Jean-Pierre Flandrois

Je suis professeur émérite (microbiologie, MD, PhD) en France à l'Université Lyon 1 dans un laboratoire Université-CNRS (LBBE) et le développeur et mainteneur actuel de la base de données riboDB.
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Documents
Affiliation actuelle
  • Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE)

Présentation

Recherches en cours

Deux projets phares

riboDB est une base de données regroupant des séquences de haute qualité de 93 familles de protéines liées à la structure et à la fonction du ribosome des bactéries et des bactéries. Le site web RiboDB est l'interface permettant d'interroger cette base de données et d'obtenir un ensemble de données pertinent adapté à des études phylogénomiques spécifiques. Le processus de construction de RiboDB est polyvalent et peut être utilisé pour construire des bases de données de protéines à partir de génomes fraîchement assemblés et annotés. Depuis l'approche initiale, des évolutions ont été apportées pour gérer l'augmentation considérable du nombre de génomes disponibles. La nouvelle version du programme de construction de riboDB est écrite en Julia pur, ce qui a permis de multiplier par 20 la vitesse du processus de construction et de réduire de 3 les besoins en stockage. La construction de la base de données est réalisée à l'aide de notre propre ensemble HMM. Les protéines candidates sont ensuite soumises à un contrôle qualité à l'aide d'un regroupement MMSEQS qui inclut des séquences de référence sélectionnées manuellement. Les séquences d'un groupe où des références sont également trouvées sont validées. Les séquences apparaissant deux fois ou plus dans un génome sont séparées dans la catégorie « multiples ».

RiboDB contient actuellement également l'ADNr si il est disponible dans les génomes (dans le cas courant des opérons multiples, un seul ADNr est conservé sur la base de sa centralité). Le site PkXplore contient des séquences d'ADNr (16S, 23S, 5S) ainsi que des bases de données de séquences nucléiques fréquentes de protéines telles que l'ARN polymérase β ADN-dépendante (rpoB) ou les chaperonines groEL et groES. Grâce à une interface web, il permet le positionnement phylogénétique de séquences d'acides nucléiques inconnues. Il est conçu pour l'apprentissage des méthodes fondamentales de la phylogénie.

Domaines de recherche

Bactériologie Ecosystèmes Systématique, phylogénie et taxonomie Evolution [q-bio.PE] Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]

Publications

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Publications

Multi-proteins similarity-based sampling to select representative genomes from large databases

Rémi-Vinh Coudert , Jean-Philippe Charrier , Frédéric Jauffrit , Jean-Pierre Flandrois , Céline Brochier-Armanet

BMC Bioinformatics, 2025, 26 (1), pp.121. ⟨10.1186/s12859-025-06095-3⟩

Article dans une revue hal-05241875v1
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14C dating of tsunami deposits in arid environments: How challenging can it be? The example of La Graciosa, Canary Islands

Raphaël Paris , Franck Lavigne , Christine Hatté , Juan Francisco Betancort , Jean-Pierre Flandrois et al.

Marine Geology, 2025, 488, pp.107607. ⟨10.1016/j.margeo.2025.107607⟩

Article dans une revue hal-05147980v1
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Description of a new genus of the Pectobacteriaceae family isolated from water in coastal brackish wetlands of the French Camargue region, Prodigiosinella gen. nov., including the new species Prodigiosinella aquatilis sp. nov

Nicole Hugouvieux-Cotte-Pattat , Jean-Pierre Flandrois , Jérôme Briolay , Sylvie Reverchon , Céline Brochier-Armanet

Systematic and Applied Microbiology, 2024, 47 (2-3), pp.126497. ⟨10.1016/j.syapm.2024.126497⟩

Article dans une revue hal-04476288v1
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Diversité et diversification des Pectobacteriaceae, une famille de bactéries phytopathogènes d’importance mondiale

Céline Brochier , Nicole Hugouvieux-Cotte-Pattat , Jean-Pierre Flandrois , Sylvie Reverchon , Jérôme Briolay

Cahiers Scientifiques de la Fondation Pierre Vérots, 2024, 10, pp.19-29

Article dans une revue hal-04695948v1
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The Inca child of the Quehuar volcano: Stable isotopes clue to geographic origin and seasonal diet, with putative seaweed consumption

Eve Poulallion , Violeta Galván , Verónica Seldes , María Fernanda Zigarán , Gabriela Recagno Browning et al.

Journal of Archaeological Science: Reports, 2024, 59, pp.104784. ⟨10.1016/j.jasrep.2024.104784⟩

Article dans une revue hal-04741268v1
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Geographic origin and social status of the Gallic warriors from Ribemont‐sur‐Ancre (France) studied through isotope systematics of bone remains

Thibault Clauzel , Pascale Richardin , Jannick Ricard , Gilles Prilaux , Jeremy E. Martin et al.

International Journal of Osteoarchaeology, 2023, 33 (1), pp.39-50. ⟨10.1002/oa.3172⟩

Article dans une revue hal-03828010v1
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δ2H and δ18O of river water from a high-altitude humid plain of the southern Alps: Implications for the interpretation of the isotopic compositions of bioapatite from humans living close to mountain areas

Christophe Lécuyer , François Atrops , François Fourel , Thibault Clauzel , Jean-Pierre Flandrois

Journal of Archaeological Science: Reports, 2023, 49, pp.104020. ⟨10.1016/j.jasrep.2023.104020⟩

Article dans une revue hal-04616164v1
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Mitigation of the diagenesis risk in biological apatite δ18O interpretation

Christophe Lécuyer , Jean-Pierre Flandrois

Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaeoecology, 2023, 630, pp.111812. ⟨10.1016/j.palaeo.2023.111812⟩

Article dans une revue hal-04616065v1
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A divide-and-conquer phylogenomic approach based on character supermatrices resolves early steps in the evolution of the Archaea

Monique Aouad , Jean-Pierre Flandrois , Frédéric Jauffrit , Manolo Gouy , Simonetta Gribaldo et al.

BMC Ecology and Evolution, 2022, 22 (1), pp.1-12. ⟨10.1186/s12862-021-01952-0⟩

Article dans une revue hal-03514913v1
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Hydrogen isotope measurements of bone and dental tissues from archaeological human and animal samples and their use as climatic and diet proxies

Thibault Clauzel , Pascale Richardin , Jannick Ricard , Yves Le Béchennec , Romain Amiot et al.

Journal of Archaeological Science, 2022, 147, pp.105676. ⟨10.1016/j.jas.2022.105676⟩

Article dans une revue hal-03833280v1

Climate conditions and dietary practices during the Second Iron Age studied through the multi-isotope analysis of bones and teeth from individuals of Thézy-Glimont, Picardie, France

Thibault Clauzel , Pascale Richardin , Jannick Ricard , Yves Le Béchennec , Romain Amiot et al.

Archaeological and Anthropological Sciences, 2022, 14 (4), pp.61. ⟨10.1007/s12520-022-01534-1⟩

Article dans une revue hal-03620017v1
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A Comprehensive Evolutionary Scenario of Cell Division and Associated Processes in the Firmicutes

Pierre Garcia , Wandrille Duchemin , Jean-Pierre Flandrois , Simonetta Gribaldo , Christophe Grangeasse et al.

Molecular Biology and Evolution, 2021, 38 (6), pp.2396-2412. ⟨10.1093/molbev/msab034⟩

Article dans une revue hal-03293358v1
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Climatic change and diet of the pre-Hispanic population of Gran Canaria (Canary Archipelago, Spain) during the Medieval Warm Period and Little Ice Age

Christophe Lécuyer , Jean Goedert , Johanne Klee , Thibault Clauzel , Pascale Richardin et al.

Journal of Archaeological Science, 2021, 128, pp.105336. ⟨10.1016/j.jas.2021.105336⟩

Article dans une revue hal-03293366v1
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The Gauls experienced the Roman Warm Period: Oxygen isotope study of the Gallic site of Thézy-Glimont, Picardie, France

Thibault Clauzel , Pascale Richardin , Jannick Ricard , Yves Le Béchennec , Romain Amiot et al.

Journal of Archaeological Science: Reports, 2020, 34, pp.102595. ⟨10.1016/j.jasrep.2020.102595⟩

Article dans une revue hal-02998511v1

Metapopulation ecology links antibiotic resistance, consumption, and patient transfers in a network of hospital wards

Julie Teresa Shapiro , Gilles Leboucher , Anne-Florence Myard-Dury , Pascale Girardo , Anatole Luzzati et al.

eLife, 2020, 9, ⟨10.7554/eLife.54795⟩

Article dans une revue hal-03105766v1

Dickeya poaceiphila sp. nov., a plant-pathogenic bacterium isolated from sugar cane (Saccharum officinarum)

Nicole Hugouvieux-Cotte-Pattat , Celine Brochier-Armanet , Jean-Pierre Flandrois , Sylvie Reverchon

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2020, 70 (8), pp.4508-4514. ⟨10.1099/ijsem.0.004306⟩

Article dans une revue hal-03103453v1
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δ18O and δ13C of diagenetic land snail shells from the Pliocene (Zanclean) of Lanzarote, Canary Archipelago: Do they still record some climatic parameters?

Christophe Lécuyer , Antonio Sanchez Marco , Alejandro Lomoschitz , Juan-Francisco Betancort , François Fourel et al.

Journal of African Earth Sciences, 2020, 162, pp.103702. ⟨10.1016/j.jafrearsci.2019.103702⟩

Article dans une revue hal-02991811v1
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A Sample-to-Report Solution for Taxonomic Identification of Cultured Bacteria in the Clinical Setting Based on Nanopore Sequencing

Stefan Moritz Neuenschwander , Miguel Angel Terrazos Miani , Heiko Amlang , Carmen Perroulaz , Pascal Bittel et al.

Journal of Clinical Microbiology, 2020, 58 (6), pp.1128. ⟨10.1128/JCM.00060-20⟩

Article dans une revue hal-03105483v1
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Isotopic systematics point to wild origin of mummified birds in Ancient Egypt

Marie Linglin , Romain Amiot , Pascale Richardin , Stéphanie Porcier , Ingrid Antheaume et al.

Scientific Reports, 2020, 10 (1), ⟨10.1038/s41598-020-72326-7⟩

Article dans une revue hal-02991805v1
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Taxonomic assignment of uncultured prokaryotes with long range PCR targeting the spectinomycin operon

Jean-Pierre Flandrois , Céline Brochier-Armanet , Jérôme Briolay , Danis Abrouk , Guillaume P Schwob et al.

Research in Microbiology, 2019, 170 (6-7), pp.280-287. ⟨10.1016/j.resmic.2019.06.005⟩

Article dans une revue hal-02327832v1
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The phytopathogenic nature of Dickeya aquatica 174/2 and the dynamic early evolution of Dickeya pathogenicity

Alexandre Duprey , Najwa Taïb , Simon Leonard , Tiffany Garin , Jean-Pierre Flandrois et al.

Environmental Microbiology, 2019, 21 (8), pp.2809-2835. ⟨10.1111/1462-2920.14627⟩

Article dans une revue hal-02099020v1
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Highly Reduced Genome of the New Species Mycobacterium uberis, the Causative Agent of Nodular Thelitis and Tuberculoid Scrotitis in Livestock and a Close Relative of the Leprosy Bacilli

Andrej Benjak , Charlotte Avanzi , Yvonne Benito , Franck Breysse , Christophe Chartier et al.

MSphere, 2018, 3 (5), pp.e00405-18. ⟨10.1128/mSphere.00405-18⟩

Article dans une revue hal-02332532v1
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Changing patterns of human migrations shaped the global population structure of Mycobacterium tuberculosis in France

Maxime Barbier , Oana Dumitrescu , Catherine Pichat , Gérard Carret , Anne-Sophie Ronnaux-Baron et al.

Scientific Reports, 2018, 8 (1), pp.5855. ⟨10.1038/s41598-018-24034-6⟩

Article dans une revue hal-01908989v1
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Tsunami sedimentary deposits of Crete records climate during the ‘Minoan Warming Period’ (≈3350 yr BP)

Christophe Lécuyer , François Atrops , Romain Amiot , Delphine Angst , Valérie Daux et al.

The Holocene, 2018, ⟨10.1177/0959683617752840⟩

Article dans une revue hal-01806805v1

d18O-Derived incubation temperatures of oviraptorosaur eggs.

Romain Amiot , Xu Wang , Shuo Wang , Christophe Lécuyer , Jean-Michel Mazin et al.

Palaeontology, 2017, pp.1-15. ⟨10.1111/pala.12311⟩

Article dans une revue hal-01561556v1
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Strain-specific estimation of epidemic success provides insights into the transmission dynamics of tuberculosis

Jean-Philippe Rasigade , Maxime Barbier , Oana Dumitrescu , Catherine Pichat , Gérard Carret et al.

Scientific Reports, 2017, 7, pp.45326. ⟨10.1038/srep45326⟩

Article dans une revue hal-01911199v1

Record of Nile seasonality in Nubian neonates.

Céline Martin , Bruno Maureille , Romain Amiot , Alexandra Touzeau , Aurélien Royer et al.

Isotopes in Environmental and Health Studies, 2017, 53 (3), pp.223-242. ⟨10.1080/10256016.2016.1229667⟩

Article dans une revue hal-01495855v1
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Combined Genotypic, Phylogenetic, and Epidemiologic Analyses of Mycobacterium tuberculosis Genetic Diversity in the Rhône Alpes Region, France

Catherine Pichat , David Couvin , Gérard Carret , Isabelle Frédénucci , Véronique Jacomo et al.

PLoS ONE, 2016, 11 (4), pp.e0153580. ⟨10.1371/journal.pone.0153580⟩

Article dans une revue hal-01910925v1

RiboDB database: a comprehensive resource for prokaryotic systematics

Frédéric Jauffrit , Simon Penel , Stéphane Delmotte , Carine Rey , Damien M de Vienne et al.

Molecular Biology and Evolution, 2016, 33 (8), pp.2170--2172. ⟨10.1093/molbev/msw088⟩

Article dans une revue hal-01800061v1

Oxygen isotope fractionation between bird eggshell calcite and body water: application to fossil eggs from Lanzarote (Canary Islands)

Nicolas Lazzerini , Christophe Lécuyer , Romain Amiot , Delphine Angst , Eric Buffetaut et al.

The Science of Nature Naturwissenschaften, 2016, 103 (9-10), ⟨10.1007/s00114-016-1404-x⟩

Article dans une revue hal-02994717v1
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Nontuberculous Mycobacteria: An Underestimated Cause of Bioprosthetic Valve Infective Endocarditis

C. Bouchiat , J. Saison , S. Boisset , Jean-Pierre Flandrois , B. Issartel et al.

Open Forum Infectious Diseases, 2015, 2 (2), ⟨10.1093/ofid/ofv047⟩

Article dans une revue hal-02044973v1

Assessment of polycarbonate filter in a molecular analytical system for the microbiological quality monitoring of recycled waters onboard ISS

Anne-Laure Bechy-Loizeau , Jean-Pierre Flandrois , Hafid Abaibou

Life Sciences in Space Research, 2015, 6, pp.29-35. ⟨10.1016/j.lssr.2015.06.002⟩

Article dans une revue hal-02332536v1
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leBIBIQBPP: a set of databases and a webtool for automatic phylogenetic analysis of prokaryotic sequences

Jean-Pierre Flandrois , G. Perrière , Manolo Gouy

BMC Bioinformatics, 2015, 16 (1), pp.251. ⟨10.1186/s12859-015-0692-z⟩

Article dans une revue hal-02044751v1

A Toolbox for Nonlinear Regression in R: The Package nistools

F. Baty , C. Ritz , Sandrine Charles , M. Brutsche , Jean-Pierre Flandrois et al.

Journal of Statistical Software, 2015, 66, pp.1-21

Article dans une revue hal-02044944v1
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Mycobacterium Species Related to M. leprae and M. lepromatosis from Cows with Bovine Nodular Thelitis

D. Pin , V. Guerin-Faublee , V. Garreau , F. Breysse , Oana Dumitrescu et al.

Emerging Infectious Diseases, 2014, 20, pp.2111-4. ⟨10.3201/eid2012.140184⟩

Article dans une revue hal-02045107v1

Diet of ancient Egyptians inferred from stable isotope systematics

Alexandra Touzeau , Romain Amiot , Janne Blichert-Toft , Jean-Pierre Flandrois , François Fourel et al.

Journal of Archaeological Science, 2014, 46, pp.114-124. ⟨10.1016/j.jas.2014.03.005⟩

Article dans une revue istex hal-02994728v1
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MUBII-TB-DB: a database of mutations associated with antibiotic resistance in Mycobacterium tuberculosis.

Jean-Pierre Flandrois , Gérard Lina , Oana Dumitrescu

BMC Bioinformatics, 2014, 15 (1), pp.107. ⟨10.1186/1471-2105-15-107⟩

Article dans une revue inserm-00982132v1

Enhanced tetrazolium violet reduction of Salmonella spp. by magnesium addition to the culture media

T. Junillon , L. Morand , Jean-Pierre Flandrois

Food Microbiology, 2014, 42, pp.132-135

Article dans une revue hal-02046799v1

Optimization of the reactional medium and a food impact study for a colorimetric in situ Salmonella spp. detection method

L. Morand , D. Michel , Jean-Pierre Flandrois , T. Junillon , D. Mosticon et al.

International Journal of Food Microbiology, 2014, 181, pp.48-52

Article dans une revue hal-02046798v1

Mycobacterium bourgelatii sp. nov., a rapidly growing, non-chromogenic species isolated from the lymph nodes of cattle.

Véronique Guérin-Faublée , Jean-Pierre Flandrois , Catherine Pichat , Maria Laura Boschiroli , Brigitte Lamy

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2013, 63 (Pt 12), pp.4669-74. ⟨10.1099/ijs.0.051979-0⟩

Article dans une revue hal-01017330v1

Egyptian mummies record increasing aridity in the Nile valley from 5500 to 1500yr before present

Alexandra Touzeau , Janne Blichert-Toft , Romain Amiot , François Fourel , François Martineau et al.

Earth and Planetary Science Letters, 2013, 375, pp.92-100. ⟨10.1016/j.epsl.2013.05.014⟩

Article dans une revue istex hal-02110386v1

Diminution of 2,3,5-triphenyltetrazolium chloride toxicity on Listeria monocytogenes growth by iron source addition to the culture medium

T. Junillon , Jp. Flandrois

Food Microbiology, 2013, 38, pp.1--5. ⟨10.1016/j.fm.2013.07.005⟩

Article dans une revue hal-02281566v1

Candida albicans and non- Candida albicans fungemia in an institutional hospital during a decade

Jean-Pierre Flandrois , Laurence Parmeland , Mathieu Gazon , Claude Guérin , Laurent Argaud et al.

Medical Mycology, 2013, 51 (1), pp.33-37. ⟨10.3109/13693786.2012.686673⟩

Article dans une revue hal-02334577v1

Simplified detection of food-borne pathogens: An in situ high affinity capture and staining concept

T. Junillon , A. Vimont , D. Mosticone , B. Mallen , F. Baril et al.

Journal of Microbiological Methods, 2012, 91, pp.501--505. ⟨10.1016/j.mimet.2012.09.015⟩

Article dans une revue istex hal-02296823v1

Species-driven interpretation guidelines in case of a single-sampling strategy for blood culture

D. Leyssene , S. Gardes , P. Vilquin , Jp. Flandrois , Gérard Carret et al.

European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, 2011, 30, pp.1537-1541. ⟨10.1007/s10096-011-1257-3⟩

Article dans une revue istex hal-02297650v1

A pharmacologically based multiscale mathematical model of angiogenesis and its use in investigating the efficacy of a new cancer treatment strategy.

Frédérique Billy , Benjamin Ribba , Olivier Saut , Hélène Morre-Trouilhet , Thierry Colin et al.

Journal of Theoretical Biology, 2009, 260 (4), pp.545-62. ⟨10.1016/j.jtbi.2009.06.026⟩

Article dans une revue istex inria-00440447v1

A seven-gene multilocus genus-wide approach to the phylogeny of mycobacteria using supertrees

S. Mignard , Jean-Pierre Flandrois

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2008, 58(part 6), pp.1432-1441

Article dans une revue hal-00428262v1

Identification of Mycobacterium using the EF-Tu encoding (tuf) gene and the tmRNA encoding (ssrA) gene

S. Mignard , J.-P. Flandrois

Journal of Medical Microbiology, 2007, 56 (8), pp.1033-1041. ⟨10.1099/jmm.0.47105-0⟩

Article dans une revue hal-02332574v1

16S rRNA sequencing in routine bacterial identification : A 30-month experiment

S. Mignard , Jean-Pierre Flandrois

Journal of Microbiological Methods, 2006, 67, pp.574-581

Article dans une revue hal-00427881v1

<i>Mycobacterium bovis</i> Infection

S. Mignard , Jean-Pierre Flandrois

Journal of Medical Microbiology, 2006, 56, pp.1033-1041

Article dans une revue hal-00428005v1

Use of PCR-Restriction Enzyme Pattern Analysis and Sequencing Database for <i>hsp65</i> Gene-Based Identification of <i>Nocardia</i> Species

V. Rodriguez-Nava , A. Couble , G. Devulder , Jean-Pierre Flandrois , P. Boiron et al.

Journal of Clinical Microbiology, 2006, 44 (2), pp.536-546. ⟨10.1128/JCM.44.2.536-546.2006⟩

Article dans une revue hal-00428029v1

Rapid identification of Enterobacteriaceae by sequencing DNA gyrase subunit B encoding gene

J. Delmas , F. Breysse , G. Devulder , Jean-Pierre Flandrois , M. Chomarat

Diagnostic Microbiology and Infectious Disease, 2006, 55, pp.263-268

Article dans une revue hal-00427939v1

De la prévalence aux valeurs prédictives: L`antibiogramme face à l`évolution de la résistance aux antibiotiques

B. Lamy , G. Carret , Jean-Pierre Flandrois , Marie Laure Delignette-Muller

Annales de Biologie Clinique, 2005, 63, pp.493-502

Article dans une revue hal-00427775v1

A multigene approach to phylogenetic analysis using the genus <i>Mycobacterium</i> as a model

G. Devulder , M. Perouse de Montclos , Jean-Pierre Flandrois

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2005, 55, pp.293-302

Article dans une revue hal-00427738v1

[From prevalence to predictive values: considerations on the antimicrobial susceptibility testing dealing with change of susceptibility rates].

Jean-Pierre Flandrois , B Lamy , G. Carret , M Delignette-Muller

Annales de Biologie Clinique, 2005, 63 (5), pp.493-502

Article dans une revue hal-02332581v1

How does susceptibility prevalence impact on the performance of disk diffusion susceptibility testing?

B. Lamy , G. Carret , Jean-Pierre Flandrois , Marie Laure Delignette-Muller

Diagnostic Microbiology and Infectious Disease, 2004, 49, pp.131-139

Article dans une revue hal-00427611v1

A method to study the microscale 3-D spatial distribution of Bacteria in soil.

A. Dechesne , C. Pallud , D. Debouzie , Jean-Pierre Flandrois , J.P. Gaudet et al.

Mycological Research, 2003, 107, pp.1221-1230

Article dans une revue hal-00427331v1

A novel method for characterizing the microscale 3D spatial distribution of bacteria in soil

A. Dechesne , C. Pallud , D. Debouzie , J. P. Flandrois , T. M. Vogel et al.

Soil Biology and Biochemistry, 2003, 35 (12), pp.1537-1546. ⟨10.1016/S0038-0717(03)00243-8⟩

Article dans une revue istex hal-02573523v1

Quelques problèmes statistiques rencontrés dans l`estimation de la température minimale de croissance de Listeria monocytogenes

S. Charles-Bajard , Jean-Pierre Flandrois , R. Tomassone

Revue de Statistique Appliquée, 2003, LI, pp.59-71

Article dans une revue hal-00427493v1

BIBI a bioinformatics bacterial identification tool

G. Devulder , G. Perrière , F. Baty , Jean-Pierre Flandrois

Journal of Clinical Microbiology, 2003, 41, pp.1785-1787

Article dans une revue hal-00427401v1

Modelling the competitive growth of Listeria monocytogenes and Listeria innocua in enrichment broths

Marie Cornu , Martin Kalmokoff , Jean-Pierre Flandrois

International Journal of Food Microbiology, 2002, 73 (2-3), pp.261-274. ⟨10.1016/S0168-1605(01)00658-4⟩

Article dans une revue istex hal-02332587v1

What is the relevance of obtaining multiple blood samples for culture? A comprehensive model to optimize the strategy for diagnosing bacteremia

B. Lamy , Pascal Roy , G. Carret , Jean-Pierre Flandrois , Marie Laure Delignette-Muller

Clinical Infectious Diseases, 2002, 35 (7), pp.842-850. ⟨10.1086/342383⟩

Article dans une revue hal-00427281v1

Modeling the Lag Time of Listeria monocytogenes from Viable Count Enumeration and Optical Density Data

F. Baty , Jean-Pierre Flandrois , Marie Laure Delignette-Muller

Applied and Environmental Microbiology, 2002, 68, pp.5816-5825

Article dans une revue hal-00427255v1

A mathematical model describing the thermal virus inactivation

C. Noel , Sandrine Charles , A. Francon , Jean-Pierre Flandrois

Vaccine, 2001, 19, pp.3575-3582

Article dans une revue hal-00427188v1

Spatial Modeling of Nitrifier Microhabitats in Soil

G. Grundmann , A. Dechesne , F. Bartoli , Jean-Pierre Flandrois , J. Chassé et al.

Soil Science Society of America Journal, 2001, 65 (6), pp.1709. ⟨10.2136/sssaj2001.1709⟩

Article dans une revue hal-02332596v1

Fitness and competitive growth advantage of new gentamicin-susceptible MRSA clones spreading in French hospitals

Jean-Pierre Flandrois , F. Laurent

Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 2001, 47 (3), pp.277-283. ⟨10.1093/jac/47.3.277⟩

Article dans une revue hal-02332592v1

Characterization of Unexpected Growth of Escherichia coli O157:H7 by Modeling

M. Cornu , Marie Laure Delignette-Muller , Jean-Pierre Flandrois

Applied and Environmental Microbiology, 1999, 65, pp.5322-5327

Article dans une revue hal-00428469v1

A model describing the relationship between regrowth lag time and mild temperature increase for Listeria monocytogenes

S. Breand , G. Fardel , Jean-Pierre Flandrois , L. Rosso , R. Tomassone

International Journal of Food Microbiology, 1999, 46, pp.251-261

Article dans une revue hal-00428438v1

Model of the influence of time and mild temperature on Listeria monocytogenes nonlinear survival curves

S. Breand , G. Fardel , Jean-Pierre Flandrois , L. Rosso , R. Tomassone

International Journal of Food Microbiology, 1998, 40, pp.185-195

Article dans une revue hal-00428479v1

Saccharomyces boulardii Fungemia in a Patient Receiving Ultra‐levure Therapy

Jean-Pierre Flandrois , I. Fredenucci , M. Chomarat , C. Boucaud

Clinical Infectious Diseases, 1998, 27 (1), pp.222-223. ⟨10.1086/517685⟩

Article dans une revue hal-02334575v1

Simple relationship between acid dissociation constant and minimal pH for microbial growth in laboratory medium

Jean-Pierre Flandrois , L. Rosso , E. Zuber , C. Pichat

International Journal of Food Microbiology, 1997, 35 (1), pp.75-81. ⟨10.1016/S0168-1605(96)01231-7⟩

Article dans une revue istex hal-02332604v1

A model describing the relationship between lag time and mild temperature increase duration

S. Breand , G. Fardel , Jean-Pierre Flandrois , L. Rosso , R. Tomassone

International Journal of Food Microbiology, 1997, 38, pp.157-167

Article dans une revue hal-00434965v1

Homogeneous Two-Site Immunometric Assay Kinetics as a Theoretical Tool for Data Analysis

Emmanuel Zuber , Gérard Mathis , Jean-Pierre Flandrois

Analytical Biochemistry, 1997, 251 (1), pp.79-88. ⟨10.1006/abio.1997.2243⟩

Article dans une revue istex hal-02332601v1

A Descriptive Model for the Kinetics of a Homogeneous Fluorometric Immunoassay

Emmanuel Zuber , Laurent Rosso , Bruno Darbouret , Françoise Socquet , Gérard Mathis et al.

Journal of Immunoassay and Immunochemistry, 1997, 18 (1), pp.21-47. ⟨10.1080/01971529708005803⟩

Article dans une revue hal-02332602v1

Influence of atmospheric conditions during incubation on the susceptibilities of Streptococcus pneumoniae isolates to five beta- lactam antibiotics

M. Chomarat , L. Chollet , M. Peyret , Jean-Pierre Flandrois

Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 1997, 40 (4), pp.599-601. ⟨10.1093/jac/40.4.599⟩

Article dans une revue hal-02332606v1

Reappraisal of the effect of temperature on the growth kinetics of Aeromonas salmonicida

V. Guérin-Faublée , Sandrine Charles , M. Chomarat , Jean-Pierre Flandrois

Letters in Applied Microbiology, 1997, 25, pp.363-366

Article dans une revue hal-00434985v1

Evaluation of an expert system linked to a rapid antibiotic susceptibility testing system for the detection of β-lactam resistance phenotypes

Jean-Pierre Flandrois , G. Vedel , M. Peyret , J.P. Gayral , Patrick Millot

Research in Microbiology, 1996, 147 (4), pp.297-309. ⟨10.1016/0923-2508(96)81390-8⟩

Article dans une revue istex hal-02332610v1

An economic approach to the MIC.

M. Delignette-Muller , Jean-Pierre Flandrois , Catherine Chapuis

Zentralblatt fur Bakteriologie : international journal of medical microbiology, 1996, 284 (1), pp.67-74

Article dans une revue hal-02332615v1

Differential growth of Listeria monocytogenes at 4 and 8°C: Consequences for the Shelf Life of Chilled Products

L. Rosso , S. Bajard , Jean-Pierre Flandrois , C. Lahellec , J. Fournaud et al.

Journal of Food Protection, 1996, 59 (9), pp.944-949. ⟨10.4315/0362-028X-59.9.944⟩

Article dans une revue hal-02332607v1

The particular behaviour of Listeria monocytogenes under sub-optimal conditions

S. Bajard , L. Rosso , G. Fardel , J.P. Flandrois

International Journal of Food Microbiology, 1996, 29 (2-3), pp.201-211. ⟨10.1016/0168-1605(95)00031-3⟩

Article dans une revue istex hal-04468907v1

Application of a modified disc diffusion technique to antimicrobial susceptibility testing of Vibrio anguillarum and Aeromonas salmonicida clinical isolates

V. Guerin-Faublée , Marie Laure Delignette-Muller , M. Vigneulle , Jean-Pierre Flandrois

Veterinary Microbiology, 1996, 51, pp.137-149

Article dans une revue hal-00435044v1
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Use of mathematics and statistics in nutrition modelling

G Ciuperca , R Tomassone , Jp Flandrois

Annales de zootechnie, 1996, 45 (Suppl1), pp.143-152

Article dans une revue hal-00889615v1

The particular behaviour of Listeria monocytogenes under sub-optimal conditions

S. Bajard , L. Rosso , G. Fardel , Jean-Pierre Flandrois

International Journal of Food Microbiology, 1996, 29, pp.201-211

Article dans une revue hal-00435025v1

Olecranon bursitis due toPrototheca wickerhamii, an algal opportunistic pathogen

M. Montclos , G. Chatte , M. Perrin-Fayolle , Jean-Pierre Flandrois

European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, 1995, 14 (6), pp.561-562. ⟨10.1007/bf02113444⟩

Article dans une revue istex hal-02332623v1

Relationship between colonial surface and density on agar plate

L. Rosso , Jean-Pierre Flandrois , Catherine Chapuis

The Journal of applied bacteriology, 1995, 79 (5), pp.542-550. ⟨10.1111/j.1365-2672.1995.tb03175.x⟩

Article dans une revue hal-02332629v1

Convenient Model To Describe the Combined Effects of Temperature and pH on Microbial Growth

L. Rosso , J.R. Lobry , S. Bajard , Jean-Pierre Flandrois

Applied and Environmental Microbiology, 1995, 61, pp.610-616

Article dans une revue hal-00698190v1

Accuracy of microbial growth predictions with square root and polynomial models

Jean-Pierre Flandrois , M. Delignette-Muller

International Journal of Food Microbiology, 1995, 27 (2-3), pp.139-146. ⟨10.1016/0168-1605(94)00158-3⟩

Article dans une revue istex hal-02332618v1

The effect of incubation temperature and sodium chloride concentration on the growth kinetics of Vibrio anguillarum and Vibrio anguillarum -related organisms

Véronique Guérin-Faublée , L. Rosso , Martine Vigneulle , J.-P. Flandrois

The Journal of applied bacteriology, 1995, 78 (6), pp.621-629. ⟨10.1111/j.1365-2672.1995.tb03108.x⟩

Article dans une revue hal-02332625v1

An accurate diffusion method for determining bacterial sensitivity to antibiotics

M. Delignette-Muller , Jean-Pierre Flandrois

Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 1994, 34 (1), pp.73-81. ⟨10.1093/jac/34.1.73⟩

Article dans une revue istex hal-02332634v1

Mathematical model of the interactions between Micrococcus spp. and Pseudomonas aeruginosa on agar surface

J.-P. Flandrois , Catherine Chapuis

The Journal of applied bacteriology, 1994, 77 (6), pp.727-732. ⟨10.1111/j.1365-2672.1994.tb02826.x⟩

Article dans une revue hal-02332635v1

[Post-antibiotic effect of three aminoglycosides against Klebsiella pneumoniae].

M de Montclos , M. Guinet , Jean-Pierre Flandrois , Catherine Chapuis

Pathologie Biologie, 1994, 42 (5), pp.419-24

Article dans une revue hal-02332637v1

Antimicrobial susceptibility testing of actinomyces pyogenes: Comparison of disk diffusion test and Api ATB Strep system with the Agar dilution method

Véronique Guérin-Faublée , Jean-Pierre Flandrois , Yves Richard

Zentralblatt fur Bakteriologie, Mikrobiologie, und Hygiene. Series A, Medical microbiology, infectious diseases, virology, parasitology, 1993, 279 (3), pp.377-386. ⟨10.1016/S0934-8840(11)80370-1⟩

Article dans une revue istex hal-02332640v1

An unexpected correlation between cardinal temperatures of microbial growth highlighted by a new model

L. Rosso , J.R. Lobry , Jean-Pierre Flandrois

Journal of Theoretical Biology, 1993, 162, pp.447-463

Article dans une revue hal-00698186v1

Mathematical model for comparison of time-killing curves.

F Guerillot , G. Carret , Jean-Pierre Flandrois

Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 1993, 37 (8), pp.1685-1689. ⟨10.1128/AAC.37.8.1685⟩

Article dans une revue hal-02332638v1

A statistical evaluation of the bactericidal effects of ceftibuten in combination with aminoglycosides and ciprofloxacin

F. Guérillot , G. Carret , Jean-Pierre Flandrois

Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 1993, 32 (5), pp.685-694. ⟨10.1093/jac/32.5.685⟩

Article dans une revue istex hal-02332639v1
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Actinomyces pyogenes: susceptibility of 103 clinical animal isolates to 22 antimicrobial agents

V Guérin-Faublée , Jp Flandrois , E Broye , F Tupin , Y Richard

Veterinary Research, 1993, 24 (3), pp.251-259

Article dans une revue hal-00902121v1

[Comparative study of two systems for the determination of the sensitivity of yeasts to antifungal agents].

M de Montclos , H. de Montclos , Jean-Pierre Flandrois

Pathologie Biologie, 1992, 40 (5), pp.495-9

Article dans une revue hal-02332641v1

Monod's bacterial growth model revisited

J.R. Lobry , Jean-Pierre Flandrois , G. Carret , A. Pavé

Bulletin of Mathematical Biology, 1992, 54(1), pp.117-122

Article dans une revue hal-00698414v1

Maintenance requirements of <i>Escherichia coli</i> ATCC 25922 in the presence of sub-inhibitory concentrations of various antibiotics

J.R. Lobry , G. Carret , Jean-Pierre Flandrois

Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 1992, 29, pp.121-127

Article dans une revue hal-00698024v1

Gram-positive infections in neutropenic patients: glycopeptide antibiotic choice

Monique Chomarat , Daniel Espinouse , Jean-Pierre Flandrois

Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 1992, 29 (4), pp.462-463. ⟨10.1093/jac/29.4.462⟩

Article dans une revue istex hal-02334574v1

Biphasic kinetics of bacterial killing by quinolones

G. Carret , Jean-Pierre Flandrois , Jean R Lobry

Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 1991, 27 (3), pp.319-327. ⟨10.1093/jac/27.3.319⟩

Article dans une revue istex hal-02332643v1

Time-killing curves of Pseudomonas aeruginosa strains exposed to polymyxin B

M. Peyret , Jean-Pierre Flandrois , G. Fardel

Pathologie Biologie, 1991, 39, pp.446-450

Article dans une revue hal-00698139v1

[Time-killing curves of Pseudomonas aeruginosa strains exposed to polymyxin B].

Michel Peyret , Jean-Pierre Flandrois , Ghislaine Fardel

Pathologie Biologie, 1991, 39 (5), pp.446-50

Article dans une revue hal-02332645v1

Susceptibility to Aminoglycosides of 63 Strains of Stomatococcus mucilaginosus Isolated from Sputum

Monique Chomarat , Marie-Gabrielle Vital , Jean-Pierre Flandrois

Zentralblatt fur Bakteriologie, Mikrobiologie, und Hygiene. Series A, Medical microbiology, infectious diseases, virology, parasitology, 1991, 276 (1), pp.63-67. ⟨10.1016/S0934-8840(11)80219-7⟩

Article dans une revue istex hal-02332646v1

[Expert systems and antibiotic sensitivity test].

Jean-Pierre Flandrois , G. Carret

Annales de Biologie Clinique, 1991, 49 (3), pp.166-71

Article dans une revue hal-02334572v1

Etude sur quatre ans des cas de yersiniose dans un service d'hépato-gastro-entérologie de la région lyonnaise

Jean-Pierre Flandrois , F. Bailly , M. Peyret , L. Descos

Médecine et Maladies Infectieuses (1971-2020), 1991, 21, pp.371-375. ⟨10.1016/S0399-077X(05)81308-3⟩

Article dans une revue istex hal-02334571v1

[Influence of the culture medium (Isosensitest or Mueller-Hinton) on the results of antibiotics susceptibility testing and its interpretation].

Jean-Pierre Flandrois , M. Peyret , J Zindel

Pathologie Biologie, 1991, 39 (5), pp.455-60

Article dans une revue hal-02334573v1

A FORTRAN subroutine for the determination of parameter confidence limits in non-linear Models

J.R. Lobry , L. Rosso , Jean-Pierre Flandrois

Binary, 1991, 3, pp.86-93

Article dans une revue hal-00698031v1

Coagulase-negative staphylococci emerging during teicoplanin therapy and problems in the determination of their sensitivity

Monique Chomarat , Daniel Espinouse , Jean-Pierre Flandrois

Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 1991, 27 (4), pp.475-480. ⟨10.1093/jac/27.4.475⟩

Article dans une revue istex hal-02332642v1

Comparison of estimates of Monod's growth model from the same data set

J.R. Lobry , Jean-Pierre Flandrois

Binary, 1991, 3, pp.20-23

Article dans une revue hal-00698025v1

Isolation ofSporosarcina ureae from a bronchial biopsy in a child with cystic fibrosis

Jean-Pierre Flandrois , M. Chomarat , M. Montclos , F. Breysse

European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, 1990, 9 (4), pp.302-303. ⟨10.1007/bf01968068⟩

Article dans une revue istex hal-02332652v1

[Mathematical study of the sensitivity curves of Escherichia coli exposed to polymyxins].

M. Peyret , G. Carret , C. Carré , G. Fardel , Jean-Pierre Flandrois

Pathologie Biologie, 1990, 38 (5), pp.441-5

Article dans une revue hal-02332651v1

Mathematical study of the sensitivity curves of Escherichia coli exposed to polymyxins

M. Peyret , Jean-Pierre Flandrois , G. Fardel

Pathologie Biologie, 1990, 38, pp.441-445

Article dans une revue hal-00698138v1

Preparation of a Latex Reagent for the Detection of Anti-Staphylococcus aureus Ribitol Teichoic Acid Antibodies

Michèle de Montclos , Jean-Pierre Flandrois

Zentralblatt fur Bakteriologie, Mikrobiologie, und Hygiene. Series A, Medical microbiology, infectious diseases, virology, parasitology, 1990, 274 (1), pp.50-60. ⟨10.1016/S0934-8840(11)80974-6⟩

Article dans une revue istex hal-02332653v1

Mathematical modelling of growth of Escherichia coli at subinhibitory levels of chloramphenicol or tetracyclines

Jean-Pierre Flandrois , S. Comby , J.P. Flandrois , G. Carret , C. Pichat

Research in Microbiology, 1989, 140 (3), pp.243-254. ⟨10.1016/0923-2508(89)90079-X⟩

Article dans une revue istex hal-02332654v1

[Interpretative reading and quality control of an antibiotic sensitivity test using an expert system. Application to the API ATB system and Enterobacteriaceae].

M. Peyret , Jean-Pierre Flandrois , G. Carret , C. Pichat

Pathologie Biologie, 1989, 37 (5 Pt 2), pp.624-8

Article dans une revue hal-02332658v1

[Value of enzymuria during antibacterial therapy].

C Flandrois , Jean-Pierre Flandrois , D Coullioud , I Maire

Pathologie Biologie, 1989, 37 (5 Pt 2), pp.657-63

Article dans une revue hal-02332656v1

Bacterial Strain Characterization Using Mathematical Modelling of Growth

Marie-Joëlle Rochet , Jean-Pierre Flandrois

Zentralblatt fur Bakteriologie, Mikrobiologie, und Hygiene. Series A, Medical microbiology, infectious diseases, virology, parasitology, 1989, 271 (1), pp.2-10. ⟨10.1016/S0934-8840(89)80047-7⟩

Article dans une revue istex hal-02332655v1

[Bacteriostatic and bactericidal antibiotics: differences in subinhibitory concentration effects on the growth of Escherichia coli].

S Comby , G. Carret , A. Pavé , Jean-Pierre Flandrois , C. Pichat

Pathologie Biologie, 1989, 37 (5), pp.335-40

Article dans une revue hal-02332659v1

[Demonstration of an inoculum effect on the estimation of the minimal inhibitory concentration of LY 146032].

Jean-Pierre Flandrois , G. Carret , M. Peyret , Catherine Pichat

Pathologie Biologie, 1988, 36 (5), pp.377-80

Article dans une revue hal-02332666v1

[An expert system as an aid to the validation of results of the antibiogram. Feasibility study based on the example of Staphylococcus aureus].

S Comby , Jean-Pierre Flandrois , A. Pavé

Pathologie Biologie, 1988, 36 (5), pp.381-5

Article dans une revue hal-02332664v1

Mathematical modelling of bacterial growth at subinhibitory levels of aminoglycosides

Jean-Pierre Flandrois , S Comby , G. Carret , C. Pichat

Annales de l'Institut Pasteur / Microbiologie, 1988, 139 (5), pp.613-629. ⟨10.1016/0769-2609(88)90159-7⟩

Article dans une revue istex hal-02332662v1

Early stages of in vitro killing curve of LY146032 and vancomycin for Staphylococcus aureus.

Jean-Pierre Flandrois , Ghislaine Fardel , G. Carret

Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 1988, 32 (4), pp.454-457. ⟨10.1128/AAC.32.4.454⟩

Article dans une revue hal-02332661v1

Corynebacterium JK: surgical infections in non-immunosuppressed patients

Jean-Pierre Flandrois , A. Lepape , P.Y. Carry , M. Chomarat , J.P. Perdrix et al.

Intensive Care Medicine, 1988, 15 (1), ⟨10.1007/bf00255631⟩

Article dans une revue istex hal-02332688v1

[Use of an expert system as a tool to carry out urinary cyto-bacteriologic tests].

S Comby , G. Carret , Jean-Pierre Flandrois , A. Pavé , M Perouse de Montclos

Annales de Biologie Clinique, 1988, 46 (8), pp.669-72

Article dans une revue hal-02332663v1

[A mathematical study of the mortality curve of Escherichia coli exposed to aminoglycosides].

Jean-Pierre Flandrois , G. Carret , G. Fardel

Pathologie Biologie, 1988, 36 (5), pp.446-51

Article dans une revue hal-02332694v1

Study of staphylococcus aureus teichoic acid immunodominant site by help of synthetic haptens

Michèle Pérouse de Montclos , Paul Boullanger , Jean-Pierre Flandrois

Zentralblatt fur Bakteriologie, Mikrobiologie, und Hygiene. Series A, Medical microbiology, infectious diseases, virology, parasitology, 1988, 267 (3), pp.414-424. ⟨10.1016/S0176-6724(88)80058-0⟩

Article dans une revue istex hal-02332687v1

[Effect of subinhibitory concentrations of antibiotics on the growth level of bacteria].

G. Carret , B Charpe , A Cheruy , Jean-Pierre Flandrois , A. Pavé et al.

Pathologie Biologie, 1987, 35 (5), pp.483-93

Article dans une revue hal-02332695v1

Bacterial growth measurement using an automated system: Mathematical modelling and analysis of growth kinetics

Jean-Pierre Flandrois , A. Corman , G. Carret , A. Pavé , C. Couix

Annales de l'Institut Pasteur / Microbiologie, 1986, 137 (1), pp.133-143. ⟨10.1016/S0769-2609(86)80102-8⟩

Article dans une revue istex hal-02332696v1

[Evaluation of the Rapid-ATB system for testing the sensitivity of staphylococci to antibiotics. Comparison with the agar dilution reference method].

P Le Noc , G. Carret , C. Couix , Jean-Pierre Flandrois , J Gayral et al.

Pathologie Biologie, 1986, 34 (5 Pt 2), pp.600-3

Article dans une revue hal-02332697v1

Gelatin and collagen binding to Staphylococcus aureus strains.

G. Carret , H. Emonard , G. Fardel , M. Druguet , D. Herbage et al.

Ann Inst Pasteur Microbiol, 1985, 136A, pp.241-245

Article dans une revue hal-00312957v1

[Nonparametric approach to the determination of critical diameters. Comparison with conventional methods].

Jean-Pierre Flandrois , G. Carret

Pathologie Biologie, 1984, 32 (5 Pt 2), pp.488-91

Article dans une revue hal-02332698v1

Evolution de la résistance aux antibiotiques des agents infectieux en milieu hospitalier

J Fleurette , S Chassignol , A Moulin , A Biron , Jean-Pierre Flandrois

Bulletin de l'Institut national de la sante et de la recherche medicale, 1970, 25 (5), pp.963-92

Article dans une revue hal-02328996v1

Les isotopes de l'hydrogène contenus dans les tissus osseux et dentaires de populations archéologiques et leurs usages comme proxys paléoclimatiques et paléoalimentaires

Thibault Clauzel , Pascale Richardin , Jannick Ricard , Yves Le Béchennec , Romain Amiot et al.

27e édition de la Réunion des Sciences de la Terre, SGF, CNRS, Laboratoire de Géologie de Lyon ou l’étude de la Terre, des planètes et de l’environnement, Nov 2021, Lyon, France

Communication dans un congrès hal-03588056v1

P2857 Quantifying drivers of antimicrobial resistance in a large network of hospital wards: a meta-population approach.

Julie Teresa Shapiro , Leboucher Gilles , Anatole Luzzati , Jean Francois Sauzon , Olivier Dauwalder et al.

29TH ECCMID, Apr 2019, Amsterdam, Netherlands

Communication dans un congrès hal-02402157v1