Gilles Didier

Publications

Article dans une revue (37)

The rise and fall of Varanopidae† (Amniota, Synapsida) Michel Laurin,Gilles Didier Frontiers in Earth Science, 2025, 13, pp.1544451. ⟨10.3389/feart.2025.1544451⟩ Article dans une revue hal-05018934v1
Testing extinction events and temporal shifts in diversification and fossilization rates through the skyline Fossilized Birth‐Death (FBD) model: The example of some mid‐Permian synapsid extinctions Gilles Didier,Michel Laurin Cladistics, 2024, 40 (3), pp.282-306. ⟨10.1111/cla.12577⟩ Article dans une revue hal-04577477v1
The Cauchy Process on Phylogenies: a Tractable Model for Pulsed Evolution Paul Bastide,Gilles Didier Systematic Biology, 2023, 72 (6), pp.1296-1315,. ⟨10.1093/sysbio/syad053⟩ Article dans une revue hal-04061506v2
Editorial: Timetrees: Incorporating fossils and molecules Michel Laurin,Gilles Didier,Rachel Warnock Frontiers in Genetics, 2022, 13, pp.937763. ⟨10.3389/fgene.2022.937763⟩ Article dans une revue hal-03709640v1
Distributions of extinction times from fossil ages and tree topologies: the example of mid-Permian synapsid extinctions Gilles Didier,Michel Laurin PeerJ, 2021, 9, pp.e12577. ⟨10.7717/peerj.12577⟩ Article dans une revue hal-03258099v3
Probabilities of tree topologies with temporal constraints and diversification shifts Gilles Didier Peer Community Journal, 2021, 1, pp.e65. ⟨10.24072/pcjournal.73⟩ Article dans une revue hal-01865425v1
Exact distribution of divergence times from fossil ages and tree topologies Gilles Didier,Michel Laurin Systematic Biology, 2020, 69 (6), pp.1068-1087. ⟨10.1101/490003⟩ Article dans une revue hal-01952736v1
The fossil record of camelids demonstrates a late divergence between Bactrian camel and dromedary Denis Geraads,Gilles Didier,Andrew Barr,Denné Reed,Michel Laurin Acta Palaeontologica Polonica, 2020, 65 (2), pp.251-260. ⟨10.4202/app.00727.2020⟩ Article dans une revue hal-02895911v1
Parsimony‐based test for identifying changes in evolutionary trends for quantitative characters: implications for the origin of the amniotic egg Gilles Didier,Olivier Chabrol,Michel Laurin Cladistics, 2019, 35 (5), pp.576-599. ⟨10.1111/cla.12371⟩ Article dans une revue hal-01609238v1
Optimal pattern matching algorithms Gilles Didier Journal of Complexity, 2019, 51, pp.79 - 109. ⟨10.1016/j.jco.2018.10.003⟩ Article dans une revue hal-01310164v1
Testing for correlation between traits under directional evolution Manuela Royer-Carenzi,Gilles Didier Journal of Theoretical Biology, 2019, 482, ⟨10.1016/j.jtbi.2019.08.013⟩ Article dans une revue hal-02057232v1
Detecting the molecular basis of phenotypic convergence Olivier Chabrol,Manuela Royer-Carenzi,Pierre Pontarotti,Gilles Didier Methods in Ecology and Evolution, 2018, 9 (11), pp.2170-2180. ⟨10.1111/2041-210X.13071⟩ Article dans une revue hal-01532965v1
Identifying communities from multiplex biological networks by randomized optimization of modularity Gilles Didier,Alberto Valdeolivas,Anaïs Baudot F1000Research, 2018, ⟨10.12688/f1000research.15486.2⟩ Article dans une revue hal-01881798v1
Designing optimal-and fast-on-average pattern matching algorithms Gilles Didier,Laurent Tichit Journal of Discrete Algorithms, 2017, 42, pp.45-60 Article dans une revue hal-01310165v1
Likelihood of tree topologies with fossils and diversification rate estimation Gilles Didier,Marine Fau,Michel Laurin Systematic Biology, 2017, ⟨10.1093/sysbio/syx045⟩ Article dans une revue hal-01270368v1
A comparison of ancestral state reconstruction methods for quantitative characters Manuela Royer-Carenzi,Gilles Didier Journal of Theoretical Biology, 2016, 404, pp. 126--142. ⟨10.1016/j.jtbi.2016.05.029⟩ Article dans une revue hal-01261430v1
Identifying communities from multiplex biological networks. Gilles Didier,Christine Brun,Anaïs Baudot PeerJ, 2015, 3:e1525, ⟨10.7717/peerj.1525⟩ Article dans une revue hal-01255282v1
Choosing the best ancestral character state reconstruction method. Manuela Royer-Carenzi,Pierre Pontarotti,Gilles Didier Mathematical Biosciences, 2013, 242 (1), pp.95-109. ⟨10.1016/j.mbs.2012.12.003⟩ Article dans une revue hal-00830797v1
Relations between gene regulatory networks and cell dynamics in Boolean models Gilles Didier,Elisabeth Remy Discrete Applied Mathematics, 2012, 160 (15), pp.2147 - 2157. ⟨10.1016/j.dam.2012.05.010⟩ Article dans une revue hal-01258494v1
The reconstructed evolutionary process with the fossil record Gilles Didier,Manuela Royer-Carenzi,Michel Laurin Journal of Theoretical Biology, 2012, 315, pp.26-37. ⟨10.1016/j.jtbi.2012.08.046⟩ Article dans une revue hal-01105197v1
Variable length local decoding and alignment-free sequence comparison Gilles Didier,Eduardo L Corel,Ivan Laprevotte,Alexander Grossmann,Claudine Landès-Devauchelle Theoretical Computer Science, 2012, 462, pp.1 - 11. ⟨10.1016/j.tcs.2012.08.005⟩ Article dans une revue hal-01614104v1
Mapping multivalued onto Boolean dynamics Gilles Didier,Elisabeth Remy,Claudine Chaouiya Journal of Theoretical Biology, 2011, 270 (1), pp.177. ⟨10.1016/j.jtbi.2010.09.017⟩ Article dans une revue hal-00656334v1
Parametric Maximum Parsimonious Reconstruction on Trees Gilles Didier Bulletin of Mathematical Biology, 2011, 73, pp.1477-1502. ⟨10.1007/s11538-010-9574-8⟩ Article dans une revue hal-01258496v1
MS4 - Multi-Scale Selector of Sequence Signatures: an alignment-free method for the classification of biological sequences Gilles Didier,Eduardo L Corel,Florian Pitschi,Ivan Laprevotte,Gilles Grasseauet al. BMC Bioinformatics, 2010, 11 (1), ⟨10.1186/1471-2105-11-406⟩ Article dans une revue hal-01614124v1
TranscriptomeBrowser: a powerful and flexible toolbox to explore productively the transcriptional landscape of the Gene Expression Omnibus database F. Lopez,J. Textoris,A. Bergon,G. Didier,E. Rémyet al. PLoS ONE, 2008, 3 (12), pp.e4001. ⟨10.1371/journal.pone.0004001⟩ Article dans une revue hal-01595819v1
Character sets of strings Gilles Didier,Thomas Schmidt,Jens Stoye,Dekel Tsur Journal of Discrete Algorithms, 2007, 5 (2), pp.330 - 340. ⟨10.1016/j.jda.2006.03.021⟩ Article dans une revue hal-01614122v1
Comparing sequences without using alignments: application to HIV/SIV subtyping Gilles Didier,Laurent Debomy,Maude Pupin,Ming Zhang,Alexander Grossmannet al. BMC Bioinformatics, 2007, 8 (1), ⟨10.1186/1471-2105-8-1⟩ Article dans une revue inria-00289069v1
Mapping sequences by parts Gilles Didier,Carito Guziolowski Algorithms for Molecular Biology, 2007, 2, pp.11. ⟨10.1186/1748-7188-2-11⟩ Article dans une revue inria-00180004v1
Local Decoding of Sequences and Alignment-Free Comparison Gilles Didier,Ivan Laprevotte,Maude Pupin,Alain Hénaut Journal of Computational Biology, 2006, 13 (8), pp.1465-1476. ⟨10.1089/cmb.2006.13.1465⟩ Article dans une revue inria-00289089v1
Coding with variable block maps Gilles Didier,Vicente Acuña,Alejandro Maass Theoretical Computer Science, 2006, 369 (1-3), pp.396 - 405. ⟨10.1016/j.tcs.2006.09.024⟩ Article dans une revue hal-01614117v1
The operons, a criterion to compare the reliability of transcriptome analysis tools: ICA is more reliable than ANOVA, PLS and PCA Gilles Didier,Anne-Sophie Carpentier,Alessandra Riva,Pierre Tisseur,Alain Hénaut Computational Biology and Chemistry, 2004, 28 (1), pp.3 - 10. ⟨10.1016/j.compbiolchem.2003.12.001⟩ Article dans une revue istex hal-01614113v1
GeneANOVA--gene expression analysis of variance Gilles Didier,P. Brezellec,E. Remy,A. Henaut Bioinformatics, 2002, 18 (3), pp.490 - 491. ⟨10.1093/bioinformatics/18.3.490⟩ Article dans une revue hal-01614111v1
HIV-1 and HIV-2 LTR Nucleotide Sequences: Assessment of the Alignment by N-block Presentation, &quot;Retroviral Signatures&quot; of Overrepeated Oligonucleotides, and a Probable Important Role of Scrambled Stepwise Duplications/Deletions in Molecular Evolution Gilles Didier,I. Laprevotte,M. Pupin,E. Coward,C. Terzianet al. Molecular Biology and Evolution, 2001, 18 (7), pp.1231 - 1245. ⟨10.1093/oxfordjournals.molbev.a003909⟩ Article dans une revue hal-01614106v1
Caractérisation des N-écritures et application à l'étude des suites de complexité ultimement n + cste Gilles Didier Theoretical Computer Science, 1999, 215 (1-2), pp.31 - 49. ⟨10.1016/S0304-3975(97)00122-9⟩ Article dans une revue hal-01614129v1
Codages de rotations et fractions continues Gilles Didier Journal of Number Theory, 1998, 71 (2), pp.275 - 306. ⟨10.1006/jnth.1998.2246⟩ Article dans une revue hal-01614096v1
Combinatoire des codages de rotations Gilles Didier Acta Arithmetica, 1998, 85 (2), pp.157 - 177. ⟨10.4064/aa-85-2-157-177⟩ Article dans une revue hal-01614102v1
Échanges de trois d'intervalles et suites sturmiennes Gilles Didier Journal de Théorie des Nombres de Bordeaux, 1997, 9 (2), pp.463-478 Article dans une revue hal-01948117v1

Communication dans un congrès (4)

Diversification des Pipidés : Chronologie et Paléobiogéographie Alfred Lemierre,Gilles Didier,Michel Laurin Congrès de l'Association Paléontologique Française 2022, Association Paléontologie Française, May 2022, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-03903417v1
Divergence tardive entre chameau et dromadaire, registre fossile, molécules, et la dispersion des camélidés vers l'Ancien Monde Michel Laurin,Gilles Didier,W. Andrew Barr,Denne Reed,Denis Geraads 27e édition de la Réunion des Sciences de la Terre, SGF, CNRS, Laboratoire de Géologie de Lyon ou l’étude de la Terre, des planètes et de l’environnement, Nov 2021, Lyon, France Communication dans un congrès hal-03589436v1
Extinction des ophiacodontidés, édaphosauridés et sphenacodontidés vers la fin du Cisuralien Michel Laurin,Gilles Didier Congrès annuel de l'Association Française de Paléontologie, Assocation Française de Paléontologie et Association Géologique Auboise, Aug 2021, Troyes, France. pp.22 Communication dans un congrès hal-03512140v1
Origine de l'œuf amniotique étudiée à l'aide de deux nouvelles méthodes Gilles Didier,Olivier Chabrol,Michel Laurin Annual meeting of the Association Paléontologique Française, Apr 2019, Aix-En-Provence, France. pp.38 Communication dans un congrès hal-02612671v1

Ouvrages (2)

Models and Methods for Biological Evolution Gilles Didier,Stéphane Guindon Anne Siegel; Hélène Touzet. ISTE - WILEY, pp.1-307, 2024, Models and Methods for Biological Evolution, 9781789450699. ⟨10.1002/9781394284252⟩ Ouvrages hal-04795193v1
Modèles et méthodes pour l’évolution biologique Gilles Didier,Stéphane Guindon iSTE Edition, 330 p., 2022, 9781789480696 Ouvrages lirmm-03766511v1

Chapitre d'ouvrage (4)

Trees: Combinatorics and Models Gilles Didier,Stéphane Guindon Models and Methods for Biological Evolution: Mathematical Models and Algorithms to Study Evolution, Chapter 1, Wiley, pp.1-26, 2024, 9781789450699. ⟨10.1002/9781394284252.ch1⟩ Chapitre d'ouvrage lirmm-04824198v1
Four billion years: the story of an ancient protein family Gilles Didier,Claudine Landès,Alain Hénaut,Bruno Torrésani Flandrin, P.; Jaffard, S.; Paul, T.; Torresani, B. Theoretical Physics, Wavelets, Analysis, Genomics, Springer International Publishing; Springer International Publishing, pp.595-616, 2023, Applied and Numerical Harmonic Analysis, ⟨10.1007/978-3-030-45847-8_25⟩ Chapitre d'ouvrage hal-03264942v1
Dater l’arbre du vivant Michel Laurin,Gilles Didier,Nour-Eddine Jalil Paléontologie d'aujourd'hui, EDP sciences, pp.164-165, 2022, 978-2-7598-2717-6. ⟨10.1051/978-2-7598-2718-3.c077⟩ Chapitre d'ouvrage hal-03799300v1
Arbres : combinatoire et modèles Gilles Didier,Stéphane Guindon Modèles et méthodes pour l’évolution biologique, iSTE Edition, pp.7-32, 2022, 9781789480696. ⟨10.51926/ISTE.9069.ch1⟩ Chapitre d'ouvrage hal-03485566v1

Pré-publication, Document de travail (1)

Time-dependent-asymmetric-linear-parsimonious ancestral state reconstruction Gilles Didier 2016 Pré-publication, Document de travail hal-01410313v1