Francois Moreews INRAE - PEGASE - Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage

Identifiants chercheurs

IdHAL :

francois-moreews

ORCID :

0000-0002-4168-4459

IdRef :

192464035

Présentation

François Moreews est ingénieur et chef de projet en informatique à INRAE, dans l'UMR PEGASE.

Il est titulaire d'une thèse d'informatique soutenue en 2015 à l’Université de Rennes concernant la conception et le partage de workflows d’analyse pour traitements intensifs en bioinformatique.

Ces activités concernent notamment la gestion de projet informatique, le web sémantique (RDF/SPARQL), le développement de workflows analytiques, la reproductibilité pour les sciences du vivant.

Il conduit actuellement des travaux autour de la mise en œuvre de solutions pour faciliter l'intégration des technologies du web sémantique, telles que BioPAX-Explorer, un outil Python facilitant la requête de réseaux biologiques. Il travaille également sur la création de moteurs de recherche utilisant les LLM (Large Language models) et le RAG (Retrieval-Augmented Generation).Ses domaines d’expertise couvrent le web sémantique, l'IA, la bio-informatique, le cloud computing, le parallélisme, la gestion de données, et l’analyse de transcriptomes, notamment en contexte animal.

Publications

Article dans une revue (15)

Fixing molecular complexes in BioPAX standards to enrich interactions and detect redundancies using Semantic Web Technologies Camille Juigné,Olivier Dameron,François Moreews,Florence Gondret,Emmanuelle Becker Bioinformatics, 2023, 39 (5), pp.btad257. ⟨10.1093/bioinformatics/btad257⟩ Article dans une revue hal-04084869v1
PAX2GRAPHML: a Python library for large-scale regulation network analysis using BIOPAX François Moreews,Hugo Simon,Anne Siegel,Florence Gondret,Emmanuelle Becker Bioinformatics, 2021, 37 (24), pp.4889-4891. ⟨10.1093/bioinformatics/btab441⟩ Article dans une revue hal-03265223v1
An integrated approach to bovine oocyte quality: from phenotype to genes Leslie Angulo,Catherine Guyader-Joly,Sylvain Auclair,Christelle Hennequet-Antier,Pascal Papillieret al. Reproduction, Fertility and Development, 2015, 28 (9), ⟨10.1071/RD14353⟩ Article dans une revue hal-01194139v1
The BioMart community portal: an innovative alternative to large, centralized data repositories Damian Smedley,Syed Haider,Steffen Durinck,Luca Pandini,Paolo Proveroet al. Nucleic Acids Research, 2015, 43 (W1), pp.W589-W598. ⟨10.1093/nar/gkv350⟩ Article dans une revue hal-01146849v1
BioShaDock: a community driven bioinformatics shared Docker-based tools registry François Moreews,Olivier Sallou,Hervé Ménager,Yvan Le Bras,Cyril Monjeaudet al. F1000Research, 2015, ⟨10.12688/f1000research.7536.1⟩ Article dans une revue hal-01243520v1
Characterization of rainbow trout gonad, brain and gill deep cDNA repertoires using a Roche 454-Titanium sequencing approach Aurélie Le Cam,Julien Bobe,Olivier Bouchez,Cédric Cabeau,Olivier Kahet al. Gene, 2012, 500 (1), pp.32-39. ⟨10.1016/j.gene.2012.03.053⟩ Article dans une revue istex hal-01205069v1
Oocyte-somatic cells interactions, lessons from evolution. Cathy Charlier,Jérôme Montfort,Olivier Chabrol,Daphné Brisard,Thuy Thao Vi Nguyenet al. BMC Genomics, 2012, 13 (1), pp.560. ⟨10.1186/1471-2164-13-560⟩ Article dans une revue hal-00753310v1
SigReannot-mart: a query environment for expression microarray probe re-annotations. François Moreews,Gaelle Rauffet,Patrice Dehais,Christophe Klopp Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2011, 2011, pp.bar025. ⟨10.1093/database/bar025⟩ Article dans une revue inria-00638684v1
BioMart Central Portal: an open database network for the biological community Jonathan M. Guberman,J. Ai,O. Arnaiz,Baran Joachim,Andrew Blakeet al. Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2011, pp.bar041. ⟨10.1093/database/bar041⟩ Article dans une revue inria-00638749v1
Generation and analysis of a 29,745 unique Expressed Sequence Tags from the Pacific oyster (Crassostrea gigas) assembled into a publicly accessible database: the GigasDatabase Elodie Fleury,Arnaud Huvet,Christophe Lelong,Julien de Lorgeril,Viviane Bouloet al. BMC Genomics, 2009, 10 (341), pp.341. ⟨10.1186/1471-2164-10-341⟩ Article dans une revue inria-00435769v1
BioQuali Cytoscape plugin: analysing the global consistency of regulatory networks Carito Guziolowski,Annabel Bourdé,François Moreews,Anne Siegel BMC Genomics, 2009, 26 (10), pp.244. ⟨10.1186/1471-2164-10-244⟩ Article dans une revue inria-00429804v1
sigReannot: an oligo-set re-annotation pipeline based on similarities with the Ensembl transcripts and Unigene clusters. Casel Pierrot,François Moreews,Christophe Klopp BMC Proceedings, 2009, 3 (4), pp.1-5. ⟨10.1186/1753-6561-3-S4-S3⟩ Article dans une revue inria-00435746v1
Transcriptome profiling of the feeding-to-fasting transition in chicken liver. Colette Désert,Michel Jacques M.J. Duclos,Pierre Blavy,Frédéric Lecerf,François Moreewset al. BMC Genomics, 2008, 9 (611), pp.611. ⟨10.1186/1471-2164-9-611⟩ Article dans une revue hal-00729919v1
Accurate prediction of BRCA1 and BRCA2 heterozygous genotype using expression profiling after induced DNA damage. Zsofia Kote-Jarai,Lucy Matthews,Ana Osorio,Susan Shanley,Ian Giddingset al. Clinical Cancer Research, 2006, Clin Cancer Res. 2006 Jul 1;12(13):3896-901 Article dans une revue inria-00180301v1
RPBS: a web resource for structural bioinformatics Cynthia Alland,François Moreews,D. Boens,Mathilde Carpentier,Sylvain Chiusaet al. Nucleic Acids Research, 2005, 33 (2), pp.W44-W49. ⟨10.1093/nar/gki477⟩ Article dans une revue hal-04712180v1

Communication dans un congrès (14)

Detection and correction of non-conformities and redundancies in complexes of molecules in BioPAX Camille Juigné,Olivier Dameron,François Moreews,Florence Gondret,Emmanuelle Becker Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2022, Rennes, France. pp.1-25 Communication dans un congrès hal-03752473v1
An application suite based on the IFB Container as a Service platform François Moreews,Olivier Sallou,Olivier Collin ECCB 2016 (Elixir Talks) , ISCB, Sep 2016, Den Haag, Netherlands Communication dans un congrès hal-01394295v1
A curated Domain centric shared Docker registry linked to the Galaxy toolshed François Moreews,Olivier Sallou,Yvan Le Bras,Grosjean Marie,Cyril Monjeaudet al. Galaxy Community Conference 2015, Jul 2015, Norwich, United Kingdom Communication dans un congrès hal-01160514v1
Integrating GALAXY workflows in a metadata management environment François Moreews,Yvan Le Bras,Olivier Dameron,Cyril Monjeaud,Olivier Collin Galaxy Community Conference, Jul 2014, Baltimore, United States Communication dans un congrès hal-01093058v1
OBIWEE : an open source bioinformatics cloud environment François Moreews,Jonathan Piat,Olivier Sallou BOSC 2011 - 12th Annual Bioinformatics Open Source Conference, Jul 2011, Vienne, Austria Communication dans un congrès inria-00638715v1
A new method for modeling reactions and regulations to analyze high-throughout data Pierre Blavy,Florence Gondret,Sven Thiele,Carito Guziolowski,Sandrine Lagarrigueet al. 4. International Symposium on Animal Functional Genomics, Sorcha De Gras; Sorcha De Gras, Oct 2011, Dublin, Ireland Communication dans un congrès hal-02748096v1
SLICEE: A Service oriented middleware for intensive scientific computation Jonathan Piat,François Moreews,Olivier Collin,Dominique Lavenier,Alexandre Cornu SERVICES 2011, Jul 2011, WASHINGTON DC, United States Communication dans un congrès inria-00638694v1
BioDesc : gestion d'un entrepôt multiformat de descriptions de ressources bioinformatiques Philippe Picouet,Z. Doughi,Loraine Brillet,Erwan Corre,Christophe Caronet al. JOBIM, Sep 2010, Montpellier, France Communication dans un congrès inria-00540815v1
Oscile Cathy Charlier,Jérôme Montfort,Olivier Chabrol,François Moreews,M. Salhabet al. VIIIe Colloque Agenae / Genanimal, Nov 2010, Bordeaux, France Communication dans un congrès inria-00540830v1
A framework for building reliable distributed bioinformatics service repositories François Moreews ICWS 2009 International Conference on Web Services, Jul 2009, Los Angeles, United States. ⟨10.1109/ICWS.2009.143⟩ Communication dans un congrès inria-00435752v1
QBIOS: driving toward a trusted distributed bioinformatics service infrastructure François Moreews ISMB 2009 - International Conference On Intelligent Systems for Molecular Biology, Jun 2009, Stockholm, Sweden Communication dans un congrès inria-00435755v1
BioWorkFlow: Web Services toolkit and workflow applications evaluation to deploy a confidence network Marc Wessner,Martin Senger,Franck Samson,Philippe Picouet,François Moreewset al. Jobim (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques), Jun 2008, Lille, France Communication dans un congrès inria-00327528v1
Profils transcriptomiques de foies de poulet soumis au jeûne : utilisation d'une puce à ADN de 20000 oligonucléotides Marc Aubry,Colette Désert,Pierre Blavy,Frédéric Lecerf,Michel Jacques M.J. Ducloset al. Journées Scientifiques, Département de Génétique Animale, Apr 2008, Lacanau, France Communication dans un congrès hal-00729786v1
GEO EXPORTER : a tools to automate publishing of microarray data to Gene Expression Omnibus François Moreews ISMB 2008, The International Society for Computational Biology, Jul 2008, Toronto, Canada Communication dans un congrès inria-00329898v1

Poster de conférence (3)

Yet another Galaxy Genome viewer Thomas Alain Darde,François Moreews,Yvan Le Bras,Cyril Monjeaud,Frédéric Chalmel GCC, Jul 2015, Norwich, United Kingdom Poster de conférence hal-02445072v1
Contribution to the annotation of the chicken 20K oligo microarray of ARK-genomics C. Klopp,François Moreews,Marc Aubry,Sandrine Lagarrigue Plant & Animal Genomes, XVI Conference, Jan 2008, San Diego (US), United States. , 2008 Poster de conférence hal-00729110v1
Transcriptome Profiling Of Feeding-To-Fasting Transition In Chicken Liver Using A Chicken 20K Oligo Microarray Colette Désert,Pierre Blavy,François Moreews,Michel Jacques M.J. Duclos,Pascale Le Royet al. International Plant & Animal Genomes XVI Conference, Jan 2008, San Diego, United States. , 2008 Poster de conférence inria-00329926v1

Pré-publication, Document de travail (2)

BioPAX-Explorer: a Python Object-Oriented framework for overcoming the complexity of querying biological networks François Moreews,Jean-Baptiste Bougaud,Emmanuelle Becker,Florence Gondret,Olivier Dameron 2024 Pré-publication, Document de travail hal-04815773v1
Seamless Coarse Grained Parallelism Integration in Intensive Bioinformatics Workflows François Moreews,Dominique Lavenier 2016 Pré-publication, Document de travail hal-00908842v1

Rapport (1)

Plan de gestion de données de l'unité Physiologie, environnement et génétique pour l'animal et les systèmes d’élevage Emilie Bernard,Frédéric Herault,François Moreews,Colette Mustière,Gwendal Virlet INRAE. 2026, 14 p Rapport (plan de gestion de données/data management plan) hal-04882266v2

Thèse (1)

Concevoir et partager des workflows d’analyse de données : application aux traitements intensifs en bioinformatique François Moreews Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2015. Français. ⟨NNT : 2015REN1S089⟩ Thèse tel-01308297v2