Fabrice Touzain

Présentation

Chercheur à l'ANSES, ma théamtique d'intérêt initiale était la prédiction des motifs ADN d'intérêt biologique (sites de fixation de facteurs de transcription ou motifs KOPS chez les bactéries, origines de réplications de la levure, etc...). Je travaille actuellement à l'analyse de données de séquençage haut débit, principalement en lien avec les bactéries et virus, et récemment sur la thématique de détection des OGM, les pangénomes et la définition d'espèce.

Publications

Article dans une revue (28)

vvv2_align_SE, vvv2_align_PE/vvv2_display: Galaxy-Based Workflows and Tool Designed to Perform, Summarize and Visualize Variant Calling and Annotation in Viral Genome Assemblies Alexandre Flageul,Edouard Hirchaud,Céline Courtillon,Flora Carnet,Paul Brownet al. Viruses, 2025, 17 (10), pp.1385. ⟨10.3390/v17101385⟩ Article dans une revue hal-05341123v1
Genomic and virulence insights of Western European Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida and development of Galleria mellonella infection assay Salomé Desmecht,Fabrice Touzain,Thibaut Olivier,Céline Antoine,Véronique Bevenet al. Journal of Applied Microbiology, 2025, 136 (8), ⟨10.1093/jambio/lxaf193⟩ Article dans une revue anses-05242066v1
Identification of staphylococcal cassette chromosome mec in Staphylococcus aureus and non-aureus staphylococci from dairy cattle in Belgium: Comparison of multiplex PCR and whole genome sequencing Cyrille Ngassam Tchamba,Fabrice Touzain,Marte Fergestad,Anneleen de Visscher,Trine l'Abee-Lundet al. Research in Veterinary Science, 2023, 155, pp.150-155. ⟨10.1016/j.rvsc.2023.01.011⟩ Article dans une revue anses-04041119v1
F74 plasmids are major vectors of virulence genes in bovine NTEC2 Charlotte Valat,Marisa Haenni,Youssef Arnaout,Antoine Drapeau,Edouard Hirchaudet al. Letters in Applied Microbiology, 2022, 75 (2), pp.355-362. ⟨10.1111/lam.13733⟩ Article dans une revue anses-03715577v1
Identification of Five Serotypes of Enteropathogenic Escherichia coli from Diarrheic Calves and Healthy Cattle in Belgium and Comparative Genomics with Shigatoxigenic E. coli Audrey Habets,Fabrice Touzain,Pierrick Lucas,Nguyen Thi Thu Huong,Atsushi Iguchiet al. Veterinary Sciences, 2022, 9, pp.492. ⟨10.3390/vetsci9090492⟩ Article dans une revue anses-03922998v1
Viral variant visualizer (VVV): A novel bioinformatic tool for rapid and simple visualization of viral genetic diversity Alexandre Flageul,Pierrick Lucas,Edouard Hirchaud,Fabrice Touzain,Yannick Blanchardet al. Virus Research, 2021, 291, pp.198201. ⟨10.1016/j.virusres.2020.198201⟩ Article dans une revue anses-04419951v1
Molecular characterization of encephalomyocarditis virus strains isolated from an African elephant and rats in a French zoo Aurore Romey,Benjamin Lamglait,Yannick Blanchard,Fabrice Touzain,Helene Quenaultet al. Journal of Veterinary Diagnostic Investigation, 2021, 33 (2), pp.313-321. ⟨10.1177/1040638720978389⟩ Article dans une revue anses-03899563v1
Whole Genome Sequencing of Staphylococci Isolated From Bovine Milk Samples Marte Ekeland Fergestad,Fabrice Touzain,Sarne De Vliegher,Anneleen de Visscher,Damien Thiryet al. Frontiers in Microbiology, 2021, 12, pp.715851. ⟨10.3389/fmicb.2021.715851⟩ Article dans une revue anses-04419909v1
Genomic relatedness of a canine Lactococcus garvieae to human, animal and environmental isolates Damien Thiry,Frédéric Billen,Filip Boyen,Jean-Noël Duprez,Hélène Quenaultet al. Research in Veterinary Science, 2021, 137, pp.170-173. ⟨10.1016/j.rvsc.2021.04.032⟩ Article dans une revue anses-04424715v1
Overall changes in the transcriptome of Escherichia coli O26:H11 induced by a subinhibitory concentration of ciprofloxacin C. Valat,E. Hirchaud,A. Drapeau,F. Touzain,C. Boissesonet al. Journal of Applied Microbiology, 2020, 129 (6), pp.1577-1588. ⟨10.1111/jam.14741⟩ Article dans une revue anses-04146571v1
DUGMO: tool for the detection of unknown genetically modified organisms with high-throughput sequencing data for pure bacterial samples Julie Hurel,Sophie S. Schbath,Stéphanie Bougeard,Mathieu Rolland,Mauro Petrilloet al. BMC Bioinformatics, 2020, 21 (1), ⟨10.1186/s12859-020-03611-5⟩ Article dans une revue hal-02914869v1
Genomic polymorphism of Mycoplasma flocculare revealed by a newly developed multilocus sequence typing scheme Sarah Fourour,Pierrick Lucas,Fabrice Touzain,Véronique Tocqueville,Anne V. Gautier-Bouchardonet al. Veterinary Microbiology, 2019, 237, pp.108422 -. ⟨10.1016/j.vetmic.2019.108422⟩ Article dans une revue hal-03487500v1
Characterization of plasmids harboring blaCTX-M and blaCMY genes in E. coli from French broilers Fabrice Touzain,Laetitia Le Devendec,Claire de Boisseson,Sandrine Baron,Eric Jouyet al. PLoS ONE, 2018, 13 (1), pp.e0188768. ⟨10.1371/journal.pone.0188768⟩ Article dans une revue anses-01773003v1
Complete genome sequence of bluetongue virus serotype 4 that emerged on the French island of Corsica in December 2016 Corinne Sailleau,Emmanuel Breard,Cyril Viarouge,Axel Gorlier,Hélène Quenaultet al. Transboundary and emerging diseases, 2018, 65 (1), pp.e194-e197. ⟨10.1111/tbed.12660⟩ Article dans une revue hal-02627026v1
Ruminant and chicken: important sources of campylobacteriosis in France despite a variation of source attribution in 2009 and 2015 Amandine Thépault,Valérie Rose,Ségolène Quesne,Typhaine Poezevara,Véronique Bévenet al. Scientific Reports, 2018, 8 (1), pp.9305. ⟨10.1038/s41598-018-27558-z⟩ Article dans une revue anses-01931182v1
Characterization of plasmids harboring blaCTX-M genes in Escherichia coli from French pigs Pierrick Lucas,Eric Jouy,Laetitia Le Devendec,Claire de Boisseson,Agnès Perrin-Guyomardet al. Veterinary Microbiology, 2018, 224, pp.100-106 Article dans une revue anses-01958100v1
Emerging highly pathogenic H5 avian influenza viruses in France during winter 2015/16: phylogenetic analyses and markers for zoonotic potential François-Xavier Briand,Audrey Schmitz,Katell Ogor,Aurélie Le Prioux,Cécile Guillou-Cloarecet al. Eurosurveillance, 2017, 22 (9), pii=30473. ⟨10.2807/1560-7917.ES.2017.22.9.30473⟩ Article dans une revue pasteur-04097764v1
Complete sequence of transferable IncHI2/ST4 plasmid carrying blaCTX-M-1 and mcr-1 from an enterohaemorrhagic Escherichia coli (EHEC) from bovine origin Charlotte Valat,Méganne Billet,Pierrick Lucas,Edouard Hirchaud,Fabrice Touzainet al. Journal of Microbiology and Antimicrobial Agents, 2017, 3 (2), pp.34-37 Article dans une revue hal-04669057v1
A single amino acid change in the non-structural NV protein impacts the virulence phenotype of &lt;em&gt;viral hemorrhagic septicemia virus in trout&lt;/em&gt; Laury Baillon,Emilie Mérour,Joelle Cabon,Lénaïg Louboutin,Hélène Quenaultet al. Journal of General Virology, 2017, 98 (6), pp.1181-1184. ⟨10.1099/jgv.0.000830⟩ Article dans une revue hal-02625531v1
Complete genome sequence of bluetongue virus serotype 8, which reemerged in France in August 2015 Emmanuel Bréard,Corinne Sailleau,Hélène Quenault,Pierrick Lucas,Cyril Viarougeet al. Genome Announcements, 2016, 4 (2), pp.e-00163-16. ⟨10.1128/genomeA.00163-16⟩ Article dans une revue hal-01607216v1
Dual Emergence of Usutu Virus in Common Blackbirds, Eastern France, 2015 Sylvie Lecollinet,Yannick Blanchard,Christine Manson,Steeve Lowenski,Eve Laloyet al. Emerging Infectious Diseases, 2016, 22 (12), pp.2225-2225. ⟨10.3201/eid2212.161272⟩ Article dans une revue hal-03904539v1
Impact of ceftiofur Injection on gut microbiota and &lt;em&gt;Escherichia coli&lt;/em&gt; resistance in pigs M. A. Fleury,G. Mourand,E. Jouy,F. Touzain,L. Le Devendecet al. Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 2015, 59 (9), pp.5171-5180. ⟨10.1128/AAC.00177-15⟩ Article dans une revue hal-02637864v1
The Spatiotemporal Program of Replication in the Genome of Lachancea kluyveri Nicolas Agier,Orso Maria Romano,Fabrice Touzain,Marco Cosentino Lagomarsino,Gilles Fischer Genome Biology and Evolution, 2013, 5 (2), pp.370-388. ⟨10.1093/gbe/evt014⟩ Article dans une revue hal-01528417v1
Co-evolution of segregation guide DNA motifs and the FtsK translocase in bacteria: identification of the atypical Lactococcus lactis KOPS mot S. Nolivos,F. Touzain,C. Pages,M. Coddeville,P. Philippe Rousseauet al. Nucleic Acids Research, 2012, 40, pp.5535-5545 Article dans une revue hal-00787677v1
Co-evolution of segregation guide DNA motifs and the FtsK translocase in bacteria: identification of the atypical Lactococcus lactis KOPS motif Sophie Nolivos,Fabrice Touzain,Carine Pages,Michele Coddeville,Philippe Rousseauet al. Nucleic Acids Research, 2012, 40 (12), pp.5535 - 5545. ⟨10.1093/nar/gks171⟩ Article dans une revue hal-01003421v1
DNA motifs that sculpt the bacterial chromosome Fabrice Touzain,Marie Agnes Petit,Sophie Schbath,Meriem El Karoui Nature Reviews Microbiology, 2011, 2011 (9), pp.15-26. ⟨10.1038/nrmicro2477⟩ Article dans une revue hal-01019344v1
Small variable segments constitute a major type of diversity of bacterial genomes at the species level. Fabrice Touzain,Erick Denamur,Claudine Médigue,Valérie Barbe,Meriem El Karouiet al. Genome Biology, 2010, 11 (4), pp.R45. ⟨10.1186/gb-2010-11-4-r45⟩ Article dans une revue inserm-00622573v1
SIGffRid: A tool to search for sigma factor binding sites in bacterial genomes using comparative approach and biologically driven statistics Fabrice Touzain,Sophie Schbath,Isabelle Debled-Rennesson,Bertrand Aigle,Gregory Kucherovet al. BMC Bioinformatics, 2008, 9 (73), pp.on line. ⟨10.1186/1471-2105-9-73⟩ Article dans une revue inria-00580657v1

Communication dans un congrès (11)

WGS in microbiology: how far can interpretation go regarding data quality issues? Arnaud Felten,Loralie Rigaud,Eda Sahin,Deborah Merda,Fabrice Touzainet al. Microbes 2025, Sep 2025, Bordeaux, France Communication dans un congrès hal-05308154v1
Orbivirus : situation épidémiologique exceptionnelle en France en 2023, intérêt du séquençage de génomes viraux dans un contexte épizootique Mathilde Gondard,Lydie Postic,Mathilde Turpaud,Fabrice Touzain,Yannick Blanchardet al. XXVIes Journées francophones de virologie, Société Française de Virologie, Apr 2024, Bruxelles, Belgique Communication dans un congrès anses-04572804v1
Amélioration des capacités de surveillance en virologie : Séquençage de génomes viraux d’intérêt vétérinaire Mathilde Gondard,Souheyla Benfrid,Emmanuel Bréard,Fabrice Touzain,Yannick Blanchardet al. Journées scientifiques et doctorales de l'Anses (JSDA), Anses, Oct 2022, Maisons-Alfort, France Communication dans un congrès anses-04524015v1
Evolution of 14 Bluetongue and 3 epizootic hemorrhagic disease virus serotypes in French Guiana from 2011 to 2020 Emmanuel Bréard,Lydie Postic,Xavier Baudrimont,Fabrice Touzain,Pierrick Lucaset al. 14th Annual Meeting EPIZONE, May 2022, Barcelone (ES), Spain Communication dans un congrès anses-04571111v1
Development of a multi-locus sequence typing scheme for Cryptosporidium parvum Umer Chaudhry,Martha Betson,Rune Stensvold Christen,Marco Lalle,Isabelle Villenaet al. 15th International Congress of Parasitology (ICOPA), Oct 2022, Copenhagen, Denmark Communication dans un congrès anses-04141410v1
A large-scale comparative genomics study of human and ruminant strains of Cryptosporidium parvum from Europe Greta Bellinzona,Tiago Nardi,Tiago Castelli,Tiina Autio,Yannick Blanchardet al. 15th International Congress of Parasitology (ICOPA), Oct 2022, Copenhagen, Denmark Communication dans un congrès anses-04141507v1
Interactomic high-throughput mapping for bluetongue virus in its natural hosts to identify new factors of pathogenicity and interspecies transmission Grégory Caignard,Cindy Kundlacz,Aurore Fablet,Yves Jacob,Edouard Hirchaudet al. 11th Annual Meeting EPIZONE, Sep 2017, Paris ( France), France Communication dans un congrès hal-04493467v1
Fine-tuning motif detection among ChIP on Chip DNA fragments Fabrice Touzain,Théo Mozzanino,Sophie Schbath,Marie Agnes Petit Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM)", Jun 2011, Paris, France. pp.1 Communication dans un congrès hal-01019510v1
Prediction of KOPS motifs involved in segregating of bacterial chromosomes in Lactocoques / Streptocoques Fabrice Touzain,Sophie Nolivos,Sophie Schbath,Meriem El Karoui,François Cornetet al. 18th annual international conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), Jul 2010, Boston, United States. pp.1 Communication dans un congrès hal-01204256v1
SIGffRid : Programme de recherche des sites de fixation des facteurs de transcription par approche comparative Fabrice Touzain,Sophie Schbath,Isabelle Debled-Rennesson,Bertrand Aigle,Pierre Leblondet al. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques - JOBIM'05, Guy Perrière, Alain Guénoche et Christophe Geourjon, Jul 2005, Lyon, France. pp.417-425 Communication dans un congrès inria-00000191v1
Identification of Transcription Factor Binding Sites in Streptomyces coelicolor A3(2) by Phylogenetic Comparison Fabrice Touzain,Patricia Lavigne,Isabelle Debled-Rennesson,Bertrand Aigle,Pierre Leblondet al. European Conference for Computer Biology - ECCB'2003, 2003, Paris, France Communication dans un congrès inria-00099608v1

Poster de conférence (4)

Augmentation de la prévalence de Staphylococcus aureus résistant à la méticilline dans les élevages de porcs en France Eric Jouy,Laetitia Le Devendec,Fabrice Touzain,Virginie Le Caër,Thomas Lemoineet al. 55èmes Journées de la Recherche Porcine, Jan 2023, Paris, France. , 55, pp.421-422, 2023 Poster de conférence anses-04072441v1
Projet QUANTALL : QUANTification haut débit d’ALLèles liés à la résistance des bioagresseurs aux produits de protection des plantes Christophe Plantamp,Laetitia Caddoux,Pierrick Lucas,Fabrice Touzain,Yannick Blanchardet al. Journées Scientifiques et Doctorales de l'ANSES (JSDA) 2022, Oct 2022, Maisons-Alfort, France Poster de conférence anses-03855874v1
Detection of unknown genetically modified organisms (GMO) by statistical analysis of high throughput sequencing data Julie Hurel,Mathieu Roland,Sophie Schbath,Stéphanie Bougeard,Mauro Petrilloet al. JOBIM 2019, Jul 2019, Nantes, France. , 2019 Poster de conférence hal-02734732v1
Easy and rapid in silico serotyping of Salmonella using WGS data : development of a workflow A Felten,L Guillier,Fabrice Touzain,M Y Mistou,S Cadel Sixet al. Société Française de Microbiologie (SFM), Mar 2015, Paris, France Poster de conférence hal-04206306v1

Rapport (2)

FouDanGA : Fouille de données pour l'annotation de génomes d'actinomycètes Jean-François Mari,Fabrice Touzain,Sébastien Hergalant,Isabelle Debled-Rennesson [Rapport de recherche] 2005 Rapport (rapport de recherche) inria-00000453v1
Recherche des sites de régulation de la transcription chez Streptomyces Coelicolor A3(2) Fabrice Touzain [Stage] A03-R-319 || touzain03b, 2003, 42 p Rapport inria-00099623v1

Thèse (1)

Recherche des sites de régulation de la transcription dans des génomes bactériens Fabrice Touzain Informatique [cs]. Université Henri Poincaré - Nancy 1, 2007. Français. ⟨NNT : 2007NAN10097⟩ Thèse tel-01748231v1