Jérôme Arnoux Postdoctorant

Identifiants chercheurs

IdHAL :

jerome-arnoux

ORCID :

0000-0003-2769-3006

IdRef :

285902598

Présentation

Je m'intéresse en particulier à la pangénomique, la génomique comparée et le métabolisme. J'évolue dans l'équipe du LABGeM et de la plateforme d'annotation de génomes procaryote, MicroScope. Mes recherches porte sur le développement de méthodes d’analyse comparée des pangénomes procaryotes afin d'explorer la diversité génomique inter-espèces pour une meilleure compréhension du métabolisme. J'ai participer au développement de plusieurs outils d'analyse pangénomique. Récemment, je me suis intéressé aux systèmes de défense des bactéries contre les virus, plus particulièrement à comment les identifier dans les pangénomes.

Publications

Article dans une revue (1)

Metagenomic analysis reveals distinct patterns of gut lactobacillus prevalence, abundance, and geographical variation in health and disease Tarini Shankar Ghosh,Jérôme Arnoux,Paul O’toole Gut microbes, 2020, 12 (1), pp.1822729. ⟨10.1080/19490976.2020.1822729⟩ Article dans une revue hal-04903758v1

Communication dans un congrès (5)

Integrating complex pangenome graphs Jérôme Arnoux,Angela Bonifati,A. Calteau,Stefania Dumbrava,Guillaume Gautreau 2024 IEEE 40th International Conference on Data Engineering Workshops (ICDEW), May 2024, Utrecht, Netherlands. pp.350-354, ⟨10.1109/ICDEW61823.2024.00052⟩ Communication dans un congrès hal-04660364v1
PANORAMA: comparative pangenomics tools to explore interspecies diversity of microbial genomes Jérôme Arnoux,Jean Mainguy,Laura Bry,Quentin Fernandez De Grado,David Vallenetet al. The local pangenome, Oct 2023, Alicante, Spain Communication dans un congrès hal-04371302v1
From Genomics to Pangenomics: the path to pangenome graphs Guillaume Gautreau,Adelme Bazin,Jérôme Arnoux The 20th MicroScope anniversary, Alexandra Calteau; David Vallenet, Sep 2023, Evry-Courcouronnes, France Communication dans un congrès hal-04371889v1
PANORAMA: comparative pangenomics tools to explore interspecies diversity of microbial genomes Jérôme Arnoux,Laura Bry,Quentin Fernandez De Grado,David Vallenet,Alexandra Calteau ISMB/ECCB 2023, ISCB ECCB, Jul 2023, Lyon, France Communication dans un congrès hal-04371284v1
PPanGGOLiN V2: technical enhancement and new features to analyze thousands of prokaryotic genomes Jean Mainguy,Jérôme Arnoux,Guillaume Gautreau,Adelme Bazin,David Vallenetet al. The local pangenome, Oct 2023, Alicante, Spain Communication dans un congrès hal-04371316v1

Poster de conférence (8)

PANORAMA: comparative pangenomics tools to explore interspecies diversity of microbial genomes Jérôme Arnoux,Laura Bry,Quentin Fernandez De Grado,David Vallenet,Alexandra Calteau ISMB/ECCB 2023, Jul 2023, Lyon, France Poster de conférence hal-04358457v1
PANORAMA: comparative pangenomics tools to explore interspecies diversity of microbial genomes Jérôme Arnoux,Alexandra Calteau,David Vallenet The 2nd FEMS Conference on Microbiology, Jun 2022, Belgrade, Serbia Poster de conférence hal-04371199v1
PANORAMA : comparative pangenomics tools to explore interspecies diversity of microbial genomes Jérôme Arnoux,Alexandra Calteau,David Vallenet Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) 2022, Jul 2022, Rennes, France Poster de conférence hal-04371243v1
MicroScope: a web platform for microbial genome annotation through pangenomic and metabolic analysis Alexandra Calteau,Mathieu Dubois,Jérôme Arnoux,Adelme Bazin,Mylène Beuvinet al. The 2nd FEMS Conference on Microbiology, Jun 2022, Belgrade, Serbia Poster de conférence hal-04371191v1
MicroScope: a web platform for microbial genome annotation through pangenomic and metabolic analysis Alexandra Calteau,Mathieu Dubois,Jérôme Arnoux,Lucie Coffion,Stéphanie Fouteauet al. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) 2022, Jul 2022, Rennes, France Poster de conférence hal-04360324v1
MicroScope: an integrated platform for the annotation and axploration of microbial gene functions through genomic, pangenomic and metabolic comparative analysis Alexandra Calteau,Mathieu Dubois,Jérôme Arnoux,Adelme Bazin,Mylène Beuvinet al. JOBIM 2021 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris (virtual), France Poster de conférence hal-04360241v1
MicroScope: an integrated platform for the annotation and exploration of microbial gene functions through genomic, pangenomic and metabolic comparative analysis David Vallenet,Alexandra Calteau,Paul Amours,Jérôme Arnoux,Adelme Bazinet al. JOBIM 2020 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2020, Montpellier (virtual), France Poster de conférence hal-04359963v1
PanFam: a pangenomic workflow for the iterative construction of gene families on thousands of genomes Jérôme Arnoux,Mylène Beuvin,Adelme Bazin,Alexandra Calteau,David Vallenet JOBIM 2020 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2020, Montpellier (virtual), France Poster de conférence hal-04360011v1

Thèse (1)

Méthodes d'analyse comparée des pangénomes procaryotes : explorer la diversité génomique inter-espèces pour une meilleure compréhension du métabolisme Jérôme Arnoux Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris-Saclay, 2025. Français. ⟨NNT : 2025UPASL020⟩ Thèse tel-05140675v1