Guillaume GAUTREAU

Publications

Cours (1)

What can genomics learn from natural language processing? Guillaume Gautreau Doctoral. Cité internationale universitaire de Paris, France. 2025 Cours hal-05401386v1

Communication dans un congrès (13)

What genomics can learn from Natural Language Processing? Guillaume Gautreau iabioscripting : Utilisation des IA génératives comme appui à la programmation et au scripting pour la biologie, Réseau MERIT; l’Institut Français de Bioinformatique (IFB); Université Paris Cité (iPOP-UP et DU omiques), Jun 2025, Paris, France Communication dans un congrès hal-05119255v1
Feedback from Evo Perinelle Naïa,Thomas Lacroix,Hélène Chiapello,Guillaume Kon Kam King,Arnaud Ferréet al. GT LEGO - Journées du GDR BIMMM, GDR BIMMM, Nov 2025, Nantes, France Communication dans un congrès hal-05388811v1
Histoire de la pangénomique procaryote Guillaume Gautreau Journées BioinfOmics, BioinfOmics, Dec 2024, Toulouse, France Communication dans un congrès hal-04822722v1
Integrating complex pangenome graphs Jérôme Arnoux,Angela Bonifati,A. Calteau,Stefania Dumbrava,Guillaume Gautreau 2024 IEEE 40th International Conference on Data Engineering Workshops (ICDEW), May 2024, Utrecht, New Zealand. pp.350-354, ⟨10.1109/ICDEW61823.2024.00052⟩ Communication dans un congrès hal-04660364v1
CroCoDeEL: accurate detection of cross-sample contaminations in metagenomic data Lindsay Goulet,Florian Plaza Onate,Edi Prifti,Eugeni Belda,Emmanuelle Le Chatelieret al. JOBIM2024 : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique, et Mathématiques - 2024, Jun 2024, Toulouse, France Communication dans un congrès hal-04691708v1
From Genomics to Pangenomics: the path to pangenome graphs Guillaume Gautreau,Adelme Bazin,Jérôme Arnoux The 20th MicroScope anniversary, Alexandra Calteau; David Vallenet, Sep 2023, Evry-Courcouronnes, France Communication dans un congrès hal-04371889v1
PPanGGOLiN V2: technical enhancement and new features to analyze thousands of prokaryotic genomes Jean Mainguy,Jérôme Arnoux,Guillaume Gautreau,Adelme Bazin,David Vallenetet al. The local pangenome, Oct 2023, Alicante, Spain Communication dans un congrès hal-04371316v1
panRGP: a pangenome-based method to predict genomic islands and explore their diversity Adelme Bazin,Guillaume Gautreau,Claudine Médigue,David Vallenet,Alexandra Calteau JOBIM 2021 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris (virtual), France Communication dans un congrès hal-04360257v1
panRGP: a pangenome-based method to predict genomic islands and explore their diversity Adelme Bazin,Guillaume Gautreau,Claudine Médigue,David Vallenet,Alexandra Calteau the 19th European Conference on Computational Biology, ECCB 2020, Aug 2020, Barcelona (Virtual), Spain Communication dans un congrès hal-04360043v1
MicroScope: an integrated platform for the annotation and exploration of microbial gene functions through genomic and metabolic comparative analysis David Vallenet,Alexandra Calteau,Mathieu Dubois,Mylène Beuvin,Laura Burlotet al. The 8th Congress of European Microbiologists, FEMS 2019, Jul 2019, Glasgow, United Kingdom Communication dans un congrès hal-04358401v1
Comparative microbial pangenomics to explore mobilome dynamics Adelme Bazin,Guillaume Gautreau,Claudine Médigue,Alexandra Calteau,David Vallenet The 8th Congress of European Microbiologists, FEMS 2019, Jul 2019, Glasgow, United Kingdom Communication dans un congrès hal-04359455v1
PPanGGOLiN: Depicting microbial diversity via a Partitioned Pangenome Graph Guillaume Gautreau,Christophe Ambroise,Catherine Matias,Amandine Perrin,Rémi Planelet al. Genome Informatics 2018, Sep 2018, Hinxton, Cambridge, United Kingdom Communication dans un congrès hal-04356757v1
PPanGGOLiN: Depicting microbial diversity via a Partitioned Pangenome Graph Guillaume Gautreau,Christophe Ambroise,Catherine Matias,Amandine Perrin,Rémi Planelet al. JOBIM 2018 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France Communication dans un congrès hal-04355945v1

Poster de conférence (14)

Bridging Gene-level And Sequence-level Pangenome Graph To Explore Microbial Diversity Hanin Ali,Bastien Degardins,Charles Paperman,Camille Marchet,Guillaume Gautreau Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques 2024, Jul 2025, Bordeaux, France. https://jobim2025.labri.fr/JOBIM2025_proceedings_posters.pdf Poster de conférence hal-05176404v1
To the species level and beyond A rationalized approach to study pangenomes Emeline Bruyère,Romane Junker,Sandra Dérozier,Hélène Chiapello,Guillaume Gautreau Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques 2024, Jun 2024, Toulouse, France. , Nextcloud, https://nextcloud.inrae.fr/s/An986qpn6CqCQek Poster de conférence hal-04673896v1
CroCoDeEL : accurate detection of cross-sample contamination in metagenomic data Lindsay Goulet,Florian Plaza Oñate,Pauline Barbet,Edi Prifti,Eugeni Beldaet al. 10th International Human Microbiome Consortium Congress, Jun 2024, Rome, Italy. Poster de conférence hal-04634008v1
Towards a machine learning approach for automated detection of well-to-well contamination in metagenomic data Lindsay Goulet,Florian Plaza Oñate,Edi Prifti,Eugeni Belda,Emmanuelle Le Chatelieret al. 31st Annual Intelligent Systems For Molecular Biology and the 22nd Annual European Conference on Computational Biology ( ECCB/ISMB 2023 ), Jul 2023, Lyon, France Poster de conférence hal-04177345v1
Towards a machine learning approach for automated detection of well-to-well contamination in metagenomics data Lindsay Goulet,Florian Plaza Oñate,Edi Prifti,Eugeni Belda,Emmanuelle Le Chatelieret al. Congrès Junior Pluridisciplinaire 2023, Jun 2023, Gif-sur-Yvette, France Poster de conférence hal-04179293v1
Extensive benchmark of machine learning methods for quantitative microbiome data Sébastien Fromentin,Florian Plaza Oñate,Nicolas Maziers,Samar Berreira Ibraim,Guillaume Gautreauet al. JOBIM, Jul 2021, Paris, France Poster de conférence hal-04163473v1
PanGBank: exploring GenBank genomes through a resource of pangenome graphs Paul Amours,Adelme Bazin,Guillaume Gautreau,Mathieu Dubois,Laura Burlotet al. JOBIM 2020 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2020, Montpellier (virtual), France Poster de conférence hal-04360000v1
PanGBank: depicting microbial species diversity via PPanGGOLiN Guillaume Gautreau,Adelme Bazin,Rémi Planel,Mathieu Gachet,Mathieu Duboiset al. JOBIM 2019 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France Poster de conférence hal-04358380v1
Comparative microbial pangenomics to explore mobilome dynamics Adelme Bazin,Guillaume Gautreau,Claudine Médigue,Alexandra Calteau,David Vallenet JOBIM 2019 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France Poster de conférence hal-04358338v1
MicroScope: an integrated platform for the annotation and exploration of microbial gene functions through genomic and metabolic comparative analysis David Vallenet,Alexandra Calteau,Mathieu Dubois,Mylène Beuvin,Laura Burlotet al. JOBIM 2019 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France Poster de conférence hal-04358357v1
MicroScope: an integrated platform for the annotation and exploration of microbial gene functions through genomic and metabolic comparative analysis David Vallenet,Alexandra Calteau,Mathieu Dubois,Aurélie Lajus,David Rocheet al. International symposium on environmental and agronomical genomics, Nov 2018, Paris, France Poster de conférence hal-04357657v1
MicroScope: an integrated platform for the annotation and exploration of microbial gene functions through genomic and metabolic comparative analysis Claudine Médigue,Alexandra Calteau,Stéphane Cruveiller,Mathieu Gachet,Guillaume Gautreauet al. JOBIM 2018 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France Poster de conférence hal-04356218v1
SPADEVizR: an R package for Visualization, Analysis and Integration of SPADE results Guillaume Gautreau,David Pejoski,Roger Le Grand,Antonio Cosma,Anne-Sophie Beignonet al. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) 2016, Jun 2016, Lyon, France. ⟨10.7490/f1000research.1112446.1⟩ Poster de conférence hal-04862508v1
Genome assembly using Nanopore-guided Long and Error-free DNA reads Guillaume Gautreau,Mohammed‐amin Madoui,Stefan Engelen,Adriana A. Alberti,Caroline Belseret al. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques 2015, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France Poster de conférence hal-04862540v1

Pré-publication, Document de travail (2)

CroCoDeEL: accurate control-free detection of cross-sample contamination in metagenomic data Lindsay Goulet,Florian Plaza Oñate,Alexandre Famechon,Benoît Quinquis,Eugeni Beldaet al. 2025 Pré-publication, Document de travail hal-04902208v1
Un droit unique de la Santé Guillaume Gautreau 2023 Pré-publication, Document de travail hal-04747042v1

Article dans une revue (9)

Cybercriminalité en santé : la réponse aux « divulgiciels » Guillaume Gautreau Droit, Santé et Société [Journal de médecine légale, droit médical, victimologie, dommage corporel. Série E], 2024, ⟨10.3917/dsso.112.0026⟩ Article dans une revue hal-04812193v1
COVIDiSTRESS Global Survey dataset on psychological and behavioural consequences of the COVID-19 outbreak Yuki Yamada,Dominik-Borna Ćepulić,Tao Coll-Martín,Stéphane Debove,Guillaume Gautreauet al. Scientific Data , 2021, 8 (1), pp.3. ⟨10.1038/s41597-020-00784-9⟩ Article dans une revue (data paper) hal-04329100v1
Stress and worry in the 2020 coronavirus pandemic: relationships to trust and compliance with preventive measures across 48 countries in the COVIDiSTRESS global survey Andreas Lieberoth,Shiang-Yi Lin,Sabrina Stöckli,Hyemin Han,Marta Kowalet al. Royal Society Open Science, 2021, 8 (2), ⟨10.1098/rsos.200589⟩ Article dans une revue hal-04329116v1
PPanGGOLiN: Depicting microbial diversity via a partitioned pangenome graph Guillaume Gautreau,Adelme Bazin,Mathieu Gachet,Rémi Planel,Laura Burlotet al. PLoS Computational Biology, 2020, ⟨10.1371/journal.pcbi.1007732⟩ Article dans une revue hal-03089210v1
panRGP: a pangenome-based method to predict genomic islands and explore their diversity Adelme Bazin,Guillaume Gautreau,Claudine Médigue,David Vallenet,Alexandra Calteau Bioinformatics, 2020, 36 (Supplément 2), pp.i651 - i658. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa792⟩ Article dans une revue hal-03322363v1
MicroScope: an integrated platform for the annotation and exploration of microbial gene functions through genomic, pangenomic and metabolic comparative analysis David Vallenet,Alexandra Calteau,Mathieu Dubois,Paul Amours,Adelme Bazinet al. Nucleic Acids Research, 2019, 48 (D1), pp.D579-D589. ⟨10.1093/nar/gkz926⟩ Article dans une revue hal-02403170v1
MicroScope—an integrated resource for community expertise of gene functions and comparative analysis of microbial genomic and metabolic data Claudine Médigue,Alexandra Calteau,Stéphane Cruveiller,Mathieu Gachet,Guillaume Gautreauet al. Briefings in Bioinformatics, 2019, 20 (4), pp.1071-1084. ⟨10.1093/bib/bbx113⟩ Article dans une revue hal-02626039v1
A computational approach for phenotypic comparisons of cell populations in high-dimensional cytometry data Ludovic Platon,David Pejoski,Guillaume Gautreau,Brice Targat,Roger Le Grandet al. MethodsX, 2017, ⟨10.1016/j.ymeth.2017.09.005⟩ Article dans une revue hal-02386051v1
SPADEVizR: an R package for Visualization, Analysis and Integration of SPADE results Guillaume Gautreau,David Pejoski,Roger Le Grand,Antonio Cosma,Anne-Sophie Beignonet al. Bioinformatics, 2017, pp.btw708. ⟨10.1093/bioinformatics/btw708⟩ Article dans une revue hal-02385937v1

Thèse (1)

Conceptualisation et exploitation d’un graphe de pangénome partitionné comme représentation compacte de la diversité du répertoire génique des espèces procaryotes Guillaume Gautreau Génomique, Transcriptomique et Protéomique [q-bio.GN]. Université Paris-Saclay, 2020. Français. ⟨NNT : 2020UPASE001⟩ Thèse tel-02933311v1