Karine Tuphile – Design des ARN guides par l’utilisation d’interfaces de design dédiées– Vectorisation des ARN guides (clonage par approches combinatoires des technologies Golden Gate et Gateway®)-Clonage moléculaire par approche de la technologie Gibson Assembly® amélioré– Transgénèse végétale et criblage des évènements d’édition (PRIMA-CE)– Analyse des évènements d’édition par l’utilisation d’outils bio-informatiques dédiés

Présentation

Service CRISPR du Laboratoire de Biogénèse membranaire

Le service d’édition du génome s’inscrit dans l’accompagnement des équipes de recherche du laboratoire et contribue au développement d’approches de génétique inverse permettant l’édition multigénique par multiplexage d’ARN guides et la régulation fine des évènements d’édition par l’utilisation de systèmes inductibles ou constitutifs, ubiquitaires ou types cellulaires spécifiques.

Focalisé sur la plante modèle Arabidopsis thaliana, le service propose une activité de conseil, de formation ou de prise en charge complète des projets d’édition en déployant la technologie CRISPR-Cas9 au service de la caractérisation de gènes d’intérêt.

Publications

Article dans une revue (14)

Phosphoinositides containing stearic acid are required for interaction between Rho GTPases and the exocyst to control the late steps of polarized exocytosis Patricia Laquel,Eric Testet,Karine Tuphile,Christophe Cullin,Laetitia Fouillenet al. Traffic, 2022, 23 (2), pp.120-136. ⟨10.1111/tra.12829⟩ Article dans une revue hal-03563439v1
Plastidic Δ6 Fatty-Acid Desaturases with Distinctive Substrate Specificity Regulate the Pool of C18-PUFAs in the Ancestral Picoalga Ostreococcus tauri Charlotte Degraeve-Guilbault,Rodrigo Enrique Gomez,Cécile Lemoigne,Nattiwong Pankansem,Soizic Morinet al. Plant Physiology, 2020, 184 (1), pp.82-96. ⟨10.1104/pp.20.00281⟩ Article dans une revue hal-02973890v1
Arabidopsis LDIP protein locates at a confined area within the lipid droplet surface and favors lipid droplet formation Denis Coulon,Lysiane Brocard,Karine Tuphile,Claire Bréhélin Biochimie, 2019, ⟨10.1016/j.biochi.2019.09.018⟩ Article dans une revue hal-03022855v1
Proteomic Analysis of Lipid Droplets from Arabidopsis Aging Leaves Brings New Insight into Their Biogenesis and Functions Lysiane Brocard,Françoise Immel,Denis Coulon,Nicolas Esnay,Karine Tuphileet al. Frontiers in Plant Science, 2017, 8, ⟨10.3389/fpls.2017.00894⟩ Article dans une revue hal-02346772v1
Requirement of Phosphoinositides Containing Stearic Acid To Control Cell Polarity François Doignon,Patricia Laquel,Eric Testet,Karine Tuphile,Laetitia Fouillenet al. Molecular and Cellular Biology, 2016, 36 (5), pp.765-80. ⟨10.1128/MCB.00843-15⟩ Article dans une revue hal-03560139v1
Caspase-dependent Proteolysis of Human Ribonucleotide Reductase Small Subunits R2 and p53R2 during Apoptosis Ali Tebbi,Olivier Guittet,Karine Tuphile,Aimeric Cabrié,Michel Lepoivre Journal of Biological Chemistry, 2015, 290 (22), pp.14077--14090. ⟨10.1074/jbc.M115.649640⟩ Article dans une revue hal-02400368v1
Protein kinase Darkener of apricot and its substrate EF1γ regulate organelle transport along microtubules Anna Serpinskaya,Karine Tuphile,Leonard Rabinow,Vladimir Gelfand Journal of Cell Science, 2013, ⟨10.1242/jcs.123885⟩ Article dans une revue hal-05266586v1
Cyclodipeptide synthases are a family of tRNA-dependent peptide bond–forming enzymes Muriel Gondry,Ludovic Sauguet,Pascal Belin,Robert Thai,Rachel Amourouxet al. Nature Chemical Biology, 2009, 5 (6), pp.414-420. ⟨10.1038/nchembio.175⟩ Article dans une revue cea-02000100v1
Impact of Aeration and Heme-Activated Respiration on Lactococcus lactis Gene Expression: Identification of a Heme-Responsive Operon Martin Bastian Pedersen,Christel Garrigues,Karine Tuphile,Célia Brun,Karin Vidoet al. Journal of Bacteriology, 2008, 190 (14), pp.4903-4911. ⟨10.1128/jb.00447-08⟩ Article dans une revue hal-05266581v1
Organization of the biosynthetic gene cluster for the macrolide antibiotic spiramycin in Streptomyces ambofaciens. Fatma Karray,Emmanuelle Darbon,Nathalie Oestreicher,Hélène Dominguez,Karine Tuphileet al. Microbiology, 2007, 153 (Pt 12), pp.4111-22. ⟨10.1099/mic.0.2007/009746-0⟩ Article dans une revue hal-00194476v1
Excisable Cassettes: New Tools for Functional Analysis of Streptomyces Genomes Alain Raynal,Fatma Karray,Karine Tuphile,Emmanuelle Darbon-Rongère,Jean-Luc Pernodet Applied and Environmental Microbiology, 2006, 72 (7), pp.4839-4844. ⟨10.1128/AEM.00167-06⟩ Article dans une revue hal-05266553v1
Phylogenetic Analysis of Polyketide Synthase I Domains from Soil Metagenomic Libraries Allows Selection of Promising Clones Aurélien Ginolhac,Cyrille Jarrin,Benjamin Gillet,Patrick Robe,Timothy Vogelet al. Applied and Environmental Microbiology, 2004, 70 (9), pp.5522-5527. ⟨10.1128/AEM.70.9.5522-5527.2004⟩ Article dans une revue hal-05266576v1
Structure of the chromosomal insertion site for pSAM2: functional analysis in Escherichia coli Alain Raynal,Karine Tuphile,Claude Gerbaud,Tatjana Luther,Michel Guérineauet al. Molecular Microbiology, 2002, 28 (2), pp.333-342. ⟨10.1046/j.1365-2958.1998.00799.x⟩ Article dans une revue hal-05266573v1
Characterization of the attP site of the integrative element pSAM2 from Streptomyces ambofaciens Alain Raynal,Annick Friedmann,Karine Tuphile,Michel Guerineau,Jean-Luc Pernodet Microbiology, 2002, 148 (1), pp.61-67. ⟨10.1099/00221287-148-1-61⟩ Article dans une revue hal-05266589v1

Brevet (4)

POLYPEPTIDES IMPLIQUES DANS LA BIOSYNTHESE DES SPIRAMYCINES, SEQUENCES NUCLEOTIDIQUES CODANT CES POLYPEPTIDES ET LEURS APPLICATIONS. Karine Tuphile France, Patent n° : EP1905833. 2008 Brevet hal-05269257v1
METHODE D'IDENTIFICATION DE FAMILLE DE VOIE METABOLIQUE PAR SELECTION POSITIVE Karine Tuphile France, Patent n° : WO2005095634. 2005 Brevet hal-05269239v1
PROCEDE D'OBTENTION D'ACIDES NUCLEIQUES A PARTIR D'UN ECHANTILLON DE L'ENVIRONNEMENT Karine Tuphile France, Patent n° : EP1268764. 2003 Brevet hal-05269288v1
METHODE D'EXPRESSION D'ADN ENVIRONNEMENTAL INCONNU DANS DES CELLULES HOTES ADAPTEES Karine Tuphile France, Patent n° : WO2004013327. 2003 Brevet hal-05269222v1