Julie Clement Chargée de recherche CNRSIHPE UMR 5244 (Perpignan, France)

Identifiants chercheurs

IdHAL :

julie-clement62

ORCID :

0000-0002-3243-9718

Présentation

Mon parcours scientifique s’est construit autour d’un intérêt marqué pour l’évolution des populations et leur adaptation à leur environnement. J’ai commencé par explorer ces questions dans le cadre passionnant des relations hôte-parasite. Durant ma thèse, j’ai développé des compétences en écologie évolutive et en épidémiologie, et utilisé des approches d’infections in vitro et de biologie moléculaire pour comprendre l’effet de la résistance de l’hôte et de la compétition sur les traits d’histoire de vie d’un parasite (Phytophthora infestans) de la pomme de terre. Lors de mon ATER, j’ai développé des compétences à l’échelle du génome en recherchant les traces de sélection dans différentes souches géographiques d’un même parasite (Schistosoma mansoni). J’ai à la fois réalisé les expériences au laboratoire (infections, biologie moléculaire) et je me suis formée à l’analyse bioinformatique pour analyser mes données issues du reséquençage de génomes (recherche de SNPs et CNVs, génomique des populations). Depuis 2013, je travaille sur la régulation de la localisation des sites de recombinaison méiotique en utilisant des approches de génomique (ex : ChIP-seq). J’ai alors pris en charge le développement de la bioinformatique dans l’équipe. Dans mes projets, j’ai exploré différents aspects du rôle de PRDM9, une protéine capable de diriger la machinerie de recombinaison à ses sites de fixation. Son rôle dans l’évolution des cartes de recombinaison et donc des génomes est intrigant, d’autant plus qu’elle aurait été perdue partiellement ou totalement plusieurs fois au cours de l’évolution chez les Métazoaires. Jusqu’à récemment, mes recherches étaient centrées sur le modèle souris mais depuis 1-2 ans, je participe à deux projets impliquant des espèces de poisson et j’aspire à explorer la recombinaison méiotique chez des espèces non modèles. Par ailleurs, j’ai initié un projet sur la recombinaison méiotique dans les éléments transposables afin de comprendre comment est contrôlé le risque de recombinaison ectopique et donc de réarrangement génomique.En dehors des activités de recherche, je veille à diffuser et à encourager les bonnes pratiques d’analyse et de stockage des données. Après avoir initié la démarche dans mon équipe, je coordonne une commission au sein de mon institut créée pour promouvoir une science plus ouverte et reproductible (FAIR). Je suis également la responsable scientifique du service commun de bioinformatique nouvellement mis en place (septembre 2021).

Publications

Article dans une revue (19)

Benchmarking of chromatin profiling methods (ChIP-Seq, CUT&Tag) in the Pacific oyster Magallana gigas Amélie Dellong,Manon Fallet,Pierre-Louis Stenger,Cristian Chaparro,Jeremie Vidal-Dupiolet al. Gene, 2026, 995, pp.150132. ⟨10.1016/j.gene.2026.150132⟩ Article dans une revue hal-05577277v1
PRDM9 drives the location and rapid evolution of recombination hotspots in salmonids fish Marie Raynaud,Paola Sanna,Julien Joseph,Julie A. J. Clément,Yukiko Imaiet al. PLoS Biology, 2025, 23 (1), pp.e3002950. ⟨10.1371/journal.pbio.3002950⟩ Article dans une revue hal-04880059v1
FIGNL1-FIRRM is essential for meiotic recombination and prevents DNA damage-independent RAD51 and DMC1 loading Akbar Zainu,Pauline Dupaigne,Soumya Bouchouika,Julien Cau,Julie a J Clémentet al. Nature Communications, 2024, 15 (1), pp.7015. ⟨10.1038/s41467-024-51458-8⟩ Article dans une revue hal-04686765v1
TOPOVIBL-REC114 interaction regulates meiotic DNA double-strand breaks Alexandre Nore,Ariadna B Juarez-Martinez,Julie Clément,Christine Brun,Boubou Diagouragaet al. Nature Communications, 2022, 13 (1), pp.7048. ⟨10.1038/s41467-022-34799-0⟩ Article dans une revue hal-04126103v1
PRDM9 activity depends on HELLS and promotes local 5-hydroxymethylcytosine enrichment Yukiko Imai,Mathilde Biot,Julie a J Clément,Mariko Teragaki,Serge Urbachet al. eLife, 2020, 9, pp.e57117. ⟨10.7554/elife.57117⟩ Article dans une revue hal-03765889v1
Mouse ANKRD31 Regulates Spatiotemporal Patterning of Meiotic Recombination Initiation and Ensures Recombination between X and Y Sex Chromosomes Frantzeskos Papanikos,Julie a J Clément,Erika Testa,Ramya Ravindranathan,Corinne Greyet al. Molecular Cell, 2019, 74 (5), pp.1069-1085.e11. ⟨10.1016/j.molcel.2019.03.022⟩ Article dans une revue hal-02359134v1
Assessing the effects of quantitative host resistance on the life-history traits of sporulating parasites with growing lesions Melen Leclerc,Julie a J Clément,Didier Andrivon,Frédéric Marie Hamelin Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 2019, 286 (1912), pp.20191244. ⟨10.1098/rspb.2019.1244⟩ Article dans une revue hal-02352206v1
PRDM9 Methyltransferase Activity Is Essential for Meiotic DNA Double-Strand Break Formation at Its Binding Sites Boubou Diagouraga,Julie Clément,L. Duret,Jan Kadlec,Bernard de Massyet al. Molecular Cell, 2018, 69 (5), pp.853 - 865.e6. ⟨10.1016/j.molcel.2018.01.033⟩ Article dans une revue hal-01730632v1
In vivo binding of PRDM9 reveals interactions with noncanonical genomic sites C Grey,Julie a J Clément,J Buard,B Leblanc,I Gutet al. Genome Research, 2017, 27 (4), pp.580-590. ⟨10.1101/gr.217240.116⟩ Article dans une revue hal-01505240v1
Birth and death of a protein Julie Clément,Bernard de Massy eLife, 2017, 6, ⟨10.7554/eLife.29502⟩ Article dans une revue hal-01631384v1
Specific detection and quantification of virulent/avirulent Phytophthora infestans isolates using a real-time PCR assay that targets polymorphisms of the Avr3a gene. Julie a J Clément,T. K. Baldwin,Hélène Magalon,I. Glais,Cécile Gracianneet al. Letters in Applied Microbiology, 2013, 56 (5), pp.322-32. ⟨10.1111/lam.12047⟩ Article dans une revue hal-00941608v1
Private Selective Sweeps Identified from Next-Generation Pool-Sequencing Reveal Convergent Pathways under Selection in Two Inbred Schistosoma mansoni Strains. Julie a J Clément,Eve Toulza,Mathieu Gautier,Hugues Parrinello,David Roquiset al. PLoS Neglected Tropical Diseases, 2013, 7 (12), pp.e2591. ⟨10.1371/journal.pntd.0002591⟩ Article dans une revue hal-00938922v1
The hard life of Phytophthora infestans: when trade-offs shape evolution in a biotrophic plant pathogen Didier Andrivon,Josselin Montarry,Roselyne Corbière,Claudine Pasco,Isabelle Glaiset al. Plant Pathology, 2013, 62, pp.28-35. ⟨10.1111/ppa.12164⟩ Article dans une revue hal-01208699v1
To be or not to be solitary: Phytophthora infestans' dilemma for optimizing its reproductive fitness in multiple infections Julie a J Clément,Hélène Magalon,Isabelle Glais,Emmanuel Jacquot,Didier Andrivon PLoS ONE, 2012, 7 (6), pp.e37838. ⟨10.1371/journal.pone.0037838⟩ Article dans une revue halsde-00728938v1
Résistances aux herbicides, autant en emporte le vent Christophe C. Delye,J.A.J. Clément,Fanny Pernin,Bruno B. Chauvel,Valérie V. Le Corre Phytoma la Défense des Végétaux, 2011, 644, pp.9-12 Article dans une revue hal-02642209v1
Kin recognition loss following anesthesia in beetle larvae (Aleochara bilineata, Coleoptera, Staphylinidae) Anne Lizé,Julie Clément,Anne Marie Cortesero,Denis Poinsot Animal Cognition, 2010, 13 (1), pp.189-194. ⟨10.1007/s10071-009-0247-7⟩ Article dans une revue istex hal-01399752v1
Gene flow homogenises the evolution of arable weed populations at the landscape level Christophe C. Delye,Julie Clément,Fanny Pernin,Bruno B. Chauvel,Valérie V. Le Corre Basic and Applied Ecology, 2010, 11 (6), pp.504-512. ⟨10.1016/j.baae.2010.06.008⟩ Article dans une revue istex hal-02663049v1
High gene flow promotes the genetic homogeneity of arable weed populations at the landscape level Christophe Délye,Julie a J Clément,Fanny Pernin,Bruno Chauvel,Valérie Le Corre Basic and Applied Ecology, 2010, 11 (6), pp.504-512. ⟨10.1016/j.baae.2010.06.008⟩ Article dans une revue istex hal-04474478v1
Alteration of pathogenicity-linked life-history traits by resistance of its host Solanum tuberosum impacts sexual reproduction of the plant pathogenic oomycete Phytophthora infestans. J. A. J. Clément,Julie a J Clément,Hélène Magalon,R. Pellé,B. Marqueret al. Journal of Evolutionary Biology, 2010, 23 (12), pp.2668-76. ⟨10.1111/j.1420-9101.2010.02150.x⟩ Article dans une revue hal-00941636v1

Communication dans un congrès (9)

Exploring the diversity and evolution of a multigenic family of proteins involved in invertebrate immune response Cyril Guillemot,Richard Galinier,Jean-François Allienne,Anne Rognon,Cristian Chaparroet al. 8e rencontres Bioinformatiques, IFREMER, Sep 2025, Sète, France Communication dans un congrès hal-05307747v1
Where recombination takes place: Role and evolution of Prdm9 in meiotic hotspot localisation Julie A. J. Clément 12e International Summer School Labex TULIP, Labex TULIP, Jun 2024, Germ-Louron, France Communication dans un congrès hal-04894012v1
Where recombination takes place Julie A. J. Clément Séminaires du Laboratoire de Biologie du Développement, Laboratoire de Biologie du Développement, Mar 2024, Villefranche-sur-mer, France Communication dans un congrès hal-04893982v1
Biomphalaria glabrata, a new model to investigate the evolution of meiotic recombination (JULIE CLEMENT, ROUND TABLE SPEAKER) Olivier REY,Christoph Grunau,Julie A. J. Clément 17th International Symposium on Schistosomiasis "Perspectives for the elimination of schistosomiasis", Nov 2024, Salvador (Bahia), Brazil Communication dans un congrès hal-04883418v1
Biomphalaria glabrata, a new model to investigate the evolution of meiotic recombination Amélie Rudler,Lucie Murphy,Jean-François Allienne,Anne Rognon,Amélie Dellonget al. 17º International Symposium on Schistosomiasis "Perspectives for the elimination of schistosomiasis", Ricardo Riccio Oliveira (Fiocruz-Bahia, Brazil); Leonardo Farias Paiva (Fiocruz-Bahia, Brazil), Nov 2024, Salvador (Bahia), Brazil Communication dans un congrès hal-04790471v1
The circulation of schistosomes through an ecosystem lens (OLIVIER REY, ROUND TABLE SPEAKER) Olivier REY,Christoph Grunau,Julie A. J. Clément 17th International Symposium on Schistosomiasis "Perspectives for the elimination of schistosomiasis", Nov 2024, Salvador (Bahia), Brazil Communication dans un congrès hal-04883422v1
Nanopore sequencing reveals the incredible haplotypic diversity of PRDM9 (AMELIE RUDLER, PRIX DE LA MEILLEURE PRESENTATION DES DOCTORANTS) Amélie Rudler,Y.A. Tran Lu,Nicolas Bierne,Sophie Arnaud-Haond,Jean-François Allienneet al. 7ème Rencontres Bioinformatiques IFremer et Nanopore Marine Day, IFREMER, Sep 2024, La Tremblade, France Communication dans un congrès hal-04883965v1
Du sexe pour créer de la diversité : mécanismes moléculaires et évolution d’un système contrôlant le brassage génétique chez les animaux Julie A. J. Clément Journée DIPEE Occitanie/Semaine écologie environnement biodiversité, DIPEE Occitanie Dispositifs de Partenariat en Écologie et Environnement, Jun 2023, Montpellier, France Communication dans un congrès hal-04885613v1
The hard life of Phytophthora infestans : when trade-offs shape evolution in a biotrophic plant pathogen. Didier Andrivon,Josselin Montarry,Roselyne Corbière,Claudine Pasco,Isabelle Glaiset al. Conference European Fédération for Plant Pathology EFPP, Dec 2012, Norwick, United Kingdom Communication dans un congrès hal-03419848v1

Poster de conférence (3)

Investigating PRDM9 function in invertebrates Lucie Murphy,Amélie Rudler,Richard Galinier,Jean-François Allienne,Anne Rognonet al. EMBO Workshop - Meiosis: Exploring diversity to discover the fundamentals, Jun 2025, Engelberg, Switzerland. 2025 Poster de conférence hal-05543417v1
PRDM9-dependent meiotic recombination in Salmonids Paola Sanna,Julie Clément,Frédéric Baudat,Bernard De Massy Embo workshop Meiosis, Jun 2023, Pamhagen, Austria Poster de conférence hal-04763101v1
Exploring PRDM9 function in invertebrates Amélie Rudler,Julie Clément,Jean-François Allienne,Anne Rognon Conférences Jacques Monod - SEX UNFOLDED: SEX, ASEX, SEXES, Sep 2023, Roscoff (29680), France Poster de conférence hal-04797782v1

Chapitre d'ouvrage (1)

Mapping Meiotic DNA Breaks: Two Fully-Automated Pipelines to Analyze Single-Strand DNA Sequencing Data, hotSSDS and hotSSDS-extra Pauline Auffret,Bernard de Massy,Julie Clément Marco Barchi, Massimo De Felici. Germ Cell Development, 2770, Springer US, pp.227-261, 2024, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-3698-5. ⟨10.1007/978-1-0716-3698-5_16⟩ Chapitre d'ouvrage hal-04474446v1

Autre publication scientifique (1)

Mapping Histone post-translational modifications in the Pacific oyster using iDeal CUT&Tag and the Tissue Nuclei Extraction Module Amélie Dellong,Jean-François Allienne,Cristian Chaparro,Jeremie Vidal-Dupiol,Julie A. J. Clémentet al. 2025 Autre publication scientifique hal-05338975v1

Pré-publication, Document de travail (3)

Benchmarking of Chromatin Immunoprecipitation (ChIP-Seq) methods in the Pacific oyster Magallana gigas Amelie Dellong,Manon Fallet,Pierre-Louis Stenger,Cristian Chaparro,Jeremie Vidal-Dupiolet al. 2024 Pré-publication, Document de travail hal-04869413v1
PRDM9 drives the location and rapid evolution of recombination hotspots in salmonids Marie Raynaud,Paola Sanna,Julien Joseph,Julie A. J. Clément,Yukiko Imaiet al. 2024 Pré-publication, Document de travail hal-04516336v1
The FIGNL1-FIRRM complex is required to complete meiotic recombination in the mouse and prevents massive DNA damage-independent RAD51 and DMC1 loading Akbar Zainu,Pauline Dupaigne,Soumya Bouchouika,Julien Cau,Julie Clémentet al. 2023 Pré-publication, Document de travail (preprint/prepublication) hal-04237021v1

Thèse (1)

Stratégies de reproduction de l’oomycète hétérothallique Phytophthora infestans en réponse aux infections multiples et à la résistance partielle de son hôte Solanum tuberosum Julie a J Clément Mycologie. Université Européenne de Bretagne; AgroCampus Ouest, 2011. Français. ⟨NNT : 2011NSARA069⟩ Thèse tel-04012750v1