Gilles Didier

48
Documents

Publications

Publications

Deposit thumbnail

The rise and fall of Varanopidae† (Amniota, Synapsida)

Michel Laurin , Gilles Didier

Frontiers in Earth Science, 2025, 13, pp.1544451. ⟨10.3389/feart.2025.1544451⟩

Article dans une revue hal-05018934v1
Deposit thumbnail

Testing extinction events and temporal shifts in diversification and fossilization rates through the skyline Fossilized Birth‐Death (FBD) model: The example of some mid‐Permian synapsid extinctions

Gilles Didier , Michel Laurin

Cladistics, 2024, 40 (3), pp.282-306. ⟨10.1111/cla.12577⟩

Article dans une revue hal-04577477v1
Deposit thumbnail

The Cauchy Process on Phylogenies: a Tractable Model for Pulsed Evolution

Paul Bastide , Gilles Didier

Systematic Biology, 2023, 72 (6), pp.1296-1315,. ⟨10.1093/sysbio/syad053⟩

Article dans une revue hal-04061506v2
Deposit thumbnail

Editorial: Timetrees: Incorporating fossils and molecules

Michel Laurin , Gilles Didier , Rachel Warnock

Frontiers in Genetics, 2022, 13, pp.937763. ⟨10.3389/fgene.2022.937763⟩

Article dans une revue hal-03709640v1
Deposit thumbnail

Distributions of extinction times from fossil ages and tree topologies: the example of mid-Permian synapsid extinctions

Gilles Didier , Michel Laurin

PeerJ, 2021, 9, pp.e12577. ⟨10.7717/peerj.12577⟩

Article dans une revue hal-03258099v3
Deposit thumbnail

Probabilities of tree topologies with temporal constraints and diversification shifts

Gilles Didier

Peer Community Journal, 2021, 1, pp.e65. ⟨10.24072/pcjournal.73⟩

Article dans une revue hal-01865425v1
Deposit thumbnail

The fossil record of camelids demonstrates a late divergence between Bactrian camel and dromedary

Denis Geraads , Gilles Didier , Andrew Barr , Denné Reed , Michel Laurin

Acta Palaeontologica Polonica, 2020, 65 (2), pp.251-260. ⟨10.4202/app.00727.2020⟩

Article dans une revue hal-02895911v1
Deposit thumbnail

Exact distribution of divergence times from fossil ages and tree topologies

Gilles Didier , Michel Laurin

Systematic Biology, 2020, 69 (6), pp.1068-1087. ⟨10.1101/490003⟩

Article dans une revue hal-01952736v1
Deposit thumbnail

Optimal pattern matching algorithms

Gilles Didier

Journal of Complexity, 2019, 51, pp.79 - 109. ⟨10.1016/j.jco.2018.10.003⟩

Article dans une revue hal-01310164v1
Deposit thumbnail

Testing for correlation between traits under directional evolution

Manuela Royer-Carenzi , Gilles Didier

Journal of Theoretical Biology, 2019, 482, ⟨10.1016/j.jtbi.2019.08.013⟩

Article dans une revue hal-02057232v1
Deposit thumbnail

Parsimony‐based test for identifying changes in evolutionary trends for quantitative characters: implications for the origin of the amniotic egg

Gilles Didier , Olivier Chabrol , Michel Laurin

Cladistics, 2019, 35 (5), pp.576-599. ⟨10.1111/cla.12371⟩

Article dans une revue hal-01609238v1
Deposit thumbnail

Identifying communities from multiplex biological networks by randomized optimization of modularity

Gilles Didier , Alberto Valdeolivas , Anaïs Baudot Article dans une revue hal-01881798v1
Deposit thumbnail

Detecting the molecular basis of phenotypic convergence

Olivier Chabrol , Manuela Royer-Carenzi , Pierre Pontarotti , Gilles Didier

Methods in Ecology and Evolution, 2018, 9 (11), pp.2170-2180. ⟨10.1111/2041-210X.13071⟩

Article dans une revue hal-01532965v1

Likelihood of tree topologies with fossils and diversification rate estimation

Gilles Didier , Marine Fau , Michel Laurin

Systematic Biology, 2017, ⟨10.1093/sysbio/syx045⟩

Article dans une revue hal-01270368v1
Deposit thumbnail

Designing optimal-and fast-on-average pattern matching algorithms

Gilles Didier , Laurent Tichit

Journal of Discrete Algorithms, 2017, 42, pp.45-60

Article dans une revue hal-01310165v1
Deposit thumbnail

A comparison of ancestral state reconstruction methods for quantitative characters

Manuela Royer-Carenzi , Gilles Didier

Journal of Theoretical Biology, 2016, 404, pp. 126--142. ⟨10.1016/j.jtbi.2016.05.029⟩

Article dans une revue hal-01261430v1
Deposit thumbnail

Identifying communities from multiplex biological networks.

Gilles Didier , Christine Brun , Anaïs Baudot

PeerJ, 2015, 3:e1525, ⟨10.7717/peerj.1525⟩

Article dans une revue hal-01255282v1
Deposit thumbnail

Choosing the best ancestral character state reconstruction method.

Manuela Royer-Carenzi , Pierre Pontarotti , Gilles Didier

Mathematical Biosciences, 2013, 242 (1), pp.95-109. ⟨10.1016/j.mbs.2012.12.003⟩

Article dans une revue hal-00830797v1

Variable length local decoding and alignment-free sequence comparison

Gilles Didier , Eduardo L Corel , Ivan Laprevotte , Alexander Grossmann , Claudine Landès-Devauchelle

Theoretical Computer Science, 2012, 462, pp.1 - 11. ⟨10.1016/j.tcs.2012.08.005⟩

Article dans une revue hal-01614104v1
Deposit thumbnail

The reconstructed evolutionary process with the fossil record

Gilles Didier , Manuela Royer-Carenzi , Michel Laurin

Journal of Theoretical Biology, 2012, 315, pp.26-37. ⟨10.1016/j.jtbi.2012.08.046⟩

Article dans une revue hal-01105197v1

Relations between gene regulatory networks and cell dynamics in Boolean models

Gilles Didier , Elisabeth Remy

Discrete Applied Mathematics, 2012, 160 (15), pp.2147 - 2157. ⟨10.1016/j.dam.2012.05.010⟩

Article dans une revue hal-01258494v1
Deposit thumbnail

Mapping multivalued onto Boolean dynamics

Gilles Didier , Elisabeth Remy , Claudine Chaouiya

Journal of Theoretical Biology, 2011, 270 (1), pp.177. ⟨10.1016/j.jtbi.2010.09.017⟩

Article dans une revue hal-00656334v1

Parametric Maximum Parsimonious Reconstruction on Trees

Gilles Didier

Bulletin of Mathematical Biology, 2011, 73, pp.1477-1502. ⟨10.1007/s11538-010-9574-8⟩

Article dans une revue hal-01258496v1

MS4 - Multi-Scale Selector of Sequence Signatures: an alignment-free method for the classification of biological sequences

Gilles Didier , Eduardo L Corel , Florian Pitschi , Ivan Laprevotte , Gilles Grasseau et al.

BMC Bioinformatics, 2010, 11 (1), ⟨10.1186/1471-2105-11-406⟩

Article dans une revue hal-01614124v1
Deposit thumbnail

TranscriptomeBrowser: a powerful and flexible toolbox to explore productively the transcriptional landscape of the Gene Expression Omnibus database

F. Lopez , J. Textoris , A. Bergon , G. Didier , E. Rémy et al.

PLoS ONE, 2008, 3 (12), pp.e4001. ⟨10.1371/journal.pone.0004001⟩

Article dans une revue hal-01595819v1
Deposit thumbnail

Comparing sequences without using alignments: application to HIV/SIV subtyping

Gilles Didier , Laurent Debomy , Maude Pupin , Ming Zhang , Alexander Grossmann et al.

BMC Bioinformatics, 2007, 8 (1), ⟨10.1186/1471-2105-8-1⟩

Article dans une revue inria-00289069v1

Character sets of strings

Gilles Didier , Thomas Schmidt , Jens Stoye , Dekel Tsur

Journal of Discrete Algorithms, 2007, 5 (2), pp.330 - 340. ⟨10.1016/j.jda.2006.03.021⟩

Article dans une revue hal-01614122v1

Mapping sequences by parts

Gilles Didier , Carito Guziolowski

Algorithms for Molecular Biology, 2007, 2, pp.11. ⟨10.1186/1748-7188-2-11⟩

Article dans une revue inria-00180004v1

Local Decoding of Sequences and Alignment-Free Comparison

Gilles Didier , Ivan Laprevotte , Maude Pupin , Alain Hénaut

Journal of Computational Biology, 2006, 13 (8), pp.1465-1476. ⟨10.1089/cmb.2006.13.1465⟩

Article dans une revue inria-00289089v1

Coding with variable block maps

Gilles Didier , Vicente Acuña , Alejandro Maass

Theoretical Computer Science, 2006, 369 (1-3), pp.396 - 405. ⟨10.1016/j.tcs.2006.09.024⟩

Article dans une revue hal-01614117v1

The operons, a criterion to compare the reliability of transcriptome analysis tools: ICA is more reliable than ANOVA, PLS and PCA

Gilles Didier , Anne-Sophie Carpentier , Alessandra Riva , Pierre Tisseur , Alain Hénaut

Computational Biology and Chemistry, 2004, 28 (1), pp.3 - 10. ⟨10.1016/j.compbiolchem.2003.12.001⟩

Article dans une revue istex hal-01614113v1

GeneANOVA--gene expression analysis of variance

Gilles Didier , P. Brezellec , E. Remy , A. Henaut

Bioinformatics, 2002, 18 (3), pp.490 - 491. ⟨10.1093/bioinformatics/18.3.490⟩

Article dans une revue hal-01614111v1

HIV-1 and HIV-2 LTR Nucleotide Sequences: Assessment of the Alignment by N-block Presentation, "Retroviral Signatures" of Overrepeated Oligonucleotides, and a Probable Important Role of Scrambled Stepwise Duplications/Deletions in Molecular Evolution

Gilles Didier , I. Laprevotte , M. Pupin , E. Coward , C. Terzian et al.

Molecular Biology and Evolution, 2001, 18 (7), pp.1231 - 1245. ⟨10.1093/oxfordjournals.molbev.a003909⟩

Article dans une revue hal-01614106v1

Caractérisation des N-écritures et application à l'étude des suites de complexité ultimement n + cste

Gilles Didier

Theoretical Computer Science, 1999, 215 (1-2), pp.31 - 49. ⟨10.1016/S0304-3975(97)00122-9⟩

Article dans une revue hal-01614129v1

Combinatoire des codages de rotations

Gilles Didier

Acta Arithmetica, 1998, 85 (2), pp.157 - 177. ⟨10.4064/aa-85-2-157-177⟩

Article dans une revue hal-01614102v1

Codages de rotations et fractions continues

Gilles Didier

Journal of Number Theory, 1998, 71 (2), pp.275 - 306. ⟨10.1006/jnth.1998.2246⟩

Article dans une revue hal-01614096v1

Échanges de trois d'intervalles et suites sturmiennes

Gilles Didier

Journal de Théorie des Nombres de Bordeaux, 1997, 9 (2), pp.463-478

Article dans une revue hal-01948117v1

Diversification des Pipidés : Chronologie et Paléobiogéographie

Alfred Lemierre , Gilles Didier , Michel Laurin

Congrès de l'Association Paléontologique Française 2022, Association Paléontologie Française, May 2022, Montpellier, France

Communication dans un congrès hal-03903417v1

Divergence tardive entre chameau et dromadaire, registre fossile, molécules, et la dispersion des camélidés vers l'Ancien Monde

Michel Laurin , Gilles Didier , W. Andrew Barr , Denne Reed , Denis Geraads

27e édition de la Réunion des Sciences de la Terre, SGF, CNRS, Laboratoire de Géologie de Lyon ou l’étude de la Terre, des planètes et de l’environnement, Nov 2021, Lyon, France

Communication dans un congrès hal-03589436v1

Extinction des ophiacodontidés, édaphosauridés et sphenacodontidés vers la fin du Cisuralien

Michel Laurin , Gilles Didier

Congrès annuel de l'Association Française de Paléontologie, Assocation Française de Paléontologie et Association Géologique Auboise, Aug 2021, Troyes, France. pp.22

Communication dans un congrès hal-03512140v1

Origine de l'œuf amniotique étudiée à l'aide de deux nouvelles méthodes

Gilles Didier , Olivier Chabrol , Michel Laurin

Annual meeting of the Association Paléontologique Française, Apr 2019, Aix-En-Provence, France. pp.38

Communication dans un congrès hal-02612671v1

Models and Methods for Biological Evolution

Gilles Didier , Stéphane Guindon

Anne Siegel; Hélène Touzet. ISTE - WILEY, pp.1-307, 2024, Models and Methods for Biological Evolution, 9781789450699. ⟨10.1002/9781394284252⟩

Ouvrages hal-04795193v1

Modèles et méthodes pour l’évolution biologique

Gilles Didier , Stéphane Guindon

iSTE Edition, 330 p., 2022, 9781789480696

Ouvrages lirmm-03766511v1

Trees: Combinatorics and Models

Gilles Didier , Stéphane Guindon

Models and Methods for Biological Evolution: Mathematical Models and Algorithms to Study Evolution, Chapter 1, Wiley, pp.1-26, 2024, 9781789450699. ⟨10.1002/9781394284252.ch1⟩

Chapitre d'ouvrage lirmm-04824198v1
Deposit thumbnail

Four billion years: the story of an ancient protein family

Gilles Didier , Claudine Landès , Alain Hénaut , Bruno Torrésani

Flandrin, P.; Jaffard, S.; Paul, T.; Torresani, B. Theoretical Physics, Wavelets, Analysis, Genomics, Springer International Publishing; Springer International Publishing, pp.595-616, 2023, Applied and Numerical Harmonic Analysis, ⟨10.1007/978-3-030-45847-8_25⟩

Chapitre d'ouvrage hal-03264942v1

Dater l’arbre du vivant

Michel Laurin , Gilles Didier , Nour-Eddine Jalil

Paléontologie d'aujourd'hui, EDP sciences, pp.164-165, 2022, 978-2-7598-2717-6. ⟨10.1051/978-2-7598-2718-3.c077⟩

Chapitre d'ouvrage hal-03799300v1
Deposit thumbnail

Arbres : combinatoire et modèles

Gilles Didier , Stéphane Guindon

Modèles et méthodes pour l’évolution biologique, iSTE Edition, pp.7-32, 2022, 9781789480696. ⟨10.51926/ISTE.9069.ch1⟩

Chapitre d'ouvrage hal-03485566v1