
François Brun
Présentation
ACTA, INRAE, UMR AGIR, Castanet Tolosan (31)
Numérique, Modélisation & Science des données
**EXPERIENCES PROFESSIONNELLES**
**depuis 2007**
Ingénieur-docteur, à l'ACTA, les Instituts Techniques Agricole.
Responsable de pôle Agriculture numérique et science des données.
Animateur du réseau mixte technologique Science des données et Modélisation (2007-2024) pour l'Agriculture (www.modelia.org ; méthodologie, échanges d'expérience, formations).
Responsable de plus de 10 projets de recherche appliquée en partenariat. Par exemple, projet SynOEM "Les apports de la météo de précision au service des agriculteurs." (AAP CASDAR RT, 2019-2021.
Co-encadrement thèse CIFRE ACTA/INRAE Lucie MICHEL (2013-2016).
Co-encadrement thèse CIFRE ACTA/INRAE Mathilde Chen (2017-2019).
Co-encadrement thèse DigitAg ACTA/METEOFRANCE/INRAE Ivana Aleksovska (2018-2020).
Co-encadrement thèse DigitAg ACTA/INRIA/INRAE Olivier Gauriau (2020-2022).
Co-encadrement post doc DigitAg ACTA/METEOFRANCE/INRAE Bachar Tarraf (2022-2023).
**2006**
Ingénieur-analyste en informatique, à VIVERIS (informatique).
**2003-2006**
Doctorat de biologie, UMR Environnement et Grandes Cultures (Institut National de Recherche Agronomique, Grignon (78)). Recherche portant sur la modélisation de l'adaptation fonctionnelle de la plante, notamment du système racinaire, à la contrainte azotée (outils de modélisation, programmation orientée objet, interfaces graphiques, bases de données, analyse statistique pour la validation des modèles, analyse d'image, travail en équipe pour le suivi expérimental, conception de nouveaux dispositifs d'étude de la plante entière)
Enseignant-moniteur, Faculté de Science Paris XI. Enseignement de mathématiques pour les biologistes (initiation à la modélisation, tests statistiques)
**2002-2003**
Divers stages de recherche et d'ingénieur (CEA, INRAE)
**FORMATION**
**2001-2003**
Diplôme d'ingénieur Institut National d'Agronomie Paris-Grignon (AgroParisTech)
Master 2 « Adaptation des Plantes Cultivées aux Contraintes Environnementales »
**1999-2003**
Elève fonctionnaire de l'Ecole Normale Supérieure de Paris (Ulm)
Diplôme du magistère de biologie (ENS-ParisVI-ParisVII-ParisXI)
**1997-1999**
Classes préparatoires Biologie, Lycée Henri IV à Paris
**OUTILS DATA SCIENCE**
**Maîtrise de Logiciels d'analyse statistique (R).**
Base de données (mySQL, PostgreSQL).
Programmation scientifique (R, Python) et web (php, html, javascript).
Traitement et d'analyse d'image (Gimp).
**FORMATION CONTINUE**
2021
Formation de formateur (20 heures)
2010-2012
Formation GoFluent « Anglais oral » (50 heures)
2011
Formation INRAE BioBayes. Méthodes statistiques bayésiennes (30 heures)
2009
Formation INRAE Analyse de sensibilité et exploration de modèles (30 heures)
2007
Formation ACTA-INRAE Introduction à la modélisation (30 heures)
2006
Formation chez UNILOG en informatique (BDD, Java, Web) (160 heures)
2005
Formation à Orsay au droit de la propriété intellectuelle (60 heures)
Publications
Publications
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Comparaison des impacts de plusieurs sources d'incertitude lors de l'utilisation d'un modèle de culture avec des prévisions méteoJournées du réseau MEXICO, AgroParisTech - INRAE, Dec 2023, Palaiseau (91), France. 29p
Communication dans un congrès
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Prédiction des épidémies de cercosporiose de la betterave par des approches d’apprentissage automatique.VÉGÉPHYL -13ème Conférence internationale sur les maladies des plantes, Dec 2022, Orléans, France. pp.1-3
Communication dans un congrès
hal-03918080
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L'utilisation des données de télédétection et des méthodes de deep learning pour traiter de problématiques autour des paysages agricoles (introduction au séminaire)Séminaire du Réseau PAYOTE, Journées deep learning, télédétection et paysage co-organisé avec le RMT MODELIA (Modélisation et Analyse de Données pour l'Agriculture), Jun 2019, Paris, France
Communication dans un congrès
hal-02787757
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Assessment and comparison of the impacts on the environment and on human health of pesticides used in conventional and in innovative cropping systems designed to reduce pesticide useVisit of a Delegation of the Ministry of Ecology and Environment of China, Sep 2019, Thiverval-Grignon, France
Communication dans un congrès
hal-03266420
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Une démarche générique pour le développement d’outils d’analyse et de prédiction des dynamiques épidémiques à partir des données des réseaux d’épidémiosurveillance des cultures12. Conférence internationale sur les maladies des plantes (Végéphyl), Dec 2018, Tours, France. 10 p
Communication dans un congrès
hal-02736145
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Prendre en compte l’incertitude des prévisions météorologiques dans les OAD utilisées pour gérer les maladies et ravageurs des cultures12. Conférence internationale sur les maladies des plantes (Végéphyl), Dec 2018, Tours, France. 10 p
Communication dans un congrès
hal-01958293
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Estimer la date d’apparition du mildiou de la vigne grâce à l’élicitation probabiliste d’experts12. Conférence internationale sur les maladies des plantes (Végéphyl), Dec 2018, Tours, France. 10 p
Communication dans un congrès
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Sensitivity and performance simulations for transient phenomena in the H.E.S.S. analysis framework6th International Symposium on High-Energy Gamma-Ray Astronomy, Jul 2016, Heidelberg, Germany. pp.070004, ⟨10.1063/1.4969001⟩
Communication dans un congrès
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A source-sink based dynamic model for simulating oil and protein accumulation in sunflower achenes19. International Sunflower Conference, May 2016, Edirne, Turkey
Communication dans un congrès
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The H.E.S.S. Galactic plane survey poster34th International Cosmic Ray Conference, Jul 2015, The Hague, Netherlands. pp.782, ⟨10.22323/1.236.0782⟩
Communication dans un congrès
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Genetic-epidemiological modelling of gastrointestinal parasitism in sheep14. Conference of the International Society for Veterinary Epidemiology and Economics (ISVEE 14), Nov 2015, Mérida, Mexico. 1 p
Communication dans un congrès
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Estimation bayésienne des paramètres d'un modèle de culture implémenté sous VLESéminaire MIAJ, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UR Unité de recherche Mathématiques et Informatique Appliquées (0341)., Mar 2012, Jouy-enJosas, France. 64 diapos
Communication dans un congrès
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Assessing the uncertainty in model-based evaluation of irrigation strategies12. Congress of the european society for agronomy, Aug 2012, Helsinki, Finland. 598 p
Communication dans un congrès
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Analyse d’incertitude du modèle SUNFLO sous RECORD : Approche bayésienne et R-VLE2ème Journée d'animation de la plate-forme RECORD, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UR Unité de recherche Mathématiques et Informatique Appliquées (0341)., Jan 2012, Toulouse, France. 13 p
Communication dans un congrès
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Analyse d’incertitude d’un modèle de culture : démarche et illustration sur deux cas d’étude12. European Symposium on Statistical Methods for the Food Industry, Feb 2012, Paris, France. 427p
Communication dans un congrès
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The composition of agricultural landcapes influences life history traits of honeybee workersEurbee 5, Martin-Luther-University Halle-Wittenberg. Halle an der Salle, DEU., Sep 2012, Halle an der Salle, Germany. 296 p
Communication dans un congrès
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Mesure des effets non intentionnels du thiamethoxam chez l'abeille domestique par l'enregistrement automatique des comportements4ème Séminaire d’Ecotoxicologie de l’INRA, Nov 2011, Saint-Lager, France
Communication dans un congrès
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Stages and activities of the projects that give rise to models for agricultural development8. European Federation for Information Technology in Agriculture, Food and the Environment/World congress on Computers in Agriculture, Jul 2011, Prague, Czech Republic
Communication dans un congrès
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Modeling for decision support and modeling for impact assessment. How do the modeling projects differ?Journée internationale du RMT modélisation. What’s new, what’s next in dynamic system modeling in agronomy, Sep 2010, Paris, France. 24 p
Communication dans un congrès
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Decision support system in French agriculture: The need for information exchanges. Scientific and technical information and rural development13. IAALD World Congress: Scientific and Technical Information and Rural Development, Apr 2010, Montpellier, France. 7 p
Communication dans un congrès
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A new method to evaluate the effects of pesticides to honeybees: recording individual behaviour using microchipsEURBEE 2010, Sep 2010, Ankara, Turkey. 18 p
Communication dans un congrès
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Modelling N nutrition impact on plant functioning and root architecture in various genotypes of Arabidopsis thalianaAnnual Main Meeting, Society of Experimental Biology, Jun 2009, Glasgow, United Kingdom. pp.S229, ⟨10.1016/j.cbpa.2009.04.634⟩
Communication dans un congrès
istex
hal-03258541
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Modelling N nutrition impact on plant functioning and architecture in various genotypes of Arabidopsis thaliana5th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, 2007, Napier, New Zealand
Communication dans un congrès
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Modelling N nutrition impact on plant functioning and root architecture in various genotypes of Arabidopsis thaliana5. International Workshop, Nov 2007, Napier, New Zealand
Communication dans un congrès
hal-01191929
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Modelling N nutrition impact on plant functioning in various genotypes of Arabidopsis thaliana.International Workshop Nitrogen 2007, Jul 2007, Lancaster, United Kingdom
Communication dans un congrès
hal-03372988
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D2KAB project taking off: Data to Knowledge in Agronomy and Biodiversity14th Research Data Alliance Plenary Conference (RDA P14), Best poster award, Oct 2019, Helsinki, Finland. , 2019, ⟨10.5281/zenodo.3520300⟩
Poster de conférence
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Modelling pesticides leaching in cropping systems: Effect of uncertainties in climate, agricultural practices, soil and pesticide properties14th IUPAC International Congress, May 2019, Gand, Belgium. , 2019
Poster de conférence
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GASCON : Gestion agro-écologique de la santé des cultures et des organismes nuisiblesEnseigner et apprendre l’agro-écologie, Oct 2018, Toulouse, France. , 1 p., 2018
Poster de conférence
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L'hétérogénéité des données au sein du projet Cosac: Enjeux et solutionsSéminaire de restitution à mi-parcours du projet de recherche ANR COSAC, Jan 2017, Paris, France. 85 p., 2017, COSAC un projet pour la conception de Stratégies durables de gestion des Adventices dans un contexte de Changement (climat, pratiques agricoles, biodiversité)
Poster de conférence
hal-01604465
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From an individual-based model of pig fattening unit to a decision support tool2017 EFITA WCCA Congress, Jul 2017, Montpellier, France. 2017, European conference dedicated to the future use of ICT in the agri-food sector, bioresource and biomass sector
Poster de conférence
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Using Gaussian process metamodels for sensitivity analysis of an individual-based model of a pig fattening unit8.International conference sensitivity analysis of model output (Samo), Nov 2016, Le Tampon, La Réunion, France. , 2016, Proceedings
Poster de conférence
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The composition of agricultural landscapes influences life history traits of honeybee workers6. European Conference on Behavioural Biology (ECBB), Jul 2012, Duisburg-Essen, Germany. 2012
Poster de conférence
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Modelling N nutrition impact on root architecture of Arabidopsis thalianaInternational Workshop on Growth Phenotyping and Imaging in Plants, Jul 2007, Montpellier, France
Poster de conférence
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Modelling N nutrition impact on plant functioning in various genotypes of Arabidopsis thalianaInternational Workshop on Growth Phenotyping and Imaging in Plants, Jul 2007, Montpellier, France
Poster de conférence
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Modelling N nutrition impact on root architecture of Arabidopsis thaliana.International Workshop Nitrogen 2007, Jul 2007, Lancaster, United Kingdom
Poster de conférence
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Comment réagissent les racines d’une plante à la contrainte en azote? Une vision intégrée de cette réponse adaptative7èmes Journées d’Ecologie Fonctionnelle, Mar 2005, Clermont-Ferrand, France
Poster de conférence
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Arabidopsis root growth and morphogenesis in relation to N availability7th International Symposium on Inorganic Nitrogen Assimilation, Jun 2004, Wageningen, Netherlands
Poster de conférence
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Le numérique en agriculture : des technologies aux applicationsActa Éditions. Acta Éditions, 2025, 978-2-85794-332-7
Ouvrages
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Data science pour l’agriculture et l’environnement - Méthodes et applications avec R et PythonEllipses, 2021, Formations & Techniques, 9782340045774
Ouvrages
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Working with dynamic crop modelsAcademic Press - Elsevier, 3rd Edition, 613 p., 2018, 9780128117569
Ouvrages
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De l’analyse des réseaux expérimentaux à la méta-analyseEditions Quae, 1ère édition, 162 p., 2018, Savoir Faire (Quae), 9782759228157
Ouvrages
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Working with dynamic crop modelsAcademic Press - Elsevier, 504 p., 2014, 978-0-12-397008-4
Ouvrages
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Analysis of a Network of Randomized Complete Block Design Experiments with One FactorFrom Experimental Network to Meta-analysis, Springer Netherlands, pp.25-58, 2019, ⟨10.1007/978-94-024-1696-1_3⟩
Chapitre d'ouvrage
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Providing user-oriented uncertainty information with a vineyard model used for irrigation decisionsPractical applications of agricultural system models to optimize the use of limited water : Advances in agricultural systems modeling 5, American Society of Agronomy, Inc., Crop Science Society of America, Inc., and Soil Science Society of America, Inc., 440 p., 2014, 978-0-89118-344-0. ⟨10.2134/advagricsystmodel5.c8⟩
Chapitre d'ouvrage
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Quand une expérimentation fait bouger les lignes de l’accompagnementMarie-Christine Bureau; Ivan Sainseaulieu. Reconfigurations de l’État social en pratique, Presses universitaires du septentrion, pp.249-262, 2012, 978-2757403457
Chapitre d'ouvrage
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Le droit inactivé par l’accordEmmanuel Dockès. Au coeur des combats juridiques, Dalloz, pp.179 - 190, 2007, 9782247069866
Chapitre d'ouvrage
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Modélisation du fonctionnement de la plante Arabidopsis thaliana dans différents contextes de disponibilité en N du sol: impact sur l'architecture racinaireSciences du Vivant [q-bio]. Université Paris Sud - Paris 11, 2006. Français. ⟨NNT : ⟩
Thèse
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