Géraldine Pascal Ph. D., Ingénieure de Recherche en Bioinformatique - INRAE GenPhySE, Centre Occitanie-Toulouse

Identifiants chercheurs

IdHAL :

geraldine-pascal

ORCID :

0000-0002-5250-6594

IdRef :

09741218X

Présentation

Je suis ingénieure de recherche spécialisée en bioinformatique appliquée aux études de la diversité microbienne.Je coordonne des projets axés sur l'analyse et le traitement de données de métabarcoding et de métagénomique.Je supervise le développement et l'intégration de plusieurs outils bioinformatiques, dont FROGS, TAD, LEAP et metagWGS.Je coordonne également le réseau CATI B4B, qui promeut les approches collaboratives et l'innovation en matière d'outils dans les analyses omiques au sein d'INRAE.

Publications

Article dans une revue (48)

The fecal microbiota of lactating Holstein cows: A meta-analysis highlighting key microbial profiles and methodological challenges Lisa Arnalot,Géraldine Pascal,Sébastien Dejean,Gilles Foucras,Asma Zened Journal of Dairy Science, 2026, 109 (4), pp.3928-3941. ⟨10.3168/jds.2025-27460⟩ Article dans une revue hal-05597909v1
The bacterial faecal microbiota shifts during the transition period in dairy cows Lisa Arnalot,Géraldine Pascal,Laurent Cauquil,Elise Vanbergue,Gilles Foucraset al. Animal Microbiome, 2025, 7 (1), pp.79. ⟨10.1186/s42523-025-00443-7⟩ Article dans une revue hal-05194921v1
Building a reliable 16S mini-barcode library of wild bees from Occitania, south-west of France Anaïs Marquisseau,Kamila Canale-Tabet,Emmanuelle Labarthe,Géraldine Pascal,Christophe Kloppet al. Biodiversity Data Journal, 2025, 13, pp.e137540. ⟨10.3897/BDJ.12.e137540⟩ Article dans une revue (data paper) hal-04877671v1
The Diversity of Oligosaccharide Composition in Rabbit Milk and Its Association with the Development of the Cecal Microbiota and the Survival of Young Rabbits Sylvie Combes,Christelle Knudsen,Mathilde Rumeau,Géraldine Pascal,Laurent Cauquilet al. Journal of Nutrition, 2025, 155 (12), pp.4222-4238. ⟨10.1016/j.tjnut.2025.10.013⟩ Article dans une revue hal-05403529v1
CORE GUT MICROBIOTA IN RABBIT: OPPORTUNITIES TO STRENGTHEN THE INTESTINAL BARRIER Sylvie Combes,Laurent Cauquil,Mathilde Rumeau,Charlotte Paës,Géraldine Pascalet al. World Rabbit Science, 2025, 33 (2), pp.103-125. ⟨10.4995/wrs.2025.23465⟩ Article dans une revue hal-04754818v2
Do Digestive Bacteria Suffer from Oxidative Stress: A Study on Ruminal Bacteria Muhammad Kaleem,Yves Farizon,Géraldine Pascal,Tiphaine Blanchard,Laurent Cauquilet al. Journal of Food Science and Nutrition Research, 2025, 8 (4), ⟨10.26502/jfsnr.2642-110000185⟩ Article dans une revue hal-05408391v1
Nested PCR to optimize rpoB metabarcoding for lowconcentration and host-associated bacterial DNA Laëtitia Leclerc,Gabryelle Agoutin,Thierry Brévault,Antony Champion,Jean Mainguyet al. Microbiology Spectrum, 2025, 13 (9), pp.e01417-25. ⟨10.1128/spectrum.01417-25⟩ Article dans une revue hal-05220858v1
A pile of pipelines: An overview of the bioinformatics software for metabarcoding data analyses Ali Hakimzadeh,Alejandro Abdala Asbun,Davide Albanese,Maria Bernard,Dominik Buchneret al. Molecular Ecology Resources, 2024, 24 (5), ⟨10.1111/1755-0998.13847⟩ Article dans une revue hal-04183770v1
A multi-omics dataset of the response to early plant polysaccharide ingestion in rabbits Charlotte Paës,Martin Beaumont,Thierry Gidenne,Karine Bébin,Joël Duperrayet al. Scientific Data , 2024, 11 (1), pp.684. ⟨10.1038/s41597-024-03471-1⟩ Article dans une revue hal-04634098v1
Relationship between feed efficiency and gut microbiota in laying chickens under contrasting feeding conditions Maria Bernard,Alexandre Lecoeur,Jean-Luc Coville,Nicolas Bruneau,Deborah Jardetet al. Scientific Reports, 2024, 14 (1), pp.8210. ⟨10.1038/s41598-024-58374-3⟩ Article dans une revue hal-04538081v1
Milk replacer feeding once or twice a day did not change the ruminal metabolomic profile and the microbial diversity of dairy calves from birth to weaning A. Zened,C. Julien,L. Cauquil,Géraldine Pascal,C. Canletet al. Journal of Dairy Science, 2024, 107 (8), pp.5574-5586. ⟨10.3168/jds.2023-24327⟩ Article dans une revue hal-04667561v1
A large database linking the rumen bacterial composition and milk traits in Lacaune sheep Guillermo Martinez Boggio,Christel Marie-Etancelin,Jean-Marie Menras,Regis Tomas,Marie-Luce Chemitet al. Scientific Data , 2023, 10 (1), pp.17. ⟨10.1038/S41597-022-01912-3⟩ Article dans une revue (data paper) hal-03933175v1
Early Introduction of Plant Polysaccharides Drives the Establishment of Rabbit Gut Bacterial Ecosystems and the Acquisition of Microbial Functions Charlotte Paës,Thierry Gidenne,Karine Bébin,Joël Duperray,Charly Gohieret al. mSystems, 2022, 18 p. ⟨10.1128/msystems.00243-22⟩ Article dans une revue hal-03699002v1
A carvacrol‐based product reduces Campylobacter jejuni load and alters microbiota composition in the caeca of chickens Marion Allaoua,Elsa Bonnafé,Pierre Etienne,Virginie Noirot,Jean‐françois Gabarrouet al. Journal of Applied Microbiology, 2022, 132 (6), pp.4501-4516. ⟨10.1111/jam.15521⟩ Article dans une revue hal-03607325v1
FROGS: a powerful tool to analyse the diversity of fungi with special management of internal transcribed spacers Maria Bernard,Olivier Rué,Mahendra Mariadassou,Géraldine Pascal Briefings in Bioinformatics, 2021, 22 (6), ⟨10.1093/bib/bbab318⟩ Article dans une revue hal-03323846v1
Apart From the Diet, the Ruminal Microbiota of Lambs Is Modified in Relation to Their Genetic Potential for Feed Efficiency or Feeding Behavior Christel Marie-Etancelin,Flavie Tortereau,Beatrice Gabinaud,Guillermo Martinez Boggio,Quentin Le Graverandet al. Frontiers in Microbiology, 2021, 12 (7), 15 p. ⟨10.3389/fmicb.2021.759432⟩ Article dans une revue hal-03480852v1
Gut Microbiota-Derived Metabolite Signature in Suckling and Weaned Piglets Martin Beaumont,Laurent Cauquil,Allan Bertide,Ingrid Ahn,Céline Barillyet al. Journal of Proteome Research, 2021, 20 (1), pp.982-994. ⟨10.1021/acs.jproteome.0c00745⟩ Article dans une revue hal-03087209v1
The intestinal microbial composition in Greylag geese differs with steatosis induction mode: spontaneous or induced by overfeeding Christelle Knudsen,Julien Arroyo,Maxime Even,Laurent Cauquil,Géraldine Pascalet al. Animal Microbiome, 2021, 3 (1), ⟨10.1186/s42523-020-00067-z⟩ Article dans une revue hal-03109374v1
Culture of rabbit caecum organoids by reconstituting the intestinal stem cell niche in vitro with pharmacological inhibitors or L-WRN conditioned medium Eloïse Mussard,Cécile Pouzet,Virginie Helies,Géraldine Pascal,Sandra Fourreet al. Stem Cell Research, 2020, 48, pp.1-10. ⟨10.1016/j.scr.2020.101980⟩ Article dans une revue hal-02983697v1
Dietary composition and yeast-microalgae combination supplementation modulate the microbial ecosystem in the caecum, colon and faeces of horses Pauline Grimm,Sylvie Combes,Géraldine Pascal,Laurent Cauquil,Véronique Julliand British Journal of Nutrition, 2020, 123 (4), pp.372-382. ⟨10.1017/S0007114519002824⟩ Article dans une revue hal-02381031v1
The MACADAM database: a MetAboliC pAthways DAtabase for Microbial taxonomic groups for mining potential metabolic capacities of archaeal and bacterial taxonomic groups Malo Le Boulch,Patrice Dehais,Sylvie Combes,Géraldine Pascal Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2019, 2019, pp.1-14. ⟨10.1093/database/baz049⟩ Article dans une revue hal-02276653v1
Diversity and Co-occurrence Pattern Analysis of Cecal Microbiota Establishment at the Onset of Solid Feeding in Young Rabbits Tehya Read,Laurence Fortun-Lamothe,Géraldine Pascal,Malo Le Boulch,Laurent Cauquilet al. Frontiers in Microbiology, 2019, 10, Non paginé. ⟨10.3389/fmicb.2019.00973⟩ Article dans une revue hal-02154596v1
Guide pratique à destination des biologistes, bioinformaticiens et statisticiens qui souhaitent s’initier aux analyses métabarcoding Hélène Falentin,Lucas Auer,Mahendra Mariadassou,Géraldine Pascal,Olivier Ruéet al. Cahier des Techniques de l'INRA, 2019, 97, pp.46-69 Article dans une revue (article de synthèse) hal-02311421v1
Fumonisin-Exposure Impairs Age-Related Ecological Succession of Bacterial Species in Weaned Pig Gut Microbiota Ivan Mateos,Sylvie Combes,Géraldine Pascal,Laurent Cauquil,Céline Barillyet al. Toxins, 2018, 10 (6), pp.230. ⟨10.3390/toxins10060230⟩ Article dans une revue hal-01829232v1
FROGS: Find, Rapidly, OTUs with Galaxy Solution Frédéric Escudié,Lucas Auer,Maria Bernard,Mahendra Mariadassou,Laurent Cauquilet al. Bioinformatics, 2018, 34 (8), pp.1287-1294. ⟨10.1093/bioinformatics/btx791⟩ Article dans une revue hal-02626808v1
Probiotics Strains Modulate Gut Microbiota and Lipid Metabolism in Mule Ducks Maxime Even,Stéphane Davail,Mikael Rey,Annabelle Tavernier,Marianne Houssieret al. Open Microbiology Journal, 2018, 12 (1), pp.71-93. ⟨10.2174/1874285801812010071⟩ Article dans une revue hal-01901329v1
Impact of feed restriction and housing hygiene conditions on specific and inflammatory immune response, the cecal bacterial community and the survival of young rabbits Sylvie Combes,Katia Julian,Océane Martin,Hauteclaire Furbeyre,Laurent Cauquilet al. Animal, 2017, 11 (5), pp.854-863. ⟨10.1017/S1751731116002007⟩ Article dans une revue hal-01605508v1
Phylogenesis and biological characterization of a new glucose transporter in the chicken (Gallus gallus), GLUT12 Edouard Coudert,Géraldine Pascal,Joëlle Dupont,Jean Simon,Estelle Audouinet al. PLoS ONE, 2015, 10 (10), pp.1-18. ⟨10.1371/journal.pone.0139517⟩ Article dans une revue hal-01594233v1
Evolutionary origin of Bone Morphogenetic Protein 15 and growth and differentiation factor 9 and differential selective pressure between mono- and polyovulating species Olivier Monestier,Bertrand Servin,Sylvain Auclair,Thomas Bourquard,Anne Pouponet al. Biology of Reproduction, 2014, 91 (4), pp.1-13. ⟨10.1095/biolreprod.114.119735⟩ Article dans une revue hal-01129871v1
Structural and functional annotation of the porcine immunome Harry D Dawson,Jane E Loveland,Géraldine Pascal,James G R Gilbert,Hirohide Uenishiet al. BMC Genomics, 2013, 14, online (may), Non paginé. ⟨10.1186/1471-2164-14-332⟩ Article dans une revue hal-01019897v1
Positive selection in bone morphogenetic protein 15 targets a natural mutation associated with primary ovarian insufficiency in human Sylvain Auclair,Raffaella Rossetti,Camille Meslin,Olivier Monestier,Elisa Di Pasqualeet al. PLoS ONE, 2013, 8, online (10), Non paginé. ⟨10.1371/journal.pone.0078199⟩ Article dans une revue hal-01129774v1
Deleted in malignant brain tumor 1 is secreted in the oviduct and involved in the mechanism of fertilization in equine and porcine species Barbara Ambruosi,Gianluca Accogli,Cécile Lahuec,Sylvie Canepa,Géraldine Pascalet al. Reproduction [Cambridge], 2013, 146 (2), pp.119-133. ⟨10.1530/REP-13-0007⟩ Article dans une revue hal-01129750v1
Analyses of pig genomes provide insight into porcine demography and evolution Martien A. M. Groenen,Alan L. Archibald,Hirohide Uenishi,Christopher K. Tuggle,Yasuhiro Takeuchiet al. Nature, 2012, 491 (7426), pp.393-398. ⟨10.1038/nature11622⟩ Article dans une revue cea-00880676v1
An oocyte-preferential histone mRNA stem-loop-binding protein like is expressed in several mammalian species Aurore Thelie,Géraldine Pascal,Leslie Angulo,Christine Perreau,Pascal Papillieret al. Molecular Reproduction and Development, 2012, 79 (6), pp.380-391. ⟨10.1002/mrd.22040⟩ Article dans une revue istex hal-01129625v1
Evolution of genes involved in gamete interaction: Evidence for positive selection, duplications and losses in vertebrates Camille Meslin,Sylvie Mugnier,Isabelle Callebaut,Michel Laurin,Géraldine Pascalet al. PLoS ONE, 2012, 7 (9), pp.1-8. ⟨10.1371/journal.pone.0044548⟩ Article dans une revue hal-01136282v1
Ovocalyxin-36 and other LBP/BPI/PLUNC-like proteins as molecular actors of the mechanisms of the avian egg natural defences Joël Gautron,Sophie Réhault-Godbert,Géraldine Pascal,Yves Nys,M.T. Hincke Biochemical Society Transactions, 2011, 39 (4), pp.971-976. ⟨10.1042/BST0390971⟩ Article dans une revue (article de synthèse) hal-01129577v1
The evolutionary history of the SAL1 gene family in eutherian mammals Camille Meslin,Fanny Brimau,Patricia Nagnan-Le Meillour,I. Callebaut,Géraldine Pascalet al. BMC Evolutionary Biology, 2011, 11 (148), pp.1-14. ⟨10.1186/1471-2148-11-148⟩ Article dans une revue hal-02652257v1
PhyleasProg: a user-oriented web server for wide evolutionary analyses Joël Busset,Cédric Cabau,Camille Meslin,Géraldine Pascal Nucleic Acids Research, 2011, 39 (Web Server issue), pp.W479-W485. ⟨10.1093/nar/gkr243⟩ Article dans une revue hal-01129520v1
ICEEc2, a new integrative and conjugative element belonging to the pKLC102/PAGI-2 family, identified in Escherichia coli strain BEN374 D. Roche,Maud Flechard,Nathalie Lallier,Maryline Ferter,Annie Bréeet al. Journal of Bacteriology, 2010, 192 (19), pp.5026-5036. ⟨10.1128/JB.00609-10⟩ Article dans une revue hal-01129464v1
What makes an egg unique? Clues from evolutionary scenarios of egg-specific genes X. Tian,Joël Gautron,Philippe Monget,Géraldine Pascal Biology of Reproduction, 2010, 83 (6), pp.893-900. ⟨10.1095/biolreprod.110.085019⟩ Article dans une revue (article de synthèse) hal-01129421v1
Gene birth, death, and divergence: the different scenarios of reproduction-related gene evolution. Xin Tian,Géraldine Pascal,Sophie Fouchécourt,Pierre Pontarotti,Philippe Monget Biology of Reproduction, 2009, 80 (4), pp.616-21. ⟨10.1095/biolreprod.108.073684⟩ Article dans une revue (article de synthèse) hal-00831221v1
Evolution and functional divergence of NLRP genes in mammalian reproductive systems Xin Tian,Géraldine Pascal,Philippe Monget BMC Evolutionary Biology, 2009, 9:202, pp.1-13. ⟨10.1186/1471-2148-9-202⟩ Article dans une revue hal-02664172v1
The secretions of oviduct epithelial cells increase the equine in vitro fertilization rate: are osteopontin, atrial natriuretic peptide A and oviductin involved? Sylvie Mugnier,Morgane Kervella,Cécile Douet,Sylvie Canepa,Géraldine Pascalet al. Reproductive Biology and Endocrinology, 2009, 7, pp.1-16. ⟨10.1186/1477-7827-7-129⟩ Article dans une revue hal-02661859v1
Genome sequence of the -rhizobium Cupriavidus taiwanensis and comparative genomics of rhizobia Claire Amadou,Géraldine Pascal,Sophie Mangenot,Michelle Glew,Cyril Bontempset al. Genome Research, 2008, 18 (9), pp.1472 - 1483. ⟨10.1101/gr.076448.108⟩ Article dans une revue hal-01655676v1
Proteome analysis of the phenotypic variation process in Photorhabdus luminescens Evelyne Turlin,Géraldine Pascal,Jean-Claude Rousselle,Pascal Lenormand,Saravuth Ngoet al. Proteomics, 2006, 6 (9), pp.2705-2725. ⟨10.1002/PMIC.200500646⟩ Article dans une revue istex hal-02985560v1
Persistent biases in the amino acid composition of prokaryotic proteins Géraldine Pascal,Claudine Médigue,Antoine Danchin BioEssays, 2006, 28 (7), pp.726-738. ⟨10.1002/BIES.20431⟩ Article dans une revue istex hal-02985564v1
Universal biases in protein composition of model prokaryotes Géraldine Pascal,Claudine Médigue,Antoine Danchin Proteins - Structure, Function and Bioinformatics, 2005, 60 (1), pp.27-35. ⟨10.1002/PROT.20475⟩ Article dans une revue istex hal-02985536v1
Exploring the Penicillium marneffei genome Kwok-Yung Yuen,Géraldine Pascal,Samson Wong,Philippe Glaser,Patrick Wooet al. Archives of Microbiology, 2003, 179 (5), pp.339-353. ⟨10.1007/S00203-003-0533-8⟩ Article dans une revue istex hal-02985518v1

Communication dans un congrès (24)

LEAP - Learn and Evaluate Affiliation databanks on an online Platform Olivier Rué,Maria Bernard,Lucas Auer,Gabryelle Agoutin,Maelle Pomieset al. FROGSDays, FROGS team, Dec 2025, Toulouse, France Communication dans un congrès hal-05397586v1
Rétrospective FROGS 2015–2025 Géraldine Pascal,Maria Bernard,Olivier Rué,Mahendra Mariadassou,Frédéric Escudiéet al. Symposium FROGSDays, INRAE Toulouse, Dec 2025, Castanet Tolosan, France Communication dans un congrès hal-05492401v1
FROGS5 - News Olivier Rué,Maelle Pomies,Maria Bernard,Lucas Auer,Gabryelle Agoutinet al. FROGSDays, FROGS team, Dec 2025, Toulouse, France Communication dans un congrès hal-05397597v1
Limites et avantages du séquençage métabarcoding long-reads ? Géraldine Pascal,Jean Mainguy,Maelle Pomies,Adrien Castinel,Sylvie Combeset al. FROGSDays 2025, INRAE, Dec 2025, Castanet Tolosan, France Communication dans un congrès hal-05492424v1
Fecal microbiota shifts during transition in dairy cows Lisa Arnalot,Salomé Ducluzeau,Marion Julhes,Laurent Cauquil,Géraldine Pascalet al. Séminaire HOLO-AE (Holobiontes des Animaux d’Elevage), INRAE métaprogramme HOLOFLUX, Dec 2024, Paris, France Communication dans un congrès hal-04872729v1
News about FROGS Olivier Rué,Lucas Auer,Gabryelle Agoutin,Maria Bernard,Géraldine Pascal PEPI IBIS, Nov 2024, Virtuel, France Communication dans un congrès hal-04786277v1
A richer gut microbiota is related to better feed efficiency and diet adaptability in laying hens Maria Bernard,Alexandre Lecoeur,Jean-Luc Coville,Nicolas Bruneau,Deborah Jardetet al. 74. Annual meeting of the european federation of animal science (EAAP), EAAP, Aug 2023, Lyon, France. pp.740 Communication dans un congrès hal-04199104v1
metagWGS : a workflow to analyse short or long HiFi metagenomic reads Joanna Fourquet,Maïna Vienne,Jean Mainguy,Vincent Darbot,Pierre Martinet al. Bioinfo Biosta Genotoul day, Dec 2022, Castanet-Tolosan, France Communication dans un congrès hal-03944382v1
The benefits of long read HiFi sequencing for metabarcoding analysis Adrien Castinel,Jean Mainguy,Sylvie Combes,Carole Iampietro,Christine Gaspinet al. PACBIO DISCOVERIES ROADSHOW PARIS, PACBIO, May 2022, Paris, France Communication dans un congrès hal-03740586v1
The benefits of long read HiFi sequencing for metagenomic analysis Adrien Castinel,Jean Mainguy,Sylvie Combes,Carole Iampietro,Christine Gaspinet al. France génomique - VIIème Animation Wetlab et Bioinfo, Nov 2022, Strasbourg, France Communication dans un congrès hal-03896074v1
Both quantitative and energetic intake level affect caecal microbiota composition and activity in the growing rabbit Christelle Knudsen,Thierry Gidenne,Laurent Cauquil,Géraldine Pascal,Christophe Brienset al. 12th World Rabbit Congress, Nov 2021, Nantes, France Communication dans un congrès hal-03649231v1
Stimuler l'ingestion d'aliments solides au début de la vie : une stratégie prometteuse pour piloter la co-maturation du microbiote et de la muqueuse intestinale Martin Beaumont,Charlotte Paes,Eloïse Mussard,Laurence Lamothe,Thierry Gidenneet al. Séminaire Défis Scientifiques, Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage, Nov 2019, Rennes, France Communication dans un congrès hal-02884240v1
MACADAM a user-friendly MetAboliC pAthway DAtabase for complex Microbial community function analysis Malo Le Boulch,Patrice Dehais,Sylvie Combes,Géraldine Pascal Jobim (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques), Jul 2018, Marseille, France Communication dans un congrès hal-02789596v1
Microbiota as a tool to promote spontaneous liver steatosis in Greylag geese: promising results Christelle Knudsen,Maxime Even,Julien Arroyo,Sylvie Combes,Laurent Cauquilet al. 69. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2018, Dubrovnik, Croatia Communication dans un congrès hal-01901325v1
Genetic determinism of dairy sheep ruminal microbiota Christel Marie-Etancelin,Beatrice Gabinaud,Géraldine Pascal,Regis Tomas,Jean Marie Menraset al. 69. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Aug 2018, Dubrovnik, Croatia. 705 p Communication dans un congrès hal-02737262v1
The journey of a team of engineers in learning packaging technology Laure Quintric,Patrick Durand,Olivier Inizan,Valentin Marcon,Caroline Dussartet al. Galaxy Community Conference - GCC2018, Jun 2018, Portland, United States Communication dans un congrès hal-02784992v1
Microbial metacommunity: a METABAR coding approach Marc Buée,Matthieu Barret,Maria Bernard,Didier Debroas,Isabelle Domaizonet al. 2017 Scientific MEM days: Journées scientifiques MEM (Métaomiques et écosystèmes microbiens), Jan 2017, Paris, France Communication dans un congrès hal-01607836v1
Effect of feeding strategy on the maturation of ceacal microbiota in young rabbits Tehya Read,Laurence Fortun-Lamothe,Thierry Gidenne,N. Destombes,Laurent Cauquilet al. 11. World Rabbit Congress, Jun 2016, Qingdao, China. 417 p Communication dans un congrès hal-02739131v1
Find Rapidly OTU with Galaxy Solution Frédéric Escudie,Lucas Auer,Maria Bernard,Laurent Cauquil,Katia Vidalet al. JOBIM 2015 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France Communication dans un congrès hal-01535378v1
Modulation de la composition l'écosystème digestif caecal du lapereau par voie alimentaire et relation avec son fonctionnement Vincent Jacquier,Sylvie Combes,Géraldine Pascal,Laurent Cauquil,Beatrice Gabinaudet al. 16. Journées de la Recherche Cunicole, Nov 2015, Le Mans, France. 264 p Communication dans un congrès hal-02742208v1
Implantation du microbiote intestinal dans l'iléon et les ceca des canetons Barbarie, Pékin et Mulard par séquençage miseQ Mickael Rey,Karine Ricaud,Marie-Dominique M.-D. Bernadet,Géraldine Pascal,Sylvie Combeset al. 11. Journées de la Recherche Avicole et des Palmipèdes à Foie Gras, Mar 2015, Tours, France Communication dans un congrès hal-02739751v1
Rôle des cellules d'oviducte dans la fécondation équine et identification des protéines impliquées Barbara Ambruosi,Sylvie Mugnier,Cécile Douet,Géraldine Pascal,Guy Duchampet al. 38. Journée de la Recherche Equine, Institut Français du Cheval et de l'Equitation (IFCE). Labo/service de l'auteur, Le Pin, FRA., Mar 2012, Paris, France. 232 p Communication dans un congrès hal-02748627v1
Etude des mécanismes de la fécondation dans l'espèce équine par une approche comparative entre les modèles équin et porcin. Sylvie Mugnier,Stéphane Boittin,Sylvie Canepa,Bernadette Delaleu,Cécile Douetet al. 36. Journée de la Recherche Equine, Mar 2010, Paris, France Communication dans un congrès hal-02752835v1
Identification et rôle fonctionnel des acides aminés sous sélection positive des Odorant Binding Proteins: implication dans la spéciation Camille Meslin,Fanny Brimau,A Leroy,Géraldine Pascal,Patricia Nagnan-Le Meillouret al. Journées d’Animation des Crédits Incitatifs du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage (JACI Phase), 2010, Tours, France Communication dans un congrès hal-01607662v1

Poster de conférence (32)

LEAP: Learn and Evaluate Affiliation databanks on an online Platform Olivier Rué,Gabryelle Agoutin,Lucas Auer,Lynn Bekaï,Maria Bernardet al. JOBIM, Jul 2025, Bordeaux, France Poster de conférence hal-05143055v1
The faecal microbiota of lactating Holstein dairy cows: a meta-analysis highlighting methodological challenges and key microbial profiles Lisa Arnalot,Géraldine Pascal,Sébastien Dejean,Gilles Foucras,Asma Zened International Gut Microbiota Symposium, Jun 2025, Clermont-Ferrand, France. 2025 Poster de conférence hal-05144107v1
Long-read sequencing of the 16S-ITS-23S operon enables maternal microbiota transmission study at the putative strain-level resolution Maëlle Pomiès,Lucas Auer,Gabryelle Agoutin,Géraldine Pascal,Sylvie Combes JOBIM, Jul 2025, Bordeaux, France. 2025 Poster de conférence hal-05142789v1
Construction of a 16S mini barcode library for french wild bees Pichon Magalie,Vignal Alain,Labarthe Emmanuelle,Escaravage Nathalie,Géraldine Pascalet al. APIMONDIA, Sep 2023, Santiago, Chile. 2023 Poster de conférence hal-04220138v1
The richer the better: 16S metabarcoding analysis of gut microbiota of laying hens in relation to feed efficiency and adaptation to diet change Maria Bernard,Alexandre Lecoeur,Jean-Luc Coville,Nicolas Bruneau,Deborah Jardetet al. 13. International Gut Microbiology Symposium 2023, Jun 2023, Aberdeen, United Kingdom. , 2023, Programme and book of abstracts Poster de conférence hal-04127869v1
CONSTRUCTION OF A 16S MINI BARCODE LIBRARY FOR FRENCH WILD BEES Kamila Canale-Tabet,Emmanuelle Labarthe,Alain Vignal,Nathalie Escaravage,Géraldine Pascalet al. 9. European Congress of Apidology, Sep 2022, Belgrade, Serbia Poster de conférence hal-03855355v1
metagWGS: a workflow to analyse short and long HiFi metagenomic reads Joanna Fourquet,Maïna Vienne,Jean Mainguy,Vincent Darbot,Pierre Martinet al. ECCB2022, Sep 2022, Sitges, Spain Poster de conférence hal-03788263v1
PERFORM PROTOCOL TESTS AND SEQUENCE CHECKS ? THE EXPERIENCE FROM MULTIOMICS MICROBIOTA DATA Maria Bernard,Jean-Luc Coville,Nicolas Bruneau,Deborah Jardet,Fanny Calengeet al. 25ème Séminaire des Doctorants du Département de Génétique Animale (SDDGA 2022), Sep 2022, Bordeaux, France. Poster de conférence hal-03930031v1
FROGSFUNC: Smart integration of PICRUSt2 software into FROGS pipeline Vincent Darbot,Moussa Samb,Maria Bernard,Olivier Rué,Géraldine Pascal JOBIM 2022, Jul 2022, Rennes, France. Poster de conférence hal-03806133v1
Implementation of new methods for metagenomics analysis using PacBio HiFi sequencing Adrien Castinel,Jean Mainguy,Sylvie Combes,Carole Iampietro,Christine Gaspinet al. Plant & Animal Genome Conference (PAG) 2022, Jan 2022, San Diego, United States Poster de conférence hal-03541346v1
metagWGS: a workflow to analyse short and long HiFi metagenomic reads Taxonomic profile HiFi vs Short reads assembly Joanna Fourquet,Jean Mainguy,Maïna Vienne,Céline Noirot,Pierre Martinet al. JOBIM 2022, Jul 2022, Rennes, France. Actes des exposés (keynotes, contributions orales, mini-symposia) : JOBIM2022_proceedings_oral.pdf (23 Mo) et actes des posters et démos : JOBIM2022_proceedings_posters_demos.pdf (19 Mo). ⟨10.15454/1.5572369328961167E12⟩ Poster de conférence hal-03771202v1
Strengths and limits of long read metabarcoding Jean Mainguy,Adrien Castinel,Olivier Bouchez,Sylvie Combes,Carole Iampietroet al. ECCB 2022, Sep 2022, Meliá Sitges, Spain Poster de conférence hal-03848228v1
Avancées réalisées en métabarcoding et en métagénomique dans le cadre du projet SeqOccIn grâce au séquençage longs fragments Denis Milan,Jean Mainguy,Adrien Castinel,Olivier Bouchez,Sylvie Combeset al. Colloque INRAE Genomics 2022, May 2022, Orléans, France. , 2022 Poster de conférence hal-03776011v1
Impact of host genetics and abiotic stresses on caecal microbiota composition in four different laying hen lines? Maria Bernard,Jean-Luc Coville,Nicolas Bruneau,Deborah Jardet,Sandrine Lagarrigueet al. Journées Scientifiques du Département de Génétique Animale, Sep 2022, Bordeaux, France Poster de conférence hal-03930049v1
Benefits of PacBio HiFi long reads for metagenomic whole genome analysis Adrien Castinel,Jean Mainguy,Olivier Bouchez,Sylvie Combes,Carole Iampietroet al. Environmental And Agronomical Genomics Symposium, Oct 2021, Tours, France Poster de conférence hal-03538657v1
Functional inference integrated in the FROGS suite Moussa Samb,Maria Bernard,Géraldine Pascal JOBIM2020, Jun 2020, Montpellier, France. , ⟨10.1038/s41587-⟩ Poster de conférence hal-03176828v1
Whole metagenome analysis with metagWGS Joanna Fourquet,Céline Noirot,Christophe Klopp,Philippe Pinton,Sylvie Combeset al. JOBIM2020, Jun 2020, Montpellier, France Poster de conférence hal-03176836v1
Improving microbial taxonomic profiling with long read technologies Jean Mainguy,Adrien Castinel,Olivier Bouchez,Sylvie Combes,Carole Iampietroet al. JOBIM2020, Jun 2020, Online, France Poster de conférence hal-03177058v1
A Long Read project to find optimal technologic combinations for genome assembly and variability, epigenetic marks detection and metagenomic analysis Carole Iampietro,Camille Eché,Adrien Castinel,Rémy-Félix Serre,Christophe Kloppet al. PAG XXVIII, Plant and Animal Genome, Jan 2020, San Diego, United States. 2020 Poster de conférence hal-02947690v1
Des solutions informatiques innovantes pour l’utilisation et le développement de biomarqueurs de diversité du microbiote. Maria Bernard,Olivier Rué,Malo Le Boulch,Jean Mainguy,Laurent Cauquilet al. DefisPHASE 2019, 2019, Rennes, France Poster de conférence hal-03851900v1
Identification of genomic regions for high-resolution taxonomic profiling using long-read sequencing technology Jean Mainguy,Olivier Bouchez,Adrien Castinel,Sylvie Combes,Christine Gaspinet al. JOBIM : Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. , 2019 Poster de conférence hal-02791605v1
Genetic links between feeding behavior and microbiota of Romane lambs Christel Marie-Etancelin,Beatrice Gabinaud,Didier Marcon,Flavie Tortereau,Dominique Francoiset al. 11. World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP), Feb 2018, Auckland, New Zealand. Massey University, 1130 p., 2018, Proceedings of the 11th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP) Poster de conférence hal-02736414v1
MACADAM: A user-friendly MetAboliC pAthways DAtabase for complex Microbial community function Analysis Malo Le Boulch,Patrice Dehais,Sylvie Combes,Géraldine Pascal 17. European Conference on Computational Biology (ECCB 2018, Workshop "Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM)", Sep 2018, Athens, Greece. 2018 Poster de conférence hal-02785402v1
The journey of a team of engineers in learning packaging technology Valentin Marcon,Laure Quintric,Patrick Durand,Olivier Inizan,Caroline Dussartet al. Jobim (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques), Jul 2018, Marseille, France. , 2018, JOBIM 2018 Poster de conférence hal-02733639v1
Rumen bacteria in sheep : first evidence of host’s genetic control Annabelle Meynadier,Beatrice Gabinaud,Regis Tomas,Jean Marie Menras,Géraldine Pascalet al. 10. International Symposium on the Nutrition of Herbivores (ISNH10), Sep 2018, Clermont-Ferrand, France. Cambridge University Press, Advances in Animal Biosciences, 9 (3), 2018, 10th. International Symposium on the Nutrition of Herbivores (ISNH10) Poster de conférence hal-02737229v1
ARMOr project : genome-wide association analysis of ruminal microbiota in ovis Christel Marie-Etancelin,Annabelle Meynadier,Regis Tomas,Jean Marie Menras,Beatrice Gabinaudet al. CRB ANIM - Réunion du Réseau de Centres de Ressources Biologiques pour les animaux domestiques, May 2017, Paris, France. 2017 Poster de conférence hal-02788449v1
How to design an efficient and robust pipeline for 16S rRNA-gene sequence analysis to improve our understanding on microbial communities? Lucas Auer,Laurent Cauquil,Stephane Chaillou,Céline Delbès,Eric Dugat-Bonyet al. JOBIM 16. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , 2015 Poster de conférence hal-01195512v1
FROGS : Find Rapidly OTUs with Galaxy Solution Frédéric Escudie,Lucas Auer,Maria Bernard,Laurent Cauquil,Katia Vidalet al. Colloque d'Écologie Microbienne organisé par l'Association Française d'Écologie Microbienne (AFEM), Nov 2015, Anglet, France. Oxford University Press, 34, 7 p., 2015, Bioinformatics Poster de conférence hal-01886389v1
Evolutionary aspect of BMP15 function in folliculogenesis Olivier O. Monestier,Sylvain Auclair,Bertrand Servin,Raffaella Rossetti,Camille Meslinet al. 17. Evolutionary Biology Meeting, Sep 2013, Marseille, France. 2013 Poster de conférence hal-02806825v1
Oviductal secretions have a positive effect on fertilization in equine species, which involves DMBT1 Cécile Douet,Barbara Ambruosi,Géraldine Pascal,Philippe Monget,C. Moros Nicolaset al. 64. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science, Aug 2013, Nantes, France. Wageningen Academic Publishers, Annual Meeting of the European Association for Animal Production, 19, 660 p., 2013, 64th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science Poster de conférence hal-02749534v1
The ovarian failure associated Y235 residue of human BMP15 gene is target of evolutionary positive selection Raffaella Rossetti,Sylvain Auclair,Camille Meslin,Géraldine Pascal,Stéphane Fabreet al. 15. International and 14. European Congress on Endocrinology, May 2012, Florence, Italy. BioScientifica, Endocrine Abstracts, 29, 2012, 15th International and 14th European Congress on Endocrinology Poster de conférence hal-02746767v1
An evolutionary signature of sperm-egg interaction in vertebrates Camille Meslin,Sylvie Mugnier,Géraldine Pascal,I. Callebaut,Ghylène Goudetet al. Evolution 2011, Jun 2011, Norman, United States. 1 p., 2011 Poster de conférence hal-02804899v1

Chapitre d'ouvrage (1)

Evolution et reproduction Philippe Monget,Julien Bobe,Jean-Louis Couderc,Sylvie Dufour,Michel Guillomotet al. La Reproduction animale et humaine, Editions Quae, 751 p., 2014, Collection Synthèses, 978-2-7592-2208-7 Chapitre d'ouvrage hal-01205107v1

Autre publication scientifique (1)

FROGS : Find Rapidly OTU with Galaxy Solution Frédéric Escudie,Lucas Auer,Maria Bernard,Mahendra Mariadassou,Laurent Cauquilet al. 2017 Autre publication scientifique hal-01886442v1

Pré-publication, Document de travail (2)

metagWGS, a comprehensive workflow to analyze metagenomic data using Illumina or PacBio HiFi reads Jean Mainguy,Maïna Vienne,Joanna Fourquet,Vincent Darbot,Céline Noirotet al. 2024 Pré-publication, Document de travail hal-04841815v1
Reconstitution of intestinal stem cell niche in vitro with pharmacological inhibitors or L-WRN conditioned medium differentially regulates epithelial proliferation, differentiation and barrier function in rabbit caecum organoids Eloïse Mussard,Cecile Pouzet,Virginie Helies,Géraldine Pascal,Sandra Fourreet al. 2020 Pré-publication, Document de travail (preprint/prepublication) hal-02914670v1

Thèse (1)

Etude des biais de composition en acides aminés des protéines microbiennes Géraldine Pascal Autre [q-bio.OT]. Université d'Evry-Val d'Essonne, 2005. Français. ⟨NNT : ⟩ Thèse tel-00011839v1

HDR (1)

Habilitation à Diriger des Recherches Géraldine Pascal Autre [q-bio.OT]. Université François Rabelais (Tours), 2013 HDR tel-02809214v1

Cours (18)

Metabarcoding, FROGS training - May/june 2024 Géraldine Pascal,Lucas Auer Master. France. 2024 Cours hal-04885674v1
Metabarcoding, FROGS training – March 2024 Géraldine Pascal,Lucas Auer Doctoral. France. 2024 Cours hal-04885687v1
Metabarcoding, FROGS training - Oct. 2024 Géraldine Pascal,Lucas Auer Master. FROGS metabarcoding training - Oct 2024, https://web-genobioinfo.toulouse.inrae.fr/~formation/15_FROGS/current/, France. 2024 Cours hal-04885591v1
Les mardis de la grenouilles - Jan./Fev. 2024 - 1:FROGS 4 - 2: FROGSSTAT - 3: Functional Inferencce - 4: FROGS in command lines Géraldine Pascal,Lucas Auer,Gabryelle Agoutin Master. France. 2024 Cours hal-04885860v1
Metabarcoding, FROGS training - Oct. 2023 Géraldine Pascal,Lucas Auer Master. France. 2023 Cours hal-04885704v1
Metabarcoding, FROGS training - April 2023 Géraldine Pascal,Lucas Auer Master. France. 2023 Cours hal-04885719v1
Metabarcoding, FROGS training - June 2022 Géraldine Pascal,Lucas Auer Master. France. 2022 Cours hal-04885794v1
Metabarcoding, FROGS training - May 2022 Géraldine Pascal,Lucas Auer Master. France. 2022 Cours hal-04885802v1
Metabarcoding, FROGS training - Oct 2022 Géraldine Pascal,Lucas Auer Master. France. 2022 Cours hal-04885780v1
Metabarcoding, FROGS training - June 2021 Géraldine Pascal,Lucas Auer Doctoral. France. 2021 Cours hal-04885818v1
Metabarcoding, FROGS training- Dec. 2021 Géraldine Pascal,Lucas Auer Master. France. 2021 Cours hal-04885812v1
Metabarcoding, FROGS training - March 2021 Géraldine Pascal,Lucas Auer Master. France. 2021 Cours hal-04885826v1
Metabarcoding, FROGS training - March 2020 Géraldine Pascal,Lucas Auer Master. France. 2020 Cours hal-04885837v1
Metabarcoding, FROGS training - Jan. 2020 Géraldine Pascal,Laurent Cauquil Master. France. 2020 Cours hal-04885843v1
Formation FROGS juillet 2019 Géraldine Pascal,Laurent Cauquil Master. (Trainingon Galaxy : Metagenomics / ITS analysisin FROGS ? / Trainingon Galaxy: Statistics to explore metagenomics), 2019 Cours hal-02790029v1
FROGS Training on Galaxy : Metagenomics November 2017 Frédéric Escudié,Lucas Auer,Maria Bernard,Laurent Cauquil,Sarah Mamanet al. Formation Métagénomique avec le logiciel FROGS (Find, Rapidly, Otus with Galaxy Solution), 2017, 270 p Cours hal-02791696v1
FROGS Training on Galaxy : Statistics to Explore Metagenomics Maria Bernard,Géraldine Pascal,Mahendra Mariadassou,Laurent Cauquil,Stephane Chaillou Training on Galaxy : Statistics to Explore Metagenomics - FROGS (Find, Rapidly, Otus with Galaxy Solution), 2017, 116 p Cours hal-02788316v1
Février_2017_Formation Métagénomique avec le logiciel FROGS Géraldine Pascal,Laurent Cauquil,Maria Bernard 2017 Cours hal-02785427v1

Mémoire d'étudiant (1)

Extracting and displaying information from the databanks used for metabarcoding Lynn Bekai,Olivier Rué,Géraldine Pascal Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. 2024 Mémoire d'étudiant hal-04786236v2

Logiciel (2)

FROGS Géraldine Pascal,Maria Bernard,Olivier Rué,Frédéric Escudié,Vincent Darbotet al. 2024, ⟨swh:1:dir:1f2728ab804b46ba8080e6530c5100f1daf37eb7;origin=https://github.com/geraldinepascal/FROGS;visit=swh:1:snp:bf5bd90e285971eead69ea9ad93aa61c0a9f0db2;anchor=swh:1:rev:1f61d660e1281c65f4160b49b10bb11855849cd2⟩ Logiciel hal-04384514v1
metagWGS Jean Mainguy,Maïna Vienne,Joanna Fourquet,Pierre Martin,Vincent Darbotet al. 2024, ⟨swh:1:dir:4ac81dae5fd868ea7969796dea30de32c76ff170;origin=https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-04694918;visit=swh:1:snp:2c5d39d733f88b185b285b21578d288c1f9d9ffa;anchor=swh:1:rel:a55bc4a3ca3ff027a6ded3b1de3fb7bcff1f0bc7;path=/⟩ Logiciel hal-04694918v1