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Hubert Charles

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Identifiants chercheurs

Présentation

Etat Civil ========== *Date et lieu de naissance* : 3 novembre 1969 à Paris XIème *Situation familiale* : marié, 2 enfants *Adresse personnelle* : 38, rue Guillaume Apollinaire 69330 Meyzieu Tel: 06 31 06 75 04 **Site personnel** : [La biodiversité derrière ma porte ](http://biodiversite-derriere-ma-porte.fr) ou retrouvez-moi sur [iNaturalist](https://www.inaturalist.org/lifelists/hub69330?view=tree&details_view=observations&tree_mode=full_taxonomy) *Adresse professionnelle* : Laboratoire de Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), UMR INRA/INSA de Lyon 203, INSA Bât Louis Pasteur, 69 621 Villeurbanne. Tel : 04-72-43-80-74, Email : hubert.charles@insa-lyon.fr Grades et Titres ================ > **2018 :** Chevalier dans l’ordre des Palmes académiques (09/01/2018) > > **2012 :** Professeur des Universités. UMR BF2I, INRA, INSA-Lyon 203. Section CNU 65-Biologie Cellulaire. > > **2007** : Qualification aux fonctions de Professeur des Universités en sections CNU 65-Biologie Cellulaire (07165178138), 67-Biologie des Populations et écologie (07167178138) et 68-Biologie des organismes (07168178138). > > **2006** : Habilitation à Diriger des Recherches soutenue le 12 avril 2006 à l’INSA de Lyon. Analyse du transcriptome de *Buchnera aphidicola*, la bactérie symbiotique du puceron *Acyrthosiphon pisum*. > > **Depuis le** **1er octobre 1998 :** Maître de Conférences. Laboratoire de Biologie Fonctionnelle Insectes et Interactions (Directeur, Y. Rahbé), Titularisation le 01/09/99. > > **1998** : Stage Post-Doctoral d’avril à septembre. UMR CNRS 5558, Université Claude Bernard Lyon 1 (équipe de M. Gouy). *Sujet* : Méthodologie de reconstruction phylogénétique dans les symbioses intracellulaires (à fort taux de A+T et forte vitesse évolutive). > > **1997** : Stage Post-Doctoral d’octobre 97 à mars 98. Zoological Institute, Université de Tokyo, (équipe du Pr. H. Ishikawa). *Sujet* : Carte physique du génome de *Buchnera aphidicola*. > > **1997** : Thèse de Doctorat (Laboratoire de Biologie Appliquée INSA 406). Félicitations du Jury – Prix Malotau de Guerne 1997. Moniteur à l’Université Claude Bernard Lyon 1 (Biomathématiques). > > **1994** : DEA : «Analyse et Modélisation des Systèmes Biologiques». Mention Très Bien. > > **1993** : Professeur du Contingent en Biologie au Lycée militaire d’Autun. > > **1992** : INSA de Lyon, département de Biochimie. Diplôme d'ingénieur biochimiste. > > **1989** : Premier cycle INSA en section Sport-Etudes (Handball).
Civil status ============ *Date and place of birth* : November 3, 1969 in Paris XIth *Family status* : married, 2 children *Personal address* : 38, rue Guillaume Apollinaire 69330 Meyzieu Tel: 06 31 06 75 04 **Personnal website** : [La biodiversité derrière ma porte](http://biodiversite-derriere-ma-porte.fr) or find me at [iNaturalist](https://www.inaturalist.org/lifelists/hub69330?view=tree&details_view=observations&tree_mode=full_taxonomy) *Professional address* : Laboratoire de Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), UMR INRA/INSA de Lyon 203, INSA Bât Louis Pasteur, 69 621 Villeurbanne. Tel : 04-72-43-80-74, Email : hubert.charles@insa-lyon.fr Degrees and titles ================== **2018** : Knight in the order of the Academic Palms (09/01/2018) **2012** : Professor UMR BF2I, INRA, INSA-Lyon 203. Section CNU 65-Cellular Biology. **2007** : Qualification as University Professor in CNU sections 65-Cellular Biology (07165178138), 67-Population Biology and Ecology (07167178138) and 68-Organism Biology (07168178138). **2006** : Habilitation to supervise research defended on April 12, 2006 at INSA Lyon. Analysis of the transcriptome of *Buchnera aphidicola*, the symbiotic bacterium of the aphid *Acyrthosiphon pisum*. **Since October 1, 1998**: Senior Lecturer. Laboratory of Functional Biology of Insects and Interactions (Director, Y. Rahbé), Tenure on 01/09/99. **1998** : Post-Doctoral internship from April to September. UMR CNRS 5558, University Claude Bernard Lyon 1 (M. Gouy's team). Subject : Methodology of phylogenetic reconstruction in intracellular symbioses (with high A+T rate and high evolutionary speed). **1997** : Post-Doctoral internship from October 97 to March 98. Zoological Institute, University of Tokyo, (team of Pr. H. Ishikawa). Subject : Physical map of the genome of *Buchnera aphidicola*. **1997** : PhD thesis (Laboratory of Applied Biology INSA 406). Congratulations of the Jury - Malotau de Guerne Prize 1997. Instructor at the University Claude Bernard Lyon 1 (Biomathematics). **1994** : DEA : "Analysis and Modeling of Biological Systems". Mention Very Good. **1993** : Professor of Biology at the Lycée militaire of Autun. **1992** : INSA of Lyon, department of Biochemistry. Diploma of biochemical engineer. **1989** : First cycle INSA in Sport-Etudes section (Handball).

Publications

stefano-colella
"marie-france-sagot"

The CycADS annotation database system to support the development and update of enriched BioCyc databases. Development of ad hoc BioCyc DB : AcypiCyc, ArthopodaCyc

Patrice Baa-Puyoulet , Augusto F. Vellozo , Jaime Huerta-Cepas , Gérard Febvay , Toni Gabaldon
13. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (INRIA). Rennes, FRA., Jul 2012, Rennes, France. Pagination multiple
Communication dans un congrès hal-02747415v1

ArthropodaCyc: a BioCyc database powered by CycADS to study and compare the metabolism of arthropods

Patrice Baa-Puyoulet , Augusto F Vellozo , Jaime Huerta-Cepas , Gérard Febvay , T. Gabaldon
5th Annual Arthropod Genomics Symposium "Arthropod Genomics 2011: Exploring Diversity, Relating Similarity", Jun 2011, Kansas City, United States
Communication dans un congrès hal-00748601v1

AcypiCyc (Acyrthosiphon pisum Cyc database) : a model database to visualize and study the metabolic network underlying the pea aphid-Buchnera symbiosis

Stefano Colella , Augusto Vellozo , Ludovic Cottret , Gérard Febvay , Federica Calevro
6. International Symbiosis Society (ISS) Congress, 2009, Madison, août 2009, United States
Communication dans un congrès hal-02814342v1

AcypiCyc (Acyrthosiphon pisum Cyc database) and CycADS (Cyc Annotation Database System): moving from genome sequence annotation to metabolic network analyses

Stefano Colella , A. Vellozo , L. Cottret , G. Febvay , Federica Calevro
8th International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), 2009, Catania (Italie), juin 2009, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391280v1

CycADS: an annotation management system for the development and update of BioCyc metabolic network databases

A. Vellozo , Patrice Baa-Puyoulet , A. Veron , Jaime Huerta-Cepas , Ludovic Cottret
1st International Workshop on Information Systems for Insect Pests, Rennes, FRANCE, 2009, France
Communication dans un congrès hal-00496032v1

AcypiCyc (Acyrthosiphon pisumCyc database) and CycADS (CycAnnotation Database System) : moving from genome sequence annotation to metabolic network analyses

Stefano Colella , Augusto Vellozo , Ludovic Cottret , Gérard Febvay , Federica Calevro
Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons, 2009, Paris, juin 2009, France
Communication dans un congrès hal-02815123v1

AcypiCyc (Acyrthosiphon pisumCyc database) and CycADS (CycAnnotation Database System) : moving from genome sequence annotation to metabolic network analyses

Stefano Colella , Augusto Vellozo , Ludovic Cottret , Gérard Febvay , Federica Calevro
8. International Symposium on Aphids (8 ISA 2009), 2009, Catania, juin 2009, Italy
Communication dans un congrès hal-02814863v1

The Acyrthosiphon pisum Cyc database (AcypiCyc) created using a novel BioCyc Annotation Database System (CycADS): a useful tool to explore and study the pea aphid metabolism

Stefano Colella , A. Vellozo , Ludovic Cottret , Gérard Febvay , Federica Calevro
5th Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 2, Barcelona, Espagne, juin 2009, Jun 2009, France
Communication dans un congrès hal-00498411v1

Development of the Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc): from genome sequence to metabolic network analyses

A. Vellozo , Stefano Colella , L. Cottret , G. Febvay , Federica Calevro
Integrative Post-Genomics - IPG'08, 2008, Lyon (France), novembre 2008, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391519v1

Annotation of metabolism genes: towads the implementation of an Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc) to perform metabolic network analyses

Stefano Colella , A. Vellozo , L. Cottret , G. Febvay , Federica Calevro
4th Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 1", 2008, Princetown (USA), juillet 2008, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391279v1

Caractérisation et modélisation de la « fonction symbiotique » de Buchnera aphidicola chez le puceron du pois Acyrthosiphon pisum

Hubert Charles , Federica Calevro , Stefano Colella , Jean-Michel Fayard , Gérard Febvay
Séminaire INRA AgroBI, 2008, Bordeaux, décembre 2008, France
Communication dans un congrès hal-02824972v1

Development of the Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc) : from genome sequence to metabolic network analyses

Augusto Vellozo , Stefano Colella , Ludovic Cottret , Gérard Febvay , Federica Calevro
Integrative Post-Genomics - IPG'08, 2008, Lyon, novembre 2008, France
Communication dans un congrès hal-02821711v1

Caractérisation et modélisation de la « fonction symbiotique » de Buchnera aphidicola chez le puceron du pois Acyrthosiphon pisum

H. Charles , Federica Calevro , Stefano Colella , J.M. Fayard , G. Febvay
Séminaire INRA AgroBI, 2008, Bordeaux (France), décembre 2008, France. pp.1-1
Communication dans un congrès hal-00391273v1
Image document

Annotating arthropods genome to study and compare their metabolism: the ArthropodaCyc collection of Cyc databases powered by CycADS

Patrice Baa-Puyoulet , Augusto Vellozo , Jaime Huerta-Cepas , Gérard Febvay , Federica Calevro
13. European Conference on Computational Biology (ECCB), Sep 2014, Strasbourg, France. , 1 p., 2014
Poster de conférence hal-02798101v1

« ArthropodaCyc » : une collection de bases de données enrichies à l’aide de CycADS pour étudier et comparer le métabolisme des arthropodes.

Patrice Baa-Puyoulet , Stefano Colella , Augusto Vellozo , Jaime Huerta-Cepas , Gérard Febvay
17. Colloque de Biologie de l’Insecte - CBI-2013, Oct 2013, Montpellier, France
Poster de conférence hal-03506713v1

The CycADS annotation database system to support the development and update of enriched BioCyc databases. Development of ad hoc BioCyc DB : AcypiCyc, ArthopodaCyc

Patrice Baa-Puyoulet , Augusto Vellozo , Jaime Huerta-Cepas , Gérard Febvay , Toni Gabaldon
5. Réunion Réseau BAPOA, Nov 2012, Villeurbanne, France. 2012
Poster de conférence hal-02806092v1

Using the “CycADS” annotation management system to develop a BioCyc metabolic network database for sequenced arthropods genomes: first steps towards “ArthropodsCyc”

Patrice Baa-Puyoulet , Augusto Vellozo , Jaime Huerta-Cepas , Gérard Febvay , Toni Gabaldon
Rencontres bioinformaticiens et statisticiens de l’INRA, Mar 2011, Versailles, France. 1 p., 2011
Poster de conférence hal-02806205v1

“ArthropodaCyc”: a BioCyc database powered by CycADS to study and compare the metabolism of arthropods

Patrice Baa-Puyoulet , Augusto Vellozo , Jaime Huerta-Cepas , Gérard Febvay , Toni Gabaldon
5. Annual Arthropod Genomics Symposium “Arthropod Genomics 2011: Exploring Diversity, Relating Similarity”, Jun 2011, Kansas City, United States. , 33 p., 2011, Fifth Annual Arthropod Genomics Symposium
Poster de conférence hal-02749029v1

Using the “CycADS” annotation management system to develop a BioCyc metabolic network database for sequenced arthropods genomes: first steps towards “ArthropodsCyc”

Augusto Vellozo , Patrice Baa-Puyoulet , Jaime Huerta-Cepas , Gérard Febvay , Federica Calevro
4. Annual Arthropod Genomics Symposium on “Arthropod Genomics: New Approaches and Outcomes”, Jun 2010, Kansas City, United States. 45 p., 2010, Fourth Annual Arthropod Genomics Symposium
Poster de conférence hal-02753908v1
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A tale of genome, annotations, metabolism and phylogenomics: the pea aphid genome resources

Fabrice Legeai , Stefano Colella , Jaime Huerta-Cepas , Jean-Pierre Gauthier , Augusto Vellozo
10. Cold Spring Harbor Laboratory / Wellcome Trust conference on Genome Informatics, Sep 2010, Hinxton, United Kingdom. 1 p., 2010
Poster de conférence hal-01231276v1

Annotation of metabolism genes : towads the implementation of an Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc) to perform metabolic network analyses

Stefano Colella , Augusto Vellozo , L. Cottret , Gérard Febvay , Federica Calevro
4. Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 1", 2008, Princetown, juillet 2008, United States. 2008
Poster de conférence hal-02818508v1