Gautier Richard Chargé de projet de recherche en épidémiologie moléculaire. Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (Anses). Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort. 2022 - aujourd'hui.

Identifiants chercheurs

IdHAL :

gautier-richard

ORCID :

0000-0003-3663-4569

IdRef :

076765482

Présentation

Travaille en tant que chercheur permanent sur l'évolution du génome des virus porcins à l'Unité d’Immunologie et de Virologie Porcines de l’ANSES à Ploufragan, en utilisant des approches de séquençage, phylogénétiques, phylodynamiques et phylogéographiques. Responsable du groupe de travail 2 (WG2) de l'action COST ESFLU, coordonnant la collecte et l’analyse des séquences des virus influenza A porcins en Europe. A travaillé pendant 7 ans en tant que doctorant puis post-doctorant sur l'évolution de la relation structure/fonction des génomes chez divers organismes modèles et non modèles, en intégrant des données de traits hétérogènes et de séquençage (RNA/BS/ChIP/ATAC/FAIRE-seq, Hi-C), et en développant des outils et pipelines bioinformatiques utilisant Python, R, Bash, Snakemake et Galaxy.

Publications

Article dans une revue (14)

Major change in swine influenza virus diversity in France owing to emergence and widespread dissemination of a newly introduced H1N2 1C genotype in 2020 Gautier Richard,Séverine Hervé,Amélie Chastagner,Stéphane Quéguiner,Véronique Bevenet al. Virus Evolution, In press, 11 (1), ⟨10.1093/ve/veae112⟩ Article dans une revue anses-04941050v1
Trends in seroprevalence of influenza A virus infections in pigs in France (2008–2022) Séverine Hervé,Nicolas Rose,Nicolas Barbier,Stéphane Quéguiner,Stéphane Gorinet al. Porcine health management, 2025, 11 (1), pp.42. ⟨10.1186/s40813-025-00455-4⟩ Article dans une revue anses-05365725v1
Identification of H1N2 influenza viruses in turkeys after spillover from swine and in vitro characterization Chloé Chavoix,Pascale Massin,François-Xavier Briand,Katell Louboutin,Rachel Bussonet al. Virus Research, 2025, 361, pp.199634. ⟨10.1016/j.virusres.2025.199634⟩ Article dans une revue anses-05285166v1
Quantifying the zoonotic risk profile of European influenza A viruses in swine from 2010 to 2020 inclusive Amelia Coggon,Sara Lopes,Gaëlle Simon,Zebulun Arendsee,Kuan-Fu Chenet al. Journal of Virology, 2025, 99 (7), ⟨10.1128/jvi.00306-25⟩ Article dans une revue anses-05251351v1
Alternating between even and odd ploidy levels switches on and off the recombination control, even near the centromeres Franz Boideau,Virginie Huteau,Loeiz Maillet,Anael Brunet,Olivier Coritonet al. The Plant cell, 2024, 36 (10), pp.4472-4490. ⟨10.1093/plcell/koae208⟩ Article dans une revue hal-04682098v1
Pathogenesis, Transmission, and Within-Host Evolution of Bovine-Origin Influenza D Virus in Pigs Stéphane Gorin,Gautier Richard,Stéphane Quéguiner,Amélie Chastagner,Nicolas Barbieret al. Transboundary and emerging diseases, 2024, 2024 (1), pp.9009051. ⟨10.1155/2024/9009051⟩ Article dans une revue hal-04661286v1
Masculinization of the X-chromosome in aphid soma and gonads Julie Jaquiéry,Jean-Christophe Simon,Stéphanie Robin,Gautier Richard,Jean Peccoudet al. Peer Community Journal, 2022, 2, pp.e53. ⟨10.24072/pcjournal.166⟩ Article dans une revue hal-03999192v1
Epigenomic and structural events preclude recombination in Brassica napus Franz Boideau,Gautier Richard,Olivier Coriton,Virginie Huteau,Caroline Belseret al. New Phytologist, 2022, 234 (2), pp.545-559. ⟨10.1111/nph.18004⟩ Article dans une revue hal-03651949v1
The transposable element-rich genome of the cereal pest Sitophilus oryzae Nicolas Parisot,Carlos Vargas-Chávez,Clément Goubert,Patrice Baa-Puyoulet,Séverine Balmandet al. BMC Biology, 2021, 19 (1), pp.241. ⟨10.1186/s12915-021-01158-2⟩ Article dans une revue hal-03627264v1
Galaxy HiCExplorer 3: a web server for reproducible Hi-C, capture Hi-C and single-cell Hi-C data analysis, quality control and visualization Joachim Wolff,Leily Rabbani,Ralf Gilsbach,Gautier Richard,Thomas Mankeet al. Nucleic Acids Research, 2020, 48 (W1), pp.W177-W184. ⟨10.1093/nar/gkaa220⟩ Article dans une revue hal-03141913v1
Intergenerationally Maintained Histone H4 Lysine 16 Acetylation Is Instructive for Future Gene Activation Maria Samata,Anastasios Alexiadis,Gautier Richard,Plamen Georgiev,Johannes Nuebleret al. Cell, 2020, 182 (1), pp.127-144.e23. ⟨10.1016/j.cell.2020.05.026⟩ Article dans une revue hal-03141899v1
Long-read assembly of the Brassica napus reference genome Darmor-bzh Mathieu Rousseau-Gueutin,Caroline Belser,Corinne Da silva,Gautier Richard,Benjamin Istaceet al. GigaScience, 2020, 9 (12), pp.giaa137. ⟨10.1093/gigascience/giaa137⟩ Article dans une revue (data paper) hal-03283975v1
Selection following Gene Duplication Shapes Recent Genome Evolution in the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum Rosa Fernández,Marina Marcet-Houben,Fabrice Legeai,Gautier Richard,Stéphanie Robinet al. Molecular Biology and Evolution, 2020, 37 (9), pp.2601-2615. ⟨10.1093/molbev/msaa110⟩ Article dans une revue hal-03065353v1
Hi-C guided assemblies reveal conserved regulatory topologies on X and autosomes despite extensive genome shuffling. Gina Renschler,Gautier Richard,Claudia Isabelle Keller Valsecchi,Sarah Toscano,Laura Arrigoniet al. Genes and Development, 2019, 33 (21-22), pp.1591-1612. ⟨10.1101/gad.328971.119⟩ Article dans une revue hal-02619704v1

Pré-publication, Document de travail (2)

Trends in seroprevalence of influenza A virus infections in pigs in France (2008-2022) Séverine Hervé,Nicolas Rose,Nicolas Barbier,Stéphane Quéguiner,Stéphane Gorinet al. 2025 Pré-publication, Document de travail anses-05144045v1
The transposable element-rich genome of the cereal pest Sitophilus oryzae Nicolas Parisot,Carlos Vargas-Chavez,Clément Goubert,Patrice Baa-Puyoulet,Séverine Balmandet al. 2024 Pré-publication, Document de travail hal-04706472v1