Franck Samson

Publications

Article dans une revue (18)

AI-based mobile application to fight antibiotic resistance Marco Pascucci,Guilhem Royer,Jakub Adamek,Mai Al Asmar,David Aristizabalet al. Nature Communications, 2021, 12 (1), pp.1173. ⟨10.1038/s41467-021-21187-3⟩ Article dans une revue hal-04283546v1
The Transposable Element Environment of Human Genes Differs According to Their Duplication Status and Essentiality Margot Correa,Emmanuelle Lerat,Etienne E. Birmelé,Franck Samson,Bérengère Bouillonet al. Genome Biology and Evolution, 2021, 13 (5), ⟨10.1093/gbe/evab062⟩ Article dans une revue hal-03367114v1
Learning the optimal scale for GWAS through hierarchical SNP aggregation Florent Guinot,Marie Szafranski,Christophe Ambroise,Franck Samson BMC Bioinformatics, 2018, 19, ⟨10.1186/s12859-018-2475-9⟩ Article dans une revue hal-02623460v1
Learning the optimal scale for GWAS through hierarchical SNP aggregation Florent Guinot,Marie Szafranski,Christophe Ambroise,Franck Samson BMC Bioinformatics, 2018, 19 (1), pp.459 Article dans une revue hal-01597553v3
Genome-wide study of structural variants in bovine Holstein, Montbéliarde and Normande dairy breeds Mekki Boussaha,Diane Esquerre,Johanna Barbieri,Anis Djari,Alain Pintonet al. PLoS ONE, 2015, 10 (8), pp.1-21. ⟨10.1371/journal.pone.0135931⟩ Article dans une revue hal-01194172v1
Identification of the putative ancestral allele of bovine single-nucleotide polymorphisms. Dominique Rocha,Coline Billerey,Franck Samson,Didier Boichard,Mekki Boussaha Journal of Animal Breeding and Genetics, 2014, 131 (6), pp.483-486. ⟨10.1111/jbg.12095⟩ Article dans une revue istex hal-01193845v1
YeastIP: a database for identification and phylogeny of Saccharomycotina yeasts Stéphanie Weiss,Franck Samson,David Navarro,Serge Casaregola FEMS Yeast Research, 2013, 12 (7), pp.117-125. ⟨10.1111/1567-1364.12017⟩ Article dans une revue hal-01270202v1
Condition-dependent transcriptome reveals high-level regulatory architecture in Bacillus subtilis Pierre P. Nicolas,Ulrike U. Mäder,Etienne Dervyn,Tatiana Rochat,Aurelie A. Leducet al. Science, 2012, 335 (6072), pp.1103-1106. ⟨10.1126/science.1206848⟩ Article dans une revue hal-01000245v1
Condition-Dependent Transcriptome Reveals High-Level Regulatory Architecture in Bacillus subtilis P. Nicolas,U. Mader,Etienne Dervyn,T. Rochat,A. Leducet al. Science, 2012, 335 (6072), pp.1103-1106. ⟨10.1126/science.1206848⟩ Article dans une revue hal-03343060v1
DOMIRE : a web server for identifying structural domains and their neighbors in proteins Franck F. Samson,Richard Shrager,Chin-Hsien Tai,Vichetra Sam,Byungkook Leeet al. Bioinformatics, 2012, 28 (7), pp.1040-1041. ⟨10.1093/bioinformatics/bts076⟩ Article dans une revue hal-02651957v1
Exploration of plant genomes in the FLAGdb++ environment Sandra S. Derozier,Franck F. Samson,Jean-Philippe Tamby,Cecile C. Guichard,Veronique V. Brunaudet al. Plant Methods, 2011, 7 (8), 10 p. ⟨10.1186/1746-4811-7-8⟩ Article dans une revue hal-02652189v1
FLAGdb++: a database for the functional analysis of the Arabidopsis genome Franck Samson,Véronique Brunaud,S. Duchêne,Y. de Oliveira,Michel M. Cabocheet al. Nucleic Acids Research, 2004, 32 (1), pp.347-350. ⟨10.1093/nar/gkh134⟩ Article dans une revue hal-02682811v1
FLAGdb/FST: a database of mapped flanking insersion sites (FSTs) of Arabidopsis thaliana T-DNA transformants Franck Samson,Véronique Brunaud,Sandrine Balzergue,Bertrand B. Dubreucq,Loic L. Lepiniecet al. Nucleic Acids Research, 2002, 30 (1), pp.94-97 Article dans une revue hal-02678939v1
T-DNA integration into Arabidopsis genome depends on sequences of pre-insertion sites Véronique Brunaud,Sandrine Balzergue,Bertrand B. Dubreucq,Sebastien Aubourg,Franck Samsonet al. EMBO Reports, 2002, 3 (12), pp.1152-1157. ⟨10.1093/embo-reports/kvf237⟩ Article dans une revue hal-02682810v1
Improved PCR-walking for large-scale isolation of plant T-DNA borders Sandrine Balzergue,Bertrand B. Dubreucq,Sylvie Chauvin,I. Le-Clainche,F. Le Boulaireet al. Biotechniques, 2001, 30 (3), 3 p Article dans une revue hal-02670631v1
Normes et standards dans le processus de traitement du document numérique en biologie moléculaire Gabriel Gallezot,Franck Samson,Véronique Brunaud,Shahinaz Gas,Philippe Bessières Solaris Information Communication, 2000, 6 Article dans une revue sic_00000055v2
The BOVMAP database. S. Gas,Andre A. Eggen,Franck Samson,C. Christophe,C. Mungallet al. Animal Genetics, 1996, suppl. 2, pp.59 Article dans une revue hal-02698508v1
Computerized genetic map of Bacillus subtilis Veronique Biaudet,Franck Samson,C. Anagnostopoulos,S.D. Ehrlich,Philippe Bessières Microbiology, 1996, 142, pp.2669-2729 Article dans une revue hal-02684956v1

Communication dans un congrès (9)

Plant-PLMview: a web-tool and in silico method for identifying cis-regulatory elements in gene-proximal regions of plants Julien Rozière,Franck Samson,Cécile Guichard,Margot Correa,Sylvie Coursolet al. Journées ouvertes en biologie, informatique et mathématiques (JOBIM), SFBI, Jul 2025, Bordeaux, France Communication dans un congrès hal-05163963v1
Detection of preferentially located DNA motifs reveals distinct cis-regulatory sequences in gene-proximal regions of Arabidopsis thaliana and maize Julien Rozière,Franck Samson,Cécile Guichard,Margot Correa,Véronique Brunaudet al. 65th Annual Maize Genetics Meeting, Maize Genetics Cooperation, Inc, Mar 2023, Saint-Louis (M0), United States Communication dans un congrès hal-05161597v1
View and synchronize several genotypes with IGV Marie-Laure Franchinard,Frederic Sapet,Sandra S. Derozier,Franck F. Samson,Jean-François Gibrat JOBIM 2015 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. 1 p Communication dans un congrès hal-02740134v1
A web site for detecting protein structural domain neighbours Jean Garnier,Franck F. Samson,Richard Shrager,Jean-François Gibrat,Chin-Hsein Taiet al. 57. Annual Meeting of the Biophysical Society, Feb 2013, Philadelphie, United States Communication dans un congrès hal-02748044v1
RENABI GRISBI Infrastructure Distribuée pour la Bioinformatique Christophe Blanchet,Clément Gauthey,Christophe C. Caron,Olivier Collin,Stephane Delmotteet al. JOBIM 2011 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématique, Jun 2011, Paris, France Communication dans un congrès hal-00640007v1
ReNaBi-GRISBI: grande infrastructure pour la bioinformatique Christophe Blanchet,Clément Gauthey,Olivier Collin,Tiphaine Martin,Nouredine Melabet al. JOBIM 2010 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Sep 2010, Montpellier, France Communication dans un congrès inria-00540940v1
Structural and functional genomics in grapevine through FLAGdb++ Sandra S. Derozier,Cecile C. Guichard,Franck F. Samson Jobim2010, Sep 2010, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-02757685v1
BioWorkFlow: Web Services toolkit and workflow applications evaluation to deploy a confidence network Marc Wessner,Martin Senger,Franck Samson,Philippe Picouet,François Moreewset al. Jobim (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques), Jun 2008, Lille, France Communication dans un congrès inria-00327528v1
The BOVMAP database. S. Gas,Andre A. Eggen,Franck Samson,C. Christophe,C. Mungallet al. XXV International Conference on Animal Genetics, Jul 1996, Tours Communication dans un congrès hal-02766180v1

Poster de conférence (10)

Digital Concord: Cultivating links between Discord and the secrets of the genome Franck Samson,Pierrick Samson Jobim, Jul 2025, Bordeaux, France Poster de conférence hal-05528187v1
GBOT upgrade : a loci comparison tool dedicated to the exploration of duplications and synteny Franck Samson,Sébastien Aubourg JOBIM, Jul 2025, Bordeaux, France Poster de conférence hal-05164521v1
GBOT one flew over the ortholog’s nest Franck Samson,Sébastien Aubourg Jobim, Jun 2024, Toulouse, France Poster de conférence hal-04831777v1
A long story of genomic interface Franck Samson,Carène Rizzon Jobim, Jun 2023, Multiples, France. Poster de conférence hal-04431423v1
The multiple-genomes browser of the IFB cloud Marie-Laure Franchinard,Frederic Sapet,Sandra S. Derozier,Franck F. Samson,Valentin Louxet al. Journées SUCCES 2015, Nov 2015, Paris, France. , pp.1, 2015 Poster de conférence hal-02795851v1
A web site for detecting protein structural neighbours Franck F. Samson,Richard Shrager,Jean-François Gibrat,Chin-Hsein Tai,Sam Vichetraet al. JOBIM TOULOUSE 2013, Jul 2013, Toulouse, France. 2(2), pp.246, 2013, JOBIM TOULOUSE 2013 RÉSUMÉS COURS (affiches) Poster de conférence hal-02749708v1
Towards a cyber Galaxy ? Christophe C. Caron,Wilfried Carre,Alexandre Cormier,Sandra S. Derozier,Franck Giacomoniet al. JOBIM 2013, Jul 2013, Toulouse, France. pp.246, 2013, JOBIM TOULOUSE 2013 - RÉSUMÉS COURTS (affiches) Poster de conférence hal-02748994v1
Toward a French cyber Galaxy ? Christophe C. Caron,Wilfrid Carré,Alexandre Cormier,Sandra S. Derozier,Franck Giacomoniet al. Galaxy Community Conference, Jun 2013, Oslo, Norway. 2013, Galaxy Community Conference 2013 : Posters / Abstracts Poster de conférence hal-02748274v1
IGO, Integration from Genomes to Organisms Sandra S. Derozier,Helene H. Chiapello,Thomas Lacroix,Cyprien Guerin Guérin,Valentin Louxet al. JOBIM 2013, Jul 2013, Toulouse, France. , pp.246, 2013, JOBIM TOULOUSE 2013 - RÉSUMÉS COURTS (affiches) Poster de conférence hal-02746442v1
Populus Genome Portal Isabelle Bourgait,Farid Ghazali,Vivianne Judith Koyao-Darinest,Véronique Jorge,Franck F. Samsonet al. 2. Poplar Symposium, Mar 2009, Göttingen, Germany. , 1 p., 2009 Poster de conférence hal-02820105v1

Proceedings/Recueil des communications (1)

TopoIBase: a comprehensive database dedicated to type IA DNA-topoisomerases Nicolas Daccord,Eduardo Corel,Damien Correia,Anaïs Louis,Hélène Débatet al. Journées ouvertes en biologie, informatique et mathématiques (JOBIM), Jul 2015, clermont-ferrand, France. 2015 Proceedings/Recueil des communications hal-02801275v1

Chapitre d'ouvrage (3)

Micado, an integrative database for systematic functional analysis of &lt;em&gt;Bacillus subtilis&lt;/em&gt; and microbial genomics Etienne Dervyn,Franck Samson,Véronique Brunaud,S. Dusko Ehrlich,Philippe Bessiereset al. Functional Analysis of Bacterial Genes : A Practical Manual, John Wiley and Sons Ltd, 404 p., 2001, 978-0-471-49008-1 Chapitre d'ouvrage hal-02828496v1
List of &lt;em&gt;Bacillus subtilis&lt;/em&gt; unknown genes with a phenotype determined by the functional analysis project Etienne Dervyn,Véronique Brunaud,Franck Samson,Shahinaz Gas,Gabriel Gallezotet al. Functional Analysis of Bacterial Genes : A Practical Manual, John Wiley and Sons Ltd, 404 p., 2001, 978-0-471-49008-1 Chapitre d'ouvrage hal-02828656v1
Phenotype responses and reporter gene activity from the systematic functional analysis of &lt;em&gt;Bacillus subtilis&lt;/em&gt; unknown genes Etienne Dervyn,Véronique Brunaud,Franck Samson,Shahinaz Gas,Gabriel Gallezotet al. Functional Analysis of Bacterial Genes : A Practical Manual, John Wiley and Sons Ltd, 404 p., 2001, 978-0-471-49008-1 Chapitre d'ouvrage hal-02829100v1