Florian Bénitière Bioinformaticien de Recherche au Centre de recherche du CHU Sainte-Justine

Identifiants chercheurs

IdHAL :

florian-benitiere

ORCID :

0000-0001-7773-3542

Présentation

Chez les eucaryotes, les processus de transcription et de maturation des ARN dans le noyau peuvent aboutir à l’expression de différents isoformes à partir d’un même gène, via l’utilisation de sites alternatifs d’épissage, de début de transcription, ou de polyadénylation. L’architecture des gènes (nombre et taille des introns) ainsi que le degré de complexité des transcrits isoformes varient fortement entre différents taxons. La raison d’être de cette diversité est encore mal comprise. Selon certains auteurs, cette complexité résulterait de pressions sélectives pour augmenter le répertoire fonctionnel des génomes. Mais selon d’autres, ces isoformes seraient majoritairement non-fonctionnels, et résulteraient de l’accumulation de mutations délétères par dérive génétique aléatoire, qui induiraient des erreurs des machineries cellulaires d’expression. L’objectif de mon travail est d’estimer dans quelle mesure la taille efficace des populations (Ne, qui définit l’intensité de la dérive génétique) influe sur l’évolution de la structure et de la complexité de l’expression des gènes chez les métazoaires. Ce projet repose sur l’analyse comparative de génome et de transcriptomes dans des dizaines de paires d’espèces présentant des Ne contrastées, au sein de cinq groupes taxonomiques. Mon travail nécessite des développements bioinformatiques importants pour assurer l’analyse et la gestion de gros volumes de données.

Publications

Article dans une revue (3)

Variation in the fitness impact of translationally optimal codons among animals Florian Bénitière,Tristan Lefébure,Laurent Duret Genome Research, 2025, 35 (3), pp.446-458. ⟨10.1101/gr.279837.124⟩ Article dans une revue hal-04737716v1
GTDrift: a resource for exploring the interplay between genetic drift, genomic and transcriptomic characteristics in eukaryotes Florian Bénitière,Laurent Duret,Anamaria Necsulea NAR Genomics and Bioinformatics, 2024, 6 (2), pp.lqae064. ⟨10.1093/nargab/lqae064⟩ Article dans une revue hal-04609512v1
Random genetic drift sets an upper limit on mRNA splicing accuracy in metazoans Florian Bénitière,Anamaria Necsulea,Laurent Duret eLife, 2024, 13, pp.RP93629. ⟨10.7554/eLife.93629.3⟩ Article dans une revue hal-04258621v1

Pré-publication, Document de travail (1)

Breaking the species barrier: recurrent genomic introgressions from very distant lineages in a ciliate Florian Benitiere,Olivier Arnaiz,Simon Penel,Sandra Duharcourt,Eric Meyeret al. 2026 Pré-publication, Document de travail (preprint/prepublication) hal-05523174v1

Thèse (1)

Impact de la dérive génétique sur l’évolution de la composition en base des gènes et de la complexité du transcriptome chez les métazoaires Florian Fabien Bénitière Génomique, Transcriptomique et Protéomique [q-bio.GN]. Université Claude Bernard Lyon 1, 2024. Français. ⟨NNT : ⟩ Thèse tel-04759951v1