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Hubert Charles

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Identifiants chercheurs

Présentation

Etat Civil ========== *Date et lieu de naissance* : 3 novembre 1969 à Paris XIème *Situation familiale* : marié, 2 enfants *Adresse personnelle* : 38, rue Guillaume Apollinaire 69330 Meyzieu Tel: 06 31 06 75 04 **Site personnel** : [La biodiversité derrière ma porte ](http://biodiversite-derriere-ma-porte.fr) ou retrouvez-moi sur [iNaturalist](https://www.inaturalist.org/lifelists/hub69330?view=tree&details_view=observations&tree_mode=full_taxonomy) *Adresse professionnelle* : Laboratoire de Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), UMR INRA/INSA de Lyon 203, INSA Bât Louis Pasteur, 69 621 Villeurbanne. Tel : 04-72-43-80-74, Email : hubert.charles@insa-lyon.fr Grades et Titres ================ > **2018 :** Chevalier dans l’ordre des Palmes académiques (09/01/2018) > > **2012 :** Professeur des Universités. UMR BF2I, INRA, INSA-Lyon 203. Section CNU 65-Biologie Cellulaire. > > **2007** : Qualification aux fonctions de Professeur des Universités en sections CNU 65-Biologie Cellulaire (07165178138), 67-Biologie des Populations et écologie (07167178138) et 68-Biologie des organismes (07168178138). > > **2006** : Habilitation à Diriger des Recherches soutenue le 12 avril 2006 à l’INSA de Lyon. Analyse du transcriptome de *Buchnera aphidicola*, la bactérie symbiotique du puceron *Acyrthosiphon pisum*. > > **Depuis le** **1er octobre 1998 :** Maître de Conférences. Laboratoire de Biologie Fonctionnelle Insectes et Interactions (Directeur, Y. Rahbé), Titularisation le 01/09/99. > > **1998** : Stage Post-Doctoral d’avril à septembre. UMR CNRS 5558, Université Claude Bernard Lyon 1 (équipe de M. Gouy). *Sujet* : Méthodologie de reconstruction phylogénétique dans les symbioses intracellulaires (à fort taux de A+T et forte vitesse évolutive). > > **1997** : Stage Post-Doctoral d’octobre 97 à mars 98. Zoological Institute, Université de Tokyo, (équipe du Pr. H. Ishikawa). *Sujet* : Carte physique du génome de *Buchnera aphidicola*. > > **1997** : Thèse de Doctorat (Laboratoire de Biologie Appliquée INSA 406). Félicitations du Jury – Prix Malotau de Guerne 1997. Moniteur à l’Université Claude Bernard Lyon 1 (Biomathématiques). > > **1994** : DEA : «Analyse et Modélisation des Systèmes Biologiques». Mention Très Bien. > > **1993** : Professeur du Contingent en Biologie au Lycée militaire d’Autun. > > **1992** : INSA de Lyon, département de Biochimie. Diplôme d'ingénieur biochimiste. > > **1989** : Premier cycle INSA en section Sport-Etudes (Handball).
Civil status ============ *Date and place of birth* : November 3, 1969 in Paris XIth *Family status* : married, 2 children *Personal address* : 38, rue Guillaume Apollinaire 69330 Meyzieu Tel: 06 31 06 75 04 **Personnal website** : [La biodiversité derrière ma porte](http://biodiversite-derriere-ma-porte.fr) or find me at [iNaturalist](https://www.inaturalist.org/lifelists/hub69330?view=tree&details_view=observations&tree_mode=full_taxonomy) *Professional address* : Laboratoire de Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), UMR INRA/INSA de Lyon 203, INSA Bât Louis Pasteur, 69 621 Villeurbanne. Tel : 04-72-43-80-74, Email : hubert.charles@insa-lyon.fr Degrees and titles ================== **2018** : Knight in the order of the Academic Palms (09/01/2018) **2012** : Professor UMR BF2I, INRA, INSA-Lyon 203. Section CNU 65-Cellular Biology. **2007** : Qualification as University Professor in CNU sections 65-Cellular Biology (07165178138), 67-Population Biology and Ecology (07167178138) and 68-Organism Biology (07168178138). **2006** : Habilitation to supervise research defended on April 12, 2006 at INSA Lyon. Analysis of the transcriptome of *Buchnera aphidicola*, the symbiotic bacterium of the aphid *Acyrthosiphon pisum*. **Since October 1, 1998**: Senior Lecturer. Laboratory of Functional Biology of Insects and Interactions (Director, Y. Rahbé), Tenure on 01/09/99. **1998** : Post-Doctoral internship from April to September. UMR CNRS 5558, University Claude Bernard Lyon 1 (M. Gouy's team). Subject : Methodology of phylogenetic reconstruction in intracellular symbioses (with high A+T rate and high evolutionary speed). **1997** : Post-Doctoral internship from October 97 to March 98. Zoological Institute, University of Tokyo, (team of Pr. H. Ishikawa). Subject : Physical map of the genome of *Buchnera aphidicola*. **1997** : PhD thesis (Laboratory of Applied Biology INSA 406). Congratulations of the Jury - Malotau de Guerne Prize 1997. Instructor at the University Claude Bernard Lyon 1 (Biomathematics). **1994** : DEA : "Analysis and Modeling of Biological Systems". Mention Very Good. **1993** : Professor of Biology at the Lycée militaire of Autun. **1992** : INSA of Lyon, department of Biochemistry. Diploma of biochemical engineer. **1989** : First cycle INSA in Sport-Etudes section (Handball).

Publications

federica-calevro
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Bacteriocyte plasticity in pea aphids facing amino acid stress or starvation during development

Mélanie Ribeiro Lopes , Karen Gaget , François Renoz , Marie-Gabrielle Duport , Severine Balmand
Frontiers in Physiology, 2022, 13, pp.982920. ⟨10.3389/fphys.2022.982920⟩
Article dans une revue hal-04014003v1
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Cytotype Affects the Capability of the Whitefly Bemisia tabaci MED Species To Feed and Oviposit on an Unfavorable Host Plant

Sylvain Benhamou , Isabelle Rahioui , Hélène Henri , Hubert Charles , Pedro da Silva
mBio, 2021, 12 (6), pp.1-16. ⟨10.1128/mBio.00730-21⟩
Article dans une revue hal-03432050v1
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Evolutionary novelty in the apoptotic pathway of aphids

Mélanie Ribeiro Lopes , Nicolas Parisot , Karen Gaget , Cissy Huygens , Sergio Peignier
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2020, 117 (51), pp.32545-32556. ⟨10.1073/pnas.2013847117⟩
Article dans une revue hal-03052353v1
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Drosophila-associated bacteria differentially shape the nutritional requirements of their host during juvenile growth

Jessika Consuegra , Théodore Grenier , Patrice Baa-Puyoulet , Isabelle Rahioui , Houssam Akherraz
PLoS Biology, 2020, 18 (3), pp.e3000681. ⟨10.1371/journal.pbio.3000681⟩
Article dans une revue hal-02919023v1
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Sawfly genomes reveal evolutionary acquisitions that fostered the mega-radiation of parasitoid and eusocial Hymenoptera

Jan Philip Oeyen , Patrice Baa-Puyoulet , Joshua Benoit , Leo Beukeboom , Erich Bornberg-Bauer
Genome Biology and Evolution, 2020, 12 (7), pp.1099-1118. ⟨10.1093/gbe/evaa106⟩
Article dans une revue hal-02618254v1
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Bacteriocyte cell death in the pea aphid/ Buchnera symbiotic system

Pierre Simonet , Karen Gaget , Severine Balmand , Mélanie Ribeiro Lopes , Nicolas Parisot
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2018, 115 (8), pp.E1819 - E1828. ⟨10.1073/pnas.1720237115⟩
Article dans une revue hal-01768487v1
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Bacteriocyte Reprogramming to Cope With Nutritional Stress in a Phloem Sap Feeding Hemipteran, the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum

Stefano Colella , Nicolas Parisot , Pierre Simonet , Karen Gaget , Gabrielle Duport
Frontiers in Physiology, 2018, 9, pp.1498. ⟨10.3389/fphys.2018.01498⟩
Article dans une revue hal-01905508v1
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Direct flow cytometry measurements reveal a fine-tuning of symbiotic cell dynamics according to the host developmental needs in aphid symbiosis

Pierre Simonet , Gabrielle Duport , Karen Gaget , Michèle Weiss-Gayet , Stefano Colella
Scientific Reports, 2016, 6, pp.19967. ⟨10.1038/srep19967⟩
Article dans une revue hal-01352561v1
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Disruption of phenylalanine hydroxylase reduces adult lifespan and fecundity, and impairs embryonic development in parthenogenetic pea aphids

Pierre Simonet , Karen Gaget , Nicolas Parisot , Gabrielle Duport , Marjolaine Rey
Scientific Reports, 2016, 6, pp.1-12. ⟨10.1038/srep34321⟩
Article dans une revue hal-01388523v1
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ArthropodaCyc: a CycADS powered collection of BioCyc databases to analyse and compare metabolism of arthropods

Patrice Baa-Puyoulet , Nicolas Parisot , Gérard Febvay , Jaime Huerta-Cepas , Augusto F Vellozo
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2016, pp.1-9. ⟨10.1093/database/baw081⟩
Article dans une revue hal-01352558v1
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New insight into the RNA interference response against cathepsin-L gene in the pea aphid, Acyrthosiphon pisum: Molting or gut phenotypes specifically induced by injection or feeding treatments.

Panagiotis Sapountzis , Gabrielle Duport , Severine Balmand , Karen Gaget , Stéphanie Jaubert-Possamai
Insect Biochemistry and Molecular Biology, 2014, 51, to be published. ⟨10.1016/j.ibmb.2014.05.005⟩
Article dans une revue hal-01002574v1
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Genomic analysis of the regulatory elements and links with intrinsic DNA structural properties in the shrunken genome of Buchnera

Lilia Brinza , Federica Calevro , Hubert Charles
BMC Genomics, 2013, 14 (1), pp.73. ⟨10.1186/1471-2164-14-73⟩
Article dans une revue hal-00788161v1
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Tyrosine pathway regulation is host-mediated in the pea aphid symbiosis during late embryonic and early larval development

Andréane Rabatel , Gérard Febvay , Karen Gaget , Gabrielle Duport , Patrice Baa-Puyoulet
BMC Genomics, 2013, 14 (1), pp.235. ⟨10.1186/1471-2164-14-235⟩
Article dans une revue hal-00824527v1
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A genomic reappraisal of symbiotic function in the aphid/buchnera symbiosis: reduced transporter sets and variable membrane organisations.

Hubert Charles , Severine Balmand , Araceli Lamelas , Ludovic Cottret , Vicente Pérez-Brocal
PLoS ONE, 2011, 6 (12), pp.e29096. ⟨10.1371/journal.pone.0029096⟩
Article dans une revue hal-00659506v1
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CycADS: an annotation database system to ease the development and update of BioCyc databases.

Augusto F Vellozo , Amélie S Véron , Patrice Baa-Puyoulet , Jaime Huerta-Cepas , Ludovic Cottret
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2011, 2011, pp.bar008. ⟨10.1093/database/bar008⟩
Article dans une revue hal-00632965v1
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Multimodal dynamic response of the Buchnera aphidicola pLeu plasmid to variations in leucine demand of its host, the pea aphid Acyrthosiphon pisum.

José Viñuelas , Gérard Febvay , Gabrielle Duport , Stefano Colella , Jean-Michel Fayard
Molecular Microbiology, 2011, 81 (5), pp.1271-1285. ⟨10.1111/j.1365-2958.2011.07760.x⟩
Article dans une revue hal-00746846v1
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Structure and dynamics of the operon map of Buchnera aphidicola sp. strain APS.

Lilia Brinza , Federica Calevro , Gabrielle Duport , Karen Gaget , Christian Gautier
BMC Genomics, 2010, 11 (666), pp.666. ⟨10.1186/1471-2164-11-666⟩
Article dans une revue hal-00632959v1
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Genome Sequence of the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum

Iagc The International Aphid Genomics Consortium , Federica Calevro , Hubert Charles , Stefano Colella , Gérard Febvay
PLoS Biology, 2010, 8 (2), pp.e1000313. ⟨10.1371/journal.pbio.1000313⟩
Article dans une revue hal-00459970v1

Genomic insight into the amino acid relations of the pea aphid, Acyrthosiphon pisum, with its symbiotic bacterium Buchnera aphidicola.

A. C. C. Wilson , P. D. Ashton , Federica Calevro , H. Charles , Stefano Colella
Insect Molecular Biology, 2010, 19 Suppl 2 (S2), pp.249-58. ⟨10.1111/j.1365-2583.2009.00942.x⟩
Article dans une revue hal-00539196v1

Un vieux couple inséparable à la conquête des plantes vasculaires : le puceron et Buchnera, sa bactérie symbiotique

Yvan Rahbé , Gérard Febvay , Stefano Colella , Hubert Charles , Federica Calevro
Comptes Rendus de l'Académie d'Agriculture de France, 2009, 95 (5), pp.78-78
Article dans une revue hal-02657684v1
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Impact of host developmental age on the transcriptome of the symbiotic bacterium Buchnera aphidicola in the pea aphid (Acyrthosiphon pisum).

John Bermingham , Andréane Rabatel , Federica Calevro , José Viñuelas , Gérard Febvay
Applied and Environmental Microbiology, 2009, 75 (22), pp.7294-7. ⟨10.1128/AEM.01472-09⟩
Article dans une revue hal-00445867v1

Systemic analysis of the symbiotic function of Buchnera aphidicola, the primary endosymbiont of the pea aphid Acyrthosiphon pisum.

Lilia Brinza , José Viñuelas , Ludovic Cottret , Federica Calevro , Yvan Rahbé
Comptes Rendus Biologies, 2009, 332 (11), pp.1034-49. ⟨10.1016/j.crvi.2009.09.007⟩
Article dans une revue hal-00445861v1
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Conservation of the links between gene transcription and chromosomal organization in the highly reduced genome of Buchnera aphidicola.

José Viñuelas , Federica Calevro , Didier Remond , Jacques Bernillon , Yvan Rahbé
BMC Genomics, 2007, 8, pp.143. ⟨10.1186/1471-2164-8-143⟩
Article dans une revue hal-00373371v1

Unis pour survivre : les pucerons et leurs bactéries symbiotiques

Yvan Rahbé , H. Charles , Federica Calevro , Jean-Christophe Simon , C. Rispe
Biofutur, 2007, 279, pp.49-52
Article dans une revue hal-00391504v1
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Different levels of transcriptional regulation due to trophic constraints in the reduced genome of Buchnera aphidicola APS

N. Reymond , Federica Calevro , J. Vinuelas , N. Morin , Yvan Rahbé
Applied and Environmental Microbiology, 2006, 72 (12), pp.7760-7766. ⟨10.1128/AEM.01118-06⟩
Article dans une revue hal-00391509v1
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Codon usage bias and tRNA over-expression in Buchnera aphidicola after aromatic amino acid nutritional stress on its host Acyrthosiphon pisum

H. Charles , Federica Calevro , J. Vinuelas , J.M. Fayard , Yvan Rahbé
Nucleic Acids Research, 2006, 34 (16), pp.4583-4592. ⟨10.1093/nar/gkl597⟩
Article dans une revue hal-00391277v1
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SITRANS: a web information system for microarray experiments

Frederique Laforest , A. Tchounikine , T. Chaari , H. Charles , Federica Calevro
Studies in Health Technology and Informatics, 2005, 116, pp.33-38
Article dans une revue hal-00391451v1

Bioinformatique des puces à ADN et application à l'analyse du transcriptome de Buchnera aphidicola

H. Charles , Federica Calevro , N. Reymond , Yvan Rahbé , G. Febvay
L'Echo des Puys, INRA Clermont-Ferrand, 2005, 79, pp.6
Article dans une revue hal-00391275v1

ROSO : Research on Optimized Oligonucleotide Probes for Microarrays

N. Reymond , H. Charles , L. Duret , Federica Calevro , G. Beslon
Bioinformatics, 2004, 20, pp.271-273
Article dans une revue hal-00427641v1

Assessment of 35mer amino-modified oligonucleotide based microarray with bacterial samples.

Federica Calevro , Hubert Charles , Nancie Reymond , Vincent Dugas , Jean-Pierre Cloarec
Journal of Microbiological Methods, 2004, 57 (2), pp.207-18. ⟨10.1016/j.mimet.2004.01.009⟩
Article dans une revue hal-00402180v1

Study of host-symbionts coevolution in the whitefly Bemisia tabaci: an experimental evolution approach

Hubert Charles , Hélène Henri , Zainab Belgaidi , Isabelle Rahioui , Karen Gaget
13e Rencontre du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2023, Villeurbanne, France
Communication dans un congrès hal-04524543v1

Modélisation du métabolisme et des interactions symbiotiques chez les pucerons

Léo Gerlin , Patrice Baa-Puyoulet , Federica Calevro , Hubert Charles
Journée de l'Enjeu Santé Globale et Bioingénierie de l'INSA, Apr 2023, Villeurbane, France
Communication dans un congrès hal-04121080v1

A genome-wide annotation of transcription factors in the pea aphid, Acyrthosiphon pisum, and the related database, ATFdb

Nicolas Parisot , Mélanie Ribeiro Lopes , Hubert Charles , Sergio Peignier , Patrice Baa-Puyoulet
BAPOA 2023 - 13e Rencontre du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés, Nov 2023, Villeurbanne, France
Communication dans un congrès hal-04524595v1

Deciphering growth/nutrition dynamics at the aphid – symbiont interface through metabolic modeling

Leo Gerlin , Patrice Baa-Puyoulet , Karen Gaget , Isabelle Rahioui , Marie-Gabrielle Duport
3e Rencontre du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2023, Villeurbanne, France
Communication dans un congrès hal-04524579v1

Plasticity of bacteriocytes facing nutritional stresses in the pea aphid development.

Mélanie Ribeiro Lopes , Karen Gaget , François Renoz , Marie-Gabrielle Duport , Severine Balmand
12. Rencontre du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), May 2022, Nice, France
Communication dans un congrès hal-03741301v1

Analysis of the Inhibitor of aPoptosis (IAP) repertoire in insects reveals a complex pattern of gene losses and amplifications

Mélanie Ribeiro Lopes , Nicolas Parisot , Sergio Peignier , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport
Webinaires BAPOA 2021, 2021, Villeurbanne (virtual), France
Communication dans un congrès hal-03514209v1

Role of symbionts in insects’ ecological diversification: cytotype influences exploitation of an unfavorable host plant in the sap-feeder Bemisia tabaci

Sylvain Benhamou , Isabelle Rahioui , Hélène Henri , Hubert Charles , Pedro da Silva
DECRYPthèse E2M2 Edition 20, May 2021, Villeurbanne, France
Communication dans un congrès hal-03514227v1

Role of symbionts in insects’ ecological diversification: cytotype influences exploitation of an unfavorable host plant in the whitefly Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae)

Sylvain Benhamou , Isabelle Rahioui , Hélène Henri , Hubert Charles , Pedro da Silva
G-RREMI 2021 - Groupe Régional de Recherche en Microbiologie des Interactions, 2021, Villeurbanne (virtual), France
Communication dans un congrès hal-03514239v1

Intégration de données multi-omiques pour l’identification d’enzymes clés du métabolisme lipidique chez l’espèce sentinelle Gammarus fossarum

Natacha Koenig , Patrice Baa-Puyoulet , Maxime Leprêtre , Jean-Charles Gaillard , J. Armengaud
GDR Ecotoxicologie, Nov 2021, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-03810311v1

Analysis of the inhibitor of aPoptosis (IAP) repertoire in insects reveals a complex pattern of gene losses and amplifications

Mélanie Ribeiro Lopes , Jousselin Emmanuelle , Patrice Baa-Puyoulet , C. Huygens , Karen Gaget
Incontri di diversità delle forme e degli animali, Università di Pisa, 2021, Pisa, Italy
Communication dans un congrès hal-03514196v1

Role of symbionts in insects' ecological diversification: cytotype influences exploitation of an unfavorable host plant in the sap-feeder Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae).

Sylvain Benhamou , Isabelle Rahioui , Hélène Henri , Hubert Charles , Pedro da Silva
DECRYPthèse E2M2, May 2021, Villeurbanne, France
Communication dans un congrès hal-03927225v1

IAP (Inhibitor-of-Apoptosis Protein) gene family expansion and functional diversification in aphids

Mélanie Ribeiro Lopes , Nicolas Parisot , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Abdelaziz Heddi
UK-France joint Meeting Aphid Special Interest Group – BAPOA, Apr 2019, Rothamsted, United Kingdom
Communication dans un congrès hal-03512999v1

Another way to die for bacteriocytes in the aphid/Buchnera symbiotic system

Mélanie Ribeiro Lopes , Pierre Simonet , Karen Gaget , Severine Balmand , Kurt Buhler
Journée des doctorants du département SPE, Jun 2018, Nice, France
Communication dans un congrès hal-03510629v1

Bacteriocyte reprogramming to cope with nutritional stress in a phloem sap feeding hemipteran, the pea aphid Acyrthosiphon pisum

Nicolas Parisot , Mélanie Ribeiro Lopes , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Patrice Baa-Puyoulet
France-Israel PRC Meeting – The role of metabolic interactions in shaping the bacterial endosymbiotic community of Hemyptera, Nov 2018, Villeurbanne, France
Communication dans un congrès hal-03514051v1

AphidCyc, une collection de bases de données métaboliques dédiée à l'étude et la comparaison du métabolisme chez les pucerons

Patrice Baa-Puyoulet , Hubert Charles , Federica Calevro
11ème Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2018, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-03510642v1

Rôle clé du bactériocyte dans la résilience du puceron aux stress nutritionnels

Federica Calevro , Nicolas Parisot , Mélanie Ribeiro Lopes , Stefano Colella , Karen Gaget
11ème Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2018, Rennes, France
Communication dans un congrès hal-03514026v1

A novel cell death process is involved in the elimination of bacteriocytes and their symbionts through aphid aging

Mélanie Ribeiro Lopes , Pierre Simonet , Karen Gaget , Severine Balmand , Nicolas Parisot
France-Israel PRC Meeting – The role of metabolic interactions in shaping the bacterial endosymbiotic community of Hemyptera, Nov 2018, Villeurbanne, France
Communication dans un congrès hal-03514078v1

Bacteriocyte reprogramming to cope with nutritional stress in a phloem sap feeding hemipteran, the pea aphid Acyrthosiphon pisum

Nicolas Parisot , Stefano Colella , Mélanie Ribeiro Lopes , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport
International Partner Days, Oct 2018, Villeurbanne (INSA-Lyon), France
Communication dans un congrès hal-03514034v1

Expansion of genes encoding Apoptosis Inhibitor Proteins (IAPs) and their role in a novel bacteriocyte cell death process in aphid symbiosis

Mélanie Ribeiro Lopes , Nicolas Parisot , Karen Gaget , Pierre Simonet , Severine Balmand
22. Evolutionary Biology Meeting, Sep 2018, Marseille, France
Communication dans un congrès hal-03509938v1

Effecteurs et inhibiteurs de l’apoptose chez le puceron du pois : annotation et implication dans la mort cellulaire bactériocytaire

Mélanie Ribeiro Lopes , Pierre Simonet , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Severine Balmand
10. Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2017, Colmar, France
Communication dans un congrès hal-03506807v1

The long-term relationship with Buchnera aphidicola imposes another way to die for Acyrthosiphon pisum bacteriocytes

Pierre Simonet , Severine Balmand , Karen Gaget , Karine Buhler , Nicolas Parisot
9. Réunion annuelle du Réseau BAPOA (Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés), Nov 2016, Amiens, France
Communication dans un congrès hal-03506794v1

Une nouvelle forme de mort cellulaire impliquée dans la dégénérescence des cellules bactériocytaires chez le puceron du pois, Acyrthosiphon pisum

Pierre Simonet , Severine Balmand , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Nicolas Parisot
18. Colloque Biologie de l'Insecte, Jun 2016, Tours, France
Communication dans un congrès hal-03506790v1

Systems biology of symbiosis: from partners’ genomics to physiology of interactions

Hubert Charles , Federica Calevro , Gérard Febvay , Patrice Baa-Puyoulet , Marie-Gabrielle Duport
First Meeting of the PRC Israel-France, Sep 2016, Villeurbanne, France
Communication dans un congrès hal-03506791v1

Life history traits and tissue-specific gene expression changes underlying the symbiotic pea aphid resilience to a tyrosine and phenylalanine depleted diet

Nicolas Parisot , Pierre Simonet , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Patrice Baa-Puyoulet
9. Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2016, Amiens, France
Communication dans un congrès hal-03506796v1
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From SymbAphidBase to SymbAphidCyc: two companion databases to study and compare aphid symbionts from genomes to metabolic pathways

Patrice Baa-Puyoulet , Mathieu Labernardiere , Nicolas Parisot , Jean-Pierre Gauthier , Gérard Febvay
JOBIM 2015 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA). FRA., Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-01208786v1

Direct flow cytometry measurements and cell imaging reveal a fine-tuning of endosymbiont and bacteriocyte cell dynamics during aphid development

Pierre Simonet , Marie-Gabrielle Duport , Karen Gaget , Severine Balmand , Stefano Colella
UK – France joint meeting on Aphids (Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés – Aphids Special Interest Group of Royal Entomological Sociaty), Nov 2015, Paris, France
Communication dans un congrès hal-03506775v1

Coordination des dynamiques cellulaires entre bactériocytes et endosymbiotes au cours du développement des insectes : Une nouvelle approche par cytométrie en flux.

Pierre Simonet , Marie-Gabrielle Duport , Karen Gaget , Michèle Weiss-Gayet , Stefano Colella
Réunion annuelle du REID (Réseau National Ecologie des Interactions Durables), Réseau Ecologie des Interactions Durables (REID). Montferrier/ Lez, FRA., Mar 2015, Villeurbanne, France
Communication dans un congrès hal-02801005v1

SymbAphidBase : une base de données nouvelle dédiée aux symbiotes de pucerons pour stocker et visualiser les génomes séquencés en standardisant leurs annotations

Mathieu Labernardiere , Patrice Baa-Puyoulet , Jean-Pierre Gauthier , Gérard Febvay , Federica Calevro
7. Rencontres du réseau Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Réseau Biologie Adaptative des Pucerons et des Organismes Associés (BAPOA). Le Rheu, FRA., Nov 2014, Avignon, France. 1 p
Communication dans un congrès hal-01208785v1

Dynamique de la cellule bactériocytaire et des populations symbiotiques au cours du développement du puceron du pois

Pierre Simonet , Marie-Gabrielle Duport , Karen Gaget , Michèle Weiss-Gayet , Stefano Colella
7. Rencontres du réseau Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Réseau Biologie Adaptative des Pucerons et des Organismes Associés (BAPOA). Le Rheu, FRA., Nov 2014, Avignon, France
Communication dans un congrès hal-02795335v1

Dynamique de la cellule bactériocytaire et des populations symbiotiques au cours du développement du puceron du pois

Pierre Simonet , Marie-Gabrielle Duport , Karen Gaget , M. Weiss-Gayet , Stefano Colella
7èmes journées du Réseau BAPOA (Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés), 2014, Avignon, France
Communication dans un congrès hal-03513906v1

L'inactivation par RNAi du gène codant la phénylalanine hydrolase dans les compartiments symbiotiques provoque une baisse de la fécondité et des défauts de développement chez le puceron du pois, Acyrthosiphon pisum

Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Marjolaine Rey , Severine Balmand , Hubert Charles
Réunion du GRREMI (Groupe Régional de Recherche en Microbiologie des Interactions), Oct 2013, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-03506724v1

Analyse métabolomique de la symbiose entre le puceron Acyrthosiphon pisum et la bactérie Buchnera aphidicola

Marjolaine Rey , Floriant Bellvert , Marie-Gabrielle Duport , Patrice Baa-Puyoulet , Federica Calevro
7èmes Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique, Jun 2013, Amiens, France
Communication dans un congrès hal-03506751v1

dsRNAi in aphids induces variable individual and tissue responses, and phenotypes specific to the administration methods

Panagiotis Sapountzis , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , G. Febvay , Hubert Charles
Cycle de séminaires en Biophysique et Biologie Moléculaire de la Cellule et du Développement, Dipartimento di Fisiologia e Biochimica, Università di Pisa / Scuola Normale Superiore di Pisa, Oct 2013, Pisa, Italy
Communication dans un congrès hal-03506764v1

Organisation, gene expression regulation and DNA structural properties in the shrunken genome of Buchnera, the endosymbiont of aphids

Hubert Charles , Federica Calevro , Stefano Colella , Gérard Febvay
1. International Research Workshop Lyon- France / São Paulo - Brazil, Nov 2013, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-03506769v1

Symbiose puceron – Buchnera : approche métabolomique chez Acyrthosiphon pisum

Marjolaine Rey , Floriant Bellvert , Marie-Gabrielle Duport , Patrice Baa-Puyoulet , Federica Calevro
6èmes journées du Réseau BAPOA (Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés, Oct 2013, Montpellier, France
Communication dans un congrès hal-03506758v1

Aphicibles - Symbiosis, digestion and reproduction as aphid physiological processes to identify new targets for insecticides

Yvan Rahbé , Denis Tagu , Guy Condemine , E Guiderdoni , Federica Calevro
ANR - Colloque Plant Genomics 2012, Apr 2012, Pont Royal en Provence, France
Communication dans un congrès hal-03506701v1

Phénotypes induits par l'inactivation fonctionnelle par RNAi du gène ACYPY007803 (phényalanine hydroxylase) chez le puceron du pois

Andréane Rabatel , Marie-Gabrielle Duport , Karen Gaget , Hubert Charles , Gérard Febvay
5. Journées du Réseau BAPOA (Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés), Nov 2012, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-03506379v1

Key genes for symbiosis and development in an emerging genomic model, the pea aphid

Federica Calevro , Stefano Colella , Gérard Febvay , Hubert Charles
Séminaire invité au Dipartimento di Fisiologia e Biochimica, Università di Pisa / Scuola Normale Superiore di Pisa, Universita degli studi di Pisa. Dipartimento di Fisiologia e Biochimica, Pisa, ITA., 2012, Pisa, Italy
Communication dans un congrès hal-02804850v1

Analyse génomique des éléments régulateurs et des propriétés structurales intrinsèques de l'ADN dans le génome réduit de Buchnera

Lilia Brinza , Federica Calevro , Hubert Charles
5. Réunion Réseau BAPOA, Réseau Biologie Adaptative des Pucerons et des Organismes Associés (BAPOA). FRA., Nov 2012, Villeurbanne, France. 22 diapos
Communication dans un congrès hal-02808160v1

Transcriptome analysis of embryo development in a parthenogenetic and symbiotic insect model, the pea aphid

Andréane Rabatel , Gérard Febvay , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Yvan Rahbé
IPG'10 Integrative Post-Genomics, Centre Jacques Cartier. Lyon, FRA., Nov 2011, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-02814211v1

Réévaluation génomique de la fonction de transport chez Buchnera, endocytobiote des pucerons : une faible diversité de transporteurs et une organisation membranaire variable

Hubert Charles , Severine Balmand , Araceli Lamelas , Ludovic Cottret , Vicente Pérez-Brocal
4. Réunion Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés, Réseau Biologie Adaptative des Pucerons et des Organismes Associés (BAPOA). FRA., Nov 2011, Paris, France
Communication dans un congrès hal-02808863v1

Integration of metabolic pathways and host regulation in symbiosis: tyrosine and cuticular protein biosynthesis during the pea aphid embryonic development

Andréane Rabatel , Gérard Febvay , Karen Gaget , Gabrielle Duport , Nadia Bendridi
Sixth International Symposium on Molecular Insect Science, 2011, Amsterdam, Netherlands
Communication dans un congrès hal-00748785v1
Image document

Characterization of partenogenetic embryo development in the context of symbiosis using transcriptome analysis in the pea aphid model

Andréane Rabatel , Gérard Febvay , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Yvan Rahbé
EMBO Workshop on Systems Biology of Development, EMBO. Heidelberg, DEU., Aug 2010, Ascona, Switzerland. 1 p
Communication dans un congrès hal-01231279v1

Caractérisation transcriptomique du développement embryonnaire et larvaire du puceron du pois Acyrthosiphon pisum

Andréane Rabatel , Gérard Febvay , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Yvan Rahbé
16. Colloque de Biologie de l’Insecte, Oct 2010, Lyon, France. 126 p
Communication dans un congrès hal-02755293v1

Aphicibles : Symbiosis, digestion and reproduction as aphid physiological processes to identify new targets for insecticides

Yvan Rahbé , Denis Tagu , Guy Condemine , Emmanuel Guiderdoni , Federica Calevro
Genoplante 2010, Agence Nationale de la Recherche (ANR). Paris, FRA., Mar 2010, Avignon, France. 40 diapos
Communication dans un congrès hal-02824684v1

Genomic analysis of the transport function in the symbiotic system of the pea aphid Acyrthosiphon pisum

Yvan Rahbé , Nicolas Parisot , Karen Gaget , Stefano Colella , Andréane Rabatel
5. Meeting GDRE-RA "Comparative genomics", Institut d'Estudis Catalans (IEC). Barcelona, ESP., Nov 2010, Barcelone, Spain. n. p
Communication dans un congrès hal-02823073v1

Exploration génomique et fonctionnelle des insectes et de leurs partenaires symbiotiques

Hubert Charles , Stefano Colella , Federica Calevro , Gérard Febvay , Yvan Rahbé
Journée Sciences Croisées "Modélisation et Sciences Numériques : nouveaux instruments et opportunités", Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon). Conseil Scientifique de l'INSA, Villeurbanne, FRA., Oct 2010, Villeurbanne, France. n. p
Communication dans un congrès hal-02804281v1

Chromosome organization and gene expression regulation in Buchnera aphidicola, the obligate intracellular bacteria of the pea aphid Acyrthosiphon pisum

Hubert Charles , Lilia Brinza , Federica Calevro
58. Annual Meeting of the Entomological Society of America, Entomological Society of America (ESA). Annapolis, MD, USA., Dec 2010, San Diego, CA, United States
Communication dans un congrès hal-02757719v1

Annotation et évolution des familles de transporteurs chez le puceron du pois (Acyrthosiphon pisum)

Nicolas Parisot , Karen Gaget , Stefano Colella , Andréane Rabatel , Federica Calevro
3. Réunion Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (0203)., Oct 2010, Lyon, France. n. p
Communication dans un congrès hal-02818835v1

Individual and compartment specific response to RNAi in aphids: each individual matters

Panagiotis Sapountzis , Marie-Gabrielle Duport , Karen Gaget , Severine Balmand , Gérard Febvay
3. Réunion Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (0203)., Oct 2010, Lyon, France
Communication dans un congrès hal-02821530v1

Genomic insight into the amino acid relations of the pea aphid with its symbiotic bacterium Buchnera aphidicola

A.C.C. Wilson , P. Ashton , Federica Calevro , Hubert Charles , Stefano Colella
8th International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), Catania, juin 2009, Italy, 2009, Italy
Communication dans un congrès hal-00497625v1

The Acyrthosiphon pisum Cyc database (AcypiCyc) created using a novel BioCyc Annotation Database System (CycADS): a useful tool to explore and study the pea aphid metabolism

Stefano Colella , A. Vellozo , Ludovic Cottret , Gérard Febvay , Federica Calevro
5th Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 2, Barcelona, Espagne, juin 2009, Jun 2009, France
Communication dans un congrès hal-00498411v1

Fate of transcription units in the reductive evolution of the genome of Buchnera aphidicola

Lilia Brinza , Federica Calevro , Hubert Charles
6th International Symbiosis Society Congress (6 ISS 2009) Madison, Wisconsin USA, August 9-15 2009, Aug 2009, United States
Communication dans un congrès hal-00497818v1

AcypiCyc (Acyrthosiphon pisum Cyc database) : a model database to visualize and study the metabolic network underlying the pea aphid-Buchnera symbiosis

Stefano Colella , Augusto Vellozo , Ludovic Cottret , Gérard Febvay , Federica Calevro
6. International Symbiosis Society (ISS) Congress, 2009, Madison, août 2009, United States
Communication dans un congrès hal-02814342v1

AcypiCyc (Acyrthosiphon pisum Cyc database) and CycADS (Cyc Annotation Database System): moving from genome sequence annotation to metabolic network analyses

Stefano Colella , A. Vellozo , L. Cottret , G. Febvay , Federica Calevro
8th International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), 2009, Catania (Italie), juin 2009, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391280v1

CycADS: an annotation management system for the development and update of BioCyc metabolic network databases

A. Vellozo , Patrice Baa-Puyoulet , A. Veron , Jaime Huerta-Cepas , Ludovic Cottret
1st International Workshop on Information Systems for Insect Pests, Rennes, FRANCE, 2009, France
Communication dans un congrès hal-00496032v1

Metabolic requirements in essential amino acids in parthenogenetic pea aphid embryos

Andréane Rabatel , Nadia Bendridi , - Duport, G. , Marjolaine Rey , Stefano Colella
8. International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), 2009, Catania, juin 2009, Italy
Communication dans un congrès hal-02820893v1

Metabolic requirements in essential amino acids in parthenogenetic pea aphid embryos

A. Rabatel , N. Bendridi , G. Duport , Stefano Colella , J. Bermingham
8th International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), 2009, Catania (Italie), juin 2009, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391499v1

Un vieux couple à la conquête des plantes vasculaires : le puceron et sa bactérie symbiotique

Federica Calevro , Stefano Colella , Gérard Febvay , Hubert Charles , Yvan Rahbé
Séance commune Académie Agriculture et Académie des Sciences, Académie d'Agriculture de France (AAF). Paris, FRA., Dec 2009, Paris, France. 23 diapos
Communication dans un congrès hal-02824438v1

AcypiCyc (Acyrthosiphon pisumCyc database) and CycADS (CycAnnotation Database System) : moving from genome sequence annotation to metabolic network analyses

Stefano Colella , Augusto Vellozo , Ludovic Cottret , Gérard Febvay , Federica Calevro
8. International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), 2009, Catania, juin 2009, Italy
Communication dans un congrès hal-02814863v1

AcypiCyc (Acyrthosiphon pisumCyc database) and CycADS (CycAnnotation Database System) : moving from genome sequence annotation to metabolic network analyses

Stefano Colella , Augusto Vellozo , Ludovic Cottret , Gérard Febvay , Federica Calevro
Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons, 2009, Paris, juin 2009, France
Communication dans un congrès hal-02815123v1

The power of combining genome annotation and systems level modeling.

S.J. Macdonald , J. Ramsey , G. Jander , Atsushi Nakabachi , G.H. Thomas
5th Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 2", Barcelona, Espagne, Juin 2009, Jun 2009, Spain
Communication dans un congrès hal-00498405v1

Besoins en acides aminés des embryons de femelles parthénogénétiques du puceron du pois.

Andréane Rabatel , Nadia Bendridi , Gabrielle Duport , Marjolaine Rey , Stefano Colella
Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons, Jun 2009, PARIS, France
Communication dans un congrès hal-00511624v1

Evolution des organismes bactériens

Guillaume Beslon , Federica Calevro , Hubert Charles , Jean-Michel Fayard , Carole Knibbe
Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant", Jul 2008, Villeurbanne, France. 12 diapos
Communication dans un congrès hal-02822501v1

Evolution des organismes bactériens

G. Beslon , Federica Calevro , H. Charles , J.M. Fayard , C. Knibbe
Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant", 2008, Villeurbanne (France), juillet 2008, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391156v1

Caractérisation et modélisation de la « fonction symbiotique » de Buchnera aphidicola chez le puceron du pois Acyrthosiphon pisum

H. Charles , Federica Calevro , Stefano Colella , J.M. Fayard , G. Febvay
Séminaire INRA AgroBI, 2008, Bordeaux (France), décembre 2008, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391273v1

Interactions trophiques dans la symbiose puceron - Buchnera : Régulations transcriptionnelles de la réponse à la carence en acides aminés essentiels

Federica Calevro , H. Charles , J.M. Fayard , G. Febvay , Yvan Rahbé
Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons, 2008, Paris (France), janvier 2008, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391259v1

Development of the Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc): from genome sequence to metabolic network analyses

A. Vellozo , Stefano Colella , L. Cottret , G. Febvay , Federica Calevro
Integrative Post-Genomics - IPG'08, 2008, Lyon (France), novembre 2008, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391519v1

Annotation of metabolism genes: towads the implementation of an Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc) to perform metabolic network analyses

Stefano Colella , A. Vellozo , L. Cottret , G. Febvay , Federica Calevro
4th Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 1", 2008, Princetown (USA), juillet 2008, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391279v1

Transcriptomique

Jean-François Boulicaut , Federica Calevro , H. Charles , J.M. Fayard , G. Febvay
Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant", 2008, Villeurbanne (France), juillet 2008, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391255v1

Les réseaux métaboliques et génétiques

H. Charles , G. Beslon , Federica Calevro , Jean-François Boulicaut , J.M. Fayard
Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant", 2008, Villeurbanne (France), juillet 2008, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391271v1

Caractérisation et modélisation de la « fonction symbiotique » de Buchnera aphidicola chez le puceron du pois Acyrthosiphon pisum

Hubert Charles , Federica Calevro , Stefano Colella , Jean-Michel Fayard , Gérard Febvay
Séminaire INRA AgroBI, 2008, Bordeaux, décembre 2008, France
Communication dans un congrès hal-02824972v1

Development of the Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc) : from genome sequence to metabolic network analyses

Augusto Vellozo , Stefano Colella , Ludovic Cottret , Gérard Febvay , Federica Calevro
Integrative Post-Genomics - IPG'08, 2008, Lyon, novembre 2008, France
Communication dans un congrès hal-02821711v1

Comparative analysis of gene expression in the aphid-Buchnera symbiosis: the role of Buchnera in the nutrition of aphid embryos

J. Bermingham , Federica Calevro , J. Vinuelas , H. Charles , T. Wilkinson
Society of Experimental Biology Annual Main Meeting 2007 (SEB 2007), 2007, Glasgow (UK), avril 2007, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391155v1

Regulation of expression following nutritional stresses in the reduced genome of Buchnera aphidicola, "Is there any life left?"

Yvan Rahbé , H. Charles , J. Vinuelas , N. Reymond , Federica Calevro
Seminarios del Institut Cavanilles de Biodiversitat i Biologia Evolutiva (ICBiBE) - Univ. Valencia (ESP), 2007, Valencia (Espagne), juin 2007, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391505v1

Conservation de la relation entre niveau d'expression des gènes et organisation du chromosome chez Buchnera aphidicola, symbiote primaire des pucerons : exemple d'un génome réduit mais non dégénéré

J. Vinuelas , Federica Calevro , D. Remond , J. Bernillon , Yvan Rahbé
XVème Colloque de Physiologie de l'Insecte, Jul 2007, Rennes, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00373311v1

IGOIM, une méthode d'inférence de réseaux génétiques utilisant l'information mutuelle

L. Brinza , Federica Calevro , H. Charles
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM) - Journée satellite "Analyse statistique du transcriptome", 2007, Marseille (France), juillet 2007, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391258v1

Spatial transcriptomic patterns in the genome of the endosymbiotic bacterium Buchnera aphidicola

J. Vinuelas , Federica Calevro , Didier Remond , J. Bernillon , Yvan Rahbé
Theoretical Approaches for the Genome Workshop, Nov 2006, France
Communication dans un congrès hal-00506911v1

Relationship between gene expression and genome properties in Buchnera aphidicola, the primary endosymbiont of the pea aphid Acyrthosiphon pisum

J. Vinuelas , Federica Calevro , J. Bernillon , D. Remond , Yvan Rahbé
5th International Symbiosis Society (ISS) Congress, 2006, Vienna (Autriche), août 2006, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391524v1

Relationships between gene expression and genome properties in Buchnera aphidicola, the primary endosymbiont of the pea aphid

J. Vinuelas , Federica Calevro , J. Bernillon , Didier Remond , Yvan Rahbé
5th International of Symbiosis Society Congress, Aug 2006, Autriche
Communication dans un congrès hal-00506826v1

Régulation génétique et métabolique chez Buchnera aphidicola (AgroBi 2006)

L. Cottret , L. Brinza , J. Vinuelas , G. Duport , Federica Calevro
Journée INRA-INRIA "Insertion des mathématiques dans les approches biologiques : du gène à l'organisme", 2006, Lyon (France), décembre 2006, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391289v1

Spatial transcriptomic patterns in the genome of the endosymbiotic bacterium Buchnera aphidicola

J. Vinuelas , Federica Calevro , D. Remond , J. Bernillon , Yvan Rahbé
Workshop "Theoretical Approaches for the Genome", 2006, Annecy-le-Vieux (France), novembre 2006, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391525v1

Buchnera aphidicola: evidences for transcriptional regulation in a degenerated genome

Federica Calevro , N. Reymond , J. Vinuelas , A. Groppi , A. Barre
Colloque INRA "Apports de la génomique à la physiologie et la pathologie de l'insecte", 2006, Montpellier (France), mars 2006, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391267v1

Bioinformatics analysis of the nucleoid associated protein FIS in Buchnera aphidicola, the intracellular symbiotic bacteria of aphids

L. Brinza , C. Armenise , E. Leproult , A. Paun , P. da Silva
Integrative Post-Genomics - IPG'06, 2006, Lyon (France), novembre-décembre 2006, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391257v1

Metabolic interactions between the bacterium Buchnera aphidicola and its obligate symbiotic partner, the pea aphid: nutritional studies combined with transcriptome analyses

Federica Calevro , N. Reymond , J. Vinuelas , G. Febvay , Yvan Rahbé
5th International Symbiosis Society (ISS) Congress, 2006, Vienna (Autriche), août 2006, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391262v1

Buchnera aphidicola, endocytobiote du puceron : transcriptome d'un génome "dégénéré"

H. Charles , Federica Calevro , J. Vinuelas , G. Febvay , Yvan Rahbé
Rencontres 2006 des Microbiologistes de l'INRA, 2006, Dourdan (France), juin 2006, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391278v1

Genomewide transcriptional changes associated with nutritional alterations affecting phenylalanine and tyrosine metabolism in Buchnera aphidicola

H. Charles , Federica Calevro , N. Reymond , N. Morin , Yvan Rahbé
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM), 2005, Lyon (France), juillet 2005, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391274v1

Buchnera aphidicola: evidences for transcriptional regulation in a degenerated genome

Federica Calevro , N. Reymond , J. Vinuelas , A. Groppi , A. Barre
Integrative Post-Genomics - IPG'05, 2005, Lyon (France), novembre-décembre 2005, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391266v1

Transcriptional responses of Buchnera aphidicola to combined amino acid and osmotic stress in the diet of its symbiotic partner, Acyrthosiphon pisum

H. Charles , Federica Calevro , J. Vinuelas
COST853: Agricultural Biomarkers for Array-Technology - Combined WG4 & WG5 meetings "Chip production and analysis, and environmental monitoring", 2005, Lyon (France), novembre 2005, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391276v1

Global transcriptional responses of Buchnera aphidicola to aromatic amino acid limitation in the diet of its symbiotic partner, the phloem sap feeding insect Acyrthosiphon pisum

Federica Calevro , N. Reymond , N. Morin , Yvan Rahbé , J. Bernillon
Society of Experimental Biology Annual Main Meeting 2005 (SEB 2005), 2005, Barcelona (Espagne), juillet 2005, France. pp.S226
Communication dans un congrès hal-00391261v1

Gene expression measurements with microarray technology in bacteria: transcriptomic analysis af the symbiotic bacteria, Buchnera aphidicola, in nutritional stress conditions of its aphid host Acyrthosiphon pisum

H. Charles , Federica Calevro
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM) - Journée satellite Vicanne, 2005, Lyon (France), juillet 2005, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391272v1

Of lice and plants: metabolite flows in the trophic pathway of phloem feeding insects as analysed through genomic and EST data from the aphid symbiosis

Yvan Rahbé , Federica Calevro , H. Charles , G. Febvay , Denis Tagu
Society of Experimental Biology Annual Main Meeting 2005 (SEB 2005), 2005, Barcelona (Espagne), juillet 2005, France. pp.S233
Communication dans un congrès hal-00391503v1

SITRANS: a web information system for microarray experiments

Frederique Laforest , A. Tchounikine , T. Chaari , H. Charles , Federica Calevro
XIX International Congress of the European Federation for Medical Informatics, 2005, Genève (Suisse), août-septembre 2005, France. pp.33-38
Communication dans un congrès hal-00391450v1

Analyse transcriptomique de la réponse de Buchnera aphidicola à un stress métabolique subi par son hôte le puceron du pois, Acyrthosiphon pisum

Federica Calevro , N. Reymond , N. Morin , A. Dumitru , Yvan Rahbé
Journées Reseau Ecologie et Interactions Durables (REID), 2005, Lyon (France), janvier 2005, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391260v1

Influence of probe sequence and strand lenght on the morphology and structuration of DNA chip

M.H. Rouillat , Vincent Dugas , Federica Calevro , J.P. P Cloarec , Hubert Charles
Nano 8 : 8. International Conference of nanometer scale science and technology, Jul 2004, Venise, Italy
Communication dans un congrès hal-03506638v1

Buchnera aphidicola, bactérie endosymbiotique des pucerons : génomes et physiologie symbiotique

Yvan Rahbé , Z Al Ayoubi , Federica Calevro , Hubert Charles , Jean-Michel Fayard
4. Colloque de Physiologie de l’Insecte, Apr 2003, Amiens, France
Communication dans un congrès hal-03506623v1

Analyse du transcriptome de Buchnera, la bactérie symbiotique intracellulaire des pucerons : une approche méthodologique

Federica Calevro , Hubert Charles , Nancie Reymond , Vincent Dugas , J.P. P Cloarec
14. Colloque de Physiologie de l’Insecte, Apr 2003, Amiens, France
Communication dans un congrès hal-03506495v1

Secondary symbionts influence feeding and oviposition behavior in the whitefly Bemisia tabaci

Sylvain Benhamou , Isabelle Rahioui , Hélène Henri , Hubert Charles , Pedro da Silva
XII European Congress of Entomology, Oct 2023, Heraklion, Greece
Poster de conférence hal-04524520v1

Genome assembly of the cereal aphid Sipha maydis, a model for the study of dual endosymbiosis in insects

François Renoz , Nicolas Parisot , Patrice Baa-Puyoulet , Léo Gerlin , Samir Fakhour
13e Rencontre du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2023, Villeurbanne, France
Poster de conférence hal-04524568v1

From genomes to metabolism reconstruction: companion collections of databases to study symbiotic interactions between insects and their bacterial symbionts.

Patrice Baa-Puyoulet , Nicolas Parisot , Sergio Peignier , Federica Calevro , Hubert Charles
12. Rencontre du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), May 2022, Nice, France
Poster de conférence hal-03810352v1

Extreme plasticity of bacteriocytes facing nutritional stresses during pea aphid development

Mélanie Ribeiro Lopes , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Severine Balmand , Hubert Charles
10. Congress of the International Society of Symbiosis, Jul 2022, Lyon, France
Poster de conférence hal-03741327v1

Influence of bacterial symbionts on host niche and ecological diversification: an integrative approach in a whitefly model

Sylvain Benhamou , Isabelle Rahioui , Hélène Henri , Pedro da Silva , Hubert Charles
26.International Congress of Entomology, Jul 2022, Helsinki, Finland
Poster de conférence hal-03927204v1

High-throughput genomics and transcriptomics to decipher host-symbiont molecular dialogue in the cereal weevil Sitophilus oryzae andSodalis pierantonius endosymbiotic association

Nicolas Parisot , Mariana Galvão Ferrarini , Clément Goubert , Carlos Vargas-Chávez , Agnès Vallier
ISS 2022 - 10th Congress of the International Symbiosis Society, Jul 2022, Lyon, France
Poster de conférence hal-03810657v1

Influence of secondary symbionts on host plant utilization and selection in the whitefly Bemisia tabaci.

Sylvain Benhamou , Isabelle Rahioui , Hélène Henri , Zainab Belgaidi , Hubert Charles
10. Congress of the International Symbiosis Society - 3rd International Conference on Holobionts, Jul 2021, Lyon, France
Poster de conférence hal-03927184v1

From genomes to metabolism reconstruction: companion collections of databases to study symbiotic interactions between insects and their bacterial symbionts

Patrice Baa-Puyoulet , Nicolas Parisot , Sergio Peignier , Federica Calevro , Hubert Charles
13. Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), 2020, Nice (virtuel), France
Poster de conférence hal-03514174v1

Bacteriocyte reprogramming to cope with nutritional stress in a phloem sap feeding hemipteran, the pea aphid Acyrthosiphon pisum

Nicolas Parisot , Mélanie Ribeiro Lopes , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Patrice Baa-Puyoulet
UK-France joint Meeting Aphid Special Interest Group – BAPOA, Apr 2019, Harpenden, United Kingdom
Poster de conférence hal-03741333v1

Bacteriocyte reprogramming to maintain organismal homeostasis under nutritional stress in aphid symbiosis

Nicolas Parisot , Stefano Colella , Pierre Simonet , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport
UK-France joint Meeting Aphid Special Interest Group – BAPOA, Apr 2019, Rothamsted, United Kingdom
Poster de conférence hal-03513048v1

A novel cell death process eliminates both bacteriocytes and their symbionts in the pea aphid/Buchnera symbiotic system

Mélanie Ribeiro Lopes , Pierre Simonet , Karen Gaget , Severine Balmand , Nicolas Parisot
UK-France joint Meeting Aphid Special Interest Group – BAPOA, Apr 2019, Rothamsted, United Kingdom
Poster de conférence hal-03513018v1

Evaluating the essentiality of the primary endosymbiont of the rice weevil Sitophilus oryzae through genome analysis

Carlos Vargas-Chavez , Nicolas Parisot , C. Goubert , Patrice Baa-Puyoulet , Severine Balmand
VI Meeting of the Spanish Society for Evolutionary Biology (SESBE), Jan 2018, Palma de Mallorca, Spain
Poster de conférence hal-03514015v1

Bacteriocyte reprogramming to maintain organismal homeostasis under nutritional stress in aphid symbiosis

Nicolas Parisot , Stefano Colella , Pierre Simonet , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport
XIth European Congress of Entomology, Jul 2018, Naples, Italy
Poster de conférence hal-03509885v1

A novel cell death process eliminates both bacteriocytes and their symbionts in the pea aphid/Buchnera symbiotic system

Mélanie Ribeiro Lopes , Pierre Simonet , Karen Gaget , Severine Balmand , Nicolas Parisot
International Partner Days, Oct 2018, Villeurbanne (INSA-Lyon), France
Poster de conférence hal-03514067v1

A novel cell death process eliminates both bacteriocytes and their symbionts in the pea aphid/Buchnera symbiotic system

Mélanie Ribeiro Lopes , Pierre Simonet , Karen Gaget , Severine Balmand , Nicolas Parisot
11. European Congress of Entomology, Jul 2018, Naples, Italy
Poster de conférence hal-03509913v1

The draft genome sequence of the rice weevil Sitophilus oryzae as a model to explore the host-symbiont interactions in a nascent stage of endosymbiosis

Carlos Vargas-Chavez , Nicolas Parisot , Clément Goubert , Patrice Baa-Puyoulet , Severine Balmand
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM), Jun 2016, Lyon, France
Poster de conférence hal-03506786v1

Métabolisme de la tyrosine et développement parthénogénétique chez le puceron du pois : la fonction centrale de la phenylalanine hydroxylase

Pierre Simonet , Karen Gaget , Marjolaine Rey , Marie-Gabrielle Duport , Hubert Charles
7. Rencontres du réseau Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2014, Avignon, France. 2014
Poster de conférence hal-02795333v1

Implication de la cathepsine-L dans le remodelage cuticulaire durant le processus de mue chez le puceron du pois, Acyrthosiphon pisum

Pierre Simonet , Panagiotis Sapountzis , Marie-Gabrielle Duport , Severine Balmand , Karen Gaget
7. Rencontres du réseau Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), Nov 2014, Avignon, France. 2014
Poster de conférence hal-02795332v1
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Tyrosine metabolism and parthenogenetic development in a symbiotic insect, the pea aphid: the central function of phenylalanine hydroxylase

Pierre Simonet , Karen Gaget , Marjolaine Rey , Marie-Gabrielle Duport , Hubert Charles
7. International Symposium on Molecular Insect Science, Jul 2014, Amsterdam, Netherlands. 1 p., 2014
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Annotating arthropods genome to study and compare their metabolism: the ArthropodaCyc collection of Cyc databases powered by CycADS

Patrice Baa-Puyoulet , Augusto Vellozo , Jaime Huerta-Cepas , Gérard Febvay , Federica Calevro
13. European Conference on Computational Biology (ECCB), Sep 2014, Strasbourg, France. , 1 p., 2014
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Génomique fonctionnelle des interactions bactérie / hôte eucaryote : intégration systémique de données génomiques et métaboliques

Floriant Bellvert , Federica Calevro , Hubert Charles , Stefano Colella , Gérard Febvay
Journée de la FR41 BioEnvironnement et Santé, Feb 2014, Villeurbanne, France. 1 p., 2014
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Cathepsin-L proteinase is involved in cuticle remodeling during the molting process in the pea aphid, Acyrthosiphon pisum

Pierre Simonet , Panagiotis Sapountzis , Marie-Gabrielle Duport , Severine Balmand , Karen Gaget
7. International Symposium on Molecular Insect Science, Jul 2014, Amsterdam, Netherlands. , 1 p., 2014
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SymbAphidBase: a new database dedicated to aphid symbionts to store novel sequenced genomes and standardize their annotations

Mathieu Labernardiere , Patrice Baa-Puyoulet , Jean-Pierre Gauthier , Gérard Febvay , Federica Calevro
13. European Conference on Computational Biology (ECCB), Sep 2014, Strasbourg, France. , 1 p., 2014
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Phenotypic effects of ACYPI007803 knockdown by RNAi in the pea aphid

Andréane Rabatel , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Hubert Charles , Gérard Febvay
8. Meeting of the International Aphid Genomics Consortium., Jan 2013, Harpenden, United Kingdom
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« ArthropodaCyc » : une collection de bases de données enrichies à l’aide de CycADS pour étudier et comparer le métabolisme des arthropodes.

Patrice Baa-Puyoulet , Stefano Colella , Augusto Vellozo , Jaime Huerta-Cepas , Gérard Febvay
17. Colloque de Biologie de l’Insecte - CBI-2013, Oct 2013, Montpellier, France
Poster de conférence hal-03506713v1

The CycADS annotation database system to support the development and update of enriched BioCyc databases: development of ad hoc BioCyc DB (AcypiCyc, ArthropodaCyc

Patrice Baa-Puyoulet , Augusto Vellozo , Jaime Huerta-Cepas , Gérard Febvay , Federica Calevro
8. Meeting of the International Aphid Genomics Consortium, Jan 2013, Harpenden, United Kingdom
Poster de conférence hal-03506707v1

Diminution de fécondité et défauts de développement induits par l’inactivation fonctionnelle par RNAi du gène codant la phénylalanine hydroxylase chez le puceron du pois, Acyrthosiphon

Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Marjolaine Rey , Severine Balmand , Hubert Charles
17. Colloque de Biologie de l’Insecte - CBI-2013, Oct 2013, Montpellier, France
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Integration of metabolic pathways and host regulation in symbiosis: tyrosine and cuticular protein biosynthesis during the pea aphid embryonic development

Andréane Rabatel , Gérard Febvay , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Nadia Bendridi
4. Réunion Réseau BAPOA, Nov 2011, Paris, France. 1 p., 2011
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Integration of metabolic pathways and host regulation in symbiosis: tyrosine and cuticular protein biosynthesis during the pea aphid embryonic development

Andréane Rabatel , Gérard Febvay , Karen Gaget , Marie-Gabrielle Duport , Nadia Bendridi
6. International Symposium on Molecular Insect Science, Oct 2011, Amsterdam, Netherlands. Elsevier, 2011,  
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Single insect and tissue compartment specific response to RNAi microinjection in aphids: each individual matters

Panagiotis Sapountzis , Marie-Gabrielle Duport , Karen Gaget , Thomas Horn , Michael Boutros
4. Annual Arthropod Genomics Symposium on “Arthropod Genomics: New Approaches and Outcomes”, Jun 2010, Kansas City, United States. 1 p., 2010
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Réponse tissu-spécifique au traitement par RNAi chez le puceron du pois : une étude cinétique à l’échelle de l’individu

Panagiotis Sapountzis , Marie-Gabrielle Duport , Karen Gaget , Severine Balmand , Stéphanie Jaubert-Possamai
16. Colloque de Biologie de l’Insecte, Oct 2010, Lyon, France. , 126 p., 2010, CB-2010 : 16ème Colloque de Biologie de l'Insecte, Lyon, 18 au 20 octobre 2010
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Analyse génomique de la fonction de transport dans le système symbiotique du puceron du pois Acyrthosiphon pisum

Nicolas Parisot , Karen Gaget , Stefano Colella , Andréane Rabatel , Federica Calevro
16. Colloque de Biologie de l’Insecte, Oct 2010, Lyon, France. , 126 p., 2010, CBI-2010 : 16ème Colloque de Biologie de l’Insecte, Lyon, 18 au 20 octobre 2010
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Using the “CycADS” annotation management system to develop a BioCyc metabolic network database for sequenced arthropods genomes: first steps towards “ArthropodsCyc”

Augusto Vellozo , Patrice Baa-Puyoulet , Jaime Huerta-Cepas , Gérard Febvay , Federica Calevro
4. Annual Arthropod Genomics Symposium on “Arthropod Genomics: New Approaches and Outcomes”, Jun 2010, Kansas City, United States. 45 p., 2010, Fourth Annual Arthropod Genomics Symposium
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Evolution of the regulatory network in Buchnera aphidicola, the obligate intracellular symbiotic bacteria of aphids

Lilia Brinza , Federica Calevro , Marie-Gabrielle Duport , Yvan Rahbé , Pedro da Silva
18. Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution, Apr 2010, Lyon, France. 1 p., 2010
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Chromosome organisation in Buchnera: a dynamic active structure involved in gene expression regulation

Lilia Brinza , Federica Calevro , J. Vinuelas , Christian Gautier , Hubert Charles
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM), Jun 2009, Nantes, France
Poster de conférence hal-03506644v1

Annotation of metabolism genes : towads the implementation of an Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc) to perform metabolic network analyses

Stefano Colella , Augusto Vellozo , L. Cottret , Gérard Febvay , Federica Calevro
4. Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 1", 2008, Princetown, juillet 2008, United States. 2008
Poster de conférence hal-02818508v1

Genomic DNA: an attractive candidate for microarray data normalization

J. Vinuelas , Federica Calevro , J. Bernillon , Yvan Rahbé , G. Febvay
Integrative Post-Genomics - IPG'05, 2005, Lyon (France), novembre-décembre 2005, France. , pp.1-1, 2005
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A preliminary methodological approach to study the transcriptome of Buchnera, the intracellular symbiotic bacteria of aphids

Federica Calevro , Hubert Charles , Nancie Reymond , Vincent Dugas , J.P. P Cloarec
Journées de Post-Génomique de la Doua - JPGD'03, May 2003, Villeurbanne, France
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Bioinformatique du transcriptome de Buchnera, symbiote intracellulaire des pucerons

Hubert Charles , Federica Calevro , Nancie Reymond , Frederique Laforest , Anne Tchounikine
Rencontres 2003 des Microbiologistes de l'INRA, May 2003, Dourdan, France
Poster de conférence hal-03506503v1

Analyse du transcriptome de Buchnera: développement d'une première puce à ADN

Federica Calevro , Hubert Charles , Nancie Reymond , J.P. P Cloarec , Yvan Rahbé
Journées de Post-Génomique de la Doua - JPGD'02, Mar 2002, Villeurbanne, France
Poster de conférence hal-03506459v1
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Définition des séquences sonde pour la PCR et pour les puces à ADN

Hubert Charles , Federica Calevro
Bioinformatique : Principes d’utilisation des outils, Editions Quae, 272 p., 2010, Savoir Faire (Quae), 978-2-7592-0870-8 978-2-7592-0870-8
Chapitre d'ouvrage hal-02813659v1