François EHRENMANN François Ehrenmann, Ingénieur d'études - Administrateur systèmes d'information et bases de données

Identifiants chercheurs

IdHAL :

francois-ehrenmann

ORCID :

0000-0003-2727-0070

Présentation

Administrateur de Systèmes d'informations - Bases de données - Développement Web - Gestion des données

Activités principales

Administrateur systèmes d'informations et bases de données

Gestion, développement et maintenance des applications web / bases de données de l'unité et dans le cadre du réseau

EVOLTREE

(

Quercus Portal

,

Pinus Portal

)

Système d'Informations (SI) de bases interopérables couvrants différents champs (génétique, génomique, écologie). Interopérabilité avec les bases de données et le système d'information

GnpIS

(URGI Versailles)

Plans de gestions de données (PGD) de projets et

d'unité

Référent Données Opérationnel (RDO) département ECODIV

Administrateur de la

collection d'unité BIOGECO dans Data INRAE

Co-pilote du processus Systèmes d'informations du CRB Artemis de l'infrastructure de recherche RARe

Pilote du projet Cahier de Laboratoire Electronique

eLabFTW@INRAE

Designer et développeur de l'outil de catalogage des données de recherche

MAGGOT

Participation aux infrastructures et projets de recherche

Infrastructure de recherche nationale

RARe

(Ressources Agronomiques pour la Recherche) - CRB Artemis

https://www.agrobrc-rare.org/membres-de-rare/pilier-foret

Infrastructure nationale

IN-SYLVA

regroupant les dispositifs de recherche des Établissements travaillant sur la gestion forestière. Web :

https://www6.inra.fr/in-sylva-france/

Programme de recherche

FORESTT

Résilience des forêts -

NUM-DATA

Plateforme d'appui sur le numérique et les données au bénéfice de la communauté de FORESTT

https://www.num-data-forestt.org/

Publications

Article dans une revue (26)

An ecosystem for producing and sharing metadata within the web of FAIR Data Daniel Jacob,François Ehrenmann,Romain David,Joseph Tran,Cathleen Mirande-Neyet al. GigaScience, 2025, 14, pp.1-8. ⟨10.1093/gigascience/giae111⟩ Article dans une revue hal-04873759v1
Effects of the cascading translocations of larch (Larix decidua Mill.) on canker disease due to Lachnellula willkommii (R. Hartig) Dennis Cécile Robin,Stefanie Wagner,Olivier Baubet,François Ehrenmann,Bastien Castagneyrolet al. Annals of Forest Science, 2023, 80 (1), pp.29. ⟨10.1186/s13595-023-01200-z⟩ Article dans une revue hal-04183932v1
Les bases d’un outil d’aide au déclenchement des éclaircies : SYLV’ÉCLAIR Cécile Maris,Céline Meredieu,François Ehrenmann,Thierry Labbé,Roland de Laryet al. Forêt & innovation., 2023, 1, pp.16-19 Article dans une revue hal-04105352v1
Pineline : Une base de données couplée à une application web pour le suivi en continu de la dynamique temporelle de croissance radiale du Pin maritime en Aquitaine Raphaël Ségura,Léa Antunez,Céline Meredieu,Thierry Labbé,Jean-Marc Gionet al. NOV'AE - Numéros spéciaux, 2022, 10, pp.1-15. ⟨10.17180/novae-2022-NO-art10⟩ Article dans une revue hal-03972736v1
Long-term and large-scale Quercus petraea population survey conducted in provenance tests installed in France Alexis Ducousso,François Ehrenmann,Quentin Girard,Jean Baptiste Lamy,Jean Marc Louvetet al. Annals of Forest Science, 2022, 79 (26), pp.1-10. ⟨10.1186/s13595-022-01141-z⟩ Article dans une revue (data paper) hal-03724786v1
SNP4OrphanSpecies: A bioinformatics pipeline to isolate molecular markers for studying genetic diversity of orphan species Benjamin Penaud,Benoit Laurent,Marine Milhes,Camille Noûs,François Ehrenmannet al. Biodiversity Data Journal, 2022, 10, pp.1-18. ⟨10.3897/BDJ.10.e85587⟩ Article dans une revue hal-03799044v1
An easy and robust method for isolation and validation of single-nucleotide polymorphic markers from a first Erysiphe alphitoides draft genome Cyril Dutech,N. Feau,Isabelle Lesur,François Ehrenmann,Thomas Letellieret al. Mycological Progress, 2020, 19 (6), pp.615-628. ⟨10.1007/s11557-020-01580-w⟩ Article dans une revue hal-02768215v1
Oak genome reveals facets of long lifespan Christophe Plomion,Jean-Marc Aury,Joelle Amselem,Thibault Leroy,Florent Muratet al. Nature Plants, 2018, 4 (7), pp.440-452. ⟨10.1038/s41477-018-0172-3⟩ Article dans une revue hal-01820559v1
Adaptive and plastic responses of Quercus petraea populations to climate across Europe Cuauhtémoc Saenz Romero,Jean-Baptiste Lamy,Alexis Ducousso,Brigitte Musch,François Ehrenmannet al. Global Change Biology, 2017, 23 (7), pp.2831-2847. ⟨10.1111/gcb.13576⟩ Article dans une revue hal-01608713v1
Fine-scale species distribution changes in a mixed oak stand over two successive generations Laura Truffaut,Emilie Chancerel,Alexis Ducousso,Jean-Luc Dupouey,Vincent Badeauet al. New Phytologist, 2017, 215 (1), pp.126-139. ⟨10.1111/nph.14561⟩ Article dans une revue hal-01604940v1
High-density linkage mapping and distribution of segregation distortion regions in the oak genome Catherine Bodenes-Brezard Bodénès,Emilie E. Chancerel,François Ehrenmann,Antoine Kremer,Christophe Plomion DNA Research, 2016, 23 (2), pp.115-124. ⟨10.1093/dnares/dsw001⟩ Article dans une revue hal-02635371v1
High-density SNP assay development for genetic analysis in maritime pine (Pinus pinaster) Christophe Plomion,Jérôme Bartholomé,Isabelle Lesur Kupin Lesur,Christophe C. Boury,Isabel Rodríguez-Quilónet al. Molecular Ecology Resources, 2016, 16 (2), pp.574-587. ⟨10.1111/1755-0998.12464⟩ Article dans une revue istex hal-02640393v2
The oak gene expression atlas: insights into Fagaceae genome evolution and the discovery of genes regulated during bud dormancy release Isabelle Lesur,Grégoire G. Le Provost,Pascal Bento,Corinne da Silva,Jean-Charles Lepléet al. BMC Genomics, 2015, 16 (1), pp.112. ⟨10.1186/s12864-015-1331-9⟩ Article dans une revue hal-02285504v1
Evidence of intense chromosomal shuffling during conifer evolution Marina de Miguel,Jérôme Bartholome,François Ehrenmann,Florent Murat,Yoshinari Moriguchiet al. Genome Biology and Evolution, 2015, 7 (10), pp.evv185. ⟨10.1093/gbe/evv185⟩ Article dans une revue hal-02285512v1
Decoding the oak genome: public release of sequence data, assembly, annotation and publication strategies. Christophe Plomion,Jean-Marc Aury,Joëlle Amselem,Tina Alaeitabar,Valérie Barbeet al. Molecular Ecology Resources, 2015, 16 (1), pp.254-265. ⟨10.1111/1755-0998.12425⟩ Article dans une revue istex hal-01579667v1
Single-nucleotide polymorphism discovery and validation in high-density SNP array for genetic analysis in European white oaks Camille Lepoittevin,Catherine Bodenes-Brezard Bodénès,Emilie E. Chancerel,Laure Villate,Tiange Langet al. Molecular Ecology Resources, 2015, 15 (6), pp.1446-1459. ⟨10.1111/1755-0998.12407⟩ Article dans une revue istex hal-02635881v1
De novo assembly of maritime pine transcriptome: implications for forest breeding and biotechnology Javier Canales,Rocío Bautista,Philippe Label,Josefa Gómez-Maldonado,Isabelle Lesur Kupin Lesuret al. Plant Biotechnology Journal, 2014, 12 (3), pp.286-299. ⟨10.1111/pbi.12136⟩ Article dans une revue hal-02640932v1
Genome-wide distribution of genetic diversity and linkage disequilibrium in a mass-selected population of maritime pine Christophe Plomion,Emilie E. Chancerel,Jeffrey Endelman,Jean-Baptiste J.-B. Lamy,Eric Mandrouet al. BMC Genomics, 2014, 15, 17 p. ⟨10.1186/1471-2164-15-171⟩ Article dans une revue hal-02636858v1
High-density linkage mapping in a pine tree reveals a genomic region associated with inbreeding depression and provides clues to the extent and distribution of meiotic recombination Emilie E. Chancerel,Jean-Baptiste J.-B. Lamy,Isabelle Lesur Kupin Lesur,Celine C. Noirot,Christophe Kloppet al. BMC Biology, 2013, 11, 19 p. ⟨10.1186/1741-7007-11-50⟩ Article dans une revue hal-00964786v1
IMGT/DomainGapAlign: the IMGT® tool for the analysis of IG, TR, MH, IgSF, and MhSF domain amino acid polymorphism François Ehrenmann,Mp Lefranc Methods in Molecular Biology, 2012, 882, pp.605-633. ⟨10.1007/978-1-61779-842-9_33⟩ Article dans une revue hal-00722914v1
Mass spectrometry detection of G3m and IGHG3 alleles and follow-up of differential mother and neonate IgG3. Célia Dechavanne,François Guillonneau,Giovanni Chiappetta,Laïla Sago,Prisca Lévyet al. PLoS ONE, 2012, 7 (9), pp.e46097. ⟨10.1371/journal.pone.0046097⟩ Article dans une revue hal-00858141v1
IMGT/3Dstructure-DB: Querying the IMGT Database for 3D Structures in Immunology and Immunoinformatics (IG or Antibodies, TR, MH, RPI, and FPIA) François Ehrenmann,Mp Lefranc Cold Spring Harbor protocols, 2011, 6, pii: pdb.prot5637. doi: 10.1101/pdb.prot5637. ⟨10.1101/pdb.prot5637⟩ Article dans une revue hal-00616465v1
IMGT/DomainGapAlign: IMGT Standardized Analysis of Amino Acid Sequences of Variable, Constant, and Groove Domains (IG, TR, MH, IgSF, MhSF). François Ehrenmann,Mp Lefranc Cold Spring Harbor protocols, 2011, 6, pii: pdb.prot5636. doi: 10.1101/pdb.prot5636. ⟨10.1101/pdb.prot5636⟩ Article dans une revue hal-00616462v1
IMGT/Collier de Perles: IMGT Standardized Representation f Domains (IG, TR, and IgSF Variable and Constant Domains, MH and MhSF Groove Domains) François Ehrenmann,Véronique Giudicelli,Patrice Duroux,Marie-Paule Lefranc Cold Spring Harbor protocols, 2011, 6, pp.726-736. ⟨10.1101/pdb.prot5635⟩ Article dans une revue hal-00616472v1
IMGT/3D Structure-DB and IMGT/DomainGapAlign: a database and a tool for immunoglobulins or antibodies, T cell receptors, MHC, IgSF and MhcSF. François Ehrenmann,Q. Kaas,Marie-Paule Lefranc Nucleic Acids Research, 2010, 38 (Suppl 1), pp.D301-D307. ⟨10.1093/nar/gkp946⟩ Article dans une revue hal-00450668v1
IMGT(R), the international ImMunoGeneTics information system(R). Marie-Paule Lefranc,Véronique Giudicelli,Chantal Ginestoux,Joumana Jabado-Michaloud,Géraldine Folchet al. Nucleic Acids Research, 2008, 37 (suppl. 1), pp.D1006-D1012. ⟨10.1093/nar/gkn838⟩ Article dans une revue hal-00357158v1

Communication dans un congrès (13)

Maggot, outil de catalogage des données de recherche Daniel Jacob,François Ehrenmann Printemps de la Donnée 2024, INRAE; Université Haute-Alsace; Université de Strasbourg; INSA; PNDB; AgroParisTech; Université de Lille; Sorbonne Université; Data Terra, Jun 2024, Bordeaux, France Communication dans un congrès hal-04682198v1
Un site web pour les propriétaires forestiers pour faciliter la prise de décision des coupes Céline Meredieu,Sylvain Descloux,François Ehrenmann,Thierry Labbé,Cécile Mariset al. Journées Forem 2023, Apr 2023, Grenoble, France Communication dans un congrès hal-04224292v1
eLabFTW@INRAE François Ehrenmann,Tovo Rabemanantsoa Journées de la Mesure et de la Métrologie, INRAE, Oct 2023, Sète, France Communication dans un congrès hal-04239684v1
In-Sylva-France a new research infrastructure for forest adaptation and silvicultural innovations Christian Pichot,Laurent Saint‐andré,Alain Bouvet,Christine Deleuze,François Ehrenmannet al. IUFRO World Congress 2019 "Forest Research and Cooperation for Sustainable Development", embrapa, Sep 2019, Curitiba, Brazil. 768 p., ⟨10.4336/2019.pfb.39e201902043⟩ Communication dans un congrès hal-04188784v1
An integrated information system dedicated to oak genomics and genetics Joëlle Amselem,Nicolas Francillonne,Célia Michotey,Thomas Letellier,Jean-Marc Auryet al. PAG XXVI Plant and Animal Genome Conference, Jan 2018, San Diego, United States. pp.27 slides Communication dans un congrès hal-01839185v1
Forest tree GnpIS: an information system dedicated to forest tree genetics, genomics and phenomics Célia Michotey,Christel Anger,François Ehrenmann,Odile Rogier,Véronique Jorgeet al. IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, May 2016, Arcachon, France Communication dans un congrès hal-02740283v1
Oak genome sequencing and evolution Jerome J. Salse,Jean Marc Aury,Florent Murat,Sébastien Faye,Karine Labadieet al. Genomics and Forest Tree Genetics Conference, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., May 2016, Arcachon, France. 134 p Communication dans un congrès hal-02741698v1
Annotation of the oak genome sequence and associated bioinformatic resources Joelle J. Amselem,Jean Marc Aury,Nicolas Francillonne,Tina Alaeitabar,Corinne da Silvaet al. IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., May 2016, Arcachon, France. 134 p Communication dans un congrès hal-02741128v1
Evidence of intense chromosomal shuffling during conifer evolution Marina de Miguel,Jérôme Bartholome,François Ehrenmann,Florent Murat,Yoshinari Moriguchiet al. ProCoGen final open conference, Promoting Conifer Genomic Resources, Nov 2015, Orléans, France. 75 p Communication dans un congrès hal-02741312v1
Sequencing and analysis of the oak transcriptome using RNA-seq technologies Isabelle Lesur Kupin Lesur,Grégoire G. Le Provost,Céline C. Lalanne,François Ehrenmann,Céline Noirotet al. IUFRO working group “Genetics of Quercus and Nothofagus”, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., Oct 2012, Bordeaux, France. 1 p Communication dans un congrès hal-02806071v1
Development of high density linkage maps in European oak for multi-objective genetic applications Catherine Bodenes-Brezard Bodénès,Emilie E. Chancerel,Camille Lepoittevin,François Ehrenmann,Isabelle Lesur Kupin Lesuret al. IUFRO working group “Genetics of Quercus and Nothofagus”, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., Oct 2012, Bordeaux, France. 1 p Communication dans un congrès hal-02805716v1
Quercus portal: a web resource for genetics and genomics of oaks François Ehrenmann,Antoine Kremer IUFRO working group “Genetics of Quercus and Nothofagus”, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., Oct 2012, Bordeaux, France. 1 p Communication dans un congrès hal-02804818v1
Development of genomic resources to study the structure, function and evolution of the oak genome Christophe Plomion,Joelle J. Amselem,Jean-Marc Aury,Catherine Bodenes,Emilie Chancerelet al. IUFRO working group "Genetics of Quercus and Nothofagus", Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., Oct 2012, Bordeaux, France. 1 p Communication dans un congrès hal-01019850v1

Poster de conférence (6)

Maggot : Designed to foster good data management, with « data sharing » in mind. Daniel Jacob,François Ehrenmann,Philippe Chaumeil Semantic Linked Data at INRAE, Oct 2023, Sète, France Poster de conférence hal-04256711v1
Un cahier de laboratoire électronique à INRAE François Ehrenmann,Tovo Rabemanantsoa 21. École Inter-Organismes Qualité et responsabilité sociétale en recherche et en enseignement supérieur, Sep 2023, MONTPELLIER, France Poster de conférence hal-04211298v1
Genetic parameters of maritime pine radial growth during a specific drought event Laurent Bouffier,Raphael Segura,François Ehrenmann,Jean-Marc Gion Forest Genetics 2017 - Forest Health and Productivity in Changing Environments, Jun 2017, Edmonton, Canada Poster de conférence hal-03341365v1
Detection of WUE positional candidate genes by combining QTL maps and BAC sequencing with the annotated oak genome sequence Nicolas Francillonne,Catherine Bodenes-Brezard Bodénès,François Ehrenmann,Célia Michotey,Antoine Kremeret al. Genomics and Forest Tree Genetics Conference, May 2016, Arcachon, France. , 134 p., 2016, Book of abstracts Poster de conférence hal-02741266v1
High density genetic map in oak reveals segregation distortion in oak and allows comparative mapping between oak and chestnut Catherine Bodenes-Brezard Bodénès,Emilie E. Chancerel,François Ehrenmann,Meg Staton,Thomas Laneet al. Genomics and Forest Tree Genetics Conference, May 2016, Arcachon, France. , 134 p., 2016, Book of abstracts Poster de conférence hal-02741322v1
Forest tree GnpIS: an information system dedicated to forest tree genetics, genomics and phenomics Célia Michotey,Christel Anger,François Ehrenmann,Odile Rogier,Véronique Jorgeet al. 35. New Phytologist Symposium, Jun 2015, Boston, United States. 2015 Poster de conférence hal-02795537v1

Chapitre d'ouvrage (4)

Use of IMGT® Databases and Tools for Antibody Engineering and Humanization Marie-Paule Lefranc,François Ehrenmann,Sofia Kossida,Véronique Giudicelli,Patrice Duroux Antibody Engineering, 1827, Springer New York, pp.35-69, 2018, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-8647-7. ⟨10.1007/978-1-4939-8648-4_3⟩ Chapitre d'ouvrage hal-04237636v1
EVOLTREE ELAB - An information system for forest genetics François Ehrenmann,Stephan Gaubitzer,Dieter Kopecky,Schmidt Johanna,Silvia Fluchet al. Evolution of trees and forest communities, PG Edition, 175 p., 2016, 978-2-9519296-3-9 Chapitre d'ouvrage hal-01603666v1
Use of IMGT(®) databases and tools for antibody engineering and humanization Marie-Paule Lefranc,François Ehrenmann,Chantal Ginestoux,Véronique Giudicelli,Patrice Duroux Antibody Engineering: Methods and Protocols, 907, Patrick Chames, pp.3-37, 2012, Methods in Molecular Biology, 978-1-61779-973-0. ⟨10.1007/978-1-61779-974-7_1⟩ Chapitre d'ouvrage hal-00742879v1
Standardized Sequence and Structure Analysis of Antibody Using IMGT® François Ehrenmann,Patrice Duroux,Véronique Giudicelli,Marie-Paule Lefranc Antibody Engineering, 2, Springer Berlin Heidelberg, pp.11-31, 2010, 978-3-642-01146-7. ⟨10.1007/978-3-642-01147-4_2⟩ Chapitre d'ouvrage hal-04232950v1

Pré-publication, Document de travail (1)

SNP4OrphanSpecies: A bio-informatic pipeline to isolate robust molecular markers for phylogeny, phylogeographical and population genetic studies of genetically orphan species Benjamin Penaud,Benoît Laurent,Marine Milhes,Camille Noûs,François Ehrenmannet al. 2022 Pré-publication, Document de travail hal-03425003v2

Rapport (4)

NUM-DATA Livrable D2.1 Enquête sur les pratiques des communautés et les ressources numériques Barthalon Chloé,Gaëlle Jaouen,François Ehrenmann,Philippe Clastre CIRAD, Montpellier, France. 2025 Rapport (rapport technique) hal-05536035v1
Recommandations sur les contours d'une offre de service institutionnelle INRAE permettant l'utilisation par ses unités d'un Cahier de Laboratoire Électronique (eLabFTW) Laurent Cauquil,Eric Cotteux,Fanny Dedet,François Ehrenmann,Olivier Gallandet al. Inrae. 2025 Rapport hal-05078839v1
Gestion de métadonnées pour les espaces de stockages de données François Ehrenmann,Philippe Chaumeil,Daniel Jacob,Edouard Guitton INRAE. 2022, pp.6 Rapport hal-03952340v1
Plan de gestion de données de structure de l'UMR BIOGECO François Ehrenmann,Philippe Chaumeil,Christophe Plomion 9, INRAE; Université de bordeaux. 2021 Rapport (plan de gestion de données/data management plan) hal-05261835v2

Logiciel (3)

Metadata Management Tool for Data Storage spaces (Maggot) Daniel Jacob,François Ehrenmann,Philippe Chaumeil 2023, ⟨swh:1:dir:10bbc39e10b7fdbaf1afca45c8eb1988afa6137b;origin=https://github.com/inrae/pgd-mmdt;visit=swh:1:snp:eeb0db244f889b0dba024f899bd09cfd9549d2cb;anchor=swh:1:rev:6b701e3d65c0e2aefab938697fdf764c35495e02⟩ Logiciel hal-04589638v1
Quercus portal . Evoltree,Audrey Jacques-Gustave,Antoine Kremer,Thierry Labbé,Mélina Milloxet al. 2012 Logiciel hal-02809840v1
PINUS PORTAL Emilie E. Chancerel,Hélène Lagraulet,Christophe Plomion,Jeffrey Endelman,François Ehrenmann 2012 Logiciel hal-02802784v1