Jacques Nicolas

Publications

Article dans une revue (24)

Fully in vitro iterative construction of a 24 kb-long artificial DNA sequence to store digital information Julien Leblanc,Olivier Boulle,Emeline Roux,Jacques Nicolas,Dominique Lavenieret al. Biotechniques, 2024, 76 (5), pp.203-215. ⟨10.2144/btn-2023-0109⟩ Article dans une revue hal-04567229v1
The genomic basis of the Streptococcus thermophilus health-promoting properties Emeline Roux,Aurélie Nicolas,Florence Valence,Grégoire Siekaniec,Victoria Chuatet al. BMC Genomics, 2022, 23, pp.1-23. ⟨10.1186/s12864-022-08459-y⟩ Article dans une revue hal-03612308v1
Sequencing DNA with nanopores: Troubles and biases Clara Delahaye,Jacques Nicolas PLoS ONE, 2021, 16 (10), pp.e0257521. ⟨10.1371/journal.pone.0257521⟩ Article dans une revue hal-03362956v1
Identification of isolated or mixed strains from long reads: a challenge met on Streptococcus thermophilus using a MinION sequencer Grégoire Siekaniec,Emeline Roux,Téo Lemane,Eric Guédon,Jacques Nicolas Microbial Genomics, 2021, 7 (11), pp.1-14. ⟨10.1099/mgen.0.000654⟩ Article dans une revue hal-03444296v1
Inferring Biochemical Reactions and Metabolite Structures to Understand Metabolic Pathway Drift Arnaud Belcour,Jean Girard,Méziane Aite,Ludovic Delage,Camille Trottieret al. iScience, 2020, 23 (2), pp.100849. ⟨10.1016/j.isci.2020.100849⟩ Article dans une revue hal-01943880v2
Formalizing and enriching phenotype signatures using Boolean networks Méline Wery,Olivier Dameron,Jacques Nicolas,Elisabeth Rémy,Anne Siegel Journal of Theoretical Biology, 2019, 467, pp.66-79. ⟨10.1016/j.jtbi.2019.01.015⟩ Article dans une revue hal-02018724v1
De Novo Clustering of Long Reads by Gene from Transcriptomics Data Camille Marchet,Lolita Lecompte,Corinne da Silva,Corinne Cruaud,Jean-Marc Auryet al. Nucleic Acids Research, In press, pp.1-12. ⟨10.1093/nar/gky834⟩ Article dans une revue hal-01643156v2
Combining graph and flux-based structures to decipher phenotypic essential metabolites within metabolic networks Julie Laniau,Clémence Frioux,Jacques Nicolas,Caroline Baroukh,Maria-Paz Cortéset al. PeerJ, 2017, 5, pp.e3860. ⟨10.7717/peerj.3860⟩ Article dans une revue hal-01635688v1
Learning Boolean logic models of signaling networks with ASP Santiago Videla,Carito Guziolowski,Federica Eduati,Sven Thiele,Martin Gebseret al. Theoretical Computer Science, 2015, 599, pp.79-101. ⟨10.1016/j.tcs.2014.06.022⟩ Article dans une revue hal-01058610v1
Le langage des molécules du vivant Jacques Nicolas,Catherine Belleannée,François Coste Bibliothèque Tangente, 2014, 52, pp.8 Article dans une revue hal-01100051v1
An Extended Network of Genomic Maintenance in the Archaeon Pyrococcus abyssi Highlights Unexpected Associations between Eucaryotic Homologs Pierre-François Pluchon,Thomas Fouqueau,Christophe Crezé,Sébastien Laurent,Julien Briffotauxet al. PLoS ONE, 2013, 8 (11), pp.1-15. ⟨10.1371/journal.pone.0079707⟩ Article dans une revue hal-00911795v1
Introduction Special Theme Computational Biology Klau Gunnar,Jacques Nicolas ERCIM News, 2010, Special Theme Computational Biology, 82 Article dans une revue inria-00537580v1
Bioinformatic prediction, deep sequencing of microRNAs and expression analysis during phenotypic plasticity in the pea aphid, Acyrthosiphon pisum. Fabrice Legeai,Guillaume Rizk,Thomas Walsh,Owain Edwards,Karl Gordonet al. BMC Genomics, 2010, 11 (1), pp.281. ⟨10.1186/1471-2164-11-281⟩ Article dans une revue inserm-00482283v1
Décoder le vivant Jacques Nicolas Interstices, 2010 Article dans une revue hal-01350190v1
ModuleOrganizer: detecting modules in families of transposable elements. Sebastien Tempel,Christine Rousseau,Fariza Tahi,Jacques Nicolas BMC Bioinformatics, 2010, 11, pp.474. ⟨10.1186/1471-2105-11-474⟩ Article dans une revue inria-00536742v1
Décoder le vivant Jacques Nicolas DocSciences, 2009, Le numérique et les sciences du vivant, 8, pp.26-33 Article dans une revue inria-00438517v1
CRISPI: a CRISPR Interactive database Christine Rousseau,Mathieu Gonnet,Marc Le Romancer,Jacques Nicolas Bioinformatics, 2009, 25 (24), pp.3317-3318. ⟨10.1093/bioinformatics/btp586⟩ Article dans une revue inria-00438512v1
Symbiotic Virus at the Evolutionary Intersection of Three Types of Large DNA Viruses; Iridoviruses, Ascoviruses, and Ichnoviruses Yves Bigot,Sylvaine Renault,Jacques Nicolas,Corinne Moundras,Marie-Véronique Dematteiet al. PLoS ONE, 2009, 4 (7), pp.e6397. ⟨10.1371/journal.pone.0006397⟩ Article dans une revue inria-00448730v1
Model-based Identification of Helitrons Results in a New Classification of Their Families in Arabidopsis thaliana Sébastien Tempel,Jacques Nicolas,Abdelhak El Amrani,Ivan Couée Gene, 2007, 403 (1-2), ⟨10.1016/j.gene.2007.06.030⟩ Article dans une revue inria-00180376v1
Domain organization within repeated DNA sequences: application to the study of a family of transposable elements. Sébastien Tempel,Mathieu Giraud,Dominique Lavenier,Israël-César C. Lerman,Anne-Sophie Valinet al. Bioinformatics, 2006, 22(16), pp.1948-1954 Article dans une revue hal-00090517v1
Browsing repeats in genomes : Pygram and an application to non-coding region analysis. Patrick Durand,Frédéric Mahé,Anne-Sophie Valin,Jacques Nicolas BMC Bioinformatics, 2006, 7, pp.477. ⟨10.1186/1471-2105-7-477⟩ Article dans une revue hal-00129773v1
The dog and rat olfactory receptor repertoires Pascale Quignon,Mathieu Giraud,Maud Rimbault,Patricia Lavigne,Sandrine Tacheret al. Genome Biology, 2005, 6 (10), pp.R83. ⟨10.1186/gb-2005-6-10-r83⟩ Article dans une revue hal-00107100v1
Suffix-Tree Analyser (STAN): looking for nucleotidic and peptidic patterns in genomes Jacques Nicolas,Patrick Durand,Grégory Ranchy,Sébastien Tempel,Anne-Sophie Valin Bioinformatics, 2005, 21(24), pp.4408-4410 Article dans une revue hal-00015234v1
Twelve numerical, symbolic and hybrid supervised classification methods Olivier Gascuel,Bernadette Bouchon-Meunier,Gilles Caraux,Patrick Gallinari,Alain Guénocheet al. International Journal of Pattern Recognition and Artificial Intelligence, 1998, 12 (5), pp.517-572. ⟨10.1142/S0218001498000336⟩ Article dans une revue hal-01184805v1

Communication dans un congrès (22)

Concept Lattices as a Search Space for Graph Compression Lucas Bourneuf,Jacques Nicolas ICFCA 2019 - 15th International Conference on Formal Concept Analysis, Jun 2019, Francfort, Germany. pp.274-289, ⟨10.1007/978-3-030-21462-3_18⟩ Communication dans un congrès hal-02399578v1
Learning local substitutable context-free languages from positive examples in polynomial time and data by reduction François Coste,Jacques Nicolas ICGI 2018 - 14th International Conference on Grammatical Inference, Sep 2018, Wrocław, Poland. pp.155 - 168 Communication dans un congrès hal-01872266v1
FCA in a Logical Programming Setting for Visualization-oriented Graph Compression Lucas Bourneuf,Jacques Nicolas International Conference on Formal Concept Analysis 2017, Jun 2017, Rennes, France. ⟨10.1007/978-3-319-59271-8_6⟩ Communication dans un congrès hal-01558302v1
Packing graphs with ASP for landscape simulation Thomas Guyet,Yves Moinard,Jacques Nicolas,René Quiniou IJCAI 2016 - 25th International joint conference on artificial intelligence , Jul 2016, New-york, United States. pp.8 Communication dans un congrès hal-01327368v1
From formal concepts to analogical complexes Laurent Miclet,Jacques Nicolas CLA 2015, LIMOS, CNRS et Université Blaise Pascal, Oct 2015, Clermont-Ferrand, France. pp.12 Communication dans un congrès hal-01198943v1
Comparaison des cibles d’une matrice de score et d’une expression régulière. Application à la recherche de sites de fixation du facteur de transcription LXR Aymeric Antoine-Lorquin,Sandrine Lagarrigue,Frédéric Lecerf,Jacques Nicolas,Catherine Belleannée JOBIM 2015- 16e Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France Communication dans un congrès hal-01197050v1
Computational Protein Design: trying an Answer Set Programming approach to solve the problem Hugo Bazille,Jacques Nicolas 10th Workshop on Constraint-Based Methods for Bioinformatics (WCB'14), Nicos Angelopoulos (Imperial College, UK) Simon de Givry (MIAT-INRA, France), Sep 2014, Lyon, France Communication dans un congrès hal-01063030v1
Logol: Expressive Pattern Matching in sequences. Application to Ribosomal Frameshift Modeling Catherine Belleannée,Olivier Sallou,Jacques Nicolas PRIB2014 - Pattern Recognition in Bioinformatics, 9th IAPR International Conference, Lukas KALL, Aug 2014, Stockholm, Sweden. pp.34-47, ⟨10.1007/978-3-319-09192-1_4⟩ Communication dans un congrès hal-01059506v1
Integration of miRNAs data into a gene network of the pea aphid. Valentin Wucher,Jacques Nicolas,Fabrice F. Legeai,Hervé Seitz,Denis Tagu 7th International Symposium on Molecular Insect Science., 2014, Amsterdam, Netherlands Communication dans un congrès hal-01566284v1
Automated Enzyme classification by Formal Concept Analysis François Coste,Gaëlle Garet,Agnès Groisillier,Jacques Nicolas,Thierry Tonon ICFCA - 12th International Conference on Formal Concept Analysis, Jun 2014, Cluj-Napoca, Romania Communication dans un congrès hal-01063727v1
A bottom-up efficient algorithm learning substitutable languages from positive examples François Coste,Gaelle Garet,Jacques Nicolas ICGI (International Conference on Grammatical Inference), Sep 2014, Kyoto, Japan. pp.49--63 Communication dans un congrès hal-01080249v1
Edge Selection in a Noisy Graph by Concept Analysis: Application to a Genomic Network Valentin Wucher,Denis Tagu,Jacques Nicolas ECDA - European Conference on Data Analysis - 2013, Jul 2013, Luxembourg, Luxembourg Communication dans un congrès hal-00924413v1
Recherche d'instances de motifs expressifs avec Logol. Application à la modélisation d'événements de frameshift -1 Catherine Belleannée,Olivier Sallou,Jacques Nicolas JOBIM 2012- 13e Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2012, Rennes, France. pp.5-14 Communication dans un congrès hal-00726791v1
Local Substitutability for Sequence Generalization François Coste,Gaelle Garet,Jacques Nicolas ICGI 2012, University of Maryland, Sep 2012, Washington, United States. pp.97-111 Communication dans un congrès hal-00730553v1
Identification rapide de familles protéiques par dominance Mathilde Le Boudic-Jamin,Noël Malod-Dognin,Alexandre Cornu,Jacques Nicolas,Rumen Andonov 12th Annual Congress of the French National Society of Operations Research and Decision Science (ROADEF), École Nationale Supérieure des Mines de Saint-Étienne, Mar 2011, Saint-Étienne, France. pp.791-792 Communication dans un congrès inria-00611457v1
Prediction and analyzes of non coding RNA sequences in the pea aphid genome Fabrice Legeai,Guillaume Rizk,T. Walsh,Owain Edwards,Jacques Nicolaset al. Arthropods Genomics, Jun 2010, Kansas City, United States Communication dans un congrès inria-00537927v1
SHREC'10 Track: Protein Models Lazaros Mavridis,Vishwesh Venkatraman,David Ritchie,Naoto Morikawa,Rumen Andonovet al. Eurographics Workshop on 3D Object Retrieval - 3DOR 2010, May 2010, Norrköping, Sweden Communication dans un congrès inria-00536680v1
Identification and characterization of novel anti-infectious peptides from the male genital tract. Frédéric Bourgeon,Jacques Nicolas,Nathalie Melaine,Charles Pineau 34th Federation of European Biochemical Societies (FEBS) Congress, Jul 2009, Prague, Czech Republic Communication dans un congrès hal-00667141v1
c-GAMMA: Comparative Genome Analysis of Molecular Markers Pierre Peterlongo,Jacques Nicolas,Dominique Lavenier,Raoul Vorc'H,Joël Querellou Pattern Recognition in Bioinformatics, Sep 2009, Sheffield, United Kingdom. pp.255-269, ⟨10.1007/978-3-642-04031-3_23⟩ Communication dans un congrès inria-00425373v1
From AphidBase and Lepido-DB to an Information System for Insect Plant pest genomics studies. Fabrice Legeai,Jean-Pierre Gauthier,François Cousserans,Emmanuelle d'Alençon,Olivier Collinet al. 1st Workshop on Information System for Insect Pest, Nov 2009, Rennes, France Communication dans un congrès inria-00435823v1
Détection de domaines dans des séquences génomiques : un problème de couverture optimale Philippe Veber,Sébastien Tempel,Rumen Andonov,Dominique Lavenier,Jacques Nicolas FRANCORO V/ROADEF 2007, Feb 2007, Grenoble, France Communication dans un congrès hal-00186471v1
Organisation modulaire des séquences d'ADN répétées: application à l'étude des hélitrons non-autonomes dans le génome d'Arabidopsis thaliana Sébastien Tempel,Mathieu Giraud,Israël-César C. Lerman,Ivan Couée,Abdelhak El Amraniet al. XIIIe colloque Eléments Transposables, 2005, Orsay, France Communication dans un congrès hal-00015261v1

Poster de conférence (6)

Storing the declaration of human rights on one data DNA molecule Gouenou Coatrieux,Chloé Berton,Elsa Dupraz,Belaid Hamoum,Thomas Derrienet al. CominLabs day 2022, Oct 2022, Rennes, France. pp.1-1 Poster de conférence hal-03817852v1
The genomic basis of the Streptococcus thermophilus health-promoting properties Emeline Roux,Aurélie Nicolas,Florence Valence,Grégoire Siekaniec,Victoria Chuatet al. JOBIM 2022 - Les journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France. , pp.1-1, 2022 Poster de conférence hal-03717986v1
Identification of bacterial strains using ORI (Oxford nanopore Reads Identification) Grégoire Siekaniec,Rania Ouazahrou,Gaëlle Boudry,Eric Guédon,Emeline Rouxet al. Microbes 2021 - Société Française de Microbiologie, Sep 2021, Nantes, France Poster de conférence hal-03374572v1
Bacterial strains identification using Oxford Nanopore sequencing Grégoire Siekaniec,Emeline Roux,Eric Guédon,Jacques Nicolas JOBIM2020, Jun 2020, Montpellier, France Poster de conférence hal-03121440v1
Topological and semantic Web based method for analyzing TGF-β signaling pathways Jean Coquet,Geoffroy Andrieux,Jacques Nicolas,Olivier Dameron,Nathalie Théret JOBIM 2015, Dec 2015, Clermont-Ferrand, France. JOBIM : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique & Mathématiques, 2015 Poster de conférence hal-01242893v1
Searching for Optimal Orders for Discretized Distance Geometry Douglas Gonçalves,Jacques Nicolas,Antonio Mucherino Proceedings of Many Faces of Distances (MDF14), Oct 2014, Campinas, São Paulo, Brazil. 2014 Poster de conférence hal-01093072v1

Chapitre d'ouvrage (6)

Artificial Intelligence and Bioinformatics Jacques Nicolas Marquis, P., Papini, O., Prade, H. A Guided Tour of Artificial Intelligence Research, III, Springer, pp.575, 2020, Interfaces and Applications of Artificial Intelligence, 978-3-030-06169-2 Chapitre d'ouvrage hal-01850570v2
IA et bioinformatique Jacques Nicolas Sébastien Konieczny; Henri Prade. L’intelligence artificielle: De quoi s’agit-il vraiment ?, Cépaduès, pp.101, 2020, 9782364938502 Chapitre d'ouvrage hal-03127545v1
Finding and Characterizing Repeats in Plant Genomes Jacques Nicolas,Pierre Peterlongo,Sébastien Tempel David Edwards. Plant Bioinformatics: Methods and Protocols, 1374, Humana Press - Springer Science+Business Media, pp.365, 2015, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-3166-8. ⟨10.1007/978-1-4939-3167-5_17⟩ Chapitre d'ouvrage hal-01228488v1
Finding Optimal Discretization Orders for Molecular Distance Geometry by Answer Set Programming Douglas S. Gonçalves,Jacques Nicolas,Antonio Mucherino,Carlile Lavor S. Fidanova. Studies in Computational Intelligence, 610, Springer, pp.1-15, 2015, Recent Advances in Computational Optimization Chapitre d'ouvrage hal-01196714v1
Edge Selection in a Noisy Graph by Concept Analysis – Application to a Genomic Network Valentin Wucher,Denis Tagu,Jacques Nicolas Lausen, Berthold; Krolak-Schwerdt, Sabine; Böhmer, Matthias. Data Science, Learning by Latent Structures, and Knowledge Discovery, Springer, pp.550, 2014, Data Science, Learning by Latent Structures, and Knowledge Discovery, 978-3-662-44982-0. ⟨10.1007/978-3-662-44983-7_31⟩ Chapitre d'ouvrage hal-01093337v1
To detect and analyze sequence repeats whatever be their origin Jacques Nicolas Yves Bigot. Mobile genetic elements : protocols and genomic applications, 859, Springer, pp.69-90, 2012, Springer Protocols, 978-1-61779-602-9. ⟨10.1007/978-1-61779-603-6⟩ Chapitre d'ouvrage hal-00730207v1

Autre publication scientifique (1)

Pyramid diagram: visualizing the organization of repetitive sequences in genomes. Patrick Durand,Frédéric Mahé,Anne-Sophie Valin,Jacques Nicolas 2005 Autre publication scientifique hal-00129758v1

Rapport (6)

Recherche et annotation des structures de CRISPR dans l'ensemble des génomes procaryotes Christophe Vroland,Catherine Belleannée,Jacques Nicolas [Rapport de recherche] PI-1986, 2011, pp.24 Rapport (rapport de recherche) hal-00643408v1
Modeling local repeats on genomic sequences Jacques Nicolas,Christine Rousseau,Anne Siegel,Pierre Peterlongo,François Costeet al. [Research Report] RR-6802, INRIA. 2008, pp.43 Rapport (rapport de recherche) inria-00353690v1
Logol : Modelling evolving sequence families through a dedicated constrained string language Catherine Belleannée,Jacques Nicolas [Research Report] RR-6350, INRIA. 2007, pp.19 Rapport (rapport de recherche) inria-00186568v3
Motif Discovery on Promotor Sequences Maximilian Häussler,Jacques Nicolas [Research Report] RR-5714, INRIA. 2005, pp.136 Rapport (rapport de recherche) inria-00070303v1
Grammatical Inference as Unification Jacques Nicolas [Research Report] RR-3632, INRIA. 1999 Rapport (rapport de recherche) inria-00073042v1
Analyse syntaxique non déterministe utilisant un modèle de n-grams Christine Sinoquet,Jacques Nicolas [Rapport de recherche] RR-3262, INRIA. 1997 Rapport (rapport de recherche) inria-00073427v1

HDR (1)

Syntaxe, raisonnement et génomes Jacques Nicolas Sciences du Vivant [q-bio]. Université Rennes 1, 2008 HDR tel-00355156v1