Gilles Didier

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Publications

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Testing extinction events and temporal shifts in diversification and fossilization rates through the skyline Fossilized Birth‐Death (FBD) model: The example of some mid‐Permian synapsid extinctions

Gilles Didier , Michel Laurin
Cladistics, 2024, 40 (3), pp.282-306. ⟨10.1111/cla.12577⟩
Article dans une revue hal-04577477 v1
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The Cauchy Process on Phylogenies: a Tractable Model for Pulsed Evolution

Paul Bastide , Gilles Didier
Systematic Biology, 2023, 72 (6), pp.1296-1315,. ⟨10.1093/sysbio/syad053⟩
Article dans une revue hal-04061506 v2
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Editorial: Timetrees: Incorporating fossils and molecules

Michel Laurin , Gilles Didier , Rachel Warnock
Frontiers in Genetics, 2022, 13, pp.937763. ⟨10.3389/fgene.2022.937763⟩
Article dans une revue hal-03709640 v1
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Distributions of extinction times from fossil ages and tree topologies: the example of mid-Permian synapsid extinctions

Gilles Didier , Michel Laurin
PeerJ, 2021, 9, pp.e12577. ⟨10.7717/peerj.12577⟩
Article dans une revue hal-03258099 v3
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Probabilities of tree topologies with temporal constraints and diversification shifts

Gilles Didier
Peer Community Journal, 2021, 1, pp.e65. ⟨10.24072/pcjournal.73⟩
Article dans une revue hal-01865425 v1
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The fossil record of camelids demonstrates a late divergence between Bactrian camel and dromedary

Denis Geraads , Gilles Didier , Andrew Barr , Denné Reed , Michel Laurin
Acta Palaeontologica Polonica, 2020, 65 (2), pp.251-260. ⟨10.4202/app.00727.2020⟩
Article dans une revue hal-02895911 v1
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Exact distribution of divergence times from fossil ages and tree topologies

Gilles Didier , Michel Laurin
Systematic Biology, 2020, 69 (6), pp.1068-1087. ⟨10.1101/490003⟩
Article dans une revue hal-01952736 v1
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Optimal pattern matching algorithms

Gilles Didier
Journal of Complexity, 2019, 51, pp.79 - 109. ⟨10.1016/j.jco.2018.10.003⟩
Article dans une revue hal-01310164 v1
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Testing for correlation between traits under directional evolution

Manuela Royer-Carenzi , Gilles Didier
Journal of Theoretical Biology, 2019, 482, ⟨10.1016/j.jtbi.2019.08.013⟩
Article dans une revue hal-02057232 v1
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Parsimony‐based test for identifying changes in evolutionary trends for quantitative characters: implications for the origin of the amniotic egg

Gilles Didier , Olivier Chabrol , Michel Laurin
Cladistics, 2019, 35 (5), pp.576-599. ⟨10.1111/cla.12371⟩
Article dans une revue hal-01609238 v1
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Detecting the molecular basis of phenotypic convergence

Olivier Chabrol , Manuela Royer-Carenzi , Pierre Pontarotti , Gilles Didier
Methods in Ecology and Evolution, 2018, 9 (11), pp.2170-2180. ⟨10.1111/2041-210X.13071⟩
Article dans une revue hal-01532965 v1
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Identifying communities from multiplex biological networks by randomized optimization of modularity

Gilles Didier , Alberto Valdeolivas , Anaïs Baudot
Article dans une revue hal-01881798 v1
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Designing optimal-and fast-on-average pattern matching algorithms

Gilles Didier , Laurent Tichit
Journal of Discrete Algorithms, 2017, 42, pp.45-60
Article dans une revue hal-01310165 v1

Likelihood of tree topologies with fossils and diversification rate estimation

Gilles Didier , Marine Fau , Michel Laurin
Systematic Biology, 2017, ⟨10.1093/sysbio/syx045⟩
Article dans une revue hal-01270368 v1
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A comparison of ancestral state reconstruction methods for quantitative characters

Manuela Royer-Carenzi , Gilles Didier
Journal of Theoretical Biology, 2016, 404, pp. 126--142. ⟨10.1016/j.jtbi.2016.05.029⟩
Article dans une revue hal-01261430 v1
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Identifying communities from multiplex biological networks.

Gilles Didier , Christine Brun , Anaïs Baudot
PeerJ, 2015, 3:e1525, ⟨10.7717/peerj.1525⟩
Article dans une revue hal-01255282 v1
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Choosing the best ancestral character state reconstruction method.

Manuela Royer-Carenzi , Pierre Pontarotti , Gilles Didier
Mathematical Biosciences, 2013, 242 (1), pp.95-109. ⟨10.1016/j.mbs.2012.12.003⟩
Article dans une revue hal-00830797 v1
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The reconstructed evolutionary process with the fossil record

Gilles Didier , Manuela Royer-Carenzi , Michel Laurin
Journal of Theoretical Biology, 2012, 315, pp.26-37. ⟨10.1016/j.jtbi.2012.08.046⟩
Article dans une revue hal-01105197 v1

Variable length local decoding and alignment-free sequence comparison

Gilles Didier , Eduardo L Corel , Ivan Laprevotte , Alexander Grossmann , Claudine Landès-Devauchelle
Theoretical Computer Science, 2012, 462, pp.1 - 11. ⟨10.1016/j.tcs.2012.08.005⟩
Article dans une revue hal-01614104 v1

Relations between gene regulatory networks and cell dynamics in Boolean models

Gilles Didier , Elisabeth Remy
Discrete Applied Mathematics, 2012, 160 (15), pp.2147 - 2157. ⟨10.1016/j.dam.2012.05.010⟩
Article dans une revue hal-01258494 v1
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Mapping multivalued onto Boolean dynamics

Gilles Didier , Elisabeth Remy , Claudine Chaouiya
Journal of Theoretical Biology, 2011, 270 (1), pp.177. ⟨10.1016/j.jtbi.2010.09.017⟩
Article dans une revue hal-00656334 v1

Parametric Maximum Parsimonious Reconstruction on Trees

Gilles Didier
Bulletin of Mathematical Biology, 2011, 73, pp.1477-1502. ⟨10.1007/s11538-010-9574-8⟩
Article dans une revue hal-01258496 v1

MS4 - Multi-Scale Selector of Sequence Signatures: an alignment-free method for the classification of biological sequences

Gilles Didier , Eduardo L Corel , Florian Pitschi , Ivan Laprevotte , Gilles Grasseau et al.
BMC Bioinformatics, 2010, 11 (1), ⟨10.1186/1471-2105-11-406⟩
Article dans une revue hal-01614124 v1
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TranscriptomeBrowser: a powerful and flexible toolbox to explore productively the transcriptional landscape of the Gene Expression Omnibus database

F. Lopez , J. Textoris , A. Bergon , G. Didier , E. Rémy et al.
PLoS ONE, 2008, 3 (12), pp.e4001. ⟨10.1371/journal.pone.0004001⟩
Article dans une revue hal-01595819 v1

Character sets of strings

Gilles Didier , Thomas Schmidt , Jens Stoye , Dekel Tsur
Journal of Discrete Algorithms, 2007, 5 (2), pp.330 - 340. ⟨10.1016/j.jda.2006.03.021⟩
Article dans une revue hal-01614122 v1
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Comparing sequences without using alignments: application to HIV/SIV subtyping

Gilles Didier , Laurent Debomy , Maude Pupin , Ming Zhang , Alexander Grossmann et al.
BMC Bioinformatics, 2007, 8 (1), ⟨10.1186/1471-2105-8-1⟩
Article dans une revue inria-00289069 v1

Mapping sequences by parts

Gilles Didier , Carito Guziolowski
Algorithms for Molecular Biology, 2007, 2, pp.11. ⟨10.1186/1748-7188-2-11⟩
Article dans une revue inria-00180004 v1

Coding with variable block maps

Gilles Didier , Vicente Acuña , Alejandro Maass
Theoretical Computer Science, 2006, 369 (1-3), pp.396 - 405. ⟨10.1016/j.tcs.2006.09.024⟩
Article dans une revue hal-01614117 v1

Local Decoding of Sequences and Alignment-Free Comparison

Gilles Didier , Ivan Laprevotte , Maude Pupin , Alain Hénaut
Journal of Computational Biology, 2006, 13 (8), pp.1465-1476. ⟨10.1089/cmb.2006.13.1465⟩
Article dans une revue inria-00289089 v1

The operons, a criterion to compare the reliability of transcriptome analysis tools: ICA is more reliable than ANOVA, PLS and PCA

Gilles Didier , Anne-Sophie Carpentier , Alessandra Riva , Pierre Tisseur , Alain Hénaut
Computational Biology and Chemistry, 2004, 28 (1), pp.3 - 10. ⟨10.1016/j.compbiolchem.2003.12.001⟩
Article dans une revue istex hal-01614113 v1

GeneANOVA--gene expression analysis of variance

Gilles Didier , P. Brezellec , E. Remy , A. Henaut
Bioinformatics, 2002, 18 (3), pp.490 - 491. ⟨10.1093/bioinformatics/18.3.490⟩
Article dans une revue hal-01614111 v1

HIV-1 and HIV-2 LTR Nucleotide Sequences: Assessment of the Alignment by N-block Presentation, "Retroviral Signatures" of Overrepeated Oligonucleotides, and a Probable Important Role of Scrambled Stepwise Duplications/Deletions in Molecular Evolution

Gilles Didier , I. Laprevotte , M. Pupin , E. Coward , C. Terzian et al.
Molecular Biology and Evolution, 2001, 18 (7), pp.1231 - 1245. ⟨10.1093/oxfordjournals.molbev.a003909⟩
Article dans une revue hal-01614106 v1

Caractérisation des N-écritures et application à l'étude des suites de complexité ultimement n + cste

Gilles Didier
Theoretical Computer Science, 1999, 215 (1-2), pp.31 - 49. ⟨10.1016/S0304-3975(97)00122-9⟩
Article dans une revue hal-01614129 v1

Codages de rotations et fractions continues

Gilles Didier
Journal of Number Theory, 1998, 71 (2), pp.275 - 306. ⟨10.1006/jnth.1998.2246⟩
Article dans une revue hal-01614096 v1

Combinatoire des codages de rotations

Gilles Didier
Acta Arithmetica, 1998, 85 (2), pp.157 - 177. ⟨10.4064/aa-85-2-157-177⟩
Article dans une revue hal-01614102 v1

Échanges de trois d'intervalles et suites sturmiennes

Gilles Didier
Journal de Théorie des Nombres de Bordeaux, 1997, 9 (2), pp.463-478
Article dans une revue hal-01948117 v1

Divergence tardive entre chameau et dromadaire, registre fossile, molécules, et la dispersion des camélidés vers l'Ancien Monde

Michel Laurin , Gilles Didier , W. Andrew Barr , Denne Reed , Denis Geraads
27e édition de la Réunion des Sciences de la Terre, SGF, CNRS, Laboratoire de Géologie de Lyon ou l’étude de la Terre, des planètes et de l’environnement, Nov 2021, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-03589436 v1

Extinction des ophiacodontidés, édaphosauridés et sphenacodontidés vers la fin du Cisuralien

Michel Laurin , Gilles Didier
Congrès annuel de l'Association Française de Paléontologie, Assocation Française de Paléontologie et Association Géologique Auboise, Aug 2021, Troyes, France. pp.22
Communication dans un congrès hal-03512140 v1

Origine de l'œuf amniotique étudiée à l'aide de deux nouvelles méthodes

Gilles Didier , Olivier Chabrol , Michel Laurin
Annual meeting of the Association Paléontologique Française, Apr 2019, Aix-En-Provence, France. pp.38
Communication dans un congrès hal-02612671 v1

Models and Methods for Biological Evolution

Gilles Didier , Stéphane Guindon
Anne Siegel; Hélène Touzet. ISTE - WILEY, pp.1-307, 2024, Models and Methods for Biological Evolution, 9781789450699. ⟨10.1002/9781394284252⟩
Ouvrages hal-04795193 v1

Modèles et méthodes pour l’évolution biologique

Gilles Didier , Stéphane Guindon
iSTE Edition, 330 p., 2022, 9781789480696
Ouvrages lirmm-03766511 v1

Trees: Combinatorics and Models

Gilles Didier , Stéphane Guindon
Models and Methods for Biological Evolution: Mathematical Models and Algorithms to Study Evolution, Chapter 1, Wiley, pp.1-26, 2024, 9781789450699. ⟨10.1002/9781394284252.ch1⟩
Chapitre d'ouvrage lirmm-04824198 v1
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Four billion years: the story of an ancient protein family

Gilles Didier , Claudine Landès , Alain Hénaut , Bruno Torrésani
Flandrin, P.; Jaffard, S.; Paul, T.; Torresani, B. Theoretical Physics, Wavelets, Analysis, Genomics, Springer International Publishing, pp.595-616, 2023, Applied and Numerical Harmonic Analysis, ⟨10.1007/978-3-030-45847-8_25⟩
Chapitre d'ouvrage hal-03264942 v1

Dater l’arbre du vivant

Michel Laurin , Gilles Didier , Nour-Eddine Jalil
Paléontologie d'aujourd'hui, EDP sciences, pp.164-165, 2022, 978-2-7598-2717-6. ⟨10.1051/978-2-7598-2718-3.c077⟩
Chapitre d'ouvrage hal-03799300 v1
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Arbres : combinatoire et modèles

Gilles Didier , Stéphane Guindon
Modèles et méthodes pour l’évolution biologique, iSTE Edition, pp.7-32, 2022, 9781789480696. ⟨10.51926/ISTE.9069.ch1⟩
Chapitre d'ouvrage hal-03485566 v1