fluxomics Pierre Millard,Loïc Le Grégam,Floriant Bellvert,Yann Guitton,Fabien Jourdanet al. Modeling metabolism 2nd edition, 2024, Toulouse, France Communication dans un congrès hal-04941899v1
Exploration multi-omique et in silico des effets transgénérationels et sexe-spécifiques induits par le TBT, un composé obésogène, sur le métabolisme hépatique de la souris Nathalie Poupin,Fabien Jourdan,Raquel Chamorro-García,Toshi Shioda,Richard C Changet al. 15èmes journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique (RFMF), May 2023, Perpignan, France Communication dans un congrès hal-04596856v1
Modelling the muscle metabolic response in anabolic and catabolic states using arterio-venous blood metabolomics profiles Nathalie Poupin,Florence A Castelli,Emeline Chu-Van,Didier Remond,Dominique Dardevetet al. 8. Conference on Constraint-Based reconstruction and Analysis (COBRA 2022), Sep 2022, Galway, Ireland Communication dans un congrès hal-03807737v1
Automatising 13 C-fluxomics flux calculations through a workflow hosted on the Workflow4Metabolomics Galaxy platform Loïc Le Grégam,Pierre Millard,Serguei Sokol,Yann Guitton,Gildas Le Corguilléet al. Analytics 2022, RFMF; AFSEP; AFSM, Sep 2022, Nantes, France Communication dans un congrès hal-04352460v1
SAMBA, a recommendation system for biomarker discovery using metabolic networks Juliette Cooke,Nathalie Poupin,Maxime Delmas,Clément Frainay,Florence Vinsonet al. 8th Conference on Constraint-Based reconstruction and Analysis (COBRA 2022), Sep 2022, Galway, Ireland Communication dans un congrès hal-03807772v1
Modelling intrahepatic metabolic rewiring during the onset of obesity using arterio- venous blood metabolomics profiles Nathalie Poupin,Marie Tremblay-Franco,Cécile Canlet,Aurélien Amiel,Didier Rémondet al. European RFMF Metabomeeting 2020, Jan 2020, Toulouse, France Communication dans un congrès hal-02948334v1
Inhibition of enteric methanogenesis in cows induces changes in plasma metabolome highlighting potential emission markers Bénédict Yanibada,Ulli Hohenester,Mélanie Pétéra,Cécile Canlet,Stéphanie Durandet al. 7. Greenhouse Gas and Animal Agriculture Conference, Aug 2019, Foz do Iguassu, Brazil Communication dans un congrès hal-02788492v1
Modélisation du réseau métabolique des cellules de Leucémies Aiguës Myéloïdes pour comprendre les différences métaboliques liées à la mutation sur IDH1 Laurent Fernando,Lucille Stuani,Tony Lionel Palama,Tony Kaoma,Jean-Emmanuel Sarryet al. Congrès de Spectrométrie de Masse, Métabolomique et Fluxomique (SMMAP), Oct 2017, Marne-la-Vallée, France Communication dans un congrès hal-02946080v1
Reconstruction du réseau métabolique de la tomate Florence Maurier,Clément Frainay,Fabien Jourdan,Sophie S. Colombie 9. Journées scientifiques du RFMF, Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique (RFMF). FRA., Jun 2015, Lille, France Communication dans un congrès hal-02742882v1
MetaboHUB and RFMF : two tools at the service of metabolomics and fluxomics in France Dominique Rolin,Floriant Bellvert,Justine Bertrand-Michel,Cécile Canlet,Richard Coleet al. MERLION Metabolomics Workshop Singapore 2014, Nov 2014, Singapore, Singapore Communication dans un congrès hal-02798242v1
Visualization of time-series data in the context of metabolic networks with Systrip Software Jonathan Dubois,Ludovic Cottret,Amine Ghozlane,David Auber,Frédéric Bringaudet al. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM 2013), Jul 2013, France Communication dans un congrès hal-00838725v1
MetaboHUB: a french infrastructure dedicated to metabolomics and fluxomics Dominique D. Rolin,Alice A. Agasse,Justine Bertrand-Michel,R. R. Cole,Sophie S. Colombieet al. Metabolomics 2013 - 9. Annual conference of the Metabolomics Society, Jul 2013, Glasgow, United Kingdom Communication dans un congrès hal-01002247v1
MetaboHUB: a national infrastructure dedicated to metabolomics and fluxomics Dominique D. Rolin,Alice A. Agasse,Justine Bertrand-Michel,R. R. Cole,B. B. Colschet al. 7. Journées scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et de Fluxomique (RFMF), Jun 2013, Amiens, France Communication dans un congrès hal-01002241v1
MetaboHUB: une infrastructure nationale au service de la métabolomique Dominique D. Rolin,Alice A. Agasse,Justine Bertrand-Michel,R. R. Cole,B. B. Colschet al. Séance thématique "La métabolomique : son application en recherche pharmaceutique et diagnostique", Académie Nationale de Pharmacie. FRA., Feb 2013, Paris, France Communication dans un congrès hal-01002248v1
Systrip: a visual environment for the investigation of time-series data in the context of metabolic networks Jonathan Dubois,Ludovic Cottret,Amine Ghozlane,David Auber,Frédéric Bringaudet al. 16th International Conference on Information Visualization (IV'12), Jul 2012, Montpellier, France. pp.4771a204 Communication dans un congrès hal-00742176v1
Peut-on faire confiance à la métabolomique: résultats de l'initiative MetaboRing Alexandre Verdu,Bernard Lyan,Carole Migné,Catherine Defoort,Cécile Canletet al. 6. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique (RFMF), May 2012, Nantes, France Communication dans un congrès hal-01594993v1
Can we trust untargeted metabolomics: results of the metabo-ring study Alexandre Verdu,Bernard Lyan,Carole Migné,Catherine Defoort,Cécile Canletet al. 2. African-European Conference on Chemometrics - Afrodata 2012, Nov 2012, Stellenbosch, South Africa Communication dans un congrès hal-01595486v1
Metabolomics for food and environmental toxicology : from targeted to global integrative approaches Laurent Debrauwer,Emilien L. Jamin,Isabelle Jouanin,Sylvie S. Chevolleau,Marlène Z. Lacroixet al. LC-MS Montreux Symposium 2012, Nov 2012, Montreux, Switzerland Communication dans un congrès hal-02745532v1
Approche métabonomique pour l'étude in vivo, in vitro et in silico de la toxicologie des faibles doses Daniel Zalko,Nicolas J. Cabaton,Cécile Canlet,Marie Tremblay-Franco,Fabien Jourdan . 5emes Journées scientifiques TOXALIM, Ville service., Dec 2011, Toulouse, France Communication dans un congrès hal-02811476v1
Extraction d'&quot;histoires métaboliques&quot; dans les réseaux métaboliques à partir de données métabolomiques Fabien Jourdan 5eme journées du RFMF, Saisissez le nom du laboratoire, du service ou du département., Ville service., May 2011, Paris, France Communication dans un congrès hal-02803297v1
Use of reconstituted metabolic networks to assist in metabolomic data visualization and mining Fabien Jourdan Metabolomics 2011, Saisissez le nom du laboratoire, du service ou du département., Ville service., Jun 2011, Cairns, Australia Communication dans un congrès hal-02802559v1
Domain specific vs Generic Network Visualization: an evaluation with metabolic networks Romain Bourqui,Helen Purchase,Fabien Jourdan Australasian Conference on User Interface, Jan 2011, Australia. pp.9-18 Communication dans un congrès hal-00579230v1
Development of metabolomics method associating NMR and UPLC-HRMS Emilien L. Jamin,Cécile Canlet,Maria-Helena Meireles,Marc Dubois,Marie Tremblay-Francoet al. SMAP 2011, Saisissez le nom du laboratoire, du service ou du département., Ville service., Sep 2011, Avignon, France Communication dans un congrès hal-02804072v1
Metaboflux : a method to analyze flux distribution in metabolic networks Amine Ghozlane,Frédéric Bringaud,Fabien Jourdan,Patricia Thebault Workshop Metabolomics2010, AmsterdamRAI, the Netherlands, 2010, Amsterdam, Netherlands Communication dans un congrès hal-00648759v1
Telling Stories Vicente Acuña,Etienne Birmele,Ludovic Cottret,Pierluigi Crescenzi,Fabien Jourdanet al. ICALP 2011 satellite workshop: Graph Algorithms and Applications (GA), 2011, Zurich, Switzerland. ⟨10.1016/j.tcs.2012.07.023⟩ Communication dans un congrès hal-00748788v1
Computing &quot;metabolic stories&quot; in genome scale metabolic networks based on metabolomics data.(2011) Fabien Jourdan Metabolomics 2011, Ville service., Jun 2011, Cairns, Australia Communication dans un congrès hal-02803877v1
Detecting structural changes and command hierarchies in dynamic social networks Romain Bourqui,Frédéric Gilbert,Paolo Simonetto,Faraz Zaidi,Umang Sharanet al. Advances in Social Network Analysis and Data Mining, 2009, Greece. pp.83-88 Communication dans un congrès hal-00406240v1
Revealing subnetwork roles using contextual visualization: comparison of metabolic networks Romain Bourqui,Fabien Jourdan 12th International Conference on Information Visualisation, Jul 2008, London, United Kingdom. pp.638-643 Communication dans un congrès hal-00343889v1
Multiscale scatterplot matrix for visual and interactive exploration of metabonomic data Fabien Jourdan,Alain Paris,Pierre-Yves Koenig,Guy Melançon 1st Visual Information Expert Workshop (VIEW), Apr 2006, Paris, France Communication dans un congrès hal-02751211v1
Comparaison Visuelle de Réseaux Métaboliques Romain Bourqui,Fabien Jourdan 8èmes Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, 2007, France. pp.285-286 Communication dans un congrès hal-00306674v1
Metabolic network visualization using constraint planar graph drawing Algorithm Romain Bourqui,David Auber,Vincent Lacroix,Fabien Jourdan IV 06: Proceedings of the 10 International Conference on Information Visualisation (IV06), 2006, United States. pp.489 - 496 Communication dans un congrès hal-00306676v1
Multiscale scatterplot matrix for visual and interactive exploration of metabonomics data Fabien Jourdan,Alain Paris,Pierre-Yves Koenig,Guy Melançon Visual Information Expert Workshop, Apr 2006, Paris, France. pp.202-215, ⟨10.1007/978-3-540-71027-1_18⟩ Communication dans un congrès lirmm-00091360v1
Un Algorithme Contraint de Dessin de Graphe Planaire pour la Visualisation de Réseaux Métaboliques Romain Bourqui,David Auber,Vincent Lacroix,Fabien Jourdan Quatrième édition du congrés francophone de doctorants en STIC, MajecSTIC, 2006, France. pp.électronique Communication dans un congrès hal-00306673v1
Une Approche MDS Hybride pour l'Exploration Visuelle Interactive Fabien Jourdan,Guy Melançon,Christophe Douy,Alexandre Gasne Conférence Francophone sur l'Interaction Homme-Machine, Sep 2005, Toulouse, France Communication dans un congrès lirmm-00106468v1
Metric-Based Network Exploration and Multiscale Scatterplot Yves Chiricota,Fabien Jourdan,Guy Melançon InfoVis: Information Visualization, Oct 2004, Austin, United States. pp.135-142, ⟨10.1109/INFVIS.2004.47⟩ Communication dans un congrès lirmm-00108871v1
Drawing, Clustering and Visualization of Biological Pathways Fabien Jourdan International Symposium on Networks in Bio-Informatics, Mar 2004, Paris, France Communication dans un congrès lirmm-00109131v1
Multiscale hybrid MDS Fabien Jourdan,Guy Melançon IV: Information Visualization, Jul 2004, London, United Kingdom. pp.388-393, ⟨10.1109/IV.2004.1320173⟩ Communication dans un congrès lirmm-00108864v1
A Tool for Metabolic and Regolatory Pathways Visual Analysis Fabien Jourdan,Guy Melançon Conference on Visualization and Data Analysis, Jan 2003, Santa Clara, United States. pp.46-55 Communication dans un congrès lirmm-00269772v1
Multiscale Visualization of Small World Networks David Auber,Yves Chiricota,Fabien Jourdan,Guy Melançon InfoVis: Information Visualization, Oct 2003, Seattle, WA, United States. pp.75-81 Communication dans un congrès lirmm-00269770v1
Software Components Capture using Graph Clustering Yves Chiricota,Fabien Jourdan,Guy Melançon IEEE International Workshop on Program Comprehension, 2003, Portland, Oregon, United States. pp.217-226 Communication dans un congrès lirmm-00191947v1
Software Components Capture using Graph Clustering Yves Chiricota,Fabien Jourdan,Guy Melançon IEEE International Workshop on Program Comprehension, 2003, Portland, Oregon, United States. pp.217-226 Communication dans un congrès lirmm-00269464v1

Poster de conférence (22)

A refined strategy linking transcriptomics and metabolic models for deciphering chemical induced changes Maxime Lecomte,Fabien Jourdan,Louison Fresnais,Kahina Abed,Mickael Le Balchet al. JOBIM 2025 (Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques), Jul 2025, Bordeaux, France Poster de conférence hal-05445077v1
A multi-omics and modelling investigation reveals transgenerational, sex-specific effects of the obesogenic compound TBT on hepatic metabolism in mice Nathalie Poupin,Fabien Jourdan,Raquel Chamorro-García,Toshi Shioda,Richard C Changet al. Eurotox congress 2025, Sep 2025, Athenes, Grece, Greece Poster de conférence hal-05445062v1
Multi-omics data integration in constraint-based modeling of metabolic networks to study the metabolism of adipose-derived stem cells Maximilian Stingl,Juliette Cooke,Julie Gering,Yannick Jeanson,Agnès Emanset al. JOBIM 2025, Jul 2025, Bordeaux & Online, France. Poster de conférence hal-05181742v1
MetExploreViz, online visualisation tool for metabolic networks Jean-clément Gallardo,Marion Liotier,Florence Vinson,Fabien Jourdan,Ludovic Cottret Metabolomics 2025, Jun 2025, Prague, Czech Republic. 12, 2016 Poster de conférence hal-05180188v1
Functional analysis of metabolic networks and host-microbiota interactions using multimodal Metabolomics. A Methodological Approach Using Mass Spectrometry, NMR, DESI Imaging, and Modeling. Hanna Kulyk,Pavel Melentev,Edern Cahoreau,Pauline Le Faouder,Lindsay Peyrigaet al. RFMF 2025, Jun 2025, Paris, France Poster de conférence hal-05479492v1
The CHaMP web-app:an interactive tool to infer biotransformation pathways from your MS peaks Marine Valleix,Clément Frainay,Elodie Person,Jean-François Martin,Laurent Debrauweret al. 15èmes journées scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2023, Perpignan, France Poster de conférence hal-04405320v1
PhysioFit: Quantifying cell growth parameters and uptake and production fluxes Loïc Le Grégam,Yann Guitton,Floriant Bellvert,Fabien Jourdan,Jean-Charles Portaiset al. 15émes journées scientifiques du RFMF ( Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique ), May 2023, Perpignan, France. 2023 Poster de conférence hal-04321321v1
Métabolomique multiplateforme (MS, RMN) : étude de l’impact de l'ajout de TSP sur les données MS benedict Yanibada,Cécile Canlet,Carla Orlandi,Roselyne Gautier,Fabien Jourdanet al. Congrès Analytics 2022, Sep 2022, Nantes, France Poster de conférence hal-04357965v1
Improving prediction of essential genes using context-specific metabolic network ensembles Pablo Rodríguez-Mier,Nathalie Poupin,Carlo de Blasio,Laurent Le Cam,Fabien Jourdan European RFMF Metabomeeting 2020, Jan 2020, Toulouse, France Poster de conférence hal-02948371v1
MetExplore: Omics data analysis in the context of metabolic networks Maxime Chazalviel,Adrien Rohan,Nathalie Poupin,Florence Vinson,Clément Frainayet al. European RFMF Metabomeeting 2020, Jan 2020, Toulouse, France. Poster de conférence hal-02948391v1
INPUT OF DEEP PHENOTYPING IN THE METABOLIC SYNDROME STRATIFICATION Stéphanie Monnerie,Mélanie Pétéra,Cécile Canlet,Florence Castelli,Benoit Colschet al. European RFMF Metabomeeting 2020, Jan 2020, Toulouse, France. , 262 p., 2020, Oral and Poster Abstracts European RMF Metabomeeting 2020 Poster de conférence hal-02505908v1
Study of the hepatic metabolic effects induced by PFOA exposure using a multiplatform metabolomics approach Joran Villaret-Cazadamont,Noemie Butin,Cécile Canlet,Marie Tremblay-Franco,Roselyne Gautieret al. 55. Congress of the European-Societies-of-Toxicology (EUROTOX) - Toxicology - Science Providing Solutions, Sep 2019, Helsinki, Finland. ELSEVIER IRELAND LTD, 2019, TOXICOLOGY LETTERS Poster de conférence hal-02306108v1
Hepatic metabolomics and transcriptomics provide valuable insights on inflammatory and metabolic features in rats fed on a high fat diet but showing similar clinical phenotyping alterations Sergio Polakof,Marie Tremblay-Franco,Cécile Canlet,Jérémie David,Fabien Jourdanet al. 12. Journées Scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2019, Clermont-Ferrand, France. 168 p., 2019, Livre des résumés Poster de conférence hal-02162582v1
Modelling hepatic metabolic changes during the onset of obesity using NMR metabolomics arterio-venous blood exploration in minipigs Nathalie Poupin,Marie Tremblay-Franco,Aurélien Amiel,Cécile Canlet,Didier Remondet al. 12. Journées Scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2019, Clermont-Ferrand, France. 168 p., 2019, Livre des résumés Poster de conférence hal-02162584v1
Modeling hepatic metabolic changes during the onset of obesity from metabolomics arterio-venous blood exploration in minipigs Nathalie Poupin,Marie Tremblay-Franco,Aurélien Amiel,Cécile Canlet,Didier Remondet al. Copenhagen Bioscience Conference 2017: Where big-data gets translated into knowledge, May 2017, Copenhague, Netherlands. 2017, Bioscience Conference 2017 Poster de conférence hal-01606420v1
Reconstruction du réseau métabolique de la tomate Florence Maurier,Clément Frainay,Fabien Jourdan,Sophie S. Colombie 9. Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. 2015 Poster de conférence hal-02742705v1
Reconstruction du réseau métabolique de la tomate Florence Maurier,Fabien Jourdan,Sophie S. Colombie 8. Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique RFMF, May 2014, Lyon, France. 1 p., 2014 Poster de conférence hal-02799581v1
Can we Trust Untargeted Metabolomics: Results of the Metabo-ring Initiative, a Large-scale Multi-instruments Inter-laboratoire Study Jean-Charles Martin,Mathieu Maillot,Gerard Mazerolles,Alexandre Verdu,Bernard Lyanet al. 9. Annual Conference of the Metabolomics Society, Jul 2013, Glasgow, United Kingdom. 2013, 9th Annual Conference of the Metabolomics Society Poster de conférence hal-01123136v1
Can we trust untargeted metabolomics: first results of the metabo-ring study Alexandre Verdu,Bernard Lyan,Carole Migné,Catherine Defoort,Cécile Canletet al. 8. Annual International Meeting of the Metabolomics Society, Jun 2012, Washington, United States. , 2012 Poster de conférence hal-01595487v1
TrypanoCyc: a community effort towards the development of a metabolic pathway database for Trypanosoma brucei. Flora Logan-Klumpler,Ludovic Cottret,Florence Vinson,Fabien Jourdan,Michael Barrett Kinetoplastid Molecular Cell Biology Meeting (KMCB 2011), 2011, Inconnue, France. 2011 Poster de conférence hal-02803549v1
MetExplore, a framework for the analysis of metabolic networks: applications in the field of metabolomics data and the study of endocrine disruptors Ludovic Cottret,Florence Vinson,Nicolas J. Cabaton,Maria-Helena Meireles,Daniel Zalkoet al. 6th Copenhagen Workshop on Endocrine Disrupters, Apr 2011, Copenhague, Denmark. 2011 Poster de conférence hal-02802904v1
MetExplore: a web server to link metabolomic experiments and genome-scale metabolic networks Ludovic Cottret,David Wildridge,Florence Vinson,Michael P. Barrett,Marie-France Sagotet al. JOBIM 2010, Sep 2010, Montpellier, France. , 1 p., 2010, JOBIM 2010 Montpellier, Journée Ouvertes Biologie Informatique Mathématique, Montpellier, France, 7 - 9 septembre 2010 Poster de conférence hal-02821730v1

Chapitre d'ouvrage (7)

Plant genome-scale metabolic networks Léo Gerlin,Clément Frainay,Fabien Jourdan,Caroline Baroukh,Sylvain Prigent Science Direct. Plant Metabolomics in full swing, 98, 2021, Advances in Botanical Research, ⟨10.1016/bs.abr.2020.09.021⟩ Chapitre d'ouvrage hal-03149497v1
Genome-scale metabolic networks Clément Frainay,Fabien Jourdan Metabolomics: Practical Guide to Design and Analysis, 1ère édition, Chapman and Hall, 290 p., 2019, 9781315370583. ⟨10.1201/9781315370583-8⟩ Chapitre d'ouvrage hal-02786295v1
Understanding Protozoan Parasite Metabolism and Identifying Drug Targets through Constraint-Based Modeling Francis Isidore Totanes,Sanu Shameer,David Westhead,Fabien Jourdan,Glenn Mcconkey Comprehensive Analysis of Parasite Biology: From Metabolism to Drug Discovery, Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, pp.487-512, 2016, ⟨10.1002/9783527694082.ch21⟩ Chapitre d'ouvrage hal-03318814v1
Analysing human metabolic networks using metabolomics Nathalie Poupin,Fabien Jourdan Metabolomics as a Tool in Nutrition Research, Elsevier, pp.85-114, 2015, ⟨10.1016/B978-1-78242-084-2.00005-8⟩ Chapitre d'ouvrage hal-03318813v1
Human metabolic networks and metabolomics Fabien Jourdan,Nathalie Poupin Metabolomics as tool in nutrition research, Woodhead publishing Limited, 2014 Chapitre d'ouvrage hal-01187878v1
Qualitative modelling of metabolic networks Fabien Jourdan Metabolomics coming of age with its technological diversity, 67, 2013, Advances in Botanical Research, ⟨10.1016/B978-0-12-397922-3.00012-5⟩ Chapitre d'ouvrage hal-02803214v1
A stable decomposition algorithm for dynamical social network analysis Romain Bourqui,Paolo Simonetto,Fabien Jourdan Fabrice Guillet; Gilbert Ritschard; Djamel Abdelkader Zighed and Henri Briand. Advances in Knowledge Discovery and Management, Springer, pp.167-178, 2010, Studies in Computational Intelligence, ⟨10.1007/978-3-642-00580-0_10⟩ Chapitre d'ouvrage hal-00543175v1

Autre publication scientifique (1)

Vers des systèmes alimentaires sains et durables : quand la recherche accompagne la transition - One Health, une seule santé pour la Terre, les animaux et les Hommes - Contaminants alimentaires - La recherche appuie sur l'accélérateur Erwan Engel,Fabien Jourdan 2020, pp.9 Autre publication scientifique hal-04965489v1

Pré-publication, Document de travail (5)

A strategy to detect metabolic changes induced by exposure to chemicals from large sets of condition-specific metabolic models computed with enumeration techniques Louison Fresnais,Olivier Perin,Anne Riu,Romain Grall,Alban Ottet al. 2024 Pré-publication, Document de travail hal-04188513v2
Suggesting disease associations for overlooked metabolites using literature from metabolic neighbours M. Delmas,O. Filangi,Christophe Duperier,N. Paulhe,F. Vinsonet al. 2023 Pré-publication, Document de travail hal-04188519v1
Pathway analysis in metabolomics: pitfalls and best practice for the use of over-representation analysis Cecilia Wieder,Clément Frainay,Nathalie Poupin,Pablo Rodríguez-Mier,Florence Vinsonet al. 2021 Pré-publication, Document de travail hal-03240376v1
Combinatory therapy targeting mitochondrial oxidative phosphorylation improves efficacy of IDH mutant inhibitors in acute myeloid leukemia Lucille Stuani,Marie Sabatier,Feng Wang,Nathalie Poupin,Claudie Boscet al. 2020 Pré-publication, Document de travail hal-02935177v1
DEXOM: Diversity-based enumeration of optimal context-specific metabolic networks Pablo Rodríguez-Mier,Nathalie Poupin,Carlo de Blasio,Laurent Le Cam,Fabien Jourdan 2020 Pré-publication, Document de travail hal-02935163v1

Rapport (2)

Jumeaux numériques : Enjeux et perspectives pour les recherches menées à INRAE, mars 2024 Carole Caranta,Michaël Chelle,Marjorie Domergue,Fabien Jourdan,Hervé Monodet al. Inrae. 2024 Rapport hal-05451032v1
Réflexion prospective interdisciplinaire. Approches prédictives pour la biologie et l’écologie. Rapport de synthèse. Carole Caranta,Hervé Monod,Hugues Berry,Michaël Chelle,Michel Génardet al. [0] INRA. 2019, 40 pp Rapport hal-02791153v2