johann confais

Identifiants chercheurs

IdHAL :

johann-confais

ORCID :

0000-0003-2945-5036

IdRef :

281626162

Présentation

Activité INRAE :

Février 2018 :

UR Génomique Info (URGI) 1164 INRAE, Université Paris-Saclay dans l'équipe Analyse des génomes (ANAGEN)

Octobre 2012 :

UMR Biologie et gestion des risques en agriculture (BIOGER) 1290 AgroParisTech, INRAE, Université Paris-Saclay dans l'équipe Evolution et Génomique des Interactions plantes Pathogènes (EGIP)

Octobre 2006 :

UMR Biologie et gestion des risques en agriculture (BIOGER) 1290 AgroParisTech, INRAE, Université Paris-Saclay dans l'équipe Antifongiques, Mode d'Action et Résistance (AMAR)

Publications

Article dans une revue (15)

A reference-free pipeline for detecting shared transposable elements from pan-genomes to retrace their dynamics in a species Somia Saidi,Mathieu Blaison,María del Pilar Rodríguez-Ordóñez,Johann Confais,Hadi Quesneville Genome Biology, 2026, ⟨10.1186/s13059-026-03984-5⟩ Article dans une revue hal-05513831v1
Phylogeny-driven pangenome analysis uncovers the genomic landscape of domesticated and wild Armeniaca species Ismael Blanchard,Quynh Trang Bui,Alexis Mergez,Sukanya Denni,Amandine Cornilleet al. Horticulture research, In press, ⟨10.1093/hr/uhag104⟩ Article dans une revue hal-05577186v1
Comprehensive annotation of olfactory and gustatory receptor genes and transposable elements revealed their evolutionary dynamics in aphids Sergio Gabriel Olvera-Vazquez,Xilong Chen,Aurélie Mesnil,Camille Meslin,Fabricio Almeida-Silvaet al. Molecular Biology and Evolution, 2025, 42 (12), pp.msaf238. ⟨10.1093/molbev/msaf238⟩ Article dans une revue anses-05299488v1
Quantitative pathogenicity and host adaptation in a fungal plant pathogen revealed by whole-genome sequencing Reda Amezrou,Aurélie Ducasse,Jérôme Compain,Nicolas Lapalu,Anais Pitarchet al. Nature Communications, 2024, 15 (1), pp.1933. ⟨10.1038/s41467-024-46191-1⟩ Article dans une revue hal-04498577v1
Genome-Wide Screening of Transposable Elements in the Whitefly, Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae), Revealed Insertions with Potential Insecticide Resistance Implications Marwa Zidi,Khouloud Klai,Johann Confais,Benoît Chénais,Aurore Carusoet al. Insects, 2022, 13, pp.1-13. ⟨10.3390/insects13050396⟩ Article dans une revue hal-03658789v1
SEPTODUR - Contribution à la durabilité de la lutte génétique et chimique contre la Septoriose du blé dur par la caractérisation des populations du complexe d’espèces responsable de cette maladie. Romain Valade,Thomas Caparroy,Oriane Beaudouin,Cindy Vitry,Marie Massotet al. Innovations Agronomiques, 2022, 84, pp.44-58. ⟨10.15454/ncj0-em61⟩ Article dans une revue hal-03576072v1
Screening of Helicoverpa armigera Mobilome Revealed Transposable Element Insertions in Insecticide Resistance Genes Khouloud Klai,Benoît Chénais,Marwa Zidi,Salma Djebbi,Aurore Carusoet al. Insects, 2020, ⟨10.3390/insects11120879⟩ Article dans une revue hal-03059141v1
A small secreted protein in Zymoseptoria tritici is responsible for avirulence on wheat cultivars carrying the Stb6 resistance gene Ziming Zhong,Thierry Marcel,Fanny E. Hartmann,Xin Ma,Clémence Plissonneauet al. New Phytologist, 2017, 214 (2), pp.619 - 631. ⟨10.1111/nph.14434⟩ Article dans une revue hal-01530838v1
Association Genetics in Plant Pathogens: Minding the Gap between the Natural Variation and the Molecular Function Anne Genissel,Johann Confais,Marc-Henri Lebrun,Lilian Gout Frontiers in Plant Science, 2017, 8, ⟨10.3389/fpls.2017.01301⟩ Article dans une revue hal-01607896v1
Population structure and temporal maintenance of the multihost fungal pathogen Botrytis cinerea: causes and implications for disease management. Anne-Sophie Walker,Pierre Gladieux,Véronique Decognet,Marc Fermaud,Johann J. Confaiset al. Environmental Microbiology, 2015, 17 (4), pp.1261-1274. ⟨10.1111/1462-2920.12563⟩ Article dans une revue hal-02638009v1
Development of a rapid multiplex SSR genotyping method to study populations of the fungal plant pathogen Zymoseptoria tritici Angelique A. Gautier,Thierry T. Marcel,Johann J. Confais,C. Crane,G Kemaet al. BMC Research Notes, 2014, 7, p. 373. ⟨10.1186/1756-0500-7-373⟩ Article dans une revue hal-02630016v1
Botrytis pseudocinerea, a new cryptic species causing gray mold in french vineyards in sympatry with botrytis cinerea Anne Sophie A. S. Walker,Angelique Gautier,Johann J. Confais,Daniel Martinho,Muriel Viaudet al. Phytopathology, 2011, 101 (12), pp.1433-1445. ⟨10.1094/PHYTO-04-11-0104⟩ Article dans une revue hal-01019801v1
Evidence of host-range expansion from new powdery mildew (Blumeria graminis) infections of triticale (xTriticosecale) in France Anne Sophie A. S. Walker,Annaig A. Bouguennec,Johann J. Confais,Guillaume G. Morgant,Pierre P. Leroux Plant Pathology, 2011, 60 (02), pp.207-220. ⟨10.1111/j.1365-3059.2010.02379.x⟩ Article dans une revue hal-01000533v1
Septoriose et résistance aux fongicides. Enseignements de la saison 2010, notamment concernant les souches émergentes sur blé Anne Sophie A. S. Walker,Johann J. Confais,Daniel D. Martinho,Pierre P. Leroux Phytoma la Défense des Végétaux, 2011, 641 (février), pp.9-11 Article dans une revue hal-01000509v1
Oïdium, le cas triticale est riche d'enseignements. Caractérisation des populations d'oïdium infestant le triticale : révélation d'une nouvelle entité à l'origine de cette maladie émergente, et ses conséquences pour la sélection variétale Anne Sophie A. S. Walker,Annaig A. Bouguennec,Johann J. Confais,Guillaume G. Morgant,Pierre P. Leroux Phytoma la Défense des Végétaux, 2009, 629 (Décembre), pp.21-25 Article dans une revue hal-00964428v1

Logiciel (3)

panTEannot pipeline Somia Saidi,Johann Confais,Hadi Quesneville 2025, ⟨swh:1:dir:8a8d539918a9484fda4e17b9b3856c426be33525;origin=https://forge.inrae.fr/urgi-anagen/panTEannot;visit=swh:1:snp:57ad8167c78fbd80ce775a34e00c520f5ef25638;anchor=swh:1:rev:1ab3aeedd05e99af2904dac694296227b1dffe94⟩ Logiciel hal-05195049v1
panREPET pipeline Somia Saidi,Mathieu Blaison,María del Pilar Rodríguez-Ordóñez,Johann Confais,Hadi Quesneville 2025, ⟨swh:1:dir:c5869aafcd21acac329d6a0fb816938b55734e42;origin=https://forge.inrae.fr/urgi-anagen/panREPET.git;visit=swh:1:snp:00f2a8ab8f705f261ef5eae40f9139feb757e70d;anchor=swh:1:rev:737d848f56d1791d8b0b9c5ab449cad3ab252670⟩ Logiciel hal-05195047v1
REPET v3.0 Véronique Jamilloux,Françoise Alfama-Depauw,Johann Confais,Mariène Wan,Agnes Baudet al. 2019 Logiciel hal-02790461v1

Communication dans un congrès (47)

RepetDB: A transposable element database Nicolas Francillonne,Johann Confais Plant and Genome Conference PAG, Jan 2025, San Diego (California), United States Communication dans un congrès hal-04946701v1
TE Detection and Annotation Using Repet V4.0 Etienne Bardet,Johann Confais,Mariène Wan,Hadi Quesneville International Plant & Animal Genome (PAG 32), Jan 2025, San diego (Californie), United States Communication dans un congrès hal-05407576v1
REPET V4.0, making life easier for de novo TE annotation Johann Confais,Mariène Wan,Etienne Bardet,Somia Saidi,Hadi Quesneville 12th Repeat Explorer Workshop “Repetitive DNA Annotation in Genome Assemblies.”, May 2025, České Budějovice, Czech Republic Communication dans un congrès hal-05202100v1
RepetDB: a database of reference TE sequences and their information Nicolas Francillonne,Hadi Quesneville,Mariène Wan,Johann Confais Annual meeting Mobil-ET, GDR CNRS 3546, Dec 2025, Paris, France Communication dans un congrès hal-05407506v1
REPET v4.0: A Comprehensive Tool for Transposable Element Analysis Etienne Bardet,Mariène Wan,Johann Confais,Hadi Quesneville JOBIM 2025, Jul 2025, Bordeaux, France Communication dans un congrès hal-05407604v1
Practical training II : REPET Johann Confais 12th Repeat Explorer Workshop “Repetitive DNA Annotation in Genome Assemblies.”, May 2025, České Budějovice, Czech Republic Communication dans un congrès hal-05202107v1
The Brachypodium distachyon Pangenome Highlights Transposable Element Dynamics in the Species Johann Confais,Somia Saidi,Hadi Quesneville International Plant & Animal Genome (PAG 32), Jan 2025, San Diego (California), United States Communication dans un congrès hal-04947937v1
Identifying the contribution of transposable elements to cis-regulatory elements in plants Maud Fagny,Johann Joets,Basile Leduque,Leandro Quadrana,Hadi Quesnevilleet al. IBRC2025, Jul 2025, Monte Verità, Switzerland Communication dans un congrès hal-05227710v1
The Brachypodium distachyon Pangenome Highlights Transposable Element Dynamics in the Species Johann Confais,Somia Saidi,Hadi Quesneville International Brachypodium Research Conference 2025 (IBRC 2025), Jul 2025, Monte Verità, Switzerland Communication dans un congrès hal-05202091v1
Evolutionary Dynamics of Transposable Elements in Brachypodium distachyon Based on a Pangenomic Approach Somia Saidi,Johann Confais,Hadi Quesneville International Plant & Animal Genome (PAG 31), Jan 2024, San Diego, United States Communication dans un congrès hal-04419364v1
The Brachypodium distachyon pangenome highlights Transposable Element dynamics in the species Johann Confais,Somia Saidi,Hadi Quesneville Journées "BioinfOmics" sur la pangénomique, BioinfOmics, Dec 2024, Toulouse, France Communication dans un congrès hal-04944985v1
Linking heterogeneous data from model plant species in a graph database Johann Confais,Nicolas Francillonne Séminaire résidentiel INRAE Semantic Linked Data édition 2023, réseau IN-OVIVE "Intégration de sources/masses de données hétérogènes et ontologies", Oct 2023, Agde, France Communication dans un congrès hal-04237621v1
Characterization of Transposable Elements in Pangenomes Somia Saidi,Johann Confais,Hadi Quesneville Journées du PEPI IBIS 2023, PEPI Ingénierie Bio Informatique et Statistique pour les données haut-débit (IBIS), Sep 2023, Paris, France Communication dans un congrès hal-04283863v1
PlantBioinfoPF (URGI) et son offre de service d'annotation des éléments transposables dans les génomes Johann Confais Journées du PEPI IBIS 2023, PEPI Ingénierie Bio Informatique et Statistique pour les données haut-débit (IBIS), Sep 2023, Paris, France Communication dans un congrès hal-04195707v1
Practical training III : REPET pipeline Johann Confais 11th RepeatExplorer Workshop on the Application of Next Generation Sequencing to Repetitive DNA Analysis, Laboratory of Molecular Cytogenetics of the Biology Centre CAS, May 2023, České Budějovice, Czech Republic Communication dans un congrès hal-04117938v1
Characterization of Transposable Elements in Pangenomes Somia Saidi,Johann Confais,Hadi Quesneville 24th National Congress on Transposable Elements 2023 (CNET 2023), French research community working on transposable elements (CNET), Jul 2023, Perpignan, France Communication dans un congrès hal-04158362v1
How to use REPET for de novo TE annotation Johann Confais,Mariène Wan,Somia Saidi,Hadi Quesneville 11th RepeatExplorer Workshop on the Application of Next Generation Sequencing to Repetitive DNA Analysis, Laboratory of Molecular Cytogenetics of the Biology Centre CAS, May 2023, České Budějovice, Czech Republic Communication dans un congrès hal-04117937v1
Insertion et exploitation de données hétérogènes dans un graphe de connaissance Johann Confais,Nicolas Francillonne,Maela Semery,Iphigénie Gonnet Journées du PEPI IBIS 2023, PEPI Ingénierie Bio Informatique et Statistique pour les données haut-débit (IBIS), Sep 2023, Paris, France Communication dans un congrès hal-04208925v1
REPET novelties : a versatile and modular package Johann Confais,Mariène Wan,Somia Saidi,Hadi H. Quesneville CNET 2023 : 24th National Congress on Transposable Elements 2023, French research community working on transposable elements (CNET), Jul 2023, Perpignan, France Communication dans un congrès hal-04156193v1
REPET evolutions: faster and easier Johann Confais,Mariène Wan,Hadi Quesneville 23rd National Congress on Transposable Elements (CNET 2022), French research community working on transposable elements (CNET), Jul 2022, Gif-Sur-Yvette, France Communication dans un congrès hal-03815061v1
Multiple expansion and contraction events in two major chemosensory gene families in aphids Sergio Gabriel Olvera-Vazquez,Xilong Chen,Camille Meslin,Yann Bourgeois,Lougmani, Céliaet al. Congrès de la Société Européenne de Biologie Evolutive, Aug 2022, Prague, Czech Republic Communication dans un congrès anses-04546901v1
Demo session : REPET Johann Confais 6th Uppsala Transposon Symposium, Oct 2022, Uppsala, Sweden Communication dans un congrès hal-03838843v1
Characterization of Transposable Elements in Pangenomes Somia Saidi,Johann Confais,Hadi Quesneville GDR CNRS 3546 Mobil-ET Annual Meeting, Mobil-ET GDR CNRS 3546, Dec 2022, Paris, France Communication dans un congrès hal-03890780v1
Characterization of Transposable Elements in Pangenomes Somia Saidi,Johann Confais,Hadi Quesneville 23rd National Congress on Transposable Elements (CNET 2022), French research community working on transposable elements (CNET), Jul 2022, Gif-Sur-Yvette, France Communication dans un congrès hal-03819044v1
Transposable elements, from their annotation to their integration into knowledge graphs Johann Confais,Mariène Wan,Somia Saidi,Nicolas Francillonne,Hadi Quesneville Journée thématique - Annotation, Intelligence Artificielle et Text-mining, PEPI IBIS, Nov 2022, Jouy-en-Josas, France Communication dans un congrès hal-03876510v1
Mise en relation de données hétérogènes chez l’espèce modèle Arabidopsis thaliana dans une base de données graphe Johann Confais,Nicolas Francillonne,Yanis Toumert Work4Graph Integration, Dec 2021, Paris, France Communication dans un congrès hal-03877594v1
RepetDB: a unified resource for transposable element references Mariène Wan,Nicolas Francillonne,Raphaël Flores,Françoise Alfama,Johann Confaiset al. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) 2022, SFBI; IFB; GDR BIM, Jul 2022, Rennes, France Communication dans un congrès hal-03819882v1
A first glimpse into the genetic architecture of pathogenicity of Zymoseptoria tritici on bread wheat Thierry Marcel,Aurélie Ducasse,Jérome Compain,Nicolas Lapalu,Z Chang Zhong Chenet al. 29. Fungal genetics conference Asilomar 17, Mar 2017, Pacific Grove, CA, United States. p.246 Communication dans un congrès hal-01530825v1
Population genetic structure and host specialization in the fungal plant pathogen Zymoseptoria tritici Lilian L. Gout,Johann J. Confais,M. Massot,Aurélie Ducasse,R. Valade 9.International symposium on Septoria diseases of cereals, Apr 2016, Paris, France. p.16 Communication dans un congrès hal-02799804v1
Resolution of population structure in the wheat pathogen Zymoseptoria tritici using either 12 or 4000 microsatellite markers Johann J. Confais,Aurélie Ducasse,Anne Genissel,Lilian Gout 9.International symposium on Septoria diseases of cereals, Apr 2016, Paris, France. p.68 Communication dans un congrès hal-01531631v1
Leaf blotch on durum wheat in France:characterization of the species complex responsible of the disease with a focus on Parastagonospora nodorum Romain Valade,Thomas Caparroy,Cindy Vitry,Oriane Beaudouin,Johann J. Confaiset al. 9.International symposium on Septoria diseases of cereals, Apr 2016, Paris, France. p.31 Communication dans un congrès hal-02799258v1
Spécialisation d’hôte et structuration des populations de Zymoseptoria tritici Johann J. Confais,A. Massot,Aurélie Ducasse,Romain Valade,Lilian Gout Journées Jean Chevaugeon 2016 (JJC) - 11èmes Rencontres de Phytopathologie - Mycologie, Société Française de Phytopathologie (SFP), Jan 2016, Aussois, France. p.15 Communication dans un congrès hal-02796908v1
The power of GWAS to detect natural genetic variation associated with pathogeny in Zymoseptoria tritici Anne Genissel,Marie-Pierre Guillot,Johann J. Confais,Lilian Gout,Marc-Henri Lebrun 9.International symposium on Septoria diseases of cereals, Apr 2016, Paris, France. p.17 Communication dans un congrès hal-01531629v1
Expression profiles of Mycosphaerella graminicola candidate effector genes Johann J. Confais,Houda Fartoun,Lilian Gout,Marc-Henri Lebrun,Thierry Marcel 10es Rencontres de Phytopathologie-Mycologie de la Société Française de Phytopathologie (SFP), Jan 2014, Aussois, France. p. 101 Communication dans un congrès hal-01019611v1
Host specialization and structure of Mycosphaerella graminicola populations Johann J. Confais,Lilian L. Gout,Marie Massot Mycosphaerella graminicola / Zymoseptoria tritici European Workshop, Sep 2014, exeter, United Kingdom Communication dans un congrès hal-02793825v1
Expression patterns of candidate effector genes Johann J. Confais Mycosphaerella graminicola / Zymoseptoria tritici European Workshop, Aug 2013, Harpenden, United Kingdom Communication dans un congrès hal-02804080v1
Comparaison de méthodes de suivi de la sensibilité de Botrytis cinerea aux fongicides Carboxamides Johann J. Confais,Daniel D. Martinho,Anne Sophie A. S. Walker 9. Rencontres de Phytopathologie-Mycologie de la Société Française de Phytopathologie (SFP), Jan 2012, Aussois, France. pp.87-87 Communication dans un congrès hal-01000248v1
Experimental strategies to unravel the MDR mechanism in new emergent phenotypes of M. graminicola highly resistant to several DMIs Selim Omrane,Anne Sophie A. S. Walker,Johann J. Confais,Daniel Martinho,Catherine Lanenet al. 8. International Symposium on Mycosphaerella and Stagonospora Diseases of Cereals, Sep 2011, Mexico, Mexico. pp.38 Communication dans un congrès hal-01019310v1
Recent evolution of fungicide resistance in French populations of Mycosphaerella graminicola Anne Sophie A. S. Walker,Johann J. Confais,Daniel Martinho,G. Couleaud,G. Beauvalletet al. Crop protection in Southern Britain A.o.A. Biologists, Feb 2011, Cambridge, United Kingdom Communication dans un congrès hal-02748327v1
Evolution of resistance to fungicides in populations of Mycosphaerella graminicola:emergence of new phenotypes highly resistant to DMIs Anne Sophie A. S. Walker,Johann J. Confais,Daniel Martinho,Selim Omrane,Pierre P. Leroux EPPO Workshop on Azole fungicides and Septoria leaf blotch control, Dec 2010, harpenden, United Kingdom Communication dans un congrès hal-02814825v1
Characterisation of French powdery mildew populations infecting triticale Anne Sophie A. S. Walker,Annaig A. Bouguennec,Johann J. Confais,Guillaume G. Morgant,Pierre P. Leroux 9ème conférence internationale sur les maladies des plantes, Dec 2009, Tours, France Communication dans un congrès hal-02751721v1
Use of replicative genomic libraries to clone fungicide resistance alleles Catherine C. Lanen,Johann J. Confais,Christiane Auclair,Sabine, Helma S. H. Fillinger-David 3rd Botrytis Genome Workshop, Sep 2008, Tenerife, Spain Communication dans un congrès hal-02819504v1
Genetic diversity and structuring factors for Botrytis cinerea french populations Anne-Sophie Walker,Véronique Decognet,Marc Fermaud,Alexandre Bout,Johann J. Confaiset al. 7. Journées Jean Chevaugeon, Jan 2008, Aussois, France Communication dans un congrès hal-02753395v1
Resistance to fungicides and genetic diversity among Botrytis cinerea populations Anne-Sophie Walker,Johann J. Confais,Pierre P. Leroux,Laurence Bill,Véronique Decognetet al. 14. International Botrytis Symposium, Oct 2007, Cape Town, South Africa Communication dans un congrès hal-02757498v1
Genetic diversity and structuring factors for Botrytis cinerea french populations Anne-Sophie Walker,Véronique Decognet,Marc Fermaud,Alexandre Bout,Johann J. Confaiset al. 14. International Botrytis Symposium, Oct 2007, Cape Town, South Africa Communication dans un congrès hal-02757549v1
Effect of host plants on sympatric genetic differentiations in french populations of Botrytis cinerea Elisabeth Fournier,Johann J. Confais,Véronique Decognet,Marc Fermaud,Alexandre Boutet al. 14. International Botrytis Symposium, Oct 2007, Cape Town, South Africa Communication dans un congrès hal-02756534v1
Feeding behavior of neonate oblique banded leafroller: determination of ingested volumes by fluorescence spectroscopy Johann J. Confais,Charles Vincent,Benoit Rancourt 50th Annual Meeting of the Entomological Society of America, Nov 2002, Fort Lauderdale, United States Communication dans un congrès hal-02828735v1

Poster de conférence (17)

URGI – A scientific facility dedicated to plant bioinformatics Mariène Wan,Françoise Alfama,Johann Confais,Nicolas Francillonne,Christina Gacicet al. JOBIM 2025, Jul 2025, Bordeaux (France), France Poster de conférence hal-05186831v1
REPET v4.0: A robust and accessible tool for TE annotation Etienne Bardet,Mariène Wan,Johann Confais,Hadi Quesneville JOBIM 2025, Jul 2025, Bordeaux, France Poster de conférence hal-05162223v1
RepetDB: A TE database Nicolas Francillonne,Mariène Wan,Nathalie Choisne,Françoise Alfama,Raphaël Floreset al. International congress on transposable elements ICTE, Apr 2024, Saint Malo, France Poster de conférence hal-04570060v1
panREPET: A Pipeline to characterize Transposable Elements in Pangenomes on de novo assembled genomes Somia Saidi,Johann Confais,Hadi Quesneville International Plant & Animal Genome (PAG 31), Jan 2024, San Diego (CA), United States Poster de conférence hal-04516410v1
New REPET improvements: REPET V4.0, making life easier Johann Confais,Mariène Wan,Etienne Bardet,Hadi Quesneville International Congress on Transposable Elements, Apr 2024, Saint-malo, France. Poster de conférence hal-05009167v1
Characterization of Transposable Elements in Pangenomes Somia Saidi,Johann Confais,Hadi Quesneville JOBIM 2023, Jun 2023, Tours, France Poster de conférence hal-04158902v1
REPET evolutions: faster and easier Johann Confais,Mariène Wan,Hadi Quesneville Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution (SMBE), Jul 2023, Ferrara, Italy. Poster de conférence hal-04169996v1
Characterization of Transposable Elements in Pangenomes Somia Saidi,Johann Confais,Hadi Quesneville SMBE23, Jul 2023, Ferrara, Italy Poster de conférence hal-04516434v1
REPET evolutions: faster and easier Johann Confais,Mariène Wan,Hadi Quesneville 6th Uppsala Transposon Symposium, Oct 2022, Uppsala, Sweden. Poster de conférence hal-03838081v1
REPET evolutions: faster and easier Mariène WAN,Johann Confais,Hadi Quesneville Jobim 2022, Jul 2022, Rennes, France. Poster de conférence hal-03819511v1
Population genetic structure and host specialization in the fungal plant pathogen Zymoseptoria tritici Lilian L. Gout,Johann J. Confais,Marie Massot,Aurélie Ducasse,Romain Valade ECFG13 European conference on fungal genetic, 2016, PARIS LA VILLETTE, France. p.275, 2016 Poster de conférence hal-02800481v1
Resolution provided by microsatellite markers in detecting population structure of the wheat pathogen Zymoseptoria tritici Johann J. Confais,Aurélie Ducasse,Anne Genissel,Lilian L. Gout ECFG13. European conference on fungal genetics, Apr 2016, PARIS LA VILLETTE, France. p.515, 2016 Poster de conférence hal-02794992v1
Spécialisation d’hôte et structure des populations de Mycosphaerella graminicola, agent de la Septoriose du blé Johann J. Confais,Lilian L. Gout,Marie Massot 36ème colloque « Petit pois déridé », Aug 2015, orsay, France. 2014 Poster de conférence hal-02798252v1
Expression profiles of Mycosphaerella graminicola effector genes highlight a succession of different infectious strategies during wheat leaves colonization Johann J. Confais,Houda Fartoun,Elisabetta E. Marchegiani,Lilian L. Gout,Thierry T. Marcelet al. The 7. Effectome meeting, Oct 2014, Lauret, France. , 2014 Poster de conférence hal-02801317v1
Expression profiles of Mycosphaerella graminicola candidate effector genes Johann J. Confais effectome, Sep 2013, lauret, France. 2013 Poster de conférence hal-02804228v1
Botrytis pseudocinerea, a new cryptic species causing grey mould in French vineyards in symatry with Botrytis cinerea Anne Sophie A. S. Walker,Angelique A. Gautier,Johann J. Confais,Muriel Viaud,Pascal P. Le Pecheuret al. 26. Fungal Genetics Conference at Asilomar, Mar 2011, pacific grove, United States. , 2011 Poster de conférence hal-02745749v1
Characterization of emergent Septoria tritici isolates highly resistant to DMIs: efficacy of fungicides strategies and future insights Selim Omrane,Anne Sophie A. S. Walker,Johann J. Confais,Daniel Martinho,Gilles Couleaudet al. EPPO Workshop on Azole fungicides and Septoria leaf blotch control, Dec 2010, Harpenden, United Kingdom. 2010 Poster de conférence hal-02822450v1

Pré-publication, Document de travail (5)

Contrasting genomic routes to domestication in Occidental and Oriental pears Yuqi Nie,Xilong Chen,Somia Saidi,Yann Bourgeois,Anthony Venonet al. 2026 Pré-publication, Document de travail hal-05513840v1
Genomic architecture of the self-incompatibility locus in apple provides insights into the evolution of collaborative non-self recognition Aurelie Mesnil,Vincent Castric,Gianluca Lombardi,Marie Monniaux,Somia Saidiet al. 2025 Pré-publication, Document de travail hal-05365251v1
A roadmap for the adoption of pangenomics in agronomy Stéphanie Bocs,Camille Carrette,Johann Confais,Siegfried Dubois,Ludovic Duvauxet al. 2025 Pré-publication, Document de travail (preprint/prepublication) hal-05357866v2
Phylogeny-driven pangenome analysis uncovers the genomic landscape of domesticated and wild Armeniaca species Ismael Blanchard,Quynh Trang Bui,Alexis Mergez,Sukanya Denni,Amandine Cornilleet al. 2026 Pré-publication, Document de travail hal-05450185v1
The Brachypodium distachyon pangenome highlights Transposable Element dynamics in the species Somia Saidi,Mathieu Blaison,María del Pilar Rodríguez-Ordóñez,Johann Confais,Hadi Quesneville 2024 Pré-publication, Document de travail hal-04733446v1