Isabelle LEBERT
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Presentation
**EXPÉRIENCE PROFESSIONNELLE**
01/01/1991 Ingénieur de Recherches à
INSTITUT NATIONAL DE RECHERCHE POUR L'AGRICULTURE, L'ALIMENTATION ET L'ENVIRONNEMENT
INRAE Clermont-Ferrand-Auvergne-Rhône-Alpes, Site de Theix, F-63122 Saint-Genès Champanelle
- 1991-2004 INRA UR370 Station de Recherches sur la Viandes.
Projet de recherche : Microbiologie prévisionnelle et génie des procédés
- 2004-2011: INRA UR454 Microbiologie.
Projet de recherche : Physiologie bactérienne en biofilm mixte
- 2011 - à nos jours : INRA UMR346 Epidémiologie des maladies animales et zoonotiques.
Projet de recherche : Systèmes d'information géographiques appliqués à l'épidémiologie animale
**ÉDUCATION ET FORMATION**
- 01/09/1986–08/12/1989 Diplôme d'ingénieur, Montpellier SupAgro, Montpellier (France)
Agronomie, Microbiologie alimentaire, Sécurité alimentaire
- 01/09/2000–01/02/2004 Doctorat en sciences des Aliments, Université Clermont Auvergne, Clermont-Ferrand (France)
Microbiologie alimentaire, microbiologie prévisionnelle, génie des procédés, thermodynamique appliquée, modélisation
- 01/11/2006 Habilitation à diriger des Recherches, Université Clermont Auvergne, Clermont-Ferrand (France)
Microbiologie alimentaire, microbiologie prévisionnelle, génie des procédés, thermodynamique appliquée, modélisation
**Compétences organisationnelles/ managériales**
Capacité à organiser, manager des projets, ou des taches scientifiques
Référente du management de la Qualité en recherche dans l'UMR EPIA
Référente Europe d'unité
**Compétences liées à l’emploi**
Compétences en systèmes d’information géographiques, bases de données, analyses spatiales, statistiques spatiales sur les méthodes d’agrégation, analyses lmulti-critères
Applications à l'épidémiologie animale et en particulier aux tiques et maladies à tiques :
Distribution de la tique Ixodes ricinus en France, risque tique, sciences participatives, exposition humaine aux piqûres de tiques, prévention des piqûres de tiques
**PROJETS**
- 2020-2023 : Projet européen MOOD : MOnitoring Outbreak events for Disease surveillance in a data science context, coordonné par le Cirad (R. Lancelot)
- 2019-2023 : Projet DAPPEM Développement d’une APPlication d’identification des Erythèmes Migrants (signe cutané de maladie de Lyme) à partir de photographies.Porteur du projet O. Lesens (CHU/LMGE). Collaborations : E. Mephu Nguifo (UCA, LIMOS), O. Lesens (CHU), UMR EPIA, partenaires socio-économiques et sanitaires : Mutualité Sociale Agricole (MSA), ONF (Office National des Forêts), CNPF (Centre Régional pour la Propriété Forestière). Responsable opérationnelle et suivi financier : I. Lebert
- 2018-2021 : Projet CLIMATICK : Projection and adaptation of tick threat in agricultural and forest landscape under climate change.Porteur du projet : K. Chalvet-Monfray (UMR EPIA).Responsable opérationelle dans l’UMR EPIA : I. Lebert
- 2018-2023 : Projet ERATIQ Evaluation du Risque d’exposition Aux piqûres de TIQues et aux agents de la maladie de Lyme dans les parcs urbains et péri-urbains de la région lyonnaise. Porteur du projet : M. René-Martellet.En collaboration avec Ville de Lyon, Métropole de Lyon, ARS, GREPS (Lyon 2)
- 2018- : Projet FREQRANDO : Fréquentation humaine dans les sentiers et chemins français en France métropolitaine.Porteur du projet : I. Lebert, en collaboration avec Fédération Française de Randonnée Pédestre et S. Duméry
- 2017-2019 : Projet TELETIQ Intérêt des données de TELEphonie mobile et des sciences participatives pour l’estimation et la compréhension du risque de transmission de maladies liées à l’environnement : Application aux maladies transmises par les TIQues. Porteur du projet G. Vourc’h, puis I. Lebert et S. Bord (2018-2019).Collaborations : S. Dernat, F. Johany (INRA, UMR Territoires), S. Bimonte (UR TSCF, IRSTEA), Orange Labs, JF Cosson (CITIQUE), C. Linard (Université de Namur).
- 2017-2018 : Projet LYMESNAP Incidence de l’érythème chronique migrant dans le territoire du Pays des Combrailles : étude participative en population générale par télédéclaration. Porteur du projet : Pr O. Lesens (CHU Clermont-Ferrand),
- 2015- : Projet CARTOTIQUE : Cartographie du risque de transmission de la maladie de Lyme par la tique Ixodes ricinus chez l’Homme en France. Porteur du projet : Magalie René-Martellet (VetAgroSup Marcy)
- 2013-2015: Projets avec A. Leblond (VetAgroSup Lyon) : Evaluation de la probabilité de complication de la piroplasmose lors de l’hospitalisation d’un cheval selon l’origine géographique et la saison par des méthodes d’agrégations.
- 2012-2016 : Projet ANR OSCAR Outil de Simulation Cartographique à l’échelle du paysage du Risque Acarologique.Porteur du projet : O. Plantard (BioEPAR, INRA).Gestionnaire de la base de données en lien avec les données géoréférencées, rédaction datapaper et partage des données (entrepôt dataverse) : I. Lebert
**WORK EXPERIENCE**
01/01/1991 Research Engineer
National Research Institute for Agriculture, Food and Environment
INRAE Clermont-Ferrand-Auvergne-Rhône-Alpes, Site de Theix, F-63122 Saint-Genès Champanelle
- 1991-2004 INRA UR370 Meat Research Department.
Research project: Predictive microbiology and combined modelling approach
- 2004-2011: INRA UR454 Microbiology Unit.
Research project: Bacterial physiology in Mixed Biofilm
- 2011 - up to now: INRA UMR346 Epidemiology of animal and zoonotic diseases.
Research project: Geographic Information Systems applied to Animal Epidemiology
**EDUCATION AND TRAINING**
- 01/09/1986–08/12/1989 Engineer degree, Montpellier SupAgro, F-Montpellier
Agronomy, Food microbiology, Food safety
- 01/09/2000–01/02/2004 Ph.D in Food sciences, Université Clermont Auvergne, F-Clermont-Ferrand
Food microbiology, predictive microbiology, process engineering, applied thermodynamic, modelling
- 01/11/2006 Habilitation à diriger des Recherches, Université Clermont Auvergne, F-Clermont-Ferrand
Food microbiology, predictive microbiology, process engineering, applied thermodynamic, modelling
**Organisational / managerial skills**
Ability to organize, to manage projects or scientific tasks
Quality management referre in research in my research unit
Europe referre in EPIA
**Job-related skills**
Skills in geographic information systems, databases, spatial analyses, spatial statistics on aggregation methods, multicriteria analysis.
Applications to animal epidemiology and particularly tick and tick-borne diseases:
Ixodes ricinus tick distribution in France, tick risk, citizen sciences, human exposure to Lyme disease, prevention of tick bites.
**PROJECTS**
2020-2023 : Projet européen MOOD : MOnitoring Outbreak events for Disease surveillance in a data science context, coordonninated by Cirad (R. Lancelot)
2019-2023 : Projet DAPPEM Développement d’une APPlication d’identification des Erythèmes Migrants (signe cutané de maladie de Lyme) à partir de photographies.Porteur du projet O. Lesens (CHU/LMGE). Collaborations : E. Mephu Nguifo (UCA, LIMOS), O. Lesens (CHU), UMR EPIA, partenaires socio-économiques et sanitaires : Mutualité Sociale Agricole (MSA), ONF (Office National des Forêts), CNPF (Centre Régional pour la Propriété Forestière). Responsable opérationnelle et suivi financier : I. Lebert
2018-2021 : Projet CLIMATICK : Projection and adaptation of tick threat in agricultural and forest landscape under climate change.Porteur du projet : K. Chalvet-Monfray (UMR EPIA).Responsable opérationelle dans l’UMR EPIA : I. Lebert
2018-2023 : Projet ERATIQ Evaluation du Risque d’exposition Aux piqûres de TIQues et aux agents de la maladie de Lyme dans les parcs urbains et péri-urbains de la région lyonnaise. Porteur du projet : M. René-Martellet.En collaboration avec Ville de Lyon, Métropole de Lyon, ARS, GREPS (Lyon 2)
2018- : Projet FREQRANDO : Fréquentation humaine dans les sentiers et chemins français en France métropolitaine.Porteur du projet : I. Lebert, en collaboration avec Fédération Française de Randonnée Pédestre et S. Duméry
2017-2019 : Projet TELETIQ Intérêt des données de TELEphonie mobile et des sciences participatives pour l’estimation et la compréhension du risque de transmission de maladies liées à l’environnement : Application aux maladies transmises par les TIQues. Porteur du projet G. Vourc’h, puis I. Lebert et S. Bord (2018-2019).Collaborations : S. Dernat, F. Johany (INRA, UMR Territoires), S. Bimonte (UR TSCF, IRSTEA), Orange Labs, JF Cosson (CITIQUE), C. Linard (Université de Namur).
2017-2018 : Projet LYMESNAP Incidence de l’érythème chronique migrant dans le territoire du Pays des Combrailles : étude participative en population générale par télédéclaration. Porteur du projet : Pr O. Lesens (CHU Clermont-Ferrand),
2015- : Projet CARTOTIQUE : Cartographie du risque de transmission de la maladie de Lyme par la tique Ixodes ricinus chez l’Homme en France. Porteur du projet : Magalie René-Martellet (VetAgroSup Marcy)
2013-2015: Projets avec A. Leblond (VetAgroSup Lyon) : Evaluation de la probabilité de complication de la piroplasmose lors de l’hospitalisation d’un cheval selon l’origine géographique et la saison par des méthodes d’agrégations.
2012-2016 : Projet ANR OSCAR Outil de Simulation Cartographique à l’échelle du paysage du Risque Acarologique.Porteur du projet : O. Plantard (BioEPAR, INRA).Gestionnaire de la base de données en lien avec les données géoréférencées, rédaction datapaper et partage des données (entrepôt dataverse) : I. Lebert
Publications
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La tique Ixodes ricinus et maladies transmises par les tiquesComité de coordination départemental de lutte contre les espèces à enjeu pour la santé humaine dont les ambroisies, Préfecture de Haute Loire, Mar 2023, Le Puy-en-Velay, France
Conference papers
hal-04074642v1
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EMScan, une application mobile pour l’assistance au diagnostic des formes précoces de la maladie de Lyme23ème conférence francophone sur l’extraction et la gestion des connaissances (EGC), Université Lumière Lyon 2, Jan 2023, Lyon, France
Conference papers
hal-04087748v2
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Tiques et maladies à tiquesAssemblée générale de la FDSEA 42, Oct 2023, Saint-Bonnet le Courreau, France
Conference papers
hal-04250056v1
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Risk assessment associated with ticks in urban and periurban green spaces in the region of Lyon, France: Results of ticks and rodents surveillance from 2019 to 202218. Réunion annuelle du groupe "Tiques et Maladies à Tiques" (TMT) du Réseau Ecologie des Interactions Durables (REID), Sep 2023, Strasbourg, France
Conference papers
hal-04217745v1
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Peau&Tique, un outil pour la traçabilité et la surveillance de la forme précoce de la maladie de Lyme18. Réunion annuelle du groupe "Tiques et Maladies à Tiques" (TMT) du Réseau Ecologie des Interactions Durables (REID), Sep 2023, Strasbourg, France
Conference papers
hal-04217701v1
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Meteorological, climatic variables, and habitat heterogeneity predict the Ixodes ricinus nymph activity in FranceJournées Tiques et Maladies à Tiques, Mar 2022, Nancy, France
Conference papers
hal-03634322v1
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Projet DAPPEM : Développement d’une APPlication de repérage des Erythèmes Migrants à partir de photographiesJournées Nationales des Centres de Références de Maladies Vectorielles à tiques, Apr 2022, Strasbourg, France
Conference papers
hal-04086700v1
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Use of deep learning methods applied to the study of ticks and tick-borne diseasesJournées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Emmanuelle Becker (Université de Rennes); Thomas Derrien (CNRS); Claire Lemaitre (Inria), Jul 2022, Rennes, France
Conference papers
hal-03764950v1
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Développements d’un modèle d’informatique d’analyse de photos et d’une application smartphone pour l’identification des érythèmes migrants : le projet DAPPEMRéunion Tiques & Maladies à Tiques, Mar 2022, Nancy, France
Conference papers
hal-04087641v1
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Utilisation de techniques d'intelligence artificielle dans le cadre de l'étude des tiques et de la maladie de LymeJournées INRAE systèmes d'information pour les données agro-environnementales, INRAE, Oct 2022, Clermont-Ferrand, France
Conference papers
hal-04087679v2
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Seroprevalence of Q fever among blood donors and screening for Coxiella burnetii DNA in environmental dust in a French conurbation recently confronted to clustered human casesESCCAR International congress on Rickettsiae and 9th Meeting of the European Society for Chlamydia Research (ESCR), American Rickettsia Society; European Society for Chlamydia Research; European Society on intracellular bacteria (ESCCAR), Aug 2022, Lausanne, Switzerland
Conference papers
hal-03757385v1
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Projet DAPPEM : Développement d'une APPlication d'identification des Erythèmes Migrants (signe cutané de maladie de Lyme) à partir de photographiesJournées Tiques et Maladies à Tiques, Mar 2022, Nancy, France
Conference papers
hal-03623091v1
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Projet Cartotique : Cartographie des conditions favorables à la tique Ixodes ricinus en France.Groupe de travail TBE, ANSES, 2022, En ligne, France
Conference papers
hal-03974853v1
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EMScan: A Mobile Application for Early Lyme Disease DiagnosisEuropean Conference on Computer Vision ECCV-2022, Oct 2022, Tel-Aviv, Israël
Conference papers
hal-04087855v2
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Enquête en région Rhône-Alpes-Auvergne sur les connaissances des pharmaciens sur l’écologie des tiques et la prévention de la maladie de LymeRéunion Tiques & Maladies à Tiques, Mar 2022, Nancy, France
Conference papers
hal-03632312v1
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Tiques et maladies à tiques - Projet de recherche DAPPEM : identification des érythèmes migrantsAssemblée générale de la FDSEA 43, Jun 2022, Saint-Paulien, France
Conference papers
hal-03693207v1
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Tiques et maladies à tiques Ecologie des tiques Maladies à tique Projet de recherche DAPPEM : identification des érythèmes migrantsAssemblée générale de la MSA Auvergne, Mutualité Sociale Agricole, Nov 2021, Clermont-Ferrand, France
Conference papers
hal-03485332v1
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Séroprévalence de la fièvre Q chez les donneurs de sang de l'agglomération niortaise, bassin d'élevage caprin récemment confronté à des cas humains groupésCongrès de la Société Française de Transfusion Sanguine, SFTS, Nov 2021, Marseille, France
Conference papers
hal-03511029v1
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Projet DAPPEM Développement d'une APPlication d'identification des Erythèmes Migrants (signe cutané de maladie de Lyme) à partir de photographiesRéunion organisée par le Centre de référence des Maladies vectorielles liées aux Tiques, Sep 2020, Clermont-Ferrand, France. pp.12 slides
Conference papers
hal-02931682v1
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Projet DAPPEM : Développement d’une APPlication d’identification des Erythèmes Migrants (signe cutané de maladie de Lyme) à partir de photographies.Journées Nationales des Centres de Références de Maladies Vectorielles à tiques, Sep 2020, Clermont-Ferrand (CHU Gabriel Montpied), France
Conference papers
hal-04087652v1
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Maladie de Lyme et autres infections : rôle des tiques, des bactéries et des animaux.Assemblée Générale de l‘Union Forestière en Montagne Bourbonnaise, Jan 2019, Saint-Clément (03), France. pp.46 slides
Conference papers
hal-02789673v1
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Etude des risques associés aux tiques dans les parcs urbains et périurbains en région lyonnaiseREID-ImmunInv2019, Jun 2019, Montpellier, France. pp.16 slides
Conference papers
hal-02790332v1
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Projet CLIMATICK : Projection and adaptation of tick threat in agricultural and forest landscape under climate changeSéminaire annuel OPTMix, Institut National de Recherche en Sciences et Technologies pour l'Environnement et l'Agriculture (IRSTEA). FRA., Jan 2019, Nogent-sur-Vernisson, France. pp.22 slides
Conference papers
hal-02789712v1
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SEMIO WIKI, une plateforme collaborative pour la définition de la sémiologie de cartesVisualization & HCI* for Crowd-Sourcing, Institut National de Recherche en Sciences et Technologies pour l'Environnement et l'Agriculture (IRSTEA). FRA., Jun 2019, Clermont-Ferrand, France
Conference papers
hal-02790334v1
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Intérêt des données de téléphonie mobile et des sciences participatives pour l’estimation et la compréhension du risque de transmission de maladies liées à l’environnement : Application aux maladies transmises par les tiquesREID-ImmunInv2019, May 2019, Montpellier, France
Conference papers
hal-02790331v1
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Lymesnap - Télédéclaration de l’érythème chronique migrant dans le territoire du Pays des Combrailles - Etude de faisabilitéRéunion Tiques & Maladies à Tiques, Mar 2018, Laschamps - Saint Genès Champanelle, France. pp.26 slides
Conference papers
hal-02789889v1
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Tiques et risques associés à une piqûre en région ARAPrésentation à la Direction de l’écologie urbaine, Feb 2018, Lyon, France. pp.17 slides
Conference papers
hal-02789664v1
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Taking into account the spatial heterogeneity of agricultural landscapes to explain densities and movements of Ixodes ricinus and prevalence of its associated pathogens9. Tick and Tick-borne Pathogen Conference & 1st Asia Pacific Rickettsia Conference, Aug 2017, Cairns, Australia. 140 p
Conference papers
hal-02737044v1
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Maladie de Lyme : informations générales épidémiologiquesIntervention à destination des professionnels de santé, Mar 2017, Clermont-Ferrand, France. pp.30 slides
Conference papers
hal-02791344v1
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Maladie de Lyme : informations générales épidémiologiquesRéunion d'information dans le cadre du projet LymeSnap, Mar 2017, Saint-Gervais-d’Auvergne, France. pp.30 slides
Conference papers
hal-02791406v1
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Développement d’un outil de prédiction du risque d’exposition à la tique Ixodes ricinus et aux agents de la Borréliose de Lyme en France14. Rencontre des Microbiologistes du Pôle Clermontois, Apr 2017, Clermont-Ferrand, France. pp.13 slides
Conference papers
hal-02790684v1
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Incidence de l’érythème chronique migrant dans le territoire du Pays des Combrailles. Etude participative en population générale par télédéclarationJournée régionale de veille sanitaire en Auvergne-Rhône-Alpes, Organisation territoriale des Agences Régionales de Santé (ARS)et de Santé publique FranceSanté., Dec 2017, Lyon, France. pp.17 slides
Conference papers
hal-02789729v1
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Le projet Oscar : prendre en compte l'hétérogénéité spatiale du paysage pour comprendre les déterminants de la distribution du risque lié aux maladies à tiques13. Journées d'Animation Scientifique du Département de Santé Animale (JAS), May 2016, Poitiers, France
Conference papers
hal-02800337v1
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Les caractéristiques d'un paysage agricole influencent-elles la relation rongeur-tique ?Réunion annuel du groupe "Tiques et Maladies à Tiques" (TMT) du Réseau Ecologie des Interactions Durables (REID), Mar 2015, Montferrier sur Lez, France
Conference papers
hal-02417303v1
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A mapping tool to evaluate the impact of global change on tick-borne disease risk in European agricultural landscapes3e Conférence « Global Climate Smart Agriculture », Mar 2015, Montpellier, France
Conference papers
hal-01169433v1
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Incidence et diagnostic différentiel de l’Ehrlichiose canine dans le Sud de l’Europe : Résultats d’une enquête réalisée dans 78 clientèles vétérinairesRéunion du groupe de travail « Tiques et Maladies à Tiques » au sein du « Réseau Ecologie des Interactions durables », Mar 2015, Lyon, France. pp.16 slides
Conference papers
hal-02797915v1
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Vector role of Rhipicephalus sanguineus: implication in the transmission of canine tick-borne diseases (canine babesiosis, Rickettsial diseases)11. Merial symposium on parasitosis & arthopod-borne diseases, Oct 2014, Palerme, Italy. pp.33 slides
Conference papers
hal-02794375v1
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Detection of several vector-borne pathogens in dogs with clinical suspicion of canine monocytic ehrlichiosis in Southern Europe12. International Symposium on Ectoparasites of Pets (ISEP), Apr 2013, Munich, Germany
Conference papers
hal-02805858v1
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Questionnaire based survey on distribution and clinical incidence of canine babesiosis in France12. International Symposium on Ectoparasites of Pets (ISEP), Apr 2013, Munich, Germany
Conference papers
hal-02809132v1
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Systèmes d’Information Géographique et analyses spatiales appliqués à l’épidémiologie animale : source d’infection des cas d'Encéphalopathie Spongiforme Bovine nés après l’interdiction des farines animales en 19905. Assemblée des utilisateurs, Centre régional auvergnat d'Information géographique (CRAIG). Clermont-Ferrand, FRA., Nov 2012, Clermont-Ferrand, France. pp.25 slides
Conference papers
hal-02806763v1
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Répartition géographique de la babésiose canine en 2010. Résultats d’une enquête nationale auprès des vétérinaires praticiensCongrès des Sociétés Françaises de Parasitologie et de Mycologie Médicale, May 2012, Rennes, France. pp.14 slides
Conference papers
hal-02807316v1
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Microbial risk assessment in coagulase negative staphylococci isolated from fermented foodstuffs using a dedicated diagnostic microarray21. International ICFMH " Evolving microbial Food quality and safety", Sep 2008, Aberdeen, United Kingdom
Conference papers
hal-01454045v1
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Assessment of the effect of temperature, relative humidity and strain-to-strain variability Listeria spp. growth kinetics under refrigerated state.5th International Conference Predictive Modelling in Foods, 2007, Athène, Greece. pp.X
Conference papers
hal-00343937v1
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Application of a complete heat-water model to predict microbial growth and inactivation during airflow treatments at the surface of meat products3. International Symposium on Applications of Modelling as an Innovative Technology in the Agri-Food Chain, May 2005, Louvain, Belgium
Conference papers
hal-02833272v1
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Selection of cell wall antigens for the rapid detection of bacteria by immunological methods35. International Congress of Meat Science and Technology, Aug 1989, Copenhagen, Denmark
Conference papers
hal-02781060v1
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Microorganisms in traditional fermented meatsHandbook of fermented meat and poultry, 2.ed., John Wiley and Sons, pp.7, 2015, 978-1-118-52265-3; 978-1-118-52269-1
Book sections
hal-02801458v1
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Eating qualityEncyclopaedia of food sciences and nutrition., Academic Press, 2003, 0-12-227061-4
Book sections
hal-02826852v1
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Prediction of bacterial growth in practiceNew development in meat refrigeration, ECCEAMST, 1996, 90-75319-13-4
Book sections
hal-02836536v1
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Ce qu’il faut retenir des tiques et de la prévention de la maladie de Lyme.2019, ⟨10.15454/c0gnl8⟩
Other publications
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Expert Opinion Elicitation for Assisting Deep Learning based Lyme Disease Classifier with Patient Data2022
Preprints, Working Papers, ...
hal-03765092v1
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Cartographie des conditions favorables à la tique Ixodes ricinus en région Auvergne-Rhône-Alpes[Stage] INRAE. 2021, pp.49
Reports
hal-03335313v1
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Prédiction de la croissance de Listeria innocua par une approche phénoménologique : Modélisations complémentaires des propriétés du milieu, des transferts d'eau et des cinétiquesIngénierie des aliments. Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I, 2004. Français. ⟨NNT : ⟩
Theses
tel-02831524v1
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Prédiction et simulation de la qualité et de la sécurité microbiologiques des aliments pendant un procédé. Méthodologies et modélisationsSciences du Vivant [q-bio]. ECOLE DOCTORALE DES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA SANTE, 2006
Habilitation à diriger des recherches
tel-03078424v1
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Les données sur les tiques : Quelles données ? Quelle utilisation ? Quel devenirÉcole thématique. En Ligne, France. 2023, 76 p
Lectures
hal-03975408v1
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