Franck Samson

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Publications

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AI-based mobile application to fight antibiotic resistance

Marco Pascucci , Guilhem Royer , Jakub Adamek , Mai Al Asmar , David Aristizabal et al.

Nature Communications, 2021, 12 (1), pp.1173. ⟨10.1038/s41467-021-21187-3⟩

Article dans une revue hal-04283546v1
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The Transposable Element Environment of Human Genes Differs According to Their Duplication Status and Essentiality

Margot Correa , Emmanuelle Lerat , Etienne E. Birmelé , Franck Samson , Bérengère Bouillon et al.

Genome Biology and Evolution, 2021, 13 (5), ⟨10.1093/gbe/evab062⟩

Article dans une revue hal-03367114v1
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Learning the optimal scale for GWAS through hierarchical SNP aggregation

Florent Guinot , Marie Szafranski , Christophe Ambroise , Franck Samson

BMC Bioinformatics, 2018, 19, ⟨10.1186/s12859-018-2475-9⟩

Article dans une revue hal-02623460v1
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Learning the optimal scale for GWAS through hierarchical SNP aggregation

Florent Guinot , Marie Szafranski , Christophe Ambroise , Franck Samson

BMC Bioinformatics, 2018, 19 (1), pp.459

Article dans une revue hal-01597553v3
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Genome-wide study of structural variants in bovine Holstein, Montbéliarde and Normande dairy breeds

Mekki Boussaha , Diane Esquerre , Johanna Barbieri , Anis Djari , Alain Pinton et al.

PLoS ONE, 2015, 10 (8), pp.1-21. ⟨10.1371/journal.pone.0135931⟩

Article dans une revue hal-01194172v1

Identification of the putative ancestral allele of bovine single-nucleotide polymorphisms.

Dominique Rocha , Coline Billerey , Franck Samson , Didier Boichard , Mekki Boussaha

Journal of Animal Breeding and Genetics, 2014, 131 (6), pp.483-486. ⟨10.1111/jbg.12095⟩

Article dans une revue istex hal-01193845v1

YeastIP: a database for identification and phylogeny of Saccharomycotina yeasts

Stéphanie Weiss , Franck Samson , David Navarro , Serge Casaregola

FEMS Yeast Research, 2013, 12 (7), pp.117-125. ⟨10.1111/1567-1364.12017⟩

Article dans une revue hal-01270202v1

Condition-dependent transcriptome reveals high-level regulatory architecture in Bacillus subtilis

Pierre P. Nicolas , Ulrike U. Mäder , Etienne Dervyn , Tatiana Rochat , Aurelie A. Leduc et al.

Science, 2012, 335 (6072), pp.1103-1106. ⟨10.1126/science.1206848⟩

Article dans une revue hal-01000245v1

Condition-Dependent Transcriptome Reveals High-Level Regulatory Architecture in Bacillus subtilis

P. Nicolas , U. Mader , Etienne Dervyn , T. Rochat , A. Leduc et al.

Science, 2012, 335 (6072), pp.1103-1106. ⟨10.1126/science.1206848⟩

Article dans une revue hal-03343060v1

DOMIRE : a web server for identifying structural domains and their neighbors in proteins

Franck F. Samson , Richard Shrager , Chin-Hsien Tai , Vichetra Sam , Byungkook Lee et al.

Bioinformatics, 2012, 28 (7), pp.1040-1041. ⟨10.1093/bioinformatics/bts076⟩

Article dans une revue hal-02651957v1
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Exploration of plant genomes in the FLAGdb++ environment

Sandra S. Derozier , Franck F. Samson , Jean-Philippe Tamby , Cecile C. Guichard , Veronique V. Brunaud et al.

Plant Methods, 2011, 7 (8), 10 p. ⟨10.1186/1746-4811-7-8⟩

Article dans une revue hal-02652189v1
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FLAGdb++: a database for the functional analysis of the Arabidopsis genome

Franck Samson , Véronique Brunaud , S. Duchêne , Y. de Oliveira , Michel M. Caboche et al.

Nucleic Acids Research, 2004, 32 (1), pp.347-350. ⟨10.1093/nar/gkh134⟩

Article dans une revue hal-02682811v1
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FLAGdb/FST: a database of mapped flanking insersion sites (FSTs) of Arabidopsis thaliana T-DNA transformants

Franck Samson , Véronique Brunaud , Sandrine Balzergue , Bertrand B. Dubreucq , Loic L. Lepiniec et al.

Nucleic Acids Research, 2002, 30 (1), pp.94-97

Article dans une revue hal-02678939v1

T-DNA integration into Arabidopsis genome depends on sequences of pre-insertion sites

Véronique Brunaud , Sandrine Balzergue , Bertrand B. Dubreucq , Sebastien Aubourg , Franck Samson et al.

EMBO Reports, 2002, 3 (12), pp.1152-1157. ⟨10.1093/embo-reports/kvf237⟩

Article dans une revue hal-02682810v1

Improved PCR-walking for large-scale isolation of plant T-DNA borders

Sandrine Balzergue , Bertrand B. Dubreucq , Sylvie Chauvin , I. Le-Clainche , F. Le Boulaire et al.

Biotechniques, 2001, 30 (3), 3 p

Article dans une revue hal-02670631v1
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Normes et standards dans le processus de traitement du document numérique en biologie moléculaire

Gabriel Gallezot , Franck Samson , Véronique Brunaud , Shahinaz Gas , Philippe Bessières

Solaris Information Communication, 2000, 6

Article dans une revue sic_00000055v2

The BOVMAP database.

S. Gas , Andre A. Eggen , Franck Samson , C. Christophe , C. Mungall et al.

Animal Genetics, 1996, suppl. 2, pp.59

Article dans une revue hal-02698508v1

Computerized genetic map of Bacillus subtilis

Veronique Biaudet , Franck Samson , C. Anagnostopoulos , S.D. Ehrlich , Philippe Bessières

Microbiology, 1996, 142, pp.2669-2729

Article dans une revue hal-02684956v1
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Plant-PLMview: a web-tool and in silico method for identifying cis-regulatory elements in gene-proximal regions of plants

Julien Rozière , Franck Samson , Cécile Guichard , Margot Correa , Sylvie Coursol et al.

Journées ouvertes en biologie, informatique et mathématiques (JOBIM), SFBI, Jul 2025, Bordeaux, France

Communication dans un congrès hal-05163963v1

Detection of preferentially located DNA motifs reveals distinct cis-regulatory sequences in gene-proximal regions of Arabidopsis thaliana and maize

Julien Rozière , Franck Samson , Cécile Guichard , Margot Correa , Véronique Brunaud et al.

65th Annual Maize Genetics Meeting, Maize Genetics Cooperation, Inc, Mar 2023, Saint-Louis (M0), United States

Communication dans un congrès hal-05161597v1
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View and synchronize several genotypes with IGV

Marie-Laure Franchinard , Frederic Sapet , Sandra S. Derozier , Franck F. Samson , Jean-François Gibrat

JOBIM 2015 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. 1 p

Communication dans un congrès hal-02740134v1

A web site for detecting protein structural domain neighbours

Jean Garnier , Franck F. Samson , Richard Shrager , Jean-François Gibrat , Chin-Hsein Tai et al.

57. Annual Meeting of the Biophysical Society, Feb 2013, Philadelphie, United States

Communication dans un congrès hal-02748044v1

RENABI GRISBI Infrastructure Distribuée pour la Bioinformatique

Christophe Blanchet , Clément Gauthey , Christophe C. Caron , Olivier Collin , Stephane Delmotte et al.

JOBIM 2011 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématique, Jun 2011, Paris, France

Communication dans un congrès hal-00640007v1

ReNaBi-GRISBI: grande infrastructure pour la bioinformatique

Christophe Blanchet , Clément Gauthey , Olivier Collin , Tiphaine Martin , Nouredine Melab et al.

JOBIM 2010 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Sep 2010, Montpellier, France

Communication dans un congrès inria-00540940v1

Structural and functional genomics in grapevine through FLAGdb++

Sandra S. Derozier , Cecile C. Guichard , Franck F. Samson

Jobim2010, Sep 2010, Montpellier, France

Communication dans un congrès hal-02757685v1

BioWorkFlow: Web Services toolkit and workflow applications evaluation to deploy a confidence network

Marc Wessner , Martin Senger , Franck Samson , Philippe Picouet , François Moreews et al.

Jobim (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques), Jun 2008, Lille, France

Communication dans un congrès inria-00327528v1

The BOVMAP database.

S. Gas , Andre A. Eggen , Franck Samson , C. Christophe , C. Mungall et al.

XXV International Conference on Animal Genetics, Jul 1996, Tours

Communication dans un congrès hal-02766180v1
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Digital Concord: Cultivating links between Discord and the secrets of the genome

Franck Samson , Pierrick Samson

Jobim, Jul 2025, Bordeaux, France

Poster de conférence hal-05528187v1
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GBOT upgrade : a loci comparison tool dedicated to the exploration of duplications and synteny

Franck Samson , Sébastien Aubourg

JOBIM, Jul 2025, Bordeaux, France

Poster de conférence hal-05164521v1
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GBOT one flew over the ortholog’s nest

Franck Samson , Sébastien Aubourg

Jobim, Jun 2024, Toulouse, France

Poster de conférence hal-04831777v1
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A long story of genomic interface

Franck Samson , Carène Rizzon

Jobim, Jun 2023, Multiples, France.

Poster de conférence hal-04431423v1
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The multiple-genomes browser of the IFB cloud

Marie-Laure Franchinard , Frederic Sapet , Sandra S. Derozier , Franck F. Samson , Valentin Loux et al.

Journées SUCCES 2015, Nov 2015, Paris, France. , pp.1, 2015

Poster de conférence hal-02795851v1
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A web site for detecting protein structural neighbours

Franck F. Samson , Richard Shrager , Jean-François Gibrat , Chin-Hsein Tai , Sam Vichetra et al.

JOBIM TOULOUSE 2013, Jul 2013, Toulouse, France. 2(2), pp.246, 2013, JOBIM TOULOUSE 2013 RÉSUMÉS COURS (affiches)

Poster de conférence hal-02749708v1
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Towards a cyber Galaxy ?

Christophe C. Caron , Wilfried Carre , Alexandre Cormier , Sandra S. Derozier , Franck Giacomoni et al.

JOBIM 2013, Jul 2013, Toulouse, France. pp.246, 2013, JOBIM TOULOUSE 2013 - RÉSUMÉS COURTS (affiches)

Poster de conférence hal-02748994v1
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Toward a French cyber Galaxy ?

Christophe C. Caron , Wilfrid Carré , Alexandre Cormier , Sandra S. Derozier , Franck Giacomoni et al.

Galaxy Community Conference, Jun 2013, Oslo, Norway. 2013, Galaxy Community Conference 2013 : Posters / Abstracts

Poster de conférence hal-02748274v1
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IGO, Integration from Genomes to Organisms

Sandra S. Derozier , Helene H. Chiapello , Thomas Lacroix , Cyprien Guerin Guérin , Valentin Loux et al.

JOBIM 2013, Jul 2013, Toulouse, France. , pp.246, 2013, JOBIM TOULOUSE 2013 - RÉSUMÉS COURTS (affiches)

Poster de conférence hal-02746442v1
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Populus Genome Portal

Isabelle Bourgait , Farid Ghazali , Vivianne Judith Koyao-Darinest , Véronique Jorge , Franck F. Samson et al.

2. Poplar Symposium, Mar 2009, Göttingen, Germany. , 1 p., 2009

Poster de conférence hal-02820105v1
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TopoIBase: a comprehensive database dedicated to type IA DNA-topoisomerases

Nicolas Daccord , Eduardo Corel , Damien Correia , Anaïs Louis , Hélène Débat et al.

Journées ouvertes en biologie, informatique et mathématiques (JOBIM), Jul 2015, clermont-ferrand, France. 2015

Proceedings/Recueil des communications hal-02801275v1