Gwenael Piganeau

Identifiants chercheurs

IdHAL :

gwenael-piganeau

ORCID :

0000-0002-9992-4187

IdRef :

070291098

ResearcherID :

http://www.researcherid.com/rid/C-7600-2011

Présentation

Le picophytoplancton comprend les plus petits eucaryotes photosynthétiques qui sont à la base de nombreux écosystèmes marins. Avec des cellules de diamètre inférieur à 2 μm, une organisation cellulaire simple et des génomes haploïdes compacts, ces picoalgues sont des organismes modèles idéaux pour étudier les signatures génomiques des adaptations et des interactions. La plupart des communautés naturelles de picophytoplancton sont les hôtes de virus, dont les prasinovirus, de très grands virus à ADN qui font partie de la famille des virus géants. Mon équipe contribue à la mise en place de ressources biologiques et génomiques de nombreuses picoalgues de la lignée verte (classe des Mamiellophyceae) ainsi que leurs virus, principalement de la Méditerranée, mais également dans le monde entier via nos collaborations. Mes projets de recherche reposent sur des approches de biologie intégrative en combinant des analyses expérimentales et bioinformatiques pour répondre à deux types de problématiques:(1) celle de l'origine et l'évolution de la diversité génétique de ces systèmes biologiques, et sa relation avec les facteurs biotiques et abiotiques.(2) celle des interactions phytoplancton – virus, à la fois sur de longues périodes évolutives par l’analyse des génomes de microalgue - prasinovirus phylogénétiquement divergents, et sur de courtes échelles évolutives en utilisant des approches d’évolution expérimentale.

Publications

Article dans une revue (49)

Low Mutation Rate and Atypical Mutation Spectrum in Prasinoderma coloniale : Insights From an Early Diverging Green Lineage Lisa Mettrop,Anna Lipzen,Celine Vandecasteele,Camille Eché,Anaïs Labécotet al. Genome Biology and Evolution, 2025, 17 (3), pp.evaf026. ⟨10.1093/gbe/evaf026⟩ Article dans une revue hal-05050324v1
Unveiling Prasinovirus diversity and host specificity through targeted enrichment in the South China Sea Julie Thomy,Frederic Sanchez,Camille Prioux,Sheree Yau,Yangbing Xuet al. ISME Communications, 2024, 4 (1), ⟨10.1093/ismeco/ycae109⟩ Article dans une revue hal-04745739v1
Editorial: Algal symbiotic relationships in freshwater and marine environments Leila Tirichine,Gwenael Piganeau Frontiers in Plant Science, 2023, 14, ⟨10.3389/fpls.2023.1155759⟩ Article dans une revue (article de synthèse) hal-04284580v1
Validation of ‘Picochlorum costavermella Hemon & Grimsley’ nom. inval. (Trebouxiophyceae) isolated from the northwestern Mediterranean Sea. Marc Krasovec,Emmelien Vancaester,Stephane Rombauts,François Bucchini,Sheree Yauet al. Notulae algarum, 2023, 2023, pp.285 Article dans une revue hal-04295862v1
A high frequency of chromosomal duplications in unicellular algae is compensated by translational regulation Marc Krasovec,Rémy Merret,Frédéric Sanchez,Sophie Sanchez-Brosseau,Gwenaël Piganeau Genome Biology and Evolution, 2023, 15 (6), pp.evad086. ⟨10.1093/gbe/evad086⟩ Article dans une revue hal-04104946v1
Long-Term Stability of Bacterial Associations in a Microcosm of Ostreococcus tauri (Chlorophyta, Mamiellophyceae) Sophie Vacant,L. Felipe Benites,Christophe Salmeron,Laurent Intertaglia,Manon Norestet al. Frontiers in Plant Science, 2022, 13, ⟨10.3389/fpls.2022.814386⟩ Article dans une revue hal-03851575v1
Diversity and Evolution of Mamiellophyceae: Early-Diverging Phytoplanktonic Green Algae Containing Many Cosmopolitan Species Charmaine C M Yung,Elvira Rey Redondo,Frederic Sanchez,Sheree Yau,Gwenael Piganeau Journal of Marine Science and Engineering, 2022, 10 (2), ⟨10.3390/jmse10020240⟩ Article dans une revue hal-03870281v1
Priorities for ocean microbiome research Andre Abreu,Etienne Bourgois,Adam Gristwood,Romain Troublé,Silvia Acinaset al. Nature Microbiology, 2022, 7 (7), pp.937-947. ⟨10.1038/s41564-022-01145-5⟩ Article dans une revue hal-03781942v1
Combining Nanopore and Illumina Sequencing Permits Detailed Analysis of Insertion Mutations and Structural Variations Produced by PEG-Mediated Transformation in Ostreococcus tauri Julie Thomy,Frédéric Sanchez,Marta Gut,Fernando Cruz,Tyler Aliotoet al. Cells, 2021, 10 (3), pp.664. ⟨10.3390/cells10030664⟩ Article dans une revue hal-03190245v1
Evolutionary genomics of sex-related chromosomes at the base of the green lineage 2 L Felipe Benites,François Bucchini,Sophie Sanchez-Brosseau,Nigel Grimsley,Klaas Vandepoeleet al. Genome Biology and Evolution, 2021, ⟨10.1093/gbe/evab216/6380139⟩ Article dans une revue hal-03369980v1
Features of the Opportunistic Behaviour of the Marine Bacterium Marinobacter algicola in the Microalga Ostreococcus tauri Phycosphere Jordan Pinto,Raphaël Lami,Marc Krasovec,Regis Grimaud,Laurent Urioset al. Microorganisms, 2021, 9 (8), pp.1777. ⟨10.3390/microorganisms9081777⟩ Article dans une revue hal-03348932v1
Genome Resolved Biogeography of Mamiellales Jade Leconte,L. Felipe Felipe Benites,Thomas Vannier,Patrick Wincker,Gwenael Piganeauet al. Genes, 2020, 11 (1), pp.66. ⟨10.3390/genes11010066⟩ Article dans une revue hal-02505108v1
Virus-host coexistence in phytoplankton through the genomic lens Sheree Yau,Marc Krasovec,L. Felipe Felipe Benites,Stéphane Rombauts,Mathieu Groussinet al. Science Advances , 2020, 6 (14), pp.eaay2587. ⟨10.1126/sciadv.aay2587⟩ Article dans une revue hal-02557501v1
Metabolomic Insights into Marine Phytoplankton Diversity Rémy Marcellin-Gros,Gwenael Piganeau,Didier Stien Marine drugs, 2020, 18 (2), pp.78. ⟨10.3390/md18020078⟩ Article dans une revue hal-02466066v1
First Estimation of the Spontaneous Mutation Rate in Diatoms Marc Krasovec,Sophie Sanchez-Brosseau,Gwenael Piganeau Genome Biology and Evolution, 2019, 11 (7), pp.1829-1837. ⟨10.1093/gbe/evz130⟩ Article dans une revue hal-02978190v2
Single cell ecogenomics reveals mating types of individual cells and ssDNA viral infections in the smallest photosynthetic eukaryotes L. Felipe Felipe Benites,Nicole Poulton,Karine Labadie,Michael E. Sieracki,Nigel Grimsleyet al. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2019, 374 (1786), pp.20190089. ⟨10.1098/rstb.2019.0089⟩ Article dans une revue hal-02310726v1
A genomics approach reveals the global genetic polymorphism, structure, and functional diversity of ten accessions of the marine model diatom Phaeodactylum tricornutum Achal Rastogi,Fabio Rocha Jimenez Vieira,Anne-Flore Deton-Cabanillas,Alaguraj Veluchamy,Catherine Cantrelet al. The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2019, 14 (2), pp.347-363. ⟨10.1038/s41396-019-0528-3⟩ Article dans une revue hal-02364824v1
Genome Analyses of the Microalga Picochlorum Provide Insights into the Evolution of Thermotolerance in the Green Lineage Marc Krasovec,Emmelien Vancaester,Stéphane Rombauts,François Bucchini,Sheree Yauet al. Genome Biology and Evolution, 2018, 10 (9), pp.2347-2365. ⟨10.1093/gbe/evy167⟩ Article dans une revue (data paper) hal-03924023v1
Spontaneous mutation rate as a source of diversity for improving desirable traits in cultured microalgae Marc Krasovec,Sophie Sanchez-Brosseau,Nigel Grimsley,Gwenael Piganeau Algal Research - Biomass, Biofuels and Bioproducts, 2018, 35, pp.85-90. ⟨10.1016/j.algal.2018.08.003⟩ Article dans une revue hal-01957301v1
Fish larval recruitment to reefs is a thyroid hormone-mediated metamorphosis sensitive to the pesticide chlorpyrifos Guillaume Holzer,Marc Besson,Anne Lambert,Loïc François,Paul Barthet al. eLife, 2017, 6, pp.e27595. ⟨10.7554/eLife.27595⟩ Article dans une revue hal-01633712v1
Spontaneous Mutation Rate in the Smallest Photosynthetic Eukaryotes Marc Krasovec,Adam Eyre-Walker,Sophie Sanchez-Ferandin,Gwenael Piganeau Molecular Biology and Evolution, 2017, 34 (7), pp.1770-1779. ⟨10.1093/molbev/msx119⟩ Article dans une revue hal-01546014v1
Population genomics of picophytoplankton unveils novel chromosome hypervariability Romain Blanc-Mathieu,Marc Krasovec,Maxime Hebrard,Sheree Yau,Elodie Desgrangeset al. Science Advances , 2017, 3 (7), pp.e1700239. ⟨10.1126/sciadv.1700239⟩ Article dans une revue lirmm-01842137v1
A Viral Immunity Chromosome in the Marine Picoeukaryote, Ostreococcus tauri Sheree Yau,Claire Hemon,Evelyne Derelle,Hervé Moreau,Gwenaë L Piganeauet al. PLoS Pathogens, 2016, 12 (10), pp.e1005965. ⟨10.1371/journal.ppat.1005965⟩ Article dans une revue hal-01391068v1
Fitness Effects of Spontaneous Mutations in Picoeukaryotic Marine Green Algae Marc Krasovec,Adam Eyre-Walker,Nigel Grimsley,Christophe Salmeron,David Pecqueuret al. G3, 2016, 6, pp.2063 - 2071. ⟨10.1534/g3.116.029769⟩ Article dans une revue hal-03800071v1
Marinobacter Dominates the Bacterial Community of the Ostreococcus tauri Phycosphere in Culture Josselin Lupette,Raphaël Lami,Marc Krasovec,Nigel Grimsley,Hervé Moreauet al. Frontiers in Microbiology, 2016, 7, pp.1414. ⟨10.3389/fmicb.2016.01414⟩ Article dans une revue hal-01373902v1
The rate of adaptive evolution in animal mitochondria Jennifer E. James,Gwenael Piganeau,Adam Eyre-Walker Molecular Ecology, 2015, 25 (1), pp.67-78 ⟨10.1111/mec.13475⟩ Article dans une revue hal-01246333v1
Bacteria in Ostreococcus tauri cultures – friends, foes or hitchhikers? Sophie S Abby,Marie Touchon,Aurelien de Jode,Nigel Grimsley,Gwenael Piganeau Frontiers in Microbiology, 2014, 5, pp.505. ⟨10.3389/fmicb.2014.00505⟩ Article dans une revue hal-01321228v1
An improved genome of the model marine alga [i]Ostreococcus tauri[/i] unfolds by assessing Illumina [i]de novo[/i] assemblies Romain Blanc Mathieu,Bram Verhelst,Evelyne Derelle,Stephane Rombauts,Francois-Yves Bougetet al. BMC Genomics, 2014, 15, pp.1-11. ⟨10.1186/1471-2164-15-1103⟩ Article dans une revue hal-01130514v1
Community The Marine Microbial Eukaryote Transcriptome Sequencing Project (MMETSP): Illuminating the Functional Diversity of Eukaryotic Life in the Oceans through Transcriptome Sequencing Patrick J Keeling,Fabien Burki,Heather M. Wilcox,Bassem Allam,Eric E Allenet al. PLoS Biology, 2014, 12 (6), pp.e1001889. ⟨10.1371/journal.pbio.1001889⟩ Article dans une revue hal-01109521v1
Organellar Inheritance in the Green Lineage: Insights from Ostreococcus tauri Romain Blanc-Mathieu,Sophie Sanchez-Ferandin,Adam Eyre-Walker,Gwenael Piganeau Genome Biology and Evolution, 2013, 5 (8), pp.1503-1511. ⟨10.1093/gbe/evt106⟩ Article dans une revue hal-01579089v1
Morphology, Genome Plasticity, and Phylogeny in the Genus Ostreococcus Reveal a Cryptic Species, O. mediterraneus sp nov (Mamiellales, Mamiellophyceae) Lucie L. Subirana,Berangere B. Pequin,Stéphanie S. Michely,Marie-Line M.-L. Escande,Julie J. Meillandet al. Protist, 2013, 164 (5), pp.643 - 659. ⟨10.1016/j.protis.2013.06.002⟩ Article dans une revue istex hal-01004323v1
Evolution of Codon Usage In The Smallest Photosynthetic Eukaryotes And Their Giant Viruses S. Michely,E. Toulza,L. Subirana,J. Uwe,V. Cognatet al. Genome Biology, 2013, 5 (5), pp.848-859. ⟨10.1093/gbe/evt053⟩ Article dans une revue hal-00823210v1
Gene functionalities and genome structure in Bathycoccus prasinos reflect cellular specializations at the base of the green lineage Hervé Moreau,Bram Verhelst,Arnaud Couloux,Evelyne Derelle,Stephane Rombautset al. Genome Biology, 2012, 13 (8), pp.R74. ⟨10.1186/gb-2012-13-8-r74⟩ Article dans une revue hal-03160896v1
Analysis of the Global Ocean Sampling (GOS) Project for Trends in Iron Uptake by Surface Ocean Microbes Eve Toulza,Alessandro Tagliabue,Stéphane Blain,Gwenael Piganeau PLoS ONE, 2012, 7 (2), pp.e30931. ⟨10.1371/journal.pone.0030931⟩ Article dans une revue hal-03207284v1
Metagenomes of the picoalga Bathycoccus from the Chile coastal upwelling. Daniel Vaulot,Cécile Lepère,Eve Toulza,Rodrigo de La Iglesia,Julie Poulainet al. PLoS ONE, 2012, 7 (6), pp.e39648. ⟨10.1371/journal.pone.0039648⟩ Article dans une revue hal-00848707v1
Environmental and evolutionary genomics of microbial algae: power and challenges of metagenomics Eve Toulza,R. Blanc-Mathieu,Sébastien Gourbière,G. Piganeau Advances in Botanical Research, 2012, 64, pp.383-427. ⟨10.1016/b978-0-12-391499-6.00010-4⟩ Article dans une revue halsde-00823691v1
Marine prasinovirus genomes show low evolutionary divergence and acquisition of protein metabolism genes by horizontal gene transfer. Hervé Moreau,Gwenael Piganeau,Yves Desdevises,Richard Cooke,Evelyne Derelleet al. Journal of Virology, 2010, 84 (24), pp.12555-63. ⟨10.1128/JVI.01123-10⟩ Article dans une revue hal-00787391v1
Cryptic Sex in the Smallest Eukaryotic Marine Green Alga N. Grimsley,B. Pequin,Charles Bachy,H. Moreau,G. Piganeau Molecular Biology and Evolution, 2009, 27 (1), pp.47-54. ⟨10.1093/molbev/msp203⟩ Article dans une revue hal-04273357v1
Life-Cycle and Genome of OtV5, a Large DNA Virus of the Pelagic Marine Unicellular Green Alga Ostreococcus tauri Evelyne Derelle,Conchita Ferraz,Marie-Line Escande,Sophie Eychenié,Richard Cookeet al. PLoS ONE, 2008, 3 (5), pp.e2250. ⟨10.1371/journal.pone.0002250⟩ Article dans une revue hal-02114367v1
Clues about the genetic basis of adaptation emerge from comparing the proteomes of two Ostreococcus ecotypes (Chlorophyta, Prasinophyceae). Séverine Jancek,Sébastien Gourbière,Hervé Moreau,Gwenaël Piganeau Molecular Biology and Evolution, 2008, 25 (11), pp.2293-300. ⟨10.1093/molbev/msn168⟩ Article dans une revue halsde-00459220v1
Picoeukaryotic sequences in the Sargasso Sea metagenome Gwenael Piganeau,Yves Desdevises,Evelyne Derelle,Herve Moreau Genome Biology, 2008, 9 (1), pp.R5. ⟨10.1186/gb-2008-9-1-r5⟩ Article dans une revue hal-03160852v1
The tiny eukaryote Ostreococcus provides genomic insights into the paradox of plankton speciation Brian Palenik,Jane Grimwood,Andrea Aerts,Pierre Rouzé,Asaf Salamovet al. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2007, 104 (18), pp.7705-7710. ⟨10.1073/pnas.0611046104⟩ Article dans une revue hal-03160904v1
Genome analysis of the smallest free-living eukaryote Ostreococcus tauri unveils many unique features. Evelyne Derelle,Conchita Ferraz,Stephane Rombauts,Pierre Rouzé,Alexandra Z Wordenet al. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2006, 103 (31), pp.11647-52. ⟨10.1073/pnas.0604795103⟩ Article dans une revue hal-00164247v1
Vanishing GC-Rich Isochores in Mammalian Genomes L. Duret,M. Sémon,G. Piganeau,Dominique Mouchiroud,N. Galtier Genetics, 2002, 162, pp.1837-1848 Article dans une revue hal-00427269v1
Hill-Robertson interference is a minor determinant of variations in codon bias across Drosophila melanogaster and Caenorhabditis elegans genomes Gabriel Marais,G. Piganeau Molecular Biology and Evolution, 2002, 19, pp.1399-1406 Article dans une revue hal-00427287v1
Expected Relationship Between the Silent Substitution Rate and the GC Content: Implications for the Evolution of Isochores G. Piganeau,Dominique Mouchiroud,L. Duret,Christian Gautier Journal of Molecular Evolution, 2002, 54, pp.129-133 Article dans une revue hal-00427292v1
Multiplicative versus additive selection in relation to genome evolution: a simulation study G. Piganeau,R. Westrelin,B. Tourancheau,Christian Gautier Genetical Research, 2001, 78, pp.171-175 Article dans une revue hal-00427144v1
GC-content evolution in mammalian genomes: the biased gene conversion hypothesis N. Galtier,G. Piganeau,Dominique Mouchiroud,L. Duret Genetics, 2001, 159, pp.907-911 Article dans une revue hal-00427173v1
High copy numbers of multiple transposable element families in an Australian population of Drosophila simulans Cristina Vieira,G. Piganeau,C. Biemont Genetical Research, 2000, 76, pp.117-119 Article dans une revue hal-00427118v1