Isabelle Domaizon

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Publications

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Unraveling Lake Geneva's hypoxia crisis in the Anthropocene

Laura M V Soares , Olivia Desgué‐itier , Cécilia Barouillet , Céline Casenave , Isabelle Domaizon et al.
Limnology and Oceanography Letters, 2025, 10 (1), pp.113-121. ⟨10.1002/lol2.10435⟩
Article dans une revue hal-04727996 v1
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Expanding the European water Framework Directive indicators to address long-term climate change impacts on lakes using mechanistic lake models

L.M.V. Soares , M. Thouillot , Victor Frossard , O. Desgué-Itier , C. Barouillet et al.
Ecological Indicators, 2025, 172, pp.113220. ⟨10.1016/j.ecolind.2025.113220⟩
Article dans une revue hal-04979664 v1

Biodiversity patterns of cyanobacterial oligotypes in lakes and rivers: results of a large-scale metabarcoding survey in the Alpine region

Nico Salmaso , Serena Bernabei , Adriano Boscaini , Camilla Capelli , Leonardo Cerasino et al.
Hydrobiologia, 2024, 851 (4), pp.1789-1805. ⟨10.1007/s10750-023-05423-z⟩
Article dans une revue hal-04523438 v1
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DEEP-C Consortium: Carbon sink or methane source – local to global scale assessment of lentic waters’ role in the climate system

Jean-Philippe Jenny , Laurent Millet , Ronny Lauerwald , Fanny Colas , Hélène Masclaux et al.
Research Ideas and Outcomes, 2024, 10, pp.e136661. ⟨10.3897/rio.10.e136661⟩
Article dans une revue hal-04746441 v1

Assessing the relevance of DNA metabarcoding compared to morphological identification for lake phytoplankton monitoring

Maria Mercedes Nicolosi Gelis , Alexis Canino , Agnès Bouchez , Isabelle Domaizon , Christophe Laplace-Treyture et al.
Science of the Total Environment, 2024, 914, pp.169774. ⟨10.1016/j.scitotenv.2023.169774⟩
Article dans une revue hal-04523485 v1

Investigating the effects of anthropogenic stressors on lake biota using sedimentary DNA

Cécilia Barouillet , Marie‐eve Monchamp , Stefan Bertilsson , Katie Brasell , Isabelle Domaizon et al.
Freshwater Biology, 2023, 68 (11), pp.1799-1817. ⟨10.1111/fwb.14027⟩
Article dans une revue hal-03909423 v1
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Past and future climate change effects on the thermal regime and oxygen solubility of four peri-alpine lakes

Olivia Desgué-Itier , Laura Melo Vieira Soares , Orlane Anneville , Damien Bouffard , Vincent Chanudet et al.
Hydrology and Earth System Sciences, 2023, 27 (3), pp.837-859. ⟨10.5194/hess-27-837-2023⟩
Article dans une revue hal-04179072 v1

A quantitative eDNA-based approach to monitor fish spawning in lakes: Application to European perch and whitefish

Marine Vautier , Cécile Chardon , Chloé Goulona , Jean Guillard , Isabelle Domaizon
Fisheries Research, 2023, 264, pp.106708. ⟨10.1016/j.fishres.2023.106708⟩
Article dans une revue hal-04247589 v1
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Physico-chemical and high frequency monitoring dataset from mesocosm experiments simulating extreme climate events in lakes

Viet Tran-Khac , Philippe Quetin , Laurent Espinat , Laura Crépin , Charlotte Cousin et al.
Data in Brief, 2023, 49, pp.109302. ⟨10.1016/j.dib.2023.109302⟩
Article dans une revue (data paper) hal-04183185 v1
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Which barcode to decipher freshwater microalgal assemblages? Tests on mock communities

Alexis Canino , Clarisse Lemonnier , Benjamin Alric , Agnes Bouchez , Isabelle Domaizon et al.
International Journal of Limnology, 2023, 59, pp.8. ⟨10.1051/limn/2023008⟩
Article dans une revue hal-04210529 v1
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Do temperature and population size structure influence the quantity of fish eDNA in water?

Alix Hervé , Isabelle Domaizon , Jean-Marc Baudoin , Tony Dejean , Pierre Gibert et al.
Frontiers in Environmental Science, 2023, 11, pp.1193393. ⟨10.3389/fenvs.2023.1193393⟩
Article dans une revue hal-04177222 v1

DNA sequence and taxonomic gap analyses to quantify the coverage of aquatic cyanobacteria and eukaryotic microalgae in reference databases: Results of a survey in the Alpine region

Nico Salmaso , Valentin Vasselon , Frédéric Rimet , Marine Vautier , Tina Elersek et al.
Science of the Total Environment, 2022, 834, pp.155175. ⟨10.1016/j.scitotenv.2022.155175⟩
Article dans une revue hal-04032847 v1
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Spatio-temporal variability of eDNA signal and its implication for fish monitoring in lakes

Alix Hervé , Isabelle Domaizon , Jean-Marc Baudoin , Tony Dejean , Pierre Gibert et al.
PLoS ONE, 2022, 17 (8), pp.e0272660. ⟨10.1371/journal.pone.0272660⟩
Article dans une revue hal-03752734 v1
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Paleoreconstructions of ciliate communities reveal long-term ecological changes in temperate lakes

Cécilia Barouillet , Valentin Vasselon , François Keck , Laurent Millet , David Etienne et al.
Scientific Reports, 2022, 12, ⟨10.1038/s41598-022-12041-7⟩
Article dans une revue hal-03667008 v1

Alpine freshwater fish biodiversity assessment: an inter-calibration test for metabarcoding method set up

Giulia Riccioni , Isabelle Domaizon , Andrea Gandolfi , Massimo Pindo , Adriano Boscaini et al.
Advances in Oceanography and Limnology, 2022, 13 (1), ⟨10.4081/aiol.2022.10017⟩
Article dans une revue hal-04698495 v1

Environmental paleomicrobiology: using DNA preserved in aquatic sediments to its full potential

Eric Capo , Marie‐eve Monchamp , Marco J.L. Coolen , Isabelle Domaizon , Linda Armbrecht et al.
Environmental Microbiology, 2022, 24 (5), pp.2201-2209. ⟨10.1111/1462-2920.15913⟩
Article dans une revue hal-03559830 v1

Past and future climate change effects on thermal regime and oxygen solubility of four peri-alpine lakes

Olivia Desgué-Itier , Laura Melo Vieira Soares , Orlane Anneville , Damien Bouffard , Vincent Chanudet et al.
EGUsphere, 2022, 71, pp.101764. ⟨10.5194/egusphere-2022-260⟩
Article dans une revue hal-03960925 v1

Seasonal Dynamics of Abundance, Structure, and Diversity of Methanogens and Methanotrophs in Lake Sediments

Emilie Lyautey , Elodie Billard , Nathalie Tissot , Stéphan Jacquet , Isabelle Domaizon
Microbial ecology, 2021, 82 (3), pp.559 - 571. ⟨10.1007/s00248-021-01689-9⟩
Article dans une revue hal-03770085 v1
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Landscape Setting Drives the Microbial Eukaryotic Community Structure in Four Swedish Mountain Lakes over the Holocene

Eric Capo , Sofia Ninnes , Isabelle Domaizon , Stefan Bertilsson , Christian Bigler et al.
Microorganisms, 2021, 9 (2), pp.355. ⟨10.3390/microorganisms9020355⟩
Article dans une revue hal-03148560 v1

Fish eDNA metabarcoding from aquatic biofilm samples: Methodological aspects

Sinziana Rivera , Frédéric Rimet , Valentin Vasselon , Marine Vautier , Isabelle Domaizon et al.
Molecular Ecology Resources, 2021, ⟨10.1111/1755-0998.13568⟩
Article dans une revue hal-03510613 v1
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Phytool, a ShinyApp to homogenise taxonomy of freshwater microalgae from DNA barcodes and microscopic observations

Alexis Canino , Agnes Bouchez , Christophe Laplace-Treyture , Isabelle Domaizon , Frédéric Rimet
Metabarcoding and Metagenomics, 2021, 5, pp.199-205. ⟨10.3897/mbmg.5.74096⟩
Article dans une revue hal-03484541 v1

Rapid responses of pristine marine planktonic communities in experimental approach to diuron and naphthalene (Juan de Nova Island, Western Indian Ocean)

Marc Bouvy , Christine Dupuy , Patrice Got , Isabelle Domaizon , Claire Carré et al.
Marine and Freshwater Research, 2021, ⟨10.1071/MF20276⟩
Article dans une revue hal-03204173 v1
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PaleoEcoGen: Unlocking the power of ancient environmental DNA to understand past ecological trends

Marie-Eve Monchamp , L. Armbrecht , E. Capo , M.J.L. Coolen , T. Cordier et al.
Past Global Changes Magazine, 2021, 29 (2), pp.102. ⟨10.22498/pages.29.2.102⟩
Article dans une revue hal-03452758 v1
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Physico-chemical dataset from an in situ mesocosm experiment simulating extreme climate events in Lake Geneva (MESOLAC)

Viet Tran-Khac , Pascal Perney , Laura Crépin , Philippe Quetin , Isabelle Domaizon et al.
Data in Brief, 2021, 36, pp.107150. ⟨10.1016/j.dib.2021.107150⟩
Article dans une revue (data paper) hal-03228202 v1
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Protist taxonomic and functional diversity in soil, freshwater and marine ecosystems

David Singer , Christophe V W Seppey , Guillaume Lentendu , Micah Dunthorn , David Bass et al.
Environment International, 2021, 146, pp.106262. ⟨10.1016/j.envint.2020.106262⟩
Article dans une revue hal-03028115 v1
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Short-term dynamics of $Bdellovibrio$ and like organisms in Lake Geneva in response to a simulated climatic extreme event

J. Ezzedine , A. Janicot , Serena Rasconi , Isabelle Domaizon , Stéphan Jacquet
Microbial ecology, 2021, 84, pp.717-729. ⟨10.1007/s00248-021-01875-9⟩
Article dans une revue hal-03419786 v1

Evaluating the congruence between DNA ‐based and morphological taxonomic approaches in water and sediment trap samples: Analyses of a 36‐month time series from a temperate monomictic lake

Joanna Gauthier , David Walsh , Daniel Selbie , Alyssa Bourgeois , Katherine Griffiths et al.
Limnology and Oceanography, 2021, ⟨10.1002/lno.11856⟩
Article dans une revue hal-03297453 v1
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Lake Sedimentary DNA Research on Past Terrestrial and Aquatic Biodiversity: Overview and Recommendations

Eric Capo , Charline Giguet-Covex , Alexandra Rouillard , Kevin Nota , Peter Heintzman et al.
Quaternary, 2021, 4 (1), pp.6. ⟨10.3390/quat4010006⟩
Article dans une revue hal-03218984 v1
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The Observatory on LAkes (OLA) database: Sixty years of environmental data accessible to the public

Frédéric Rimet , Orlane Anneville , Denis Barbet , Cécile Chardon , Laura Crépin et al.
Journal of Limnology, 2020, 79 (2), ⟨10.4081/jlimnol.2020.1944⟩
Article dans une revue hal-04668610 v1
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Assessing the response of micro-eukaryotic diversity to the Great Acceleration using lake sedimentary DNA

François Keck , Laurent Millet , Didier Debroas , David Etienne , Didier Galop et al.
Nature Communications, 2020, 11, 8 p. ⟨10.1038/s41467-020-17682-8⟩
Article dans une revue hal-02910139 v1
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In situ pelagic dataset from continuous monitoring: A mesocosm experiment in Lake Geneva (MESOLAC)

Viet Tran-Khac , Philippe Quetin , Isabelle Domaizon , Stéphan Jacquet , Laurent Espinat et al.
Data in Brief, 2020, 32, pp.106255. ⟨10.1016/j.dib.2020.106255⟩
Article dans une revue (data paper) hal-03002705 v1
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Scientists’ Warning to Humanity: Rapid degradation of the world’s large lakes

Jean-Philippe Jenny , Orlane Anneville , Fabien Arnaud , Yoann Baulaz , Damien Bouffard et al.
Journal of Great Lakes Research, 2020, 46 (4), pp.686-702. ⟨10.1016/j.jglr.2020.05.006⟩
Article dans une revue hal-03025852 v1

The Observatory on LAkes (OLA) database: Sixty years of environmental data accessible to the public

Frédéric Rimet , Orlane Anneville , Denis Barbet , Cécile Chardon , Laura Crépin et al.
Journal of Limnology, 2020, 79 (2), ⟨10.4081/jlimnol.2020.1944⟩
Article dans une revue hal-04698543 v1
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The Observatory on LAkes (OLA) database: Sixty years of environmental data accessible to the public

Frédéric Rimet , Orlane Anneville , Denis Barbet , Cécile Chardon , Laura Crepin et al.
Journal of Limnology, 2020, 79 (2), pp.164-178. ⟨10.4081/jlimnol.2020.1944⟩
Article dans une revue hal-02916312 v1

Global distribution of Trebouxiophyceae diversity explored by high‐throughput sequencing and phylogenetic approaches

Sebastian Metz , David Singer , Isabelle Domaizon , Fernando Unrein , Enrique Lara
Environmental Microbiology, 2019, pp.3885-3895. ⟨10.1111/1462-2920.14738⟩
Article dans une revue hal-02618752 v1

Macrophytes moderate the taxonomic and functional composition of phytoplankton assemblages during a nutrient loading experiment

Jennifer L. Barrow , Beatrix E. Beisner , Rachel Giles , Alessandra Giani , Isabelle Domaizon et al.
Freshwater Biology, 2019, 64 (8), pp.1369-1381. ⟨10.1111/fwb.13311⟩
Article dans une revue hal-02625019 v1
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Diversity, spatial distribution and activity of fungi in freshwater ecosystems

Cécile Lepère , Isabelle Domaizon , Jean-François Humbert , Ludwig Jardillier , Mylène Hugoni et al.
PeerJ, 2019, 7, pp.e6247. ⟨10.7717/peerj.6247⟩
Article dans une revue hal-02058841 v1
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How does environmental inter-annual variability shape aquatic microbial communities? A 40-year annual record of sedimentary DNA from a boreal lake (Nylandssjön, Sweden)

Eric Capo , Johan Rydberg , Julie Tolu , Isabelle Domaizon , Didier Debroas et al.
Frontiers in Ecology and Evolution, 2019, 7, ⟨10.3389/fevo.2019.00245⟩
Article dans une revue hal-02618844 v1
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Assessing pollution of aquatic environments with diatoms' DNA metabarcoding: experience and developments from France Water Framework Directive networks

Valentin Vasselon , Frédéric Rimet , Isabelle Domaizon , Olivier Monnier , Yorick Reyjol et al.
Metabarcoding and Metagenomics, 2019, 3, ⟨10.3897/mbmg.3.39646⟩
Article dans une revue hal-03148548 v1
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Development and implementation of eco-genomic tools for aquatic ecosystem biomonitoring: the SYNAQUA French-Swiss program

Estelle Lefrancois , Laure Apothéloz-Perret-Gentil , Philippe Blancher , Samuel Botreau , Cécile Chardon et al.
Environmental Science and Pollution Research, 2018, 25 (34), pp.33858-33866. ⟨10.1007/s11356-018-2172-2⟩
Article dans une revue hal-02916342 v1

Patterns and drivers of deep chlorophyll maxima structure in 100 lakes: The relative importance of light and thermal stratification

Taylor H. Leach , Beatrix E. Beisner , Cayelan C. Carey , Patricia Pernica , Kevin C. Rose et al.
Limnology and Oceanography, 2018, 63 (2), pp.628-646. ⟨10.1002/lno.10656⟩
Article dans une revue hal-02628735 v1

Homogenization of lake cyanobacterial communities over a century of climate change and eutrophication

Marie-Eve Monchamp , Piet Spaak , Isabelle Domaizon , Nathalie Dubois , Damien Bouffard et al.
Nature Ecology & Evolution, 2018, 2 (2), pp.317-324. ⟨10.1038/s41559-017-0407-0⟩
Article dans une revue hal-02621266 v1
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Patterns and drivers of deep chlorophyll maxima structure in 100 lakes: The relative importance of light and thermal stratification

Taylor H Leach , Beatrix E Beisner , Cayelan Carey , Patricia Pernica , Kevin C Rose et al.
Limnology and Oceanography Bulletin, 2018, 63 (2), pp.628-646. ⟨10.1002/lno.10656⟩
Article dans une revue hal-02916345 v1

The future of biotic indices in the ecogenomic era: Integrating (e)DNA metabarcoding in biological assessment of aquatic ecosystems

Jan Pawlowski , Mary Kelly-Quinn , Florian Altermatt , Laure Apothéloz-Perret-Gentil , Pedro Beja et al.
Science of the Total Environment, 2018, 637-638, pp.1295-1310. ⟨10.1016/j.scitotenv.2018.05.002⟩
Article dans une revue (article de synthèse) hal-02629210 v1

Tracking a century of changes in microbial eukaryotic diversity in lakes driven by nutrient enrichment and climate warming

Eric Capo , Didier Debroas , Fabien Arnaud , Marie-Elodie Perga , Cècile Chardon et al.
Environmental Microbiology, 2017, 19 (7), pp.2873 - 2892. ⟨10.1111/1462-2920.13815⟩
Article dans une revue hal-01598575 v1

To what extent is the DNA of microbial eukaryotes modified during burying into lake sediments? A repeat-coring approach on annually laminated sediments

Eric Capo , Isabelle Domaizon , Dominique Maier , Didier Debroas , Christian Bigler
Journal of Paleolimnology, 2017, 58 (4), pp.479 - 495. ⟨10.1007/s10933-017-0005-9⟩
Article dans une revue hal-01734500 v1
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Application of high-throughput sequencing (HTS) metabarcoding to diatom biomonitoring: Do DNA extraction methods matter?

Valentin Vasselon , Isabelle Domaizon , Frédéric Rimet , Maria Kahlert , Agnes Bouchez
Freshwater Science, 2017, 36 (1), pp.162-177. ⟨10.1086/690649⟩
Article dans une revue hal-01606868 v1

DNA-based methods in paleolimnology: new opportunities for investigating long-term dynamics of lacustrine biodiversity

Isabelle Domaizon , Amanda Winegardner , Eric Capo , Joanna Gauthier , Irene Gregory-Eaves
Journal of Paleolimnology, 2017, 58 (1), pp.1-21. ⟨10.1007/s10933-017-9958-y⟩
Article dans une revue hal-01607544 v1
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Avoiding quantification bias in metabarcoding: Application of a cell biovolume correction factor in diatom molecular biomonitoring

Valentin Vasselon , Agnes Bouchez , Frédéric Rimet , Stéphan Jacquet , Rosa Trobajo et al.
Methods in Ecology and Evolution, 2017, 9 (4), pp.1060-1069. ⟨10.1111/2041-210X.12960⟩
Article dans une revue hal-02916343 v1

Overview of freshwater microbial eukaryotes diversity: a first analysis of publicly available metabarcoding data

Didier Debroas , Isabelle Domaizon , Jean-François Humbert , Ludwig Jardillier , Cécile Lepère et al.
FEMS Microbiology Ecology, 2017, 93 (4), pp.1-14. ⟨10.1093/femsec/fix023⟩
Article dans une revue hal-01599376 v1

Local human pressures influence gene flow in a hybridizing Daphnia species complex

Benjamin Alric , M. Most , Isabelle Domaizon , Cécile Pignol , P. Spaak et al.
Journal of Evolutionary Biology, 2016, 29 (4), pp.720-735. ⟨10.1111/jeb.12820⟩
Article dans une revue hal-02631603 v1

Local human pressures influence gene flow in a hybridizing Daphnia species complex

B. Alric , M. Möst , I. Domaizon , C. Pignol , P. Spaak et al.
Journal of Evolutionary Biology, 2016, 29 (4), pp.720-735
Article dans une revue hal-02009264 v1
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Trophic relationships between metazooplankton communities and their plankton food sources in the Iles Eparses (Western Indian Ocean)

Christine Dupuy , Marc Pagano , Patrice Got , Isabelle Domaizon , Alexis Chappuis et al.
Marine Environmental Research, 2016, 116, pp.18 - 31. ⟨10.1016/j.marenvres.2016.02.011⟩
Article dans une revue hal-04856869 v1

Molecular microbiology methods for environmental diagnosis

Théodore Bouchez , A. L. Blieux , Samuel S. Dequiedt , Isabelle Domaizon , Alexis Dufresne et al.
Environmental Chemistry Letters, 2016, 14 (4), pp.423--441. ⟨10.1007/s10311-016-0581-3⟩
Article dans une revue (article de synthèse) hal-01413017 v1
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Trophic relationships between metazooplankton communities and their plankton food sources in the Iles Eparses (Western Indian Ocean)

Christine Dupuy , Marc Pagano , Patrice Got , Isabelle Domaizon , Alexis Chappuis et al.
Marine Environmental Research, 2016, 116, pp.18-31. ⟨10.1016/j.marenvres.2016.02.011⟩
Article dans une revue hal-02638616 v1
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Plankton communities of the five "Iles Eparses" (Western Indian Ocean) considered to be pristine ecosystems

M Bouvy , Patrice Got , Isabelle Domaizon , M. Pagano , Christophe Leboulanger et al.
Acta Oecologica, 2016, 72, pp.9-20. ⟨10.1016/j.actao.2015.10.013⟩
Article dans une revue hal-01420386 v1
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Diversity and Dynamics of Active Small Microbial Eukaryotes in the Anoxic Zone of a Freshwater Meromictic Lake (Pavin, France)

Cécile Lepère , Isabelle Domaizon , Mylène Hugoni , Agnès Vellet , Didier Debroas
Frontiers in Microbiology, 2016, 7 (130), ⟨10.3389/fmicb.2016.00130⟩
Article dans une revue hal-01599386 v2

Long-term dynamics in microbial eukaryotes communities: a palaeolimnological view based on sedimentary DNA

Éric Capo , Didier Debroas , Fabien Arnaud , Typhaine Guillemot , Vincent Bichet et al.
Molecular Ecology, 2016, 25 (23), pp.5925-5943. ⟨10.1111/mec.13893⟩
Article dans une revue istex hal-01568922 v1

Evidence for an active rare biosphere within freshwater protists community

Didier Debroas , Mylène Hugoni , Isabelle Domaizon
Molecular Ecology Resources, 2015, 24 (6), pp.1236-1247. ⟨10.1111/mec.13116⟩
Article dans une revue istex hal-01245679 v1
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Temporal Dynamics of Active Prokaryotic Nitrifiers and Archaeal Communities from River to Sea

Mylène Hugoni , Hélène Agogué , Najwa Taib , Isabelle Domaizon , Anne Moné et al.
Aquatic Microbial Ecology, 2015, 70 (2), pp.473-483. ⟨10.1007/s00248-015-0601-z⟩
Article dans une revue hal-01354835 v1

Multi-scale phylogenetic heterogeneity of archaea, bacteria, methanogens and methanotrophs in lake sediments

Elodie Billard , Isabelle Domaizon , Nathalie Tissot , Fabien Arnaud , Emilie Lyautey
Hydrobiologia, 2015, 751 (751), pp. 159-173. ⟨10.1007/s10750-015-2184-6⟩
Article dans une revue hal-01349098 v1

Acceleration of cyanobacterial dominance in north temperate-subarctic lakes during the Anthropocene

Zofia E Taranu , Irene Gregory-Eaves , Peter R Leavitt , Lynda Bunting , Teresa Buchaca et al.
Ecology Letters, 2015, 18 (4), pp.375-84. ⟨10.1111/ele.12420⟩
Article dans une revue istex hal-02639692 v1
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Nodularin and cylindrospermopsin: a review of their effects on fish

Benoît Sotton , Isabelle Domaizon , Orlane Anneville , Franck Cattanéo , Jean Guillard
Reviews in Fish Biology and Fisheries, 2015, 25 (1), pp.1-19. ⟨10.1007/s11160-014-9366-6⟩
Article dans une revue (article de synthèse) hal-02636183 v1
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Temporal dynamics of active Archaea in oxygen-depleted zones of two deep lakes

Mylène Hugoni , Isabelle Domaizon , Najwa Taib , Corinne Biderre-Petit , Hélène Agogué et al.
Environmental Microbiology Reports, 2015, 7 (2), pp.321-329. ⟨10.1111/1758-2229.12251⟩
Article dans une revue hal-01354841 v1
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Blue-Green Algae in a “Greenhouse Century”? New Insights from Field Data on Climate Change Impacts on Cyanobacteria Abundance

Orlane Anneville , Isabelle Domaizon , Onur Kerimoglu , Frédéric Rimet , Stéphan Jacquet
Ecosystems, 2015, 18 (3), pp.441-458. ⟨10.1007/s10021-014-9837-6⟩
Article dans une revue hal-02916371 v1
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High-resolution paleolimnology opens new management perspectives for lakes adaptation to climate warming

Marie-Elodie Perga , Victor Frossard , Jean-Philippe Jenny , Benjamin Alric , Fabien Arnaud et al.
Frontiers in Ecology and Evolution, 2015, 3, pp.72. ⟨10.3389/fevo.2015.00072⟩
Article dans une revue hal-01691615 v1

Is Planktonic Diversity Well Recorded in Sedimentary DNA? Toward the Reconstruction of Past Protistan Diversity

Eric Capo , Didier Debroas , Fabien Arnaud , Isabelle Domaizon
Microbial ecology, 2015, 70 (4), pp.865-875. ⟨10.1007/s00248-015-0627-2⟩
Article dans une revue hal-01254671 v1

Effects of nutrients and warming on Planktothrix dynamics and diversity: a palaeolimnological view based on sedimentary DNA and RNA

Olga Savichtcheva , Didier Debroas , Marie Elodie Perga , Fabien Arnaud , Clement Villar et al.
Freshwater Biology, 2015, 60 (1), pp.31-49. ⟨10.1111/fwb.12465⟩
Article dans une revue istex hal-01452304 v1

Trophic transfer of microcystins through the lake pelagic food web

Benoît Sotton , Jean Guillard , Orlane Anneville , Marjorie Marechal , Olga Savichtcheva et al.
Science of the Total Environment, 2014, 466, pp.152-163. ⟨10.1016/j.scitotenv.2013.07.020⟩
Article dans une revue hal-02638414 v1

The need for ecological monitoring of freshwaters in a changing world: a case study of Lakes Annecy, Bourget, and Geneva

Stéphan Jacquet , Isabelle Domaizon , Orlane Anneville
Environmental Monitoring and Assessment, 2014, 186 (6), pp.3455-3476. ⟨10.1007/s10661-014-3630-z⟩
Article dans une revue hal-02639966 v1

When is sampling complete? The effects of geographical range and marker choice on perceived diversity in Nitzschia palea (Bacillariophyta)

Frédéric Rimet , Rosa Trobajo , David.G. Mann , Lenaïg Kermarrec , Alain Franc et al.
Protist, 2014, 165 (3), pp.245-259. ⟨10.1016/j.protis.2014.03.005⟩
Article dans une revue hal-02640347 v1
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Long livestock farming history and human landscape shaping revealed by lake sediment DNA

Charline Giguet-Covex , Johan Pansu , Fabien Arnaud , Pierre-Jérôme Rey , Christophe Griggo et al.
Nature Communications, 2014, 5, 7p. ⟨10.1038/ncomms4211⟩
Article dans une revue halsde-00944038 v1

Geographic distance and ecosystem size determine the distribution of smallest protists in lacustrine ecosystems.

Cécile Lepère , Isabelle Domaizon , Najwa Taïb , Jean-François Mangot , Gisèle Bronner et al.
FEMS Microbiology Ecology, 2013, 85 (1), epub ahead of print. ⟨10.1111/1574-6941.12100⟩
Article dans une revue hal-00806709 v1
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Structure of the rare archaeal biosphere and seasonal dynamics of active ecotypes in surface coastal waters

Mylène Hugoni , Najwa Taib , Didier Debroas , Isabelle Domaizon , Isabelle Jouan-Dufournel et al.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2013, 110 (15), pp.6004-6009. ⟨10.1073/pnas.1216863110⟩
Article dans une revue hal-01354640 v1
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Impact of Toxic Cyanobacterial Blooms on Eurasian Perch (Perca fluviatilis): Experimental Study and In Situ Observations in a Peri-Alpine Lake

Benoit Sotton , Jean Guillard , Sylvie Bony , Alain Devaux , Isabelle Domaizon et al.
PLoS ONE, 2013, 12 e52243 (12), pp.1-12. ⟨10.1371/journal.pone.0052243⟩
Article dans une revue halsde-00787614 v1

Dynamics of ammonia-oxidizing Archaea and Bacteria in contrasted freshwater ecosystems.

Mylène Hugoni , Sandrine Etien , Antoine Bourges , Cécile Lepère , Isabelle Domaizon et al.
Research in Microbiology, 2013, 164 (4), a compléter. ⟨10.1016/j.resmic.2013.01.004⟩
Article dans une revue hal-00813624 v1
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Phylogenetic Affiliation of SSU rRNA Genes Generated by Massively Parallel Sequencing: New Insights into the Freshwater Protist Diversity

Najwa Taib , Jean-François Mangot , Isabelle Domaizon , Gisèle Bronner , Didier Debroas
PLoS ONE, 2013, 8 (3), pp.e58950. ⟨10.1371/journal.pone.0058950⟩
Article dans une revue hal-00840867 v1

Are cyanobacterial blooms trophic dead ends?

Marie-Elodie Perga , Isabelle Domaizon , Jean Guillard , Valérie Hamelet , Orlane Anneville
Oecologia, 2013, 172 (2), pp.551 - 562. ⟨10.1007/s00442-012-2519-1⟩
Article dans une revue istex hal-02651948 v1
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DNA from lake sediments reveals the long-term dynamics and diversity of Synechococcus assemblages

Isabelle Domaizon , Olga Savichtcheva , Didier Debroas , Fabien Arnaud , Clement Villar et al.
Biogeosciences, 2013, 10 (10), p. 3817-3838. ⟨10.5194/bg-10-3817-2013⟩
Article dans une revue halsde-00866805 v1
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Dynamique de la biodiversité lacustre et changement global : les lacs périalpins

Bernard Montuelle , Orlane Anneville , Alexis Champigneulle , Isabelle Domaizon , Jean Marcel Dorioz et al.
Innovations Agronomiques, 2012, 23, pp.3-18. ⟨10.17180/ba6r-nr55⟩
Article dans une revue hal-02649651 v1

Evolution de paramètres clés indicateurs de la qualité des eaux et du fonctionnement écologique des grands lacs péri-alpins (Léman, Annecy, Bourget): Etude comparative de trajectoires de restauration post-eutrophisation

Stéphan Jacquet , Orlane Anneville , Isabelle Domaizon
Archives des sciences, 2012, 65, pp.225-242
Article dans une revue hal-02643962 v1

Short-term uptake of microcystin-LR by Coregonus lavaretus: GST activity and genotoxicity

Benoit Sotton, , Alain Devaux , Nicolas Givaudan , Jean Guillard , Isabelle Domaizon et al.
Ecotoxicology, 2012, 21 (7), pp.1788-1796. ⟨10.1007/s10646-012-0913-4⟩
Article dans une revue istex halsde-00747223 v1

Short-term dynamics of diversity patterns: evidence of continual reassembly within lacustrine small eukaryotes.

Jean-François Mangot , Isabelle Domaizon , Najwa Taib , Nemr Marouni , Emilie Duffaud et al.
Environmental Microbiology, 2012, 15 (6), epub ahead of print. ⟨10.1111/1462-2920.12065⟩
Article dans une revue istex hal-00821927 v1
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Short-term responses of unicellular planktonic eukaryotes to increases in temperature and UVB radiation.

Isabelle Domaizon , Cécile Lepère , Didier Debroas , Marc Bouvy , Jean Francois Ghiglione et al.
BMC Microbiology, 2012, 12, pp.202. ⟨10.1186/1471-2180-12-202⟩
Article dans une revue hal-00816078 v1

A 2-Year assessment of the main environmental factors driving the free-living bacterial community structure in Lake Bourget (France)

Lyria Berdjeb , Jean François Ghiglione , Isabelle Domaizon , Stéphan Jacquet
Microbial ecology, 2011, 61 (4), pp.941-954. ⟨10.1007/s00248-010-9767-6⟩
Article dans une revue istex hal-02651736 v1
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Ecological traits of planktonic viruses and prokaryotes along a full-salinity gradient.

Yvan Bettarel , Thierry Bouvier , Corinne Bouvier , Claire Carré , Anne Desnues et al.
FEMS Microbiology Ecology, 2011, 76 (2), pp.360-72. ⟨10.1111/j.1574-6941.2011.01054.x⟩
Article dans une revue hal-00820091 v1

Virus, bactéries et protistes pathogènes du phytoplancton, le rôle insoupçonné des parasites dans le fonctionnement des écosystèmes aquatiques

Stéphan Jacquet , Isabelle Domaizon , Sylvie Masquelier , Cécile Lepère , Laure Guillou et al.
Le Courrier de l'environnement de l'INRA, 2011, 60 (60), pp.37-50
Article dans une revue hal-01196814 v1

Spatial match between Planktothrix rubescens and whitefish in a mesotrophic peri-alpine lake : Evidence of toxins accumulation

Benoît Sotton , Orlane Anneville , Sabrina Cadel-Six , Isabelle Domaizon , Sophie Krys et al.
Harmful Algae, 2011, 10, pp.749-758. ⟨10.1016/j.hal.2011.06.006⟩
Article dans une revue istex hal-02651021 v1

Diversity and dynamics of free-living and particle-associated Betaproteobacteria and Actinobacteria in relation to phytoplankton and zooplankton communities.

Bushra Parveen , Jean-Philippe Reveilliez , Isabelle Mary , Viviane Ravet , Gisèle Bronner et al.
FEMS Microbiology Ecology, 2011, 77 (3), pp.461-76. ⟨10.1111/j.1574-6941.2011.01130.x⟩
Article dans une revue hal-00841014 v1

Quantitative PCR enumeration of total/toxic Planktothrix rubescens and total cyanobacteria in preserved DNA isolated from lake sediments.

Olga Savichtcheva , Didier Debroas , Rainer Kurmayer , Clement Villar , Jean-Philippe Jenny et al.
Applied and Environmental Microbiology, 2011, 77 (24), pp.8744-53. ⟨10.1128/AEM.06106-11⟩
Article dans une revue hal-00840945 v1

Trophic interactions between viruses, bacteria and nanoflagellates under various nutrient conditions and simulated climate change.

M. Bouvy , Y. Bettarel , C. Bouvier , I. Domaizon , S. Jacquet et al.
Environmental Microbiology, 2011, 13 (7), pp.1842-57. ⟨10.1111/j.1462-2920.2011.02498.x⟩
Article dans une revue istex hal-00819823 v1
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Effect of grazers and viruses on bacterial community structure and production in two contrasting trophic lakes

Lyria Berdjeb , Thomas Pollet , Isabelle Domaizon , Stéphan Jacquet
BMC Microbiology, 2011, 11 (88), pp.88. ⟨10.1186/1471-2180-11-88⟩
Article dans une revue hal-02646358 v1

Vertical structure of small eukaryotes in three lakes that differ by their trophic status: a quantitative approach

Cécile Lepère , Sylvie Masquelier , Jean-François Mangot , Didier Debroas , Isabelle Domaizon
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2010, 4, pp.1509-1519. ⟨10.1038/ismej.2010.83⟩
Article dans une revue hal-00528243 v1

Review of the Perkinsozoa, a well-known marine protozoan flagellate parasite group, newly discovered in lacustrine systems

Jean-François Mangot , Didier Debroas , Isabelle Domaizon
Hydrobiologia, 2010, 659 (xx), pp.xxx-xxx. ⟨10.1007/s10750-010-0268-x⟩
Article dans une revue istex hal-00528246 v1

Seasonal and spatial variability of virio-, bacterio- and picophytoplanktonic abundances in three peri-alpine lakes

Sébastien Personnic , Isabelle Domaizon , Ursula Dorigo , Lyria Berdjeb , Stéphan Jacquet
Hydrobiologia, 2009, 627, pp.99-116. ⟨10.1007/s10750-009-9718-8⟩
Article dans une revue istex hal-02661745 v1

Community structure and dynamics of small eukaryotes targeted by new oligonucleotide probes: new insight into the lacustrine microbial food web

Jean-François Mangot , Cécile Lepère , Christophe Bouvier , Didier Debroas , Isabelle Domaizon
Applied and Environmental Microbiology, 2009, 75 (19), pp.6373-81. ⟨10.1128/AEM.00607-09⟩
Article dans une revue hal-00528240 v1

Seasonal variations of microbial abundances and virus-versus flagellate-induced mortality of picoplankton in three peri-alpine lakes

Sébastien Personnic , Isabelle Domaizon , Télesphore Sime-Ngando , Stéphan Jacquet
Journal of Plankton Research, 2009, 31 (10), pp.1161-1177. ⟨10.1093/plankt/fbp057⟩
Article dans une revue hal-02667589 v1

Seasonal variations of microbial abundances and virus- vs flagellate-induced mortality of picoplankton in three peri-alpine lakes

Sébastien Personnic , Isabelle Domaizon , Télesphore Sime-Ngando , Stéphan Jacquet
Journal of Plankton Research, 2009, 31 (10), pp.1161-1177
Article dans une revue hal-00527095 v1

Unexpected importance of potential parasites in the composition of the freshwater small-eukaryote community

Cécile Lepère , Isabelle Domaizon , Didier Debroas
Applied and Environmental Microbiology, 2008, 74 (10), pp.2940-9. ⟨10.1128/AEM.01156-07⟩
Article dans une revue hal-00528208 v1

Short term variations in abundances and potential activities of viruses, bacteria and nanoprotists in Lake Bourget

Télesphore Sime-Ngando , Jonathan Colombet , Sébastien Personnic , Isabelle Domaizon , Ursula Dorigo et al.
Ecological Research, 2008, 23, pp.851-861
Article dans une revue hal-02656091 v1

Short-term variations in abundances and potential activities of viruses, bacteria and nanoprotists in Lake Bourget

Télesphore Sime-Ngando , J. Colombet , Sébastien Personnic , Isabelle Domaizon , Ursula Dorigo et al.
Ecological Research, 2008, 23 (5), pp.851-861. ⟨10.1007/s11284-007-0448-y⟩
Article dans une revue istex hal-00525993 v1

Do small grazers influence virus-induced mortality of bacteria in Lake Bourget (France)?

Stéphan Jacquet , Isabelle Domaizon , Sébastien Personnic , Télesphore Sime-Ngando
Fundamental and Applied Limnology, 2007, 170 (2), pp.125-132
Article dans une revue hal-00525972 v1

Community composition of lacustrine small eukaryotes in hyper-eutrophic conditions in relation to top-down and bottom-up factors

Cécile Lepère , Isabelle Domaizon , Didier Debroas
FEMS Microbiology Ecology, 2007, 61 (3), pp.483-95. ⟨10.1111/j.1574-6941.2007.00359.x⟩
Article dans une revue hal-00528205 v1

Succession and regulation factors of small eukaryote community composition in a lacustrine ecosystem (Lake Pavin)

Cécile Lepère , Delphine Boucher , Ludwig Jardillier , Isabelle Domaizon , Didier Debroas
Applied and Environmental Microbiology, 2006, 72 (4), pp.2971-81. ⟨10.1128/AEM.72.4.2971-2981.2006⟩
Article dans une revue hal-00528203 v1

Assessing the microbial community dynamics and the role of bacteriophages in bacterial mortality in lake Geneva

Solange Duhamel , Isabelle Domaizon , Sébastien Personnic , Stéphan Jacquet
Revue des Sciences de l'Eau / Journal of Water Science, 2006, 19 (2), pp.115-126
Article dans une revue hal-02665567 v1

Microbial community structure and dynamics in the largest natural French lake (lake Bourget)

Jérôme Comte , Stéphan Jacquet , Sylvie Viboud , Dominique Fontvieille , Annie Millery et al.
Microbial ecology, 2006, 52, pp.72-89. ⟨10.1007/s00248-004-0230-4⟩
Article dans une revue istex hal-02665986 v1

Estimates of protozoan- and viral-mediated mortality of bacterioplankton in Lake Bourget (France)

Stéphan Jacquet , Isabelle Domaizon , Sébastien Personnic , Angia Sriram Pradeep Ram , Mikal Hedal et al.
Freshwater Biology, 2005, 50 (4), pp.627-645
Article dans une revue hal-00527477 v1

Estimates of protozoan- and viral-mediated mortality of bacterioplankton in lake Bourget (France)

Stéphan Jacquet , Isabelle Domaizon , Sébastien Personnic , Angia Srieam Pradep Ram , Mikal Hedal et al.
Freshwater Biology, 2005, 50 (4), pp.627-645. ⟨10.1111/j.1365-2427.2005.01349.x⟩
Article dans une revue hal-02682106 v1

Bottom-up and top-down control of bacterial community composition in the euphotic zone of a reservoir

Ludwig Jardillier , Maryline Basset , Isabelle Domaizon , André Belan , Christian Amblard et al.
Aquatic Microbial Ecology, 2004, 35, pp.259-273
Article dans une revue hal-02672401 v1
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Modélisation de la dynamique écologique long-terme des lacs profonds périalpins soumis aux changements climatiques et à des apports en nutriments

Jean-Philippe Jenny , Najwa Sharaf , Rosalie Bruel , Laura M V Soares , Olivia Desgué-Itier et al.
2024
Autre publication scientifique hal-04990809 v1
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One step RT-ddPCR for probes to target eRNA samples : from sample preparation to droplet reading v1

Marine Vautier , Cécile Chardon , Cyrielle Galiegue , Isabelle Domaizon
Autre publication scientifique hal-04888258 v1
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eDNA extraction from water samples filtered through Sterivex filter units (NucleoMag DNA/RNA Water Kit - MACHEREY NAGEL). v1

Marine Vautier , Cécile Chardon , Cyrielle Galiegue , Isabelle Domaizon
Autre publication scientifique hal-04888310 v1
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Prospective des effets du changement climatique sur le lac d’Annecy Tendances et défis à venir concernant les services rendus

Laura M V Soares , Olivia Desgué-Itier , Victor Frossard , Cécilia Barouillet , Yoann Baulaz et al.
2024
Autre publication scientifique hal-04990796 v1
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ddPCR for probes to target eDNA samples : from sample preparation to droplet reading v1

Marine Vautier , Cécile Chardon , Cyrielle Galiegue , Isabelle Domaizon
Autre publication scientifique hal-04888317 v1
Image document

Plankton DNA extraction from Sterivex filter units

Marine Vautier , Cécile Chardon , Camilla Capelli , Rainer Kurmayer , Nico Salmaso et al.
Autre publication scientifique hal-03405852 v1

In situ pelagic dataset from continuous monitoring: a mesocosm experiment in Lake Geneva (MESOLAC)

Viet Tran Khac , Philippe Quétin , Isabelle Domaizon , Stéphan Jacquet , Laurent Espinat et al.
Autre publication scientifique hal-02947529 v1

Accumulation accrue de carbone sédimentaire malgré un contexte de ré-oligotrophisation : Cas des lacs profonds périalpins, France

Olivia Desgué-Itier , Cécilia Barouillet , Isabelle Domaizon , David Etienne , Irene Gregory-Eaves et al.
6èmes Journées Internatinales de limnologie et d'océanographie, Oct 2024, Bordeaux, France
Communication dans un congrès hal-04824010 v1

Applications of environmental DNA-RNA in freshwaters ecosystems: advances, expectations for operational biomonitoring, challenges & prospects

Isabelle Domaizon
International Environmental and Agronomical Genomics symposium, GDR Genomic Environmental (Research work group Environmental Genomics) & France Génomique, Feb 2024, Toulouse, France
Communication dans un congrès hal-04698588 v1

A quantitative eDNA-based method to monitor whitefish spawning in lakes

Marine Vautier , Cécile Chardon , Jean Guillard , Chloé Goulon , Isabelle Domaizon
15th International Symposium on Biology and Management of Coregonid fishes (ISBMC), Sep 2023, Evian-Les-Bains, France
Communication dans un congrès hal-04888566 v1

Lake sedimentary DNA to reveal long-term changes in micro - eukaryotic diversity and lake functioning: Recent advances and challenges

Isabelle Domaizon
Ökologisches Kolloquium Insbruck University, May 2023, Onlince Conference, Austria
Communication dans un congrès hal-04698663 v1
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Integration of lake modeling and paleolimnological records to perform long-term simulations of water quality in Lake Geneva over 250 years (1850–2100 period)

Laura Soares , Olivia Desgué-Itier , Isabelle Domaizon , Cecilia Barouillet , Jean-Philippe Jenny
EGU General Assembly 2023, Apr 2023, Vienna, Austria. ⟨10.5194/egusphere-egu23-15778⟩
Communication dans un congrès hal-04817232 v1

Past and future climate change effects on thermal regime and oxygen solubility of four peri-alpine lakes

Olivia Desgué-Itier , Laura Melo Vieira Soares , Orlane Anneville , Damien Bouffard , Vincent Chanudet et al.
SIL 2022 - 36th Congress of International Society of Limnology, International Society of Limnology, Aug 2022, Berlin, Germany
Communication dans un congrès hal-03961108 v1

Paleo-reconstitutions de la diversité micro-eucaryote au service de questions en écologie lacustre : enjeux, avancées récentes, et challenges.

Isabelle Domaizon
AFEM - Association Francaise d'Ecologie Microbienne- Journées thématiques 2022, Jun 2022, Aubière / Clermont-Ferrand, France
Communication dans un congrès hal-04698634 v1

Détection et suivi d’espèces piscicoles en milieu lacustre par l'ADNe

Isabelle Domaizon
Webinaire ADNe – Journée de réflexion sur le potentiel des méthodes basées sur l’ADN environnemental pour la surveillance et l’évaluation de la biodiversité marine dans le cadre des politiques publiques, PatriNat, Nov 2021, Onlince Conference, France
Communication dans un congrès hal-04698639 v1
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The paradox of increasing long-term carbon sequestration in lake ecosystems despite reoligotrophication : the case of four large French perialpine lakes

Julie Rotschi , Isabelle Domaizon , Irene Gregory-Eaves , Andrea Lami , Cécilia Barouillet et al.
EGU General Assembly 2021, Apr 2021, Vienna, Austria. ⟨10.5194/egusphere-egu21-11911⟩
Communication dans un congrès hal-04817355 v1

Lake sedimentary DNA to reveal long-term changes in aquatic biodiversity and ecosystem functioning

Isabelle Domaizon
1st DNAQUA International Conference, COST DNAqua-Net, Mar 2021, Online, France. ⟨10.3897/aca.4.e65378⟩
Communication dans un congrès hal-04698658 v1

Techniques ADNe appliquées aux milieux aquatiques- Ouvertures et Perspectives

Isabelle Domaizon
Quo vadis, la biosurveillance basée sur l’ADNe ?, COST DNAqua-Net & Carnot Eau et Environnement, Mar 2021, Onlince Conference, France
Communication dans un congrès hal-04698621 v1

eDNA tools for ecological diagnoses in lakes and rivers

Isabelle Domaizon
SUERA Congress : How to support and develop at several levels the dynamics of actors in favour of the preservation and enhancement of water resource and their uses?, SUERA, Nov 2021, Evian les Bains, France
Communication dans un congrès hal-04698647 v1

Lake sedimentary DNA to reveal long-term changes in aquatic biodiversity and ecosystem functioning

Isabelle Domaizon
1st DNAQUA International Conference, COST DNA-QuaNet, 2021, OnLine, France. ⟨10.3897/aca.4.e65378⟩
Communication dans un congrès hal-04698610 v1

Microbial metacommunity: a METABAR coding approach

Marc Buée , Matthieu Barret , Maria Bernard , Didier Debroas , Isabelle Domaizon et al.
2017 Scientific MEM days: Journées scientifiques MEM (Métaomiques et écosystèmes microbiens), Jan 2017, Paris, France
Communication dans un congrès hal-01607836 v1

Environmental DNA metabarcoding to investigate historic changes in biodiversity

Johan Pansu , Charline Giguet-Covex , Francesco Ficetola Gentile , Ludovic Gielly , Frederic Boyer et al.
6th. Congrès International « Barcode of Life », 2015, guelph, Canada. p. 264
Communication dans un congrès hal-01879611 v1

Characterization of prokaryotic and eukaryotic diversity in microbial mats from the gouffre de la Sambuy Seythenex, Savoie, France.

Isabelle Domaizon , Didier Cailhol , Emilie Chalmin , Fabien Hoblea , Yann Tual
"Karst and Microorganisms " 22nd International Karstological School "Classical karst", Jun 2014, Postojna, Slovenia
Communication dans un congrès halsde-01023697 v1

DNA barcoding from lake sediments: an unprecedented "deep" view of past vegetation dynamics and human land-use

Charline Giguet-Covex , Johan Pansu , Pierre Taberlet , Ludovic Gielly , Fabien Arnaud et al.
PAGES 4th Open Science Meeting, 2013, Goa, India
Communication dans un congrès halsde-00931929 v1

Transfert des matières organiques naturelles et polluantes à travers le système karstique : rôle du mondmilch

Emilie Chalmin , Yves Perrette , Jérôme Poulenard , Isabelle Domaizon , Dominique Genty et al.
Séminaire ResMO (Réseau Matières Organiques), Jan 2013, Biarritz, France
Communication dans un congrès halsde-00866790 v1

Lake sediment DNA barcoding: a new tool to reconstruct past human activities and plant cover?

Charline Giguet-Covex , Johan Pansu , Pierre Taberlet , Ludovic Gielly , Fabien Arnaud et al.
International paleolimnology symposium, 2012, Glasgow, United Kingdom
Communication dans un congrès halsde-00932029 v1

Cyanobacterial bloom: trophic dead-ends or unexpected dietary bonus?

Marie-Elodie Perga , Isabelle Domaizon , Jean Guillard , Orlane Anneville
The 7th International Conference on Applications of Stable Isotope Techniques to Ecological Studies, Saisissez le nom du laboratoire, du service ou du département., Ville service., Aug 2012, Brest, France
Communication dans un congrès hal-02802519 v1

Long term dynamics and diversity of freshwater picocyanobacteria: Coupling between molecular tool and paleolimniological approach

Isabelle Domaizon , Olga Savichtcheva , Didier Debroas , Clement Villar , Cécile Pignol et al.
International paleolimnology symposium, 2012, Glasgow, United Kingdom
Communication dans un congrès halsde-00932018 v1

Gliding from limnology to paleolimnology to study the ecosystem-wide consequences of human pressures on lake food webs

Marie-Elodie Perga , Benjamin Alric , Fabien Arnaud , Vincent Berthon , Didier Debroas et al.
International paleolimnology symposium, 2012, Glasgow, United Kingdom
Communication dans un congrès halsde-00931994 v1

The analysis of preserved DNA to assess 17 changes in cyanobacteria and diatoms dynamics and diversity: coupling paleolimninogy and molecular tools

Isabelle Domaizon , Olga Savichtcheva , Amy Kirkham , D. Debroas , Clement Villar et al.
ASLO 2011. Aquatic Sciences Meeting, Feb 2011, San Juan, Puerto Rico
Communication dans un congrès hal-02805945 v1

Characterization of moonmilk deposits as a potential natural recorder of organic matter and contaminant flows

Emilie Chalmin , Yves Perrette , Jérôme Poulenard , Isabelle Domaizon , Abdel Saber
6th International Conférence, Climate Change- the Karst Record, Jun 2011, Birmingham, United Kingdom
Communication dans un congrès halsde-00720121 v1
Image document

The use of preserved DNA to assess historical diatom communities in peri alpine lake Bourget : a paleolimnological approach

Amy Kirkham , Marie-Elodie Perga , Didier Debroas , Clement Villar , Olga Savichtcheva et al.
Journées Internationales de Limnologie, Oct 2010, Thonon-les-Bains, France
Communication dans un congrès hal-02757316 v1
Image document

24 - Distribution spatiale journalière du corégone lors d'un bloom de Planktothrix rubescens : une voie directe d'accumulation de microcystine

Benoît Sotton , Jean Guillard , S. Cadel-Six , Isabelle Domaizon , S. Krys et al.
Journées Internationales de Limnologie, Oct 2010, Thonon-les-Bains, France
Communication dans un congrès hal-02758167 v1
Image document

PCR and quantitative-PCR to analyse prey-specific cladocerans feeding: optimisation of Planktothrix detection in Daphnia diet

Olga Savichtcheva , Benoît Sotton , Clement Villar , Nicolas Givaudan , Orlane Anneville et al.
Journées Internationales de Limnologie, Oct 2010, Thonon-les-Bains, France
Communication dans un congrès hal-02753791 v1
Image document

Application of real-time PCR (QPCR) for enumeration of Planktothrix population (cyanobacteria) in the lake sediments : a paleolimnological approach

Olga Savichtcheva , Didier Debroas , Marie-Elodie Perga , Clement Villar , Amy Kirkham et al.
Journées Internationales de Limnologie, Oct 2010, Thonon-les-Bains, France
Communication dans un congrès hal-02752760 v1
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New insights on potential host-parasites associations revealed by short-term variations of the Perkinsozoa abundance in lacustrine planktonic systems

Jean-François Mangot , Didier Debroas , Isabelle Mary , Isabelle Domaizon
Journées Internationales de Limnologie, Oct 2010, Thonon-les-Bains, France
Communication dans un congrès hal-02757004 v1

Détermination des principaux facteurs régulant la structure eubacterienne dans le lac du Bourget (haute-savoie, france)

Lyria Berdjeb , Jean François Ghiglione , Isabelle Domaizon , Stéphan Jacquet
Journées Internationales de Limnologie, Oct 2010, Thonon-les-Bains, France
Communication dans un congrès hal-02756794 v1

Les Réseaux trophiques microbiens : structure et facteurs de contrôle dans le lac du Bourget

Isabelle Domaizon , Sébastien Personnic , Cécile Lepère , Jérôme Comte , Abdou Mdabe-Sene et al.
Autour du lac du Bourget - Colloque pluridisciplinaire, May 2006, Le Bourget du Lac, France
Communication dans un congrès hal-02758267 v1

Les Réseaux trophiques microbiens

Isabelle Domaizon , Sébastien Personnic , Jérôme Comte , Cécile Lepère , Abdourahmane Mbade Sène et al.
Autour du lac du Bourget, May 2006, Le Bourget du Lac, France. pp. 116-124
Communication dans un congrès halshs-00380857 v1

Research infrastructures for long term experiments and monitoring in freshwater ecosystems facing anthropogenic and natural pressures.

Isabelle Domaizon , Didier Azam , Jean-Luc Baglinière , Philippe Gaudin , Thierry Caquet
ANAEE Workshop 2008, Sep 2008, Paris, France. 2 p
Communication dans un congrès hal-01453784 v1

Dynamique et rôle régulateur des virus aquatiques : le cas du lac du Bourget

Sébastien Personnic , Isabelle Domaizon , Pascal Perney , Stéphan Jacquet
Autour du lac du Bourget - Colloque pluridisciplinaire, May 2006, Le Bourget du Lac, France
Communication dans un congrès hal-02756484 v1

Effet des virus et des protistes flagellés sur la dynamique des ressources nutritives et la qualité de la matière organique en milieu lacustre

Lyria Berdjeb , Isabelle Domaizon , Yves Perrette , Pascal Perney , Stéphan Jacquet
Colloque d'Écologie Microbienne organisé par l'Association Française d'Écologie Microbienne (AFEM), Oct 2007, La grande Motte, France
Communication dans un congrès hal-00199093 v1

Résultats préliminaires de l'impact de la lyse virale et de la prédation par les flagellés hétérotrophes sur la structure de la matière organique appréhendée par la spectroscopie de fluorescence 3D

Lyria Berdjeb , Isabelle Domaizon , Yves Perrette , Stéphan Jacquet
Ecole-Chercheur sur la caractérisation de la matière organique, Jun 2007, La Rochelle, France
Communication dans un congrès hal-00199090 v1

Structuring factors and processes of microbial food webs in French large lakes

I. Domaizon , S. Personnic , U. Dorigo , Télesphore Sime-Ngando , J. Comte et al.
European Large Lakes Symposium 2006, Sep 2006, Tartu-Pühajärve, Estonia. 13 p
Communication dans un congrès halshs-00281957 v1

First estimates of viral impact on microbial communities in large French alpine lakes

Sébastien Personnic , Isabelle Domaizon , Stéphan Jacquet
ASLO summer Meeting, Jun 2006, Vancouver, Canada. 10 p
Communication dans un congrès hal-02822486 v1

Facteurs et processus régulant la structure et le fonctionnement de la boucle microbienne du lac du Bourget.

I. Domaizon , S. Personnic , U. Dorigo , Télesphore Sime-Ngando , J. Comte et al.
Colloque national : Autour du lac du Bourget, May 2006, Le Bourget-du-lac, France
Communication dans un congrès halshs-00282001 v1

Genetic diversity of freshwater small eukaryotes in the largest French natural lake (Bourget)

Cécile Lepère , Isabelle Domaizon , Delphine Debroas
8. Congrès International des Limnologues d'Expression Française (CILEF), Apr 2006, Hammamet, Tunisia
Communication dans un congrès hal-02751653 v1

Dynamics and interactions of microbial communities in Lake Geneva with an emphasis on viruses

Sébastien Personnic , Isabelle Domaizon , Stéphan Jacquet
9. Symposium on Aquatic Microbial Ecology, Aug 2005, Helsinki, Finland
Communication dans un congrès hal-02760606 v1

Structure et facteurs de régulation du picoplancton eucaryote en milieu lacustre

Cécile Lepère , Delphine Boucher , Ludwig Jardillier , Isabelle Domaizon , Didier Debroas
2. Colloque d'écologie microbienne, May 2005, Obernai, France
Communication dans un congrès hal-02760863 v1

Dynamique des communautés microbiennes lacustres du Bourget et du Léman : rôle des virus

Sébastien Personnic , Isabelle Domaizon , Stéphan Jacquet
2. Colloque d'écologie microbienne, May 2005, Obernai, France
Communication dans un congrès hal-02762030 v1
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Development of quantitative eDNA methods for the study of fish phenology in lakes : eRNA extraction from water samples f

Marine Vautier , Cecile Chardon , Cyrielle Galiegue , Isabelle Domaizon
INRAE; OFB. 2024
Rapport hal-04698237 v1
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Projet Inva-Biomonitoring Développement de méthodes de biomonitoring pour le suivi des espèces invasives en lacs

Marine Vautier , Isabelle Domaizon
INRAE - CARRTEL. 2024
Rapport hal-04887944 v1
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Development of quantitative eDNA methods for the study of fish phenology in lakes: Deliverable 1 – eRNA sampling and filtration protocols

Marine Vautier , Domaizon Isabelle
INRAE. 2024
Rapport hal-04698235 v1
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Projet Inva-Biomonitoring Développement de méthodes de biomonitoring pour le suivi des espèces invasives en lacs

Marine Vautier , Julien Dublon , Isabelle Domaizon
INRAE - CARRTEL; ECLA. 2024
Rapport hal-04888364 v1
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Phytoplancton des plans d'eau d'Outre-Mer: développement d'outils de monitoring basés sur l'ADN Livrable 3 : « Application de l'approche ADNe pour recenser le phytoplancton des plans d'eau d'Outre-Mer: méthodes et premiers résultats »

Alexis Canino , Benjamin Alric , Maria-Mercedes Nicolosi-Gelis , Christophe Laplace-Treyture , Agnes Bouchez et al.
INRAE UMR CARRTEL; INRAE UR EABX. 2023
Rapport hal-04116746 v1
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Prospective des effets du changement climatique sur le lac d’Annecy : Tendances et défis à venir concernant les services rendus

Laura Soares , Victor Frossard , Olivia Desgué-Itier , Isabelle Domaizon , Cécilia Barouillet et al.
Inrae. 2023
Rapport (rapport technique) hal-04682537 v1
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Mise au point d'un protocole de quantification (sur la base d'une comparaison de méthodes) des populations de dreissènes (Dreissena polymorpha et Dreissena rostriformis bugensis) au sein du Léman et premières évaluations in situ Rapport final

Jean-Nicolas Beisel , Domaizon Isabelle , Jacquet Stéphan , Guillard Jean , Trunfio Nicolas et al.
INRAE. 2023
Rapport hal-04682214 v1
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QuantiFish_Développement de méthodes ADNe quantitatives pour l’étude de la phénologie des poissons en lacs

Marine Vautier , Chloé Goulon , Jean Guillard , Clément Rautureau , Hervé Rogissart et al.
INRAE. 2023
Rapport hal-04887692 v1
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Development of quantitative eDNA methods for the study of fish phenology in lakes eDNA-based innovations: Deliverable 3 – Advances in eRNA approaches and other eDNA-based innovations

Marine Vautier , Hervé Rogissart , Jean Guillard , Isabelle Domaizon
INRAE; OFB. 2023
Rapport hal-04698241 v1
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FRAI DU CORÉGONE (COREGONUS SP.) ET DE LA PERCHE (PERCA FLUVIATILIS) DANS LE LÉMAN - CAMPAGNE 2021

Chloé Goulon , Marine Vautier , Clément Rautureau , Isabelle Domaizon , Jean Guillard
INRAE. 2022, pp.15
Rapport hal-04839989 v1

Phytoplancton des plans d'eau d'Outre-Mer : développement d'outils de monitoring basés sur l'ADN (Rapport intermédiaire 2021: Phytoplancton DOM : première application du protocole de terrain et comparaisons entre microscopie/ADNe)

Alexis Canino , Christophe Laplace-Treyture , Agnès Bouchez , Isabelle Domaizon , Frédéric Rimet
INRAE UMR Carrtel; INRAE UR EABX; Pole R&D ECLA. 2021
Rapport hal-03976768 v1
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Diagnoses des trajectoires écologiques des lacs et leur bassin versant via l’analyse de l’ADN préservé dans les sédiments : Synthèse & Guide d’application pour les diagnoses ADN en paléolimnologie

Isabelle Domaizon , Cécilia Barouillet
INRAE. 2021
Rapport hal-04698228 v1
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Phytoplancton des plans d’eau d’Outre-Mer : développement d’outils de monitoring basés sur l’ADN

Alexis Canino , Christophe Laplace-Treyture , Agnes Bouchez , Isabelle Domaizon , Frédéric Rimet
[Rapport de recherche] INRAE UMR Carrtel. 2020
Rapport (rapport de recherche) hal-03129930 v1
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Utilisation des coefficients des courbes de Von Bertallanfy pour l’étude de la croissance des medakas (expérimental) et des corégones (in situ dans le Léman) en fonction de facteurs biotiques et abiotiques

Simon Bazin , Orlane Anneville , Isabelle Domaizon , Chloé Goulon , Jean Guillard et al.
[Rapport Technique] ECLA; UMR CARRTEL. 2020
Rapport (rapport technique) hal-03145647 v1
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Eco-AlpsWater Innovative Ecological Assessment and Water Management Strategy for the Protection of Ecosystem Services in Alpine Lakes and Rivers

Marine Vautier , Isabelle Domaizon
INRAE CARRTEL. 2018
Rapport hal-04888701 v1
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Suivi de la qualité des eaux du lac d’Annecy. Rapport 2011

Isabelle Domaizon , Leslie Lainé , Jérôme Lazzarotto , Marie-Elodie Perga , Frédéric Rimet et al.
[Rapport Technique] 2012
Rapport (rapport technique) hal-02808713 v1
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Suivi de la qualité des eaux du lac d’Annecy. Rapport 2010

Isabelle Domaizon , Daniel Gerdeaux , Leslie Lainé , Jérôme Lazzarotto , Marie-Elodie Perga et al.
[Rapport Technique] 2011
Rapport (rapport technique) hal-02810679 v1
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Suivi scientifique du lac du Bourget - Année 2009

Stéphan Jacquet , Frédéric Rimet , Cyrille Girel , Marie-Elodie Perga , Gérard Paolini et al.
[Rapport Technique] 2010
Rapport (rapport technique) hal-02822078 v1
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Suivi de la qualité des eaux du lac d’Annecy. Rapport 2009

Isabelle Domaizon , Daniel Gerdeaux , Jean-Claude Druart , Leslie Lainé , Jérôme Lazzarotto et al.
[Rapport Technique] 2010
Rapport (rapport technique) hal-02818658 v1
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Suivi scientifique du lac du Bourget - Année 2008

Stéphan Jacquet , Frédéric Rimet , Sébastien Cachera , Cyrille Girel , Marie-Elodie Perga et al.
[Rapport Technique] 2009
Rapport (rapport technique) hal-02823291 v1

Suivi scientifique du lac du Bourget - Année 2007

Stéphan Jacquet , Gérard Paolini , Jérôme Lazzarotto , Cyrille Girel , Jean-Claude Druart et al.
[Rapport Technique] 2008
Rapport (rapport technique) hal-02819667 v1

Suivi scientifique du lac du Bourget - Année 2006

Stéphan Jacquet , Gérard Paolini , Jérôme Lazzarotto , Marie-Elodie Perga , Isabelle Domaizon et al.
[Rapport Technique] 2007
Rapport (rapport technique) hal-02824796 v1

The Sources and Fates of Lake Sedimentary DNA

Charline Giguet-Covex , Anthony Foucher , Susanna A. Wood , Isabelle Domaizon , Ludovic Gielly et al.
Springer Cham. Tracking Environmental Change Using Lake Sediments, 6, pp.9-52, 2023, ⟨10.1007/978-3-031-43799-1_2⟩
Chapitre d'ouvrage hal-04674304 v1

Protist DNA from Lake Sediments

Cécilia Barouillet , Isabelle Domaizon , Eric Capo
Springer Cham. Tracking Environmental Change Using Lake Sediments: Sedimentary DNA, 6, pp.175-203, 2023, Developments in Paleoenvironmental Research, vol 21, 978-3-031-43798-4. ⟨10.1007/978-3-031-43799-1_6⟩
Chapitre d'ouvrage hal-04674293 v1

Invasions Toolkit :Current Methods for Tracking the Spread and Impact of Invasive Species

S. Kamenova , T.J. Bartley , David Bohan , J.R. Boutain , R.I. Colautti et al.
Networks of Invasion: A Synthesis of Concepts, 56, Academic Press, INC., pp.85-182, 2017, Advances In Ecological Research, 9780128043387. ⟨10.1016/bs.aecr.2016.10.009⟩
Chapitre d'ouvrage hal-02790740 v1

Autour du lac du Bourget - Actes du colloque

Stéphan Jacquet , Isabelle Domaizon , Jérôme Poulenard , Fabien Arnaud
Autour du lac du Bourget - Colloque pluridisciplinaire, May 2006, Le Bourget du Lac, France. La page blanche, 270 p., 2008, 2-915351-10-4
Proceedings/Recueil des communications hal-02824462 v1