François Lecointe

Publications

Pré-publication, Document de travail (2)

Atypical Replication Error Pattern and Limited Repair Efficiency Contribute to Elevated Mutation Rate in Phage lambda Julien Lopez,Magali Ventroux,Valentin Loux,Mahendra Mariadassou,François Lecointeet al. 2025 Pré-publication, Document de travail hal-05289701v1
Phage-mediated dispersal of multicellular bacteria Hoda Jaffal,Mounia Kortebi,Pauline Misson,Paulo Tavares,Malika Ouldaliet al. 2023 Pré-publication, Document de travail hal-04275248v1

Communication dans un congrès (13)

Duplication-rich Felixounavirus genomes encode GlaF, a Gp2.5-like annealase defining a new family of phage recombinases François Lecointe 15th International Conference. Phages | 2025. Bacteriophage in Medicine, Food and Biotechnology, Sep 2025, Oxford, United Kingdom Communication dans un congrès hal-05247372v1
Genome-scale engineering of Bacillus subtilis yields emergent phenotypes and allows to revisit concepts of minimal genomes Matthieu Jules,Etienne Dervyn,Anne-Gaëlle Planson,Kosei Tanaka,Victor Chubukovet al. Bioengineering and Synthetic Biology, Nov 2022, Gif-sur-Yvette | Île-de-France, France Communication dans un congrès hal-05123414v1
Prophage taming by the adherent-invasive Escherichia coli LF82 upon macrophage infection Pauline Misson,Emma Bruder,Jeffrey Cornuault,Marianne De Paepe,Gaelle Demarreet al. PHAGES in Paris. 7th symposium of the french PHAGE network, Oct 2022, Paris, France Communication dans un congrès hal-04299558v1
Comportement des prophages de la souche d’Escherichia coli adhérentes invasives LF82 à l’intérieur des macrophages François Lecointe,Pauline Misson,Emma Bruder,Jeffrey K. Cornuault,Marianne De Paepeet al. 89eme édition du congrès de l’Acfas, ACFAS, May 2022, Visioconférence, Canada Communication dans un congrès hal-04299974v1
Characterization of E. coli LF82 prophages and study of their impact on the macrophage-induced persistence of their host Pauline Misson,Jeffrey Cornuault,Olivier Son,Gaelle Demarre,Marianne De Paepeet al. PHAGES in Grenoble. Fifth symposium of the French PHAGE network, Oct 2019, Grenoble (38000), France Communication dans un congrès hal-04298658v1
Sak4 of phage HK620 is a RecA remote homolog with single-strand annealing activity stimulated by its cognate SSB protein Geoffrey Hutinet,Arthur Besle,Olivier Son,Elisabeth Moncaut,Stephen Mc Governet al. 12. French 3R Meeting, May 2017, Presqu'île de Giens, France Communication dans un congrès hal-02786602v1
Double strand break repair triggers genome plasticity in Streptomyces Grégory Hoff,Claire Bertrand,Emilie Piotrowski,Stephen T Mcgovern,François Lecointeet al. International Symposium on the Biology of Actinomycetes, May 2017, Jeju, South Korea Communication dans un congrès hal-01655226v1
Sak4 of phage HK620 is a RecA paralog with single-strand annealing activity stimulated by its cognate SSB protein Geoffrey Hutinet,Arthur Besle,Olivier Son,Elisabeth Moncaut,Stephen Mc Governet al. Phages on MARSeille, Nov 2016, marseilles, France Communication dans un congrès hal-02798891v1
Mécanismes de réparation des cassures double brin de l’ADN par le système NHEJ chez B subtilis François Lecointe Atelier satellite du Colloque annuel 2015 des utilisateurs de SOLEIL : "INRA-SOLEIL: l’Approche Synchrotron en Agriculture, Alimentation et Environnement"., Jan 2015, Gif sur Yvette, France Communication dans un congrès hal-01536584v1
Characterization of the non homologous end joining (NHEJ) mechanism in &lt;em&gt;B. subtilis&lt;/em&gt; François Lecointe Mini-symposium Micalis, 2012, Jouy-en-Josas, France Communication dans un congrès hal-02805380v1
ChIP-chip: Novel targets of CcpA and role of CcpA during the carbon source media shift François Lecointe 3. BaSysBio Spring Meeting, 2010, Bruxelles, Belgium Communication dans un congrès hal-02814642v1
Utilisation du SPA-Tag chez &lt;em&gt;Bacillus subtilis&lt;/em&gt; : identification d'une plateforme d'interaction dans l'usine réplicative bactérienne François Lecointe Journée thématique du réseau MassProt'INRA "Interactome et spectrométrie de masse", Jun 2008, Jouy-en-Josas, France Communication dans un congrès hal-02814658v1
Etude d’enzymes de modification de nucléotides des ARNt et de leurs fonctions dans le métabolisme cellulaire chez S. cerevisiae François Lecointe RNA Club, 2002, Gif-sur-Yvette, France Communication dans un congrès hal-02825166v1

Article dans une revue (24)

T7 DNA polymerase treatment improves quantitative sequencing of both double-stranded and single-stranded DNA viruses Maud Billaud,Ilias Theodorou,Quentin Lamy-Besnier,Shiraz Shah,François Lecointeet al. Peer Community Journal, 2024, 4, pp.e63. ⟨10.24072/pcjournal.437⟩ Article dans une revue hal-04662155v1
Prophage induction can facilitate the in vitro dispersal of multicellular Streptomyces structures Hoda Jaffal,Mounia Kortebi,Pauline Misson,Paulo Tavares,Malika Ouldaliet al. PLoS Biology, 2024, 22 (7), pp.e3002725. ⟨10.1371/journal.pbio.3002725⟩ Article dans une revue hal-04679306v1
Phage production is blocked in the adherent-invasive Escherichia coli LF82 upon macrophage infection Pauline Misson,Emma Bruder,Jeffrey Cornuault,Marianne de Paepe,Pierre Nicolaset al. PLoS Pathogens, 2023, 19 (2), pp.e1011127. ⟨10.1371/journal.ppat.1011127⟩ Article dans une revue hal-04017385v1
Greedy reduction of Bacillus subtilis genome yields emergent phenotypes of high resistance to a DNA damaging agent and low evolvability Etienne Dervyn,Anne-Gaëlle Planson,Kosei Tanaka,Victor Chubukov,Cyprien Guérinet al. Nucleic Acids Research, 2023, 51 (6), pp.2974-2992. ⟨10.1093/nar/gkad145⟩ Article dans une revue hal-04094194v1
Bacterial NHEJ: A never ending story Claire Bertrand,Annabelle Thibessard,Claude Bruand,François Lecointe,Pierre Leblond Molecular Microbiology, 2019, 11, pp.1139-1151. ⟨10.1111/mmi.14218⟩ Article dans une revue hal-02044826v1
Sak4 of Phage HK620 Is a RecA Remote Homolog With Single-Strand Annealing Activity Stimulated by Its Cognate SSB Protein Geoffrey Hutinet,Arthur Besle,Olivier Son,Stephen Mcgovern,Raphaël Guéroiset al. Frontiers in Microbiology, 2018, 9, pp.743. ⟨10.3389/fmicb.2018.00743⟩ Article dans une revue hal-02179070v1
C-terminal region of bacterial Ku controls DNA bridging, DNA threading and recruitment of DNA ligase D for double strand breaks repair. Stephen Mcgovern,Sonia Baconnais,Pierre Roblin,Pierre Nicolas,Pascal Drevetet al. Nucleic Acids Research, 2016, 44 (10), pp.4785-4806. ⟨10.1093/nar/gkw149⟩ Article dans une revue hal-01457533v1
Multiple and Variable NHEJ-Like Genes Are Involved in Resistance to DNA Damage in Streptomyces ambofaciens Grégory Hoff,Claire Bertrand,Lingli Zhang,Emilie Piotrowski,Ludovic Chipotet al. Frontiers in Microbiology, 2016, 7, pp.1901. ⟨10.3389/fmicb.2016.01901⟩ Article dans une revue hal-01521993v1
Condition-dependent transcriptome reveals high-level regulatory architecture in Bacillus subtilis Pierre P. Nicolas,Ulrike U. Mäder,Etienne Dervyn,Tatiana Rochat,Aurelie A. Leducet al. Science, 2012, 335 (6072), pp.1103-1106. ⟨10.1126/science.1206848⟩ Article dans une revue hal-01000245v1
Global Network Reorganization During Dynamic Adaptations of Bacillus subtilis Metabolism Joerg Martin Buescher,Wolfram Liebermeister,Matthieu Jules,Markus Uhr,Jan Muntelet al. Science, 2012, 335 (6072), pp. 1099-1103. ⟨10.1126/science.1206871⟩ Article dans une revue hal-03968015v1
The dynamic protein partnership of RNA polymerase in Bacillus subtilis Olivier O. Delumeau,François Lecointe,Jan J. Muntel,Alain A. Guillot,Eric Guédonet al. Proteomics, 2011, 11 (15), pp.2992 - 3001. ⟨10.1002/pmic.201000790⟩ Article dans une revue istex hal-01000647v1
The dynamic protein partnership of RNA polymerase in Bacillus subtilis Olivier Delumeau,François Lecointe,Jan Muntel,Alain Guillot,Eric Guédonet al. Proteomics, 2011, 11 (15), pp. 2992-3001. ⟨10.1002/pmic.201000790⟩ Article dans une revue istex hal-03761115v1
The C-Terminal Domain of the Bacterial SSB Protein Acts as a DNA Maintenance Hub at Active Chromosome Replication Forks Audrey Costes,François Lecointe,Stephen Mc Govern,Sophie Quevillon-Cheruel,Patrice P. Polard PLoS Genetics, 2010, 6 (12), pp.e1001238. ⟨10.1371/journal.pgen.1001238⟩ Article dans une revue hal-02667913v1
The family X DNA polymerase from &lt;em&gt;Deinococcus radiodurans&lt;/em&gt; adopts a non-standard extended conformation Nicolas Leulliot,Lionel Cladière,François Lecointe,Dominique Durand,Ulrich Hübscheret al. Journal of Biological Chemistry, 2009, 284 (18), pp.11992-11999. ⟨10.1074/jbc.M809342200⟩ Article dans une revue hal-02668856v1
Crystal structure of an intact type II DNA topoisomerase: insights into DNA transfer mechanisms. Marc Graille,Lionel Cladière,Denys Durand,François Lecointe,Danièle Gadelleet al. Structure / Struct Fold Des; Structure (Camb ), 2008, 16 (3), pp.360-70. ⟨10.1016/j.str.2007.12.020⟩ Article dans une revue hal-00286306v1
Anticipating chromosomal replication fork arrest: SSB targets repair DNA helicases to active forks François Lecointe,Céline Sérèna,Marion Velten,Audrey Costes,Stephen Mcgovernet al. EMBO Journal, 2007, 26 (19), pp.4239-4251. ⟨10.1038/sj.emboj.7601848⟩ Article dans une revue hal-02667023v1
Limited concentration of RecA delays DNA double-strand break repair in &lt;em&gt;Deinococcus radiodurans&lt;/em&gt; R1 Edmond Jolivet,François Lecointe,Geneviève Coste,Katsuya Satoh,Issay Narumiet al. Molecular Microbiology, 2006, 59 (1), pp.338-349. ⟨10.1111/j.1365-2958.2005.04946.x⟩ Article dans une revue hal-02666652v1
Deciphering the molecular bases of Mycobacterium tuberculosis binding to the lectin DC-SIGN reveals an underestimated complexity. Sylvain Pitarque,Jean-Louis Herrmann,Jean-Luc Duteyrat,Mary Jackson,Graham R Stewartet al. Biochemical Journal, 2005, 392 (Pt 3), pp.615-24. ⟨10.1042/BJ20050709⟩ Article dans une revue pasteur-01372648v1
Involvement of an X family DNA polymerase in double-stranded break repair in the radioresistant organism &lt;em&gt;Deinococcus radiodurans&lt;/em&gt; François Lecointe,Igor V. Shevelev,Adriana Bailone,Suzanne Sommer,Ulrich Hübscher Molecular Microbiology, 2004, 53 (6), pp.1721-1730. ⟨10.1111/j.1365-2958.2004.04233.x⟩ Article dans une revue hal-02683264v1
Vectors for regulated gene expression in the radioresistant bacterium &lt;em&gt;Deinococcus radiodurans&lt;/em&gt; François Lecointe,Geneviève Coste,Suzanne Sommer,Adriana Bailone Gene, 2004, 336 (1), pp.25-35. ⟨10.1016/j.gene.2004.04.006⟩ Article dans une revue istex hal-02678164v1
Trm7p catalyses the formation of two 2'-&lt;em&gt;O&lt;/em&gt;-methylriboses in yeast tRNA anticodon loop Lionel Pintard,François Lecointe,Janusz M. Bujnicki,Claire Bonnerot,Henri Grosjeanet al. EMBO Journal, 2002, 21 (7), pp.1811-1820. ⟨10.1093/emboj/21.7.1811⟩ Article dans une revue hal-02683263v1
Lack of pseudouridine 38/39 in the anticodon arm of yeast cytoplasmic tRNA decreases &lt;em&gt;in vivo&lt;/em&gt; recoding efficiency François Lecointe,Olivier Namy,Isabelle Hatin,George Simos,Jean-Pierre Roussetet al. Journal of Biological Chemistry, 2002, 277 (34), pp.30445-30453. ⟨10.1074/jbc.M203456200⟩ Article dans une revue hal-02682958v1
Pus1p-dependent tRNA pseudouridinylation becomes essential when tRNA biogenesis is compromised in yeast Helge Grosshans,François Lecointe,Henri Grosjean,Ed Hurt,George Simos Journal of Biological Chemistry, 2001, 276 (49), pp.46333-46339. ⟨10.1074/jbc.M107141200⟩ Article dans une revue hal-02683267v1
Characterization of yeast protein Deg1 as pseudouridine synthase (Pus3) catalyzing the formation of Ψ38 and Ψ39 in tRNA anticodon loop François Lecointe,George Simos,Anke Sauer,Eduard C. Hurt,Yuri Motorinet al. Journal of Biological Chemistry, 1998, 273 (3), pp.1316-1323. ⟨10.1074/jbc.273.3.1316⟩ Article dans une revue hal-02699150v1

Poster de conférence (17)

Phage production is blocked in the adherent-invasive Escherichia coli LF82 upon macrophage infection Pauline Misson,Emma Bruder,Jeffrey K. Cornuault,Marianne De Paepe,Pierre Nicolaset al. Viruses Of Microbes 2023, Jul 2023, Tbilisi, Georgia Poster de conférence hal-04160179v1
Greedy reduction of Bacillus subtilis genome yields emergent phenotypes Etienne Dervyn,Anne-Gaëlle Planson,Kosei Tanaka,Victor Chubukov,Cyprien Guérinet al. BACELL2023, Nov 2023, Kobe, Japan. Poster de conférence hal-04316425v1
Characterization of phagic recombination proteins and their impact on E. coli LF82 pathogenicity Pauline Misson,Emma Bruder,Jeffrey Cornuault,Olivier Son,Alice Eon-Berthoet al. PHAGES in Roscoff. Sixth symposium of the French PHAGE Network, Oct 2021, Roscoff (FR), France Poster de conférence hal-04298707v1
ATP-Dependent Formation Of Sak4 Filaments: A First Step Towards The Single Strand Annealing Olivier Son,Sonia Baconnais,Marie-Agnès Petit,Eric Le Cam,François Lecointe Phages in Grenoble, 2019, Grenoble, France Poster de conférence hal-03319650v1
Role of ATP in the single strand annealing activity of the &quot;RecA core only&quot; Sak4 of phage HK620 Olivier Son,Sonia Baconnais,Marie-Agnès Petit,Eric Le Cam,François Lecointe 13. French 3R Meeting, May 2019, Giens, France. , 2019 Poster de conférence hal-02734012v1
Impact of prophages from Escherichia coli LF82 on its macrophage-induced persistence Pauline Misson,Jeffrey Cornuault,Gaelle Demarre,Olivier Son,Marianne De Paepeet al. 13th 3R meeting. Replication, Repair, Recombination, From molecular mechanisms to clinical applications, May 2019, Giens (Var), France Poster de conférence hal-04298375v1
Sak4 of phage HK620 is an SSB-stimulated annealase that is involved in the lytic development of the phage Geoffrey Hutinet,Arthur Besle,Olivier Son,Stephen Mcgovern,Raphaël Guéroiset al. 3. Symposium of the French Phage Network, Nov 2017, Gif-sur-Yvette, France. , 54 p., 2017, 3rd Symposium of the French Phage Network: Phages-sur-Yvette Poster de conférence hal-02735072v1
Characterization of the non homologous end joining (NHEJ) mechanism in &lt;em&gt;B. subtilis&lt;/em&gt;: the dual role of the C-terminal part of Ku Stephen Mc Govern,Sonia Baconnais,Pierre Roblin,Pierre P. Nicolas,Pascal Drevetet al. 11. Colloque des 3R, May 2015, Presqu'ile de Giens, France. , 2015 Poster de conférence hal-02743874v1
Caractérisation du mécanisme de recollement d'extrémités non homologues (NHEJ) chez &lt;em&gt;Bacillus subtilis&lt;/em&gt; Stephen Mc Govern,Héloïse Simonson,Pascal Drevet,Pierre Roblin,Jean-Baptiste Charbonnieret al. 10. Colloque des 3R : Réplication, Recombinaison et Réparation, May 2013, Presqu'île de Giens, France. , 2013 Poster de conférence hal-02809102v1
New DNA binding sites for CcpA, the major regulator of the carbon catabolite response in &lt;em&gt;Bacillus subtilis&lt;/em&gt; Nathalie N. Pigeonneau,François Lecointe,Pierre Nicolas,Philippe Noirot Systems Biology of Microorganisms, Mar 2010, Paris, France. , 2010 Poster de conférence hal-02815793v1
The dynamic protein partnership of RNA polymerase in &lt;em&gt;Bacillus subtilis&lt;/em&gt; Olivier Delumeau,François Lecointe,Alain Guillot,Veronique Monnet,Patrice P. Polardet al. Systems Biology of Microorganisms, Mar 2010, Paris, France. , 2010 Poster de conférence hal-02822191v1
SSB : coordinateur des mécanismes de réparation des fourches de réplication ? François Lecointe,Audrey Costes,Stephen Mcgovern,Sophie Cheruel,Patrice P. Polard 5. Journées des Microbiologistes de l'INRA 2010 (JMI 2010), May 2010, Poitiers, France. , 196 p., 2010, Journées des Microbiologistes de l'INRA 2010 - Futuroscope 5-7 mai 2010 Poster de conférence hal-02754366v1
SSB : coordinateur des mécanismes de réparation des fourches de réplication ? François Lecointe,Audrey Costes,Stephen Mc Govern,Sophie Cheruel,Patrice P. Polard 8. Colloque des 3R : Réplication, Recombinaison et Réparation, May 2009, Presqu'île de Giens, France. 2009 Poster de conférence hal-02823127v1
Un rôle général de SSB dans la surveillance des fourches de réplication chez les bactéries François Lecointe,Céline Sérèna,Marion Velten,Stephen Mc Govern,Audrey Costeset al. 7. Colloque des 3R : Réplication, Recombinaison et Réparation, May 2007, Presqu'île de Giens, France. 2007 Poster de conférence hal-02817628v1
Mécanismes de radiorésistance chez Deinococcus radiodurans François Lecointe,Adriana Bailone,Suzanne Sommer 5. Colloque des 3R : Réplication, Recombinaison et Réparation, Jun 2003, Presqu’île de Giens, France. 2003 Poster de conférence hal-02831658v1
Purification et caractérisation biochimique de l'ARNt: pseudouridine 38/39 synthétase (Pus3p) de S. cerevisiae François Lecointe,Yuri Motorin,Henri Grosjean 3. Congrès SifrARN, 2000, Toulouse, France. , 2000 Poster de conférence hal-02841208v1
La protéine Deg1 de S. cerevisiae est une pseudouridine synthétase catalysant la formation de Psi38 et Psi39 dans la boucle anticodon des ARNt François Lecointe,Yuri Motorin,Henri Grosjean 7. Rencontre de l’Ecole Doctorale B2M, 1999, Paris, France. 1999 Poster de conférence hal-02841844v1

HDR (1)

Etude de machines moléculaires impliquées dans la dynamique des génomes bactériens et phagiques François Lecointe Génomique, Transcriptomique et Protéomique [q-bio.GN]. Université Paris Saclay, 2021 HDR tel-03320109v1

Chapitre d'ouvrage (2)

Nonhomologous End-Joining in Bacteria Annabelle Thibessard,Claire Bertrand,Edward J Bartlett,Aidan J Doherty,Claude Bruandet al. Joseph Jez. Encyclopedia of Biological Chemistry 3rd Edition,, 4, Elsevier, 2021, 9780128194607 Chapitre d'ouvrage hal-03319644v1
Translational recoding and RNA modifications Olivier Namy,François Lecointe,Henri Grosjean,Jean-Pierre Rousset Fine-Tuning of RNA Functions by Modification and Editing, 12, Springer Verlag, 442 p., 2005, Topics in Current Genetics, 978-3-540-24495-0 978-3-540-31454-7. ⟨10.1007/b106847⟩ Chapitre d'ouvrage hal-02831702v1

Chapitre de rapport (1)

A low resolution study of the &lt;em&gt;Bacillus subtilis&lt;/em&gt; Ku protein: deciphering the DNA double strand break repair by the bacterial NHEJ pathway Stephen Mcgovern,Sonia Baconnais,Pierre Roblin,Pierre Nicolas,Pascal Drevetet al. 2016 Chapitre de rapport (rapport contrat/projet) hal-02800653v1

Thèse (1)

Etude d’enzymes de modification de nucléotides des ARNt et de leurs fonctions dans le métabolisme cellulaire chez Saccharomyces cerevisiae François Lecointe Sciences du Vivant [q-bio]. Université Pierre et Marie Curie - Paris 6, 2002. Français. ⟨NNT : ⟩ Thèse tel-02831095v1